Konsep Dasar Virologi

Oleh :
Fitri Rahmi S.Si, M.Biomed
 PENDAHULUAN
• Virus di alam bersifat unik, merupakan partikel terkecil yang
mampu melakukan replikasi.
• Dalam bentuk yang paling dasar, virus hanya terdiri dari
segmen kecil dari asam nukleat yang terbungkus oleh protein
sederhana
• Virus tidak memiliki sistem metabolisme sendiri, bersifat
obligat dengan menginvasi sel dan memparasit sistem
subseluler inang
• Virus dapat menginfeksi setiap organisme di alam
• Definisi : partikel yang mempunyai kemampuan menginfeksi
dan bereplikasi di dalam inang.
 SIFAT-SIFAT VIRUS
• Virus adalah parasit intraseluler obligat
• Diameter : 20 nm-300 nm
• Hanya memiliki satu asam nukleat : DNA/RNA saja
• Struktur : terdiri dari kapsid yang melindungi asam
nukleat  beberapa virus dilengkapi dengan
envelope
• Bermultiplikasi di dalam sel hidup, dengan
menggunakan sistem reproduksi yang dimiliki oleh
sel hospes
 Terminologi Virologi
Protein subunit
 Molekul protein tunggal yang
terlipat
 Satu subunit protein
tersusun atas satu rantai
polipeptida yang dikode oleh
satu gen
 molekul protein tunggal yang
diassembly dengan molekul
protein lain membentuk
kompleks protein
 Terminologi Virologi
Subunit Struktural
• Unit penyusun capsid, dapat
tersusun oleh satu atau
banyak protein subunit yang
berbeda, biasanya
dinamakan protomer.

Satu subunit struktural yang tersusun

atas 4 macam protein
 Terminologi Virologi
Unit Morfologi
• Struktur permukaan
yang dapat dilihat
dibawah mikroskop
elektron, biasanya
dinamakan capsomer.
 Terminologi Virologi
Kapsid
• Struktur shell, tersusun
atas protein subunit
teragregasi yang
mengelilingi asam
nukleat virus
 Terminologi Virologi
Nukleocapsid (core)
• Asam nukleat virus
yang dikelilingi oleh
capsid (coat)
 Terminologi Virologi
Virion
• Partikel virus komplit, dapat
berupa nukleocapsid saja
atau dilengkapi dengan
envelope
Struktur Virus
Struktur Virus
 Virion
• Struktur partikel virus lengkap disebut virion
• Virion terdiri dari inti asam nukleat yang
dikelilingi oleh lapisan protein yang disebut
kapsid dengan atau tanpa selubung di luar
kapsid
• Envelope :
- virion dengan envelope : enveloped viruses
- virion tanpa envelope : naked viruses
 Asam Nukleat
• Virus hanya memiliki satu jenis asam nukleat, DNA atau RNA,
tidak pernah memiliki keduanya
• Asam nukleat virus dapat berbentuk untai tunggal atau untai
ganda
• Berdasarkan struktus asam nukleat virus dapat
dikelompokkan :
1. Virus DNA : untai ganda dan untai tunggal
2. Virus RNA : untai ganda dan untai tunggal
 Materi genetik virus mengkode : protein struktural capsid dan
protein esensial lain yang diperlukan dalam replikasi virus.
Kapsid (Capsid)
• Mantel protein yang
mengelilingi asam nukleat
virus
• Bentuknya bergantung tipe
virus
• Batang, polihedral, T4
• Tersusun atas subunit
protein identik yaitu
kapsomer (capsomer) 
Unit morfologi
Jawetz, Melnick dan Adelberg. Medical Microbiology. Ed
24th. 2006. Mc Grawn Hill Companis : USA.
• Kapsid berfungsi :
- Melindungi asam nukleat dari pengaruh
ekstraseluler
- Mempermudah penempelan pada sel host
- Penembusan ke dalam sel
 Kapsid berbentuk : simetri heliks, simetri
ikosahedral, kompleks
Bentuk Kapsid
Berbentuk polihedral
(Ikosahedral virus)

