Genetika penyakit

tumbuhan

Mariana
Penyakit infeksi Hasil interaksi 2 organisme inang dan patogen. Sifatnya dikendalikan
bahan genetiknya DNA yang tersususn rapi dalam GEN
 Pewarisan

• Kerentanan dan ketahanan inang

• virulensi dan avirulensi
 Reaksi varietas tanaman terhadap 2 dan 4 ras patogen

• Keturunan dari varietas tersebut bereaksi terhadap patogen yang sama seperti tumbuhan induknya
• Ketahanan dan kerentanan terhadap patogen dapat dikendalikan secara genetik (diturunkan)
• Virulensi dan avirulensi juga diturunkan
• Dibawah kondisi yang mendukung/menguntungkan, kerentanan atau ketahanan
ditentukan oleh bahan genetik yang ada pada inang dan patogen

• Jumlah gen yang menentukan kerentanan atau ketahanan berbeda dari tumbuhan
satu dengan lainnya

• Jumlah gen yang menentukan virulensi atau avirulensi berbeda dari satu patogen
dengan pat lainnya

• Sebgn besar kombinansi iang patogen, jumlah gen yang terlibat dan apa yang
dikendalikan nya belum diketahui.

• Yang sudah tersedia informasinya seperti late blight kentang, kudis apel, karat
gandum,
 Konsep gen untuk gen
• Setiap gen yang memberi ketahanan pada inang terdapat gen yang
berhubungan dengannya pada patogen yang memberi virulensi pada
patogen pada patogen tersebut dan demikian sebaliknya.

• Pada inang gen untuk ketahanan bersifat dominan (R) kerentanan bersifat
resesif (r). Pada gen avirulensi dominan (A), gen yang virulen resesif (a).
• Apabila dua varietas : satu membawa gen R dan satu membawa gen r.
• Bila R diinokulasi dengan gen A untuk R dan gen a untuk R
Varietas Tahan
1. Inpari 17,
2. inpari 22,
3. inpari 34 salin agritan,
4. inpari 36 lanrang,
5. inpari 37 lanrang,
6. inpari 38 tadah hujan agritan,
7. inpari 39 tadah hujan agritan,
8. inpari 41 tadah hujan agritan,
9. inpari 43 tadah hujan agritan
10. Inpago 7
11. Inpago 8
12. Inpago 10
13. Inpago 11 agritan
14. Inpago 12 agritan
 Teknik pemuliaan tanaman klasik untuk
ketahanan tanaman
• Seleksi Massa biji
• Lini murni atau seleksi pedigri
• Seleksi berulang (recurrent) atau (back crossing)
• Teknik lainnya
 Lini murni atau seleksi pedigri

• Tumbuhan yang tingkat ketahanannya tinggi diperbanyak

secara terpisah dengan keturunannya (progeninya) dan
diinokulasi secara berulang ulang untuk menguji
ketahanannya.
• Metode ini mudah, sangat efektif untuk tanaman yang
menyerbuk sendiri tapi agak sulit yang menyerbuk silang.
 Seleksi Massa biji

• Dari tumbuhan yang sangat tahan, yang bertahan hidup

di lapang tempat infeksi alami terjadi terus menerus.
• Peningkatan ketahanan berjalan lambat
• Pada tumbuhan yang menyerbuk silang tidak ada
pengendalian asal serbuk sari.
Seleksi berulang (recurrent) atau (back crossing)
• Bila varietas yang kita inginkan tapi rentan disilangkan dengan tumbuhan liar
yang sekerabat yang membawa sifat tahan terhadap patogen yang dituju
• Progeninya diuji ketahanannya dan individu yang tahan disilangkan kembali
ke varietas yang diinginkan tersebut.
• Hal ini dilakukan beberapa kali hingga ketahanannya stabil pada varietas
yang diinginkan tersebut.
• Metode ini lama dan efektifitasnya sangat beragam dengan tiap kasus
• Mudah untuk yang menyerbuk silang.
 Gen tanaman
• Gen tahan diperoleh dari
Menggunakan gen ketahanan dominan tunggal yang
biasanya tidak ada di tanaman rentan (Keen 1999) atau
dengan memilih gen tanaman yang mengintensifkan atau
memicu ekspresi mekanisme pertahanan yang ada (Bent
dan Yu 1999, Rommens dan Kishore 2000
 Teknik lainnya

• Hibrida F1 dari dua galur homozigot yang membawa gen

ketahanan berbeda yang memungkinkan kita mendapat
keuntungan dari fenomena heterokaryosis. Menggunakan
mutan mutan alami atau yang ditimbulkan secara buatan
(UV, sinar X) yang memperlihatkan peningkatan
ketahanan dan perubahan jumlah kromosom dengan
menggunakan menggunakan kolkisin, radiasi.
 Kultur Jaringan
Penyakit tanaman

