https://doi.org/xxxxxxxxx (filled by editor) J. Pharm. Sci. Community, YYYY, Vol (No), page
INTRODUCTION
Mycobacterium smegmatis merupakan bakteri tahan asam yang berbentuk batang , termasuk
bakteri Rapidly Growing Mycobacteria (RGM) , Non-Tuberculous Mycobacterial (NTM), dan non-
patogen. Pada defisiensi imun, bakteri M. smegmatis dapat menyebabkan infeksi kulit dan jaringan
lunak, limfadenitis, infeksi paru, infeksi tulang dan sendi, serta infeksi kateter bakteremia.
Mycobacterium smegmatis diketahui resisten terhadap antibiotik ampisilin, eritromisin, amoksisilin,
streptomisin dan sensitif terhadap rifampisin, piranizimida, etambutol, dan isoniazid (Siqueira et al.,
2016; T et al., 2020).
1
Fikriyah et al. J. Pharm. Sci. Community, YYYY, vol (no), page
Mycobacterium smegmatis memiliki persamaan dengan Mycobacterium tuberculosis. Kesamaan
utama adalah biosintesis mycothiol untuk memproduksi thiol yang berperan dalam pertumbuhan
Mycobacterium sp. Selain itu, M. smegmatis dan M. tuberculosis memiliki sifat biokimia dan informasi
genetik yang sama. (Butt and Tirmizi, 2019). Dalam pencarian obat anti-tuberculosis baru , M.
smegmatis dapat menjadi bakteri pengganti M. tuberculosis. Selain memiliki sifat yang cepat tumbuh
dan memiliki model yang sama dengan M.tuberculosis , M. smegmatis merupakan model yang baik
untuk mempelajari sifat-sifat biologi secara umum dari mikobakteria seperti kondisi fisiologis, respons
terhadap stres, reaktivasi dari keadaan non-kultur. Oleh sebab itu, bakteri ini dapat digunakan untuk
menggantikan mikobakteria lain dalam penemuan obat antimikobakteri.
Metabolit sekunder bakteri basil Gram positif diketahui mempunyai peran dalam penemuan
obat baru, contohnya Streptomyces sp dan Bacillus sp.(Abdel-Razek et al., 2020). Bakteri basil Gram
positif berspora hampir selalu mensintesis metabolit antimikroba yang bertujuan untuk membatasi
pertumbuhan pesaing selama tahap rentan ini dalam siklus hidup mereka. Metabolit tersebut dapat
berupa peptida dan poliketida yang bekerja seperti antibiotik β-laktam dan aminoglikosida yang pada
umumnya digunakan secara luas (Djaenuddin and Muis, 2015). Senyawa peptida dapat berupa
surfactin, plipastatin, bacillibactin, bacilysin, bacillomycin, locillomycin, xenocoumacin, pelgipeptin, dan
tridecaptin. Sedangkan, senyawa poliketida berupa difficidin, bacillaene, kalimantacin/bantumin, dan
macrolactin. (Kai, 2020).
