TUGAS PAPER BIOPROSES

“METABOLIT SEKUNDER MIKROBA”

Dosen Pengampu : Dr. phil. nat. Nurmiati

OLEH :

Nama : Anggun Wulandari

No Bp : 1820422013

PASCA SARJANA BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS ANDALAS

PADANG, 2018
 METABOLIT SEKUNDER PADA MIKROBA

Metabolit sekunder mikroba adalah produk massa molekul rendah dari metabolisme sekunder,
biasanya dihasilkan selama fase pertumbuhan akhir (idiofase) dari jenis mikroorganisme yang
relatif kecil. Metabolisme sekunder tidak penting untuk pertumbuhan kultur produksi tetapi
melayani fungsi kelangsungan hidup yang berbeda di alam (Demain dan Fang, 2000). Meskipun
tidak penting untuk pertumbuhan mikroba, metabolit sekunder sangat penting untuk kesehatan,
nutrisi, dan ekonomi masyarakat kita (Berdy, 2005).
Mungkin penggunaan metabolit sekunder yang paling penting adalah sebagai obat anti
infeksi. Pada tahun 2000, metabolit sekunder anti-infektif memasarkan 55 miliar dolar (Barber et
al., 2004), tetapi pada tahun 2007, pasar untuk antibiotik adalah 66 miliar dolar (Demain dan
Sanchez, 2009).
Jika obat modern terus berlanjut dalam bentuknya yang sekarang, keluarga baru
antibiotik harus memasuki pasar secara berkala. Baru-baru ini, antibiotik baru telah
diperkenalkan ke pasar penyakit anti-infeksi, misalnya, augmentin, ceftriaxone, dan
klaritromisin. Namun, dalam 10 tahun mendatang, program skrining yang lebih agresif untuk
pemilihan senyawa alami dan kimia baru diperlukan untuk menghasilkan antibiotik baru
terhadap bakteri resisten.
Selain mencari senyawa baru dengan aktivitas antibakteri, selama dekade terakhir
industri farmasi telah memperpanjang program skrining ke area penyakit lain (Cardenas et al.,
1998; Kremer et al., 2000; Demain, 2002) seperti kolesterol menurunkan obat, misalnya statin
(Nicholls et al., 2007), obat antikanker misalnya bleomycin, dactinomycin, doxorubicin dan
staurosporin (Minotti et al., 2004), imunosupresan untuk memungkinkan transplantasi organ,
misalnya, siklosporin, FK-506, rapamycin dan ascomycin (Borel, 2002;), agen antimycotic,
misalnya, anidulafungin (Ikeda et al., 2007), senyawa antihelmintik yaitu ivermectin,
milbemycin dan spinosyns (Kirst et al., 2002), dan stimulator motor gastrointestinal, misalnya
EM 574 dan mitemcinal (McCallum and Cynshi, 2007). Selain itu, National Cancer Institute
(NCI) menginvestasikan banyak upaya dalam mengevaluasi aktivitas penghambatan virus HIV-1
oleh pepstatin A, pentapeptida kecil yang dihasilkan oleh beberapa spesies Streptomyces dengan
asam hidroksiamino unik (statin), yang secara sterik memblokir situs aktif protease HIV-1
(Cragg dan Newman, 2001; Yang et al., 2001).
 Peran luar biasa mikroorganisme dalam produksi antibiotik dan obat-obatan lain untuk
mengobati penyakit serius tertentu sangat terkenal. Saat ini, dengan kurang dari 1% dunia
mikroba yang telah dieksplorasi, kemajuan teknik untuk budidaya mikroba dan ekstraksi asam
nukleat dari tanah dan habitat laut memungkinkan akses ke reservoir keanekaragaman genetik
dan metabolisme yang sangat luas (Sanchez dan Olson, 2005).
Jalur biosintesis utama yang terlibat dalam metabolisme sekunder adalah mereka yang
membentuk senyawa aromatik, isopren, oligosakarida, peptida, poliketida, dan cincin ß-laktam.
Pengetahuan tentang jalur bervariasi dari kasus-kasus di mana urutan asam amino dari enzim dan
urutan nukleotida dari gen yang diketahui (misalnya, untuk sefalosporin dan penisilin), untuk
mereka yang bahkan langkah-langkah enzimatik masih belum diketahui (Paradkar et al., 2003).
Metabolit sekunder terbentuk melalui jalur enzimatik yang terjadi melalui protein individu, bebas
atau kompleks, atau melalui bagian dari polipeptida multifungsi besar yang membawa banyak
langkah enzimatik, misalnya, sintase poliketida dan sintetase peptida (Demain, 1998).
Metabolisme sekunder biasanya terjadi pada fase pertumbuhan akhir dari
mikroorganisme yang menghasilkan. Sifat temporal dari metabolisme sekunder tentu bersifat
genetik tetapi ekspresi dapat sangat dipengaruhi oleh manipulasi lingkungan. Oleh karena itu,
metabolisme sekunder sering disebabkan oleh keletihan nutrisi, atau penambahan inducer dan /
atau oleh penurunan laju pertumbuhan (Bibb, 2005). Kejadian-kejadian ini menghasilkan sinyal
yang menyebabkan kaskade kejadian regulasi yang mengakibatkan kimia (metabolisme
sekunder) dan diferensiasi morfologi (morfogenesis) dari produsen metabolit sekunder mikroba.
Sinyal ini sering merupakan induksi butyrolactone berat molekul rendah yang bertindak dengan
mengikat dan menonaktifkan protein pengatur (protein pengontrol / protein reseptor) yang
biasanya mencegah metabolisme sekunder dan morfogenesis selama pertumbuhan cepat dan
kecukupan gizi (Ohnishi et al., 2005). Pembentukan antibiotik juga diatur oleh nutrisi (nitrogen,
fosfor dan sumber karbon), logam, tingkat pertumbuhan, kontrol umpan balik dan inaktivasi
enzim (Sanchez dan Demain, 2002). Di antara nutrisi, efek sumber karbon pada produksi
metabolit sekunder telah menjadi subjek studi terus menerus untuk kedua, industri dan kelompok
penelitian, tidak hanya dari fermentasi, tetapi juga dari titik berdiri biokimia dan biologi
molekuler. Dalam karya ini, kami akan meninjau regulasi sintesis metabolit sekunder mikrobial
oleh sumber karbon, serta mekanisme yang terlibat di dalamnya. Penekanan khusus akan
diberikan kepada metabolit sekunder yang dihasilkan oleh genus Streptomyces.
Klasifikasi
Senyawa metabolit sekunder diklasifikasikan menjadi 3 kelompok utama, yaitu:
 Terpenoid (Sebagian besar senyawa terpenoid mengandung karbon dan hidrogen serta
disintesis melalui jalur metabolisme asam mevalonat.) Contohnya monoterpena,
seskuiterepena, diterpena, triterpena, dan polimer terpena.
 Fenolik (Senyawa ini terbuat dari gula sederhana dan memiliki cincin benzena, hidrogen,
dan oksigen dalam struktur kimianya.) Contohnya asam fenolat, kumarina, lignin, flavonoid,
dan tanin.
 Senyawa yang mengandung nitrogen. Contohnya alkaloid dan glukosinolat.
Beberapa contoh metabolit sekunder

