Subscribe

Jurnal Internasional Ilmuto DeepL ProDasar

Pengetahuan to edit
& this document.
Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 1
No:04 Visit www.DeepL.com/pro for more information.

Eksplorasi Gen Ketosintase pada Bakteri

Endofit Akar Akar Wangi (Vetiveria
zizanioides L.)
Any Fitriani*, Any Aryani, Hasbi Yusuf, Yani Permatasari

Abstrak- Eksplorasi gen ketosintase telah dilakukan pada gmail.com).

17 isolat bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides L. Gen
ketosintase dideteksi dengan dua pasang primer oligonukleotida
degeneratif, yaitu DKF-DKR dan HGLF-HGLR. Sementara itu,
analisis sekuen parsial lainnya dilakukan pada gen 16S rRNA
yang diamplifikasi dengan primer 63F dan 1387R. Sekuen parsial
gen ketosintase diperoleh dengan mengurutkan hasil amplifikasi
berukuran 400 dan 700 bp. Hasil amplifikasi DNA menunjukkan
bahwa hanya ada lima spesies bakteri endofit yang terdeteksi
memiliki gen ketosintase. Melalui analisis gen 16S rRNA,
diperoleh informasi spesies dari bakteri tersebut, yaitu
Lysinibacillus sphaericus (Isolat A), Pantoea sp (Isolat H), Bacillus
sp (Isolat K), Acinetobacter sp (Isolat M), dan Pseudomonas
aeruginosa (Isolat O). Melalui studi bioinformatika dan
filogenetik, terbukti bahwa isolat H, M, dan O termasuk ke dalam
kelompok proteobakteri dengan gen ketosintase tipe I, sedangkan
isolat A (Lysinibacillus sphaericus) dan isolat K (Bacillus sp)
termasuk ke dalam kelompok bakteri Firmicutes dengan gen
ketosintase tipe II. Pemisahan cabang-cabang pada pohon
keluarga bakteri menunjukkan evolusi gen ketosintase pada
bakteri itu sendiri.

Istilah Indeks - Bakteri Endofit, Ketosintase, 16S rRNA,

Vetiveria zizanioides

I. PENDAHULUAN
Ada kebutuhan yang berkelanjutan akan obat-obatan baru
karena sangat efektif dalam pengobatan kanker, bakteri yang
kebal terhadap obat, infeksi jamur, virus baru dan infeksi
protozoa parasit. Secara historis, produk alami telah menjadi
dasar bagi sebagian besar obat baru, dan sifat bioaktif dari
berbagai macam flora tercermin dalam perannya yang terus
berlanjut dalam perawatan kesehatan tradisional di banyak
budaya. Keberhasilan penggunaan tanaman dalam pengobatan
tradisional dan penelitian produk alami modern berarti minat
baru dalam mengeksploitasi berbagai aspek bioaktivitas yang
mendasarinya [1].
Secara umum, bakteri endofit memiliki kepadatan
populasi yang lebih rendah daripada bakteri rizosfer atau
bakteri patogen. Ini

