LAPORAN PRAKTIKUM

BIOTEKNOLOGI TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

ENZIM AMILASE

KELOMPOK : 19

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN FAKULTAS

JURUSAN MANAGEMENT SUMBER DAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2020
 LAPORAN PRAKTIKUM

BIOTEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

ENZIM AMILASE

KELOMPOK 19

1. Muhammad Nanda Firdaus 205080307111019

2. Moch.Fernanda Rizky 205080307111024

3. Nadila Putri Dwi Kayanti 205080307111003

4. Anggi Ayu Sharahiti 205080307111004

5. Zeni Sartika Hapsari 2005080307111006

6. Eva Fitri Handayani 205080307111010

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2020

i
 DAFTAR ISI

IDENTITAS KELOMPOK........................................................................................................i
DAFTAR ISI........................................................................................................................... ii
BAB I PENGENALAN ALAT.................................................................................................1
1. PENDAHULUAN............................................................................................................. 2
1.1 Latar Belakang......................................................................................................... 2
2. LEMBAR KERJA.............................................................................................................6
2.1 SDS-Page................................................................................................................6
2.1.1 Komponen Alat dan Bahan serta Penjelasan....................................................6
2.1.2 Prosedur Kerja..................................................................................................7
2.1.3 Prinsip Kerja......................................................................................................8
2.2 PCR......................................................................................................................... 9
2.2.1 Komponen Alat dan Bahan serta Penjelasan....................................................9
2.2.2 Prosedur Kerja................................................................................................11
2.2.3 Prinsip Kerja....................................................................................................11
BAB II PENCARIAN DATA BIOINFORMATIK....................................................................13
1. PENDAHULUAN..............................................................................................................14
1.1 Latar Belakang.......................................................................................................14
2. PROSEDUR KERJA.........................................................................................................16
3. LEMBAR KERJA.............................................................................................................. 20
3.1 Tabel Nama Organisme dan Kode Akses Gen.......................................................20
3.2 Data Fasta Gen dan Protein...................................................................................20
BAB III BLAST (BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL)........................................28
1. PENDAHULUAN........................................................................................................... 29
1.1 Latar Belakang.......................................................................................................29
2. PROSEDUR KERJA.....................................................................................................30
3. LEMBAR KERJA...........................................................................................................33
3.1 Hasil BLAST Bakteri...............................................................................................33
a. Screenshot Website Hasil .....................................................................................33
b. Interpretasi Ident dan Query (5 teratas).................................................................33
BAB IV MSA (MULTIPLE ALIGNMENT SEQUENCES)......................................................35
1. PENDAHULUAN........................................................................................................... 36
1.1 Latar Belakang.......................................................................................................36
2. PROSEDUR KERJA.....................................................................................................37
3. LEMBAR KERJA........................................................................................................... 44
3.1 Hasil MAS........................................................................................................... 44
3.2 Interpretasi Hasil MAS...........................................................................................45
3.3 Hasil Phylogenic Tree............................................................................................45

ii
 3.4 Interpretasi Hasil Phylogenic Tree..........................................................................45
BAB V VISUALISASI STRUKTUR PROTEIN.....................................................................47
1. PENDAHULUAN........................................................................................................... 48
1.1 Latar Belakang.......................................................................................................48
2. PROSEDUR KERJA.....................................................................................................49
3. LEMBAR KERJA........................................................................................................... 53
3.1 Pemilihan Template Protein pada Bakteri..............................................................53
3.2 Hasil Visualisasi Protein pada Bakteri....................................................................53
3.3 Hasil Ramachandran Plots.....................................................................................53
3.4 Tabel MolProbity Result.........................................................................................54
3.5 Interpretasi Ramachandran....................................................................................54
DAFTAR PUSTAKA............................................................................................................ 59

iii
 BAB I

PENGENALAN ALAT

KELOMPOK : 19

Kelas : T03

Asisten : Anita Nurmulya Bahari

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERIKANAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

1
 2020

1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan

memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan

perbedaan ukuran. Prinsip elektroforesis adalah migrasi ion-ion di bawah pengaruh

medan listrik. Senyawa-senyawa yang bermuatan listrik akan bergerak ke arah

elektroda yang mempunyai muatan yang berlawanan. Elektroforesis merupakan

metode yang paling banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi

molekuler (Magdeldin, 2012). Salah satu metode sederhana yang digunakan untuk

mengetahui berat molekul suatu protein yaitu menggunakan SDS-Page. SDS-Page

(Sodium Dodesil Sulfat) adalah teknik elektroforesis gel yang menggunakan

poliakrilamida untuk memisahkan protein yang bermuatan berdasarkan berat

molekulnya saja.

Selain molekul protein dengan SDS-PAGE, elektroforesis juga dapat

digunakan untuk DNA. Pada prinsipnya DNA mempunyai muatan negatif dan

mempunyai rasiomuatan/massa yang konstan, sehingga kecepatan migrasi DNA

selama elektroforesis tergantung pada berat molekul DNA tersebut. Grafik log berat

molekul DNA terhadap jarak migrasi untuk kisaran berat molekul tertentu akan

menghasilkan garis lurus. Untuk pemisahan DNA berukuran kecil (< 200 pasang

basa) digunakan gelpoliakrilamida sedangkan untuk pemisahan DNA berukuran

besar digunakan gelagarosa. DNA dalam gel agarosa dapat terlihat dengan

penambahan red gel yang akan berikatan dengan DNA dan akan bersifat

fluorescens dibawah sinar UV. Penambahan loading dye dilakukan bertujuan

sebagai penanda pergerakan DNA dalam gel agarose.

