ISOLASI DNA

Kimia Makanan Halal Kimia Makanan Halal

Daging merupakan hasil ternak yang tidak dapat dipisahkan dari
kehidupan manusia. Banyak produk makanan olahan yang
mengandung daging. Daging yang digunakan bisa berasal dari sapi,
babi dan ayam.
Teknik deteksi dan identifikasi asal daging pada produk olahan
merupakan salah satu cara untuk menjamin keamanan dan
kehalalan pangan dalam upaya melindungi konsumen dari
pemalsuan informasi.
Sumber : ALMIRA PRIMASARI
http://repository.ipb.ac.id/bitstream/handle/123456789/51386/2011apr.pdf?sequence=
1
SENSITIVITAS GEN SITOKROM B (Cyt b) SEBAGAI MARKA SPESIFIK PADA
GENUS Rattus dan Mus UNTUK
MENJ AMIN KEAMANAN PANGAN
PRODUK ASAL DAGING
Adanya kandungan komponen bahan makanan yang mengandung
babi dalam bahan dan produk pangan dapat diidentifikasi melalui
lemak nya, protein nya, maupun DNAnya.
Adanya kandungan komponen bahan makanan yang mengandung
babi dalam bahan dan produk pangan dapat diidentifikasi melalui
lemak nya, protein nya, maupun DNAnya.
DNA lebih stabil dibandingkan dengan protein,
terutama pada sampel yang telah mengalami proses pemanasan
dengan suhu tinggi.
DNA lebih stabil dibandingkan dengan protein,
terutama pada sampel yang telah mengalami proses pemanasan
dengan suhu tinggi.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik,
dibangun oleh unit-unit dioksinukleotida. Asam nukleat
adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik,
dibangun oleh unit-unit dioksinukleotida. Asam nukleat
adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida.
Cont
Molekul DNA terdiri atas dua rantai polimer yang tersusun atas unit-unit
monomer nukleotida. Kedua rantai polinukleotidasusunan berpilin
(double helix) yang dihubungkan oleh ikt. hidrogen.
Masing-masing nukleotida tersusun atas tiga komponen yaitu gula
(deoxyribosa), fosfat, basa nitrogen (Adenin dan Guaninbasa purin,
Timin dan Cytosin basa pirimidin).
Antara nukleotida satu dengan yang lainnya dalam satu rantai
polinukleotida dihubungkan dengan ikatan fosfodiester melalui gugus
fosfat yang menghubungkan karbon ke tiga dari salah satu gugus gula
dengan karbon ke lima dari gula pada nukleotida lain.
DNA ditemui tersebar di seluruh inti sel (kecuali sel lemak) yaitu di
dalam kromosom. Selain itu DNA juga dijumpai dalam jumlah
sedikit di dalam plastid, mitokondria dan sentrosom.
Molekul DNA terdiri atas dua rantai polimer yang tersusun atas unit-unit
monomer nukleotida. Kedua rantai polinukleotidasusunan berpilin
(double helix) yang dihubungkan oleh ikt. hidrogen.
Masing-masing nukleotida tersusun atas tiga komponen yaitu gula
(deoxyribosa), fosfat, basa nitrogen (Adenin dan Guaninbasa purin,
Timin dan Cytosin basa pirimidin).
Antara nukleotida satu dengan yang lainnya dalam satu rantai
polinukleotida dihubungkan dengan ikatan fosfodiester melalui gugus
fosfat yang menghubungkan karbon ke tiga dari salah satu gugus gula
dengan karbon ke lima dari gula pada nukleotida lain.
DNA ditemui tersebar di seluruh inti sel (kecuali sel lemak) yaitu di
dalam kromosom. Selain itu DNA juga dijumpai dalam jumlah
sedikit di dalam plastid, mitokondria dan sentrosom.
Gen-gen yang paling sering digunakan sebagai penanda jenis hewan
atau daging diantaranya adalah
sitokromb (cyt b),
12S dan 16S
subunit ribosom RNA
dan daerah displacement loop (D-loop).
Gen-gen yang paling sering digunakan sebagai penanda jenis hewan
atau daging diantaranya adalah
sitokromb (cyt b),
12S dan 16S
subunit ribosom RNA
dan daerah displacement loop (D-loop).
Dalam melakukan deteksi untuk mengetahui halal tidak nya suatu
makanan, maka Isolasi DNA merupakan prosedur pertama yang
akan ditempuh.
