Rangkuman Materi 1 Mikrobiologi Semester 4 Universitas Islam Indonesia

Dosen : Habibi Hidayat, Dr, S.Si, M.Si

Penulis : A’inun Na’im

OUTLINE MATERI :

1. Pendahuluan mengenai Mikrobiologi

2. Klasifikasi Mikroorganisme
3. Struktur dan bentuk bakteri
4. Sifat pertumbuhan mikroorganisme
5. Patogenitas dan Non patogenitas bakteri

MATERI 1
PENDAHULUAN MENGENAI MIKROBIOLOGI

➢ Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari mikroba atau mikroorganisme

➢ Berasal dari kata :
o Micros yang artinya sangat kecil
o Bios yang artinya hidup
o Logos yang artinya ilmu

➢ Mikrobiologi mempelajari mengenai :

1. pengertian dasar tentang sejarah penemuan mikroba,
2. macam-macam mikroba di alam,
3. struktur sel mikroba dan fungsinya,
4. 1etabolism mikroba secara umum,
5. pertumbuhan mikroba dan faktor lingkungan,
6. mikrobiologi terapan di bidang lingkungan dan pertanian

➢ Mikroorganisme / mikroba / jasad renik adalah Jasad hidup yang ukurannya kecil sering, yang
dapat dilihat hanya menggunakan mikroskop serta memiliki pengaturan kehidupan yang lebih
sederhana dibandingkan dengan jasad tingkat tinggi.
➢ Jasad hidup yang ukurannya besar dengan mudah dapat digolongkan ke dalam plantae atau
animalia
➢ Mengapa mikroba tidak masuk ke dalam animalia dan palntae ?
Karena ukurannya kecil dan mempunyai sifat antara animalia dan plantae
➢ Apa saja yang termasuk ke dalam mikroba ?
1. Bakteri
2. Jamur (fungi)
3. Virus
4. Protozoa

➢ Plankton (contoh organisme) = organisme hanyut apapun yang hidup dalam zona
pelagik (bagian atas) samudera, laut, dan badan air tawar.
➢ Bakteri = makhluk hidup yang berukuran sangat kecil, bersel tunggal (uniseluler) yang dapat
dilihat dengan menggunakan mikroskop, ukurannya 0,5-5μm ( 1 μ = 0,001 mm), hidup
dimanapun.

Gram positif (+)

Bakteri
Gram negative (-)

➢ Jamur (Fungi) = Organisme eukariotik, tubuhnya tersusun atas hifa dan tidak memiliki klorofil
(heterotrof).
Uniseluler

Jamur
Multiseluler

➢ Virus = organisme mikroskopik (super kecil) bersifat parasit yang bereproduksi di dalam sel
inang yang hidup, ukurannya 2-20 μm.

DNA
Virus
RNA

➢ Protozoa = organisme yang menyerupai hewan yang ialah salah satu dari filum dari kingdom
protista, uniseluler, ukurannya sekitar 100-300 mikron

➢ Peran Mikroba
1. Jasad produsen menghasilkan bahan organik dari bahan anorganik dengan energi sinar
matahari. Mikroba yang berperanan sebagai produsen adalah algae dan bakteri fotosintetik.
2. Jasad konsumen menggunakan bahan organik yang dihasilkan oleh produsen. Contoh
mikroba konsumen adalah protozoa.
3. Jasad redusen menguraikan bahan organik dan sisa-sisa jasad hidup yang mati menjadi
unsur-unsur kimia (mineralisasi bahan organik), Contoh mikroba redusen adalah bakteri dan
jamur (fungi).

• Penggunaan Mikroba
1. Pembuatan makanan fermentasi, untuk membuat anggur dan roti, bakteri asam laktat untuk
yogurt dan kefir, bakteri asam asetat untuk vinegar, jamur Aspergillus sp. untuk kecap, dan
jamur Rhizopus sp. untuk tempe.
2. produksi antibiotik, antara lain penisilin oleh jamur Penicillium sp., streptomisin oleh
actinomysetes Streptomyces sp.
3. Proses karotenoid dan steroid oleh jamur, asam glutamat oleh mutan Corynebacterium
glutamicum, pembuatan enzim amilase, proteinase, pektinase, dan lain-lain.
 4. untuk pemindahan gen dari manusia, binatang, atau tumbuhan ke dalam sel mikrobia,
penghasilan hormon, antigen, antibodi, dan senyawa lain misalnya insulin, interferon, dan
lain-lain.
5. Di bidang pertanian untuk pupuk hayati (biofertilizer), biopestisida, pengomposan, dan
sebagainya
6. Di bidang pertambangan untuk proses leaching di tambang emas, desulfurisasi batubara,
maupun untuk proses penambangan minyak bumi.
7. di bidang lingkungan, misalnya untuk mengatasi pencemaran limbah organik maupun
anorganik termasuk logam berat dan senyawa xenobiotik
SEJARAH MIKROBIOLOGI