Co. Penulis: Any Fitriani adalah Laboratorium Bioteknologi,

Departemen Pendidikan Biologi, Universitas Pendidikan Indonesia, Jalan Dr.
Setiabudhi 229 Bandung 40154, Indonesia (email: anyfitriani@upi.edu).
Any Aryani sekarang bekerja di Laboratorium Bioteknologi, Departemen
Pendidikan Biologi, Universitas Pendidikan Indonesia, Jalan Dr.
Bandung 40154, Indonesia (email: any_aryani@yahoo.com).
Hasbi Yusuf dan Yani Permatasari dari Laboratorium Bioteknologi,
Departemen Pendidikan Biologi, Universitas Pendidikan Indonesia, Jalan Dr.
Setiabudhi 229 Bandung 40154, Indonesia (email: hasbidakwatuna@
138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS
Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 2
belum terpecahkan apakah No:04 tanaman mendapatkan lebih
banyak manfaat dari bakteri endofit dibandingkan dengan
bakteri rizosfer. Ada lebih banyak keuntungan bagi bakteri
untuk menjadi endofit daripada rizosfer. Tidak jelas populasi
mikroorganisme mana (bakteri endofit atau bakteri rizosfer)
yang mendorong pertumbuhan tanaman [2]. Potensi mikroba
endofit telah dipelajari untuk berbagai tujuan, salah satunya
adalah untuk menghasilkan senyawa bioaktif sebagai agen
proteksi tanaman yang biasanya terdapat dalam sistem
jaringan, seperti daun, batang, atau akar tanaman. Mikroba
ini mampu menghasilkan mikotoksin, enzim, dan
antibiotik. Bahan aktif yang diperoleh dari
mikroorganisme endofit dianggap memiliki kemampuan
yang sama dengan bahan aktif yang dihasilkan oleh
tanaman sebagai inangnya [3].
Bakteri endofit mampu mencegah efek merusak dari
organisme patogen tertentu. Efek menguntungkan dari
bakteri endofit pada tanaman inangnya tampaknya terjadi
melalui mekanisme yang sama seperti yang dijelaskan pada
bakteri yang berhubungan dengan rizosfer. Beberapa genera
bakteri terkenal dengan beragam produk metabolit
sekundernya termasuk antibiotik, senyawa antikanker,
senyawa organik yang mudah menguap, dan agen antijamur,
antivirus, insektisida, dan imunosupresan. Meskipun berbagai
macam senyawa aktif biologis telah diisolasi dari organisme
endofit, mereka masih menjadi sumber produk alami baru
yang relatif belum dimanfaatkan [4].
Metabolit endofit sekunder dengan berat molekul
rendah menunjukkan tingkat keragaman struktural yang
tinggi dengan kelompok senyawa terbesar dan terpenting
termasuk poliketida, senyawa turunan asam amino, dan
terpen. Secara genetik, berbagai metode telah digunakan
untuk menyaring jalur biosintesis yang terlibat dalam
metabolisme sekunder. Skrining genetik untuk gen produk
mikroba alami sebagian besar difokuskan pada deteksi jalur
sintesis poliketida dan peptida non ribosomal [1]. Poliketida
diproduksi oleh sebagian besar jamur, tanaman, bakteri, dan
organisme air. Superfamili dari berbagai macam produk
struktural senyawa aktif telah banyak ditemukan dalam
aplikasi farmasi, seperti rapamycin (imunosupresan),
eritromisin (antibiotik), lovastatin (obat anti-kolesterol), dan
β epothilone (antikanker).
Biosintesis poliketida dibuat oleh kompleks enzim
multimodular yang besar, yaitu poliketida sintase (PKS) [5].
Pemanjangan rantai poliketida membutuhkan domain inti
senyawa tiga bagian dari poliketida sintase, domain
asiltransferase (AT), protein pembawa asil (ACP), dan
domain ketosintase (KS) [1]. PKS tipe I mengandung, di
dalam

138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS

Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 3
No:04
polipeptida multifungsi, semua aktivitas enzimatik yang Kemudian sebanyak 17 isolat bakteri ditumbuhkan atau
diperlukan untuk satu siklus pemanjangan dan pemrosesan disubkultur pada media LB dalam
rantai β-keto, dan dapat berupa modular (sebagian besar pada
bakteri) atau berulang (pada jamur). Dalam PKS modular,
setiap polipeptida mencakup satu atau beberapa modul, dan
setiap modul bertanggung jawab atas satu putaran kondensasi
dan pemrosesan rantai β-keto. Setiap domain katalitik dari
PKS tipe I modular hanya digunakan satu kali selama proses
biosintesis [6]. Dalam beberapa tahun terakhir, ketosintase
dikenal sebagai salah satu superfamili enzim yang terkait
dengan kompleks biosintesis metabolit sekunder pada
prokariotik, jamur dan tumbuhan. Enzim ketosintase telah
dikenal menghasilkan berbagai produk, seperti antibiotik dan
produk lain yang dibutuhkan untuk keperluan medis dan
industri dalam skala besar. Domain ketosintase diperlukan
untuk kondensasi unit pemanjang ke rantai poliketida yang
sedang tumbuh selama biosintesis poliketida terjadi. Oleh
karena itu, hubungan ketosintase adalah untuk menentukan
produksi metabolit dengan struktur yang beragam [7].
Berdasarkan berbagai penelitian, diketahui bahwa
superfamili enzim ketosintase dapat disintesis oleh sejumlah
bakteri endofit, terutama pada jaringan tanaman aromatik,
sehingga salah satunya mengindikasikan bahwa enzim tersebut
ada pada tanaman Vetiveria zizanioides (akar wangi). Telah
banyak informasi mengenai farmakologi V. zizanioides,
terutama kemampuan minyak atsiri. Sebuah penelitian tentang
V. zizanioides di India menunjukkan bahwa senyawa yang
terkandung di dalam akar V. zizanioides memiliki sifat biologis
sebagai antijamur, antioksidan, dan antibakteri [8]. Lokasi
produksi minyak atsiri pada akar berada pada membran
pertama endoderm korteks luar. Hubungan yang erat antara
produksi minyak aromatik dengan bakteri endofit tersebut
menghasilkan hipotesis bahwa terdapat keterlibatan langsung
bakteri endofit dalam produksi minyak atsiri pada akar wangi
(Vetiveria) [9]. Berdasarkan kondisi tersebut, penting untuk
mengetahui keragaman dan ketersediaan enzim ketosintase
dari bakteri endofit tersebut, dan kemudian melakukan
eksplorasi gen ketosintase pada bakteri endofit akar V.
zizanioides. Hasil analisis ini diharapkan dapat menunjukkan
bahwa jenis ketosintase dari satu kelompok bakteri berbeda
dengan kelompok bakteri lainnya. Analisis evolusi ini sangat
penting untuk mendapatkan pemahaman yang lebih baik
tentang keragaman sistem produksi dan biosintesis poliketida
bioaktif. Hasilnya dapat digunakan untuk membuat obat baru,
antibiotik dan penggunaan medis lainnya di masa depan [7].

