Ligand Docking : Protein-ligan docking adalah teknik pemodelan molekuler.

Tujuan dari docking protein-

ligan adalah untuk memprediksi posisi dan orientasi ligan ketika terikat pada reseptor protein atau
enzim.

De Novo Design : Desain obat de novo adalah proses berulang di mana struktur tiga dimensi reseptor
digunakan untuk merancang molekul yang lebih baru. Ini melibatkan penentuan struktur kompleks
target timbal dan desain modifikasi timbal menggunakan alat pemodelan molekuler. Ini juga dapat
digunakan untuk merancang kelas senyawa kimia baru yang menghadirkan substituen serupa ke target
menggunakan templat atau perancah, yang secara kimiawi berbeda dari timah yang dikarakterisasi
sebelumnya.

Molecular docking : Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi yang bertujuan
meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang menjadi targetnya pada uji in-vitro.

Docking digunakan untuk mengetahui bagaimana ligan berinteraksi dengan situs tambat reseptornya
sehingga dapat diprediksi aktifitasnya. Ligan biasanya berupa molekul kecil, atau dapat pula berupa
protein. Sedangan reseptor berupa rangkaian susunan asam amino protein, atau dapat pula berupa DNA
atau RNA yang terdapat dalam sel tubuh.

Pharamacophore Modelling : Farmakofor adalah deskripsi abstrak fitur molekuler yang diperlukan untuk
pengenalan molekuler ligan oleh makromolekul biologis. IUPAC mendefinisikan farmakofor sebagai
"kumpulan fitur sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekuler yang
optimal dengan target biologis tertentu dan untuk memicu (atau memblokir) respons biologisnya". [1]
Model farmakofor menjelaskan bagaimana ligan yang beragam secara struktural dapat mengikat ke situs
reseptor umum. Lebih lanjut, model farmakofor dapat digunakan untuk mengidentifikasi melalui desain
de novo atau ligan baru skrining virtual yang akan mengikat reseptor yang sama

QSAR : QSAR atau Model hubungan struktural-aktivitas kuantitatif adalah klasifikasi atau Model
Regresi yang digunakan dalam ilmu dan teknik kimia dan biologi. Seperti model regresi lainnya, model
regresi QSAR menghubungkan seperangkat variabel prediktor (X) dengan potensi variabel respons (Y),
sedangkan klasifikasi model QSAR menghubungkan variabel prediktor dengan nilai kategoris dari
variabel respons

Ligand Based Virtuual Screening :: Teknik skrining berbasis ligan pada dasarnya berfokus pada analisis
kesamaan molekul komparatif senyawa dengan aktivitas yang diketahui dan tidak diketahui, terlepas
dari metode atau algoritme yang digunakan.

Skrining virtual berbasis ligan (LBVS) adalah salah satu dari dua kategori luas teknik komputasi untuk
skrining virtual. Berdasarkan fakta bahwa ligan yang mirip dengan ligan aktif lebih cenderung aktif
daripada ligan acak, metode LBVS berusaha untuk memprioritaskan kandidat molekul daripada
memutuskan apakah kandidat molekul aktif atau tidak. Biasanya, proses LBVS sederhana hanya
mencakup beberapa langkah. Pertama, representasi molekuler dari masing-masing molekul input
dibangun. Kedua, persamaan antara kandidat molekul dan molekul aktif yang diketahui akan dievaluasi
dan diberi peringkat. Pada tahap selanjutnya, para kandidat diberi peringkat sesuai dengan skor masing-
masing. Akhirnya, sejumlah kecil senyawa aktif akan diidentifikasi dari perpustakaan termasuk sejumlah
besar senyawa tidak aktif.