1. Aristoteles ( Yunani, 300 SM)

• Makhluk kecil itu terjadinya begitu saja dari benda yang mati
2. Antonio Van Leewenhoek (1632-1723)
• melakukan pengamatan tentang struktur mikroskopis biji, jaringan tumbuhan dan
invertebrata kecil, tetapi penemuan yang terbesar adalah diketahuinya dunia mikroba
yang disebut sebagai “animalculus” atau hewan kecil. Animalculus adalah jenis-jenis
mikroba yang sekarang diketahui sebagai protozoa, algae, khamir, dan bakteri.
• Menurut teori abiogenesis, animalculus timbul dengan sendirinya dari bahan-bahan
mati. Sebagian ahli menganut teori biogenesis, dengan pendapat bahwa
animalculus terbentuk dari “benih” animalculus yang selalu berada di udara.
• Orang yang pertama kali mengetahui adanya dunia mikroorganisme
• Penemu Mikroskop
3. Fransisco Redi (1665)
• bahwa ulat yang berkembang biak di dalam daging busuk, tidak akan terjadi apabila
daging tersebut disimpan di dalam suatu tempat tertutup yang tidak dapat disentuh
oleh lalat. Jadi dapat disimpulkan bahwa ulat tidak secara spontan berkembang dari
daging
4. Needham ( Irlandia, 1745-1750)
• Bereksperimen menutup botol yang berisi air rebusan padi dan memunculkan
mikroorganisme.
• Kehidupan baru dapat timbul dari barang mati
• Menyatakan teori Abiogenesis (a = tidak, bios = hidup, genesis = kejadian) atau teori
generatio spontanea (makhluk-makhluk baru itu terjadi begitu saja)
5. Spallanzani (1729-1799)
• Membantah teori abiogenesis
• Ia mengatakan bahwa percobaan Needham kurang sempurna
• Ia mencoba merebus sepotong daging sampai berjam lamanya, kemudian air daging
tersebut ditutupnya rapat rapat, tetapi tidak menghasilkan mikroorganisme baru
• percobaan menggunakan kaldu ternyata pemanasan dapat menyebabkan animalculus
tidak tumbuh
6. Scultze & schawan (1836-1837)
• Membuat percobaan dengan mengalirkan udara melalui pipa pada botol yang berisi
air kaldu namun tidak menemukan mikroorganisme baru.
 7. Louis Pasteur (1856)
• Udara mengandung mikrobia yang pembagiannya tidak merata,
• Cara pembebasan cairan dan bahan-bahan dari mikrobia, yang sekarang dikenal
sebagai pasteurisasi dan sterilisasi.
• Ia mengatakan tidak ada kehidupan baru yang dapat timbul dari barang mati
• “omne vivum ex ovo, omne ovum ex vivo” (semua kehidupan itu berasal dari telur dan
semua telur berasal dari sesuatu yang hidup”
8. Robert Koch (1843-1910)
• Postulat Koch dalam bentuk umum adalah sebagai berikut:
1. Suatu mikroba yang diduga sebagai penyebab penyakit harus ada pada setiap
tingkatan
penyakit.
2. Mikroba tersebut dapat diisolasi dari jasad sakit dan ditumbuhkan dalam bentuk
biakan murni.
3. Apabila biakan murni tersebut disuntikkan pada hewan yang sehat dan peka,
dapat
menimbulkan penyakit yang sama.
4. Mikrobia dapat diisolasi kembali dari jasad yang telah dijadikan sakit tersebut.

➢ Menurut teori evolusi, setiap jasad akan berkembang menuju ke sifat plantae atau animalia. :
1. ,A. Heckel (Berdasarkan organisme sel.)
Perbedaan dunia tumbuhan (plantae) dan dunia binatang (animalia), dengan protista.
1, Protista terdiri dari algae atau ganggang,
2, protozoa, jamur atau fungi, dan bakteri yang mempunyai sifat uniseluler, sonositik, atau
multiseluler tanpa diferensiasi jaringan.
2. B. Woese (berdasarkan susunan kimia makromolekul yang terdapat di dalam sel)
Pembagiannya yaitu Arkhaebacteria, Eukaryota (Protozoa, Fungi, Tumbuhan dan
Binatang), dan Eubacteria
3. Whittaker
membagi jasad hidup menjadi tiga tingkat perkembangan, yaitu:
(1) Jasad prokariotik yaitu bakteri dan ganggang biru (Divisio Monera),
(2) Jasad eukariotik uniseluler yaitu algae sel tunggal, khamir dan protozoa (Divisio Protista),
dan
(3) Jasad eukariotik multiseluler dan multinukleat yaitu Divisio Fungi, Divisio Plantae, dan
Divisio Animalia.
➢ Penemuan Bakteri berspora
• John Tyndall (1820-1893Memanaskan cairan organic dalam air garam selama 5 menit dan
menyimpannya dalam ruangan bebas debu, ternyata tidak akan membusuk walaupun
disimpan dalam waktu berbulan-bulan. Tetapi jika tanpa pemanasan maka akan terjadi
pembusukan.
• fase termolabil (tidak tahan pemanasan, saat bakteri melakukan pertumbuhan)
• termoresisten pada bakteri (sangat tahan terhadap panas).
• secara mikroskopis bakteri dapat membentuk endospora. (pada fase termoresisten)
 • Tyndalisasi yaitu pemanasan yang terputus dan diulang beberapa kali untuk strerilisasi
bahan yang mengandung bakteri pembentuk spora
• Cara : Pemanasan dilakukan pada suhu 100oC selama 30 menit, kemudian dibiarkan pada
suhu kamar selama 24 jam, cara ini diulang sebanyak 3 kali. Saat dibiarkan pada suhu kamar.
➢ Peran Mikroba
• Fermentasi merupakan proses yang menghasilkan alkohol atau asam organik, misalnya
terjadi pada bahan yang mengandung karbohidrat.
• Pembusukan merupakan proses peruraian yang menghasilkan bau busuk, seperti pada
peruraian bahan yang mengandung protein.
➢ Anaeron = tidak memerlukan oksigen
➢ Obligat anaeron = tidak sepenuhnya tanpa oksigen
➢ Pembentukan alkohol dari gula karena adanya biokatlisator berupa enzim
MATERI 3