2
A. Komponen Alat Uji Protein (SDS-Page)

Komponen SDS-Page dan komponen pendukung lainnya

SDS-Page merupakan salah satu

teknik elektroforesis gel yang

menggunakan poliakrilamida

untuk memisahkan protein yang

bermuatan berdasarkan berat

SDS-Page
molekulnya saja

Comb berfungsi untuk membentuk

well pada gel agarose

Com

Tray berfungsi untuk untuk

sebagai cetakan gel agarose

Tray

Chamber elektroforesis berfungsi

sebagai medium atau tempat

berlangsungnya proses

elektroforesis

Chamber Elektroforesis

3
 Adaptor Elektroforesis berfungsi

untuk memberi arus saat

proses elektroforesis

Adaptor Elektroforesis

Micropipet berfungsi untuk

mempermudah pengambil larutan

sampel dan larutan uji dengan

skala mikro

Micropipet

Rak ependrof berfungsi

untuk meletakkan tip

Rak Eppendrof

Microtube(eppendrof) berfungsi

sebagai tempat meletakkan

sampel dan larutan uji

Eppendrof

4
 Yellow tip dan blue tip berfungsi

untuk mengambil sampel atau

larutan uji dalam skala mikro

Yellow tip dan

Blue tip

Sebagai alat untuk

mengamplifikasi segmen

DNA pada proses PCR.

PCR

Berfungsi untuk melakukan

elektroforesis atau

mengelektroforasi gel

Electroporator

5
 2. LEMBAR KERJA

2.1 SDS PAGE

2.1.1 Komponen Alat dan Bahan serta Penjelasan

a. Alat yang digunakan

1. Tip berfungsi sebagai wadah atau tempat untuk

menampung cairan/larutan

2. Glass plate berfungsi sebagai pengapit atau pembatas gel

3. Plain glass plate berfungsi sebagai penyangga glass plate

4. Dummy plate berfungsi sebagai tempat untuk menaruh gel

di dalam chamber

5. Electric lead berfungsi sebagai penghubung listrik ke

adaptor

6. Chamber elektroforesis berfungsi sebagai medium atau wadah tempat

berlangsungnya proses elektroforesis dan

sebagai tempat separating gel dan stacking

gel

7. Eppendorf befungsi sebagai tempat cairan atau larutan

sampel yang akan dimasukkan ke dalam

vortex

8. Comb berfungsi untuk membuat well (sumur) pada

gel

9. Micropipet berfungsi untuk mengambil atau

memindahkan suatu sampel larutan dalam

skala mikro

10. Adaptor berfungsi sebagai penghantar arus listrik saat

proses elektroforesis.
6
 b. Bahan yang digunakan

1. Gel agarose sebagai medium tempat bergerak dan

2.1.2 berpisahnya fragmen DNA

2. Larutan ddH2O berfungsi agar konsentrasi endapan DNA yang

dihasilkan cukup tinggi

3. Acrylamide berfungsi sebagai matriks/gel utama SDS-Page

untuk memisahkan protein berdasarkan berat

molekul

4. Tetramethylethylenediamine berfungsi untuk mengkatalisis polimerisasi

(TEMED) akrilamida saat menyiapkan gel untuk

elektroforesis

Prosedur Kerja

Prosedur pertama yang harus dilakukan adalah menyiapkan semua alat dan komponen

yang dibutuhkan untuk metode SDS-Page. Seluruh alat dan komponen harus dalam kondisi

baik dan bersih. Selanjutnya adalah pembuatan stacking gel dan separating gel sesuai

dengan komposisinya. Kemudian siapkan dummy plate yang akan digunakan. Jepit dummy

plate tersebut di kedua sisi mengunakan clips. Lalu masukkan stacking gel yang telah dibuat

ke dalam celah antara kedua glass plate menggunakan micropipet. Kemudian diamkan

selama kurang lebih 30 menit agar gel memadat. Selanjutnya, masukkan separating gel dan

comb ke dalam wadah tersebut untuk membentuk well. Kemudian tuang sampel yang sudah

dipanaskan terlebih dahulu ke dalam wadah tersebut. Selanjutnya, lepaskan clips yang

menjepit dummy plates, lalu pasang dummy plates pada chamber elektroforesis. Chamber

elektroforesis telah ditambahkan aquades terlebih dahulu sebelum dipasangkan dengan

dummy plates. Langkah terakhir adalah

7
 sambungkan chamber elektroforesis dengan electric lead menggunakan adaptor, kemudian

nyalakan untuk memberikan arus listrik.

2.1.3 Prinsip Kerja

Prinsip kerja SDS PAGE meliputi denaturasi awal komponen protein dengan deterjen

anionik.Detergen juga dapat mengikat protein sehingga semua protein memiliki muatan

negatif sebanding dengan berat molekul protein tersebut. Langkah ini dilanjutkan

dengan elektroforesis melalui matriks akrilamida gel berpori yang memisahkan protein

berdasarkan massa molekulnya (Nowakowski et al., 2014). Molekul yang lebih kecil

akan bergerak lebih cepat di dalam gel, sedangkan molekul yang lebih besar akan

bergerak perlahan, membentuk pita di dekat pori-pori dalam gel (Grabski dan Burgess,

2000). Prinsip kerja SDS-PAGE adalah ketika protein dipisahkan oleh elektroforesis

melalui matriks gel dan arus listrik diterapkan, protein dengan molekul yang lebih kecil

bermigrasi lebih cepat, sedangkan protein dengan molekul yang lebih besar terhalang

karena pergerakan yang lebih lambat. Efek lain pada tingkat migrasi didasarkan pada

struktur dan pemuatan protein. SDS adalah deterjen dengan efek denaturasi protein

yang kuat, yang dapat dikombinasikan dengan struktur protein. Dengan adanya SDS

dan zat pereduksi yang memutus ikatan disulfida, protein tampak seperti rantai linier

yang muatan negatifnya sebanding dengan panjang rantai polipeptida.

