1. BIOKIMIA PENDAHULUAN
Definsi Biokimia
Biokimia adalah ilmu yang menghubungkan, bahkan sebagai perekat
antara disiplin ilmu biologi dan kimia yang memanfaatkan Hukum-hukum
Fisika dan Kimia untuk menjelaskan proses kehidupan1. Biokimia
mempelajari proses kehidupan yang dimulai dari sel, karena sel adalah
satuan terkecil dari kehidupan. Sel sebagai satuan terkecil kehidupan
mmeiliki struktur dan organisasi yang unik. Keunikan sel itulah yang akan
dijelaskan oleh biokimia berdasarkan kaidah-kaidah biologi dan kimia.
Secara simultan, Biokimia mempelajari aspek biologi dan kimiawi
senyawa-senyawa penyusun sel.
Biokimia adalah ilmu yang menghubungkan, bahkan sebagai perekat
antara disiplin ilmu biologi dan kimia yang memanfaatkan Hukum-hukum
Fisika dan Kimia untuk menjelaskan proses kehidupan. Biokimia
mempelajari proses kehidupan yang dimulai dari sel, karena sel adalah
satuan terkecil dari kehidupan. Sel sebagai satuan terkecil kehidupan
mmeiliki struktur dan organisasi yang unik. Keunikan sel itulah yang akan
dijelaskan oleh biokimia berdasarkan kaidah-kaidah biologi dan kimia.
Secara simultan, Biokimia mempelajari aspek biologi dan kimiawi
senyawa-senyawa penyusun sel.
Sejarah perkembangan Biokimia mulai dikemukakan oleh Karl Neuberg
(1903) ahli kimia Jerman dan sekitar pertengahan abad XVIII Karl
Wilhelm Scheele ahli kimia swedia telah melakukan penelitian mengenai
susunan kimia jaringan pada tumbuhan dan hewan. Pada awal Abad XIX,
oleh Friedrich Wohler yaitu pada tahun 1828 Wohler menunjukkan bahwa
urea, suatu senyawa yang terdapat dalam urine, ternyata dapat dibuat
dalam laboratorium dengan jalan memanaskan alkali sianat dengan garam
amonium.
Perkembangan Biokimia dilanjutkan dengan penemuan dua bersaudara
Eduard dan Hans Buchner yang berdasarkan hasil percobaannya
membuktikan bahwa sel-sel ragi yang telah mati masih mampu untuk
menyebabkan terjadinya proses fermentasi gula menjadi alkohol.
Selanjutnya Pada tahun 1926 J.B. Sumner membuktikan bahwa urease,
yakni enzim yang diperoleh dari biji kara pedang (jack beans) dapat
dikristalkan seperti juga senyawa organik lainnya. Sejalan dengan
perkembangan biokimia, para ahli biologi sel memberikan sumbangannya
dalam bidang struktur sel. Diawali oleh Robert Hooke pada Abad XVII
telah melakukan observasi terhadap sel-sel, maka perbaikan atas teknik
observasi dengan menggunakan mikroskop telah dapat meningkatkan
pemahaman atas struktur yang kompleks.
Selanjutnya dalam bidang genetika seorang ahli genetika yang bernama
Gregor Mendel pada pertengahan Abad XIX dan kemudian menjelang
Abad XX beradsarkan hasil penelitiannya membuktikan bahwa gen yang
menjadi penyusun sel mahluk hidup. Pada tahun 1869 asam nukleat telah
diisolasi Friedrich Miescher dan pada awal Abad XX Para ahli biokimia
berpendapat bahwa hanya protein yang memiliki struktur yang paling
kompleks yang membawa informasi genetika, sedangkan asam nukleat
diasumsikan hanya sebagai senyawa yang sederhana sebagai penyusun sel
mahluk hidup. menggunakan mikroskop telah dapat meningkatkan
pemahaman atas struktur yang kompleks.
.
