Praktikum II Pengenalan Situs Bioinforma
Praktikum II Pengenalan Situs Bioinforma
I. Tujuan
NCBI merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan
bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan
terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. NCBI
merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang
kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia. National Center of
Biotechnology Informatic adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of
Medicine (NLM), sebuah cabang dariNational Institutes of Health . Para NCBI terletak
di Bethesda, Maryland dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh
Senator Claude Pepper. Untuk mengakses NCBI dapat dibuka di
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (Widodo dan Miftahkhunnafisah, 2010).
Database dan software dalam situs bioinformatika ini terdiri dari berbagai aspek,
antara lain (Geneious, 2013) :
1. Entrez
2. Nucleotide Database
3. Blast
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk
pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam
identifikasi gen dan karakter genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui
perbandingan dengan database DNA dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik).
Keterangan lengkap mengenai program BLAST dapat dilihat pada :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml# (Altschul, et al., 1990).
b. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita
miliki dengan database sekuen protein.
A. Alat
1. Komputer 1 set
B. Bahan
1. Nucleotida query :
ATGGGGCTCAGCGACGGGGAATGGCAGTTGGTGCTGAACG
TCTTACCCCGAGTCGCTGCCCCTTACCGTCAACCACGACTTGCA
GAGGGGGAAGGTGGAGGCTGACATCCCAGGCCATGGGCAGGA
AGTCCCCCTTCCACCTCCGACTGTAGGGTCCGGTACCCGTCCTT
CACCTCATCAGGCTCTTTAAGGGTCACCCAGAGACTCTGGAGA
AGGGAGTAGTCCGAGAAATTCCCAGTGGGTCTTCGAGACCTCT
TCTTTGACAAGTTCAAGCACCTGAAGTCAGAGGACGAGATGAA
GGAAACTGTTCAAGTTCGTGGACTTCAGTCTCCTGCTCTACTTC
CCGTCTGAGGACTTAAAGAAGCATGGTGCCACCGTGCTCACCG
CGCAGACTCCTGAATTTCTTCGTACCACGGTGGCACGAGTGGCG
CCTGGGTTGCATGCTTAAGAAGAAGGGGCATCATGAGGCAGAG
GGACCCACCGTAGGAATTCTTCTTCCCCGTAGTACTCCGTCTCA
TTAAGCCCCTGGCACAGTCGCATGCCACCAATCACAAGATCCT
AATTCGGGGACCGTGTCAGCGTACGGTGGTTCGTGTTCTAGGCC
GTGAAGTACCTGGAGTTCATCTCGGAATCCATCATCCAGGTGGC
ACTTCATGGACCTCAAGTAGAGCCTTACGTAGTAGGTCCATCTG
CAGAGCAAGCATCCCGGGGACTTTGGTGCTGATGCCCAGAGAC
GTCTCGTTCGTAGGGCCCCTGAAACCACGACTACGGGTCGGGG
CCATGAACAAGGCCCTGGAGCTGTTCCGGAAGGACATGGCCCC
GGTACTTGTTCCGGGACCTCGACAAGGCCTTCCTGTACCCCTCC
AACTACAAGGAGCTGGGCTTCCAGGGCTAGGGAGGTTGATGTT
CCTCGACCCGAAGGTCCCGATC
2. Setelah tampilan muncul, pilih blastn dan masukan sekuen nucleotide query
yang akan dicari
3. Pilih setingan pencarian dari database ‘others’; dan pilih program ‘megablast’
NCBI merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan
bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan
terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. NCBI
merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang
kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia. National Center of
Biotechnology Informatic adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of
Medicine (NLM), sebuah cabang dariNational Institutes of Health . Para NCBI terletak
di Bethesda, Maryland dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh
Senator Claude Pepper. Untuk mengakses NCBI dapat dibuka di
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (Widodo dan Miftahkhunnafisah, 2010).
NCBI sendiri memiliki 3 software unggulan dengan fasilitas tertentu, diantaranya
ialah BLAST. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program
untuk pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam
identifikasi gen dan karakter genetik. Tools ini terdiri atas lima program utama, yaitu :
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita
miliki dengan database sekuen protein.
