MIKROBIOLOGI

SISWATI SETIASIH
LAB BIOKIMIA DEPT. KIMIA F MIPA UI

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 1

Mikrobiologi FMIPA

Pustaka
• Crueger, W; Crueger, A. 1984. Biotechnology : A Textbook of
Industrial Microbiology. Science Tech, Inc, Madison.
• Madigan, M.T., Martinko, J.M.,2006.,Biology of
Microorganism., 11th.Ed, Pearson Education, Inc, USA.
• McKane, L. & Kandel, J. 1996 ,Microbiology Essentials and
Application, 2nd edition.McGraw Hill Inc. New York.
• Pelczar, M.J. & Chan E.C.S ,1986 Elements of Microbiology.
McGraw hill, USA
• Prescott, M.L.; Harley, J.P. & Klein, D.A. 1990 Microbiology.
Wm.C. Brown Publishers. USA.
• Seeley, Jr. H.W. and Demark, P.J.V. 1972. Selection exercises
from microbes in action. A laboratory manual of
microbiology. 2nd ed. WH Freeman and Co, San Fransisco.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 2

Mikrobiologi FMIPA

1
 PENDAHULUAN
• Mikroorganisme/mikroba/kuman/jasad renik/protista/makhluk
halus
✓ Secara kasat mata kita tidak mampu melihatnya
✓ Bersifat mikroskopis, pada umumnya hanya dapat dilihat
dengan bantuan mikroskop
✓ Pertanyaan:
Apakah sesuatu yang tidak dapat dilihat dapat dianggap
TIDAK ADA?
“Andai kata kita dimampukan oleh YANG MAHAKUASA
dapat melihat makhluk halus, tanpa menggunakan
mikroskop, apa yang terjadi pada diri kita?

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 3

Mikrobiologi FMIPA

Lanjutan..
✓ Tersebar paling luas/berada di mana-mana (di permukaan tanah,
air, aliran udara, atmosfir, permukaan dan rongga tubuh, dll), dan
paling besar populasi di alam/planet dibandingkan dengan makhluk
lainnya.
✓ Telah dihitung massa m.o di bumi melebihi massa organisme lain
→ Contoh: pada setiap 1 g tanah subur dengan hanya kedalaman
beberapa cm saja, terdapat jutaan m.o dengan keragaman yang
tinggi
✓ Banyak mikroorganime ada yg merugikan, bahkan jutaan populasi
makhluk lain telah terbunuh. Contoh: ...
✓ Mikrooganisme ada pula yang menguntungkan. Contoh : …
✓ Pertanyaan:
Andai kita mampu membuat alat yang dapat mensterilkan planet
bumi dan memusnahkan keberadaan mikroorganisme in, apa
yang akan terjadi?

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 4

Mikrobiologi FMIPA

2
 → Tubuh manusia dapat diibaratkan kuda troya, penuh
dengan m.o, baik sebagai penghuni tetap/resident/ maupun
sebagai pendatang.
→ Pada rongga hidung, sekali bersin akan terlontar jutaan
mikroba ke sekitar (radius lebih dari 1 meter)
→ Kulit normal biasanya ditempati bakteria sekitar 102–106
CFU/cm2 (Trampuz & Widmer, 2004).

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 5

Mikrobiologi FMIPA

PENDAHULUAN
Konsep
1. Mikrobiologi
- Ilmu yang mempelajari organisme yang sangat kecil (umumnya
hanya dpt dilihat dengan bantuan mikroskop)
- Perlu didukung oleh penguasaan teknik-teknik sterilisasi,
penggunaan media kultur untuk isolasi dan menumbuhkan
mikroba
2. Mikroorganisme (mikroba) tidak muncul secara spontan dari
materi non-living (abio = tidak hidup, genesis = asal) * → teori
nutfah/biogenesis (Louis Pasteur, 1822-1895)

*)
Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 6
Mikrobiologi FMIPA

3
 Spontaneous Generation
Generasi spontan
• Aristotle (384-322 SM) meyakini bahwa mahluk hidup dapat
terjadi dari non-living material.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 7

Mikrobiologi FMIPA

3. Banyak penyakit ditimbulkan oleh infeksi virus, bakteri, fungi

atau protozoa → POSTULAT KOCH : adanya hubungan
(sebab akibat antara mikroba dengan suatu penyakit)
Buat list beberapa mikroba penyebab penyakit

4. Perkembangan mikrobiologi sebagai suatu disiplin ilmu

sangat tergantung pada ketersediaan mikroskop, cara
mengisolasi dan menumbuhkan sebagai kultur murni mikroba