A. Definsi Air
Menurut PP No 82 Tahun 2001 definisi air adalah semua air yang
terdapat di atas dan di bawah permukaan tanah kecuali air laut dan air
fosil. Air merupakan elemen yang sangat signifikan bagi kehidupan
mahluk hidup baik hewan, tumbuhan, dan manusia. Dimana air
merupakan senyawa kimia yang sangat penting bagi kehidupan
makhluk hidup di bumi ini. Fungsi air bagi kehidupan tidak dapat
digantikan oleh senyawa lain. Penggunaan air yang utama dan sangat
vital bagi kehidupan adalah sebagai air minum. Hal ini terutama untuk
mencukupi kebutuhan air di dalam tubuh manusia itu sendiri.
c. Air Permukaan
Menurut Chandra (2006) dalam buku Pengantar Kesehatan
Lingkungan, air permukaan merupakan salah satu sumber penting
bahan baku air bersih. Faktor-faktor yang harus diperhatikan,
antara lain :
1) Mutu atau kualitas baku
2) Jumlah atau kuantitasnya
3) Kontinuitasnya Air permukaan seringkali merupakan sumber
air yang paling tercemar, baik karena kegiatan manusia, fauna,
flora, dan zat-zat lainnya.
Air permukaan meliputi :
1) Air Sungai
Air sungai memiliki derajat pengotoran yang tinggi
sekali. Hal ini karena selama pengalirannnya mendapat
pengotoran, misalnya oleh lumpur, batang-batang kayu, daun-
daun, kotoran industri kota dan sebagainya. Oleh karena itu
dalam penggunaannya sebagai air minum haruslah mengalami
suatu pengolahan yang sempurna.
2) Air Rawa
Kebanyakan air rawa berwarna kuning coklat yang
disebabkan oleh adanya zat – zat organis yang telah
membusuk, misalnya asam humus yang larut dalam air.
Dengan adanya pembusukan kadar zat organis yang tinggi
tersebut, maka umumnya kadar mangan (Mn) akan tinggi pula
dan dalam keadaan kelarutan O2 kurang sekali (anaerob),
maka unsur-unsur mangan (Mn) ini akan larut.
d. Air Tanah
Menurut Chandra (2006) dalam buku Pengantar
Kesehatan lingkungan , air tanah merupakan sebagian air
hujan yang mencapai permukaan bumi dan menyerap ke
dalam lapisan tanah dan menjadi air tanah. Sebelum mencapai
lapisan tempat air tanah, air hujan akan menembus beberapa
lapisan tanah dan menyebabkan terjadinya kesadahan pada
air. Kesadahan pada air ini akan menyebabkan air
mengandung zatzat mineral dalam konsentrasi. Zat-zat
mineral tersebut antara lain kalsium, magnesium, dan logam
berat seperti besi dan mangan.
1) Air Tanah Dangkal
Air tanah dangkal terjadi karena daya proses
peresapan air dari permukaan tanah. Lumpur akan tertahan,
demikian pula dengan sebagian bakteri, sehingga air tanah
akan jernih tetapi lebih banyak mengandung zat kimia
(garam-garam yang terlarut) karena melalui lapisan tanah
yang mempunyai unsur-unsur kimia tertentu untuk masing-
masing lapisan tanah. Lapisan tanah di sini berfungsi sebagai
saringan. Disamping penyaringan, pengotoran juga masih
terus berlangsung, terutama pada muka air yang dekat dengan
muka tanah, setelah menemui lapisan rapat air, air yang akan
terkumpul merupakan air tanah dangkal dimana air tanah ini
dimanfaatkan untuk sumber air minum melaui sumur-sumur
dangkal.
2) Air Tanah Dalam
Air tanah dalam dikenal juga dengan air artesis. Air ini
terdapat diantara dua lapisan kedap air. Lapisan diantara dua
lapisan kedap air tersebut disebut lapisan akuifer. Lapisan
tersebut banyak menampung air. Jika lapisan kedap air retak,
secara alami air akan keluar ke permukaan. Air yang
memancar ke permukaan disebut mata air artesis.
Pengambilan air tanah dalam, tak semudah pada air tanah
dangkal. Dalam hal ini harus digunakan bor dan memasukkan
pipa kedalamnya sehingga dalam suatu kedalaman (biasanya
antara 100-300 m) akan didapatkan suatu lapis air. Jika
tekanan air tanah ini besar, maka air dapat menyembur ke luar
dan dalam keadaan ini, sumur ini disebut dengan sumur
artesis. Jika air tidak dapat ke luar dengan sendirinya, maka
digunakan pompa untuk membantu pengeluaran air tanah
dalam ini.
3) Mata Air Mata
Air merupakan air tanah yang keluar dengan
sendirinya ke permukaan tanah. Mata air yang berasal dari
tanah dalam, hampir tidak terpengaruh oleh musim dan
kualitas/ kuantitasnya sama dengan keadaan air dalam.