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database
sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
Berikut adalah gambaran proses ekspresi gen menurut Qiao, et al., 2002 :
2. Dalam praktikum kali ini, identifikasi dilakukan terhadap sekuen
nukleotida
ATGGGGCTCAGCGACGGGGAATGGCAGTTGGTGCTGAACGTCTTAC
CCCGAGTCGCTGCCCCTTACCGTCAACCACGACTTGCAGAGGGGGA
AGGTGGAGGCTGACATCCCAGGCCATGGGCAGGAAGTCCCCCTTCC
ACCTCCGACTGTAGGGTCCGGTACCCGTCCTTCACCTCATCAGGCTC
TTTAAGGGTCACCCAGAGACTCTGGAGAAGGGAGTAGTCCGAGAA
ATTCCCAGTGGGTCTTCGAGACCTCTTCTTTGACAAGTTCAAGCACC
TGAAGTCAGAGGACGAGATGAAGGAAACTGTTCAAGTTCGTGGAC
TTCAGTCTCCTGCTCTACTTCCCGTCTGAGGACTTAAAGAAGCATGG
TGCCACCGTGCTCACCGCGCAGACTCCTGAATTTCTTCGTACCACG
GTGGCACGAGTGGCGCCTGGGTTGCATGCTTAAGAAGAAGGGGCA
TCATGAGGCAGAGGGACCCACCGTAGGAATTCTTCTTCCCCGTAGT
ACTCCGTCTCATTAAGCCCCTGGCACAGTCGCATGCCACCAATCAC
AAGATCCTAATTCGGGGACCGTGTCAGCGTACGGTGGTTCGTGTTC
TAGGCCGTGAAGTACCTGGAGTTCATCTCGGAATCCATCATCCAGG
TGGCACTTCATGGACCTCAAGTAGAGCCTTACGTAGTAGGTCCATC
TGCAGAGCAAGCATCCCGGGGACTTTGGTGCTGATGCCCAGAGACG
TCTCGTTCGTAGGGCCCCTGAAACCACGACTACGGGTCGGGGCCAT
GAACAAGGCCCTGGAGCTGTTCCGGAAGGACATGGCCCCGGTACTT
GTTCCGGGACCTCGACAAGGCCTTCCTGTACCCCTCCAACTACAAG
GAGCTGGGCTTCCAGGGCTAGGGAGGTTGATGTTCCTCGACCCGAA
GGTCCCGATC yang memberikan data hasil yang menggambarkan proses
ekspresi gen dari nukleotida terkait. Dimana hasil identifikasi dijabarkan
dalam beberapa point fokus yang menunjukan informasi pering terkait sampel
nukleotida.
2. Summary
Pada kolom ini, dibeberkan beberapa informasi terkait sekuen nukleotida yang
diidentifikasi. Dari sampel yang digunakan, pada kolom ini diketahui bahwa gen terkait
mengkode anggota dari superfamili globin dan diekspresikan dalam otot rangka dan
juga otot jantung. Kode protein tersebut merupakan haemoprotein yang berperan untuk
penyimpanan oksigen intraseluler dan difusi oksigen transeluler terfasilitasi. Sekurang-
kurangnya terdapat tiga varian transkrip alternatif yang diketahui mengkode protein
yang sama.
3. Features
CDS 81...545
Exon 1...175
176...398
399...1078
4. Origin
Data pada kolom ini berhubungan dengan data yang diberikan pada kolom features,
dimana dilihat dari CDS (81...545) dapat memperkecil luas fokus identifikasi sekuen
nukleotida yang berarti sekuen terletak diantara data nomor 81 hingga 545. Dari
penelusuran terhadap origin, diawali dari baris 121 hingga 541, didapatkan data sebagai
berikut :
Start kodon, kodon pertama yang diterjemahkan pada saat translasi atau
disebut juga kodon inisiasi, ditemukan berupa ATG di 154 (pada baris 121).
VI. Kesimpulan
1. Gen dari hasil identifikasi mengkode anggota dari superfamili globin dan
diekspresikan dalam otot rangka dan juga otot jantung. Kode protein tersebut
merupakan haemoprotein yang berperan untuk penyimpanan oksigen intraseluler dan
difusi oksigen transeluler terfasilitasi. Sekurang-kurangnya terdapat tiga varian
transkrip alternatif yang diketahui mengkode protein yang sama.
2. Ekspresi gen merupakan proses bagaimana informasi yang ada di dalam DNA
bisa di copy melalui proses traskripsi dalam organisme eukariot. Hasil proses
transkripsi adalah mRNA (transkrip primer). Kemudian diikuti tahap translasi yang
akhirnya menghasilkan polypeptida.
3. Sekuen gen terletak pada CDS 81 hingga 545, dimana promotor GACA berapa
pada 141, start kodon ATG pada posisi 154, dan stop kodon pada posisi %$# beruppa
TAG.
4. Gen terkait diketahui mengkode tiga varian protein yang berbeda, dimana hal ini
di pengaruhi oleh beberapa faktor, salah satunya oleh enzim.
Altschul SF., W. Gish., W. Miller et al. 1990. Basic Local Alignment Search Tool.
Ernawati. 2007. Pengaturan Ekspresi Gen. Jurnal Biomedis. Vol I (I) : 23-30.
Biomatters Ltd.
Qiao, Chunping., Wang, Bing., Zhu, Xiadong., Li, Juan., dan Xiao, Xiao. 2002. A
Novel Gene Expression Control System and Its Use in Stable, High-Titer 293
( ) ( Farah Nadia)