ISOLASI DNA
Isolasi DNA merupakan suatu proses untuk
mendapatkan DNA murni yang dapat digunakan
untuk keperluan pemeriksaan atau diagnosa.
DNA dapat di isolasi dari berbagai sel yang
memiliki inti sel, karena DNA terletak di dalam
inti sel.
Isolasi DNA merupakan suatu proses untuk
mendapatkan DNA murni yang dapat digunakan
untuk keperluan pemeriksaan atau diagnosa.
DNA dapat di isolasi dari berbagai sel yang
memiliki inti sel, karena DNA terletak di dalam
inti sel.
Bahan yang digunakan untuk Isolasi DNA
Binding buffer, yang terdiri dari berbagai macam komponen yaitu:
a) NaCl : untuk memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan
mengendapkan DNA sewaktu di campur dengan etanol.
b) EDTA : EDTA ini berfungsi sebagai perusak sel dengan cara
mengikat ion Mg (ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas
sel maupun mempertahankan aktivitas enzim nuklease)
c) SDS merupakan deterjen yang berfungsi merusak dinding atau
membran sel dan mendenaturasi protein
d) Enzim protease : untuk denaturasi protein pada jaringan
e) Pemberian etanol berfungsi untuk memisahkan molekul-molekul
nukleotida dari protein yang mungkin masih ada.
Sentrifugasi berfungsi pemecahan dinding sel dan membran inti
secara fisik.
Binding buffer, yang terdiri dari berbagai macam komponen yaitu:
a) NaCl : untuk memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan
mengendapkan DNA sewaktu di campur dengan etanol.
b) EDTA : EDTA ini berfungsi sebagai perusak sel dengan cara
mengikat ion Mg (ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas
sel maupun mempertahankan aktivitas enzim nuklease)
c) SDS merupakan deterjen yang berfungsi merusak dinding atau
membran sel dan mendenaturasi protein
d) Enzim protease : untuk denaturasi protein pada jaringan
e) Pemberian etanol berfungsi untuk memisahkan molekul-molekul
nukleotida dari protein yang mungkin masih ada.
Sentrifugasi berfungsi pemecahan dinding sel dan membran inti
secara fisik.
Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein,
serta pemurnian (purifikasi) DNA
Sumber : (Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008). Menurut Surzycki
(2000),
Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein,
serta pemurnian (purifikasi) DNA
Sumber : (Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008). Menurut Surzycki
(2000),
1.
LISIS SEL
1.
LISIS SEL
ENZIMATIK
Proteinase K
ENZIMATIK
Proteinase K FISIK/MEKA
NIK
1. Menggerus sampel dengan
menggunakan mortar dan
pestle dalam nitrogen cair
2. Metode freezing-thawing
3. Iradiasi ataupun Resonansi
(Giacomazzi et al., 2005)
FISIK/MEKA
NIK
1. Menggerus sampel dengan
menggunakan mortar dan
pestle dalam nitrogen cair
2. Metode freezing-thawing
3. Iradiasi ataupun Resonansi
(Giacomazzi et al., 2005)
ENZIMATIK
Proteinase K
ENZIMATIK
Proteinase K
KIMIA
EDTA (ethyllenediamine
tetraacetic)
Tris-Hcl
Sodiumdodecyl sulphate (SDS)
Cetyl trimethylammonium
bromide (CTAB)
KIMIA
EDTA (ethyllenediamine
tetraacetic)
Tris-Hcl
Sodiumdodecyl sulphate (SDS)
Cetyl trimethylammonium
bromide (CTAB)
FISIK/MEKA
NIK
1. Menggerus sampel dengan
menggunakan mortar dan
pestle dalam nitrogen cair
2. Metode freezing-thawing
3. Iradiasi ataupun Resonansi
(Giacomazzi et al., 2005)
FISIK/MEKA
NIK
1. Menggerus sampel dengan
menggunakan mortar dan
pestle dalam nitrogen cair
2. Metode freezing-thawing
3. Iradiasi ataupun Resonansi
(Giacomazzi et al., 2005)
2.
PURIFIKASI DNA
2.
PURIFIKASI DNA
Purifikasi DNA pada prinsipnya
adalah suatu cara atau
metoda untuk memisahkan
DNA total dari komponen sel
lainnya.
