MAKALAH BIOTEKNOLOGI

BIOTEKNOLOGI MIKROBA

OLEH :

BAIQ INDAH KOMALASARI ( E1A017009)

NOVIA INDRA ANGGRAINI (E1A017)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS MATARAM
2019
 DAFTAR ISI
DAFTAR ISI....................................................................................................................... 2
BAB I PENDAHULUAN ................................................................................................... 3
1.1 LATAR BELAKANG ............................................................................................
1.2 RUMUSAN MASALAH ........................................................................................
1.3 TUJUAN PENULISAN ..........................................................................................

BAB II PEMBAHASAN ....................................................................................................

BAB III PENUTUP ............................................................................................................
3.1 KESIMPULAN .......................................................................................................

DAFTAR PUSTAKA .........................................................................................................

 BAB I
PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Mikroorganisme atau mikroba merupakan organism yang berukuran sangat kecil dan
biasanya memiliki ukuran kurang dari 1 mm sehingga untuk mengamatinya diperlukan
alat bantu seperti mikroskop. Mikroorganisme seringkali bersel tunggal(uniseluler)
meskipun beberapa protista bersel tunggal masih terlihat oleh mata telanjang ,
mikroorganisma biasanya dianggap mencakup prokariota,protista dan alga renik.
Mikroba merupakan kelompok yang paling tinggi keragamannya di bumi ini. Namun
sering kali diabaikan karena pengalaman yang buruk tentang mikroba selama ini.
Padahal tanpa disadari mikroba melakukan banyak hal berguna bagi hidup, seperti
keterlibatannya dalam siklus biogeokimia, penyedia senyawa tertentu di atmosfer
dan tanah. Salah satu nilai penting dari mikroba adalah kemampuannya
menghasilkan metabolit sekunder seperti antimikroba. Banyak teknik yang dapat
dilakukan untuk mendeteksi anggota mikroba yang memproduksi metabolit yang
bernilai ini. Dewasa ini pencarian mikroba dengan kemampuan menghasilkan asam
amino, antimikroba (antibiotik), dan metabolit-metabolit lainnya gencar dilakukan.
Jasad renik disebut sebagai mikroba bukan hanya karena ukurnnya yang kecil
sehingga sukar dilihat dengan mata biasa, tetapi jug pengaturan kehidupannya yang lebih
sederhana dibandingkan dengan jasad tingkat tinggi . Mata biasa tidak dapat melihat
jasad yang ukurnnya kurang dari 0,1 mm,dimana ukuran mikroba biasanya dinyatakan
dalam micron dan sel mikroba umumnya hanya dapat dilihat dengan alat pembesar tau
mikoskop walaupun deikian mikroba yang beruuran besar sehingga dapat dilihat tanpa
alat.

.
1.2. Rumusan Masalah
1. Apakah yang dimaksud dengan mikoorganisme ?
2. Bagaimanakah struktur mikroorganisme ?
3. Bagaimanakah Pemanfaatan dari mikroorganisme ?
4. Bagaimanakah Aplikasi mikroba dalam kehidupan sehari-hari ?
5. Bagaimanakah penggunaan Vaksin dari Mikroorganisme ?
6. Bagaimanakah genom dari mikroorganime ?
7. Bagaimana mikroba dalam mendignosa penyakitt pada manusia ?
8. Bagaimnakah peran mikroba dalam Memerangi bioterorisme ?

1.3. Tujuan Penulisan

1. Untuk mengetahui apa itu miikrorganisme.
2. Untuk mengetahui struktur dari mikroorganisme.
3. Untuk mengetahui pemanfaatan dari mikroorganisme.
4. Untuk mengetahui aplikasi mikroba dalam kehidupan sehari-hari.
5. Untuk mengetahui penggunaan vaksin dari mikroba.
6. Untuk mengetahui genom dari mikroorganisme.
7. Untuk mengetahui penggunaan mikroba dalam mendiagnosa penyakit pada manusia.
8. Untuk mengetahui peran mikroba dalam emerangi bioterorisme.
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Pengertian mikroorganisme
Mikroorganisme, atau mikroba, adalah organisme yang sangat kecil untuk melihat
individu tidak dapat dilihat dengan mata telanjang harus dengan bantuan mikroskop.
Meskipun mikroorganisme yang paling banyak adalah bakteri, mikroba juga termasuk
virus; jamur seperti ragidan cetakan; ganggang; dan organisme bersel tunggal disebut
protozoa. Bakteri telah ada di bumi selama ini 3,5 miliar tahun, dan mereka jauh melebihi
jumlah manusia. Diperkirakan mikroba terbentuk 50% dari materi kehidupan bumi.
Namun kurang dari 1% darisemua bakteri telah diidentifikasi, dikultur, dan dipelajari di
laboratorium dan Kita dikelilingi oleh bakteri. Mereka hidup di kulit, di mulut, dan di
usus; mereka ada di udara dan di hampir setiap permukaan yang kita sentuh. Bakteri juga
beradaptasi untuk hidup di beberapa lingkungan ekstrim di planet ini seperti es di kutub,
gurun, mata air panas, dan di bawahnya tekanan luar biasa tinggi dalam ventilasi laut
dalam di bawah permukaan laut.
Bakteri merupakan mikroorganisme yang masuk ke dalam golongan prokariot.
Hal itu disebabkan karena bakteri mempunyai struktur yang sangat sederhana dan
berukuran sangat kecil. Ukuran bakteri berkisar antara 0,1–10 µm (1µm=106m).
Kebanyakan bakteri bulat berdiameter antara 0,5–2 µm dan bakteri batang berukuran
lebar 0,2–2 µm, panjang 1–10 µm. Bakteri yang berukuran paling kecil misalnya
ricketsia, chlamidia, dan mycoplasma, hampir sama dengan ukuran virus yang paling
besar (poxvirus), sedangkan ukuran bakteri yang paling besar (beberapa bakteri batang)
mempunyai panjang yang hampir sama dengan diameter beberapa sel eukariot. Sel
prokariotik yaitu bakteri mempunyai struktur sel yang unik, di mana sel bakteri tidak
mempunyai ruangan yang cukup untuk mitokondria, nukleus, apparatus golgi, lisosom,
retikulum endoplasma, seperti yang ada dalam satu sel eukariot, pada sel bakteri hanya
memiliki ruangan kira-kira seluas mitokondria. Hal inilah yang membuat sel bakteri
sangat berbeda dengan sel lainnya. Walaupun mempunyai ukuran sel yang sangat kecil
dan struktur yang sangat sederhana, tetapi sel bakteri mampu bertahan hidup dan
 bereproduksi di lingkungannya serta mempunyai siklus hidup yang lebih cepat dari sel
eukariot.