Regulasi sumber karbon dari produksi metabolit sekunder pada bakteri Gram-positif
Bakteri Gram-positif ditandai dengan memiliki peptidoglikan serta polisakarida dan / atau asam
teikoat sebagai bagian dari struktur dinding sel mereka. Selain itu, kandungan guanin dan sitosin
(GC) dari DNA secara signifikan bervariasi di antara bakteri ini. Dengan demikian, filum
Firmicutes berhubungan dengan bakteri Gram-positif dengan kandungan GC rendah dan filum
Actinobacteria mengandung GC tinggi dalam struktur DNA-nya. Firmicutes termasuk kelas
Bacilli, Chlostridia, dan Mollicutes. Actinobacteria termasuk ordo Actinomycetales.
Bakteri Gram positif telah dilaporkan mampu menghasilkan metabolit sekunder baik melalui
mekanisme ribosom atau non-ribosom. Dalam hal ini pesanan Actinomycetales, Bacillales, dan
Lactobacillales layak disebutkan secara khusus.
Actinomycetales
Actinomycetales adalah bakteri yang berserabut, seringkali bercabang dan beragam secara
morfologis (Madigan et al., 2003). Mereka kebanyakan adalah eubakteria Gram positif,
meskipun beberapa spesies dengan struktur dinding sel yang kompleks tidak menunjukkan
pewarnaan Gram yang jelas. Kebanyakan spesies adalah saprotropik, tetapi sedikit yang bersifat
patogen pada tumbuhan atau hewan, termasuk manusia. Selain itu, mereka terutama
mikroorganisme aerobik dan kemo-organotrofik dengan kandungan GC tinggi. Actinomycetales
termasuk keluarga seperti corynebacteriaceae, pseudonocardiaceae, streptomycetaceae,
nocardiaceae, dll. (Garrity et al., 2004) dan telah menerima perhatian khusus baik karena aplikasi
industri mereka atau kemampuan mereka untuk menyebabkan penyakit manusia. Karena
pentingnya mereka sebagai produsen metabolit sekunder, streptomycetaceae, nocardiaceae, dan
corynebacteriae layak mendapat perhatian khusus.
Kemampuan untuk memproduksi berbagai metabolit sekunder termasuk antibiotik dan
senyawa bioaktif adalah salah satu sifat Streptomyces yang paling menarik. Genus ini
menghasilkan sekitar 70% antibiotik yang bermanfaat secara klinis dan agen antikanker
(Demain, 1999).
Untuk produksi metabolit sekunder, intermediet intraseluler umum seperti asam amino,
gula, asam lemak, terpene, dll dikondensasi menjadi struktur yang lebih kompleks dengan jalur
biokimiawi yang ditentukan (Omura et al., 2001). Hampir 5% genom streptomisetes (antara 23
dan 30 kluster gen) dikhususkan untuk sintesis metabolit sekunder (Ikeda et al., 2003).
Persentase tertinggi yang dilaporkan adalah 6,43% untuk genom S. avermitilis, karena
mikroorganisme ini memiliki proporsi tertinggi dari kelompok gen metabolit sekunder yang
diprediksi dari semua genom bakteri yang diurutkan hingga saat ini (Omura et al., 2001). Sesuai
dengan informasi ini, S. avermitilis mengandung 25 gugus yang melibatkan biosintesis melanin,
karotenoid, siderophores, poliketida, dan senyawa peptida (Ikeda et al., 2003).
Streptomyces metabolit sekunder diproduksi melalui fermentasi mikroba. Onset
biosintesis responsif terhadap isyarat lingkungan termasuk fosfat (Martín, 2004) dan konsentrasi
oksigen, sifat dan tingkat sumber karbon dan nitrogen serta variabel khas seperti suhu, cahaya,
dan pH. Beberapa mekanisme pengaturan secara tepat terlibat untuk onset, pemeliharaan dan
kesimpulan dari metabolisme sekunder (Sanchez dan Demain, 2002). Di antara mekanisme ini,
pengaturan sumber karbon adalah salah satu faktor utama yang diperlukan untuk mengendalikan
metabolisme sekunder.
 Telah diketahui bahwa beberapa gula umumnya digunakan sebagai sumber karbon untuk
pertumbuhan dan produksi metabolit sekunder, tetapi beberapa dari mereka lebih disukai oleh
genus ini. Pada tingkat molekuler, penggunaan khusus dari satu sumber karbon di atas yang lain
dan sintesis metabolit sekunder merespon baik untuk pencegahan aktivasi transkripsional (Uguru
et al., 2005) atau represi. Represi oleh sumber karbon umumnya dikenal sebagai CCR (Hodgson,
2000; Brückner dan Titgemeyer, 2002; Titgemeyer dan Hillen, 2002). Ini adalah fenomena yang
biasanya disebabkan oleh glukosa, tetapi pada organisme yang berbeda, sumber karbon lain yang
cepat dimetabolisme dapat menyebabkan penindasan dan, memang, kadang-kadang menekan