II. BAHAN DAN METODE

A. Sterilisasi Alat dan Media
Alat-alat tersebut dicuci dan dikeringkan terlebih dahulu.
Kemudian, alat-alat tersebut dibungkus dengan kertas
pembungkus. Setelah itu, alat-alat tersebut disterilkan dalam
autoklaf selama 15-20 menit pada suhu 121°C dengan tekanan
1,5 atm. Media Luria Bertani (LB) agar dan LB broth yang
akan digunakan untuk mengkultur bakteri juga disterilkan
selama 15 menit.
B. Budidaya Bakteri
Semua alat dan bahan disimpan di dalam laminar air flow
dengan penyinaran UV terlebih dahulu selama 15 menit.

138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS

Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 4
untuk mendapatkan kultur
No:04
murni dari setiap spesies bakteri
akar endofit V. zizanioides. Setiap isolat bakteri diinkubasi
pada suhu ruang selama 2-4 hari.
C. Persiapan Kultur Bakteri
Tujuh belas isolat bakteri yang telah ditumbuhkan
sebelumnya di LB agar dibiakkan kembali dalam media cair
LB Broth. Setiap kultur bakteri ditempatkan dalam tabung
sentrifus mikro 1,5 ml yang telah disterilkan, kemudian
disentrifugasi selama 5 menit pada 7000 rpm. Supernatan
dibuang hingga yang tersisa di dalam tabung hanyalah
endapan sel bakteri (pelet), lalu diresuspensi dalam 200 µl
buffer TE (Tris EDTA).
D. Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA total (genom) pada setiap sampel bakteri
dilakukan dengan menggunakan kit komersial, Fermentas
Genomic DNA Purification Kit (Lithuania) dengan prosedur
kerja yang mengacu pada protokol kerja manufaktur pada kit.
Terdapat beberapa modifikasi pada langkah proses ekstraksi,
seperti lama inkubasi dan sentrifugasi.
Penentuan konsentrasi DNA yang diekstraksi dilakukan
dengan mengukur absorbansi DNA pada spektrofotometer
dengan panjang gelombang 260 nm. Kemurnian DNA juga
dihitung dengan menghitung rasio absorbansi 260 dan 280
nm [10].
E. Amplifikasi DNA
Proses amplifikasi DNA dilakukan pada mesin
MasterCycler Personal (Eppendorf, Jerman). Pasangan
primer dan kondisi mengacu pada Moffit dan Neilan (2002)
dengan sedikit modifikasi pada suhu annealing dan durasi
proses Polymerase Chain Reaction (PCR). Amplifikasi gen
ketosintase menggunakan dua pasang primer oligonukleotida
degenerasi yaitu DKF-DKR dan HGLF- HGLR. Amplifikasi
kemudian dilakukan sesuai dengan profil berikut; 5 menit
pada suhu 95◦C untuk pra denaturasi dan
30 siklus denaturasi 1 menit pada suhu 95◦C, annealing, 1
menit pada suhu 51◦C untuk DKF/DKR dan 47◦C untuk
HGLF/HGLR, 1 menit untuk ekstensi pada suhu 72◦C, dan 7
menit pada suhu 72◦C. Selain itu, amplifikasi gen 16S rRNA
juga dilakukan berdasarkan metode yang dijelaskan oleh
[11].
F. Elektroforesis
Masing-masing DNA hasil amplifikasi dideteksi melalui
proses elektroforesis dengan menggunakan BIO-RAD Mini
Sub Cell GT (CA, USA) pada gel agarosa 2% dalam 0,5x
TBE buffer. Metode elektroforesis didasarkan pada metode
[10].
G. Mengurutkan DNA
Proses pengurutan DNA dilakukan dengan menggunakan
mesin sequencer BigDye Applied Biosystem model 3730 di
Macrogen inc, Seoul, Korea Selatan.
H. Analisis Data Bioinformatika
Identifikasi isolat bakteri endofit ke dalam taksa spesies
atau subspesies dilakukan melalui analisis sekuen gen 16S
rRNA, sedangkan filogenetik gen ketosintase dianalisis
dengan menggunakan bioinformatika.