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 8

Mikrobiologi FMIPA

4
 5. Mikroba sebagai penyebab terjadinya berbagai perubahan baik
dalam materi organik maupun inorganik, seperti :
- proses fermentasi
- siklus nitrogen dan sulfur di alam
- biomineralisasi : berguna (terjadi dalam tanah) dan merugikan
(dalam ginjal)

6. Mikroba dibedakan secara mendasar menjadi 2 tipe sel :

- sel prokariot
- eukariot
→ yg tersebar di antara ke 3 KINGDOM
(MONERA/PROKARIOT, PROTISTA & FUNGI)
Bedakan antara prokariot, eukariot dan virus
Bedakan sel mikroba dengan plant dan animal

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 9

Mikrobiologi FMIPA

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 10

Mikrobiologi FMIPA

10

5
 7. Mikrobiologi merupakan suatu disiplin ilmu yang sangat luas dan
memberikan banyak manfaat pada bidang studi lain serta
aplikasinya bagi kesejahteraan umat manusia.
- mikroba dapat menjadi ‘model’ pada studi bidang biokimia
dan genetika serta untuk memahami fungsi sel makhluk
tingkat tinggi.

8. Mikroba memiliki peranan penting dalam

- soil fertility
- medicine
- agriculture
- industry (misal, produksi antibiotik)

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 11

Mikrobiologi FMIPA

11

Siklus Biogeokimia dan Siklus Nitrogen

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 12

Mikrobiologi FMIPA

12

6
 Perbedaan Utama antara Prokariot, Eukariot,
dan Virus
• Prokariot dan virus adalah suatu partikel yang sangat kecil dan
mikroskopis → nanopartikel
1. Prokariot
- berkembang biak secara aseksual, yaitu dengan membelah
diri - haploid
- tidak memiliki DNA yang terlokalisasi dalam inti yang
dikelilingingi membran (tanpa membran inti)
contoh : bakteri → disebut nanobacteri
- ukurannya : sekitar 0,2 – 0,5 mm (1000 x lebih kecil dari
eukariotik)

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 13

Mikrobiologi FMIPA

13

2. Eukariot
• berkembang biak secara seksual (kecuali beberapa
eukariot tingkat rendah bereproduksi secara seksual dan
aseksual)
• tidak haploid
• memiliki organel sel internal yg dibatasi oleh sistem
membran
• DNA genomnya berada dalam inti yang dikelilingi oleh
suatu membran
• Sel eukariotik yang lebih besar terdiri atas beberapa
kompartemen untuk melaksanakan berbagai aktivitas
selulernya

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 14

Mikrobiologi FMIPA

14

7
 15

15

3. Virus
• merupakan parasit obligat intraseluler yang dapat tumbuh
dan berkembang hanya bila berada dalam sel host
• hanya berisi satu jenis asam nukleat (RNA atau DNA saja
tdk pernah ke dua-duanya
• perbedaan lain virus dari sel lainnya adalah virus hanya
dapat dilihat dengan mikroskop elektron

berat virus : 10-14 g sedangkan berat manusia 72.000 g

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 16

Mikrobiologi FMIPA

16

8
 Perbedaan Dasar antara Mikroorganisme
dan Sel-sel Animal/plant
• Animal & plant tdk dapat hidup sendirian di alam dan tdk dpt
berada hanya sebagai bagian dari struktur multisel
• Mikroorganisme pada umumnya dapat melangsungkan
proses-proses dalam kehidupannya (pertumbuhan,
menghasilkan energi dan bereproduksi) tanpa tergantung
pada sel-sel lain
• Mikroorganisme hadir di muka bumi jutaan tahun yg lampau
jauh sebelum plant dan animal ada.
• Mikroorganisme dapat hidup di tempat yg tdk cocok untuk
organisme tingkat tinggi
• Mikroorganisme selalu berhubungan dengan organisme
tingkat tinggi baik menguntungkan maupun merugikan.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 17

Mikrobiologi FMIPA

17

Sejarah Mikrobiologi
Sebelum thn Khamir telah digunakan untuk pembuatan bir, anggur dan roti
6000 SM

Abad XIII ROGER BACON mencetuskan dugaan bahwa penyakit disebabkan oleh jasad
renik
1478 - 1553 FRACASTORO, ahli fisika, menyatakan penyakit dapat disebabkan oleh
organism hidup yang tidak terlihat
1662 - 1723 ANTONIE VAN LEEUWENHOEK, menemukan animalcules, orang pertama yg
melihat bakteri
1688 Francesco REDI membantah gagasan spontaneous generation
1798 JENNER memperkenalkan vaksinasi untuk smallpox
1799 SPALLANZANI menentang teori generasi spontan
1838-1839 SCHWANN & SCHLEIDEN mengemukakan teori SEL