STRUKTUR DAN BENTUK BAKTERI

➢ Klasifikasi Bakteri
• umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler,
• tidak mempunyai klorofil
• berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner.
• Karena tidak mempunyai klorofil, bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun
sebagai jasad yang parasitik.
• Tempat hidupnya tersebar di mana-mana, yaitu di udara, di dalam tanah, didalam air, pada
bahan-bahan, pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan.
➢ Klasifikasi bakteri didasarkan pada berbagi ciri, antara lain:

• 1. bentuk bakteri,
• 2. kemampuan membentuk spora,
• 3. cara memproduksi energi (anaerobik dan aerobik),
• 4. reaksi terhadap pewarnaan Gram (Gram positif/negatif).
➢ Nomenklatur bakteri
• Seperti halnya tanaman, bakteri juga menggunakan 2 nama yaitu nama binomial (binomial
name), yang diajukan oleh Linnaeus pada tahun 1753 untuk penamaan tanaman.
• Kaidah penulisan nama bakteri pada tingkat spesies ditulis dengan cara nama genus
mendahului nama spesiesnya.
• Huruf awal nama Genus ditulis dengan huruf besar dan nama spesies ditulis dengan huruf
kecil.
• Keseluruhan nama ditulis dengan dicetak miring. Contohnya : Staphylococcus aureus.

➢ Morfologi bakteri
• Arti kata morfologi adalah pengetahuan tentang bentuk (morphos).
• Morfologi dalam cabang ilmu biologi adalah ilmu tentang bentuk organisme, terutama hewan
dan tumbuhan dan mencakup bagian-bagiannya.
Makroskopik (morfologi koloni)
Morfologi
Mikroskopik (morfologi seluler)

➢ Morfologi Makroskopik
• Populasi bakteri tumbuh sangat cepat ketika mereka ditambahkan dan disesuaikan
dengan gizi dan kondisi lingkungan yang memungkinkan mereka untuk berkembang
• Beberapa koloni mungkin akan berwarna, ada yang berbentuk lingkaran, sementara ada
yang bentuknya tidak teratur. Menurut Pradhika (2008), koloni bakteri mempunyai ciri yang
berbeda-beda tergantung jenisnya dan mediumnya.
• bentuk bakteri dengan mengamati karakteristik koloninya pada lempeng agar
• Karakteristik koloni dibedakan atas dasar bentuk koloni, ukuran koloni, pinggiran (margin
koloni), peninggian (elevasi), warna koloni, permukaan koloni,konsistensi dan pigmen yang
dihasilkan koloni
➢ Morfologi Mikroskopik
• Morfologi mikroskopik adalah karakteristik bakteri yang dilihat melalui pengamatan
dibawah mikroskop.
• Bentuk Batang/basil, bentuk bulat / kokus, bentuk spiral, bentuk flagel
➢ Struktur Dasar
1. Dinding Sel
• bersifat elastik dan terletak diantara kapsula
dan membran sitoplasma.
• dinding sel bakteri berkisar 10-23 nµ dengan
berat berkisar 20% berat kering bakteri.
• Susunan kimia dinding sel sangat kompleks dan
dapat terdiri dari beberapa macam bentuk seperti
selulosa, hemiselulose, khitin (karbohidrat, protein,
lemak yang mengandung unsur N) tergantung dari
spesies bakteri, peptidoglikan.
• Fungsinya :
✓ Memberi perlindungan terhadap protoplasma
✓ Berperan penting dalam perkembangbiakan sel
 ✓ Mengatur pertukaran zat dari luar sel dan oleh karena itu dinding sel
mempengaruhi kegiatan metabolisme dan melindungi protoplasma dari
pengaruh zat-zat racun
✓ Sebagai pertahanan bakteri agar dapat bertahan hidup dalam lingkungannya
✓ Mempertahankan tekanan osmotik bakteri. Tekanan osmotik di dalam bakteri
berkisar antara 5-20 atmosfir.

2. Membran Plasma (Inner Membrane)

• struktur tipis di sebelah dalam dinding sel dan
menutup sitoplasma sel
• tersusun atas fosfolipid berlapis ganda dan protein,
membentuk model mosaik cairan
• berfungsi sebagai
1. sekat selektif material yang ada di dalam dan di luar
sel.
2. memecah nutrien dan memproduksi energi.
3. Pada beberapa bakteri, pigmen, dan enzim yang
terlibat dalam fotosintesis ditemukan pada membran
plasma yang melipat ke arah sitoplasma (kromotofor
atau tilakoid).