Purifikasi DNA pada prinsipnya
adalah suatu cara atau
metoda untuk memisahkan
DNA total dari komponen sel
lainnya.
Pada prinsipnya, metode
purifikasi pada semua jaringan
hewan tidak jauh berbeda,
yaitu terdiri atas tiga tahapan
utama.
Tiga tahapan tersebut secara
berurutan adalah
penghancuran (lisis) membran
sel, pemisahan material DNA
dari material organik sel lain,
dan pemisahan DNA dari
larutannya (presipitasi)
Pada prinsipnya, metode
purifikasi pada semua jaringan
hewan tidak jauh berbeda,
yaitu terdiri atas tiga tahapan
utama.
Tiga tahapan tersebut secara
berurutan adalah
penghancuran (lisis) membran
sel, pemisahan material DNA
dari material organik sel lain,
dan pemisahan DNA dari
larutannya (presipitasi)
Purifikasi DNA pada prinsipnya
adalah suatu cara atau
metoda untuk memisahkan
DNA total dari komponen sel
lainnya.
Purifikasi DNA pada prinsipnya
adalah suatu cara atau
metoda untuk memisahkan
DNA total dari komponen sel
lainnya.
Kemurnian DNA tercermin
dalam rasio 260: 280
dan harus antara 1,6 dan
2,00. Penurunan rasio pada
260: 280 berarti masih
ada protein di dalamnya.
Kemurnian DNA tercermin
dalam rasio 260: 280
dan harus antara 1,6 dan
2,00. Penurunan rasio pada
260: 280 berarti masih
ada protein di dalamnya.
Pada prinsipnya, metode
purifikasi pada semua jaringan
hewan tidak jauh berbeda,
yaitu terdiri atas tiga tahapan
utama.
Tiga tahapan tersebut secara
berurutan adalah
penghancuran (lisis) membran
sel, pemisahan material DNA
dari material organik sel lain,
dan pemisahan DNA dari
larutannya (presipitasi)
Pada prinsipnya, metode
purifikasi pada semua jaringan
hewan tidak jauh berbeda,
yaitu terdiri atas tiga tahapan
utama.
Tiga tahapan tersebut secara
berurutan adalah
penghancuran (lisis) membran
sel, pemisahan material DNA
dari material organik sel lain,
dan pemisahan DNA dari
larutannya (presipitasi)
900 l larutan
pelisis + 300 l
darah
- Masukkan ke dalam tabung mikro 1,5ml
- Balik2an
- Inkubasi 10 menit pd suhu ruang
- Balik2an tabung 5x setiap 2
- Sentrifugasi 13.000-16.000X g selama 20
supernatan
Residu : butiran endapan sel
darah putih dan 10-20 l
sisa cairan
- Vortex
buang
- Vortex
+ 300 l larutan
pelisis
- Pipetkan naik turun u/
melisiskan sel
Inkubasi pd suhu
37C sampai homogen
Jika msh
menggumpal
Bisa disimpan
18 bulan
+ 1,5 l larutan
RNAse A ke dlm
lisat sel
Campurkan dg membalik2an tabung
sebanyak 25x
Inkubasi pd suhu
37C selama 15
sample
Dinginkan pd
suhu ruang
+ 100l larutan
pengendap
protein
Vortex selama 20
Sentrifugasi 13.000-
16.000 X g selama
3
protein dg
butiran voklat
tua padat
Supernat
an DNA
Buang protein
Balik2an tabung
50x secara
perlahan
3000l
isopropanol
100%
Keringka
n tabung
+ 300 l
etOH 70%
Sentrifugasi
13.000-16.000
X g selama 3
Tuang
etanol
Keringkan di
udara selama
15
Balik2an tabung
50x secara
perlahan
Terbentuk
gumpalan yg
dpt terlihat
Sentrifugasi
13.000-
16.000 X g
selama 3
DNA akan tampak
sbg butiran putih
kecil
supernat
an
buang
Keringka
n tabung
Butiran DNA + larutan penghidrasi DNA
Biarkan semalam pd suhu ruang, atau
panaskan pd suhu 65
0
C selama 1jam
Ketuk2 tabung secara periodik
utk menyebarkan DNA
Simpan pd suhu 2-8
0
C
1-5l larutan
DNA
aquade
st
1-5l larutan
DNA
aquade
st
Kocok perlahan
Ukur pd 260nm
Ukur pd 280nm
Tentukan index kemurnian :
A260 : A280
Penumbuhan sel
Panen sel dan lisis
Purifikasi DNA
Sistematika ekstraksi dan purifikasi DNA
Pemekatan DNA
Penumbuhan sel
Panen sel dan lisis
Purifikasi DNA
Sistematika ekstraksi dan purifikasi DNA
Pemekatan DNA
JURNAL-JURNAL
Jurnal 1: Isolation of high quality DNA: a
protocol combining rennet and glass
milk
Reagen yang digunakan:
Enzyme chymosin, (yang sering digunakan untuk
produksi keju, mudah ditemukan di pasaran.