1857- 1864 LOUIS PASTEUR, menemukan fermentasi asam laktat, yeast pada fermentasi
alkohol, dan mengugurkan teori spontaneous generation

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 18

Mikrobiologi FMIPA

18

9
 Lanjutan

1876 FERDINAND COHN, menemukan endospora

1881 – 1884 ROBERT KOCH, cara pembuatan kultur murni bakteri, penyebab TBC dan
postulat KOCH
1884 CHRISTIAN GRAM, menemukan metode pewarnaan Gram
1885 LOUIS PASTEUR, menemukan vaccine Rabies
1887 PETRI, menemukan cawan petri
1889 MARTINUS BEIJERINCK, menemukan konsep virus
1890 SERGEI WINOGRADSKY, menemukan konsep kemoterapi
1908 PAUL EHRLICH, menemukan senyawa kemoterapi
1911 FRENCIS ROUS, menemukan virus pertama penyebab kanker

1928 FREDERICK GRIFFIT, menemukan transformasi pneumococcus

1929 ALEXANDER FLEMMING, menemukan Penicillin

1953 JAMES WATSON & dkk, menemukan struktur DNA

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 19

Mikrobiologi FMIPA

19

Perkembangan Awal Mikrobiologi

A. Antonie van Leeuwenhoek (1674)
1. Used simple instruments to examine stagnant H2O, etc.
2. Observed microscopic organisms - called them
“animalcules”
3. Submitted detailed descriptions and drawings to the Royal
Society of London
4. Question raised - where did they originate?

B. Theory of Spontaneous Generation →Aristotle (384-322 SM)

1. This theory existed to explain the origin of some forms of life
2. Living organisms arose “spontaneously” from nonliving, decaying
organic matter.
3. Believed to explain the origin of “animalcules”.
Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 20
Mikrobiologi FMIPA

20

10
 Penemuan Antonie van Leeuwenhoek (1674)

a. b. c.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 21

Mikrobiologi FMIPA

21

Perdebatan tentang Spontaneous

Generation

• Spontaneous generation Aristotle (384-322 SM)

→ Hipotesis yang menganut bahwa organisme hidup muncul
dari nonliving material (benda mati)
→ "kekuatan vital” membentuk kehidupan.

• Biogenesis
→ Hipotesis alternatif, bahwa organisme hidup muncul dari
kehidupan yang sudah ada sebelumnya (preexisting life).

22

11
 C. Francesco Redi
1. Preformed experiments that disproved the theory of SG for
more complex forms of life (began approx.1668).
2. Utilized jars containing meat. Some were covered, some
were not
3. Maggots (belatung) appeared in uncovered jars.

4. Results not accepted for microscopic organisms

5. Introduced experimental procedure for disproof SG

6. SG took another 200 years to disprove

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 23

Mikrobiologi FMIPA

23

Evidence Pro and Con

• 1668: Francesco Redi filled six jars with
decaying meat.
Conditions Results
3 jars covered with fine net No maggots

3 open jars Maggots appeared

From where did the maggots come?

What was the purpose of the sealed jars?
Spontaneous generation or biogenesis?

24

12
D. John Needham (1749)
1. Performed experiments similar to Redi’s
2. Introduced the first culture medium for microbial growth
3. Turbidity indicated growth.
4. Broth was put in flasks, some were sealed with corks, and some
were not.
5. Results were inconsistent – all flasks became cloudy
6. Reasons: organisms in air or flasks, improper seal

E. Lazzaro Spallanzani (1776)

1. Repeated Needham’s experiments.
2. Boiled broth after placing in flasks.
3. Sealed flasks by melting necks.
4. Results more consistent with Redi’s.
Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 25
Mikrobiologi FMIPA

25

5. Occasionally sealed flask → cloudy.

6. Not accepted because heating destroyed, degraded “vital
force”.
F. Louis Pasteur (1861)
1,
2.
3.

G. Edward Jenner (1796)

1.
2.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 26

Mikrobiologi FMIPA

26

13
 Evidence Pro and Con
Lazzaro Spallanzani boiled nutrient solutions in flasks
(Thn.1765).

Conditions Results
Nutrient broth placed in No microbial growth
flask, heated, then sealed
Spontaneous generation or biogenesis?

