Buka situs NCBI kemudian masukan jenis mikrobiologi yang diinginkan yaitu envelope protein
mikobacterium tuberculosis. Akan muncul tampilan seperti dibawah ini.
2. Pilih urutan asam amino yang jumlah urutan asam aminonya sama kemudian di download FASTA
nya
Pilih minimal 4 macam jenis envelope yang ditemukan dengan pilihan Panjang asam amino yang sama
dan teratas. Kemudian klik FASTA, maka akan muncul gambar seperti dibawah ini.
Urutan ke 5 protein yang ditemukan yaitu :
PRI05261.1 DAVAAECRRVGVPDARCVLPLAHRVTQAARDAYLQSWVHRTARFQDALQDPVPLRETQWL
PRI04797.1 DAVAAECRRVGVPDARCVLPLAHRVTQAARDAYLQSWVHRTARFQDALQDPVPLRETQWL
PRH97837.1 DAVAAECRRVGVPDARCVLPLAHRVTQAARDAYLQSWVHRTARFQDALQDPVPLRETQWL
PRH96214.1 DAVAAECRRVGVPDARCVLPLAHRVTQAARDAYLQSWVHRTARFQDALQDPVPLRETQWL
PRH89993.1 DAVAAECRRVGVPNARCVLPLAHRVTQAARDAYLQSWVHRTARFQDALQDPVPLRETQWL
*************:**********************************************
PRI05261.1 GTHNSFNSLSDSFTVSHADSNQQLSLAQQLDIDVRALELDLHYLPRLEGHGAPGVTVCHG
PRI04797.1 GTHNSFNSLSDSFTVSHADSNQQLSLAQQLDIDVRALELDLHYLPRLEGHGAPGVTVCHG
PRH97837.1 GTHNSFNSLSDSFTVSHADSNQQLSLAQQLDIDVRALELDLHYLPRLEGHGAPGVTVCHG
PRH96214.1 GTHNSFNSLSDSFTVSHADSNQQLSLAQQLDIDVRALELDLHYLPRLEGHGAPGVTVCHG
PRH89993.1 GTHNSFNSLSDSFTVSHADSNQQLSLAQQLDIDVRALELDLHYLPRLEGHGAPGVTVCHG
************************************************************
PRI05261.1 LGPKNANLGCTVEPLLATVLPQIANWLNAPGHTEEVILLYLEDQLKNASAYESVVATLDQ
PRI04797.1 LGPKNANLGCTVEPLLATVLPQIANWLNAPGHTEEVILLYLEDQLKNASAYESVVATLDQ
PRH97837.1 LGPKNANLGCTVEPLLATVLPQIANWLNAPGHTEEVILLYLEDQLKNASAYESVVATLDQ
PRH96214.1 LGPKNANLGCTVEPLLATVLPQIANWLNAPGHTEEVILLYLEDQLKNASAYESVVATLDQ
PRH89993.1 LGPKNANLGCTVEPLLATVLPQIANWLNAPGHTEEVILLYLEDQLKNASAYESVVATLDQ
************************************************************
PRI05261.1 VLRRADGTSLIYRPNPARRGPQ
PRI04797.1 VLRRADGTSLIYRPNPARRGPQ
PRH97837.1 VLRRADGTSLIYRPNPARRGPQ
PRH96214.1 VLRRADGTSLIYRPNPARRGPQ
PRH89993.1 VLRRADGTSLIYRPNPARRGPQ
Pada kolom “Enter or paste a protein alignment in any supported format” klik Choose File
kemudian pilih file yang sudah terdownload dari Clustal Format tadi kemudian klik submit.
Maka akan muncul gambar seperti gambar dibawah ini
>EMBOSS0001
MPRARWLQSAALMGALAVVLITAAPVAADAYQVPAPPSPTASCDVISPVAIPCVALGKFA
DAVAAECRRVGVPDARCVLPLAHRVTQAARDAYLQSWVHRTARFQDALQDPVPLRETQWL
GTHNSFNSLSDSFTVSHADSNQQLSLAQQLDIDVRALELDLHYLPRLEGHGAPGVTVCHG
LGPKNANLGCTVEPLLATVLPQIANWLNAPGHTEEVILLYLEDQLKNASAYESVVATLDQ
VLRRADGTSLIYRPNPARRGPQ
5. Cari sequence consensus
Buka situs https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetCTL-1.2 untuk prediksi epitope CTL
(CYTOTOXIC T-CELL LIMFOSIT). Pada kolom “Paste a single sequence or several sequences
in FASTA format into the field below:” copi paste hasil emboss maka akan muncul gambar
seperti dibawah ini
7. Prediksi epitope sel CTL dimana pada situs NETCTL di cari semua Allel mulai dari superserotype A1-
B62