Banyak hal dapat mempengaruhi produksi metabolit sekunder dari bakteri basil Gram positif,
contohnya adalah komponen media produksi serta lingkungan seperti suhu dan pH. (Al-Ansari et al.,
2020). Sumber karbon dan nitrogen dalam media yang digunakan untuk produksi metabolit sekunder
berpengaruh terhadap aktivitas metabolit sekunder yang dihasilkan oleh Streptomyces sp atau Bacillus
sp. Sumber nutrisi karbon dibutuhkan untuk pembentukan biomassa ,nutrisi pertumbuhan,dan
peningkatan energi biosintetik metabolit. Nutrisi karbon dapat berupa glukosa, laktosa, gliserol, dan
starch. Sumber nitrogen juga dibutuhkan dalam sintesis protein, DNA, RNA, dan ATP sebagai
penyimpanan dan transfer energi dalam sel bakteri. Nutrisi nitrogen dapat berupa beef extract,
soybean meal, malt extract , dan kasein. Pada penelitian ini, sumber karbon yang akan digunakan
adalah starch, sedangkan sumber nitrogen yang digunakan adalah yeast dan pepton.(Poernomo et al.,
2020)
Penelitian ini akan melakukan eksplorasi terhadap bakteri yang diisolasi dari hasil fermentasi
usus teripang laut (Holothuria scabra). Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan oleh (Hidayati et
al., 2021), telah diisolasi 9 bakteri basil Gram positif (HSFI (Holothuria scabra Fermented Instestine)-2,
HSFI-3, HSFI-4, HSFI-5, HSFI-6, HSFI-8, HSFI-9, HSFI-10, dan HSFI-12). Salah satu isolat, HSFI-5 telah
diidentifikasi secara molekuler merupakan Bacillus tequilensis. Beberapa isolat bakteri basil Gram
positif tersebut diketahui berpotensi menghasilkan enzim proteolitik dan trombolitik, namun
potensinya sebagai antibakteri belum diketahui. Uji aktivitas antibiotik yang akan digunakan dalam
penelitian ini yaitu uji difusi cakram kertas atau Kirby bauer
METHODS
Material and chemicals
Mycobacterium smegmatis mc155 didapatkan dari koleksi Laboratorium Mikrobiologi Fakultas
Kedokteran Universitas Muhammadiyah Semarang. Bakteri basil Gram positif diisolasi dari fermentasi
isi perut pencernaan teripang pasir (Holothuria scabra) di dapatkan dari laboratorium Mikrobiologi
FIKKES Universitas Muhammadiyah Semarang. Media yang digunakan dalam penelitian ini adalah
Mueller Hinton Agar (oxoid), Starch Yeast Peptone (..), Mueller Hinton Broth (oxoid). Zat kimia yang
digunakan adalah DMSO (Sigma), etil asetat (Merck), Hcl alkohol, carbol fuchsin, methylene blue, H2SO4
, BaCl2, dan bubuk NaCl.
Persiapan media
Pembuatan MHA diperlukan 5,13 gr bubuk MHA dan 135 ml aquadest. Campur komponen ,
aduk, dan panaskan sampai mendidih dengan magnetic stirrer. Setelah komponen terlarut , sterilkan
dengan autoklaf selama 15 menit pada suhu 121°C dengan tekanan 15 psi.
Pembuatan MHB diperlukan 0,21 gr bubuk MHB ke dalam 10ml aquadest. Aduk hingga
homogen , kemudian panaskan menggunakan magnetic stirrer. Larutan campuran MHB disterilkan
menggunakan autoklaf pada suhu 121°C selama 15 menit dengan tekanan 15 psi.
Pembuatan SYP diperlukan 12,75 gr starch, 5,1 gr yeast, 2,55 gr peptone, 6,375 gr NaCl, dan
1,225 L . Campur komponen , aduk, dan panaskan sampai mendidih dengan magnetic stirrer. Setelah
2
Fikriyah et al. J. Pharm. Sci. Community, YYYY, vol (no), page
komponen terlarut , sterilkan dengan autoklaf selama 15 menit pada suhu 121°C dengan tekanan 15
psi.
3
Fikriyah et al. J. Pharm. Sci. Community, YYYY, vol (no), page
higroskopis. Etil asetat merupakan pelarut semi polar yang mampu menarik senyawa-senyawa dengan
rentang polaritas lebar dari polar hingga nonpolar (Warditiani, 2022). Hasil ekstraksi menunjukan
terdapat perbedaan warna , berat, dan kapasitas produksi ekstrak metabolit sekunder bakteri basil
gram positif HSFI yang kental,(Table 1).