Batang
(Helical Virus)

Struktur Komplek
(Complex Structure)
Virus Ikosahedral (Icosahedral virus)
• Ikosahedron tersusun atas 20
permukaan (masing masing
sigitiga sama sisi), 12 vertex
(puncak) dan 5 lipatan, tiga
lipatan dan dua lipatan aksis axia
simetri yang rasional.
• Vertek mempunyai 5 unit yang
bersebelahan (pentavalen) dan
yang lain mempunyai 6 unit yang
bersebelahan (hexavalent).
• Contoh : Adenovirus, Picornavirus
Campbell, Reece, Urry et all. Biology. Ed 8th
 Ikosahedral virus
• Untuk membentuk
struktur ikosahedron
dari molekul protein
yang identik dibutuhkan
60 molekul
• Setiap segitiga sama sisi
disusun oleh tiga
molekul
Virus Heliks (Helical Virus)
• Subunit-subunit protein identik
(protomer) terasembling menjadi
kapsid melalui model heliks
mengelilingi asam nukleat secara
spiral
• Kapsid heliks dikarakterisasi Campbell, Reece, Urry et all. Biology.
Ed 8th
berdasarkan panjang, lebar dan pitch
heliks serta jumlah protomer setiap
heliks
• Contoh : virus tanaman mosaik
tembakau tersusun 1000 lebih
protein (sejenis)
Jawetz, Melnick dan Adelberg. Medical
Microbiology. Ed 24th.
Virus mosaik tembakau (TMV). Kapsid terdiri atas 49 subunit protomer dan terasembling dalam 3
putaran heliks, panjang setiap putaran heliks adalah 2,3 nm. Virus lengkap memiliki ukuran
p.300X d.18 nm dan diameter cylindrical core 8 nm
Virus Komplek (Complex Virus)
• Terutama virus bakteri
• Lebih komplek dari ikosahedral
dan virus helik
• Contoh : Bakteriofag T4
kapsid komplek (kepala
ikosahedral+aparatus ekor)