B. struktur dari mikroorganisme

sel dapat secara luas diklasifikasikan berdasarkan ada nukleus yang berisi DNA
sel (eukariota) atau tidak ada nukleus yang berisi DNA (prokariota). Sel eukariotik
meliputi sel tumbuhan dan hewan; jamur seperti ragi; ganggang; dan organisme bersel
tunggal yang disebut protozoa, di antaranya adalah amuba. Berbeda dengan sel
eukariotik, sel prokariotik hampir tidak memiliki membrane organel, seperti nukleus.
Prokariota meliputi domain (kategori takson di atas tingkat kerajaan) Bakteri dan
Archaeea — organisme yang berbagi sifat baik dari eukariota dan prokariota. Struktur
seluler mikroorganisme penting dalam menentukan di mana mereka akan berkembang
dan bagaimana mereka dapat digunakan dalam bioteknologi. Misalnya, Archaea yang
hidup di lingkungan yang ekstrem seperti kondisi yang sangat asin disebut halofil atau
lingkungan yang panas disebut termofil; sebagai hasilnya, mereka memiliki sifat
metabolisme yang sangat unik. Selain itu, fitur struktural bakteri,yang khususnya,
membuat mereka mikroorganisme yang sangat baik untuk digunakan dalam penelitian
bioteknologi.
Sel-sel bakteri jauh lebih kecil (1-5 mikrometer, atau μm; 1 mm 50.001
milimeter) daripada sel eukariotik (10–100 mm) dan memiliki struktur yang jauh lebih
sederhana Sel prokariotik yaitu bakteri mempunyai struktur sel yang unik, di mana sel
bakteri tidak mempunyai ruangan yang cukup untuk mitokondria, nukleus, apparatus
golgi, lisosom, retikulum endoplasma, seperti yang ada dalam satu sel eukariot, pada sel
bakteri hanya memiliki ruangan kira-kira seluas mitokondria. Hal inilah yang membuat
sel bakteri sangat berbeda dengan sel lainnya. Walaupun mempunyai ukuran sel yang
sangat kecil dan struktur yang sangat sederhana, tetapi sel bakteri mampu bertahan hidup
dan bereproduksi di lingkungannya serta mempunyai siklus hidup yang lebih cepat dari
sel eukariot. Mengamati secara rinci struktur sel bakteri tidak dapat dilakukan dengan
menggunakan mikroskop cahaya sebab ukuran sel sangat kecil dan sel tidak berwarna
atau transparan serta mempunyai indeks refraksi yang hampir sama dengan indeks
refraksi cairan. Bentuk sel bakteri dapat dengan mudah dikenali dengan melakukan
teknik mikroskop dan berdasarkan karakteristik bentuk. Sel bakteri dibagi ke dalam
beberapa kelompok sel. Bentuk sel bakteri dibagi atas: 1) bentuk spheris atau oval yang
disebut dengan coccus, 2) bentuk batang yang disebut dengan bacillus, bentuk batang
yang sangat pendek kita namakan dengan cocobacilli, bentuk batang dengan ujung yang
semakin runcing disebut bentuk fusiform, bentuk batang yang lain adalah bentuk batang
bengkok disebut bentuk koma, 3) bentuk spiral, spirochaetajika bentuknya lebih fleksibel
dan spirilla bila bentuk spiralnya lebih kaku. Beberapa bakteri dapat berubah-ubah bentuk
dan kita sebut dengan pleomorfik (banyak bentuk). Bentuk bakteri bergantung pada
kekakuan dari dinding sel bakteri.
Sel-sel bakteri juga menunjukkan fitur struktural berikut:
 DNA tidak terkandung dalam nukleus dan biasanya terdiri dari satu kromosom
sirkuler tunggal dan tidak memiliki protein histon.
 Bakteri mungkin mengandung DNA plasmid.
 Bakteri tidak memiliki organel yang terikat degan membran.
 Dinding sel yang mengelilingi sel (plasma) membran secara struktural berbeda dari
dinding sel tanaman. Terdiri dari polisakarida yang kompleks dan zat protein yang
disebut peptidoglikan, dinding sel membentuk penghalang luar yang kaku yang
melindungi sel dan menentukan bentuknya. Di Archaea, struktur ini tidak
mengandung peptidoglikan.
 Beberapa bakteri mengandung lapisan luar karbohidrat, yang membentuk struktur
yang disebut kapsul.
 Glycocalyx (kapsul atau lapisan tipis)
 Flagella
 pili
C. Pemanfaatan dari mikroorganisme
a. enzim mikroba
Enzim mikroba telah digunakan dalam aplikasi mulai dari produksi makanan hingga
penelitian biologi molekuler Karena mikroba sangat baik sebagai sumber enzim,
beberapa enzim tersedia secara komersial yang diisolasi untuk digunakan dalam
biologi molekuler salah satunya adalah DNA polimerase dan enzim restriksi dari
bakteri E. Coli diisolasi terutama, DNA polymerase tersedia dalam teknik DNA
rekombinan seperti labeling urutan DNA dan menggunakan reaksi berantai
polymerase (PCR) untuk memperkuat DNA. Taq adalah enzim yang stabil dalam
keadaan panas dan untuk PCR yang diisolasi dari mata air panas Archaean Thermus
aquaticus. Karena kemampuan mereka untuk tumbuh dan berkembang di bawah suhu
panas yang ekstrem, mikroba ini disebut termofil (dari kata-kata Yunani yang berarti
"mencintai panas"). Banyak enzim termostabil yang serupa telah diidentifikasi Sebagai
contoh, Pfu DNA polimerase, enzim termostabil populer yang banyak digunakan
untuk PCR, berasal dari termofil Pyrococcus furiosus, spesies Archaea yang awalnya
ada di geotermal sedimen laut yang dipanaskan dan Beberapa perusahaan memiliki
izin dari pemerintah AS untuk prospek geyser di Taman Nasional Yellowstone untuk