Uji aktivitas antibakteri dilakukan secara difusi menggunakan metode kirby bauer. Ukuran
zona bening dapat dipengaruhi oleh kecepatan pertumbuhan bakteri, kecepatan difusi antimikroba,
dan derajat sensitifitas mikroorganisme (Soleha, 2015). Diameter zona bening yang terbentuk dapat
dijadikan tolak ukur dari kekuatan senyawa bioaktif yang terkandung dalam ekstrak metabolit
sekunder bakteri basil Gram positif. Semakin besar diameter zona bening yang terbentuk menandakan
semakin kuatnya senyawa bioaktif di dalam ekstrak metabolit sekunder bakteri basil Gram positif
menghambat pertumbuhan bakteri (Djaenuddin and Muis, 2015). Pengukuran diukur dengan satuan
milimeter (mm) pada diagonal vertikal dan horizontal kemudian dimasukan ke rumus davis and stout
(Kandoli et al., 2016) (Figure 1). Rerata terbesar dibentuk oleh ekstrak HSFI-9 dengan diameter 7,67
mm dengan interpretasi sedang dan rerata terkecil dibentuk oleh ekstrak HSFI-12 dengan diameter
0,44 mm dengan interpretasi lemah (Table 2). Data yang telah diukur kemudian di proses dengan uji
Kruskal wallis post hoc Mann whitney u . Hasil uji analisis yaitu terdapat perbedaan rerata diameter
zona hambat yang signifikan p value (<0,05) antara kelompok kontrol negatif terhadap kelompok
HSFI-2, HSFI-4, HSFI-6, dan HSFI-9. Hal tersebut menandakan bahwa ekstrak HSFI-2, HSFI-4 , HSFI-6 ,
dan HSFI-9 memiliki potensi untuk menghambat bakteri (Table 3)(Figure 2).
Salah satu yang dapat mempengaruhi pertumbuhan bakteri yaitu senyawa yang terkandung di
dalam ekstrak. Terdapat dua macam kelas senyawa aktif yang terkandung dalam metabolit sekunder
bakteri yaitu peptida dan poliketida. Senyawa peptida disintesis karena peran gen Non-Ribosomal
Peptide Synthetase (NRPS) yang bekerja dengan membunuh bakteri melalui membran sel, sedangkan
senyawa poliketida disintesis karena peran gen Polyketide Synthase (PKS) yang bekerja dengan
membunuh bakteri melalui membran sel dan sintesis protein bakteri (Harwood et al., 2018; Kai, 2020).
Beberapa senyawa aktif metabolit sekunder basil gram positif seperti surfactin, bacillomycin ,
locillomycin, bersifat polar sehingga dapat memberikan efek penghambat senyawa yang lebih
maksimal (Ancela R, Usman P, 2015) . Suatu senyawa yang mempunyai polaritas yang optimum akan
mempunyai aktivitas antimikroba maksimum, karena untuk interaksi suatu senyawa antibakteri
dengan bakteri diperlukan keseimbangan hidrofobik-lipofilik atau hydrophilic liphophilic balance . (Luo
et al., 2015).
Banyak hal yang dapat mempengaruhi produksi metabolit sekunder dari bakteri basil Gram
positif, contohnya adalah komponen media produksi serta lingkungan seperti suhu dan pH.(Al-Ansari
et al., 2020) Pada penelitian ini, media yang digunakan saat ekstraksi adalah Starch Yeast Peptone
Broth. Sumber karbon yang digunakan sebagai nutrisi bakteri basil gram positif HSFI adalah starch,
sedangkan sumber nitrogen yang digunakan sebagai nutrisi bakteri basil gram positif HSFI adalah
yeast dan pepton. Dengan media SYP basil gram positif HSFI mampu menghasilkan total berat ekstrak
yang berbeda-beda. Total berat ekstrak terbesar yaitu ekstrak HSFI-9 dengan berat 7 mg dan ekstrak
yang terkecil yaitu HSFI-2 dan HSFI-12 dengan berat 0,6 mg. Selain memiliki aktivitas antibakteri yang
besar, bakteri basil gram positif HSFI-9 juga diketahui memiliki kapasitas ekstrak terbesar diantara
ekstrak HSFI yang lainnya.