Campbell, Reece, Urry et all. Biology. Ed 8th

 Envelope (selubung)
• Beberapa jenis virus, protein kapsidnya diselubungi dengan
envelope
• Envelope virus terdiri dari kombinasi lipida, protein, dan
karbohidrat
• Envelop terbentuk ketika glikoprotein dan oligosakarida
virus berasosiasi dengan membran plasma sel host
• Semua envelope memiliki phosfolipid bilayer
• Pada envelope terkadang terdapat tonjolan (spikes) yang
terdiri dari glikoprotein. Misanya pada virus influenza
 Glikoprotein
• Selubung virus
mengandung glikoprotein
• Glikoprotein pada selubung
berasal dari gen virus
• Glikoprotein permukaan
akan berinteraksi dengan
sel target dengan reseptor
seluler, berperan pada fusi
membran pada tahap
infeksi, dan sebagai antigen
virus.
 Protein Virus
• Meliputi : matrik protein, protein eskternal, protein
internal, protein regulator
• Matrik protein : selapis lapisan protein antara selubung dan
nukleokapsid.
• Protein eksternal : melindungi genom, sebagai antigen
• Protein internal : protein struktural (kapsid) dan enzim
• Enzim : DNA atau RNA polymerase
• Protein regulator  tegument , letaknya antara
nukleokapsid dan selubung, berfungsi meregulasi
transkripsi dan translasi untuk control proses viral dan
seluler
 Protein Virus
• Fungsi :
1. Transfer asam nukleat antar host
2. Melindungi inaktivasi genom oleh nuklease
3. Berperan pada proses attachment ke succeptible sel
4. Membentuk struktur simetri partikel virus
5. Karakter antigen virus
6. Enzim tertentu(RNA polimerase-Virus RNA sense negatif)
 Genom Virus
• Genom virus : asam nukleat di dalam
virion
• DNA atau RNA
• DNA dengan segmen pendek dari RNA
• DNA atau RNA dengan protein yang
berikatan secara kovalen
• Single strand, Double strand, Sirkuler atau
linier
• DNA : 3.2 kbp-375 kbp
• RNA : 7 kbp- 30 kbp
• Gambaran khusus : Unsur ulangan,
isomerisasi, 5’ terminal cap, 3’-poli A tail
 DNA Genome
• DNA genom mempermudah replikasi dan
ekspresi virus karena sistem genetik host
berbasis DNA.
• Meliputi :
- Double-Stranded DNA (dsDNA)
- Gapped DNA
- Single-Stranded DNA (ssDNA)
 RNA Genome
• RNA genom virus mengkode RNA-dependent
RNA polymerases yang memproduksi RNA
(genomes dan mRNA) dari RNA template.
• Pada retrovirus, RNA genom dapat mengalami
revers transkripsi menjadi dsDNA, kemudian
dapat ditranskripsi oleh RNA polymerase host
• Meliputi : dsRNA, + strand RNA, + strand RNA
with DNA intermediate - strand RNA
• Produk gen dan regulatori signal diperlukan
untuk :
1. Replikasi gen
2. Assembly dan packaging genom
3. Regulasi dan kinetik siklus replikasi
4. Modulasi sistem pertahanan hot
5. Penyebaran ke sel lain
 TAKSONOMI VIRUS
• Berdasarkan ICTV (International Committee on the
Taxonomy of viruses) tahun 1966, klasifikais virus
berdasarkan :
1. jenis asam nukleat
2. symetri dari capsid
3. ada atau tidaknya envelope
4. dimensi dari virion dan capsid
 Dalam taksonomi famili diakhiri viridae, ordo –
ales, genus - virus
 Taksonomi virus
• Morfologi • Karakteristik genome
– Ukuran dan bentuk • Karakteristik
– Struktur dan simetri fisikokimia
kapsid
– Ada tidaknya peplomers
• Karakteristik Protein
– Ada tidaknya amplop
Virus
• Karakteristik Antigen
• Cara replikasi
• Biological properties
 Taksonomi Virus
• Pada tahun 2011, ICTV telah menentukan 6 ordo virus
: Caudovirales, Herpesvirales, Mononegavirales,
Nidovirales, Picornavirales dan Tymovirales.
• Ordo 7 : Ligamenvirales telah diajukan.
• ICTV tidak membedakan subspecies, strains, and 
isolates.
• Total terdapat 6 ordo , 87 famili, 19 subfamili, 349
genus sekitar 2,284 species and lebih 3,000 tipe
belum diklasifikasikan
Taksonomi dan Nomenklatur
1. Morfologi
Grup Utama 2. Struktur genom
(Major Grouping) 3. Cara Replikasi

Ordo (-virales)

Famili (-viridae) Satu kata, special ending

Subfamili (-virinae)

Genus (-virus)

Spesies Lebih dari satu kata, no spesial

ending
(no specific ending)
Nomenklatur Virus

Ordo (-virales) Monomegavirales

Famili (-viridae) Paramixoviridae

Subfamili (-virinae) Pneumovirinae

Genus (-virus) Pneumovirus

Spesies Human respiratory

(no specific ending) sincityal virus
 Baltimore classification

• Dikembangkan oleh David Baltimore, 1971

• Klasifikasi famili berdasarkan tipe genom dan
cara replikasi (sintesis mRNA)
• Dalam sistem Baltimore, virus dengan genome
berupa RNA yang sama dengan mRNA dinamakan
strand positif, sedangkan yang berlawanan disebut
strand negatif.
• Virus dengan genom double strand memilki kedua
strand, positif dan negatif.
• Klasifikasi dalam sistem ini kurang lengkap, misalnya
Retroviruses yang memiliki positive strand, tetapi
dalam replikasinya menggunakan DNA sehingga
klasifikasinya tidak spesifik
www.viralzone.expasy.org
• Class I : memiliki dsDNA genome yang membuat mRNA melalui
transkripsi asymetrik.
• Class II : memiliki ssDNA genome dengan polaritas yang sama
dengan mRNA.
• Class III : memiliki dsRNA genome yang membuat mRNA melalui
transkrpsi asymmetric. Banyak yang memiliki multiple pieces of
dsRNA
• Class IV : memiliki ssRNA genome yang membuat mRNA dengan
sekuen yang identik RNA genom
• Class V : memiliki ssRNA genome yang membuat mRNA dengan
sekuen basa yang komplementer dengan RNA genom.
• Class VI : Retroviruses memiliki ssRNA genome dan DNA
intermediate
Reaksi Virus terhadap Agen Kimia dan Fisika