mengidentifikasi mikroorganisme lain yang berpotensi mengandung enzim baru dan
berharga.
 Baru-baru ini strain bakteri yang belum diberi nama diisolasi dari hidrotermal curhat
di lantai Samudra Pasifik timur laut. Strain ini telah terbukti bertahan pada 121 ° C,
yaitu diyakini sebagai rekor sejauh ini untuk batas suhu atas di mana kehidupan bisa
ada. Enzim selulase, diproduksi oleh E. coli, mendegradasi selulosa, suatu polisakarida
yang membentuk dinding sel tanaman.
b. Transformasi Bakteri
transformasi merupakan kemampuan bakteri untuk mengambil DNA dari lingkungan
sekitarnya merupakan langkah penting dalam proses kloning DNA rekombinan. Dalam
kloning DNA, plasmid rekombinan dapat dimasukkan ke dalam sel bakteri melalui
transformasi sehingga bakteri dapat mereplikasi menjadi plasmid rekombinan.
Kebanyakan bakteri tidak mengambil DNA dengan mudah kecuali mereka dikultur untuk
membuatnya lebih reseptif, yang disebut sel kompeten. Satu teknik untuk
mempersiapkan sel yang kompeten melibatkan pengkulturan sel dengan larutan kalsium
klorida dingin,Atom yang bermuatan positif (kation) dalam kalsium klorida mengganggu
dinding sel bakteri dan membran untuk membuat lubang kecil di mana DNA dapat
masuk. Sel-sel ini kemudian dapat dibekukan pada suhu ultralow (-80 ° C hingga -60 ° C)
hal ini untuk mempertahankan kondisi kompeten mereka dan kemudian digunakan di
laboratorium sesuai kebutuhan. Setelah sel yang kompeten disiapkan, mereka bisa
ditransformasikan ke DNA dengan mudah, seperti yang ditunjukkan pada Gambar 5.3a.
Biasanya, DNA yang akan masuk ke dalam bakteri akan dimasukkan ke dalam plasmid
yang mengandung satu atau lebih banyak gen resistensi antibiotik. Rekombinan vektor
plasmid dicampur dalam tabung dengan sel yang kompeten dan campuran diletakkan di
atas es selama beberapa menit. Mekanisme transformasi yang tepat tidak sepenuhnya
dipahami, tetapi kita tahu bahwa sel-sel harus tetap dingin, selama waktu itu DNA akan
menempel pada permukaan luar bakteri, dan kondisi dingin mungkin juga menyebabakan
celah dalam struktur lipid dari membran sel yang memungkinkan untuk masuknya DNA.
Kation dalam kalsium klorida diperkirakan memiliki peran penting dalam menetralkan
atom yang bermuatan negative dimana fosfat dalam membran sel dan DNA sebaliknya
akan menyebabkan mereka saling tolak. Sel-sel kemudian dipanaskan secara singkat
(sekitar satu menit) pada suhu antara 37 ° C dan 42 ° C. Selama panas singkat ini "syok,"
DNA memasuki sel bakteri. Setelah sel-sel ini dibiarkan tumbuh dalam kaldu kultur,
mereka dapat dipindahkan ke dalam media agar yang mengandung antibiotik. Hanya
sel-sel yang diubah dengan DNA plasmid yang sesuai gen yang kebal antibiotik akan
tumbuh untuk menghasilkan koloni. Teknik ini disebut pemilihan antibiotik dimana DNA
plasmid direplikasi (dikloning) oleh bakteri yang ditransformasikan, dan gen dalam
plasmid akan ditranskripsi atau diterjemahkan diterjemahkan menjadi protein. Jadi, sel
bakteri yang telah diekspresikan akan menjadi protein rekombinan. Proses ini disebut
transformasi karena seseorang dapat "mengubah" sifat-sifat sel bakteri dengan
memperkenalkan gen asing. Sel-sel yang diubah telah diubah secara genetik dengan sifat-
sifat baru yang dikodekan oleh DNA, hal ini memungkinkan mereka untuk menghasilkan
zat-zat yang biasanya tidak mereka hasilkan. Misalnya, E. coli dapat ditransformasikan
dengan gen yang disebut green fluorescent protein (GFP), yang berasal dari ubur-ubur
dimana sel-sel bakteri telah ditransformasikan dan dapat mengekspresikan sejumlah besar
gen termasuk banyak gen pada manusia.
 Elektroporasi, Teknik umum lainnya untuk mentransformasikan sel disebut
elektroporasi ). Dalam pendekatan ini, sebuah instrumen disebut electroporator menghasilkan
sengatan listrik yang memasukkan DNA ke dalam sel bakteri tanpa membunuh sebagian besar
dari mereka. Electroporation menawarkan beberapa keunggulan dibandingkan pengobatan
kalsium klorida meskipun sel kompeten masih diperlukan untuk elektroporasi. Elektroporasi
akan bekerja dengan cepat cepat dan , membutuhkan lebih sedikit sel, dan juga dapat digunakan
untuk memasukkan DNA ke dalam banyak tipe sel lain termasuk sel ragi, jamur, hewan, dan
tumbuhan. Tambahan, elektroporasi adalah proses yang jauh lebih efisien daripada transformasi
kalsium klorida. Mayoritas lebih besar sel akan menerima DNA asing melalui elektroporasi
dibandingkan dengan pengobatan kalsium klorida. Karena itu, jauh lebih sedikit DNA yang
dapat digunakan untuk mengubah sel (jumlah picogram DNA sudah cukup). Salah satu
kelemahan dari teknik ini adalah lebih mahal daripada transformasi kalsium klorida biaya
seorang electroporator dan sel kompeten yang dapat mentoleransi sengatan listrik. Terlepas dari
seberapa bakteri Sel-sel diubah, begitu DN[A yang menarik dimasukkan ke dalam bakteri,
berbagai teknik yang berguna dapat dilakukan.

