Konsep biologi,

diagnostik dan
forensik

Puji Lestari, S.Si., M.Biotech

Poltekkes Kemenkes Jakarta III
Materi
• Konsep Biologi
• Diagnostik Molekuler
• Forensik
Konsep Biologi
 Biologi adalah ilmu yang mempelajari tentang
makhluk hidup
 Sel merupakan unit terkecil penyusun makhluk
hidup
 Sel menjalankan fungsi tertentu, melaksanakan
berbagai reaksi biokimia dan metabolisme
 Setiap sel mengandung materi genetik (DNA), baik
yang berada di dalam nukleus maupun di
mitokondria
 Sel dibedakan atas prokariotik dan eukariotik
PROCARYOTE AND EUCARYOTE CELLS
 PERBEDAAN PROKARIOTIK
DAN EUKARIOTIK

In eukaryotic cells, the

genetic material is located
in the nucleus (a protein
membrane)
In prokaryotic cells, the
genetic material was
“naked”, which mixes with
other cell organelles

CITE FROM: https://www.researchgate.net/figure/1-Principal-differences-between-prokaryotic-cells-and-eukaryotic-cells-96-97_tbl10_265472011

 Struktur sel: penampang melintang sebuah sel

 Sebuah sel mengandung komponen

utama berupa: membran sel,
sitoplasma, serta inti sel
 Membran sel atau plasma membran
merupakan bagian dari sel yang
menjadi pembatas antara bagian
dalam sel dengan lingkungan luar
 Sitoplasma atau sitosol merupakan
liquid yang menyerupai tekstur jelly,
dan berada di antara membran sel
dengan inti sel. Sitoplasma
Sumber gambar: https://basicmedicalkey.com/cell-structure-and-function-2/
merupakan lokasi organel sel berada
 Inti sel atau nukleus merupakan
lokasi bagi materi genetik, atau
sering disebut DNA
Struktur sel: gambaran 3D sebuah sel

 Sel memiliki bentuk fisik yang berbeda-beda,

Biasanya digambarkan dalam
bentuk bulat seperti di bawah ini
tergantung dari jaringan yang disusun olehnya
 Bentuk sel sangat fleksibel
 Sel tersusun atas organel sel, dimana organel
tersebut memiliki fungsinya masing-masing
yang menunjang fungsi sel secara keseluruhan
 Seluruh organel sel terletak di sitoplasma atau
sitosol
 Membran Sel

 Membran semipermeable
menyeleksi apa saja yang
boleh masuk ke dalam sel,

 Lipid dan protein

merupakan komponen
utama penyusun membran
sel, biasanya dalam
bentuk fosfolipid

 Membran sel juga

memfasilitasi komunikasi
antara bagian intraseluler
 Membran sel terdiri dari lipid bilayer yang merupakan (dalam sel) dengan bagian
membran semipermeable dan memiliki fungsi untuk ekstraseluler (bagian luar
sel), yang kemudian akan
meregulasi transportasi zat-zat tertentu ke dalam maupun
menimbulkan suatu
ke luar sel respon seluler tertentu

Sumber referensi: http://www.pharmacy180.com/article/cell-membrane---structure-of-

the-cell-3434/
 Sitoplasma

 Sitoplasma atau sitosol

adalah segala sesuatu
yang berada di antara
membran sel dan inti sel

 Bagian ini merupakan

lokasi seluruh organel sel
(reticulum endoplasma,
badan golgi,ribosom,
mitokondria dsb)

 Organel sel tersebut

memiliki fungsi masing-
masing, dan semuanya
menunjang fungsi sel
secara keseluruhan supaya
Sumber referensi: http://www.pharmacy180.com/article/cell-membrane---
sel tetap hidup dan
structure-of-the-cell-3434/ berfungsi dengan normal
Nukleus/inti sel

 Nukleus mengontrol aktifitas sel

(otak-nya sel), karena
mengandung materi genetik
atau DNA

 Sebagian besar sel memiliki 1

nukleus, namun ada beberapa
yang memiliki lebih dari satu
(misalnya sel otot) dan juga
tidak ber-inti (misalnya eritrosit)

 Nukleus memiliki membran yang

mengandung pori-pori,
fungsinya adalah untuk
transportasi mRNA dari dalam
sel ke dalam sitoplasma
Organel sel dan fungsinya

Reference source: http://www.pharmacy180.com/article/cell-membrane---structure-of-the-cell-3434/

Organel sel dan fungsinya, lanjutan…

Reference source: http://www.pharmacy180.com/article/cell-membrane---structure-of-the-cell-3434/