2.2 PCR

2.2.1 Komponen Alat dan Bahan serta Penjelasan

A. Alat yang digunakan

8
 1. Tip berfungsi sebagai wadah atau tempat untuk
B.
Bahan menampung cairan/larutan
yang
2. Glass plate berfungsi sebagai pengapit atau pembatas

gel

3. Plain glass plate berfungsi sebagai penyangga glass plate

4. Dummy plate berfungsi sebagai tempat untuk menaruh gel

di dalam chamber

5. Electric lead berfungsi sebagai penghubung listrik ke

adaptor

6. Chamber elektroforesis berfungsi sebagai medium atau wadah

tempat berlangsungnya proses elektroforesis

dan sebagai tempat separating gel dan

stacking gel

7. Eppendorf befungsi sebagai tempat cairan atau larutan

sampel yang akan dimasukkan ke dalam

vortex

8. Comb berfungsi untuk membuat well (sumur) pada

gel

9. Micropipet berfungsi untuk mengambil atau

memindahkan suatu sampel larutan dalam

skala mikro

10. Adaptor berfungsi sebagai penghantar arus listrik saat

proses elektroforesis

digunakan

9
 1. Template DNA : berfungsi sebagai sampel DNA yang akan

diamplifikasi

1. 2. PCR buffer : berfungsi untuk menciptakan kondisi yang

optimal untuk aktivitas DNA Taq polymerase

2. 3. Primer : berfungsi sebagai pembatas fragmen DNA

target yang akan diamplifikasi

3. 4. dNTPs : berfungsi sebagai building block DNA yang

diperlukan dalam proses ekstensi DNA

5. Taq DNA polymerase : berfungsi sebagai katalis untuk proses

polimerisasi DNA

2.2.2 Prosedur Kerja

Kunci reaksi PCR membutuhkan polimerase Taq, primer, DNA cetakan dan

nukleotida (komponen DNA). Seluruh bahan digabungkan dalam tabung bersama

dengan kofaktor yang dibutuhkan oleh enzim dan mengalami siklus pemanasan dan

pendinginan berulang untuk memungkinkan amplifikasi DNA.

Langkah kerja PCR dibagi menjadi tiga tahap berikut:

1. Denaturasi / denaturasi (96 ° C): Selama proses denaturasi, panas akan

mempengaruhi untai DNA untuk terpisah menjadi DNA untai tunggal.

2. Anil (55-65 ° C): Pada tahap hubungan ini, suhu anil primer akan melekat dan

terikat pada daerah komplementer dari rangkaian DNA untai tunggal.

3. Perpanjangan / Perpanjangan (72 ° C): Pada suhu ini, Taq polimerase meluas

membentuk untai DNA baru.

2.2.3 Prinsip Kerja

Prinsip teknologi PCR adalah menghubungkan deoksiribonukleotida trifosfat

(dNTPs) dalam reaksi termal, sehingga memperbanyak bagian tertentu dengan DNA

10
polimerase, yang dimulai dengan perlekatan primer (Raven dan Johson, 2002).

Proses PCR melibatkan beberapa tahapan, yaitu: (1) pra-denaturasi DNA template;

(2) denaturasi DNA template; (3) menempelkan primer pada template (annealing);

(4) ekstensi awal (ekstensi) dan (5) Memperkuat (memperpanjang) (Handoyo,

2000)Prinsip dasar PCR adalah memperkuat urutan DNA tertentu menjadi dua

salinan, lalu memperkuat menjadi empat salinan, dan seterusnya. Reproduksi ini

membutuhkan enzim khusus yang disebut polimerase. (Moch . Irfan Hadi, et al.

2020).

11
 BAB II

Pencarian Data Bioinformatika

Kelompok : 19

Kelas : T03

Asisten : Anita Nurmulya Bahari

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERIKANAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

12
 2020

1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Data pada Bioinformatik dapat sekaligus digunakan untuk menganalisis pada

tingkatan gene maupun tingkatan produk ekspresinya. Beberapa data gene dan protein

dapat dilihat pada beberapa laman online yang gratis. Sudah menjadi kesepakatan

bersama bahwa sebagian besar data-data sekuen biologi bersifat terbuka dan dapat

diakses oleh semua kalangan. Data-data sekuens tersebut dihimpun dalam suatu

database yang dapat diakses secara online. Saat ini, terdapat tiga situs penyedia databse

sekuen molekular yang tergabung dalam INSDC (International Nucleotide Sequence

Database Collaboration), yaitu GenBank pada NCBI (National Center Biotechnology

Information-USA), EMBL- Bank (European Molecular Biology Laboratory) pada EBI

(Europe Bioinformatic Institute-England), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan) pada CIB

(Center for Information Biology-Jepang). Ketiga situs tersebut bertukar data setiap hari

sehingga database ketiganya relatif serupa. Perbedaan ketiganya hanya format tampilan

data.

Khusus untuk sekuen protein, database dapat diakses melalui situs Expasy

(Expert protein analysis). Situs ini menyediakan berbagai macam program untuk

mendapatkan informasi mengenai protein, salah satunya adalah SWISS-PROT protein

sequence database. SWISS-PROT sendiri didukung oleh SIB (Swiss Institute of

Bioinformatic) dan EBI (Europe Bioinformatic Institute). Expasy juga menyediakan tautan

ke GenBank, EMBL, dan DDBJ.Data sekuen nukleotida yang ada di database biasanya

diperoleh dari para peneliti, baik yang tergabung dalam konsorsium ataupun individual. Meskipun

13
data tersebut di cek (integeritas dan kesalahan) oleh staf database repository, kualitas data tetap

menjadi tanggung jawab peneliti (author) yang menyerahkan data tersebut. Data sekuen yang

disumbangakan ke GenBank diusahakan tetap sesuai dengan aslinya. Tidak jarang terdapat

kesalahan data seperti adanya kontaminasi sekuen lain, tidak lengkap, salah penandaan ataupun

kesalahan sekuensing. Selain itu, data yang sama/sejenis mungkin muncul lebih dari sekali

(redundant) yang berasal dari para peneliti yang berlainan. Oleh karena itu, disarankan untuk tidak

terpaku pada informasi hanya dari sebuah sekuen saja, namun juga perlu dilihat informasi

keseluruhan sekuen yang ada di dalam database dan mengambil kesimpulan dari informasi yang

disajikan sekuen- sekuen tersebut.