ALLPPT.com _ Free PowerPoint Templates, Diagrams and Charts

 Kultur jaringan

• Tanaman bebas penyakit

• Tanaman tahan penyakit

 Tanaman bebas penyakit
• 1. Kultur Meristem
• 2. Induksi Pembentukan Tunas
• 3. Induksi kalus dan protoplas
• 4. Micrografting
1. Kultur Meristem
 sejarah
• 1934 : White menunjukkan bahwa tobacco
mosaic virus (TMV) tersebar secara tidak
merata di akar tembakau
• •1949 : Limasset dan Cornuet
menunjukkan distribusi yang tidak merata
di tunas tembakau.
• •Tapi kemudian dibuktikan bahwa ujung
akar atau tunas masih mengandung virus
• •1952 : Morel dan Martin mengisolasi
secara in vitro meristem apikal dahlia yang
terinfeksi dengan virus untuk
menghasilkan tanaman bebas virus
• •Muncul beberapa penelitian dan teori
untuk menjelaskan adanya perbedaan
antara meristem dan bagian lain yang
menyebabkan serangan virus yang tidak
merata pada tanaman
 Why virus is unevenly ditributed in plants

• •Sel meristem lebih aktif membelah, memerlukan lebih

banyak protein sintesis
• •Di meristem tidak ada vascular elements dan
plasmodesmata
• •Kemungkinan pengaruh hormon auksin dan sitokinin
• •Adanya inhibitor
 Tanaman tahan
• Variasi Somaklonal
• Seleksi in vitro
• Penyelamatan embryo
• Kultur Anther
 Variasi somaklonal
• keragaman genetik dari tanaman yang
dihasilkan melalui kultur sel, baik sel
somatik seperti sel daun, akar, dan
batang, maupun sel gamet.
• keragaman genetik tanaman yang
dihasilkan melalui kultur jaringan. Skirvin
et al. (1993)
Keragaman genetik yang tinggi merupakan salah satu modal untuk
mendapatkan varietas unggul (Kumar 1995; Ahloowalia dan
Maluszynski 2001).
Variasi somaklonal
 Seleksi in vitro
Contoh : varietas tahan thd Fusarium

Kultur massa sel atau sel pada media yang mengandung

metabolit dari patogen, yaitu toksin yang telah dimurnikan
yang disebut asam fusarat.

Selain itu dapat pula digunakan filtrat dari F. oxysporum

 Variasi
somaklonal
• Teknik kultur jaringan …panili tahan penyakit.
• Melalui : - induksi keragaman somaklonal,
- seleksi in vitro,
-penyelamatan embrio hasil persilangan
Mutagen fisik yang digunakan pada umumnya bersifat
sebagai radiasi pengion, seperti sinar x, sinar gamma, sinar
beta, dan partikel akselerator

Melalui keragaman somaklonal, telah diperoleh beberapa

tanaman yang tahan penyakit, antara lain tomat yang tahan
terhadap Phytophthora infestans F. oxysporum,
Streptomyces, PLRV, PVY, dan PVX (Wenzel et al. 1987),
tanaman abaka (Damayanti 2002) dan pisang ambon
(Mariska et al. 2005)
 Penyelamatan embryo
• Terjadi pematangan embryo sebelum waktu
• Dilakukan penyelamatan dengan mengkulturkan pada
medium tumbuh
• Pada saat penyilangan tanaman tahan
 Isolasi mutan tahan penyakit dari kultur sel
• Tumbuhan yang berasal dari kultur (kalus, sel, protoplasma)
sering menunjukkan variabilitas yang sangat banyak (variasi
somaklonal), sebgaian besar diantaranya tidak berguna atau
bersifat menggganggu. Akan tetapi tumbuhan dengan sifat yang
kita inginkan dapat muncul.
• Contoh : tumbuhan yang berasal dari protoplasma daun varietas
kentang yang rentan thd Phytophthora infestans dan Alternaria
solani bebrapa diantaranya (5 dari 500) tahan terhadap Alternaria
solani dan 20 dari 800 tahan Phytophthora infestans.
Pemuliaan ketahanan dengan penggabungan protoplasma

• Protoplasma Tumbuhan yang sekerabat dekat atau tidak sekerabat di

bawah kondisi yang tepat, dapat digabungkan.
• Penggabungan tersebut menghasilkan sel hybrid yang mengandung
kromosom dan sitoplasma dari kedua protoplasma tersebut.
• Metoda ini bermanfaat untuk menggabungkan antara protoplasma
dari galur haploid berbeda yang berketahanan tinggi dari varietas
atau spesies yang sama.
Pemuliaan ketahanan dengan rekayasa genetik
Gen mana?