 Struktur sel:

https://www.youtube.com/watch?v=URUJD5NEXC8

https://www.youtube.com/watch?v=nsklF1w4eok
Apa yang ada di dalam nukleus?  Kromosom merupakan bentuk terkondensasi dari molekul DNA,
hal ini biasanya terjadi saat sel akan memasuki tahap
pembelahan sel (mitosis atau meiosis)
 Jumlah kromosom dalam tubuh manusia ada 23 pasang (46
buah)
 22 pasang merupakan autosom (kromosom tubuh) dan 1
pasang merupakan genosom (kromosom sex)
 Pada proses pembelahan sel, kromosom juga ikut membelah
dan menghasilkan sel anakan baru yang identik (pada mitosis)
atau sel anakan baru yang tidak identik (pada meiosis)
 Pembelahan sel

meiosis
Pembelahan
sel
mitosis

 Meiosis merupakan proses

pembelahan sel gamet (sperma
dan ovum)
 Mitosis merupakan proses
pembelahan sel tubuh (semua
sel, selain gamet)
 Pembelahan sel menjadi alasan
bahwa seluruh sel dalam tubuh
manusia memiliki materi genetik
yang sama
 Susunan basa nukleotida pada
DNA orang yang satu dengan
orang lainnya pasti berbeda,
sehingga DNA disebut sebagai
blue print dari makhluk hidup
Deteksi Molekuler
 Deteksi molekuler: mendeteksi materi genetik (kromosom, DNA, atau RNA)
 Deteksi molekuler dapat dilakukan pada tingkat kromosom atau tingkat DNA/RNA. Pada tingkat kromosom umumnya dilakukan kariotipe
kromosom sehingga dapat terlihat ada tidaknya abnormalitas pada kromosom, baik itu abnormalitas jumlah (misal pada sindrom Down) dan
abnormalitas struktur (misal pada pasien CML dengan translokasi kromosom 9 ke kromosom 22)
 Pada tingkat DNA/RNA, deteksi molekuler dilakukan untuk mengetahui ada tidaknya perubahan pada susunan basa nukleotida (umumnya
untuk kelainan genetik, misalnya kanker dan thalassemia), namun dapat juga hanya mendeteksi materi genetik dari patogen infeksius (misal
infeksi virus)

Tingkat Tingkat
kromosom DNA/RNA Deteksi perubahan
basa nukleotida
Deteksi kelainan
(delesi, insersi,
jumlah
duplikasi, mutasi
titik)

Deteksi
keberadaan
Deteksi kelainan
pathogen (deteksi
struktur
dengue, SARS-CoV
2)
 The definition of “molecular detection”
 Molecular detection: the
detection of genetic Molecular
material, both genetic Detection
material from from: Genetic
microorganisms disease. Exp:
(parasites, fungi, Cancer
bacteria, viruses, etc) as
well as genetic
abnormalities (comes Non-genetic
from mutation or gene disease. Exp:
defect) infection
 Molecular detection using
several platforms ranging
from simple to advance
(high technology)

 Molecular detection used

for “molecular-based
diagnostics”
Why “genetic material”?

 DNA is the hallmark of living

things, both in humans and
other organisms

 No organisms is the same,

not even identical twins,
even though they come from
one fertilized egg

 So, this is very specific and

accurate
Sample Case
RT-PCR as gold standard for Covid 19 detection, why?

Cited from: https://www.nature.com/articles/s41467-020-18611-5

The basic procedures of “molecular detection”

Know the specific Know how to make the Know the PCR
“genetic material” specific primer targeting optimum condition
features those “specific features” for amplified

Sequencing, RFLP, MLPA, HRM, qPCR, Ready for

nested PCR, multiplex PCR, fingerprinting, “downstream”
etc analysis

Why PCR? to provide sufficient amount of gene target

for downstream analysis
 The basic procedures of “molecular detection”

Molecular
Detection
from: Genetic Must exactly know in Primers (F and R) could
disease. Exp: which region the amplified “defect” region
Cancer gene was defect of gene

Non-genetic
disease. Exp: Simply detect its Primers are designed to
infection “genetic material” amplify a specific region
of “foreign” gene
Primer design for “genetic disease”
MTHFR gene

tgtggtctcttcatccctcgccttgaacaggtggaggccagcctctcctgactgtcatccctattggcaggttaccccaaaggc
caccccgaagcagggagctttgaggctgacctgaagcacttgaaggagaaggt[gtctgcgggagccgatttcat]c
atcacgcagcttttctttgaggctgacacattcttccgctttgtgaaggcatgcaccgacatgggcatcacttgccccatcgtcc
ccgggatctttcccatccaggtgaggggcccaggagagcccataagctccctccaccccactctcaccgcaccgtcctcgca
caggctgggggctctgggtggagtgctgagttcgctgagttcttcccagatctcctctcaggtccagaacttgcacagcgttg
cttggccaccccattttggttacctctaattttccccccaaaacccagcaacagtgtctgttgaggggtttgttgtactttggcca
acaagcatcaccaaaagg

Using […] sign to ensure the primers will amplify the exact target (your interest gene)
Sample Case of “molecular detection”
Sample Case: bacterial infection (Corynebacterium diphtheria)
Sample Case: bacterial infection (Corynebacterium diphtheria)
Sample Case: bacterial infection (Corynebacterium diphtheria)

Conserve
region of
target
 Sample Case: bacterial infection (Mycobacterium tuberculosis)

Genetic markers:
 IS6110
 23s rRNA
 16s rRNA
 HSPs (heat shock
protein)
 rpoB
 sodA
 hsp65
 recA

