Dampak negatif bioteknologi yang dapat ditimbulkan adalah sebagai berikut.
a. Kemungkinan menciptakan mikroorganisme patogen baru Manipulasi genetik dari mikroorganisme yang dapat menciptakan patogen baru akan sangat berbahaya bagi ekosistem jika mikroorganisme hasil manipulasi tersebut terlepas keluar dari laboratorium. Oleh karena itu, para peneliti diharapkan mentaati seluruh petunjuk untuk menjamin keamanan penelitiannya. b. Timbulnya bahan makanan yang mengandung protein baru bersifat toksik Organisme transgenik yang dihasilkan melalui transfer gen dari bakteri atau hewan ke dalam tumbuhan atau sebaliknya, berbeda dengan organisme hasil hibridisasi. Makanan yang dihasilkan dari penyambungan gen atau organisme transgenik dapat mengandung protein baru yang kemungkinan bersifat toksik atau menyebabkan alergi pada sebagian orang. Dalam hal ini, perlu adanya bioetikä pertanian, yaitu kajian nilai moral dalam bioteknologi di bidang pertanian. c. Munculnya tanaman supergulma Tanaman budidaya hasil rekayasa genetik mernungkinkan terjadinya pernindahan gen barunya ke tanaman lain yang berkerabat dekat. Jika tanaman yang menerima gen tersebut adalah tumbuhan liar yang sangat adaptif terhadap lingkungannya dan resisten terhadap herbisida atau hama, keturunannya akan menjadi supergulma. Oleh karena itu, diperlukan pengawasan ekstra terhadap penanaman tanaman transgenik. d. Teknik bayi tabung dapat membingungkan status orang tuanya Seandainya sel telur dan sel spermanya sama-sama dari bank sel kelamin, akan terjadi kebingungan terhadap hubungan keluarga dengan bapak dan ibunya sebenarnya sehingga memunculkan beberapa istilah, bapak genetis, bapak biologis, bapak asuh, ibu ;enetis, ibu kandung, atau ibu asuh. Adanya sewa rahim untuk menumbuhkan embrio beku dapat membingungkan status ibunya. Untuk menghindari dampak negatif ini, perlu bioetika kedokteran dan pemahaman agama yang kuat. e. Resiko tinggi bagi organisme hasil kloning Kloning dengan transfer inti seperti domba Dolly ternyata masih banyak menemukan kendala, Salah satunya adalah tingkat keberhasilan transfer inti yang masih sangat rendah. Dari 277 sel telur yang diisi dengan inti sel somatik donor, hanya beberapa saja yang berhasil membentuk tingkat blastosis. Janin kloning yang dilahirkan berisiko tinggi mengalami kelainan pada sistem kekebalan tubuh, gejala penuaan dini, kelainan fungsi hati dan jantung, serta gangguan darah. Bagaimana seandainya teknik kloning ini diterapkan pada manusia? Pasti akan menimbulkan gejolak di masyarakat. Banyak negara yang melarang kloning manusia dengan alasan melanggar ajaran agama dan etika kemanusiaan. f. Penyebaran bakteri strain secara liar Strain bakteri yang dapat mengkonsumsi minyak sebagai pembersih tumpahan minyak di lautan harus diawasi penggunaannya. Jika bakteri tersebut berada di tempat-tempat pengeboran minyak, akan menghabiskan sumber minyak di seluruh dunia. g. Erosi plasma nutfah Masyarakat cenderung menyukai penggunaan tanaman unggul dari tanaman non transgenik yang sebenarnya merupakan sumber plasma nutfah. Akibatnya, keberadaan tanaman asli tersebut berkurang, bahkan dapat mengalami kepunahan.