katabolisme glukosa itu sendiri (Sanchez dan Demain, 2002).
Lebih dari 30 contoh metabolit sekunder dilaporkan ditekan oleh keberadaan sumber
karbon. Glukosa dan karbohidrat lain, seperti gliserol, maltosa, manosa, sukrosa dan xilosa, telah
dilaporkan mengganggu sintesis metabolit sekunder. Misalnya, glukosa menekan pembentukan
antibiotik aminoglikosida (streptomisin, kanamisin, istamycin, neomisin, gentamisin), melalui
represi enzim biosintesis (Demain, 1989; Piepersberg dan Distler, 1997). Gula menekan
streptomisin dan produksi neomisin oleh S. griseus dan Streptomyces fradiae, masing-masing.
Mekanisme ini melibatkan mannosidostreptomycinase dan alkaline phosphatase represi untuk
streptomisin dan biosintesis neomisin, masing-masing (Demain dan Inamine, 1970;
Bandyopadhyay dan Majumdar, 1974). Untuk produksi gentamisin, efek glukosa tampaknya
terjadi pada tahap di luar antibiotik antara 2-deoxystreptamine (Escalante et al., 1992).
Streptomyces
Genus Streptomyces telah ditemukan di lingkungan yang berbeda, yang sering berubah
menjadi kompleks dan merugikan. Oleh karena itu, untuk berkembang, mereka harus bersaing
dengan mikroorganisme lain untuk nutrisi yang ada di lingkungan. Untuk tujuan ini, mereka
memiliki kemampuan untuk menghasilkan berbagai metabolit sekunder, seperti zat antibakteri
dan antijamur (Xiong et al., 2004).
Selain itu, nutrisi di alam biasanya hadir dalam berbagai kompleksitas sehingga
mikroorganisme harus memiliki alat yang diperlukan untuk berhasil dalam pemanfaatannya.
Untuk tujuan ini, 819 protein yang berpotensi disekresikan telah diprediksi beroperasi di S.
coelicolor. Di antara mereka, amilase, selulase / endoglukanase, kitinase / chitosanase, protease /
peptidase, dan lyase pekte sangat penting dan banyak dari enzim ini juga memiliki kepentingan
komersial (Bentley et al., 2002). Selanjutnya, karena kemampuan mereka untuk menurunkan
beberapa polimer alami, streptomisetes memainkan peran penting dalam ekologi tanah. Sangat
sering, kondisi lingkungan yang kompleks dan berubah dapat menghasilkan stres mikroba.
Untuk menghadapi ini, streptomycetes dipersenjatai dengan banyak protein (614 untuk S.
coelicolor), yang membantu genus ini bertahan hidup dengan kondisi yang buruk. Protein
pelindung ini termasuk transporter, protein penghabisan obat dan hidrolase (Bentley et al., 2002).
Fleksibilitas fisiologis streptomisetes yang tinggi, siklus hidup kompleks mereka dan
kemampuan untuk menghasilkan berbagai macam metabolit sekunder tercermin dalam ukuran
genom mereka. Dengan ukuran 8,54, 8,7 dan 9,03 Mb, genom S. griseus, S. coelicolor dan
Streptomyces avermitilis, masing-masing, adalah salah satu urutan genom terbesar yang
ditemukan di dunia mikroba (Ohnishi et al., 2008; Weber et al., 2003). Mereka memiliki
kandungan GC yang lebih tinggi (lebih dari 70%) daripada hampir semua organisme lainnya.
Tidak seperti kebanyakan kromosom eubakteri lainnya, kromosom dari genus ini linear dengan
pengulangan terminal-terbalik dan protein terminal kovalen terikat pada ujung 5 '. Gen rumah
tangga terutama ditemukan di bagian tengah kromosom linier, sedangkan fungsi non-esensial
sering terletak di dekat ujungnya (Hopwood, 1999). Di bagian inilah gen yang mengkode
metabolit sekunder atau transposon berada. Lebih lanjut, gen lain yang mengkode protein yang
terlibat dalam biosintesis metabolit sekunder juga terdapat dalam plasmid linier besar yang
ditemukan pada bakteri ini (Mochizuki et al., 2003).
Contoh tambahan antibiotik yang produksinya diatur oleh sumber karbon termasuk
antibiotik β-laktam dan makrosiklik poliketida. Cephamycin C adalah antibiotik β-laktam yang
diproduksi oleh Streptomyces clavuligerus yang sintesisnya dihalangi oleh gliserol melalui
represi enzim cephamycin C sintetase dan expandase. Selain itu, aktivitas expandase dihambat
oleh intermediet glikolisis terfosforilasi seperti glukosa 6-fosfat dan fruktosa 1-6 bis-fosfat
(Lebrihi et al., 1988). Selain cephamycin C, S. clavuligerus menghasilkan asam klavulanat,
inhibitor beta-laktamase. Meskipun terkait secara struktural, kedua beta-laktam ini berasal dari