Systemic Acquired Resistance

• Hypersensitive Response (HR) and Systemic Acquired Resistance

(SAR) (Honèe 1999, Strittmatter et al. 1995)
 Fitoaleksin
• Phytoalexins adalah senyawa berat molekul rendah dari sifat non-protein dengan aktivitas
antimikroba dan antijamur yang dihasilkan oleh tanaman setelah terpapar mikroorganisme
Gen Mana?
• gen ketahanan tanaman patogen-spesifik, misalnya. Pto (Tang et al.
1999), Cf-9 (Hammond et al. 1998), N (Witham et al. 1996), dll, telah
digunakan sebagai transgen untuk memberikan resistensi pada
tanaman yang berbeda.
• Secara singkat, gen yang memberikan resistensi terhadap patogen
tertentu pada spesies tanaman A diidentifikasi, dikloning dan
ditransformasi ke spesies tanaman B. Spesies tanaman B, genotipe
penerima, berdasarkan gen baru yang diperoleh melalui transformasi,
menjadi resisten terhadap patogen yang sama.
 2. Resistensi Yang Diturunkan Dari Pathogen Itu Sendiri

• Virus – sulit dikendalikan

• insektisida untuk membunuh vektor serangga,
• penggunaan bahan propagasi bebas virus – kultur meristem – tidak efektif
untuk virus yg ditularkan vector, vektor dapat dikendalikan oleh insektisida,
seringkali virus telah ditularkan ke tanaman sebelum vektor serangga
terbunuh
• pemilihan tanaman dengan gen ketahanan yang tepat
Penggunaan kultivar yang tahan telah menjadi alat kontrol yang paling efektif,
namun gen ketahanan virus tanaman sering tidak tersedia dan introgresi
mereka ke beberapa tanaman tidak langsung.
Resistensi yang diturunkan dari pathogen itu
sendiri
• Gen pembentuk coat protein virus– tahan terhadap virus itu sendiri
tembakau transgenik mengekspresikan gen mantel protein virus
mosaik tembakau (TMV) tahan terhadap TMV dan bahwa resistensi itu
karena ekspresi mantel protein tersebut
 Contoh tanaman transgenic tahan virus

Coat protein-mediated protection telah dilaporkan untuk virus mosaik tembakau, TMV,
(Nelson et al. 1988), virus mosaik tomat, ToMV, (Sanders et al. 1992), virus mosaik
mentimun, CMV, (Namba et al. 1991, Quemada et al. 1991), virus mosaik alfalfa, AlMV,
(Loeshc-Fries et al. 1987, Tumer et al. 1987), virus kentang X, PVX, (Hemenway et
al.1988), virus kentang Y, PVY, ( Perlak et al. 1994), dan virus gulung daun kentang, PLRV,
(Kaniewski et al. 1993). Selain gen protein mantel, urutan dari gen replikase virus
(Palukaitis dan Zaitlin 1997), gen protein gerakan virus yang rusak (Beck et al. 1994,
Cooper et al. 1995), virus satelit RNA (Smith et al. 1992) , ribozymes (Wilson, 1993) dan
virus antisense RNA (LeClerc dan AbourHaidar, 1995, Yepes et al. 1996) telah direkayasa
ke dalam tanaman untuk mendapatkan ketahanan virus. Rekayasa genetika terbukti
sangat efektif untuk mengendalikan penyakit virus dalam berbagai tanaman yang
ditanam di seluruh dunia (Wilson, 1993; Gonsalves and Slightom, 1992). Dibandingkan
dengan pemuliaan konvensional untuk ketahanan virus, rekayasa genetika menyediakan
teknologi yang lebih cepat dan lebih tepat untuk mendapatkan tanaman yang tahan
terhadap virus, meskipun sebagian besar tanaman tahan virus transgenik masih dalam
pengembangan di laboratorium.
Pepaya transgenik tahan terhadap potifvirus papaya ringspot (PRSV)
Penggunaan kultivar pepaya transgenik Sunrise dan Rainbow resisten terhadap PRSV ini menyelamatkan industri pepaya di
Hawaii dari kerusakan parah yang disebabkan oleh PRSV
Melalui transfer teknologi, kultivar pepaya transgenik yang tahan terhadap berbagai strain virus yang berbeda telah
berkembang
Tomat transgenik virus mosaik mentimun (CMV), virus yang menyebabkan pengerdilan yang parah dan
pengurangan hasil di seluruh dunia, menunjukkan tingkat resistensi yang tinggi terhadap CMV di bawah kondisi
lapangan
Mempromosikan Pengembangan Bioteknologi Yang Bijaksana