Juan Carlos Palomino, Molecular detection, identification and drug resistance detection
in Mycobacterium tuberculosis, FEMS Immunology & Medical Microbiology, Volume 56,
Issue 2, July 2009, Pages 103–111, https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2009.00555.x
Sample Case: viruses infection (HPV: Human papillomavirus)

Too many
genotypes, so
usually using
general primers
identify a
conserved region
among different
HPV genotypes,
such as the L1 or
E1 regions

Zaravinos A, Mammas IN, Sourvinos G, Spandidos DA. Molecular detection methods of human
papillomavirus (HPV). The International Journal of Biological Markers. 2009;24(4):215-222.
doi:10.1177/172460080902400401
 Sample Case: parasites infection (Plasmodium sp.)
In brief, the genus-specific primers Plu1 and Plu5 were used in a primary reaction, followed by a nested reaction using
specific primers for each of the 4 species of Plasmodium from humans

Liestiana Indriyati, Dicky Andiarsa , Budi Hairani, Paisal. 2017. VEKTOR MALARIA BARU DI KABUPATEN KOTABARU,
PROVINSI KALIMANTAN SELATAN, INDONESIA. Vektora Volume 9 Nomor 1, Juni 2017: 1 - 8
Sample Case: fungi infection (Coccidioides spp)

Genetic markers:
 MBP-1 gene
 SOWgp82 gene
 Coi9-1

Umeyama T, Sano A, Kamei K, Niimi M, Nishimura K, Uehara Y. Novel approach to designing primers for
identification and distinction of the human pathogenic fungi Coccidioides immitis and Coccidioides posadasii by PCR
amplification. J Clin Microbiol. 2006 May;44(5):1859-62. doi: 10.1128/JCM.44.5.1859-1862.2006. PMID: 16672423;
PMCID: PMC1479168.
 Sample Case: genetic disease (lung cancer)

deletion

most common mutation in EGFR: Kobayashi S, Boggon TJ, Dayaram T, Jänne PA, Kocher O,
 in-frame deletions around the LREA motif (LeuArgGluAla motif Meyerson M, Johnson BE, Eck MJ, Tenen DG, Halmos B. EGFR
mutation and resistance of non-small-cell lung cancer to
or amino-acid residues 747 to 750) of exon 19 gefitinib. N Engl J Med. 2005 Feb 24;352(8):786-92. doi:
 point mutation (CTG to CGG) in exon 21, resulting in 10.1056/NEJMoa044238. PMID: 15728811.
substitution of leucine by arginine at codon 858, L858R (45–
50%)
 threonine-to-methionine substitution at amino acid position
790 (T790M) → correlate with drug resistance
Forensik
• Jika merujuk pada “biologi forensik” maka yang dimaksud adalah menggunakan DNA untuk membuktikan
adanya suatu tindak kejahatan, menentukan siapa yang menjadi korban dan siapa perkiraan pelaku

• Didalam kromosom tidak semua berupa gen, ada bagian fragmen yang sekuennya berulang (repeat
secquence). Fragmen-fragmen tersebut mempunyai panjang berbeda pada setiap individu, sehingga bisa
digunakan sebagai penanda seseorang seperti halnya “sidik jari”. Sehingga disebut sebagai “Sidik jari DNA”

• Tahap dalam analisis forensik:

 Extraction

 Quantitation

 Amplification

 Capillary Electrophoresis

 DNA Profiling

• Teknik yang digunakan: short tandem repeats, dot blots of allelic sequence information, mitochondrial sequence
determination and restriction fragment length polymorphisms
DNA Fingerprinting 33

Miss Ellis Sara

DNA Fingerprints

Because everyone’s fingerprints are

different!
 The application of molecular biology:
forensic

Forensic refers to using genetic

material to prove something
(criminal, paternity test, etc)
using DNA fingerprint
Not all the DNA encodes protein,
some of DNA just “repeated
sequences” which is not
translated into protein
Repeated sequences are patterns
of DNA that occur in multiple
copies throughout the genome
“repeated sequence” called DNA
fingerprint was unique, different
from one to each other

Source: https://www.goconqr.com/mindmap/873812/dna-fingerprinting

6/24/2021 Puji Lestari, S.Si., M.Biotech

FORENSIK
 TES PATERNITY

DNA Fingerprints to Identify Heredity

36
 TES PATERNITY

DNA Fingerprints to Identify Heredity

37
Bobot penilaian
No Nilai absolut Angka mutu Huruf mutu

Nilai Teori (2 SKS) 1 85-100 4,00 A

UTS : 40% 2 80-84 3,67 A-

3 75-79 3,33 B+
UAS : 40%
4 70-74 3,00 B
Tugas : 20% 5 65-69 2,67 B-

6 60-64 2,33 C+
Nilai Praktikum (2 SKS) 7 55-59 2,00 C

UTS : 40%
UAS : 40%
Tugas : 20%

Nilai Akhir = (Nilai Teori x SKS Teori) + (Nilai Praktikum x SKS Praktikum) / Total SKS
Nilai Akhir = (Nilai Teori x 2) + (Nilai Praktikum x 2) / 4