138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS

Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 5
No:04
metode. Hasil sekuensing dibandingkan dengan gen ketosintase menggunakan dua pasang
yang ada di database GeneBank NCBI (National Center for
Biotechnology Information) di http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BLAST/Blast.cgi. Penjajaran sekuen protein PKS (poliketida
sintase) menggunakan program multiple-sequence alignment
tool dari perangkat lunak Clustal X dan perangkat lunak
MEGA (versi 5) untuk menganalisis filogenetik bakteri endofit
melalui pohon filogenetik yang dihasilkan.

III. HASIL
A. Amplifikasi dan Elektroforesis
Hasilnya menunjukkan bahwa hanya lima spesies isolat
bakteri yang terdeteksi memiliki gen ketosintase dari hasil
amplifikasi dengan dua pasang primer oligonukleotida yang
mengalami degenerasi (Tabel 1). Produk amplifikasi gen
ketosintase ini divisualisasikan dengan menggunakan
elektroforesis. Dari hasil amplifikasi DNA dengan
menggunakan primer degenerate oligonukleotida (DKF-
DKR), didapatkan hasil bahwa hanya tiga isolat bakteri yang
terdeteksi memiliki gen ketosintase, yaitu sampel H dengan
ukuran DNA 400 bp, serta sampel M dan O yang memiliki
ukuran DNA 700 bp. Visualisasi hasil amplifikasi DNA
menggunakan primer degenerate heterocyst glycolipid (HGLF-
HGLR) menunjukkan bahwa hanya sampel A, K, dan O yang
berhasil diamplifikasi. Ukuran gen pada masing-masing
amplifikasi adalah 400 bp pada sampel A dan K serta 700 bp
pada sampel O (Gambar 1 & 2). Amplifikasi gen 16S rRNA
juga dilakukan pada 17 sampel DNA (genom total) bakteri
endofit akar V. zizanioides. Amplifikasi gen 16S rRNA
menggunakan primer 63F dan 1387R. Produk dari amplifikasi
gen 16S rRNA ini berukuran kurang lebih 1300 bp (Gambar
3).
B. Analisis Data Bioinformatika
Melalui analisis sekuen gen 16S rRNA dan program
BLAST GeneBank, terdapat beberapa spesies bakteri yang
terdeteksi memiliki gen ketosintase. Bakteri-bakteri tersebut
adalah Lysinibacillus sphaericus (Isolat A), Pantoea sp (Isolat
H), Bacillus sp (Isolat K), Acinetobacter sp (Isolat M), dan
Pseudomonas aeruginosa (Isolat O). Kedekatan kekerabatan
antara bakteri-bakteri tersebut dengan spesies bakteri lainnya
dianalisis melalui pohon filogenetik bakteri berdasarkan gen
16S rRNA (Gambar 4). Melalui kajian filogenetik berdasarkan
gen ketosintase, seperti yang terlihat pada cabang-cabang
pohon filogenetik, bakteri H (Pantoea sp), M (Acinetobacter
sp), dan O (Pseudomonas aeruginosa) termasuk dalam
kelompok Proteobacteria yang memiliki hubungan kekerabatan
yang dekat dengan kelompok bakteri yang memiliki gen
ketosintase tipe I, sedangkan bakteri A (Lysinibacillus
sphaericus) dan K (Bacillus sp) termasuk dalam kelompok
bakteri Firmicutes yang menghasilkan ketosintase tipe II
(Gambar 5 dan 6). 6).
IV. DISKUSI
Amplifikasi fragmen gen ketosintase (KS) diketahui
dapat digunakan untuk probe hibridisasi homolog yang secara
signifikan dapat memfasilitasi kloning biosintesis antibiotik.
Selain itu, analisis filogenetik bakteri berdasarkan fragmen KS
dapat menunjukkan evolusi spesies bakteri yang
mensintesisnya atau hanya evolusi molekuler ketosintesis gen
biosintesis antibiotik. Amplifikasi gen ketosintase
138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS
Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 6
primer oligonukleotida No:04
yang mengalami degenerasi, DKF- spesies bakteri, sehingga filogenetik yang tidak sama
