Artikel utama: Sejarah Nusantara pada era kerajaan Islam
Islam sebenarnya telah memasuki Nusantara mulai pada abad ke-7 Masehi. Islam dibawa oleh para pedagang dan para ulama berkebangsaan Arab, Persia, dan Gujarat.[49] Para pedagang dan pelaut Tionghoa beragama muslim, terutama kelompok pelaut di bawah pimpinan Cheng Ho, juga ikut serta dalam menyebarkan Islam di Nusantara.[50]
Bendera Kesultanan Aceh.
Aceh adalah daerah pertama yang menjadi pusat penyebaran agama Islam di Nusantara. [51] Kesultanan Islam pertama yang diketahui berdiri di Nusantara, khususnya di Aceh adalah Jeumpa yang didirikan pada abad ke-7, yang wilayahnya kira-kira mencakup wilayah Kabupaten Bieruen saat ini.[52] Setelah itu, beberapa kesultanan juga berdiri di wilayah Aceh pada masa-masa awal penyebaran Islam di Nusantara, yang di antaranya adalah Peureulak, Lamuri, dan Linge.[53] Pada awal-awal milenium ke-2, Islam mulai menyebar ke banyak daerah di Pulau Sumatra, terutama setelah Sriwijaya runtuh pada abad ke-11. Beberapa kerajaan Hindu-Buddha di Sumatra bahkan kemudian beralih menjadi kesultanan-kesultanan Islam. Kesultanan-kesultanan yang pernah muncul dan berdiri di wilayah Sumatra setelah itu adalah Samudera Pasai, Siguntur, Aceh, Melaka, Pagaruyung, Jambi, Inderapura, Siak Sri Inderapura, Pedir, Daya, Sungai Pagu, Bungo Satangkai, Asahan, Serdang, Deli, Langkat, Palembang, Lingga, Kota Pinang, Pelalawan, Aru, Barus, Padang, Tamiang, dan Sekala Brak. Islam belum menyebar secara signifikan ke wilayah Nusantara lainnya hingga abad ke-15, ketika Islam mulai diperkenalkan dan menyebar secara luas.[54] Sejak masa itu, Islam mulai memengaruhi seluruh wilayah Nusantara pada masa-masa selanjutnya.
Bendera Mataram, salah satu kesultanan yang pernah
terbentuk di wilayah Nusantara. Setelah Majapahit mengalami kejatuhan, kesultanan-kesultanan bercorak Islam berdiri dan berkembang pesat di Nusantara, terutama di Jawa. Kesultanan pertama di Pulau Jawa yang telah diakui secara luas adalah Demak dan Cirebon yang berdiri pada abad ke-15.[55][56] Namun beberapa waktu ini, beberapa pakar menemukan sejumlah bukti tentang kesultanan Islam yang lebih tua, yaitu Lumajang, yang diperkirakan berdiri pada akhir abad ke-13.[57] Setelah itu, terdapat beberapa kesultanan yang juga berdiri di Jawa, yaitu Giri, Banten, Kalinyamat, Pajang, Sumedang Larang, Mataram, Ngayogyakarta Hadiningrat, dan Surakarta Hadiningrat.[58] Di Kalimantan sendiri, beberapa kerajaan Hindu-Buddha beralih menjadi kesultanan Islam, misalnya Selimbau, Landak Tanjungpura. Kemudian beberapa kesultanan baru juga berdiri seiring dengan meningkatnya pengaruh Islam di Pulau Kalimantan sejak abad ke- 14. Brunei yang lepas dari Melaka pada abad ke-14 kemudian mencapai masa kejayaannya pada abad ke-15 dengan berhasil menguasai seluruh pesisir Pulau Kalimantan.[59] Pada abad ke- 16, Banjar berdiri, berkembang, dan kemudian menguasai sebagian besar pesisir selatan Kalimantan, serta memiliki hubungan baik dengan Demak.[60] Kejayaan Banjar mulai menurun pada abad ke-18 dan keberadaannya dihapuskan oleh pemerintah kolonial Hindia Belanda pada tahun 1905.[61] Selain itu, beberapa kesultanan yang juga berdiri di Pulau Kalimantan adalah Sintang, Mempawah, Kubu, Bangkalaan, Sanggau, Tayan, Kusan, Paser, Kotawaringin, Pagatan, Sambas, Kutai Kertanegara ing Martapura, Berau, Sambaliung, Gunung Tabur, Pontianak, Tidung, dan Bulungan.[58] Agama Islam diperkirakan mulai berkembang di Pulau Sulawesi pada abad ke-16. Pada masa itu, beberapa kerajaan bercorak Hindu-Buddha atau Animisme beralih menjadi kesultanan- kesultanan Islam dan beberapa kesultanan Islam yang baru berdiri dan berkembang. [62] Kesultanan besar yang terkenal di Sulawesi adalah Makassar, yang merupakan gabungan dari Gowa dan Tallo). Kerajaan ini pada masa kejayaannya mencakup Sulawesi bagian selatan dan tengah, serta Pulau Lombok dan Pulau Sumbawa di saat ini menjadi wilayah Nusa Tenggara Barat. Selain itu, beberapa kesultanan lainnya di Sulawesi adalah Bantaeng, Banggai, Buton, Bone, Gorontalo, Bolango, Konawe, Luwu, Tolitoli, Buol, Wajo , Muna, Palu, Parigi, Soppeng, Bungku, Siang, Bolaang Mongondow, Tawaeli, Balanipa, Alitta, Banawa, dan Bolangitang.
Peta kekuasaan Ternate dan Tidore pada masa
kejayaannya. Di Kepulauan Maluku, terdapat beberapa kesultanan, tetapi dua kesultanan dengan pengaruh besar adalah Ternate dan Tidore yang berpusat di wilayah yang saat ini termasuk dalam wilayah Maluku Utara.[63] Wilayah Ternate pada masa kejayaannya, yaitu pada abad ke-16, mencakup Pulau Ternate, sebagian kecil Pulau Halmahera, Kepulauan Maluku bagian tengah, Pulau Sulawesi bagian utara dan timur, hingga ke Nusa Tenggara Timur. Sementara itu, Tidore pada masa kejayaannya yang juga pada abad ke-16 meliputi Pulau Tidore, sebagian besar Pulau Halmahera, hingga ke Papua Barat.[64] Beberapa kesultanan yang juga pernah berdiri di Kepulauan Maluku, yaitu Jailolo, Bacan, Tanah Hitu, Iha, dan Huamual. Beberapa kesultanan-kesultanan juga berdiri di Kepulauan Nusa Tenggara, contohnya seperti Bima, Sumbawa, Adonara, Dompu, Selaparang, Sanggar, dan Lamakera. Sementara kerajaan-kerajaan (Petuanan) yang pernah berdiri di Papua banyak terdapat di wilayah Semenanjung Bomberai, khususnya Semenanjung Onin di Kabupaten Fakfak dan wilayah Koiwai di Kabupaten Kaimana hingga Kabupaten Mimika, selain itu terdapat juga di Kepulauan Raja Ampat, contohnya seperti Sekar, Patipi, Fatagar, dan Kaimana. Kejayaan kesultanan-kesultanan Islam mulai memudar setelah bangsa-bangsa asing masuk dan menerapkan kolonialisme di Nusantara. Sebagian di antaranya dibubarkan oleh pemerintah kolonial setelah mengalami kekalahan perang, dan sebagian lainnya menjadi daerah swapraja (zelfbestuur) di bawah kekuasaan pemerintahan kolonial.[65]