prekursor biosintetik yang berbeda. Anehnya, meskipun gliserol menghapuskan produksi
cephamycin C, secara bersamaan meningkatkan pembentukan asam klavulanat. Memang, karena
actinomycete ini tidak dapat menggunakan glukosa (Garcia-Dominguez et al., 1989), gliserol
adalah sumber karbon yang baik untuk fermentasi asam klavulanat (Saudagar dan Singhal,
2007).
 Poliketida makrosiklik yang dihasilkan oleh tipe-I dan II poliketyde sintetase (PKS)
adalah metabolit sekunder yang sangat signifikan karena aplikasi klinisnya. Contoh yang
dihasilkan oleh tipe-I PKS terdiri dari rifamycin dan erythromycin, berguna untuk melawan
infeksi mikobakteri; FK506, rapamycin, monensin dan avermectin digunakan sebagai antitumor,
imunosupresan, dan agen hewan, masing-masing (Lal et al., 2000). Poliketida diproduksi oleh
PKS tipe-II termasuk actinorhodin, tetracenomycin, anthracyclines dan tetracyclines (Lal et al.,
2000). Produksi poliketida juga ditekan oleh sumber karbon yang berbeda. Misalnya, glukosa
menghambat produksi actinorhodin di Streptomyces lividans dengan menekan sintesis afsR2
mRNA yang mengkodekan protein pengatur global yang terlibat dalam stimulasi biosintesis
metabolit sekunder. Seperti yang diharapkan, tidak ada penindasan yang diamati ketika glukosa
digantikan oleh gliserol dalam mikroorganisme ini (Kim et al., 2001). Seperti pada S. lividans,
gen ini diperlukan dalam S. coelicolor untuk produksi actinorhodin. Menggunakan elektroforesis
gel 2-D, baru-baru ini telah ditunjukkan bahwa AfsR2 mengikat SCO6569 menunjukkan bahwa
protein ini adalah regulator turun AfsR2 untuk biosintesis actinorhodin di S. coelicolor (Im et al.,
2009).
Produksi aktinomisin oleh Streptomyces antibioticus juga dapat dikendalikan oleh
sumber karbon. Dalam mikroorganisme ini, glukosa secara transkripsi menindas
hydroxykynureninase, suatu enzim dari jalur antibiotik. Dalam budaya kontrol S. antibioticus
dengan galaktosa sebagai sumber karbon, mRNA spesifik rendah selama trofofase dan tinggi
pada idiofase. Ketika kultur ini dibandingkan dengan media glukosa, mRNA jauh lebih rendah
dan karenanya, peningkatan aktivitas enzim yang terlihat dalam kontrol oleh 48 jam hampir
sepenuhnya ditekan oleh glukosa atau gliserol bahkan setelah 96 jam inkubasi (Brown et al.,
1980 ). Selain hydroxykynureninase, sintase phenoxazinone ditekan oleh glukosa. Enzim 88.000
Mr ini dikodekan oleh gen 2,3 kb, mengkatalisis kondensasi 4-methyl-3-hydroxyanthraniloyl
pentapeptide untuk menghasilkan actinomycin. Dibandingkan dengan sel kontrol yang tumbuh di
galaktosa, aktivitas spesifik phenoxazinone synthase dan tingkat mRNA-nya menurun dalam
medium glukosa (Jones, 1985).
Ada lebih banyak contoh metabolit sekunder yang sintesisnya terganggu oleh sumber
karbon, tetapi dengan informasi langka tentang enzim target. Ini adalah kasus untuk sintesis
retamycin, kompleks antitumoral anthracycline yang dihasilkan oleh Streptomyces olindensis
menggunakan jalur polyketide. Senyawa ini dapat diproduksi dalam chemostat menggunakan
media terbatas fosfat terbatas. Produksi antrasiklin dari mikroorganisme ini dapat ditekan dengan
glukosa 139 mM. Di bawah kondisi ini, peningkatan ekskresi asam organik (piruvat, sitrat,
suksinat dan laktat), dengan penurunan hasil biomassa diamati, menunjukkan bahwa fluks
melalui jalur glikolitik memainkan peran penting dalam represi biosintesis ini. agen antitumoral
(Inoue et al., 2007).
Doxorubicin juga milik keluarga anthracycline senyawa antitumor. Sintesisnya dapat
terhalang oleh glukosa dan galaktosa di Streptomyces peucetius var. caesius, strain yang
diturunkan oleh mutasi dari produsen daunorubicin Streptomyces peucetius. Efek glukosa
diamati ketika gula ditambahkan pada awal atau setelah 24 jam fermentasi, tetapi tidak ketika
ditambahkan selama fase pertumbuhan stasioner. Selanjutnya, dalam sistem sel istirahat yang
mengandung inhibitor sintesis protein, pembentukan anthracycline tidak dipengaruhi oleh
konsentrasi glukosa tinggi, menunjukkan efek represif daripada penghambatan sebagai
mekanisme pengaturan yang mungkin (Escalante et al., 1999).
Spiramisin adalah antibiotik makrolida yang diproduksi oleh Streptomyces ambofaciens,