DKR dan glikolipid heterosista, HGLF-HGLR. Perbedaan menunjukkan evolusi yang berbeda dari poliketida aromatik
antara kedua pasangan primer tersebut adalah tujuan masing-masing bakteri. Jelas bahwa pemisahan kelompok
amplifikasi gen itu sendiri. Degenerate oligonukleotida DKF- bakteri menunjukkan evolusi setiap ketosintase
DKR digunakan untuk mendeteksi gen Polyketide Synthase
(PKS) tipe I khususnya domain Ketosynthase dari suatu
organisme, sehingga fungsi utamanya hanya untuk
mengetahui distribusi gen ketosintase tipe I dari suatu
organisme secara umum. Primer didesain dari alignment
klaster Ketosintase pada gen PKS yang sebelumnya telah
diketahui dari beberapa bakteri, diantaranya Cyanobacteria
dan Mycobacteria [7]. Sedangkan primer heterocyst
glycolipid (HGLF & HGLR) digunakan untuk mengetahui
tingkat keragaman jenis ketosintase dari suatu organisme,
sehingga hasil amplifikasi gen dengan menggunakan primer
ini dapat menunjukkan keragaman jenis ketosintase pada
setiap organisme yang dianalisis [8].
Hasil elektroforesis DNA menunjukkan bahwa H, M,
dan O berhasil diamplifikasi dengan menggunakan primer
oligonukleotida yang mengalami degenerasi. Ini berarti
bahwa di antara 17 akar
Pada bakteri endofit V. zizanioides, hanya tiga isolat bakteri
yang terdeteksi memiliki gen ketosintase tipe I, yaitu isolat
H, M, dan O. Ukuran gen tersebut adalah 400 bp pada isolat
H dan 700 bp pada isolat M dan O. Hasil ini berkorelasi
dengan penelitian sebelumnya yang menyatakan bahwa gen
ketosintase memiliki ukuran sekitar 700 bp [7]. Perbedaan
ukuran gen dari ketiga amplikon tersebut bergantung pada
domain ketosintase atau jenis bakterinya. Sampel DNA yang
diamplifikasi dengan primer glikolipid heterokis berbeda
dengan primer sebelumnya (DKF dan DKR), kecuali O yang
berhasil diamplifikasi oleh kedua pasangan primer tersebut.
Hal ini dimungkinkan karena adanya perbedaan keragaman
daerah ketosintase atau perbedaan yang dimiliki oleh bakteri.
Pohon filogenetik menunjukkan bahwa ketiga bakteri
terdeteksi memiliki gen ketosintase dengan primer
degenerate oligonucleotide (DKF) yang termasuk ke dalam
kelompok bakteri yang telah diketahui secara jelas memiliki
gen ketosintase tipe I (Gambar 5). Hal ini diperkuat dengan
terpisahnya kelompok bakteri dengan gen lain (hidrolase)
sebagai out-group dengan kelompok bakteri yang memiliki
gen ketosintase. Pada pohon filogenetik tersebut dapat dilihat
bahwa bakteri Pantoea sp. (Isolat H) berkerabat dekat
dengan bakteri Streptomyces coelicolor yang sebelumnya
telah diketahui memiliki gen ketosintase tipe I. Dapat
disimpulkan bahwa bakteri Pantoea sp. isolat H memiliki gen
ketosintase yang mirip dengan Streptomyces coelicolor.
Sementara itu, dua bakteri lainnya, yaitu isolat M
(Acinetobacter sp) dan isolat O (Pseudomonas aeruginosa)
yang terpisah dari isolat H, membentuk cabang baru yang
memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat.
Proses amplifikasi menggunakan primer glikolipid
heterosista menghasilkan pohon filogenetik yang
menunjukkan bahwa bakteri isolat O (Pseudomonas
aeruginosa) termasuk ke dalam kelompok bakteri yang
memiliki gen ketosintase tipe I, sedangkan bakteri isolat K
(Bacillus sp) dan bakteri isolat A (Lysinibacillus sphaericus)
termasuk ke dalam kelompok bakteri yang memiliki gen
ketosintase tipe II (Gambar 6). Namun, pohon filogenetik
juga menunjukkan bahwa setiap bakteri telah diidentifikasi
secara terpisah dari kelompok bakteri lainnya. Berdasarkan
[12], fragmen ketosintase dapat mengindikasikan evolusi

