BAB III METODOLOGI PENELITIAN

Pada metode yang dipilih yaitu metode komputasi virtual skrining berbasis
ligan berdasarkan in silico. Tahapan yang dilakukan antara lain validasi skrining
farmakofor yaitu dari lima senyawa alami tumpang tindih dan dilakukan validasi
yang menghasilkan senyawa baru yang memiliki aktivitas hepatoprotektif,
docking virtual skrining yaitu dari banyaknya senyawa yang dihasilkan dari
validasi farmakofor dilakukan docking untuk mengambil 30 senyawa secara acak
yang memiliki efek hepatoprotektif yang aktif, selanjutnya molekular docking
untuk memproleh 30 senyawa yang berurutan dari senyawa paling aktif hingga
memiliki aktivitas yang sedang.

Metode farmakofor modeling dan molekular docking, pemilihan senyawa

yang diduga memiliki efek hepatoprotektif dari database senyawa herbal dapat
diunduh dari COCONUT Natural Product.

Validasi senyawa active set compound dan decoy set compound untuk
memulai pemodelan farmakofor dengan fitur farmakofor yang terdapat pada ligan
alami dari enzim Alanin transferase (ALT) dengan menggunakan fitur pemilihan
senyawa dari database natural product. Penggunaan CHAMBEL untuk
memproleh senyawa aktif yang diperoleh sedangkan perangkat lunak
DecoyFinder untuk memperoleh senyawa tidak aktif, kemudian lakukan
pemodelan farmakofor menggunakan Pharmagist.

Validasi farmakofor dilakukan untuk memenuhi syarat penggunaan kurva

ROC, kurva ROC yang dihasilkan akan dinyatakan valid jika nilai area under
curve (AUC) lebih dari 0,5 dan enrichment factor (EF) lebih dari 1,0. Model
farmakofor dapat digunakan untuk menyaring database menggunakan parameter
virtual skring apabila sudah memenuhi syarat.

Hasil yang didapat dari software PyRx virtual skrining untuk menyaring hasil
dari pemodelan melalui molekular docking, validasi docking dilakukan dengan
melihat hasil RMSD melalui vina wizard. Syarat RMSD kurang dari 2Å, validasi
virtual skrining menggunakan aplikasi autodock wizard. Dikatakan sebagai
kandidat senyawa terbaik apabila memiliki ikatan bebas lebih kecil dari ligan
alami.