3. Sitoplasma (Protoplasma)
• Merupakan isi sel yang berupa cairan,
• Protoplasma merupakan koloid yang mengandung
karbohidrat, protein, enzim-enzim, belerang, kalsium karbonat
dan volutin
• Komponen-komponen sitoplasma terdiri dari :
1. Inti
2. Ribosom
3. Granula sitoplasma/granula penyimpan makanan
4. Plasmid

4. Inti
• Adanya inti pada bakteri dapat dilihat dengan mikroskop electron,
• ini merupakan daerah yang tidak tembus cahaya elektron dan di dalamnya terkandung asam
deoksiribonukleat (ADN).
• Inti bakteri tidak memiliki membrane sehingga termasuk dalam organisme prokariotik
5. Ribosom
• Ribosom merupakan suatu partikel sitoplasma.
• Kumpulan polyribosom merupakan rantai ribosom yang
menempel pada m RNA.
• Jumlah ribosom bervariasi sesuai dengan kondisi
pertumbuhan, sel tumbuh cepat dalam medium yang sesuai,
mengandung lebih banyak ribosom dibandingkan dengan sel
tumbuh lambat dalam medium yang kurang memadai.
• Ribosom bakteri terletak menyebar di sitoplasma. Hal ini terjadi karena bakteri tidak mempunyai
membrane inti. Organel ini berfungsi sebagai tempat sintesis protein.

6. Granula Penyimpanan
• berfungsi sebagai tempat penyimpanan
cadangan makanan.
• granula penyimpanan makanan tersebar pada
sitoplasma.
• Di dalam sitoplasma sel prokariot, terdapat
granula-granula yang mengandung berbagai
substansi, seperti :
o glikogen,
o metafosfat an organik,
o asam polihidroksibutirat,
o belerang atau senyawa yang mengandung nitrogen,
• yang biasanya digunakan sebagai cadangan nutrisi bagi sel, substansi cadangan tersebut
di kenal dengan badan inklusi.
o Jenis inklusi tertentu terdapat di dalam satu spesies bakteri, sedangkan pada spesies
lain tidak memilikinya.
o Oleh karena itu, jenis inklusi sering kali digunakan untuk mengidentifikasi spesies
bakteri.
7. Plasmid
• Plasmid dapat dengan mudah didapat oleh bakteri. Namun, bakteri juga
mudah untuk menghilangkannya. Plasmid dapat diberikan kepada bakteri
lainnya dalam bentuk transfer gen horizontal.

➢ Struktur Tambahan
1. Glikokaliks
• Glikokaliks (selubung gula) adalah substansi yang mengelilingi sel atau digambarkan
sebagai kapsul
• struktur yang sangat terorganisasi tidak mudah
dihilangkan. Ketebalan kapsul bervariasi
• fungsinya bagi bakteri, antara lain:
1. sebagai perlekatan bakteri pada permukaan,
2. pelindung sel bakteri terhadap kekeringan,
3. perangkap nutrisi,
4. proteksi bakteri.
5. melindungi bakteri patogen dari fagositosis sel inang
6. pada spesies tertentu berperan pada virulensi
• Sebagian besar material kapsul diekskresikan oleh
bakteri ke dalam media pertumbuhannya sebagai lapisan lendir (slime)
• Fungsi Lapisan lender :
1. untuk melindungi bakteri dari pengaruh lingkungan yang membahayakan, misalnya
antibiotik dan kekeringan.
2. Lapisan lendir dapat memperangkap nutrisi dan air,
3. memungkinkan bakteri menempel pada permukaan halus untuk proses bertahan pada
proses sterilisasi kimiawi menggunakan klorin, iodin, dan bahan kimia lainnya.
2. Flagela
Flagela merupakan filamen yang mencuat dari sel bakteri dan berfungsi untuk
pergerakan bakteri
1. Flagela berbentuk panjang dan ramping
2. Ada 5 macam tipe bakteri berdasarkan jumlah dan letak flagelnya
▪ Atrik
▪ Monotrik
▪ Lofotrik
▪ Amfrik
▪ Peritrik

3. Pili (Tunggal Pilus)

• secara morfologis sama dengan fimbria, umumnya pili lebih
panjang.
• Pili berperan khusus dalam transfer molekul genetik (DNA) dari
satu bakteri ke bakteri lainnya pada peristiwa konjugasi.
• Karena fungsinya yang spesifik pada transfer DNA bakteri, maka
pili disebut sebagai pili seks.
• Konjugasi adalah peristiwa transfer bahan genetik (yaitu plasmid
pada bakteri dan mikronukleus

4. Klorosom
• Klorosom adalah struktur yang berada tepat dibawah membran plasma
dan mengandung pigmen klorofil dan pigmen lainnya untuk proses
fotosintesis.
• Klorosom hanya terdapat pada bakteri yang melakukan fotosintesis

5. Vakola Gas
• terdapat pada bakteri yang hidup di air dan berfotosintesis.
• Dengan mengatur jumlah gas dalam vakuola gasnya, bakteri dapat
meningkatkan atau mengurangi kepadatan sel mereka secara keseluruhan
dan bergerak ke atas atau bawah dalam air.