c. Teknik Kloning dan Ekspresi

Selain mereplikasi DNA rekombinan, bakteri yang ditransformasikan sangat berharga
karena mereka sering dapat digunakan untuk memproduksi protein secara massal untuk
berbagai keperluan
 Membuat protein fusi bakteri untuk mensintesis dan mengisolasi protein rekombinan
Salah satu teknik populer untuk menggunakan bakteri untuk sintesis dan isolasi protein
rekombinan yaitu dengan pembuatan protein fusi. Ada berbagai cara untuk menghasilkan
protein fusi, tetapi konsep dasar dari teknik ini adalah dengan menggunakan metode DNA
rekombinan untuk memasukkan gen untuk protein menjadi plasmid yang mengandung gen
untuk diketahui protein yang berfungsi sebagai "tag" Protein tag kemudian memungkinkan
untuk tahapn isolasi dan pemurnian protein rekombinan sebagai fusi protein. Vektor
plasmid untuk membuat protein fusi sering disebut vektor ekspresi karena memungkinkan
sel-sel bakteri untuk menghasilkan atau mengekspresikan besar jumlah protein. Vektor
ekspresi yang umum digunakan untuk mensintesis protein seperti protein pengikat maltosa,
glutathione S-transferase, luciferase, protein fluorescent hijau, dan b-galactosidase.
Ekspresi vektor menggabungkan urutan promotor prokariotik sehingga, setelah ekspresi
rekombinan vektor yang mengandung gen dimasukkan ke dalam bakteri melalui
transformasi, bakteri mensintesis mRNA dan protein dari plasmid ini. Helain mRNA yang
ditranskripsi adalah molekul hibrida yang mengandung pengkodean urutan untuk gen yang
dikenali dan tag protein. Akibatnya, protein fusi disintesis dari mRNA terdiri dari protein
yang disatukan (menyatu) dengan protein tag, dalam hal ini pengikat protein maltose.
Untuk mengisolasi protein fusi dan memisahkannya dari protein lain yang biasanya dibuat
oleh bakteri, sel akan dipecah terbuka (lysed) dan dihomogenisasi untuk membuat
milkshake bakteri dari jenis yang dikenal sebagai ekstrak. Ekstrak kemudian dilewatkan
melalui tabung yang disebut kolom. Salah satu pendekatan yang umum adalah mengisi
kolom dengan manik-manik plastik yang dilapisi dengan molekul yang akan mengikat
bagian protein dari protein fusi. Teknik ini disebut kromatografi afinitas karena manik-
manik di kolom memiliki daya tarik, atau "afinitas," untuk mengikat protein tag. Untuk
contoh, pada Gambar 5.5, manik-manik plastik melekat pada gula maltosa, yang akan
diikat oleh maltosebinding protein. Selanjutnya, perawatan enzim yang menggunakan
enzim pemotongan protein yang disebut protease memotong dan melepaskan protein yang
menarik dari protein tag. Beberapa teknik untuk membuat protein fusi gabungkan tag
peptida pendek dari hanya beberapa amino asam. Sebagai contoh, tag poly-His adalah
string pendek dari asam amino histidin. Salah satu manfaat dari pendekatan ini adalah
 bahwa, tidak seperti protein pengikat maltosa dan label lain yang merupakan protein besar,
tag kecil biasanya tidak memengaruhi struktur dan fungsi protein tempat mereka
bergabung, jadi mereka biasanya tidak perlu dihilangkan. Teknik protein fusi digunakan
untuk menyediakan protein yang dimurnikan untuk mempelajari struktur dan fungsi protein
dan digunakan untuk mengisolasi insulin dan secara medis lainnya protein rekombinan
penting (lihat Gambar 5.8 pada bab ini). E. coli dan bakteri berbentuk batang Gram-negatif
Bacillus subtilis adalah mikroba yang umum digunakan memproduksi protein fusi. Secara
khusus, B. subtilis adalah mikroba yang disukai untuk banyak aplikasi ketika memproduksi
protein fusi untuk protein manusia karena itu akan mensekresikannya menjadi media
pertumbuhan di mana mereka dapat dengan mudah dipanen dan dimurnikan. Dan tidak
seperti beberapa bakteri, B. subtilis sering memproses protein sedemikian rupa untuk
mempertahankan lipatan tiga dimensi dan fungsi.
 Protein mikroba sebagai reporter
Menurut perkiraan terakhir, hampir tiga perempat dari semua organisme laut dapat
melepaskan cahaya melalui proses yang dikenal sebagai bioluminescence. Untuk ikan laut,
bioluminescence dalam garis sel di sepanjang sisi ikan dan siripnya dapat digunakan untuk
menarik pasangan di lingkungan laut yang gelap. Bioluminesensi pada banyak spesies laut
diciptakan oleh bakteri seperti Vibrio fisher yang menggunakan organisme laut sebagai
inang Bakteri seperti Vibriohave telah digunakan sebagai biosensor untuk mendeteksi bahan
kimia penyebab kanker yang disebut karsinogen, polutan lingkungan, dan kontaminan kimia
dan bakteri dalam makanan. Vibrio memancing jenis bioluminescent laut lain yang disebut
cahaya Vibrio harveyicreate melalui aksi gen yang disebut luxgenes. Beberapa luxgen
mengkode subunit protein yang membentuk enzim yang disebut luciferase (berasal dari
bahasa Latin lux ferre, artinya “ligt pembawa").
Luciferase adalah enzim yang sama yang memungkinkan kunang-kunang
untuk menghasilkan cahaya. Luxgenes telah dikloning dan digunakan untuk mempelajari
ekspresi gen. Misalnya, dengan mengkloning luxgenes ke dalam plasmid, luxplasmid dapat
digunakan untuk menghasilkan protein fusi. Selain itu, luxgenes dapat berfungsi sebagai gen
reporter yang berharga. Jika dimasukkan ke dalam sel hewan atau tumbuhan, luciferase
yang dikodekan oleh luxplasmid menyebabkan sel-sel ini berpendar .Dengan cara ini, lux
 plasmid bertindak sebagai "reporter" untuk menyediakan visual indikator ekspresi gen
Luxgenes telah digunakan untuk mengembangkan bioassay fluoresens untuk menguji
tuberkulosis (TB). TB disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis, yang tumbuh
pada manusia untuk beberapa tahun ,sebelum TB berkembang Untuk bioassay TB, para
ilmuwan memperkenalkan luxgenes ke dalam virus yang menginfeksi M. tuberculosis.
Air liur dari pasien yang mungkin terinfeksi M. tuberculosisis dicampur bersama dengan
virus yang mengandung lux. Jika M. tuberculosisis dalam sampel air liur, virus menginfeksi
sel-sel bakteri ini, yang dapat dideteksi dengan bercahaya. Strain serupa dari E. coli telah
digunakan untuk mendeteksi kontaminasi arsenik di Indonesia.