digunakan untuk mengobati toksoplasmosis. Produksi antibiotik beranggota 16 terkendali oleh
glukosa dan gliserol (Lounès et al., 1996a). Meskipun gliserol meningkatkan laju pertumbuhan
dan ATP internal, ia menekan produksi spiramisin. Produksi spiramisin spesifik meningkat 10
kali lipat oleh kultur fed-batch dengan gliserol dan pakan amonium (Lounès et al., 1996b).
Dalam kultur batch di bawah penipisan amonium, kelebihan glukosa menyebabkan akumulasi
piruvat dan α-ketoglutarat dan mempertahankan fase produksi antibiotik pada asam ini setelah
kelelahan glukosa (Colombié et al., 2005). Salah satu kesimpulan dari informasi yang disebutkan
di atas adalah bahwa tidak semua gen metabolit sekunder sama-sama sensitif terhadap kontrol
regulasi sumber karbon. Sebagai contoh, produksi actinorhodin sensitif terhadap konsentrasi
glukosa dalam kisaran 100 mM, namun konsentrasi yang lebih tinggi diperlukan untuk menekan
produksi doxorubicin (Escalante et al., 1999).
Saccharopolyspora
Saccharopolyspora erythraea digunakan untuk produksi skala industri dari antibiotik
erythromycin A. Turunan dari antibiotik ini memainkan peran penting dalam pengobatan untuk
pengobatan penyakit infeksi dan sebagai stimulator motor gastrointestinal (Demain dan Sánchez,
2009). Kromosomnya terdiri dari pasangan 8.2 Mb, diprediksi untuk mengkodekan 7.264 gen
(Oliynyk et al., 2007). Seperti yang dilaporkan untuk actinomycetes lainnya, Saccharopolyspora
erythraea memiliki kromosom melingkar. Genomnya mengandung setidaknya 25 kelompok gen
untuk produksi metabolit sekunder yang diketahui atau diprediksi, dan setidaknya 72 gen telah
diprediksi untuk memberikan resistensi terhadap berbagai kelas antibiotik umum (Oliynyk et al.,
2007). Erythromycin dihasilkan dari propionyl-CoA atau succinyl-CoA, melalui proses perakitan
terkemuka yang melibatkan setidaknya 28 situs aktif yang disusun sepanjang tiga protein besar.
Ini diikuti oleh proses hidroksilasi dan glikosilasi yang melibatkan 18 protein tambahan.
Akhirnya, ribosom mikroba dilindungi dari toksisitas spesifik antibiotik tertentu dengan metilasi
spesifik rRNA (Challis dan Hopwood, 2003).
Glukosa secara sementara menekan pembentukan antibiotik (Escalante et al., 1982) mungkin
dengan menekan methylmalonyl-CoA-mutase (Bermudes et al., 1998). Sementara enzim ini
ditekan oleh glukosa, produksi metilbalkonil-CoA dekarboksilase tidak dipengaruhi oleh sumber
karbon, menunjukkan bahwa efek negatif glukosa pada produksi eritromisin dapat disebabkan,
sebagian, untuk menurunkan kumpulan succinyl-CoA dan methylmalonyl-CoA (Bermudez). et
al., 1998). Sebenarnya, teknik Sac. erythraea melalui duplikasi metilmalonil-CoA mutase
menyebabkan peningkatan 50% dalam produksi eritromisin (Reeves et al., 2007). Selain itu,
glukosa atau gliserol menghambat aktivitas transferase O-metil S-adenosylmethionine
erythromycin. Reeve dan Baumberg (1998) mengukur efek glukosa pada transkripsi gen eryAI,
menyandikan tipe I polyketide synthase. Dengan peningkatan konsentrasi glukosa mereka
menemukan penurunan lag sebelum terjadinya produksi eritromisin, tetapi penurunan tingkat
akhir dari ekspresi eryAI. Penggantian glukosa oleh molase tebu disertai dengan pengurangan
konsentrasi amonium sulfat dan suplementasi medium dengan n-propanol telah digunakan untuk
meningkatkan produksi eritromisin dan pengurangan biaya produksi antibiotik (El-Enshasy et al.,
2008).
Di Saccharopolyspora erythraea, gugus biosintetik eritromisin tidak memiliki gen pengatur
(Chng et al., 2008). Namun, 17,7 kDa bldD ortholog baru-baru ini dijelaskan, yang secara positif
mengatur semua promotor dalam kelompok produksi eritromisin, menunjukkan adanya aktivator
transkripsi dari gugus gen ery (Chng et al., 2008). Di S. coelicolor, BldD secara negatif mengatur
ekspresi gen perkembangan kunci (Elliot et al., 2001). mutan bldD pleiotropik mempengaruhi
keduanya, pembentukan hifa udara dan produksi antibiotik dalam mikroorganisme ini (Elliot et
al., 2003). Demikian pula Sac. mutan erythraea bldD menghasilkan fenotip botak dan 7 kali lipat
lebih sedikit eritromisin daripada Kantung. strain jenis liar erythraea (NRRL2338) (Chng et al.,
2008).
