REVIEW JURNAL

“MOLECULAR DINAMIC”

Oleh
KELOMPOK 5

1. La Ode Abdul Azis Rahmat 9. Khusnul Khotimah D.W.L

2. Muh. Yusuf 10. Wika Wijasthy
3. Muh. Agung Gumelar
4. Darniati Jabarudin
5. Sonia Maryanti Lakapu
6. Titin Yundaritsyu
7. Nur Aulia Alna
8. Wa Ola Purwati

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

FALKUTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS MANDALA WALUYA
KENDARI
2023
 GRomars: Perangkat Berbasis GROMACS untuk
Judul Menganalisis Peta Kepadatan yang Berasal dari
Simulasi Dinamika Molekuler
Penulis Rodolfo Brion,1Christian Blau,2Carsten Kutzner,3Bert
L.de Groot,3dan Camilo Aponte-Santamarı́a
Tahun 2019
Jurnal Biophysical Journal
Vol/No 116/4–11
Tujuan memperkenalkan perangkat komputasi bernama
GROmars, untuk mendapatkan dan membandingkan
peta kerapatan rata- rata waktu dari simulasi dinamika
molekuler.
Metode Metode yang digunakan yaitu peta kepadatan yang berasal dari
simulasi molekul dinamik, perbandingan dengan peta kepadatan
referensi, korelasi lokal, pemilihan atom dan penyamaran wilayah,
dan detail simulasi dan perhitungan kepadatan
Hasil Perbedaan peta: Perbandingan antara simulasi terganggu dan
kontrol
Sebagai validasi implementasi, pertama-tama yang dilakukan
adalah mereproduksi dengan GROmars peta kerapatan yang
diperoleh sebelumnya untuk lipid
dimyristoylglycerophosphocholine.Lalu diperoleh peta yang
identik bahwa lipid annular menampilkan lokalisasi tingkat tinggi,
sedangkan lipid curah menunjukkan pengolesan pada posisinya.
kemudian dihitung dengan GROmarsa peta perbedaan kontras
yang terganggu dan simulasi kontrol. Dalam simulasi yang
terganggu, AQP0 dipertahankan sebagai benda yang kaku,
sedangkan lipid, molekul air, dan ion sepenuhnya fleksibel .Dalam
simulasi kontrol, AQP0 juga sangat fleksibel.Peta perbedaan
mengungkapkan daerah dengan peningkatan kepadatan(biru) yang
merupakan indikasi lokalisasi yang lebih kuat untuk rantai asil di
depan AQP0 yang kaku. Daerah dengan kepadatan berkurang
(merah) berhubungan terutama dengan zona yang dipengaruhi
oleh ekspansi protein dalam simulasi kontrol tak terkendali.
Korelasi antara MD dan peta eksperimental
selanjutnya memeriksa sistem DMPC-AQP0 korelasi antara peta
yang diperoleh dari simulasi MD dan peta yang ditentukan oleh
cryo-EC. Dalam simulasi, protein bebas bergerak. Hasilnya adalah
korelasi global sedang, peta korelasi lokal menampilkan wilayah
dengan korelasi tinggi. korelasi global meningkat ketika
meningkatkan wilayah bertopeng dengan menambah batas.Ini
menunjukkan bahwa untuk daerah lokalisasi lipid tinggi
(kepadatan tinggi), ada korespondensi yang baik antara peta
eksperimental dan peta MD. Sebaliknya, posisi lipid
eksperimental difus (kepadatan rendah) tidak dapat secara unik
dikaitkan dengan pengolesan kepadatan oleh dinamika
lipid dalam simulasi.

Korelasi global yang diselesaikan waktu

selanjutnya memeriksa lokalisasi molekul air di dalam saluran
aquaporin ragi, Aqy1 .Aqy1 membantu ragi untuk melawan
guncangan osmotik mendadak dengan mengatur perembesan air
membran melalui mekanisme gating yang melibatkan fosforilasi
dan stres mekanik yang dimediasi membran. Karena molekul air
di dalam pori Aqy1 terus menerus bertukar posisi mereka (di
antara mereka sendiri dan juga dengan molekul air dari media
curah), sulit untuk menentukan seberapa banyak mereka
menyimpang dari posisi aslinya (atau referensi lainnya) dengan
ukuran kesamaan konvensional seperti deviasi akar kuadrat rata-
rata (RMSDs) . Untuk mengatasi kesulitan ini, maka dihitung peta
kerapatan kumpulan molekul air ini dalam jendela waktu dan
 menentukan koefisien korelasi dengan peta yang dihitung selama
jendela waktu pertama.
Energi bebas spasial: Pandangan energik tentang lokalisasi
atom
Dalam contoh ini, energetik yang terkait dengan lokalisasi
molekul kolesterol di sekitar protein G transmembran ditambah
reseptor kemokin tipe 4 (CXCR4) dievaluasi. Fungsi reseptor
penting ini telah terbukti bergantung pada kadar
kolesterol dalam membran.
GROmars sebagai pencari distribusi jalur dan muatan
Pada contoh terakhir, kami mengeksplorasi potensi GROmars
untuk mendeteksi jalur dan rongga melalui biomolekul dan untuk
menentukan distribusi muatan. Kami menganggap dermicidin,
saluran membran antimikroba manusia, yang mengurangi
Staphylococcus aureuspertumbuhan pada permukaan epidermis.
Saluran ini merupakan sistem pengujian yang menarik karena
berkomoditas dalam posisi miring di dalam membran dan
memungkinkan lewatnya ion melalui jalur samping yang tidak
biasa. Diambil 75 ns terakhir dari simulasi semua-atom 150-ns
sebelumnya dari dermicidin yang tertanam dalam lapisan ganda
lipid campuran, yang sepenuhnya dilarutkan oleh molekul air
eksplisit m. Peta densitas dari semua molekul air dari sistem
mengungkapkan saluran miring yang menghubungkan dua
kompartemen air dan, sebagai tambahan, rongga samping
kecil .Faktanya, ion menggunakan jalur samping ini untuk keluar
atau masuk ke saluran. Jadi, GRomars merupakan alat langsung
untuk mendeteksi jalur melalui saluran dan secara umum rongga
melalui biomolekul, asalkan molekul pelarut (molekul air dalam
kasus kami) mengisi rongga ini. Ketika muatan parsial atom
tersebar alih-alih kerapatan atom, peta yang dihasilkan sesuai
dengan distribusi muatan rata-rata, seperti yang disajikan untuk
dermicidin. Karenanya, perpanjangan lain dari GROmars adalah
untuk membantu menggambarkan distribusi muatan rata-rata
sistem biomolekuler.

Kesimpulan GRomars merupakan alternatif untuk metodologi berbasis peta

saat ini untuk memeriksa secara visual lokasi rata-rata atom yang
diinginkan selama simulasi. Terutama, GROmars menggunakan
konsep peta kepadatan yang digunakan dalam biologi struktural,
seperti peta perbedaan dan korelasi, untuk memungkinkan
perbandingan set data MD yang terganggu dan kontrol, serta
informasi MD dan eksperimental. Ini adalah metode yang ampuh
untuk mengatasi simulasi multimolekul yang RMSD atau operasi
perbandingan terkait tidak mudah. GRomars mengeksploitasi
kekuatan bekerja dengan kepadatan daripada dengan posisi atom,
dan fungsinya mengungkapkan detail lokalisasi penting dari
berbagai sistem uji biomolekuler. Oleh karena itu, kami
menganggap alat ini memiliki penerapan yang tinggi untuk
analisis simulasi biomolekuler dan perbandingannya dengan
data eksperimen.