Rennet DNA extraction protocol
Jurnal ini menunjukkan bahwa reagen rennet chymosin
memiliki aktivitas yang paling baik sebagai agen proteolitik
untuk isolasi DNA.
Reagen yang digunakan:
Enzyme chymosin, (yang sering digunakan untuk
produksi keju, mudah ditemukan di pasaran.
Rennet DNA extraction protocol
Jurnal ini menunjukkan bahwa reagen rennet chymosin
memiliki aktivitas yang paling baik sebagai agen proteolitik
untuk isolasi DNA.
Pengambilan Sampel Dari Daging Kambing
Daging kambing dipotong-potong hingga menjadi kecil, lalu
dihancurkan dalam mortir dengan stamper.
Sampel daging diambil dan ditimbang seberat 0,025 dan 0,050
gram lalu dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi 1,5 ml.
Tiap tabung ditambahkan lysis buffer yang mengandung NaCl
5M, EDTA 0,2M, Tris-Cl 2M, Urea 4M, dan air distilisasi.
Sampel daging diberi kode VD25 untuk variasi berat 0,025 gram
dan VD50 untuk variasi berat 0,050 gram.
Penelitian 3: Ekstraksi DNA dari
Daging dan Tulang Kambing
Daging kambing dipotong-potong hingga menjadi kecil, lalu
dihancurkan dalam mortir dengan stamper.
Sampel daging diambil dan ditimbang seberat 0,025 dan 0,050
gram lalu dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi 1,5 ml.
Tiap tabung ditambahkan lysis buffer yang mengandung NaCl
5M, EDTA 0,2M, Tris-Cl 2M, Urea 4M, dan air distilisasi.
Sampel daging diberi kode VD25 untuk variasi berat 0,025 gram
dan VD50 untuk variasi berat 0,050 gram.
Pengambilan Sampel Dari Tulang Kambing
Tulang kambing yang berukuran 2-3 cm dihancurkan dengan
bantuan alat mortir dan stamper hingga menjadi bubuk.
Bubuk tulang diambil dan ditimbang seberat 0,025 dan 0,050 gram
kemudian dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi dan diisi
dengan lysis buffer yang mengandung NaCl 5M, EDTA 0,2M, Tris-
Cl 2M, Urea 4M, dan air distilisasi.
Sampel tulang diberi kode VT25 untuk variasi berat 0,025 gram dan
VT50 untuk variasi berat 0,050 gram
Tulang kambing yang berukuran 2-3 cm dihancurkan dengan
bantuan alat mortir dan stamper hingga menjadi bubuk.
Bubuk tulang diambil dan ditimbang seberat 0,025 dan 0,050 gram
kemudian dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi dan diisi
dengan lysis buffer yang mengandung NaCl 5M, EDTA 0,2M, Tris-
Cl 2M, Urea 4M, dan air distilisasi.
Sampel tulang diberi kode VT25 untuk variasi berat 0,025 gram dan
VT50 untuk variasi berat 0,050 gram
Sample : sate kambing
Potong dan hancurkan dg
stamper
Timbang 0,025g dan
0,050g
Tulang (ukuran : 2-3 cm)
hancurkan dg
stamper
Bubuk tulang
Timbang (0,025g &
0050g)
Masukkan ke dlm
tabung sentrifugasi
+ lysis buffer pd tiap
tabung
Lysis bufffer :
NaCL 5M, EDTA 0,2M,
Tris-Cl 2M, Urea 4M, &
air destilasi
Beri kode pd masing2
sample : VD25 dan
VD50
Timbang (0,025g &
0050g)
Masukkan ke dlm
tabung sentrifugasi
+ lysis buffer pd tiap
tabung
Beri kode pd masing2
sample : VT25 dan
VT50
Jurnal 2: Deteksi Kandungan Daging Babi pada Bakso yang Dijajakan
di Pusat Kota Salatiga Menggunakan Teknik Polymerase
Chain Reaction
Populasi bakso dari 25 warung bakso kecil, menengah,
dan besar yang tersebar di kota Salatiga.
