Perkembangbiakan Dan Perkembangan Evolusi Ikan Gabus

DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) merupakan asam nukleat berbentuk heliks ganda yang
mengandung komponen gula deoksiribosa, asam phosfat serta memiliki empat basa nitrogen
yang berpasangan, yaitu guanin dalam satu pasang untai dengan sitosin serta adenin dalam satu
pasang untai timin. Selain itu, juga merupakan senyawa yang sangat penting karena DNA
membawa informasi biologis yang menentukan struktur protein, sehingga dapat dikatakan bahwa
DNA merupakan molekul utama untuk kehidupan. Ektraksi DNA menggunakan Dneasy Blood
& Tissue kits - Qiagen. Kualitas DNA diuji dengan dimigrasikan pada gel agarosa 1,2% dengan
menggunakan buffer 1xTBE (40 mM Tris-borate, 1 mM EDTA). Gel agarosa diwarnai dengan
ethidium bromide (0,5 g/ml), diamati, dan difoto dibawah sinar UV. Amplifikasi dan visualisasi
fragmen DNA dilakukan melalui Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan bahan
kit PCR. Kondisi PCR meliputi tahapan predenaturasi 94ºC selama 3 menit, denaturasi 94 ºC
selama 45 detik, anealling atau suhu penempelan 60.7 ºC selama 45 detik, elongasi 72 ºC selama
1 menit sebanyak 35 siklus; post elongasi: ekstensi 72 ºC selama 5 menit. Data hasil sekuensing
baik forward maupun reverse disejajarkan (alignment) menggunakan software MEGA versi 7.0.
Hasil gabungan penyejajaran kemudian dikoreksi dengan primer forward maupun primer reverse
dan disejajarkan kembali antar individu dalam lokasi yang sama dan antar lokasi yang berbeda.
Rata-rata jarak genetik cyt b intraspesies pada seluruh individu diperoleh dengan menggunakan
model Kimura 2-parameter.