Metabolit sekunder lain yang dihasilkan oleh Saccharopolyspora spinosa adalah
macrocyclic lactones, spinosyns. Kelas senyawa baru ini menunjukkan aktivitas insektisida
dengan tingkat selektivitas tinggi terhadap hama tanaman seperti cacing tambang tembakau
(Heliothis virescens) dan ulat grayak selatan (Spodoptera eridania). Senyawa-senyawa ini
mengandung inti tetracyclic yang dibentuk oleh lactone macrocyclic beranggota 12 yang
menyatu dengan sistem cincin trisiklik 5,6,5-cisanti-trans. Yang melekat pada inti tetracyclic
adalah dua gula, gula amino (forosamine) dan gula netral (2,3,4-tri-O-methylated rhamnose).
Sejauh ini, lebih dari 25 spinosyn telah diisolasi dan diidentifikasi dari Sac. spinosa yang
bervariasi dalam pola substitusi metil pada nitrogen forosamin, posisi 2′-, 3′-, 4′-metil dari
rhamnose, dan pada posisi C6, C16, dan C21 dari tetracycle (Crouse et al., 2001) ). Spinosyn
yang paling melimpah diisolasi dari kaldu fermentasi Sac. spinosa adalah spinosyn A dan
spinosyn D.
Spinosyn dirakit dari asetat dan propionat melalui jalur polyketide yang pada akhirnya
mengarah pada pengenalan tiga ikatan C-C intramolekul untuk membentuk tetracycle spinosyn.
Gula netral (rhamnose) dan gula amino (forosamin) digabungkan ke tetralyde di C9 dan C17,
masing-masing. Gula dimetilasi oleh O-methyltransferases dari S-adenosyl-methionine. Baru-
baru ini, seluruh kelompok gen biosintesis spinosyn ditentukan di Sac. spinosa melalui
sekuensing gen dan analisis fungsional dari produk gen (Waldron et al., 2001).
Spinosyn diproduksi oleh fermentasi Sac yang terendam. spinosa. Glukosa sangat penting
untuk pertumbuhan dan produksi insektisida. Konsentrasi glukosa yang tinggi (> 79,6 g / L)
menghambat pertumbuhan miselium dan produksi spinosin (Jin et al., 2006a). Oleh karena itu,
konsentrasi nutrisi ini baik harus terbatas selama fase pertumbuhan awal kultur atau terus-
menerus diberi makan dalam konsentrasi non-supresif.
Nocardia
Genus ini mampu menghasilkan berbagai macam metabolit sekunder. Nocardicin A dan B
(Nocardia sp.), Ryfamicin (Nocardia mediterranea), ansamitocin (Nocardia brasiliensis), 3′-O-
demethyl mutactimycin (Nocardia transvalensis), neo-nocardin (Nocardia kuroishi), dan
cephamycin C (Nocardia lactamdurans) adalah beberapa contoh antibiotik yang diproduksi oleh
genus ini.
Meskipun dilaporkan sebagai produsen antibiotik yang baik, studi tentang pengaruh sumber
karbon pada pembentukan idiolit terbatas pada genus ini. Sebagai contoh, telah dilaporkan
bahwa berbagai gula dan metabolitnya menghambat produksi Cephamycin C oleh sel-sel
beristirahat N. lactamdurans (Cortes et al., 1984). Pada tingkat biokimia, glukosa-6-fosfat dan
fruktosa-1,6-difosfat menghambat deacetoxycephalosporin C sintase, salah satu enzim jalur yang
berhubungan dengan pembentukan antibiotik. Berkenaan dengan tingkat cAMP, perilaku yang
mirip dengan yang dilaporkan untuk beberapa streptomycetes diamati, yaitu, tinggi selama
pertumbuhan dan rendah selama produksi antibiotik, menunjukkan nukleotida ini tidak terlibat
dalam derepressing metabolisme sekunder.
Corynebacterium
Corynebacterium kutscheri dan Corynebacterium xerosis menghasilkan antimikroba yang efektif
melawan bakteri dan jamur. Telah ditetapkan bahwa produksi antibiotik pada spesies ini sangat
dipengaruhi oleh variasi dalam sumber karbon. Di antara mereka, ribosa dan laktosa menekan
aktivitas antimikroba C. kutscheri dan C. xerosis, masing-masing (El-Banna, 2006).
Mikroorganisme Gram-positif lain yang penting secara klinis adalah produsen enterotoksin
Corynebacterium diphtheriae, yang merupakan agen yang bertanggung jawab dari penyakit
infeksi, difteri (Barksdale, 1970). Mikroorganisme ini dapat memanfaatkan banyak sumber
karbon termasuk maltosa, glukosa dan fruktosa. Di bawah fermentasi terendam, produksi racun
dipengaruhi secara negatif oleh konsentrasi glukosa tinggi (Singer et al., 1967). Bakteri memiliki
gen untuk mekanisme pengaturan PTS dari CCR. Dua protein energikoupling, E1 dan Hpr dan
memungkinkan glukosa dan fruktosa hadir. Selain itu, ia mengandung dua gen berbeda yang
menyandikan sejenis IIABPtx dan protein tipe HPr baru yang tidak diketahui fungsinya. Selain