Berdasarkan keluarnya (munculnya ke permukaan tanah) mata
air dapat dibedakan atas :
a. Mata Air Rembesan, yaitu mata air yang airnya keluar dari
lereng-lereng,
b. Umbul, yaitu mata air dimana airnya keluar ke permukaan
pada suatu dataran
E. Kristal Air
Air dapat mendengar dan molekulnya berubah bentuk. Molekul
tersebut dikenal dengan nama Kristal air dan secara alami terbentuk
pada saat turunnya hujan salju, umumnya berbentuk segi lima atau
enam dengan variasi bentuk pada masing-masing ujungnya. Formasi
kristal air dapat berupa bentuk yang sangat rumit dan simetris.
B. Disakarida
Disakarida dibentuk ketika karbon anomerik dari satu molekul
monosakarida berinteraksi dengan satu dari beberapa gugus hidroksil
molekul monosakarida lainnya. Interaksi ini membentuk ikatan
kovalen yang dinamakan ikatan glikosida. Ikatan glikosida pada
maltosa terbentuk antara gugus hidroksil pada hemiasetal α-D-Glukosa
dengan H pada gugus hidroksil atom C-4 pada β-D-Glukosa lainnya
membentuk maltosa (α-D-glucopyranosyl-(1→4)-β-D-glucopyranose).
Dengan demikian, molekul maltosa masih mempunyai hemiacetal.
Disakarida yang paling umum ditemui adalah maltosa (gula gandum),
sellobiosa, laktosa (gula susu) dan sukrosa (gula tebu).
Maltosa adalah disakarida yang dilepaskan selama hidrolisis pati.
Maltosa disusun oleh dua molekul D-glukosa yang dihubungkan oleh
ikatan α-glikosidik. Ikatan glikosidik menghubungkan C-1 dari suatu
residu dengan atom oksigen yang terikat pada C-4 dari residu kedua.
Oleh sebab itu, maltosa adalah α-D-glucopyranosyl-(1→4)-D-glucose
disingkat Glc(α1→4)Glc. Glukosa sebelah kanan pada maltosa adalah
ujung pereduksi.
Sellobiosa ‘Cellobiose’ (β-D-glucopyranosyl-(1→4)-D-glucose)
adalah dimer glukosa. Sellobiosa adalah disakarida yang berulang pada
struktur selulosa, suatu polisakarida tanaman. Sellobiosa dilepaskan
selama hidrolisis selulosa. Perbedaan antara maltosa dan sellobiosa
adalah ikatan glikosidik, pada sellobiosa adalah β, sedangkan pada
maltosa adalah α.
Sukrosa merupakan disakarida yang paling melimpah di alam.
Sukrosa dinamakan juga ‘gula meja’. Sukrosa disintesa hanya pada
tumbuh-tumbuhan. Sukrosa banyak terdapat pada tanaman tebu.
Sukrosa adalah α-D-glucopyranosyl-(1→2)-β-D-fructofuranoside yang
disingkat Glc(α12β)Fru atau Fru(β21α)Glc. Sukrosa dibedakan
dari tiga disakarida lainnya karena ikatan glikosidanya
menghubungkan atom karbon anomeric dari dua residu monosakarida
(glukosa dan fruktosa).
Laktosa merupakan disakarida utama yang terdapat pada susu.
Laktosa disintesa pada gelenjar susu. Laktosa adalah β-D-
galactopyranosyl-(1→4)-D-glucose yang dapat disingkat
Gal(β1→4)Glc. Secara alami laktosa anomer α berasa manis dan lebih
stabil dari pada anomer β.
C. Oligosakarida
Pada sel, oligosakarida paling banyak terdiri dari tiga atau lebih unit
residu monosakarida. Oligosakarida ini tidak berada dalam keadaan
bebas tetapi sering berikatan dengan molekul non gula seperti lipid
membentuk glikolipid, protein membentuk glikoprotein yang
keduanya mempunyai fungsi pengatur. Glikoprotein dan glikolipid
adalah glycoconjugates. Contoh oligosakarida yang tidak terikat
dengan molekul lain adalah Fructooligosaccharide (FOS) dan
Galactooligosaccharide (GOS). Struktur FOS adalah [Fru(β2→1)]0-
7Fru(β2→1)Glc, sedangkan struktur GOS adalah [Gal(β1→4)]0-
4Gal(β1→4)Glc. Dengan demikian, FOS adalah rantai pendek inulin
dengan Derajat Polimerisasi (DP) 2-9, sedangkan GOS mempunyai DP
2-6.