14
 2. PROSEDUR KERJA

Praktikum Pengantar Bioteknologi materi Pencarian Data Bioinformatik prosedur kerja

yang dilakukan adalah sebagai berikut :

1. Pada praktikum Bioteknologi langkah awal yang harus dilakukan untuk mendapatkan

data informatic yaitu dengan membuka web ncbi https://www.ncbi.nlm.nih.gov

2. Langkah sselanjutnya yaitu klik all database dan pilih menu Gene untuk pencarian G

15
3. Masukkan gen enzim yang dicari kemudian klik Search

4. Filter pencarian data berdasarkan organisme dengan memilih menu Advence kemudian

akan muncul tampilan seperti berikut

anceKlik FASTA pada hasil pencarian untuk menampilkan data FASTA

enzim

16
5. Klik fasta pada hasil pencarian untuk menampilkan data fasta enzim

6. Masukkan data fasta yang sudah didapat pada lembar kerja praktikum

17
7. Dengan memasukkan data fasta di kolom, lalu klik translate, maka data gen fasta akan diubah

menjadi protein di Web https://web.expasy.org/translate/

8. Hasil terjemahan dari gen ke protein adalah sebagai berikut

18
 3. LEMBAR KERJA

3.1 Tabel Nama Organisme dan Kode Akses Gen

NO. Sumber Nama Organisme Nomor Akses Gen

1 Bakteri Staphylococcus aureus 16643079

948088
2 Bakteri Escherichia coli

3031010
3 Bakteri Bacillus licheniformis

4 Bakteri Bacillus pseudomycoides 34213689

3.2 Data FASTA Gen dan Protein

Nama Organisme : Staphylococcus aureus

Kode Akses Gen : SAAG_01419 ID: 16643079

19
ATGAATAAGCAATGGTGGAAAGAAGCAGTAGCATATCAAGTATATCCAAGAAGTTTTAATGATAGTAATC

ACGATGGTATTGGGGATTTACCTGGAATGATTGATAAATTGGACTACTTAAAAGATTTCGGTATCGATGT

CATTTGGCTCAGTCCAATGTTTAAATCACCTAATGATGACAATGGTTATGATATTAGTGACTACCAAGAG

ATTATGGATGAATTTGGAACGATGGAAGACTTTGATCGTTTATTAAAAGGTGTTCATGATAGAGGCATGA

AGCTTATTTTAGATTTAGTTGTAAATCATACATCTGATGAACATCCTTGGTTTATAGAATCCAAATCTAG

TAAAGACAATCCCAAACGTGATTGGTACATTTGGCAAGATCCAAAGCCAGATGGCTCTGAACCTAACAAC

TGGGAAAGTATATTTAATGGATCTACATGGGAATATGATGCTAATACTGAGCAATATTATTTCCATTTAT

TCAGTAAAAAACAACCTGATTTGAATTGGGGTAATCCGGAAGTTAGAGATGCTGTATTTGAAATGATGAA

CTGGTGGTTTGATAAAGGCATTGATGGATTTAGAGTAGATGCAATTACGCATATTAAGAAGACGTTTGAA

GCGGGTGACTTACCTGTACCTGAGGGTAAAACATATGCCCCAGCATTTGATGTAGATATGAATCAGCCAG

GTATACAAACTTGGTTACAAGAGATGAAAGATCGCTCATTAAGTAAGTATGACATTATGACTGTTGGTGA

AGCGAATGGTGTAAGCCCTGATGATGCTGATGACTGGGTCGGGGAAGAAAATGGTAAATTTAATATGATA

TTCCAATTTGAACATTTGGGACTGTGGAATAGTGGTGATTCTCACTTTGATGTAAATTCGTATAAATCTG

TATTAAATAGATGGCAAAAACAACTTGAAAATAAAGGTTGGAATGCGTTGTTTATTGAAAATCACGACCA

ACCACGACGTGTATCGACGTGGGGTGACGATGACAAGTATTGGTATGAATCAGCAACAAGTCATGCAGCT

GTTTATTTCTTGCAACAAGGTACGCCATTCATTTATCAAGGTCAAGAAATTGGTATGACGAATTATCCAT

TTGAAAGTATTGAAACGTTTAACGATGTTGCTGTTAAAAATGACTATCAAATAGTGAAAGCTCAAGGTGG

AGATGTAGACGCTTTACTTGCGAAATATAAAGATGAGAACCGAGATAATTCTCGCACACCAATGCAATGG

GATGATACGTTAAATGGAGGATTTACAAATGGTGAACCGTGGTTCCCAGTGAATCCGAATTATAAAACTA

TCAATGTTGCACAACAATTAGAAGATGAGCATTCAGTATTACAATTTTATAAAGATTTAATTCAATTAAG

AAAGTCTAATGATGTATACGTATATGGTCAATTTGATTTAGTAGATGCTGAAAATTCACAAGTTTTTGCG

TACACGAGAACATTAAATGAAAAGCAAGTTCTTATTGTAGGTAATCTTACTAACCACGAAGCAGAATTAA

CTGTACCATTTGATTTAAGCCATGGAGAAGTAAAGCTATTTAATTATGATGCCAAAGTTAATTTAAAACA

GTTACGTCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAA

20
Nama Organisme : Escherichia coli

Kode Akses Gen : malS ID: 948088

21
ATGAAACTCGCCGCCTGTTTTCTGACACTCCTTCCTGGCTTCGCCGTTGCCGCCAGCTGGACTTCTCCGG
GGTTTCCCGCCTTTAGCGAACAGGGGACAGGAACATTTGTCAGCCACGCGCAGTTGCCCAAAGGTACGC
G
TCCACTAACGCTAAATTTTGACCAACAGTGCTGGCAGCCTGCGGATGCGATAAAACTCAATCAGATGCTT
TCCCTGCAACCTTGTAGCAACACGCCGCCTCAATGGCGATTGTTCAGGGACGGCGAATATACGCTGCAA