6. Spora (Endospora)
• Endospora yaitu struktur berbentuk bulat atau bulat lonjong,
• bersifat Sangat membias cahaya, sukar dicat dan sangat resisten
terhadap faktor-faktor luar yang buruk.
• Fungsi spora pada bakteri bukan sebagai alat reproduksi seperti
halnya pada fungi.
• Spora bakteri mempunyai arti lain yaitu bentuk bakteri yang sedang
dalam usaha mengamankan diri terhadap pengaruh buruk dari luar.
 • Endospora mengandung sedikit sitoplasma, materi genetik, dan ribosom.
• Dinding endospora yang tebal tersusun atas protein dan menyebabkan endospora tahan
terhadap kekeringan, radiasi cahaya, suhu tinggi dan zat kimia.
• jika kondisi lingkungan tidak menguntungkan, maka bakteri pembentuk spora akan
mengubah bentuk vegetatifnya menjadi spora. Kondisi tersebut dinamakan fase sporulasi
MATERI 4
SIFAT PERTUMBUHAN MIKROBA
➢ Pertumbuhan merupakan proses bertambahnya ukuran atau masa zat suatu organisme,
berhubungan dengan angka (kuantitatif)
➢ Misal : bertambah tinggi, bertambah besar
➢ Pada organisme bersel satu pertumbuhan lebih diartikan sebagai pertumbuhan koloni, yaitu
pertambahan jumlah koloni yang semakin besar
➢ Pada mikroba diartikan sebagai pertambahan jumlah sel mikroba itu sendiri.
➢ Perkembangan merupakan proses menuju kedewasan atau perubahan individu baik secara
struktur atau fungsi organ melalui kematangan (kuantitatif)
➢ waktu generasi
• Selang waktu yang dibutuhkan sel untuk membelah diri
• Tiap spesies bakteri memiliki waktu generasi yang berbeda-beda,
• Contoh: Escherichia coli, bakteri umum yang dijumpai di saluran pencernaan dan di
tempat lain, memiliki waktu generasi 15-20 menit
➢ Hubungan antara pertambahan sel dengan waktu adalah berbentuk geometrik eksponensial
dengan rumus 2n
➢ Kurva pertumbuhan bakteri
• Kurva tumbuh bakteri dibuat untuk menggambarkan
karakteristik pertumbuhan bakteri dalam suatu medium
• Ada 4 fase, yaitu :
o Fase lag
o Fase log (eksponensial)
o Fase stasioner
o Fase kematian

➢ Fase Lag
• Fase adaptasi (penyesuaian) terhadap medium
• tidak terjadi penambahan jumlah sel
➢ Fase Log
• Pola pertumbuhan yang seimbang dan cepat.
• Sel-sel bakteri membelah secara teratur dengan laju yang konstan, tergantung pada komposisi
medium kultur dan kondisi inkubasi sampai nutrien habis.
• Bakteri bertambah banyak karena cocok dengan medium
➢ Fase Stasioner
• Bakteri menghabiskan medium
• Terjadi penumpukan racun akibat metabolisme sel
 • kandungan nutrien mulai habis, akibatnya terjadi kompetisi nutrisi sehingga beberapa sel
mati sedangkan yang lainnya tetap hidup.
• Pada fase ini bakteri masih melakukan aktivitas memproduksi metabolit sekunder seperti
antibiotik.
➢ Fase Kematian
• Grafik menunjukkan penurunan secara tajam karena merupakan akhir dari suatu individu yang
kembali ke titik awal.
• Akhir kehidupan bakteri

➢ Inkubasi bakteri yang lebih dari 48 jam akan menjadi jamur

➢ Contoh kasus inkubasi pertumbuhan bakteri
• BAL (bakteri asam laktat) diambil dari sisa sayuran, BAL ini akan digunakan untuk
makanan probiotik sapi, tempatkan pada cairan 10 mL, siapkan 3 sampel (1,2 dan 3)
dengan masa inkubasi yang berbeda-beda ( 24, 36 dan 48 jam) dalam 24 derajat
celcius.
• Jadi, di dalam medium sudah ada bakteri (bakteri baik) yang ada dalam limbah sayur,
kita coba menganalisis bakteri baik yang ada dalam limbah sayur
• Masukkan ke dalam medium kemudian masukkan ke dalam incubator di dalam
indicator ditutup rapat menggunakan ureting dan alumunium agar tidak ada udara yang
masuk
• Atur suhu 37 celcius, setelah itu kita tunggu selama 24 jam, keluarkan sampel 1,
ketiganya kita lakukan uji, kemudian dianalisis dan diekstraksi.
• Kemuadian lakukan proses pengenceran bertingkat ( 10 6 -108, standar pakan ternak
menurut WHO)
➢ Faktor Fisik
Temperatur
pH
Tekanan osmotik
Oksigen
➢ Faktor Kimia
Karbon
Nitrogen
Sulfur
Posfor
➢ FAKTOR FISIK
1. Temperatur
1) Apabila suhu naik maka kecepatan metabolisme naik dan pertumbuhan dipercepat.
Sebaliknya apabila suhu turun, maka kecepatan metabolisme akan menurun dan
pertumbuhan diperlambat.
2) Apabila suhu naik atau turun secara drastis, tingkat pertumbuhan akan terhenti,
kompenen sel menjadi tidak aktif dan rusak, sehingga sel-sel menjadi mati.
Psikropiles -10 – 20 ºC
Psikrotropiles (dingin) 0-20 ºC
Mesopiles (moderat) 20-40 ºC
Termopiles (panas) 40-100 ºC
Hiper Termopiles 65-110 ºC
 2. pH
• pH berpengaruh terhadap sel dengan mempengaruhi metabolisme
• Umumnya bakteri tumbuh pada pH 6,5 - pH 7,5
• Sedikit bakteri yang hidup pada pH di bawah 4,0

