Di Kalimantan sendiri, beberapa kerajaan Hindu-Buddha beralih menjadi kesultanan Islam, misalnya

Selimbau, Landak Tanjungpura. Kemudian beberapa kesultanan baru juga berdiri seiring dengan
meningkatnya pengaruh Islam di Pulau Kalimantan sejak abad ke-14. Brunei yang lepas dari Melaka pada
abad ke-14 kemudian mencapai masa kejayaannya pada abad ke-15 dengan berhasil menguasai seluruh
pesisir Pulau Kalimantan.[63] Pada abad ke-16, Banjar berdiri, berkembang, dan kemudian menguasai
sebagian besar pesisir selatan Kalimantan, serta memiliki hubungan baik dengan Demak.[64] Kejayaan
Banjar mulai menurun pada abad ke-18 dan keberadaannya dihapuskan oleh pemerintah kolonial Hindia
Belanda pada tahun 1905.[65] Selain itu, beberapa kesultanan yang juga berdiri di Pulau Kalimantan
adalah Sintang, Mempawah, Kubu, Bangkalaan, Sanggau, Tayan, Kusan, Paser, Kotawaringin, Pagatan,
Sambas, Kutai Kertanegara ing Martapura, Berau, Sambaliung, Gunung Tabur, Pontianak, Tidung, dan
Bulungan.[62]

Agama Islam diperkirakan mulai berkembang di Pulau Sulawesi pada abad ke-16. Pada masa itu,
beberapa kerajaan bercorak Hindu-Buddha atau Animisme beralih menjadi kesultanan-kesultanan Islam
dan beberapa kesultanan Islam yang baru berdiri dan berkembang.[66] Kesultanan besar yang terkenal
di Sulawesi adalah Makassar, yang merupakan gabungan dari Gowa dan Tallo). Kerajaan ini pada masa
kejayaannya mencakup Sulawesi bagian selatan dan tengah, serta Pulau Lombok dan Pulau Sumbawa di
saat ini menjadi wilayah Nusa Tenggara Barat. Selain itu, beberapa kesultanan lainnya di Sulawesi adalah
Bantaeng, Banggai, Buton, Bone, Gorontalo, Bolango, Konawe, Luwu, Tolitoli, Buol, Wajo, Muna, Palu,
Parigi, Soppeng, Bungku, Siang, Bolaang Mongondow, Tawaeli, Balanipa, Alitta, Banawa, dan Bolangitan