A
TAGACACCCGCTCCGGTACGCCAACATTGATGATTTCCATCCAGAACGCCGCCGAACCGGTAGCAAGCC
T
GGTCCGTGAATGCCCGAAATGGGATGGATTACCGCTCACAGTGGATGTCAGCGCCACTTTCCCGGAAGG
A
GCCGCCGTACGGGATTATTACAGCCAGCAAATTGCGATAGTGAAGAACGGTCAAATAATGTTACAACCCG
CTGCCACCAGCAACGGTTTACTCCTGCTGGAACGGGCAGAAACTGACACATCCGCCCCTTTCGACTGGC
A
TAACGCCACGGTTTACTTTGTGCTGACAGATCGTTTCGAAAACGGCGATCCCAGTAATGACCAGAGTTAC
GGACGTCATAAAGACGGTATGGCGGAAATTGGCACTTTTCACGGCGGCGATTTACGCGGCCTGACCAAC
A
AACTGGATTACCTCCAGCAGTTGGGCGTTAATGCTTTATGGATAAGCGCCCCATTTGAGCAAATTCACGG
CTGGGTCGGCGGCGGTACAAAAGGCGATTTCCCGCATTATGCCTACCACGGTTATTACACACAGGACTG
G
ACGAATCTTGATGCCAATATGGGCAACGAAGCCGATCTACGGACGCTGGTTGATAGCGCACATCAGCGC
G
GTATTCGTATTCTCTTTGATGTCGTGATGAACCACACCGGCTATGCCACGCTGGCGGATATGCAGGAGTA
TCAGTTTGGCGCGTTATATCTTTCTGGTGACGAAGTGAAAAAATCGCTGGGTGAACGCTGGAGCGACTGG
AAACCTGCCGCCGGGCAAACCTGGCATAGCTTTAACGATTACATTAATTTCAGCGACAAAACAGGCTGGG
ATAAATGGTGGGGAAAAAACTGGATCAGAACGGATATCGGCGATTACGACAATCCTGGATTCGACGATCT
CACTATGTCGCTAGCCTTTTTGCCGGATATCAAAACCGAATCAACTACCGCTTCTGGTCTGCCGGTGTTC
TATAAAAACAAAATGGATACCCACGCCAAAGCCATTGACGGCTATACGCCGCGCGATTACTTAACCCACT
GGTTAAGTCAGTGGGTCCGCGACTATGGGATTGATGGTTTTCGGGTCGATACCGCCAAACATGTTGAGTT
GCCCGCCTGGCAGCAACTGAAAACCGAAGCCAGCGCCGCGCTTCGCGAATGGAAAAAAGCTAACCCCG
AC
AAAGCATTAGATGACAAACCTTTCTGGATGACCGGTGAAGCCTGGGGCCACGGCGTGATGCAAAGTGAC
T
ACTATCGCCACGGCTTCGATGCGATGATCAATTTCGATTATCAGGAGCAGGCGGCGAAAGCAGTCGACT
G
TCTGGCGCAGATGGATACGACCTGGCAGCAAATGGCGGAGAAATTGCAGGGTTTCAACGTGTTGAGCTA
C
CTCTCGTCGCATGATACCCGCCTGTTCCGTGAAGGGGGCGACAAAGCAGCAGAGTTATTACTATTAGCG
C
CAGGCGCGGTACAAATCTTTTATGGTGATGAATCCTCGCGTCCGTTCGGTCCTACAGGTTCTGATCCGCT
GCAAGGTACACGTTCGGATATGAACTGGCAGGATGTTAGCGGTAAATCTGCCGCCAGCGTCGCGCACTG
G
CAGAAAATCAGCCAGTTCCGCGCCCGCCATCCCGCAATTGGCGCGGGCAAACAAACGACACTTTTGCTG
A
AGCAGGGCTACGGCTTTGTTCGTGAGCATGGCGACGATAAAGTGCTGGTCGTCTGGGCAGGGCAACAGT
A
A

22
23
 Nama Organisme : Bacillus licheniformis

Kode Akses Gen : amyS ID: 3031010

ATGAAACAACAAAAACGGCTTTACGCCCGATTGCTGCCGCTGTTATTTGCGCTCATCT
TCTTGCTGCCTC
ATTCTGCAGCAGCGGCGGCAAATCTTAAAGGGACGCTGATGCAGTATTTTGAATGGT
ACATGCCCAATGA
CGGCCAACATTGGAAGCGCTTGCAAAACGACTCGGCATATTTGGCTGAACACGGTAT
TACTGCCGTCTGG
ATTCCCCCGGCATATAAGGGAACGAGCCAAGCGGATGTGGGCTACGGTGCTTACGA
CCTTTATGATTTAG
GGGAGTTTCATCAAAAAGGGACGGTTCGGACAAAGTACGGCACAAAAGGAGAGCTG
CAATCTGCGATCAA
AAGTCTTCATTCCCGCGACATTAACGTTTACGGGGATGTGGTCATCAACCACAAAGG
CGGCGCTGATGCG
ACCGAAGATGTAACCGCGGTTGAAGTCGATCCCGCTGACCGCAACCGCGTAATTTCA
GGAGAACACCGAA
TTAAAGCCTGGACACATTTTCATTTTCCGGGGCGCGGCAGCACATACAGCGATTTTAA
ATGGCATTGGTA
CCATTTTGACGGAACCGATTGGGACGAGTCCCGAAAGCTGAACCGCATCTATAAGTT
TCAAGGAAAGGCT
TGGGATTGGGAAGTTTCCAATGAAAACGGCAACTATGATTATTTGATGTATGCCGACA
TCGATTATGACC
ATCCTGATGTCGCAGCAGAAATTAAGAGATGGGGCACTTGGTATGCCAATGAACTGC
AATTGGACGGTTT
CCGTCTTGATGCTGTCAAACACATTAAATTTTCTTTTTTGCGGGATTGGGTTAATCATG
TCAGGGAAAAA
ACGGGGAAGGAAATGTTTACGGTAGCTGAATATTGGCAGAATGACTTGGGCGCGCT
GGAAAACTATTTGA
ACAAAACAAATTTTAATCATTCAGTGTTTGACGTGCCGCTTCATTATCAGTTCCATGCT
GCATCGACACA
GGGAGGCGGCTATGATATGAGGAAATTGCTGAACGGTACGGTCGTTTCCAAGCATCC
GTTGAAAGCGGTT
ACATTTGTCGATAACCATGATACACAGCCGGGGCAATCGCTTGAGTCGACTGTCCAA
ACATGGTTTAAGC
CGCTTGCTTACGCTTTTATTCTCACAAGGGAATCTGGATACCCTCAGGTTTTCTACGG
GGATATGTACGG
GACGAAAGGAGACTCCCAGCGCGAAATTCCTGCCTTGAAACACAAAATTGAACCGAT
CTTAAAAGCGAGA
AAACAGTATGCGTACGGAGCACAGCATGATTATTTCGACCACCATGACATTGTCGGC
TGGACAAGGGAAG
GCGACAGCTCGGTTGCAAATTCAGGTTTGGCGGCATTAATAACAGACGGACCCGGT
GGGGCAAAGCGAAT
GTATGTCGGCCGGCAAAACGCCGGTGAGACATGGCATGACATTACCGGAAACCGTT
CGGAGCCGGTTGTC
ATCAATTCGGAAGGCTGGGGAGAGTTTCACGTAAACGGCGGGTCGGTTTCAATTTAT
GTTCAAAGATAG

