Bagaimanakah sejarah berdirinya Pura Batu Lumbung ini?. Jero Mangku I Wayan
Sunadi, juru sapuh Pura Ulun Siwi mengungkapkan, keberadaan pura ini erat kaitannya
dengan sejarah Kerajaan Tabanan. Dikisahkan Jero Mangku, ketika Kerajaan Tabanan masih
diperintah oleh Cokorde Tabanan, daerah ini dilanda bencana kemarau panjang yang sangat
hebat. Bencana ini nyaris memusnahkan rakyat. Saat itu raja sangat cemas.
Dalam paruman mahapatih itu diputuskan, perlu segera dicarikan jalan pemecahan
untuk menghindari bencana ini dengan cara mencari sumber mertha. Untuk mencari sumber
mertha para patih ditugaskan melakukan semadi disebuah hutan dekat pegunungan yang ada
di Desa Soka sekarang ini. Dalam semadi itu ada sebuah ciri berupa cahaya sekadi tatit yang
sumbernya tidak jelas. Anehnya cahaya itu selalu berpindah-pindah berkelebat dimana-mana
sehingga para patih yang bersemadi menjadi bingung apa gerangan yang akan terjadi. Bahkan
tidak jarang cahaya itu muncul diseantero Ageng.
Dari sinar gaib itu didapatkan sebuah pertanda atau cihna berupa "Buah Kekara"
sejenis kacang yang sering dipakai sayur. Cahaya itu seolah-olah menuntun keajaiban yang
ada di tempat tumbuhnya kekara tersebut. Dalam kesempatan yang sama patih dari kerajaan
Tabanan ini juga mendengar sabda yang aneh. Sabda itu menyebutkan, dimana kekara itu
tumbuh, disana akan ada sumber mertha yang dicari selama ini. Sabda itu juga
mengungkapkan mentiknya (tumbuhnya) kekara merupakan anugrah merta yang bakal
muncul.
Benar, setelah dilacak. Keajaiban terjadi, kekara itu tumbuh di Batu Ageng yang
sampai kini masih berdiri tegar di pelataran palinggih. Melihat kekara yang tumbuh di Batu
ageng itu, patih kerajaan lantas kembali ke Puri menghadap Cokorde Tabanan guna
memberitahukan apa yang telah mereka saksikan ketika melakukan semadi.
Pura Ulun Danu Watu Lumbung ini merupakan sumber air bagi seluruh Subah-subak yang
ada di Tabanan.