138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS

Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 7
No:04
gen pada setiap spesies bakteri itu sendiri. Eksplorasi dan studi [12] J. Sambrook, D.W. Russel. ‖Kloning Molekuler-Sebuah Manual
lebih lanjut mengenai gen ketosintase pada berbagai organisme Laboratorium‖. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
merupakan topik yang menarik dalam penelitian terkini. 2001. Bab 12, hal. 83-84.
[13] M. Metsa-Ketela, L. Halo, E. Munukka, J. Hakala. P. Mantsala,
Setiap temuan ini dapat digunakan sebagai penemuan K. Ylihonko. Evolusi Molekuler Poliketida Aromatik dan Analisis
antibiotik di masa depan. (13) melaporkan bahwa 17 isolat Sekuen Komparatif Gen Poliketida Ketosintase dan 16S
Streptomyces termasuk ke dalam tipe 2 ketosintase dan terbagi Ribosomal DNA dari Berbagai Spesies Streptomyces.
ke dalam 6 clade. Di antara 17 isolat tersebut, 5 isolat Mikrobiologi Terapan dan Lingkungan, vol. 68, hal. 4472 - 4479.
2002.
memiliki kemampuan potensial untuk menghasilkan poliketida [14] Qiu Liu, Changjian liu, Jicheng Yu, Jianfang Yan, Xiaohui Qi.
tipe baru. 2012. Analisis Gen Ketosintase pada Streptomyces dan
Implikasinya untuk Mencegah Investigasi Ulang Poliketida dengan
V. KESIMPULAN Bioaktivitas, Jurnal Ilmu Pertanian, vol. 4, No. 7, hal. 262-270.
Terdapat lima spesies yang terdeteksi memiliki gen
Tabel I
ketosintase dari hasil amplifikasi dengan dua pasang primer Strain bakteri yang dianalisis dalam penelitian ini menggunakan 16S
oligonukleotida degenerasi, yaitu DKF/DKR dan rRNA PCR, PCR ketosintase yang merosot (DKF/DKR) dan PCR
HGLF/HGLR. Tiga isolat bakteri terdeteksi memiliki gen glikolipid heterosista yang merosot (HGLF/HGLR)
ketosintase tipe I, yaitu isolat H (Pantoea sp.), M (+) menunjukkan hasil PCR positif (-) menunjukkan hasil PCR
negatif
(Acinetobacter sp.), dan O (Pseudomonas aeruginosa).
Sementara itu proses amplifikasi dengan menggunakan primer
glikolipid heterosista menunjukkan bahwa bakteri isolat O (P.
aeruginosa) termasuk ke dalam kelompok bakteri yang
memiliki gen ketosintase tipe I, sedangkan bakteri isolat K HGLF-
(Bacillus sp) dan bakteri isolat A (Lysinibacillus sphaericus) Sampel 16S rRNA DKF-DKR
HGLR
termasuk ke dalam kelompok bakteri yang memiliki gen Isolat A + - +
ketosintase tipe II. Isolat B + - -
Isolat C + - -
Isolat D + - -
UCAPAN TERIMA KASIH
Hibah Penelitian Kelompok Bidang Keilmuan (KBK) Isolat E + - -
Universitas Pendidikan Indonesia telah memfasilitasi penelitian Isolat F + - -
ini dan kami mengucapkan terima kasih. Isolat G + - -
Mengisolasi + + -
H
Isolat I + - -
REFERENSI Isolat J + - -
[1] K.I. Miller, C. Qing, D.M.Y. Sze, B.A. Neilan. Mengisolasi + - +
[2] -Investigasi Potensi Biosintesis Endofit dalam Herbal Antikanker K
Tradisional Tiongkok‖, PLoS One, vol. 7, pp. e35953. 2012.
Mengisolasi + - -
[3] M. Rosenblueth, M. Martinez-Romero. -Bakteri Endofit dan L
Mengisolasi + + -
Interaksinya dengan Inang‖, Molecular Plant-Microbe Interactions, M
Mengisolasi + - -
vol. 19, hal. 827-837. 2006. N
Mengisolasi + + +
[4] G. Strobel, B. Daisy. -Bioprospecting untuk Mikroba Endofit dan
Produk Alaminya‖. Microbiology and Molecular Biology Reviews, O
Mengisolasi + - -
pp. 491-502. 2003. P
Mengisolasi + - -
[5] R.P. Ryan, K. Geermaine, A. Franks, D.J. Ryan, D.N. Dowling. Q
-Bakteri endofit: perkembangan dan aplikasi terkini‖.
FEMS Microbiology Letter, vol. 278, pp. 1-9. 2007.
[6] D.A. Hopwood, D.H. Sherman. -Genetika molekuler poliketida dan
perbandingannya dengan biosintesis asam lemak‖. Ulasan
Tahunan Genetika, vol. 24, hlm. 37-66. 1990.
[7] TA Castoe, T. Stephens, BP Noonan, C. Calestani. -Kelompok baru
poliketida sintase (PKS) tipe I pada hewan dan filogenomik
kompleks PKS‖. Genetics, vol. 392, pp. 47- 58. 2006.
[8] MC Moffitt, BA Neilan. -Afiliasi Evolusioner Dalam Superfamili
Ketosintase Mencerminkan Asosiasi Jalur yang Kompleks‖. Jurnal
Evolusi Molekuler, vol. 56, hal. 446 - 457. 2002.
[9] M. Maffei,. -Vetiveria : The Genus of Vetiveria.‖ Taylor and
Francis group, New York. 2002.
[10] L.D. Giudice. -Komunitas Mikroba Akar Wangi Diperlukan untuk
Biosintesis Minyak Atsiri‖. Prosiding Kongres Tahunan
Masyarakat Genetika Pertanian Italia ke-52. 978-88-900622-8-5.
2008.
[11] J.R. Marchesi, T. Sato, A.J. Weightman, T.A. Martin, J.C. Fry,
SJ Hiom, WG Wade. -Desain dan Evaluasi Primer PCR Spesifik
Bakteri yang Berguna yang Mengamplifikasi Gen Pengkode 16S
rRNA Bakteri‖. Mikrobiologi Terapan dan Lingkungan, vol. 64,
hal. 795-799. 1998.
Gbr. 1. Hasil PCR ketosintase. Sampel DNA akar bakteri endofit yang
diamplifikasi dengan ketosintase oligonukleotida terdegenerasi (DKF-
DKR)
M 50 bp = Penanda DNA 50 bp Gen Ruller (Fermentas)
138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS
Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 8
No:04