24
 Nama Organisme : Bacillus pseudomycoides

Kode Akses Gen : spoII ID: 34213689

ATGAAAAATCAGTTTCAATATTGTTGTATTGTCATTTTGTCTGTAGTGATGTTATTTGTA
TCATTATTAA
TTCCGCAAGCGAGTTCGGCAGCTGTAAATGGAAAAGGAATGAATCCAGATTACAAAG
CATATTTAATGGC
GCCATTAAAAAAGATACCGGAAGTAACAAATTGGGAGACATTTGAAAATGATTTACGA
TGGGCAAAACAA
AATGGTTTTTATGCTATTACAGTTGATTTTTGGTGGGGGGATATGGAAAAGAACGGAG
ATCAGCAATTTG
ATTTTTCATACGCACAGCGCTTTGCTCAATCGGTAAAAAATGCAGGTATGAAAATGAT
TCCTATTATTTC
CACACATCAGTGCGGTGGAAATGTTGGGGATGATTGCAATGTACCAATTCCTTCATG
GGTTTGGAATCAA
AAATCCGATGATAGCCTTTATTTTAAGTCTGAAACAGGAACTGTCAATAAAGAAACATT
AAATCCACTTG
CTTCAGATGTAATTCGAAAGGAATATGGTGAACTATATACAGCATTCGCAGCAGCTAT
GAAACCATATAA
AGATGTAATCGCAAAAATATATTTATCTGGAGGACCAGCTGGTGAACTAAGATATCCT
TCATATACAACT
TCCGATGGGACAGGATATCCCTCACGTGGAAAGTTTCAAGCGTATACAGAGTTTGCA
AAATCTAAATTTC
GTTTATGGGTATTAAATAAATATGGTTCTCTAAATGAAGTGAATAAAGCATGGGGCAC
GAAACTGATTTC
AGAGTTAGCCATTTTACCACCAAGCGATGGGGAACAATTCTTAATGAATGGATATCTT
TCTATGTATGGA

25
AAAGACTATTTAGAATGGTATCAGGGCATCTTGGAAAATCATACAAAATTAATTGGTG
AATTAGCACATA
ATGCATTTGACACAACTTTCCAAGTACCAATTGGTGCAAAAATTGCAGGCGTACATTG
GCAATATAATAA
CCCAACAATACCTCATGGAGCTGAAAAGCCTGCAGGGTATAATGATTATAGCCATTTA
CTTGATGCTTTC
AAAAGTGCAAAGCTAGATGTAACATTTACTTGTTTAGAAATGACAGATAAAGGTAGTTA
TCCGGAATATT
CAATGCCAAAAACATTGGTACAAAATATTGCAACATTAGCCAATGAAAAGGGAATTGT
ATTAAACGGTGA
AAATGCTTTAAGTATCGGAAATGAAGAAGAGTATAAAAGAGTTGCAGAAATGGCTTTC
AATTATAATTTT
GCTGGATTTACGTTACTTCGTTATCAAGATGTAATGTATAACAATTCATTAATGGGGAA
ATTTAAAGATT
TATTAGGTGTAACCCCTGTTATGCAAACGATTGTAGTAAAAAATGTTCCTACAACAATA
GGAGATACTGT
TTATATTACTGGGAATCGTGCGGAATTAGGAAGTTGGGACACAAAACAGTATCCAATT
CAATTATATTAT
GATTCTCATAGTAATGATTGGAGAGGAAATGTTGTGTTGCCAGCTGAAAGAAATATAG
AATTTAAAGCAT
TTATTAAAAGTAAAGATGGAACGGTTAAATCATGGCAAACAATACAACAAAGTTGGAA
TCCAGTGCCACT
AAAGACTACCTCTCATACAAGTAGTTGGTAA

26
 BAB III

BLAST (BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL)

Kelompok : 19

Kelas : T03

Asisten : Anita Nurmulya Bahari

TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN FAKULTAS

PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2020

27
 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

NCBI merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan

dan bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-

penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi.

Disamping data base, NCBI juga menyediakan berbagai macam software untuk

analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve doamain dan lain

sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature

khususnya dib dang kesehatan yang terlengkap dan di acu oleh para peneliti didunia.

Sekuen yang diperoleh dari hasil penelitian di laboratorium dapat dianalisis

dengan data serupa yang telah dipublikasikan sebelumnya di gen bank. Salah satu

bentuk analisis yang dapat dilakukan misalnya adalah analisis penyejajaran. Analisis

penyejajaran dapat digunakan untuk membandingkan dua sekuen atau lebih.

Program yang digunakan untuk analisis penyejajaran yaitu program BLAST (Basic

Local Allignment Search Tools). Program ini dapat diakses melalui website National

Center for Biotechnology Information at The National Library of Medicine in

Washington, DC (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) Peneliti menemukan sekuens,

dan dia tidak tau kekerabatanya salah satu cara untuk mengetahui adalah dengan

teknik BLAST.

28
 2. PROSEDUR KERJA

Praktikum Bioteknologi materi BLAST yang akan dilakukan adalah sebagai berikut :

1. Prosedur kerja pada praktikum Bioteknologi materi BLAST (Basic Local

Allignment Search Tools) yang pertama yaitu buka halaman

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2. Selanjutnya klik menu BLAST disebelah kanan

29
3. Pilih menu BLAST untuk protein/nukleotida

4. Kemudian masukkan data protein/nukleotida yang dalam bentuk FASTA

dengan copy paste

5. Klik BLAST pada bagian bawah web page

30
6. Data BLAST akan muncul sebagai berikut

7. Interpretasi 5 data teratas yang didapatkan

Query cover : Penelitian yang telah dilakukan pada organisme tersebut

Ident : Kemiripan pada organisme tersebut

3. LEMBAR KERJA

3.1 Hasil BLAST

a. Screenshot Website Hasil

31
 b. Interpretasi Ident dan Query (5 Teratas )

Berdasarkan hasil praktikum pada program BLAST, diperoleh data query cover dan

indent lima teratas adalah dari genus Staphylococcus. Diperoleh juga data dari

spesies Staphylococcus aureus yang sama. Pada tabel lima teratas memiliki nilai

query cover 100% yang artinya setiap bagian tersebut telah diteliti. Untik nilai indent

diperoleh hasil yang sama yaitu 100%, yang artinya spesies tersebut memiliki

kemiripan terhadapan spesies lain yang telah diteliti.