CONCLUSIONS
Bakteri basil gram positif HSFI-9 dengan media SYP memiliki kapasitas ekstrak terbesar
dengan total berat 7mg dan dapat membentuk zona bening paling panjang diantara HSFI lainnya
sebesar 7,67 mm dengan interpretasi sedang. Walaupun ekstrak bakteri basil gram positif HSFI-2,
HSFI-4, HSFI-6, memiliki zona hambat yang lemah, akan tetapi pada analisis data membuktikan bahwa
kelompok kontrol negatif signifikan terhadap kelompok tersebut yang berarti memiliki potensi untuk
menghambat bakteri
ACKNOWLEDGEMENTS
Terima kasih kepada Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Semarang
REFERENCES
T, J.A.S., J, R., Rajan, A., Shankar, V., 2020. Features of the biochemistry of Mycobacterium smegmatis, as
a possible model for Mycobacterium tuberculosis. Journal of Infection and Public Health, 13(9),
1255–1264.
4
Fikriyah et al. J. Pharm. Sci. Community, YYYY, vol (no), page
Butt, S., Tirmizi, A., 2019. Mycobacterium smegmatis bacteremia in an immunocompetent host.
IDCases, 15, e00523.
Abdel-Razek, A.S., El-Naggar, M.E., Allam, A., Morsy, O.M., Othman, S.I., 2020. Microbial natural products
in drug discovery. Processes, 8(4).
Kai, M., 2020. Diversity and Distribution of Volatile Secondary Metabolites Throughout Bacillus subtilis
Isolates. Frontiers in Microbiology, 11(April).
Hidayati, N., Nurrahman, N., Fuad, H., Munandar, H., Zilda, D.S., Ernanto, A.R., Samiasih, A., Oedjijono, O.,
Ethica, S.N., 2021. Bacillus tequilensis Isolated from Fermented Intestine of Holothuria Scabra
Produces Fibrinolytic Protease with Thrombolysis Activity. IOP Conference Series: Earth and
Environmental Science, 707(1).
Al-Ansari, M., Kalaiyarasi, M., Almalki, M.A., Vijayaraghavan, P., 2020. Optimization of medium
components for the production of antimicrobial and anticancer secondary metabolites from
Streptomyces sp. AS11 isolated from the marine environment. Journal of King Saud University -
Science, 32(3), 1993–1998.
Poernomo, A.T., Nisa, S.K., Aliyah, Z.S., Isnaeni, I., 2020. Effects of carbon and nitrogen sources on the
antibacterial activity of Bacillus tequilensis BSM-F symbiotic with Halichondria panicea
sponge from the Cabbiya Coast, Madura, Indonesia. Pharmaciana, 10(2), 125.
Siqueira, F.M., Lopes, C.E., Snell, G.G., Gomes, M.J.P., 2016. Identification of Mycobacterium smegmatis in
Bovine Mastitis. Acta Scientiae Veterinariae, 44(1), 4.
Djaenuddin, N., Muis, A., 2015. Karakteristik Bakteri Antagonis Bacillus subtilis Dan Potensinya Sebagai
Agens Pengendali Hayati Penyakit Tanaman. Prosiding Seminar Nasional Serealia, 489–494.
Harwood, C.R., Mouillon, J.M., Pohl, S., Arnau, J., 2018. Secondary metabolite production and the safety
of industrially important members of the Bacillus subtilis group. FEMS Microbiology Reviews,
42(6), 721–738.
Soleha, T.U., 2015. Uji Kepekaan Terhadap Antibiotik. Juke Unila, 5(9), 121.
Trisia, A., Philyria, R., Toemon, A.N., 2018. Antibacterial Activity Test of Ethanol Extract from
Kalanduyung Leaf (Guazuma ulmifolia Lam.) on Staphylococcus aureus Growth with Difussion
Method (Kirby-Bauer). Anterior Jurnal, 17(2), 136–143.
Kandoli, F., Abijulu, J., Leman, M., 2016. Uji Daya Hambat Ekstrak Daun Durian (Durio Zybethinus)
Terhadap Pertumbuhan Candida Albicans Secara in Vitro. Pharmacon, 5(1).