D. Polisakarida
Kebanyakan karbohidrat yang ditemukan di alam sebagai
polisakarida. Polisakarida dinamakan juga glikan. Antara glikan dapat
berbeda dalam hal unit monosakarida penyusunnya, panjang rantai
polisakarida, tipe ikatan antara unit monosakarida dan jumlah (derajat)
percabangan. Polisakarida dapat dikelompokkan menjadi dua
kelompok besar yaitu homopolisakarida dan heteropolisakarida.
Homopolisakarida dinamakan juga homoglikan yaitu polisakarida
yang mengandung hanya satu tipe residu monosakarida, sedangkan
heteropolisakarida dinamakan juga heteroglikan yaitu polisakarida
yang mengandung residu monosakarida lebih dari satu tipe.
Beberapa homoglikan berfungsi sebagai molekul penyimpan energi
seperti pati dan glikogen. Sebagian homoglikan yang lain berfungsi
sebagai elemen struktural dinding sel tumbuhan yaitu selulosa dan
rangka luar hewan yaitu kitin. Heteroglikan menyediakan pendukung
ekstraseluler untuk semua kingdom. Selulosa, pati, dan glikogen
adalah contoh homoglikan, sedangkan polimer pada peptidoglikan
termasuk kelompok heteroglikan.
4. KATABOLISME KARBOHIDRAT
Katabolisme (penguraian) dari masing-masing nutrien untuk
menghasilkan energi utama (karbohidrat, lipid dan protein), berlangsung
secara bertahap melalui sejumlah reaksi enzimatik yang berurutan.
Terdapat tiga tahap utama katabolisme aerobik . Tahap 1. Makromolekul
sel dipecahkan menjadi unit-unit pembangun utamanya. Jadi, polisakarida
dipecah menjadi heksosa atau pentosa; Lipid dipecah menjadi asam lemak,
gliserol, dan komponen lainnya, dan protein terhidrolisis menjadi 20
komponen asam aminonya. (Albert L.Lehninger, 2000).
Pada tahap katabolisme II: berbagai produk yang terbentuk di dalam
tahap I dikumpulkan dan diubah menjadi sejumlah (lebih kecil) molekul-
molekul yang lebih sederhana. Jadi heksosa, pentosa, dan gliserol dari
tahap I diuraikan menjadi satu jenis senyawa antara 3-karbon : piruvat,
yang kemudian diubah menjadi satu jenis 2-karbon yaitu gugus asctil dari
asetil-koenzim A. Dengan cara yang sama, asam lemak dan kerangka
karbon dari hampir semua asam amino juga dipecah membentuk gugus
asetil- KoA Asctil-KoA merupakan produk akhir yang bersifat umurn dari
tahap II katabolisme.
Pada tahap III, gugusan asetil dari asetil KoA diberikan pada siklus asam
sitrat, vaitu, lintas aklur \ang beiMtat unrum yang dilalui oleh nutrien
pengjiasil energi. l). Di sini, terjadi oksidasi nutrien, menghasiikan karbon
dioksida, air dan amonia (I produk nitrogen lain). Lintas akhir katabolisme
karenanya menycrupai sungai yang luas, yang dialiri dari berbagai cabang
anak sungai (Albert L.Lehninger, 2000).
5. FOTOSINTESIS
A. Definisi fotosintesis
Fotosintesis adalah proses untuk memproduksi gula (karbohidrat) pada
tumbuhan, beberapa bakteri dan organisme non-seluler (seperti jamur,
protozoa) dengan menggunakan energi matahari, yang melalui sel-sel
yang berespirasi energi tersebut akan dikonversi ke dalam bentuk ATP
sehingga dapat digunakan seluruhnya oleh organisme tersebut. Reaksi
umum dan proses fotosintesis adalah :
B. Proses fotosintesis
Proses fotosintesis berlangsung dalam 2 proses. Proses pertama
merupakan proses yang tergantung pada cahaya matahari (Reaksi
Terang), yaitu reaksi yang membutuhkan energi cahaya matahari
Iangsung dan molekul-molekul energi cahaya tersebut belum dapat
digunakan untuk proses berikutnya. Oleh karena itu pada reaksi terang
ini, energi cahaya matahari yang belum dapat digunakan tersebut akan
dikonversi menjadi molekul-molekul energi yang dapat digunakan
yaitu dalam bentuk energi kimia. Konversi energi cahaya menjadi
energi kimia dilakukan oleh aktvitas pigmen daun (klorofil). Dalam
reaksi terang, cahaya matahari akan membentur klorofil-a sebagai
suatu cara untuk membangkitkan elektron agar menjadi suatu energi
dengan tingkatan yang lebih tinggi.