Staphylococcus aureus merupakan bakteri komensal dan juga pathogen

untuk tubuh manusia. Sekitar 30% populasi manusia terinfeksi bakteri ini

(Tong,2015). Staphylococcus aureus merupakan penyebab Infective Endocarditis

(IE) yaitu ketika lapisan jantung yang berhubungan dengan darah yang disebut

endocardium terdapat bakteri sehingga menimbulkan kerusakan pada lapisan

jantung tersebut (Tong, 2015)

32
Kelompok : 19

Kelas : T03

Asisten : Anita Nurmulya Bahari

BAB IV
MAS (MULTIPLE ALIGNMENT SEQUENCE)

33
 TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN FAKULTAS

PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2020

1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

MAS merupakan usaha penjajaran (alignment) lebih dari satu sekuen.

Berhubungan dengan penentuan hipotesis terhadap beberapa sekuen, yaitu

seberapa besar perubahan (evolusi) dari sekuen tersebut yang terjadi melalui proses

substitusi, delesi, dan insersi pada residu-residu sekuen tersebut. MSA berupa

kumpulan 3 atau lebih sequence yang disejajarkan sehingga membentuk matrik

persegi panjang. MSA berfungsi untuk membantu menemukan struktur dan

karakteristik protein atau DNA, selain itu juga berfungsi untuk menemukan sequence

leluhur (sequence consensus). Ada banyak metode yang dapat digunakan untuk

MAS, salah satunya adalah metode MAFFT (Multiple Alignment Fast Fourier

Transform). Selain itu, ada juga software UGENE yang merupakan software

34
 bioinformatika yang bersifat open source dan didevelop oleh perusahaan IT Rusia

bernama Unipro. Berikut metode MAS menggunakan laman MAFFT (Multiple

Alignment Fast Fourier Transform) yang juga digunakan dalam praktikum ini.

2. PROSEDUR KERJA

Praktikum Pengantar Bioteknologi materi MAS prosedur kerja yang dilakukan adalah

sebagai berikut :

1. Menyiapkan fasta gen dari tiap-tiap organisme bakteri yang telah didapatkan dari

laman https://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Buka link https://mafft.cbrc.jp/ dan pada layar

akan muncul tampilan seperti dibawah:

35
 2. Pilih menu online version

3. Masukkan seluruh fasta beserta nama organisme bakteri (spesies) kedalam kolom input

4. Salin fasta organisme bakteri yang didapatkan.

36
5. Setelah itu tekan submit

37
6. Akan muncul tampilan seperti berikut. Terdapat tanda “-“ dalam baris sekuens yang

sudah disejajarkan. Tanda itu, mengartikan bahwa sekuens tersebut memiliki karakter

yang identic maupun sama

7. Untuk melihat secara detail sekuen yang telah disejajarkan, tekan view

38
 8. Akan muncul tampilan seperti berikut. Tekan pada menu Start MSAViewer in this

window

9. Detil sekuen yang sudah disejajarkan akan muncul sebagai berikut.

10. Untuk melihat kekerabatan antara sekuen sekuen organisme bakteri, tekan Phylogenetic

39
Tree

11. Tekan Go!

40
12. Tekan view tree on phylo

13. Tampilan pohon kekerabatan antar sekuen akan mucul sebagai berikut

41
3. LEMBAR KERJA

42
3.1 Screenshoot Hasil MAS

3.2 Interpretasi Hasil MAS

Berdasarkan hasil pada program MAS, hasil yang diperoleh pada data

menunjukkan terdapat warna-warna yang menginterpretasikan asam amino. Warma-

warna tersebut mengidentifikasikan sifat-sifat asam amino. Analisis yang didapat dari

MSA viewer tersebut menunjukkan bahwa dari keempat organisme bakteri dengan

spesies yang berbeda memiliki kekerabatan yang cukup dekat. Misalnya pada asam

amino ke 0-5 di mana keempat organisme tersebut memiliki asam amino yang sama

dan terletak pada ukuran yang sama. Tetapi, ada beberapa asam amino pada

spesies-spesies tersebut yang tidak sama letaknya, sehingga memungkinkan

spesies-spesies dari bakteri tersebut tidak memiliki hubungan kekerabatan yang

terlalu dekat.

3.3 Screenshoot Hasil Pohon Phylogenic

43
 3.4 Interpretasi Hasil Pohon Phylogenic

Berdasarkan data ini menunjukkan bahwa spesies Staphylococcus aureus

memiliki kekerabatan lebih dekat dengan spesies Escherichia coli dibandingkan

dengan spesies Staphylococcus aureus dengan spesies Bacillus pseudomycoides.

Hal ini dibuktikan dengan jarak garis yang menunjukkan Staphylococcus aureus

dengan garis yang menunjuk Escherichia coli terbilang dekat. Kekerabatan terjauh

diperlihatkan pada spesies Bacillus pseudomycoides dengan spesies Bacillus

licheniformis dikarenakan memiliki garis yang jauh.

