Di Kepulauan Maluku, terdapat dua kesultanan besar yang terkenal, yaitu Ternate dan Tidore yang

berpusat di wilayah yang saat ini termasuk dalam wilayah Maluku Utara.[67] Wilayah Ternate pada masa
kejayaannya, yaitu pada abad ke-16, mencakup Pulau Ternate, sebagian kecil Pulau Halmahera,
Kepulauan Maluku bagian tengah, Pulau Sulawesi bagian utara dan timur, hingga ke Nusa Tenggara
Timur. Sementara itu, Tidore pada masa kejayaannya yang juga pada abad ke-16 meliputi Pulau Tidore,
sebagian besar Pulau Halmahera, hingga ke Papua Barat.[68] Beberapa kesultanan yang juga pernah
berdiri di Kepulauan Maluku, yaitu Jailolo, Bacan, Tanah Hitu, Iha, dan Huamual.

Kesultanan-kesultanan yang pernah berdiri di Kepulauan Nusa Tenggara, yaitu Bima, Sumbawa,
Adonara, Dompu, Selaparang, Sanggar, dan Lamakera. Sementara kesultanan-kesultanan yang pernah
berdiri di Papua adalah Sekar, Patipi, Fatagar, dan Kaimana.

Kejayaan kesultanan-kesultanan Islam mulai memudar setelah bangsa-bangsa asing masuk dan
menerapkan kolonialisme di Nusantara. Sebagian di antaranya dibubarkan oleh pemerintah kolonial
setelah mengalami kekalahan perang, dan sebagian lainnya menjadi daerah swapraja (zelfbestuur) di
bawah kekuasaan pemerintahan kolonial.[69]

Periode kolonial

Upaya kolonisasi oleh Portugal

Artikel utama: Imperium Portugal di Nusantara

Tanaman pala menjadi salah satu komoditas yang mendorong bangsa-bangsa Eropa melakukan
penjelajahan dunia, hingga sampai di Nusantara.

Sejak terputusnya jalur perdagangan Laut Tengah karena jatuhnya Konstantinopel ke tangan bangsa
Turki Utsmani pada tahun 1453, bangsa-bangsa Eropa sejak saat itu berusaha mencari jalur alternatif
lain untuk memperoleh komoditas rempah-rempah yang dibutuhkan. Berkembangnya teknologi
pelayaran pada abad ke-16 membuat bangsa-bangsa Eropa melakukan ekspedisi jalur laut besar-besaran
untuk mencari dan menguasai wilayah-wilayah yang kaya akan rempah-rempah.[70]