D. Aplikasi mikroba dalam kehidupan sehari-hari

Memanfaatkan potensi besar mikroba untuk membuat makanan dan untuk
mengembangkan dan memproduksi obat baru adalah di antara aplikasi sehari-hari yang
paling umum yaitu bioteknologi mikroba.
 Produk makanan
Mikroba digunakan untuk membuat banyak makanan, termasuk roti, yogurt, keju, dan
asinan kubis serta minuman seperti bir, anggur, sampanye, dan minuman keras. Sebagai
seorang anak Anda mungkin belajar sajak anak-anak klasik "Nona Kecil Muffet." Kisah
Nona Muffet, duduk di tufetnya, makan "dadih dan whey" mungkin tampak seperti cara
yang mustahil untuk membahas bioteknologi, tetapi suguhan dalam mangkuk Miss
Muffet adalah hasil dari bioteknologi! Dadih dan whey dibentuk dari susu yang
dikoagulasi, dan pembekuan susu merupakan langkah penting selama produksi keju .
Untuk membuat keju, susu dari sapi, kambing, atau domba diperlakukan untuk
membantunya menggumpal (dadih). Cairan berair yang tersisa setelah bentuk dadih
disebut whey. Salah satu cara membuat keju dari susu koagulasi adalah susu dilarutkan
dengan larutan asam, tetapi keju yang paling enak biasanya dibuat menggunakan enzim
rennin. Pada hari-hari awal produksi keju, rennin,secara tradisional diperoleh dengan
mengekstraksi dari perut anak sapi dan spesies penghasil susu lainnya seperti kambing,
domba, kuda, dan bahkan zebra dan unta. Rennin mengental untuk menghasilkan dadih
dengan mencerna protein yang disebut kasein, yang merupakan komponen utama susu.
 Kasein yang dicerna membentuk campuran protein yang tidak larut yang menggumpal
(menggumpal) dalam proses yang mirip dengan apa yang terjadi ketika susu rusak.
Pada 1980-an, para ilmuwan mengkloning rennin dan mengekspresikannya dalam sel
bakteri dan jamur seperti Aspergillus niger. Rennin rekombinan (sekarang disebut
chymosin) dari mikroba dengan menggunakan teknik DNA rekombinan dan banyak
digunakan oleh pembuat keju sebagai pengganti untuk mengekstraksi rennin dari pedet
menggunakan teknik DNA rekombinan, Pada tahun1990, rennin adalah bahan makanan
DNA rekombinan pertama disetujui oleh Food and Drug Administration (FDA). Untuk
beberapa jenis keju, strain bakteri tertentu yang disebut bakteri asam laktat (Lactococcus
lactis, L.acidophilus) digunakan untuk koagulasi. Bakteri ini menurunkan kasein dan
menggunakan enzim yang disebut lactas untuk memecah gula dalam susu yang akhirnya
digunakan oleh bakteri fermentasi.
 Mikroba fermentasi
Fermentasi adalah proses mikroba penting yang menghasilkan banyak produk makanan
dan minuman termasuk berbagai roti, bir, anggur, sampanye, yogurt, dan keju. Salah satu
aplikasi paling awal dari mikroorganisme — pembuatan bir dan anggur — melibatkan
fermentasi oleh ragi. Untuk menghargai caranya membuat bir, anggur, dan roti
membutuhkan mikroba, Anda perlu tahu lebih banyak tentang proses fermentasi. Sel-sel
hewan,tumbuhan dan mikroba memperoleh energi dari karbohidrat seperti glukosa
dengan menggunakan elektron gula ini untuk membuat molekul yang disebut adenosine
triphosphate (ATP) . Terjadi reaksi untuk menghasilkan ATP. Reaksi utama pertama,
glikolisis, mengubah glukosa menjadi dua molekul piruvat. Selama konversi ini, elektron
ditransfer dari glukosa ke molekul pembawa elektron yang disebut NAD (nicotinamide
adenine dinucleotide), yang menangkap elektron untuk menghasilkan NADH, Molekul ini
akan mengangkut elektron ke reaksi selanjutnya dalam proses yang menghasilkan
produksi ATP. Yang pasti bakteri dan ragi, dimana oksigen adalah bagian penting dari
reaksi transpor elektron ini. Mikroba yang digunakan adalah oksigen untuk produksi ATP
disebut aerobes karena mereka menjalani metabolisme yang bergantung pada oksigen
(aerob). bakteri dan ragi, oksigen adalah bagian penting dari reaksi transpor elektron ini.
Mikroba yang digunakan adalah oksigen untuk produksi ATP disebut aerobes karena
mereka menjalani metabolisme yang bergantung pada oksigen (aerob).
Banyak mikroba hidup di daerah di mana oksigen jarang atau tidak ada, seperti usus
binatang, air yang dalam, atau tanah. Karena organisme ini harus bertahan hidup
tanpa oksigen, mereka telah mengembangkan kemampuan untuk memperoleh energi
dari gula tanpa adanya oksigen (kondisi anaerob). Ini adalah fermentasi, dan mikroba
yang menggunakan fermentasi disebut anaerob. Fermentasi mirip dengan glikolisis
karena NAD + digunakan untuk menangkap elektron untuk membuat NADH dan
piruvat; NADH maupun piruvat. Dalam metabolisme aerob, oksigen diperlukan untuk
menggunakan elektron dari NADH dan piruvat untuk membuat ATP, tetapi dalam
kondisi anaerob ada sedikit atau tidak ada oksigen,sehingga NADH dan piruvat tidak
dapat digunakan untuk membuat ATP dan Semua organisme harus mendaur ulang
NADH menjadi NAD +. Fermentasi memungkinkan banyak anaerob menghasilkan
oksigen, dan beberapa anaerob mampu melakukan fermentasi atau respirasi aerobik
tergantung pada ada tidaknya oksigen. Dengan tidak adanya oksigen, anaerob telah
berevolusi untuk memperoleh reaksi fermentasi sebagai cara untuk memecahkan
masalah daur ulang NADH menjadi NAD+ ,Penggunaan mikroba fermentasi piruvat
sebagai molekul penerima elektron untuk diambil elektron dari NADH dan karenanya
meregenerasi NAD +. Dua jenis fermentasi yang paling umum adalah fermentasi
asam laktat dan fermentasi alkohol (etanol). Dalam fermentasi asam laktat, elektron
dari NADH digunakan untuk mengubah piruvat menjadi asam laktat, juga disebut
laktat; selama fermentasi alkohol, elektron dari NADH mengubah piruvat menjadi
etanol. NAD + diregenerasi ketika elektron dikeluarkan dari NADH dan dipindahkan
ke piruvat untuk membuat laktat atau etanol pada tahap akhir fermentasi. Selama
fermentasi alkohol, gas karbon dioksida juga diproduksi sebagai produk limbah.
Ada banyak jenis bakteri dan ragi yang berfermentasi. Jenis fermentasi lainnya
membuat sauerkraut dari kubis dan menghasilkan produk yang bermanfaat seperti
asam asetat dalam cuka, asam sitrat dalam jus buah, dan aseton dan metanol, dua
bahan kimia yang sering digunakan di laboratorium untuk membersihkan gelas.
Selain itu, produk mikroba ini memiliki keuntungan karena diproduksi lebih efisien
dan murah daripada dengan cara lain. Fermentasi asam laktat juga terjadi pada
manusia sel otot selama latihan yang berat. Bakteri pengfermentasi asam laktat
digunakan untuk menghasilkan keju, krim asam, dan yogurt; rasa tajam atau asam
 dari produk ini terutama disebabkan oleh asam laktat. Yogurt pertama kali diciptakan
di Bulgaria dan telah ada selama berabad-abad. Produksi yogurt biasanya melibatkan
campuran bakteri yang sering termasuk strain mikroba fermentasi asam laktat anaerob
seperti Streptococcus thermophilus, jenis yang disebut Lactobacillus (Lactobacillus
delbrueckii dan Lactobacillus bulgaricus), dan jenis lain yang disebut Lactococcus
(Lactococcus lactis). Kultur aktif dari mikroba pemfermentasi asam laktat ini
ditambahkan ke campuran susu dan gula dalam sebuah fermentor, yang dijaga pada
suhu yang terkontrol dengan cermat. Mikroba dalam campuran menggunakan gula
untuk menghasilkan asam laktat. Buah dan perasa lainnya dapat ditambahkan ke
yogurt sebelum didinginkan pada suhu pendingin (4 ° C – 5 ° C) untuk mencegah
perubahan komposisi. Ketika Anda menikmati sesendok yogurt, Anda juga makan
fermentasi dalam jumlah besar mikroba yang masih dalam yogurt. Asam laktat dan
produk fermentasi lainnya berkontribusi pada rasa manis dan asam dari yogurt dan
membantu dalam koagulasi yogurt. Bakteri asam laktat lain, Lactobacillus sakei,
ditemukan secara alami pada daging dan ikan segar. L. sakeiserves sebagai
biopreservatif alami dalam produk daging seperti sosis, di mana ia menangkal
pertumbuhan mikroba lain yang tidak diinginkan yang akan merusak makanan atau
menyebabkan penyakit. Selain asam laktat, mikroba ini menghasilkan molekul yang
disebut bacteriocins, yang bertindak sebagai agen antimikroba yang terjadi secara
alami untuk membunuh mikroba lain.
 protein terapeutik
Perkembangan teknologi DNA rekombinan cepat menyebabkan menggunakan bakteri
untuk menghasilkan produk medis seperti impor-tant protein terapeutik. Insulin
adalah molekul rekombinan pertama dinyatakan dalam bakteriofag-ria untuk
digunakan pada manusia. Di sini kita menggunakan produksi insulin sebagai contoh
bagaimana mikroba dapat digunakan untuk membuat protein terapeutik.