27

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 28

Mikrobiologi FMIPA

28

14
 The Theory of Biogenesis
• Pasteur’s S-shaped flask kept microbes out but let air in.

Figure 1.3

29

H. Golden Age of Microbiology (approx. 1875 – 1918)

1. Period (about 50 years) of rapid development.
2. Causes of diseases identified, control methods
developed, work began on viruses
3. Robert Koch
-
4. Joseph Lister (1865)
-
5. Martinus Beijerinck (1884 - 85)
-
6. Paul Ehrlich (1910)
-
7. Alexander Fleming (1928)
-
- Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 30
Mikrobiologi FMIPA

30

15
 • 1940s – the electron microscope was developed and
perfected
• Post World War II – antibiotics were introduced to
medicine
• 1950s and 1960s – vaccines were developed to
control polio, measles, mumps, and rubella

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 31

Mikrobiologi FMIPA

31

PERKEMBANGAN MIKROBIOLOGI KEDOKTERAN

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 32

Mikrobiologi FMIPA

32

16
 The Golden Age of
Microbiology
• 1857-1914
• Beginning with Pasteur’s work, discoveries
included the relationship between microbes and
disease, immunity, and antimicrobial drugs

33

Fermentation and
Pasteurization
• Pasteur showed that microbes are responsible for fermentation.
• Fermentation is the conversion of sugar to alcohol to make beer
and wine.
• Microbial growth is also responsible for spoilage of food.
• Bacteria that use alcohol and produce acetic acid spoil wine by
turning it into vinegar (acetic acid).

34

17
 Fermentation and
Pasteurization
• Pasteur demonstrated that these
spoilage bacteria could be killed by
heat that was not hot enough to
evaporate the alcohol in wine. This
application of a high heat for a short
time is called pasteurization.

Figure 1.4

35

The Birth of Modern

Chemotherapy
• 1928: Alexander Fleming
discovered the first antibiotic.
• He observed that Penicillium
fungus made an antibiotic,
penicillin, that killed S. aureus.
• 1940s: Penicillin was tested
clinically and mass produced.

Similar to
Figure 1.5

36

18
 The Germ Theory of Disease
• 1860s: Joseph Lister used a chemical disinfectant to prevent
surgical wound infections after looking at Pasteur’s work showing
microbes are in the air, can spoil food, and cause animal
diseases.

• 1876: Robert Koch provided proof that a bacterium causes

anthrax and provided the experimental steps, Koch’s postulates,
used to prove that a specific microbe causes a specific disease.
37

POSTULAT KOCH
1. Organisme patogen penyebab
penyakit selalu terdapat dalam
setiap kasus penyakit, dan tidak
terdapat pada hewan yang sehat
2. Organisme patogen tersebut dapat
diisolasi dan ditumbuhkan dalam
suatu kultur murni
3. Sel isolat dari kultur murni organisme
patigen tsb bila diinokulasikan ke
hewan yang sehat akan
menyebabkan penyakit yang sama.
4. Organisme tsb dapat diisolasi lagi
dan menunjukkan kesamaan sepeti
organisme yang mula-mula
Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 38
Mikrobiologi FMIPA

38

19
 Modern Developments in
Microbiology
• Bacteriology is the study of bacteria.
• Mycology is the study of fungi.
• Parasitology is the study of protozoa and parasitic worms.
• Recent advances in genomics, the study of an organism’s
genes, have provided new tools for classifying microorganisms.
• Proteomics is looking at the gene products

39

Tyndallization
• Tyndallization is a process for sterilizing. It involves briefly boiling the item,
which will kill bacterial cells, but not bacterial spores, allowing it to cool
and allowing the spores to germinate, and then re-heating to kill the
bacteria. This is usually done three times in total. This process is not
particularly reliable, so is not often used today.2
Steaming for aprox. 20 minutes on 3 or 4 successive occasions, separated
by 24 hour intervals at room temperature is another method of
tyndallization. The incubation intervals permit any dormant, resistant
endospores to germinate and become active, vulnerable cells, readily
killed by a subsequent steaming at 100°C.
• The process is named after its inventor, the 19th century scientist John
Tyndall.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan 40

Mikrobiologi FMIPA

40

20
 Rangkuman
• Apa yang dipelajari di Mikrobiologi?
• Apa kaitan mikrobiologi dan kuda troya?
• Apa perbedaan makna istilah abiogenesis dan biogenesis?
• Bagaimana generasi spontan dipatahkan?
• Postulat Koch menerangkan tentang apa?
• Sebutkan 2 contoh mikroba yang bermanfaat untuk manusia.
• Sebutkan 2 contoh mikroba yang berdampak negatif untuk
manusia.
• Bakteri termasuk sel prokariot atau eukariot?
• Mengapa virus masih diperdebatkan statusnya sebagai
makhluk hidup?
• Sebutkan 2 perbedaan dasar antara mikroba dan sel animal
atau plant.
41

41

21