• Virus sangat mudah dipengaruhi faktor-faktor

luar
• Penting untuk mengetahui faktor fisik dan
kimiawi yang menghilangkan infektivitas virus
• Faktor – faktor tersebut : suhu, pH, radiasi,
bahan-bahan kimia (fenol, kresol, Hcl encer,
natrium hipoklorit)
 Reaksi Virus terhadap Agen Kimia dan
Fisika
Panas/ Dingin
• Sifat infektif umumnya hilang
50-60o C selama 30 mnt
• Virus ikosahedral lebih stabil
• Beberapa dapat diawetkan
dengan menyimpan di bawah
titik beku & tahan lipofilisasi
Stabilisasi dengan Garam
• Banyak dapat distabilkan
dengan garam pada
konsentrasi 1 mol/L
• Contoh : MgCl2
(Picornavirus & Reovirus),
MgSO4 (orthomyxovirus &
Paramyxovirus), Na2SO4
(Herpesvirus)
Reaksi Virus terhadap Agen Kimia dan Fisika

pH
• Umumnya pH 5,0 - 9,0
• Virus rentan terhadap basa
• Enterovirus resisten
terhadap asam
Radiasi
• UV, Sinar X dan partikel
berenergi menginaktifkan
virus
Reaksi Virus terhadap Agen Kimia dan Fisika

Eter Detergen
• Detergen noninonik :
• Setiap kelompok virus melarutkan lipid pada
bersifat sensitivitas amplop dan denaturasi
terhadap eter protein kapsid
• Detergen anionik : bersifat
solubel dgn amplop dan
menghancurkan polipeptida
kapsid
Reaksi Virus terhadap Agen Kimia dan Fisika

Formaldehid Antibiotik
• Sifat menginaktifasi genom • Antibiotik dan antibakteri
virus lain tidak efektif
• Bereaksi dengan asam • Telah ada antivirus
nukleat • Dibanding dengan bakteri
• Lebih mudah pada untai konsentrasi dibutuhkan
ganda lebih besar (Klorin)
• Alkohol, isopropanol, etanol
relatif tidak efektif
 Referensi
• Jawetz, Melnick dan Adelberg. Medical Microbiology. Ed
24th. 2006. Mc Grawn Hill Companis : USA.
• Campbell, Reece, Urry et all. Biology. Ed 8th
• Filelds. Virology. Ed 5th. Volume 1. Lippincots William and
Wilkims. 2007.
• Flint SJ, Enquist LW, Krug RM et al. Principles of Virology.
Molecular Biology, Pathogenesis, and Control. 2000. ASM
Press. Washington
• Wagner EK et al. Basic Virology. Ed 3th Blackwell Publishing.
USA
 Replikasi Virus

Fitri Rahmi Fadhilah, S.Si, M.Biomed

Mekanisme Penting
Replikasi Virus
1.Penempelan Virus
(Attachment)
2. Replikasi dan
Transkripsi Genom
Virus
3.Pengeluaran vRNP
dari Nukleus
4. Perakitan dan
Pelepasan Virus dari
Sel Host
ATTACHMENT ( perlekatan) :
• Bagian virus yang menempel/melekat ke
membran sel mengandung protein virus
attachment yang bersifat sangat spesifik
(VIRAL ATTACHMENT PROTEIN /V.A.P.)
terhadap RESEPTOR dari membran sel.
• Molekul Reseptor dapat berupa protein
umumnya glycoproteins - specific molecules,
atau residu gula yang ada di molekul
glycoproteins atau glycolipids (less specific).
Dua jenis interksi antara VAP dengan reseptor
yang banyak dipelajari contohnya :
ATTACHMENT ( perlekatan) :
• Beberapa virus yang
bersifat kompleks (e.g.
Poxviruses,
Herpesviruses) bisa
memiliki lebih dari satu
receptor/receptor-binding
protein, oleh karenanya
memiliki beberapa
alternatif masuknya virus
kedalam sel.
• Specific receptor binding
side dapat juga ditempeli
oleh antibodi spesifik yang
telah tertempeli partikel –
partikel virus di bagian Fc
reseptor dari permukaan
sel monosit, kondisi ini
juga menyebabkan virus
ditelan
 ATTACHMENT ( perlekatan) :