3. Tekanan Osmotik
• Keberadaan mikroorganisme di lingkungan dapat dipengaruhi oleh kepekatan
suspensi/cairan di lingkungan.
• Bila kepekatan suspensi di lingkungan tinggi maka isi sel akan ke luar. Sebaliknya kepekatan
suspensi di lingkungan rendah maka akan terjadi pergerakan massa cair ke dalam sel
• Tonisitas
Isotonik (0,85% NaCl)
hipertonik
hipotonik

4. Oksigen
• Mikroorganisme memiliki karakteristik sendiri-sendiri di dalam kebutuhannya akan
oksigen.
Berdasarkan kebutuhan oksigen, mikroorganisme dibagi dalam tiga kelompok :
1. Aerobik : hanya dapat tumbuh apabila ada oksigen bebas.
2. Anaerob : hanya dapat tumbuh apabila tidak ada oksigen bebas.
3. Anaerob fakultatif : dapat tumbuh baik dengan atau tanpa oksigen bebas
4. Mikroaerofilik : dapat tumbuh apabila ada oksigen dalam jumlah kecil

➢ FAKTOR KIMIA
1. Karbon
Sumber energi
- Struktur organik molekul
- Bakteri yang bersifat kemoheterotrop menggunakan karbon organik
- Bakteri autotrop menggunakan CO2
 2. Nitrogen
Terdapat di dalam asam amino dan protein
- Umumnya bakteri berperan sebagai dekomposer protein
- Beberapa bakteri menggunakan NH4+ atau NO3-
- Hanya sedikit bakteri yang menggunakan N2 untuk fiksasi nitrogen
3. Sulfur
- Terdapat dalam asam amino, tiamin, dan biotin
- Beberapa bakteri menggunakan SO42- atau H2S
4. Fosfor
- Terdapat di dalam DNA, RNA, membran, dan ATP
- PO43- merupakan sumber posfor

➢ Oksigen dapat bersifat letal untuk bebeberapa mikroorganisme

• Harus dinetralisir terlebih dahulu oleh enzim :
- Superoksida dismutase
- Katalase
- Peroksidase
• Jika mikroorganisme tidak menghasilkan enzin tersebut maka organisme tersebut
bersifat anaerob.
➢ Toksik yang dibentuk oksigen

➢ Teknik Kultur Khusus

Bakteri Mikroaerofilik
o Tumbuh dengan baik pada level O2 di bawah normal dan level CO2 di atas normal
o Atmosfir normal
- 21 % O2
-.0,3 - 3 % CO2
➢ Meningkatkan level CO2 untuk menumbuhkan bakteri Mikroaerofilik dengan metode
Candle Jar

16 % O
2

4% CO
2
➢ Anaerobic jar mengeliminasi oksigen untuk menumbuhkan bakteri anaerob

➢ Media Kultur
• Media Kultur = Nutrisi yang dipersiapkan untuk pertumbuhan mikroba
• Steril = Tidak ada mikroba yang tumbuh
• Inokulum = Memperkenalkan mikroba ke dalam media
• Kultur = Mikroba tumbuh di dalam/pada media kultur
➢ Media Kultur
❖ Media Selektif
Media yang menekan pertumbuhan mikroba yang tidak diinginkan dan menumbuhkan mikroba
sasaran
Contoh:
- Mannitol Salt Agar (MSA) untuk bakteri Staphylococci
- Hoktoen Enteric Agar (HE)
- Phenylethyl Alcohol Agar (PEA/PAA)
➢ Differential Media
❖ Untuk memisahkan koloni dari mikroba-mikroba yang tumbuh pada petri yang sama.
Contoh :
 TSA digunakan untuk memisahkan bakteri tipe Streptococci
 EMB (Eosin Metylene Blue) utk bakteri Gram negatif terhadap bakteri Gram positif
 MacConkey’s Agar
➢ Mengirim Media
• Kultur murni hanya berisi satu spesies atau satu strain mikroba
• Satu koloni adalah satu populasi yang berasal dari satu sel atau satu koloni
• Satu koloni atau koloni tunggal disebut dengan a coloni-forming unit (CFU)

➢ Cara mengukur pertumbuhan bakteri

▪ Plate Count/Viable Cell Count
▪ Filtrasi (very small numbers)
▪ Most Probable Number (MPN)
▪ Direct Microscopic Count
- Breed Count method : Petroff-Hausser counter
▪ Metode secara tidak langsung:
- kekeruhan (turbidity)
 - Aktifitas metabolik
- Berat kering
➢ Cara Mengukur
1. Metode Plate Count memerlukan Pengenceran (Dilution series) untuk memperoleh koloni

2. Filtrasi Digunakan untuk mikroorganisme yang jumlahnya sedikit

3. Most Probable Number adalah metode yang digunakan untuk menghitung Mikroorganisme
yang masih hidup yang hidup dalam sampel yang diuji.
• Berdasarkan aplikasi kemungkinan jumlah pertumbuhan mikroorganisme positif
terhadap pengenceran berseri (serial dilution)
• Biasa digunakan untuk sampel heterogen, seperti:tanah, air, produk pertanian, yang
jumlah sel individu mikroorganisme yang pasti tidak mungkin ditentukan
4. Mengukur pertumbuhan mikroba secara langsung
Direct Microscopic Count
 ➢ Estimasi jumlah bakteri dengan metode tidak langsung
1. Kekeruhan
• Spektrofotometer digunakan untuk mengukur kekeruhan
• Absorbansi/Densitas optis (Optical Density/OD) : ukuran kuantitatif yang
diekspresikan sebagai rasio logaritmik antara radiasi yang jatuh ke suatu bahan dan
yang ditransmisikan menembus bahan.
2. Aktifitas Metabolik
3. Berat kering

