PROJECT BIOTEKNOLOGI 2022

Nama : Carmelita N.N Laloan

NIM : 20101105003

Artikel Rujukan : Analisis Penambatan Molekuler dan Prediksi Toksisitas dan ADME
Penghambat Enzim Dipeptidil Peptidase IV dari Senyawa Aktif
Momordica charantia L. sebagai Antidiabetes

Tujuan Penambatan Molekul : Untuk memprediksi potensi penghambatan dan beberapa

prinsip aktif pare terhadap aktivitas enzim DPP-IV secara in-silico melalui penambatan
molekuler

Receptor yang dipakai dalam Penambatan Molekul : Enzim Dipeptidyl peptidase IV

(DPP-IV) dengan kode PDB 3F8S

Ligand yang dipakai dalam Penambatan Molekul : Ligan alami (PF2) (Pubchem
CID:5256086), Oleanolic acid (Pubchem CID: 10494), Stigmastan-3 ol (Pubchem CID:
6743), Epicatechin(Pubchem CID: 72276), dan Clorogenic acid(1794427)

Hasil Penambatan sendiri menggunakan Aplikasi PyRx :

Reseptor Ligan Binding Free

Energy (kcal/mol)

Oleanolic acid -9,2

Stigmastan-3 ol -7,9
Enzim DPP-IV (PDB code 3F8S)
Epicatechin -7,5

Clorogenic acid -7,2

Ligan alami (PF2) -2,4

Hasil Visualisasi Penambatan Molekul Menggunakan BIOVIA dan/atau PyMol :

Receptor Ligand Visualisasi 2D Visualisasi 3D

(PDB Code)

3F8S Oleanolic LIHAT GAMBAR 1 LIHAT GAMBAR 2

acid

Interacting Oleanolic Conventional Hydrogen Bond: ASP(A709), van der Waals: LYS(A250),
residues acid LYS(A122), VAL(A252), TYR(A238), GLN(A123), TRP(A124). ALA(A707),
ASP(A739), ASP(737), SER(A744), Pi-Sigma: PHE(A240)
GAMBAR 1

GAMBAR 2
Analisis PreADMET

website rujukan : https://preadmet.webservice.bmdrc.org/adme/

Ligand ADME Prediction Nilai Ambang batas dari Nilai Hasil Analisis
Web

Plasma Protein Binding >90% 100.000000

Blood Brain Barrier High absorption to CNS : 6.98581

Oleanolic acid Penetration more than 2.0

Human Intestinal Well absorbed 95.954103

Absorption compounds : 70 - 100 %

Caco2 cell permeability High permeability : more 21.7217

than 70