700
40
25
100

Gbr. 2. Hasil PCR ketosintase. Gambar 3. Sampel DNA akar bakteri endofit yang diamplifikasi dengan glikolipid heterosistesis oligonukleotida yang
mengalami degenerasi (HGLF-HGLR)
M 50 bp = Penanda DNA 50 bp Gen Ruller (Fermentas)

1,5
1

0,5

Gbr. 3. Hasil amplifikasi gen 16S rRNA

(+) = Kontrol Positif PCR, (-) = Kontrol Negatif PCR.

138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS

Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 9
No:04

Pantoea agglomerans strain Y34

55 Pantoea rodasii strain Y36

Enterobacter sp.
99
34
Pantoea sp. (ISOLAT H)
31 Pantoea punctata strain GX12
Acinetobacter baumannii

70 99 Acinetobacter sp. (ISOLAT M)

47 Acinetobacter johnsonii

Pseudomonas fluorescens
77

99 Pseudomonas pseudoalcaligenes
63
50 Pseudomonas aeruginosa (ISOLAT O)
Burkholderia cepacia SW7
Xanthomonas sp.
84
99 Xanthomonas oryzae AB680140
65 Xanthomonas campestris
88
Aquimarina sp. Aq141 HE818122
Streptomyces sp. BN-6
Nocardia sp. RM461 AB735425
99
72 Micromonospora sp. RM577 AB73
99 Salinispora arenicola

25 Lysinibacillus fusiformis
29 Lysinibacillus sp. Y103c

Lysinibacillus sphaericus (ISOLAT A)