Sekuens DNA yang diperoleh dianalisis penjajaran mengunakan software

alignment.Untuk mengetahui kekerabatan digunakan analisis kekerabatan (filogeni)

berdasarkan multiple sequence alignment (MSA) dengan 20 sekuen gen rRNA 16S

yang memiliki cakupan penjajaran (query cover) minimal 60 % dan kemiripan

sekuennya (Identity) minimal 70%. Rekonstruksi pohon filogeni yang terbentuk dari

analisa tersebut yaitu Nighbour Joining berdasarkan jarak Juke-Cantor (Aisyah dkk.,

2017)

BAB V

VISUALISASI STRUKTUR PROTEIN

Kelompok : 19

Kelas : TO3

Asisten : Anita Nurmulya Bahari

44
 PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERIKANAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2020

1. PENDAHULUAN

1.2 1.1 Latar Belakang

Dua asam amino yang berikatan akan membentuk ikatan peptida, yaitu ikatan

yang menghubungkan kelompok karboksil pada asam amino pertama dengan

kelompok amina pada asam amino kedua. Asam amino ini nantinya akan tersusun

secara linier yang membentuk struktur primer protein. Susunan asam amino tersebut

merupakan susunan unik yang menentukan sifat dasar dari berbagai protein dan

secara umum menentukan bentuk struktur sekunder dan tersier. Kemudian terjadi

lipatan akibat dari kekuatan tarik menarik antar-asam amino yang membuat bentuk

45
struktur sekunder. Struktur tersier terbentuk dari berbagai macam struktur sekunder.

Bagian bentuk sekunder ini dihubungkan dengan ikatan hidrogen, ikatan garam,

interaksi hidrofobik, dan ikatan disulfide. Maksud dari praktikum Bioteknologi Hasil

Perikanan Modern materi Visualisasi Struktur Protein adalah agar mengetahui

menvisualisasikan protein dengan menggunakan swiss-model. Tujuan dari praktikum

Bioteknologi Hasil Perikanan materi Visualisasi Struktur Protein adalah agar dapat

menerapkan visualisasi protein dengan menggunakan swiss-model.

2. PROSEDUR KERJA

Praktikum Pengantar Bioteknologi materi Visualisasi Struktur Protein menggunakan

NCBI prosedur kerja yang dilakukan adalah sebagai berikut

1. Masuk ke halaman http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

46
2. Selanjutnya pada all database dipilih protein dan masukan nama enzim

3. Pilih salah satu dari database enzim

47
4. Klik FASTA maka akan muncul tampilan sebagai berikut

48
5. Selanjutnya copy FASTA dan masuk ke halaman

http://swissmodel.expasy.orgkemudian klik start modelling

6.Selanjutnya paste FASTA pada kotak target sequence

49
7. Kemudian akan muncul tampilan seperti berikut dan klik search for template

8. Selanjutnya akan didapatkan visualisasi struktur protein sebagai berikut

50
9. Untuk mengetahui hasil ramachandran, silahkan klik structure assessment

10. Screenshoot hasil ramachandran plots dan tabel MolProbity Results

51
 3. LEMBAR KERJA

3.1 Screenshoot Pemilihan Template Protein

3.2 Screenshoot Hasil Visualisasi Struktur Protein

52
3.3 Screenshoot Hasil Ramachandran Plots

3.4 Screenshot Tabel MolProbity Result

53
 3.5 Interpretasi Ramachandran

Ramachandran digunakan untuk memvisualisasikan koordinat tiga dimensi protein yang

telah ditentukan melalui eksperimen ke dalam koordinat internal. Melalui Ramachandran

dapat diketahui suatu struktur protein mempunyai kualitas yang baik atau tidak (Arry,

2011) Plot Ramachandran memberikan representasi grafis dua dimensi sederhana dari

semua struktur protein yang mungkin dalam hal sudut torsi. Konformasi polipeptida

ditentukan oleh nilai phi dan psi. Sebagian besar nilai phi dan psi tidak diperbolehkan

karena interferensi sterik antara atom yang tidak terikat. Oleh karena itu, sebagian besar

area plot Ramachandran mewakili konformasi rantai polipeptida yang tidak

diperbolehkan secara sterik karena tumbukan sterik antara rantai samping dan rantai

utama.( Kumar. 2019 )

Berdasarkan tabel ramanchandran yang disajikan diatas, dapat dilihat bahwa spesies

bakteri escherichia coli memiliki presentase sebesar 86,99%, angka ini mengindikasikan

besar kemiripan hasil visualisasi protein yang mirip dengan aslinya. Besar presentase

pada ramachandran favoured yang semakin mendekati 100% dapat diartikan bahwa

kemiripannya sangat baik dengan aslinya. Dari data, dapat dilihat bahwa sebesar

13,01% visualisasi yang tercantum tidak mirip dengan aslinya

54
 DAFTAR PUSTAKA

Arry. ( 2011). A Review on Phylogenetic Analysis: A Journey through Modern Era. Journal

Computational Molecular Bioscience

Kumar, 2019 Ramachandran plot- A simplified approach

Aisyah., Mursyidin, D.H., Nur, H.S., Badruzsaufari. (2017). IDENTIFIKASI BAKTERI

PEREDUKSI KROMIUM DARI TANAH SERPENTIN. BIOSCIENTIAE. 14(1): 16-24

Dwi Pujiastuti.(2019). Lebih Kenal Dengan SDS PAGE. Artikel Sains FPK UNAIR.

Machsun dan Enny Zulaika.(2017). Profil Protein Bakteri Ureolitik. Jurnal Sains dan Seni

ITS. 6(2): 2337-3520.

Moch . Irfan Hadi, et al.( 2020). Diversitas Kelelawar Di Kawasan Karst Malang Selatan

Serta Potensinya Sebagai Vektor Zoonogis. Sidoarjo: Zifatama Jawara.

Narita, V; Arum; Arif, L; M, Siti, I; & Fawzya, Nuri, Y. (2012). Analisis Bioinformatika Berbasis

WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens. Jurnal

AL-AZHAR INDONESIA SERI SAINS DAN TEKNOLOGI, 1(4), 197-202.

Tong, Steven Y.C., Joshua S. Davis, Emily E., Thomas L. Holland & Vance G. F.Jr. (2015).

Staphylococcus Aureus Infection: Epidemiology, Phatophysiologi, Clinical Manifestation, and

Management. Clinical Microbiology Review.28(3):603-661.

Yustinadewi, et al.(2018). TEKNIK PERENCANGAN PRIMER UNTUK SEKUEN GEN MDR-

1 VARIAN 1199 PADA SAMPEL BUFFY COAT PASIEN ANAK DENGAN LLA.

Jurnal Metamorfosa Universitas Udayana. 5(1): 105-111.

55
56