➢ Faktor lingkungan yang menghambat pertumbuhan mikroba

• Kekurangan makanan, air, atau nutrisi
• Populasi yang terlalu padat
• Akumulasi metabolit yang tidak berguna
• Kekurangan oksigen
• Perubahan pH
• Temperatur
MATERI 5
BAKTERI NON PATOGEN DAN PATOGEN
➢ Bakteri Non Patogen
• bakteri yang tidak berbahaya bagi organisme lain dan mereka kebanyakan hidup di
lingkungan sebagai saprofit.
• Beberapa dari mereka adalah autotroph
• Sekitar 99% bakteri bersifat non-patogen.
• Mereka berguna bagi manusia karena mereka dapat terlibat dalam pembuatan mentega,
keju, alkohol, asam laktat, pelarut cat, dan antibiotik.
➢ Bakteri Patogen
• bakteri penyebab penyakit. Patogenitas adalah kapasitas bakteri untuk menyebabkan
penyakit.
• Penyakit yang disebabkan oleh bakteri patogen umumnya disebut infeksi.
• Sekitar 100 spesies bakteri dapat menyebabkan penyakit pada manusia. Tuberkulosis
adalah penyakit bakteri yang paling umum pada manusia. Ini disebabkan oleh
Mycobacterium tuberculosis .
➢ Faktor-Faktor yang menentukan patogenitas bakteri
1. Kerentanan host – Kehadiran mekanisme untuk melawan dengan infeksi oleh sistem
kekebalan inang
2. Mekanisme patogen bakteri – Infektivitas bakteri, resistansi pejamu, gen virulensi,
patogenesis host-mediated (sepsis bakteri Gram-negatif, tuberkulosis, dan lepra tuberkuloid)
dan pertumbuhan intraseluler
3. Faktor virulensi spesifik – Faktor kepatuhan dan kolonisasi, faktor invasi, keberadaan
kapsul dan komponen permukaan lainnya, endotoksin, eksotoksin, dan siderofor.
➢ Faktor virulensi
• molekul yang diproduksi oleh bakteri , virus , jamur ,dan protozoa yang menambah
efektivitasnya dan memungkinkan mereka untuk mencapai yang berikut:
1. kolonisasi ceruk dalam inang, melekat pada inang (ini termasuk perlekatan pada sel)
2. immunoevasion, menghindar dari respon imun inang [1]
3. imunosupresi , penghambatan respon imun inang
4. masuk dan keluar dari sel (jika patogennya adalah sel intraseluler)
5. mendapatkan nutrisi dari tuan rumah
➢ Dengan faktor virulensi ini pathogen bakteri menipu daya host atau imun
➢ Bakteri non pathogen dapat menjadi pathogen jika kondisi host nya sudah tidak
memungkinkan atau karena kemampuan adaptasi terhadap efek mematikan yang terlalu
sering, gagalnya imunoterapi atau kemoterapi
➢ kekebalan tubuh yang lemah dapat mudah terserang bakteri patogen
➢ Siderofor (siderophore)
• senyawa pengompleks Fe3+ atau pengkhelat besi
spesifik yang dihasilkan oleh beberapa jenis mikroba
untuk menyembunyikan unsur besi di lingkungan rizosfir,
sehingga tidak tersedia bagi perkembangan mikroba
patogen.

➢ Eksotoksin
• racun diekskresikan oleh mikroorganisme seperti
bakteri,jamur,ganggang dan protozoa.
• menyebabkan kerusakan pada host dengan
menghancurkan sel sel atau mengganggu metabolisme
sel normal. mereka sangat ampuh dan dapat
menyebabkan kerusakan besar pada tuan rumah.