menggunakan Mikroba terhadap Mikroba lainnya

Antibiotik adalah zat yang dihasilkan oleh mikroba yang menghambat pertumbuhan
mikroba lainnya. Antibiotik adalah jenis obat antimikroba, kategori umum
didefinisikan sebagai obat (baik yang diproduksi oleh mikroba atau tidak) yang
menghambat mikroorganisme. Penisilin adalah antibiotik pertama yang digunakan
secara luas pada manusia, dan penemuannya adalah contoh yang sangat baik
bagaimana beberapa mikroba melindungi diri dari orang lain dengan membuat zat
antimikroba. Alexander Fleming adalah ahli mikrobiologi yang, pada tahun 1928,
menemukan bahwa koloni dari Penicillium notatum cetakan pertumbuhan
menghambat bakteri Staphylococcus aureus. Ketika dibudidayakan bersama-sama
pada cawan petri, S. aureus tidak akan tumbuh di zona kecil agar sekitarnya cetakan
koloni. Belasan tahun kemudian, ilmuwan menggunakan P. notatum untuk
mengisolasi obat mereka disebut penisilin, yang kemudian diproduksi secara massal
dan digunakan untuk mengobati infeksi bakteri pada manusia.
Sebagian antibiotik terisolasi dari bakteri, dan sebagian besar zat ini menghambat
pertumbuhan bakteri lain. Dalam lebih dari 60 tahun sejak penisilin ditemukan,
ribuan mikroba antibiotik-produsen lain telah ditemukan, dan ratusan yang berbeda
anti-biotik telah diisolasi. Tabel 5.2 menunjukkan contoh antibiotik yang umum dan
mikroba sumber mereka.
E. penggunaan vaksin dari mikroba.
Vaksin adalah bagian dari patogen atau seluruh organism yang dapat diberikan kepada
manusia atau hewan melalui mulut atau dengan suntikan untuk merangsang sistem
kekebalan terhadap infeksi oleh patogen tersebut. Ketika orang atau binatang divaksinasi,
sistem kekebalan mereka mengenalivaksin sebagai antigen dan merespons dengan
membuat antibodi dan sel memori B.Dengan merangsang sistem kekebalan, vaksin telah
menekannya untuk menimbun antibodi dan sel memori kekebalan yang dapat bekerja
pada paparan patogen nyata di masa depan. Vaksin telah lama dikenal sebagai suatu
substansi yang digunakan
untuk memperoleh respon imun terhadap mikroorganisme patogen.
Vaksin pertama kali ditemukan pada tahun 1796 oleh Edward Jenner yaitu vaksin virus
cacar. Sejak saat ituteknologi pembuatan vaksin telah berkembang dengan pesat dan
berbagai jenis vaksin untuk mencegah penyakit infeksi telah banyak digunakan.
Vaksin konvensional baik vaksin generasi pertama yaitu vaksin yang mengandung
mikroorganisme hidup yang telah dilemahkan dan vaksin generasi kedua yaitu vaksin
yang mengandung mikroorganisme yang dimatikan, serta vaksin generasi yang ketiga
yaitu vaksin rekombinan yang juga dikenal dengan vaksin sub unit yang mengandung
fragmen antigenik dari suatu mikroorganisme yang dapat merangsang respon imun,
dalam penggunaannya masih memiliki beberapa kelemahan (1, 2). Vaksin generasi
pertama seringkali dapat bermutasi kembali menjadi virulen sehingga menimbulkan efek
yang tidak diinginkan. Oleh sebab itu biasanya jenis vaksin yang dilemahkan ini tidak
dianjurkan diberikan kepada penderita yang mengalami imunokompromais. Sedangkan
vaksin generasi kedua adalah vaksin mengandung mikroorganisme yang dimatikan
menggunakan zat kimia tertentu, biasanya dengan menggunakan formalin atau fenol,
dalam penggunaannya sering mengalami kegagalan atau tidak menimbulkan respon imun
tubuh. Untuk mengatasi berbagai kelemahan yang terjadi pada penggunaan vaksin
generasi pertama dan kedua mulailah dikembangkan vaksin generasi yang ketiga yaitu
vaksin rekombinan yang juga dikenal dengan vaksin sub unit. Vaksin sub unit dibuat
melalui teknik rekayasa genetika untuk memperoleh fragmen antigenik dari
mikroorganisme, sehingga disebut dengan vaksin rekombinan. Sebagai contoh, vaksin
hepatitis B mengandung bagian protein selubung dari virus hepatitis B yang diproduksi
melalui rekayasa genetika, oleh sel ragi. Vaksin rekombinan lebih aman dibandingkan
dengan vaksin yang mengandung seluruh sel virus, karena fragmen antigenik yang
terdapat dalam vaksin rekombinan tidak dapat bereproduksi dalam tubuh penerima,
disamping itu vaksin rekombinan umumnyatidak menimbulkan efek samping. Namun
demikian vaksin generasi ketiga inipun ternyata hanya dapat menimbulkan respon imun
humoral dan tidak dapat menimbulkan respon imun seluler (3, 4). Vaksin DNA Transfer
DNA plasmid secara langsung ke dalam jaringan mencit tanpa sistem penghantaran
khusus telah berhasil dilakukan pertama kalipada tahun 1990 (5). DNA plamidyang
disuntikkan secara intramus kular ke dalam tubuh mencit tersebut.
Antibiotik dan vaksin telah terbukti sangat effec-tive untuk mengobati kondisi penyakit
menular pada manusia dan hewan yang disebabkan oleh patogen-penyebab penyakit
cacar. Eksperimen ini menunjukkan potensi vaksinasi (dinamai dari kata Latin vacca,
yang berarti "sapi") - menggunakan agen infeksi untuk memberikan kekebalan
perlindungan terhadap penyakit. Meskipun Amerika Serikat menghentikan vaksinasi
rutin untuk cacar pada tahun 1972, pada tahun 1980, aplikasi vaksin selanjutnya yang
meluas telah memberantas penyakit ini. Di Amerika Serikat banyak vaksin secara rutin
diberikan kepada bayi baru lahir, anak-anak, dan orang dewasa. Meskipun Anda mungkin
tidak ingat vaksinasi pertama Anda (yang biasanya terjadi kapan-kapan) dari usia 2
hingga 15 bulan), Anda mungkin divaksinasi dengan vaksin DPT, yang menyediakan
beberapa tahun perlindungan terhadap tiga racun bakteri yang disebut toksin difteri,
toksin pertusis, dan toksin tetanus. Difteri dapat menyebabkan masalah pernapasan,
kelumpuhan, dan gagal jantung. Pertusis menyebabkan batuk rejan, yang melibatkan
episode kelumpuhan batuk parah sehingga menjadi sulit bagi bayi untuk makan, minum
atau bernapas. Tetanus dapat menyebabkan rahang terkunci, mencegah pembukaan
mulut.
1. Konstruksi dan Elemen Genetik Vaksin DNA
Struktur dan elemen genetik dari suatu vaksin DNA terdiri dari dua unit utama yaitu
yang pertama adalah unit propagasi plasmid yang berfungsi sebagai pengendali replikasi
dan perbanyakan plasmid DNA secara in vitrodalam sel bakteri, sesuai dengan jumlah
dan volume yang diinginkan pada saat diproduksi. Sedangkan unit yang kedua terdiri
dari fragmen DNA yang mengandung gen vaksin yang telah dikloning ke dalam plasmid
 DNA, dimana gen vaksin ini diharapkan mengekspresi protein asing di dalam sel hospes
(tubuh manusia).
2. Mekanisme vaksin DNA dalam
merangsang sistem imun adalah setelah plasmid DNA disuntikkan ke dalam jaringan
maka plasmid DNA akan bereplikasi secara otonom dan memproduksi protein asing
atau antigen yang dikode oleh gen vaksin. Antigen ini langsung dapat menstimulasi sel
B yang kemudian dapat memproduksi antibodi terhadap entigen atau protein asing yang
dikode oleh plasmid DNA. Sel yang mengandung antigen asing tersebut kemudian
dapat bersifat sebagai sel penyaji antigen (antigen presenting cells), yang kemudian
dapat melalui jalur-jalur tertentu, baik melalui jalur major histocompatibility
complex(MHC) I pada sel CD8+T atau MHC II pada sel CD4+T, sehingga mengalami
proses yang berbeda dalam merangsang sistem imunutas tubuh. Protein asing juga
dapat langsung masuk ke dalam suatu sel penyaji lainnya misalnya sel dendritik,
sehingga dengan demikian selain dapat merangsang sistem imun humoral juga dapat
merangsang sistem imun selular. Karena proses pembentukan antigen oleh sel hospes
setelah vaksinasi DNA menyerupai produksi antigen pada saat terinfeksi dengan
mikroorganisme secara alamiah, maka respon imun yang terjadi akibat vaksinasi DNA
sama dengan respon imun yang diinduksi oleh mikroorganisme patogen.nisme Aksi
Vaksin DNA