Jurnal 3: Isolasi DNA Ikan Mas yang Terinfeksi KHV
Metode dengan menggunakan kit ekstraksi DNA (Wizard Genomic DNA Purification,
Promega). Metode ini merupakan metode yang dikeluarkan oleh Promega
Corporation dan telah teruji hasilnya, namun disisi lain biaya yang dibutuhkan cukup
besar.
Metode CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide) dengan Phenol
(Suharsono 2000 dalam Yustiati 2006). Metode ini memiliki waktu pengerjaan cukup
singkat dimana pada proses presipitasinya digunakanpenambahan P : C : I untuk
memisahkan DNA dengan materi ikutan lainnya.
Metode modifikasi CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide)
(Rogers dkk. 1997 dalam Mulyani 2003). Metode ini memaksimalkan presipitasi DNA
dengan menggunakan C : IAA secara berulang yakni dua kali untuk mendapatkan
DNA yang bebas dari pengotor. Nilai konsentrasi DNA yang didapat relatif tinggi
namun di dalam pengerjaannya dibutuhkan waktu yang relatif lebih lama.
Metode ekstraksi DNA dengan thermal lysis (Buwono dan Rosidah 2010). Metode ini
memiliki waktu pengerjaan yang sangat singkat. Namun dalam pengerjaannya tidak
melibatkan proses presipitasi dan pencucian DNA melainkan hanya melakukan
proses ekstraksi DNA saja.
Metode dengan menggunakan kit ekstraksi DNA (Wizard Genomic DNA Purification,
Promega). Metode ini merupakan metode yang dikeluarkan oleh Promega
Corporation dan telah teruji hasilnya, namun disisi lain biaya yang dibutuhkan cukup
besar.
Metode CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide) dengan Phenol
(Suharsono 2000 dalam Yustiati 2006). Metode ini memiliki waktu pengerjaan cukup
singkat dimana pada proses presipitasinya digunakanpenambahan P : C : I untuk
memisahkan DNA dengan materi ikutan lainnya.
Metode modifikasi CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide)
(Rogers dkk. 1997 dalam Mulyani 2003). Metode ini memaksimalkan presipitasi DNA
dengan menggunakan C : IAA secara berulang yakni dua kali untuk mendapatkan
DNA yang bebas dari pengotor. Nilai konsentrasi DNA yang didapat relatif tinggi
namun di dalam pengerjaannya dibutuhkan waktu yang relatif lebih lama.
Metode ekstraksi DNA dengan thermal lysis (Buwono dan Rosidah 2010). Metode ini
memiliki waktu pengerjaan yang sangat singkat. Namun dalam pengerjaannya tidak
melibatkan proses presipitasi dan pencucian DNA melainkan hanya melakukan
proses ekstraksi DNA saja.
Metode Sampel
Panjang gelombang
Konsentrasi C
(g/ml) Rasio Absorbansi
( R )
A260 A280 A320
Kit ekstraksi omega
(promega)
Sirip ikan Jatinengah 0,479 0,277 0,060 23,95 1.93
Sirip ikan Ciputri 0,520 0,301 0,063 26,00 1,92
Insang ikan Jatinengah 1,073 0,557 0,037 53,65 1,99
Insang ikan Ciputri 0,920 0,481 0,025 46,00 1,96
Sirip ikan Jatinengah 0,591 0,294 0,031 29,55 2,10
Sirip ikan Ciputri 0,605 0,317 0,027 30,25 1,99
Tabel 4. Nilai kuantitas DNA genom
CTAB dengan phenol
Sirip ikan Ciputri 0,605 0,317 0,027 30,25 1,99
Insang ikan Jatinengah 0,828 0,422 0,025 41,40 2,00
Insang ikan Ciputri 0,867 0,432 0,034 43,35 2,09
Modifikasi CTAB
Sirip ikan Jatinengah 0,168 0,096 0,020 8,350 1,95
Sirip ikan Ciputri 0,354 0,186 0,019 17,70 2,00
Insang ikan Jatinengah 1,437 0,706 0,025 71,10 2,00
Insang ikan Ciputri 0,697 0,351 0,018 34,85 2,00
Ekstraksi DNA dengan
thermal lysis
Sirip ikan Jatinengah 0,090 0,059 0,016 6,65 1,72
Sirip ikan Ciputri 0,113 0,077 0,025 4,50 1,69
Insang ikan Jatinengah 0,152 0,096 0,027 7,60 1,81
Insang ikan Ciputri 0,185 0,135 0,062 9,25 1,61
Metode
Efektivitas mendeteksi KHV
Efisiensi waktu Konsentrasi DNA Kemurnian DNA Amplifikasi
Biay
a
Kit ekstraksi
omega (promega)
++ ++ +++ ++ +
Tabel 5. Perbandingan Efektifitas dan Sensitifitas Isolasi DNA
CTAB dengan
phenol
++ ++ ++ ++ ++
Modifikasi CTAB + +++ +++ ++ ++
Ekstraksi DNA
dengan thermal
lysis
+++ + + ++ +++
Keterangan :
+ : Kurang baik
++ : Baik
+++ : Sangat baik
Untuk isolasi DNA pada ikan tersebut,
metode purifikasi yang cocok adalah???