➢ Endotoksin
• toksin pada bakteri gram
negatif berupa lipopolisakarida (LPS) pada membran luar dari dinding sel yang pada
keadaan tertentu bersifat toksik pada inang tertentu.
• Lipopolisakarida ini disebut endotoksin karena terikat pada bakteri dan dilepaskan saat
mikroorganisme mengalami lisis atau pecahnya sel.
• Beberapa juga dilepaskan saat penggandaan bakteri.
• Endotoksin hanya ada pada bakteri gram negatif
berbentuk basil/batang dan kokus dan tidak secara aktif
dilepaskan dari sel serta dapat menimbulkan demam, syok,
dan gejala lainnya.
➢ Efek biologis dari endotoksin yaitu:
1. Demam karena pelepasan makrofag oleh interleukin-1 yang
beraksi karena pusat
pengaturan temperatur hipotalamus. Selain itu, demam juga
dapat disebabkan oleh karena endotoksin dapat memicu
pelepasan protein pirogen endogen (protein di dalam sel) yang
memengaruhi pusat pengatur suhu tubuh di dalam otak.
 2. Hipotensi karena meningkatnya permeabilitas pembuluh darah.
2. Aktivasi jalur alternatif dari jalur komplemen sehingga terjadi
peradangan dan kerusakan
jaringan.
3. Aktivasi makrofag, peningkatan kemampuan fagosit, dan aktivasi
dari banyak klon limfosit B, sehingga meningkatkan produksi
antibodi.
➢ Antigen
• sebuah zat yang merangsang respon imun, terutama dalam
menghasilkan antibodi.
• biasanya berupa protein atau polisakarida, tetapi dapat juga
berupa molekul lainnya, termasuk molekul kecil (hapten) yang
bergabung dengan protein-pembawa atau carrier.
➢ Antibodi
• glikoprotein dengan struktur tertentu yang disekresikan oleh sel
B yang telah teraktivasi menjadi sel plasma,
• sebagai respon dari antigen tertentu dan reaktif terhadap
antigen tersebut.
• Secara sederhana, antibodi adalah zat yang terbentuk dalam
darah untuk menghancurkan bakteri atau virus, atau untuk memusnahkan racun yang
dihasilkan oleh suatu bakteri.
➢ Sistem imunitas manusia ditentukan oleh kemampuan tubuh untuk memproduksi antibodi
untuk melawan antigen.
➢ Antibodi dapat ditemukan pada darah atau kelenjar tubuh vertebrata lainnya, dan digunakan
oleh sistem kekebalan tubuh untuk
mengidentifikasikan dan menetralisasikan benda
asing seperti bakteri dan virus.
➢ Molekul antibodi beredar di dalam pembuluh
darah dan memasuki jaringan tubuh melalui
proses peradangan.Mereka terbuat dari sedikit
struktur dasar yang disebut rantai.
➢ Tiap antibodi memiliki dua rantai berat besar dan
dua rantai ringan.

➢ Epitop adalah area tertentu pada molekul antigenik,

yang mengikat antibodi atau pencerap sel B maupun
sel T. Umumnya molekul berukuran besar, seperti protein dan polisakarida dapat menunjukkan
sifat antigen.
➢ Sel B adalah limfosit yang memainkan peran penting pada imunitas humoral, sedangkan limfosit
lain yaitu sel T memainkan peran penting imunitas seluler.
➢ Fungsi utama sel B adalah untuk membuat antibodi melawan antigen. Sel B adalah komponen
sistem imun adaptif.
➢ Pada Sel mati Eksitoksin akan menyerang sel somatik
➢ Pada sel hidup Eritrosin akan menghadapi antibody terlebih dahulu
➢ Jalur Komplemen = jalur yang terdapat pada endotoksin, yang dapat menyebabkan
terjadinya peradangan atau kerusakan jaringan
➢NUTRISI MIKROBA
• Mikroba memerlukan nutrisi untuk memenuhi kebutuhan
energi dan untuk bahan pembangun sel, untuk sintesa
protoplasma dan bagian-bagian sel lain
• Dari hasil analisis kimia diketahui bahwa penyusun utama sel
adalah unsur kimia C, H, O, N, dan P, yang jumlahnya + 95
% dari berat kering sel, sedangkan sisanya tersusun dari
unsur-unsur lain
 ➢ Tipe holozoik = jasad yang menggunakan makanan bentuk padat
➢ Tipe holofitik = jasad yang menggunakan makanan bentuk cair
• dapat pula menggunakan makanan dalam bentuk padat, tetapi makanan tersebut
harus dicernakan lebih dulu di luar sel dengan pertolongan enzim ekstraseluler.
• extracorporeal digestion = pencernaan di luar sel

➢ Fungsi Nutrisi bagi Mikroba :

1. sebagai sumber energi,
2. bahan pembangun sel
3. sebagai aseptor atau donor elektron.

➢ 7 Golongan bahan makanan :

1. air,
2. sumber energi,
3. sumber karbon,
4. sumber aseptor elektron,
5. sumber mineral,
6. faktor tumbuh,
7. sumber nitrogen.
➢ JAMUR

▪ jamur termasuk divisio Mycota (fungi). Mycota berasal dari kata mykes (bahasa Yunani),
disebut juga fungi (bahasa Latin).
▪ istilah yang dikenal untuk menyebut jamur,
(a) mushroom yaitu jamur yang dapat menghasilkan badan buah besar, termasuk jamur yang
dapat dimakan,
(b) mold yaitu jamur yang berbentuk seperti benang-benang,
(c) khamir yaitu jamur bersel satu.
▪ Habitat (tempat hidup) jamur terdapat pada air dan tanah. Cara hidupnya bebas atau
bersimbiosis, tumbuh sebagai saprofit atau parasit pada tanaman, hewan dan manusia.
▪ merupakan jasad eukariot, yang berbentuk benang atau sel tunggal, multiseluler atau
uniseluler.
▪ Sel-sel jamur tidak berklorofil, dinding sel tersusun dari khitin, dan belum ada diferensiasi
jaringan. Jamur bersifat khemoorganoheterotrof karena memperoleh energi dari oksidasi
senyawa organik.
▪ Jamur memerlukan oksigen untuk hidupnya (bersifat aerobik)
▪ Contoh jamur yang termasuk klas Oomycetes adalah Saprolegnia sp. (jamur air). dan jamur
patogen seperti Phytophthora infestans (penyebab penyakit potato blight), Plasmopora viticola
(penyebab penyakit embun tepung pada tanaman).