Namun Portugis mendapat bantuan dari Johor, Pahang, Patani, Goa, dan India
yang pernah ditaklukkan Aceh. Sehingga serangan pasukan Sultan Iskandar Muda
terpatahkan. Setelah mengalami kegagalan kedua, Sultan Iskandar Muda lebih fokus
pada masalah-masalah dalam negeri. Dalam bidang pemerintahan, Sultan menata
wilayahnya dengan membagi kerajaan berdasarkan bidang masing-masing. Sistem
pemerintahan disempurnakan dan pendidikan agama menjadi prioritas di Aceh.
Akhir hidup dan penghargaan Diambil dari buku Kumpulan Pahlawan Indonesia
(2012) karya Mirnawati, Sultan Iskandar Muda berhasil membawa Aceh ke puncak
kejayaan. Dirinya merupakan salah satu pemimpin yang mementingkan kesejahteraan
dan kemakmuran rakyatnya. Pada 27 September 1636, Sultan Iskandar Muda
meninggal dunia di usia 43 tahun. Atas jasanya kepada negara, Sultan Iskandar Muda
dianugerahi gelar Pahlawan Nasional berdasarkan SK Presiden RI No.077/TK/Tahun
1993.