• Pertanyaan yang belum terjawab mengenai penggunaan teknologi ini termasuk

pelarian gen dari tanaman transgenik ke kerabat liar yang menghasilkan "gulma
super" dan rekombinasi antara virus yang menyerang dan transgen yang
mengarah pada munculnya virus baru dengan kisaran inang baru dan virulensi
yang lebih kuat.
• Telah didokumentasikan dengan baik bahwa transfer gen dan rekombinasi virus
memang terjadi di alam dan mereka tidak terbatas pada tanaman transgenik
(Trewavas 1999). Pertanyaannya adalah apakah transfer gen dan rekombinasi
virus akan berdampak negatif pada lingkungan atau produksi pertanian.
• Dengan demikian, perlu untuk memantau penggunaan rekayasa genetika di
bidang pertanian. Strategi yang diformulasikan untuk meminimalkan
kemungkinan pelarian gen dan rekombinasi termasuk penggunaan fragmen gen
nonfungsional pendek atau versi yang tidak disebarkan dari gen virus (Jan 1998).
3. Using antimicrobial proteins to enhance plant resistance
• Melibatkan peptida dan protein dengan sifat antimikroba yang
ketika diproduksi oleh tanaman memiliki potensi untuk
memperkuat ketahanan tanaman terhadap jamur dan bakteri
patogen tanaman.
• Jamur, serangga, hewan, dan manusia semuanya mengandung
gen yang mengkodekan senyawa antimikroba. Salah satu
pendekatan rekayasa genetika menggunakan gen yang ditemukan
pada jamur, serangga, dan hewan.
• Protein antimikroba, peptida, dan lysozymes yang secara alami
terjadi pada serangga (Jaynes et al. 1987), tanaman (Broekaert et
al. 1997), hewan (Vunnam et al. 1997), dan manusia (Mitra dan
Zhang 1994, Nakajima et al. 1997) sekarang menjadi sumber
potensial resistensi tanaman
Contoh Anti Mikroba
Oksigen aktif seperti anion superoksida, radikal hidroksi dan hidrogen
peroksida, H2O2, memainkan peran penting dalam pertahanan
tanaman.
Dalam kentang transgenik yang mengandung gen oksidase glukosa
yang menghasilkan H2O2 dari jamur Aspergillus niger, akumulasi
apoplastik yang dihasilkan dari ion peroksida meningkatkan ketahanan
tanaman terhadap Phytophthora infestans, penyakit busuk daun;
Verticillium dahliae, layu Verticillium; dan Alternaria solani, hawar dini
(Wu et al. 1997).
 Contoh Anti Mikroba
• Peptida litik adalah protein kecil dengan struktur helikathic amphipathic yang membuat pori-
pori di membran menghasilkan lisis, misalnya, dari membran sel bakteri (Boman 1991).
• Cecropins adalah peptida leptik antibakteri yang berasal dari hemolimfus Hyalophora
cecropia, ngengat sutera raksasa. Tanaman tembakau transgenik yang mengekspresikan
cecropin telah meningkatkan resistensi terhadap Pseudomonas syringae pv. tabaci, penyebab
fire blight tembakau, penyakit mematikan yang sulit dikendalikan (Huang et al. 1997).
• Bakteri Erwinia carotovora subsp. atroseptica dapat menghasilkan pengurangan hasil 30%
dan kehilangan 25% dalam penyimpanan meskipun perawatan kimia dan pembiakan untuk
resistensi dipraktekkan. peptida litik sintetis pada kentang transgenik Shiva-1 dan SB-37,
mengurangi infeksi bakteri tersebut (Arce et al. 1999).
• Penyakit api, penyakit bakteri apel yang disebabkan oleh E. amylovora sulit dikendalikan
karena terbatasnya efektivitas antibiotik, perkembangan populasi bakteri resisten antibiotik
di kebun, dan kurangnya varietas tahan api yang diterima secara komersial. Apel transgenik
SB-37 mengekspresikan lytic peptide analog menunjukkan peningkatan resistensi terhadap E.
amylovora dalam uji lapangan (Norelli et al. 1998).
Contoh anti mikroba
• Attacins adalah kelompok protein antibakteri lain yang diproduksi oleh H.
cecropia pupae (Hultmark et al. 1983).
• Mekanisme aktivitas antibakteri protein ini adalah untuk menghambat
sintesis protein membran luar pada bakteri gram negatif (Carlsson et al.
1998).
• Attacin yang diekspresikan pada kentang transgenik meningkatkan
ketahanannya terhadap infeksi bakteri oleh E. carotovora subsp. Figure 3.2
Transgenic ‘Royal Gala’ apple
atrospetica (Arce et al. 1999). Buah pir transgenik dan apel line (left) expressing attacin has
significantly enhanced resistance to
mengekspresikan gen attacin telah secara signifikan meningkatkan fire blight compared