99 Bacillus subtillis strain NG

73 Bacillus cereus
54 Bacillus sp. (ISOLAT K)
Spirulina subsalsa ENCB-AC11
99 Oscillatoria sp. strain SUTPT Kelompok
luar
(Cyanobacteri

0.05
Gambar 4. Analisis filogenetik akar endofit Vetiveria zizanioides L. Sekuen yang diperoleh selama penelitian gen 16S rRNA ini ditunjukkan dengan simbol
berwarna merah. Sekuen lainnya diperoleh dari GenBank; Sekuen disejajarkan dengan menggunakan program MEGA v.5 dan Clustal
X

138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS

Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 10
No:04

99 Nocardia testacea
98 Streptomyces sp. CNS-177 PL04
Nocardia fusca
61
97 Streptomyces sp. T12-208
99
Streptomyces sp. T8-44
99 Streptomyces sp. HVG22
99 Nocardia sp. CNS-044 PL04
98 Salinispora arenicola

84
Gordonia sp. CNJ-863 PL04
99 Mycobacterium sp. CNJ-859
Fischerella sp. CENA161
Micromonospora sp. CNJ-878 PL0
7482
34
Bacillus sp. WPhG3
99 Berenicea ampulliformis Tipe I
Nostoc sp. FSN E
99 Pseudovibrio sp. Pv118
ketosintase
93
Aspergillus ochraceus
32
97 Pseudoalteromonas sp. QD1-2
32
Microcystis aeruginosa NPCD-1
96 Serinicoccus marinus
Streptomyces sp. SPB78
Pantoea sp. (ISOLAT H)
28
76 Streptomyces coelicolor A3 2
99 Humicola fuscoatra
Talaromyces flavus
99 Acinetobacter sp. (ISOLAT M)
99 Pseudomonas aeruginosa (ISOLAT O)
Micromonospora sp. 1G62
96 Salinispora arenicola CNS-205
Rhodococcus opacus PD630
96 Bacillus cereus G9842 Kelompok luar (Hidrolase)
99
Listeria monocytogenes J0161
97 Staphylococcus aureus
99
Enterococcus faecalis T8
84 Clostridium sp. M62/1

0.2

Gbr. 5. Analisis filogenetik domain ketosintase tipe I. Sekuen yang diperoleh selama penelitian ini dengan menggunakan primer degenerasi diberikan dalam simbol
merah. Sekuen lainnya diperoleh dari GenBank; Sekuen disejajarkan menggunakan program MEGA v.5 dan Clustal X.

138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS

Agustus
 Jurnal Internasional Ilmu Pengetahuan Dasar & Terapan IJBAS-IJENS Vol:13 11
No:04

82 Aspergillus ochraceus

46 Nostoc sp. FSN E

Microcystis aeruginosa NPCD-
1
97
49 Serinicoccus marinus
Micromonospora sp. CNJ-878 PL0
Streptomyces sp. HVG22
98 Tipe I
Streptomyces sp. CNS-177 PL04
98
ketosintase
Salinispora arenicola
99
96 Nocardia sp. CNS-044 PL04
Mycobacterium sp. CNJ-859
97
Pseudoalteromonas sp. QD1-2
Salinispora arenicola CNS-205
84 Pseudomonas aeruginosa (ISOLAT O)
98
97 Bacillus sp. (ISOLAT K)
95 Lysinibacillus sphaericus (ISOLAT A)
Rhodococcus opacus PD630

99 Streptomyces sp. G30

61 98 Streptomyces sp.
Tipe II
DQ31
ketosintase
Streptomyces sp. HVG60

99 Micromonospora sp. 1G62

Streptomyces sp. HVGN4

77

67 Streptomyces sp. 6G17

99 Streptomyces sp. 6G8

Clostridium sp. M62/1

Streptomyces sp. SPB78
Listeria monocytogenes J0161
17 Kelompok luar
98
Staphylococcus aureus H19 (Hidrolase)
96 Enterococcus faecalis T8
98 Bacillus cereus G9842

0.2
Gbr. 6. Analisis filogenetik daerah ketosintesis biosintesis glikolipid heterosistesis sehubungan dengan beragam domain ketosintesis, termasuk tipe I dan tipe II.
Sekuens yang diperoleh selama penelitian ini dengan menggunakan primer degenerasi diberikan dalam simbol merah. Sekuen lainnya diperoleh dari GenBank;
Sekuen disejajarkan menggunakan program MEGA v.5 dan Clustal X.

138604-5757- IJBAS-IJENS @ IJENS

Agustus