Metode yang sensitif dalam mengisolasi
DNA genom ikan mas adalah metode
modifikasi CTAB karena metode ini mampu
menghasilkan nilai kemurnian dan
konsentrasi DNA tertinggi.
supernatan
Supernatan dlm tabung
+ 50 l 5M NaCl
+ 1 ml etOH absolut
- Kocok dg tangan
- Inkubasi selama 1 jm
- Sentrifugasi 8000 rpm
selama 5 menit
Residu
+ 200 l air destilasi
steril
+ 200 l fenol
+ 200 l kloroform
- Homogenisasi dg
tangan
- Sentrifugasi 8000rpm
selama 10 menit
Supernatan, dimasukkan
dalam tabung
+ 1 ml etOH 70%
- Sentrifugasi 8000 rpm
selama 5 menit
Sisa etOH
+ 50 l TE
- Keringkan 30-60 menit
- Simpan pd suhu 4C sampai
digunakan
50 l Hasil isolasi DNA
- Masukkan ke dlm
tabung
+ 5 l RNAase
(10mg/ml)
- Vortex
- Inkubasi pd suhu 37C
selama 3 jam
+ 200 l air destilasi
steril
+ 200 l fenol
+ 200 l kloroform
Supernatan + 25 l 5M NaCl
+ 500 l etanol absolut dingin
- Inkubasi pada suhu -
20C selama 1 jam
- Sentrifugasi 8000rpm
selama 10 menit
Residu (DNA )
- Simpan pd suhu ruang
sampai digunakan
- Jk di pake pd hari
berikutnya disimpan pd
suhu 4C
+ TE
- Simpan pd suhu ruang
sampai digunakan
- Jk di pake pd hari
berikutnya disimpan pd
suhu 4C
DNA genom diuji dg tehnik
elektroforesis gel agarose 0,8%
dg voltase 70 volt selama 30 menit
Jurnal 4: Isolasi DNA menggunakan
mesin purifikasi DNA
Contoh mesin purifikasi DNA : [Maxwell]16].
Sebanyak 50 mg daging babi segar, daging sapi
segar, dan sosis sapi (sebagai sampel) dipotong-
potong kemudian dimasukkan kedalam well 1 yang
tersedia pada cartridge.
Setiap sampel ditaruh pada cartridgeyang berbeda
(cartridge1 = daging sapi segar; cartridge 2 = daging
babi segar; cartridge 313 = masing-masing sample
sosis sapi berbagai merek).
Contoh mesin purifikasi DNA : [Maxwell]16].
Sebanyak 50 mg daging babi segar, daging sapi
segar, dan sosis sapi (sebagai sampel) dipotong-
potong kemudian dimasukkan kedalam well 1 yang
tersedia pada cartridge.
Setiap sampel ditaruh pada cartridgeyang berbeda
(cartridge1 = daging sapi segar; cartridge 2 = daging
babi segar; cartridge 313 = masing-masing sample
sosis sapi berbagai merek).
Cont
Cartridge yang telah siap diletakkan pada cartidge holder yang tersedia
pada instrument dan seal yang ada pada cartridge dibuka, posisi yang
bergerigi menghadap ke arah depan (yang paling dekat dengan pintu).