Dua pusat reaksi pada pigmen tersebut yang bekerja secara berantal
(PS I dan PS II) mentransfer elektron. Elektron diperoleh dengan
memecah air (H20) sehingga terjadi pelepasan 02 dan 02 tersebut yang
kemudian mengkonversi energi menjadi bentuk ATP dan NADP .
Reaksi terang tersebut terjadi dalam grana.
Proses kedua adalah proses yang tidak membutuhkan cahaya
(Reaksi Gelap) yang terjadi ketika produk dari reaksi terang
digunakan untuk membentuk ikatan kovalen C-C dari karbohidrat.
Pada proses ini, CO 2 atmosfer (atau CO 2 dari air untuk
organisme akuatik/marine) ditangkap dan dimodifikasi oleh
penambahan hidrogen menjadi bentuk karbohidrat. Reaksi gelap
biasanya dapat terjadi dalam gelap apabila energi carrier dari
proses terang tersedia. Reaksi gelap ini berlangsung dalam stroma
kloroplas.
6. GLUKONEOGENESIS
Pengertian Glukoneogenesis
Jalur Glukoneogenesis
Pengaturan Glukoneogenesis
Reaksi-Reaksi Glukoneogenesis
Sifat Lipid
Adapun untuk sifat lipid, diantaranya yaitu:
8. KATABOLISME LIPID
Lipid lemak terdapat dalam semua bagian tubuh manusia terutama dalam
otak. Lipid atau lemak mempunyai peran yang sangat penting dalam
proses metabolisme secara umum. Lemak akan diuraikan menjadi asam
lemak dan gliserol. Gliserol dapat diubah menjadi gliseraldehid fosfat
dalam siklus glikolisis. Selanjutnya akan masuk ke tahapan dekarboksilasi
oksidatif, siklus Krebs, dan sistem transportasi elektron. Oleh karena itu
dihasilkan energi yang setara dengan katabolisme karbohidrat atau glukosa
yaitu 38 ATP.
9. BIOSINTESIS LIPID
Lipid memainkan berbagai peran penting dalam sel, diantaranya adalah
sebagai konstituen utama membran sel, lipid juga merupakan bentuk
utama dari energi yang tersimpan dalam sebagian besar organisme. lipid
khusus berfungsi sebagai pigmen (retina), kofaktor (vitamin K), deterjen
(garam empedu), transporter (dolichols), hormon (derivatif vitamin D,
hormon seks), utusan ekstraseluler dan intraseluler (eikosanoid dan
turunannya dari fosfatidilinositol), dan jangkar untuk protein membran
(asam lemak kovalen, kelompok prenyl, dan phosphatidylinositol).
Bab ini akan menjelaskan jalur biosintesis untuk beberapa lipid utama
yang ada di sebagian besar sel, diantaranya adalah sintesis asam lemak
(Sintesis de Novo), Biosintesis lemak (Lipogenesis) dan kolesterol. Asam
lemak merupakan komponen utama lipid dan membran, sedangkan
kolesterol merupakan prekursor berbagai hormon steroid seperti hormon
seks, dan hormon korteks adrenal dan juga prekursor dari cairan empedu
dan lain-lain.
Biosintesis Lipid
Pada hewan dan manusia, asam lemak terutama disimpan dalam jaringan
adiposa sebagai trigliserida. Sebagian besar asam lemak dalam jaringan
adiposa diperoleh dari lemak makanan, namun sebagian lagi dapat berasal
dari protein atau karbohidrat dari asupan yang berlebihan.
Semua senyawa organik yang diasup oleh hewan dan manusia dapat
dikonversi menjadi lipid. Di saat asupan kita berlebih dalam mencukupi
kebutuhan kalori, pertumbuhan dan perkembangan, maka semua kelebihan
asupan tersebut akan dikonversi menjadi lipid atau Trigliserida yang
disimpan dalam jaringan adiposa.