itu, kemungkinan target gen PTS dielusidasi sebagai gen pengatur yang memungkinkan
pengkodean protein antiterminator (Parche et al., 2001).
Bacillales
Urutan Bacillales milik kelas Bacilli dan menghasilkan berbagai metabolit sekunder dengan
aktivitas antimikroba dan toksin. Senyawa-senyawa ini sering, tetapi tidak selalu, polipeptida.
Produsen antibiotik yang dikenal dari keluarga Bacillaceae yang sintesisnya tunduk pada CCR
termasuk Bacillus cereus yang mensintesis cerexin dan zwittermicin, Bacillus circulans dan
Brevibacillus laterosporus menghasilkan circulin, Bacillus licheniformis bacitracin, Bacillus
pumilus pumulin dan Bacillus subtilis membuat polymyxin, difficidin, subtilin, dan
mycobacillin. Paenibacillus polymyxa menghasilkan keduanya, polymyxin dan colistin,
Brevibacillus brevis membuat gramicidin dan tyrothricin, B. laterosporus menghasilkan
laterosporin. Racun yang sintesisnya diatur oleh CCR meliputi keduanya, HBL hemolitik dan
nonhemolytic Nhe, enterotoksin yang diproduksi oleh B. cereus (Ouhib et al., 2006).
Mekanisme CCR di B. subtilis dan Firmicutes lain seperti Staphylococcus, Streptococcus,
Enterococcus dan Lactobacillus, berbeda dari enterobacterias. Bakteri ini pada dasarnya
memiliki kandungan protein yang sama dari PTS seperti yang ditemukan dalam E. coli. Oleh
karena itu, komponen PTS membentuk kaskade fosforilasi protein, yang menggunakan PEP
sebagai donor fosforil. Selain itu, bakteri Gram-positif ini memiliki enzim bifunctional, HPr
kinase / fosforilase (HprK / P), yang dapat diaktifkan oleh beberapa metabolit (fruktosa 1,6-
difosfat, glukonat-6-P dan 2-fosfogliserat) ketika tumbuh di hadapan glukosa. Activated HprK / P
mengkatalisis fosforilasi HPr pada Ser-46 dan defosforilasi P-Ser-HPr. HPR terfosforilasi
berikatan dengan regulator pleiotropik, protein kontrol katabolit A (CcpA), untuk secara
allosterik meningkatkan represi katabolit dan untuk mencegah akumulasi induser oleh
transportasi gula yang tidak terhubung dari symport H + (Deutscher, 2008). CcpA berfungsi
sebagai regulator pleiotropik dengan mengikat yang disebut dengan elemen respons katabolit
(cre), yang terletak baik di hulu di daerah promotor, atau dalam kerangka baca terbuka (Lulko et
al., 2007). Sangat menarik untuk dicatat bahwa antibodi poliklonal terhadap CcpA dari Bacillus
megaterium berbagi determinan antigenik dengan CcpA di banyak bakteri Gram-positif lainnya,
termasuk basil, staphylococci, streptococci, bakteri asam laktat, dan beberapa actinomycetes
(Küster et al., 2006).
Lactobacillales
Dalam urutan lactobacillales (kelas Bacilli), produksi bakteriosin (peptida bioaktif dengan
aktivitas antimikroba terhadap bakteri gram positif) oleh Lactococcus lactis subsp. laktis sensitif
terhadap regulasi sumber karbon oleh fruktosa dan glukosa (De Vuyst dan Vandamme, 1992;
Cheigh et al., 2002). Selain itu, produksi biakan batch pediocin (antibiotik peptida lain) oleh
Pediococcus acidilactici NRRL B-5627 dihambat dengan meningkatkan konsentrasi glukosa
dalam media pertumbuhan (Guerra et al., 2007).
Pada bakteri asam laktat, transportasi dan fosforilasi glukosa dilakukan oleh PTS manosa (HPr,
EI, dan kompleks EIIMan) (Chaillou et al., 2001). Mutasi pada kompleks EIIMan
menonaktifkannya dan menimbulkan hilangnya konsumsi glukosa preferensial atas sumber
karbon lainnya seperti laktosa di Lactobacillus casei atau xylose dalam Tetragenococcus
halophila. Penggunaan mutan yang mempengaruhi ekspresi PTS mannose di Streptococcus
salivarius memiliki efek pleiotropik atas berbagai enzim metabolik serta aktivitas urease dan
pada aktivitas PTS fruktosa diinduksi (Chaillou et al., 2001). Dari fungsi ini pada bakteri asam
laktat, dapat diasumsikan bahwa aktivitas PTS ini mempengaruhi CCR. Selain itu, peran untuk
CCpA dalam regulasi transkripsi dari xyl regulon dalam Lactobacillus pentosus telah dibuktikan.
Namun, tidak ada informasi tentang hubungan antara aktivitas EIIMan kompleks dan CCpA
CCRA-dependent yang dimediasi oleh glukosa tersedia untuk S. salivarius. Oleh karena itu,
mekanisme yang kompleks EIIMan terlibat dalam fungsi regulasi tidak dipahami dengan baik.