• Ada tidaknya reseptor dipermukaan sel sebagian

besar dideterminasikan sebagai suatu TROPISM
(kesukaan) dari beberapa virus,misalnya pada
beberapa tipe sel yang membuat virus dapat
bereplikasi berperan penting sebagai faktor
patogenesa virus tersebut.

• Attachment pada beberapa kasus bersifat dapat

balik(reversible), bila penetrasi tidak dapat terjadi
virus dapat dilepaskan dari permukaan sel.
Beberapa virus seperti virus influenza
mempunyai mekanisme spesifik untuk
melepaskan diri dari sel dengan adanya enzim
neuramidase, tetapi pelepasa dari sel ini
menyebabkan perubahan pada permukaan virus
yang berakibat penurunan kemampuan virus
untuk menempel lagi pada sel lain
 2.PENETRASI(PENITRATION):

Ada tiga model penetrasi yaitu :

Endocytosis, mekanisme masuknya virus
melalui engulfment dari virus dalam
vacuola fagositik, mekanisme umum
pada virus hewan.

Fusion mekanisme ini terjadi pada virus

beramplop dimana lapisan amplopnya
bersatu dengan membran plasma sel
kemudian nucleocapsid dilepas masuk ke
sitoplasma . Fusi antara amplop virus
dengan membran sel memerlukan protein
fusi virus yang ada diamplop contohnya
heamagglutinin pada virus influenza dan
glikoprotein amplop pada retrovirus.

Direct penetration (translocation), virus

masuk melalui pori dari membran plasma
 UNCOATING
Contoh uncoating pada virus yg strukturnya
sederhana :
• Picornaviruses mempunyai protein dasar yang kecil
~23 amino acids (VpG) secara kovalen melekat
pada ujung 5' dari vRNA genome
Contoh uncoating pada virus yang strukturnya
kompleks:
• Kapsid Retrovirus sanagt kompleks yang
mengandung enzim reverse transcriptase yang
bertanggung jawab mengkonversi viral RNA
genome menjadi DNA PROVIRUS. Proses tersebut
terjadi didalam partikel virus (kapsid).
• Virus-virus yang bereplikasi disitoplasma e.g.
Picornaviruses, genomenya dengan mudah dilepas
masuk ke sel, tetapi virus yang Bereplikasi
dinukleus e.g. Herpesviruses, genomnya
berasosiasi dengan nucleoproteins, yang harus
ditranspor ke membran nukleus. Transport
tersebut merupakan hasil interaksi antara
 REPLIKASI GENOM
Strategi replikasi masing-masing virus tergantung
kondisi alami genomnya. Diklasifikasikan dalam
tujuh kelompok model replikasi :
• I: Double-stranded DNA (Adenoviruses;
Herpesviruses; Poxviruses, etc)
• II: Single-stranded (+)sense DNA (Parvoviruses)
• III: Double-stranded RNA (Reoviruses;
Birnaviruses)
• IV: Single-stranded (+)sense RNA (Picornaviruses;
Togaviruses, etc)
• V: Single-stranded (-)sense RNA
(Orthomyxoviruses, Rhabdoviruses, etc)
• VI: Single-stranded (+)sense RNA with DNA
intermediate in life- cycle (Retroviruses)
• VII: Double-stranded DNA with RNA intermediate
(Hepadnaviruses)
Replikasi virus DNA
 Replikasi virus DNA
Class II: Single-stranded (+)sense DNA
(Parvoviruses):