jenis Vaksin
 Vaksin subunit dibuat dengan menyuntikkan sebagian dari struktur virus atau bakteri,
biasanya protein atau lipid dari mikroba, yang direspon oleh sistem kekebalan tubuh. Vaksin
yang cukup efektif melawan virus hepatitis B adalah salah satu contoh pertama vaksin
subunit, dan vaksin untuk penyakit tetanus, antraks, dan meningokokus juga merupakan
vaksin subunit.
 Vaksin yang dilemahkan melibatkan penggunaan bakteri hidup atau virus yang telah
dilemahkan atau dengan mengubah kondisi pertumbuhan mereka untuk mencegah replikasi
mereka setelah diperkenalkan ke penerima. Vaksin Sabin untuk polio adalah vaksin yang
dilemahkan.Begitu juga vaksin MMR, tuberkulosis, kolera, dan cacar air (varicella) serta
banyak lainnya.
 Vaksin yang tidak aktif (terbunuh) disiapkan dengan membunuh patogen dan
menggunakan mikroorganisme yang mati atau tidak aktif untuk vaksin. Campuran dari virus
polio yang tidak aktif digunakan dalam vaksin Salk melawan polio. Vaksin rabies
diberikandengan menyuntikkan ke anjing, kucing, dan manusia, DPTvaksin, dan vaksin
influenza (flu), yangtelah menjadi umum dalam beberapa tahun terakhir, jugacontoh vaksin
yang tidak aktif. Flu yang tidak aktifVaksin juga dapat diberikan sebagai semprotan hidung.
 Vaksin berbasis DNA telah dicoba tetapi sejauh ini belum terbukti efektif. Namun, pada
2005, USDA menyetujui vaksin DNA berlisensi pertama di dunia, vaksin terhadap virus
West Nile (WNV). Dikembangkan oleh Fort Dodge Laboratories dari Fort Dodge, Iowa,
vaksin ini dirancang untuk melindungi kuda dari WNV, a virus yang ditularkan oleh
nyamuk. Infeksi Equine WNV sedang meningkat, dan sekitar sepertiga dari kuda terinfeksi
dengan WNV akan mati atau harus di-eutanasia. Pada 2007, USDA menyetujui yang
pertama vaksin kanker terapeutik di Amerika Serikat untukspesies apa pun, manusia atau
hewan, untuk melanoma taring. Vaksin ini terdiri dari plasmid yang mengandung gen untuk
enzim manusia (tyrosinase).
F. genom mikroorganisme
Pada tahun 1995, Institute for Genomic Research, yang memainkan peran utama dalam
Proyek Genom Manusia, melaporkan urutan lengkap dari mikroba
genom ketika mereka menerbitkan urutan untuk Haemophilus influenzae. Sejak itu, lebih
dari 1.000 genom mikroba telah diterbitkan, dan pekerjaan sedang dilakukan pada genom
selama beberapa ratus mikroba lainnya. Pada tahun 1994, sebagai perpanjangan dari
Manusia Proyek Genom, Departemen Energi A.S. memprakarsai Program Genom
Mikroba (MGP). Tujuan MGP adalah mengurutkan seluruh genom mikroorganisme yang
memiliki aplikasi potensial dalam biologi lingkungan, penelitian, industri, dan kesehatan,
seperti bakteri yang menyebabkan TBC, gonore, dan kolera, serta genom protozoa
patogen seperti organisme (Plasmodium) itu menyebabkan malaria.
 Studi Metagenomik Urutan genom dari Komunitas Mikroba
Metagenomics melibatkan pengurutan untuk genom seluruh komunitas mikroba.
Proyek metagenomik adalah sekuensing genom mikroba dari lingkungan sampel air,
udara, dan tanah serta dari lautan di seluruh dunia, gletser, tambang — hampir setiap
orang sudut dunia. Perkiraan juga menunjukkan bahwa lebih dari 99% dari
keanekaragaman mikroba yang diketahui saat ini ada dalam organisme yang tidak dapat
dibudidayakan. Saat ini sejumlah proyek metagenomics telah diluncurkan di seluruh
dunia, yang melibatkan tim penyelidik internasional sequencing mikroba laut dan
mikroba tanah (ada proyek "terragenome" sedang berlangsung). Perintis genom manusia
J. Craig Venter, yang kami dibahas dalam Bab 3, meninggalkan Celera pada tahun 2003
untuk membentuk J. Craig Venter Institute (JCVI), dan dia telah memainkan peran
sentral dalam membangun bidang metagenomik. Salah satu inisiatif institut adalah
ekspedisi global untuk mengambil sampel mikroorganisme laut dan darat dari seluruh
dunia dan mengurutkan genom mereka.
 Sebuah studi percontohan yang dilakukan institut di Laut Sargasso lepas dari
Bermuda menghasilkan sekitar 1.800 spesies mikroorganisme baru dan lebih dari 1,2
juta DNA baru urutan Sampel air dari berbagai lapisan dalam kolom air dilewatkan
melalui filter kepadatan tinggi dari berbagai ukuran untuk menyaring mikroba. DNA itu
diisolasi dari mikroba dan digunakan untuk kloning senapan dan kemudian diurutkan
dengan komputer otomatis sequencer yang terus berjalan di papan hamper sekitar jam.
Ekspedisi ini memiliki potensi besar untuk mengidentifikasi mikroba dan gen baru
fungsi, termasuk gen yang berharga secara komersial. fotoreseptor untuk menangkap
energi cahaya menjadi daya fotosintesis. Para ilmuwan tertarik untuk mempelajari lebih
lanjut tentang fotoreseptor untuk membantu mengembangkan cara-cara di mana
fotosintesis dapat digunakan untuk menghasilkan hidrogen sebagai sumber bahan bakar.
Peneliti medis juga sangat tertarik pada fotoreseptor karena, pada manusia dan banyak
spesies lain, fotoreseptor di mata bertanggung jawab atas visi.
 Genomik virus
Studi genom virus adalah bidang penelitian panas lainnya (Tabel 5.4, di halaman 149).
Ini sebagian benar karena banyak virus mematikan bermutasi dengan cepat di
tanggapan terhadap vaksin dan perawatan antivirus. Antiviral obat dirancang untuk
bekerja dalam beberapa cara. Beberapa obat antivirus menghalangi virus dari
pengikatan ke permukaan sel dan menginfeksi sel; yang lain memblokir replikasi virus
setelah virus menginfeksi sel-sel tubuh. Penelitian pada genom virus membantu para
ilmuwan mempelajari bagaimana virus menyebabkan penyakit dan mengarah pada
pengembangan obat antivirus baru dan efektif.
 Ekstraksi DNA genom bakteri
Hasil isolasi bakteri diperoleh 38 isolat murni, selanjutnya diidentifikasi keragaman
genetik bakteri tersebut. Langkah pertama yaitu ekstraksi DNA genom. Pengekstraksian
DNA dilakukan menggunakan larutan cetyltrimetyl ammonium bromide(CTAB)
(modifikasi Murray & Thompson, 1980). Isolat bakteri yang telah murni ditanam dalam
media cair Luria Bertani (LB), dikocok selama 24 jam pada suhu 28 °C dengan
kecepatan 140–160 rpm. Kemudian bakteri dipanen sebanyak 5 mL ke dalam tabung
mikro, disentrifugasi dengan kecepatan 12000 rpm selama satu menit dan supernatannya
dibuang. Pelet yang telah mengendap dalam tabung mikro dikeringkan dengan cara
 dibalikkan di atas kertas tisu. Pelet bakteri ditambahkan 500 µL 1× TE bufer, kemudian
diresuspensi dan disentrifugasi dengan kecepatan 12.000 rpm selama lima menit.
Supernatan dibuang dan pelet sel diresuspensikan kembali dengan 1× TE bufer sebanyak
500 µL, ditambahkan 100 µL lysozym (50 mg/µL) dan diinkubasi pada suhu 37 °C
selama satu jam (setiap 15 menit dibolak-balik). Setelah itu ditambahkan 100 µL NaCl
5M dan 100 µL CTAB, kemudian divorteks dan diinkubasi pada suhu 65 °C selama 20
menit. Selanjutnya ditambahkan 500 µL phenol:chloroform:isoamylalkohol (25:24:1),
divorteks selama 30 detik, kemudian disentrifugasi pada kecepatan 10.000 rpm selama
lima menit. Supernatan diambil dan dipindahkan ke dalam tabung mikro steril yang
telah berisi 600 µL isopropanol/etanol absolutdingin (-20 °C) dan dibolak-balik hingga
timbul benang-benang DNA. DNA dalam bentuk pelet dicuci dengan 1 mL etanol 70%
dingin dan dikeringkan diudara selama empat sampai 24 jam untuk menguapkan etanol
yang masih tersisa. Langkah terakhir dalam ekstraksi DNA adalah penambahan 1×TE
bufer 20–30 µL tergantung jumlah pelet yang terbentuk. Kemudian DNA disimpan pada
suhu -20 °C untuk keperluan selanjutnya.