Contoh metabolit sekunder komersial dan kegunaannya

1. Shikonin
Senyawa ini dihasilkan dari kultur sel Lithospermum erithorhizon. Kegunaan atau manfaat
senyawa ini adalah sebagai anti bakteri, zat pewarna, kosmetik, untuk luka, dll. Secara alami,
Sikonin dapat diisolasi dari akar pada saat tanaman umur 5 – 7 tahun, namun kandungannya
hanya sekitar 1-2 %. Sedangkan produksi Sikonin melalui Kultur akar rambut menggunakan alat
bioreaktor kapasitas 20.000 liter dapat menghasilkan sekitar 12 – 15%. Sikonin komersial telah
diproduksi oleh PT. Mitsui Petrochemical IND.
2. Ginsenoida
Senyawa metabolit sekunder ini diproduksi dari akar tanaman Ginseng. Senyawa ini berguna
untuk menambah vitalitas dan banyak digunakan sebagai campuran obat dan minuman. Senyawa
ini telah diproduksi secara komersial (skala industry) melalui kultur akar menggunakan alat
bioreactor dengan kapasitas 20.000 liter oleh PT. Nitro Denco sejak tahun 1991.
3. Vinblastin dan Vincristine
Senyawa metabolit sekunder ini diproduksi dari bunga Tapak Dara (Catharanthus roseus).
Senyawa ini merupakan Alkaloid untuk obat penyakit leukemia. Adapun lintasan biosintesis
senyawa metabolit Vinblastin dan Vincristine adalah sebagai berikut:
4. Ajmalicine
Senyawa metabolit sekunder ini diproduksi dari Rauvolvia sp. Kegunaan senyawa Ajmalicine
adalah untuk obat anti hipertensi (obat darah tinggi). Rumus kimia dari senyawa metabolit
sekunder Ajmalicine adalah sebagai berikut.

Metabolit Sekunder sebagai obat modern

 Alkaloid – Rauvolvia serpentine
 Atropine – Hyoscymus niger
 Caffeine – Coffea Arabica
 Cocaine – Erythorxylon coca
 Nikotin – Nicotiana tabacum
 Quinine – Cinchona officinalis
 Scopolamine – N. niger
 Vinblastine – Catharanthus roseus
Faktor yang mempengaruhi produksi metabolit sekunder
1. Formulasi/komposisi media kultur.
2. Faktor fisik (suhu, cahaya,kelembaban dll).
3. Faktor genetik (genotipa sel).
4. Faktor Stress lingkungan (logam berat, elicitor, sinar UV).
Hasil metabolit sekunder, diantaranya :
1. Antibiotika
Antibiotika merupakan senyawa kimia yang dihasilkan oleh mikroorganisme, dan dapat
menghambat atau membunuh mikroorganisme lain. Perkembangan antibiotika sebagai zat untuk
pengobatan penyakit infeksi lebih banyak mempengaruhi penggunaan obat dibandingkan dengan
perkembangan antibiotik itu sendiri.
Antibiotika merupakan produk metabolisme sekunder. Meskipun hasilnya relatif rendah dalam
sebagian besar industri fermentasi, tetapi karena aktivitas terapetiknya tinggi maka menjadi
memiliki nilai ekonomik tinggi, oleh karena itu antibiotika dibuat secara komersial melalui
fermentasi mikroba. Beberapa antibiotika dapat disintesis secara kimia, tetapi karena
kompleksitas bahan kimia antibiotika dan cenderung menjadi mahal, maka tidak memungkinkan
sintesis secara kimia dapat bersaing dengan fermentasi mikroorganisme.
2. Methylothrophy
Bakteri kelompok methylotrophy biasa disebut bakteri methyltroph yanng merupakan kelompok
bakteri yang dapat menggunakan Komponen C-1 sebagai sumber energi. Komponen ini meliputi
methanol, methyl amines, formaldehyde, dan formate. Contohnya adalah methylomonas dan
methylobacter.
Methanotrophs adalah tipe methylotroph yang juga dapat menggunakan metan (CH4) dan
karbondioksida yang dioksidasi secara berurutan menjadi methanol, formaldehid, formate dan
karbondioksida dengan menggunakan enzim metane monooksigenase contohnya methylococcus.
Hal ini didukung dengan bakteri yang dapat memproduksi metane atau disebut metanogene
dalam proses metanogenesis, contohnya methanococcus dan archea lainnya. Kedua bakteri ini
hidup bersimbiosis.
3. Syntrophy
Syntrophy merupakan berbagai jenis spesies bakteri yang berhubungan dalam sebuah reaksi
kimia, seperti proses oksidasi dari produk akhir fermentasi seperti asetat, ethanol dan butirat.
Salah satu bakterinya adalah Syntrophomonas.
 Referensi

Mariska I. 2013. Metabolit Sekunder: Jalur pembentukan dan kegunaannya.

http://biogen.litbang.pertanian.go.id
Ruiz B, Chaves A, Forero A, Garcia-Huante Y, Romero A, Sanchez M, Rocha D, Sanchez B,
Rodríguez-Sanoja R, Sánchez S, and Langley E. 2010. Production of microbial secondary
metabolites: Regulation by the carbon source. Critical Reviews in Microbiology 36(2):
146–167
Volk dan Wheeler. Mikrobiologi Dasar. Jilid 2 edisi V. Diterjemahkan oleh Sumarto
Adisumartono. Penerbit Erlangga. Jakarta. 1990