Lalu plunger diletakkan pada well 7 dan blue elution tube pada elution
tube slots.
Kemudian elution buffer dimasukkan sebanyak 300 L pada masing-
masing blue elution tube.
Protocol dan tipe sampel dipilih pada Instrument dengan sample type:
DNA dan protocol: cells lalu tekan OK.
Setelah proses running selesai, elution tube dipindahkan ke magnetic
elution tube rack dan elution DNA sampel dipipet ke tube 1,5 mL.
Cartridge sisa pakai dibuang beserta elution tube dan plungers.
Cartridge yang telah siap diletakkan pada cartidge holder yang tersedia
pada instrument dan seal yang ada pada cartridge dibuka, posisi yang
bergerigi menghadap ke arah depan (yang paling dekat dengan pintu).
Lalu plunger diletakkan pada well 7 dan blue elution tube pada elution
tube slots.
Kemudian elution buffer dimasukkan sebanyak 300 L pada masing-
masing blue elution tube.
Protocol dan tipe sampel dipilih pada Instrument dengan sample type:
DNA dan protocol: cells lalu tekan OK.
Setelah proses running selesai, elution tube dipindahkan ke magnetic
elution tube rack dan elution DNA sampel dipipet ke tube 1,5 mL.
Cartridge sisa pakai dibuang beserta elution tube dan plungers.
Tahap 1: Preparasi sampel
Abon digiling di mortar
Tahap 2: Degradasi protein
Sampel ditambah 150 ul air, 200 ul 1x sodium tris
EDTA, 40 ul SDS 10%, 20 ul proteinase K 10 mg/ml.
Homogenkan.
Inkubasi pada suhu 55oC selama 2 jam.
Jurnal 5: Analisis daging tikus pada abon sapi
Tahap 1: Preparasi sampel
Abon digiling di mortar
Tahap 2: Degradasi protein
Sampel ditambah 150 ul air, 200 ul 1x sodium tris
EDTA, 40 ul SDS 10%, 20 ul proteinase K 10 mg/ml.
Homogenkan.
Inkubasi pada suhu 55oC selama 2 jam.
Tahap 3: Degradasi bahan organik
Sampel ditambah 400 ul fenol, 400 ul Ciaa, 40 ul
NaCl 5M.
Aduk rata selama satu menit.
Inkubasi selama 15 menit di suhu ruangan sambil
terus di bolak-balik.
Jurnal 5: Analisis daging tikus pada abon sapi
Tahap 3: Degradasi bahan organik
Sampel ditambah 400 ul fenol, 400 ul Ciaa, 40 ul
NaCl 5M.
Aduk rata selama satu menit.
Inkubasi selama 15 menit di suhu ruangan sambil
terus di bolak-balik.
Tahap 4: Presipitasi DNA
Disentrifugasi pada 12000 rpm selama 5 menit di
suhu 20oC.
Lakukan tahap 2-4 hingga 3 kali pada tiap tiap bagian
DNA dari hasil pemisahan.
Diamkan di suhu ruangan hingga dirasa alkohol
sudah menguap semua, lalu ditambahkan 100 ul Tris
EDTA.
Simpan di suhu -20oC. DNA siap di analisa
Jurnal 5: Analisis daging tikus pada abon sapi
Tahap 4: Presipitasi DNA
Disentrifugasi pada 12000 rpm selama 5 menit di
suhu 20oC.
Lakukan tahap 2-4 hingga 3 kali pada tiap tiap bagian
DNA dari hasil pemisahan.
Diamkan di suhu ruangan hingga dirasa alkohol
sudah menguap semua, lalu ditambahkan 100 ul Tris
EDTA.
Simpan di suhu -20oC. DNA siap di analisa
pertanyaan
Delvina: Purifikasi itu bagian dari ekstraksi atau
bukan? Karna di slide dijelaskan kalau purifikasi itu
termasuk bagian isolasi, tapi di slide yg lain pada
PPT ini dijelaskan sebagai satu kesatuan sendiri.
Jawab: sudah diperjelas dan penyusunan slide
diperbaiki.
Delvina: Purifikasi itu bagian dari ekstraksi atau
bukan? Karna di slide dijelaskan kalau purifikasi itu
termasuk bagian isolasi, tapi di slide yg lain pada
PPT ini dijelaskan sebagai satu kesatuan sendiri.
Jawab: sudah diperjelas dan penyusunan slide
diperbaiki.