BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Biosurfaktan adalah bagian komponen mikroba yang terdiri dari molekul

hidrofilik dan hidrofobik, mampu membuat ikatan dengan molekul hidrokarbon
yang tidak larut air, serta mampu membuat tegangan permukaan menjadi turun.
Sifat bakteri yang mudah mendegradasi juga disebab oleh bakteri yang mampu
secara ekstraseluler membentuk emulsi dari hidrokarbon. Pemanfaatan
biosurfaktan hingga saat ini paling banyak digunakan untuk bioremediasi
lingkungan. Hal ini disebabkan konstaminasi fase cair. Pada dasarnya,
penambahan biosurfaktan dapat meningkatkan kelarutan hidrokarbon yang
memiliki peran penting untuk bioaugmentasi yang efekter. Proses degradasi
bergantung pada spesies mikroorganisme, nutrisi anorganik, air, pH, komposisi
hidrokarbon, suhu, dan ketersediaan oksigen di tanah.

Biosurfaktan memiliki beberapa kelebihan dibandingkan dengan surfaktan

sintetis. Salah satunya adalah biosurfaktan mampu didegradasi secara biologis
sehingga tidak mencemari lingkungan dibandingkan dengan surfaktan biasa.
Selain itu, biosurfaktan tidak bersifat racun terhadap makhluk hidup sehingga
tidak membahayakan kehidupan di alam. Biosurfaktan yang diproduksi oleh
Bacillus circulans yang memiliki aktivitas antimikroba potensial melawan
patogen gram positif dan gram negatif membuatnya berguna untuk mengobati
banyak penyakit seperti agen terapeutik dan probiotik. Biosurfaktan juga memiliki
aktivitas antikanker, agen anti-adesif, membantu sistem imun, aktivitas antivirus,
transfer gen, menstimulus metabolisme stem fibroblast, dan lain sebagainya
(Fakruddin, 2012).

Dalam upaya pengoptimalan produksi biosurfaktan, maka dilakukan

penelitian gen bakteri senyawa biosurfaktan. Bacillus cereus dinyatakan sebagai
penghasil biosurfaktan lipopeptida paling efisien yang meliputi surfaktin,
lichenysin, bacillomycin, fengycin, dan iturin. Surfaktin, heptapeptida siklik yang
mengandung gugus lemak þ hidroksil sebagai bagian hidrofobik adalah salah satu
 Beragam manfaat dan kegunaan dari biosurfaktan menyebabkan perlu
adanya eksplorasi dari berbagai strain bakteri yang dapat menghasilkan
biosurfaktan dalam jumlah yang banyak dan memiliki aktivitas yang sama dengan
surfaktan kimia yang biasa digunakan dalam industri. Bakteri dari genus Bacillus
yang dapat digunakan dalam industri (Plaza et al., 2015).berpotensi untuk
menghasilkan biosurfaktan golongan lipopeptida seperti iturin, fengisin, dan
surfaktin

Salah satu proses penting dalam pengerjaan bioteknologi adalah isolasi

DNA. Isolasi DNA adalah suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Prinsip isolasi
DNA ialah memisahkan DNA genom dari komponen-komponen sel lain.
Isolasi DNA dengan metode yang baik dapat menghasilkan DNA yang banyak
dengan memaksimalkan kemurnian serta membebaskan DNA dari kontaminan .
Tujuan penelitian ini yaitu untuk melihat konsentrasi Bacillus cereis. terkecil
yang dapat diisolasi dengan metode yang ekonomis serta membutuhkan waktu
yang singkat.

Dalam upaya pengoptimalan produksi biosurfaktan, dilakukan penelitian

isolat bakteri penghasil senyawa biosurfaktan. Menurut penelitian yang dilakukan
oleh Fatka Fara Mudita (2021), bahwa hasil analisis penyejajaran sekuen protein
dengan genom bakteri Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 diketahui
keberadaan gen surfactin dengan persen identity 98,67% sedangkan hasil
penyejajaran sekuen nukleotida dengan genom bakteri Bacillus cereus diperoleh
dua jenis gen surfactin yaitu srfAA dan srfAB dengan masing-masing persen
identity 97,72% dan 91,86%. Urutan primer 1F (5’-
TACTACCGTCGCGCCAATC-3’) dan 1R (5’-GCTGCGCTACATTCTGTTG-
3’) yang merupakan primer terbaik ketika dilakukan analisis dengan oligoanalyzer
ternyata tidak berhasil mengamplifikasi bakteri Staphylococcus epidermidis
begitu juga dengan urutan primer untuk Bacillus cereus sehingga keberadaan gen
surfactin tidak dapat dideteksi pada band hasil visualisasi elektroforesis.

Berdasarkan kajian di atas, penelitian ini dilakukan untuk memperoleh

isolat biosurfaktan yaitu surfactin dari bakteri Bacillus cereus dengan cara
mengisolasi gen pengkode surfactin synthetase melalui metode PCR. PCR adalah
suatu metode enzimatis untuk melipatgandakan suatu sekuen nukleotida tertentu
secara eksponensial dalam waktu yang relatif singkat dengan cara in vitro. PCR
merupakan teknik yang cepat, sederhana namun adekuat untuk mengamplifikasi
sejumlah kecil sekuens DNA spesifik menjadi berjuta kali lebih banyak hanya
dalam waktu beberapa jam.

1.2 Identifikasi Masalah

Berdasarkan latar belakang yang telah diuraikan di atas, maka masalah

yang dapat diindentifikasi adalah sebagai berikut:

1. Apakah primer yang digunakan berhasil memunculkan gen surfactin

synthase dengan metode ekstraski DNA?
2. Berapa kondisi optimum suhu anelin penempelan dari primer yang
digunakan untuk memunculkan gen surfactin synthase dengan metode
PCR?

1.3 Tujuan Penelitian

Tujuan yang ingin dicapai dalam penelitian ini antara lain:

1. Mendapatkan hasil yang digunakan berhasil memunculkan gen surfactin
synthase dengan metode ekstraski DNA.
2. Mendapatkan hasil kondisi optimum suhu anelin penempelan dari primer
yang digunakan untuk memunculkan gen surfactin synthase dengan
metode PCR.