G. Mikroorganisme dalam Memerangi Bioterorisme

Peristiwa tragis 11 September 2001 adalah serangan terorisme paling dahsyat di tanah
Amerika. Di minggu-minggu setelah tragedi mengerikan ini, Amerika dan dunia juga
menerima pemberitahuan tentang ancaman bioterorisme ketika surat-surat yang
terkontaminasi dengan spora bubuk kering dari bakteri Bacillus anthraciswere.
Saat Amerika mengkampanyekan seruan perang terhadap terorisme internasional,
Amerika mendapat kiriman surat melalui pos yang isinya berupa Antraks yang
dapat menyerang penerima surat yang membukanya. Tidak sedikit yang menderita
penyakit, bahkan meninggal akibat kiriman Antraks tersebut. Setelah kasus Antraks
yang menggegerkan, pada tahun 2003 ditemukan racun Ricin di sebuah flat di
London, Inggris. Jauh sebelumnya, pada 1995, satu sekte di Jepang, menebar gas
Sarin di sebuah kereta api bawah tanah di Tokyo. Antraks, Sarin, dan Ricin,
merupakan hasil perekayasaan agen biologis dan zat kimia yang dikategorikan
sebagai senjata teroris. Kelompok teroris menggunakannya untuk menebar ketakutan
pada public Pengembangan bioterorisme berkaitan pula dengan pengembangan ilmu
biologi dan perkembangan bioteknologi saat ini. Pencapaian gemilang dalam
rekayasa genetika dibayangi penyalahgunaan oleh oknum yang tidak
bertanggungjawab. Penggunaan agen biologis sebagai senjata perang dan alat terror.
 BAB III
PENUTUP
A. Kesimpulan

Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme yang sangat kecil untuk melihat individu
tidak dapat dilihat dengan mata telanjang harus dengan bantuan mikroskop. Meskipun
mikroorganisme yang paling banyak adalah bakteri, mikroba juga termasuk virus; jamur
seperti ragidan cetakan; ganggang; dan organisme bersel tunggal disebut protozoa. Sel-sel
bakteri jauh lebih kecil (1-5 mikrometer, atau μm; 1 mm 50.001 milimeter) daripada sel
eukariotik (10–100 mm) dan memiliki struktur yang jauh lebih sederhana Sel prokariotik
yaitu bakteri mempunyai struktur sel yang unik, di mana sel bakteri tidak mempunyai
ruangan yang cukup untuk mitokondria, nukleus, apparatus golgi, lisosom, retikulum
endoplasma, seperti yang ada dalam satu sel eukariot, pada sel bakteri hanya memiliki
ruangan kira-kira seluas mitokondria.
 DAFTAR PUSTAKA

Cano, R.J. dan Colom, J.S. (1986). Microbiology. St. Paul, MN: West Publishing
Company.

CDC. 2001. “Investigation Of Bioterrorism-Related Anthrax, 2001”. Morbdity And Mortality

Weekly Report, Vol. 50, No. 45 (November 16, 2001), pp. 1008-1010. CDC.

De Schryver P, Sinha AK, Kunwar PS, Baruah K, Verstraete W. 2010. Applied Microbiology
and Biotechnology 86: 1.535–1.541.

Fardiaz, S. (1989). Mikrobiologi Pangan. Institut Pertanian .Bogor, Indonesia: Pusat Antar-
Universitas Pangan dan Gizi.

Malavika G, E Kenneth, Ugen, BW David. 2004. DNA Vaccines against Human

Immunodeficiency Virus Type 1 in the Past Decade. Clin Microbiol Rev. 17 (2):370-389.

Tortura, G.J., Funke, B.R. dan Case, C.L. Microbiology. An Introduction. Menlo Park,
CA.: The Benjamin/Cummings Publishing Company, Inc.

William J. Thieman dan Michael A. Palladino. Introduction To Biotecnhologi Third

Edition.2013.Pearson Benjamin Cumings.