Lozano, G.E., Beatriz, S.R., Cervantes, F.M., María, G.N.P., Francisco, J.M.C., 2018. Low accuracy of the
McFarland method for estimation of bacterial populations. African Journal of Microbiology
Research, 12(31), 736–740.
Stanley E. Lazic, Charlie J. Clarke-Williams, M.R.M., 2018. What exactly is “N” in cell culture and animal
experiments? PLOS BIOLOGY, 16(4), 1–14.
CLSI, 2011. Appendix J. Agar Disk Elution Method for Mycobacterium haemophilum, Susceptibility
Testing of Mycobacteria, Nocardia spp., and Other Aerobic Actinomycetes.
Rakhmawatie, M.D., n.d. Potential secondary metabolite from Indonesian Actinobacteria ( InaCC A758 )
against Mycobacterium tuberculosis (8).
Delhi, N., 2019. Internal Quality Control ( IQC ) Antimicrobial Susceptibility Tests Using Disk Diffusion
(April).
Gildoberg N, et al, 2017. Standardization of the safety level of the use of DMSO in viability assays in
bacteria cells. MOL2NET, (3), 1–6.
Street, A., Korman, T., 2010. Rifampicin (Rifampin). Kucers’ The Use of Antibiotics Sixth Edition, 1587–
1626.
Warditiani, L., 2022. Isolasi dan identifikasi senyawa aktif Lytocarpus phillipinus sebagai bakterisida
pada udang. marina chimica acta, 1(1), 4–8.
Ancela R, Usman P, E.R., 2015. UJI ANTIBAKTERI EKSTRAK BATANG KECOMBRANG (Nicolaia speciosa
Horan) TERHADAP Staphylococcus aureus DAN Escherichia coli. JOM Faperta, 2(2), 1–72.
Luo, C., Liu, X., Zhou, H., Wang, X., Chen, Z., 2015. Nonribosomal peptide synthase gene clusters for
lipopeptide biosynthesis in Bacillus subtilis 916 and their phenotypic functions. Applied and
Environmental Microbiology, 81(1), 422–431.
5
Fikriyah et al. J. Pharm. Sci. Community, YYYY, vol (no), page
TABLE AND FIGURES
Figure 1. Pengukuran zona hambat Figure 2. Hasil Uji Kirby Bauer ekstrak HSFI-2, HSFI-4, HSFI-
6 , HSFI-9, dan kontrol positif terhadap M.smegmatis
Tabel 1. Hasil ekstrak metabolit sekunder semua bakteri basil gram positif HSFI
Kapasitas
Total berat Warna produksi
Nama Isolat Gambar isolat
ekstrak (mg) ekstrak ekstrak
(mg/mL)
Cokelat
HSFI-2 0,6 0,004 mg/mL
muda
Cokelat
HSFI-4 1,6 0,0071 mg/mL
muda
Cokelat
HSFI-5 2,1 0,007 mg/mL
muda
6
Fikriyah et al. J. Pharm. Sci. Community, YYYY, vol (no), page
HSFI-6 2,0 Cokelat 0,0067 mg/mL
Cokelat
HSFI-9 7,4 0,0246 mg/mL
muda
7
Fikriyah et al. J. Pharm. Sci. Community, YYYY, vol (no), page
Tabel 3. Hasil Uji Mann-Whitney U
Kelompok p Keterangan
I II
Kontrol Positif HSFI-2 <0,001 Signifikan
(Rifampicin) HSFI-4 <0,001 Signifikan
HSFI-5 <0,001 Signifikan
HSFI-6 <0,001 Signifikan
HSFI-8 <0,001 Signifikan
HSFI-9 <0,001 Signifikan
HSFI-10 <0,001 Signifikan
HSFI-11 <0,001 Signifikan
HSFI-12 <0,001 Signifikan
8
Fikriyah et al. J. Pharm. Sci. Community, YYYY, vol (no), page