resistensi terhadap E. amylovora dalam in vitro dan uji ruang to the non-transgenic

pertumbuhan) (Norelli et al. 1994, Reynoird et al. 1999, Ko et al. 2000).

Dalam uji lapangan, pengurangan penyakit hawar api telah diamati pada
apel transgenik yang mengekspresikan gen attacin (Norelli et al. 1999).
Apel transgenik mengekspresikan attacin yang ditargetkan ke ruang
interseluler, di mana E. amylovora berkembang biak sebelum infeksi,
secara signifikan mengurangi hawar api, bahkan pada tanaman apel
dengan tingkat produksi attacin yang rendah (Ko et al. 2000
Contoh antimikroba
• Lysozymes adalah enzim yang menghidrolisis lapisan peptidoglycan dari dinding
sel bakteri. Hen lysozyme putih telur (HEWL), T4 lysozyme (T4L), dan gen lisozim
manusia telah dikloning dan ditransfer untuk meningkatkan resistensi bakteri
atau jamur tanaman.
• Gen lisozim ini telah digunakan untuk memberikan resistensi penyakit terhadap
bakteri patogen tanaman di tanaman tembakau transgenik (Trudel et al. 1995,
Kato et al. 1998). T4L, dari T4-bacteriophage, juga telah dilaporkan meningkatkan
resistensi pada kentang transgenik terhadap E. carotovora, yang menyebabkan
bakteri busuk lunak (Düring et al. 1993). Tanaman apel transgenik dengan gen T4L
menunjukkan resistensi yang signifikan terhadap infeksi hawar api (Ko 1999).
Transgen lisozim manusia telah memberikan resistensi penyakit pada tembakau
melalui penghambatan pertumbuhan jamur dan bakteri, menunjukkan
kemungkinan penggunaan gen lisozim manusia untuk mengendalikan penyakit
tanaman (Nakajima et al. 1997).
•
 Contoh antimikroba
• Jamur Trichoderma harzianum adalah agen kontrol biologis yang memiliki aktivitas antagonis
terhadap jamur fitopatogenik. Mekanisme dari aktivitas ini adalah untuk menghambat
perkecambahan spora dan perpanjangan tabung kuman, dan untuk menurunkan ujung hifa
jamur patogen.
• Untuk mencapai hal ini, Trichoderma menghasilkan enzim yang mengkatalisis hidrolisis kitin di
dinding sel jamur. Chitinase dapat diklasifikasikan sebagai endochitinase, exochitinase (N-
acetyl-b -D-glucosaminidase), dan chitobiosidase (Tronsmo dan Harman 1993).
• Tanaman kentang transgenik yang mengekspresikan gen endochitinase menunjukkan
ketahanan terhadap patogen A. solani (early blight) dan B. cinerea (grey mold) (Lorito et al.
1998). Venturia inaequalis, jamur yang menyebabkan kudis apel, menginfeksi daun apel dan
buah-buahan menyebabkan penurunan produktivitas buah, daya jual, dan umur simpan
(Gambar ).
• Beberapa aplikasi fungisida digunakan oleh penanam apel hampir secara eksklusif untuk
mengendalikan penyakit ini selama musim pertumbuhan.
• Pohon apel transgenik 'McIntosh' yang mengekspresikan gen endoside atau exochitinase atau
kedua gen memiliki ketahanan yang meningkat terhadap kudis apel (Gambar 3.4) (Bolar et al.
1999, Bolar 1999). Hasil ini menunjukkan potensi penggunaan luas transgen kitinase untuk
mengendalikan penyakit jamur tanaman
 cab lesions on a leaf of a transgenic ‘McIntosh’ line T564
Scab infected apple leaves (A) and fruit (B). (A) compared to those on susceptible non-transgenic
Trees can be defoliated by the leaf infections ‘McIntosh’ leaf (B). Photos courtesy of Jyothi Prakash
and scabby fruits are rejected by consumers Bolar, Cornell University.
and have poor processing and storage
qualities. Photos courtesy of David M.
Gadoury, Cornell University.