• Replikasi terjadi di
nucleus, melibatkan
pembentukan suatu
utas (-)sense yang
bertindak sebagai
template bagi
dibuatnya utas
(+)sense.
 Replikasi virus DNA
Class VII: Double-stranded DNA with RNA intermediate
(Hepadnaviruses):
• Kelompok virus ini memerlukan enzim reverse
transcriptase,tetapi tidak seperti
Retrovirus,pembentukan RNA intermediate terjadi
dalam partikel virus saat proses maturasi. Saat
menginfeksi sel inang baru, genom virus akan
memperbaiki gap yang ada dan melanjtkannya dengan
proses transkripsi.
• Agar replikasi genomberlangsung sukses, virus
mempresentasikan mRNAke sel inang dan selanjutnya
di translasi menjadi protein virusdengan beberapa
cara :
– d/s DNA viruses release their genome into the
nucleus and rely on the cellular machinery for
transcription.
– (+)sense RNA viruses have genomes which
serve directly as mRNA (except retroviruses!)
– (-)sense RNA viruses must carry with them
virus-coded enzymes for RNA-dependent
RNA replication, since uninfected cells do not
posses these enzymes.
 Replikasi virus DNA

5. TRANSLASI
Translasi mRNAs mejdai protein
berlangsung di sitoplasma di
ribosom dan dihasilkan protein
struktural dan protein kontrol dari
virus.
 Replikasi virus DNA
6. REPLIKASI
• Replikasi asam inti (NA) virus terjadi
dinucleus, kecuali iridovirus dan
poxvirus. In these, the NA replicates in
the cytoplasm so that DNA synthesis and
viral protein synthesis occur in a
common cytoplasmic factory.
• Cellular DNA polymerase is involved in
replication of viral NA, except for the
larger DNA viruses which code for their
own DNA polymerase Control of viral
replication is achieved by tight regulation
of gene expression. The methods used
depend on nature of the virus
genome/replication strategy, e.g:
Segmented genomes are usually
transcribed to produce monocistronic
mRNAs. One advantage of
monocistronic mRNAs is that various
7. ASSEMBLY/PERAKITAN
Involves the assembly of all the components
necessary for the formation of the mature
virion at a particular site in the cell. During
this process, the basic structure of the virus
is formed.

The site of assembly varies for different

viruses, e.g:
Picornaviruses, Poxviruses, Reoviruses - In
the cytoplasm.

Adenoviruses, Papovaviruses, Parvoviruses

- In the nucleus.

Retroviruses - On the inner surface of the

 Replikasi virus DNA
MATURATION
• The stage of the life-cycle at which the virus becomes
infectious. Usually involves structural changes in the particle,
often resulting from specific cleavage of capsid proteins to
form the mature products, which frequently leads to a
conformational change in the capsid, or the condensation of
nucleoproteins with the genome. For some viruses, assembly
and maturation are inseparable, whereas for others,
maturation may occur after the virus particle has left the cell.
 Replikasi virus DNA  
8.RELEASE /Pelepasan Virus
The DNA viruses are released mainly by cytolysis.
Herpesviruses bud from the nuclear membrane into
channels that lead to intercellular spaces.
• Since most DNA viruses, except poxviruses and
iridoviruses, use cellular DNA transcriptases and
polymerases, their extracted DNA can be infectious
under favorable conditions. Poxviruses require their own
virion-associated enzymes for multiplication, hence their
extracted DNA in the absence of these enzymes is not
infectious.
 Replikasi virus DNA  
• For lytic viruses (most non-enveloped viruses), release is a
simple process - the cell breaks open and releases the virus.
• Enveloped viruses acquire the lipid membrane as the virus
buds out through the cell membrane. Virion envelope
proteins are picked up during this process as the virus is
extruded. Budding may or may not kill the cell, but is
controlled by the virus - the physical interaction of the capsid
proteins on the inner surface of the cell membrane forces the
particle out through the membrane: