MIKROBIOLOGI FARMASI

Retno Wahyuningrum
KONTRAK PERKULIAHAN
 AGENDA PERKULIAHAN
Minggu ke- Tanggal Topik

1 27 April 2020 Pertumbuhan mikroba

2 4 Mei 2020 Pengendalian Mikroba
3 11 Mei 2020 Metode pengukuran pertumbuhan
mikroba
4 18 Mei 2020 Patogenitas mikroba
 PUSTAKA
• Denyer SP, Hodges NA, Gorman SP, 2004, Hugo and
Russell’s: Pharmaceutical Microbiology, 7th edition,
Blackwell Science
• Denyer, S. P.; Baird, R. M.; Hodges, Norman A.,
Handbook of Microbiological Quality Control, Taylor &
Francis
• Irving, W., dkk, 2005, Medical Microbiology, Instan
Notes, Taylor and Francis, New York
• Pratiwi, S.T., 2008, Mikrobiologi Farmasi, Erlangga,
Jakarta
 Ketentuan perkuliahan
• Kuliah daring menggunakan platform Google
Classroom
• Semua mahasiswa wajib mengikuti sesuai jadwal
kuliah (atau jadwal yang disepakati)
• Mahasiswa dipersilakan membaca slide dan
mendengarkan penjelasan melalui suara pada file ppt
• Mahasiswa diperbolehkan bertanya secara tertulis di
Google classroom
• Akan terdapat kuis dan tugas saat perkuliahan
 Aturan main komunikasi
• Komunikasi terkait perkuliahan (perubahan jadwal,
materi, pengumpulan tugas, dsb) dilakukan oleh
mahasiswa penanggung jawab mata kuliah dengan
dosen
• Komunikasi terkait hal lain (konfirmasi nilai, ujian susulan,
dsb) dapat dilakukan oleh mahasiswa dengan dosen
• Semua komunikasi tersebut di atas harus memperhatikan
etika
• Etika WA/sms : salam, sebut nama, NIM, kelas,
maksud/isi pesan, terima kasih, salam penutup
SELAMAT BELAJAR, SEMOGA
MENDAPAT ILMU YANG
BERMANFAAT
1. Pertumbuhan Mikroorganisme
 Definisi Pertumbuhan

Pertumbuhan : pertambahan teratur semua komponen

suatu organisme

Pertumbuhan : penambahan biomassa akibat adanya

pembelahan sel atau reproduksi

• Multiplikasi sel adalah konsekuensi pertumbuhan

 Pertumbuhan mikroorganisme

• Ciri khas reproduksi bakteri adalah pembelahan biner (binary

fission); dari satu sel bakteri dapat dihasilkan dua sel anakan
yang sama besar

• Bila sel tunggal bakteri bereproduksi dengan pembelahan

biner, maka populasi bakteri bertambah secara geometrik
1 → 2 → 22 → 23 → 24 ..... 2n
 Growth of Microbial Populations

Image: Pearson Education Inc. (2004) publishing as Benjamin Cummings

 Waktu Generasi

Interval waktu yang dibutuhkan bagi sel untuk

membelah diri atau untuk populasi menjadi
bertambah dua kali lipat
 Calculation of Generation Time
Log Number of
Bacteria

Double #
cells
Log phase

Generation time

1 5 10
Time (hours)
 Slope of Log phase proportional to
generation time

Fast
Log Number of
bacteria

Medium

Doubling number Slow

Time (hours)
 Generation Time Under Optimal
Conditions (at 37 C) o

Organism Generation
Time (minute)
Bacillus cereus 28

Escherichia coli 12.5

Staphylococcus aureus (causes many infections: toxic shock syndrome one example) 27-30

Mycobacterium tuberculosis (agent of Tuberculosis) 792 – 932

Treponema pallidum (agent of Syphilis) 1,980

Pertumbuhan Mikroba pada Biakan
 Fase Pertumbuhan Mikroba

1. Fase Lag
2. Fase Log
3. Stationary
, Fase
Stasioner
4. Death,
Fase
Kematian
 Fase Pertumbuhan Mikroorganisme
1. Fase Lag
Fase adaptasi, yaitu fase penyesuaian mikroorganisme pada
suatu lingkungan baru
2. Fase log (eksponensial)
Fase dimana mikroorganisme tumbuh dan membelah pada
kecepatan maksimum, tergantung pada genetika mikroba,
sifat media dan kondisi pertumbuhan
3. Fase Stasioner
Pertumbuhan mikroorganisme berhenti dan terjadi
keseimbangan antara jumlah sel yang membelah dengan
jumlah sel yang mati
4. Fase kematian
Jumlah sel yang mati meningkat. Faktor penyebab : nutrisi
habis dan akumulasi produk buangan yang toksik
PENGARUH LINGKUNGAN TERHADAP
PERTUMBUHAN MIKROBA
Pengaruh faktor lingkungan pada
pertumbuhan
Pengaruh faktor fisik pada
pertumbuhan
a. Temperatur
 Categories of Microbes Based on Temperature Range

Image: Pearson Education Inc. (2004) publishing as Benjamin Cummings

 Pengelompokan mikroorganisme
berdasarkan kisaran temperatur tumbuh

Psikrofil Mesofil Termofil

• Tumbuh pada • Tumbuh pada • Tumbuh pada
temperatur maksimal temperatur minimal 15- temperatur minimal
20°C, optimal 0-15°C 20°C, optimal 20-45°C, 45°C, optimal 55-65°C,
• Banyak diisolasi dari maksimal 45°C maksimal 100°C
habitat arktik dan • Hampir semua • Enzim dan protein
antartik mikroorganisme sintesis berfungsi pada
• Contoh : Pseudomonas, patogen pada manusia temperatur tinggi
Flavobacterium
 Effects of Temperature on Growth

40oF 77oF 95oF

Most of our plates are incubated at 37 oC (98.6oF).

Conversion C to F = 1.8xC + 32
http://www.sciencemadesimple.com/conversions.html

Image: Pearson Education Inc. (2004) publishing as Benjamin Cummings

Extreme _______________

Thermophiles produce
Grand Prismatic some of the bright colors
Spring, Yellowstone
(the orange colors) seen in
National Park
hot springs.

How do they tolerate

the high temperatures?
• cell membranes don’t contain
fatty acids
• special enzymes fold their
DNA into special heat-stable
coils
• enzymes themselves are heat
stable with extra bonds
between amino acids.
 b. Derajat keasaman (pH)

• Dibagi dalam 3
golongan:
1. Asidofil (1,0-5,5)
2. Neutrofil (5,5-8,0)
3. Alkalifil (8,5-11,5)
 Helicobacter pylori

• Gram-negative, microaerophilic, and acidophilic bacterium.

• Can thrive in the stomach and upper small intestines and cause
ulcers.
• However, many who are infected do not show any symptoms.
• Helicobacter spp. only known microorganisms to thrive in highly
acidic environment of stomach.
 c. Tekanan Osmosis

• Dibagi dalam 3
golongan:
1. Nonhalofil
2. Moderat
halofil
3. Halofil
ekstrim
 Osmotic
Pressure

Many bacteria can be plasmolyzed by high

concentrations of solutes.

The water moves out of the bacterium and it

dies of ‘hyperosmostic shock’ (desiccation).

Photo: Journal of Bacteriology

http://jb.asm.org/content/vol188/issue10/cover.shtml

Why can you keep honey on the cupboard

for months, even years, without it spoiling?
 Pengaruh Faktor Fisik pada Pertumbuhan:
Oksigen

Obligate Obligate Facultative Microaerophile Aerotolerant

Aerob Anaerob anaerobe
Membutuhkan Tidak Menggunakan Organisme Tidak
O2 sbg syarat mentoleransi O2 sebagai tumbuh baik menggunakan
utama adanya O2 pernapasan dengan O2 oksigen
metabolisme kurang dari
20%
Sebagai Tumbuh dari Fermentasi sbg O2 pada Tidak mati
akseptor proses alternatif tetapi konsentrasi dengan adanya
terminal utama fermentasi deg laju tinggi toksik oksigen
elektron pertumbuhan bagi
rendah mikroorganisme
 d. Oksigen

Aerobic and anaerobic bacteria can be identified by growing them in liquid culture:
1: Obligate aerobic bacteria gather at top of test tube to absorb maximal amount of oxygen.
2: Obligate anaerobic bacteria gather at bottom to avoid oxygen.
3: Facultative anaerobes gather mostly at the top, since aerobic respiration is most beneficial; but as
lack of oxygen does not hurt them, they can be found all along the test tube.
4: Microaerophiles gather at upper part of test tube, not at top. Require O 2, but at low concentration.
5: Aerotolerant bacteria are not affected by oxygen, and they are evenly spread along the test tube.
 e. Radiasi

 
                                               
Pengaruh Faktor Fisik pada Pertumbuhan:
Radiasi

• Radiasi yang berbahaya untuk mikroorganisme adalah radiasi

pengionisasi (ionizing radiation)
• Radiasi pengionisasi yaitu radiasi dari λ yang sangat pendek
dan berenergi tinggi yang dapat menyebabkan atom
kehilangan elektron
• Pada level rendah, radiasi pengionisasi mengakibatkan mutasi
• Pada level tinggi, pengaruh radiasi bersifat letal
• Radiasi sinar ultraviolet menyebabkan terbentuknya dimer
timin dalam DNA sehingga menghambat replikasi DNA
Pengaruh faktor kimia pada
pertumbuhan
 a. Nutrisi
• Nutrisi : substansi yang diperlukan untuk biosintesis
dan pembentukan energi
 Nutrition – Carbon
Four Basic Groups of Organisms
Organisms can be categorized based on energy source & carbon (organic molecule)
source.

inorganic
source

Autotroph means organism can make its own food

organic
molecules

Heterotrophs break down materials that they obtain from other organisms
Image: Pearson Education Inc. (2004) publishing as Benjamin Cummings
MEDIA PERTUMBUHAN
MIKROBA
• Media pertumbuhan mikroorganisme adalah suatu
bahan yang terdiri dari campuran zat-zat makanan
(nutrisi) yang diperlukan mikroorganisme untuk
pertumbuhannya.
• Mikroorganisme memanfaatkan nutrisi media berupa
molekul-molekul kecil yang dirakit untuk menyusun
komponen sel
Bahan-bahan media pertumbuhan
Bahan Dasar
• Air (H2O) sebagai pelarut
• Agar (dari rumput laut) yang berfungsi untuk pemadat media.
Agar sulit didegradasi oleh mikroorganisme pada umumnya
dan mencair pada suhu 45°C.
• Gelatin juga memiliki fungsi yang sama seperti agar. Gelatin
adalah polimer asam amino yang diproduksi dari kolagen.
Kekurangannnya adalah lebih banyak jenis mikroba yang
mampu menguraikannya dibanding agar.
• Silica gel, yaitu bahan yang mengandung natrium silikat.
Fungsinya juga sebagai pemadat media. Silica gel khusus
digunakan untuk memadatkan media bagi mikroorganisme
autotrof obligat
Nutrisi
Media harus mengandung unsur-unsur yang diperlukan untuk
metabolisme sel yaitu berupa unsur makro seperti C, H, O, N, P;
unsur mikro seperti Fe, Mg dan unsur pelikan/trace element.

1. Sumber karbon dan energi yang dapat diperoleh berupa

senyawa organik atau anorganik esuai dengan sifat mikrobanya.
Jasad heterotrof memerlukan sumber karbon organik antara lain
dari karbohidrat, lemak, protein dan asam organik.
2. Sumber nitrogen mencakup asam amino, protein atau
senyawa bernitrogen lain. Sejumlah mikroba dapat
menggunakan sumber N anorganik seperti urea.
3. Vitamin-vitamin.
Bahan tambahan
• Bahan-bahan tambahan yaitu bahan yang
ditambahkan ke medium dengan tujuan tertentu,
misalnya :
1.Phenol red (indikator asam basa) ditambahkan
untuk indikator perubahan pH akibat produksi asam
organik hasil metabolisme.
2.Antibiotik ditambahkan untuk menghambat
pertumbuhan mikroba nontarget/kontaminan
Bahan yang sering digunakan dalam
pembuatan media
1. Agar
Agar dapat diperoleh dalam bentuk batangan, granula atau bubuk
dan terbuat dari beberapa jenis rumput laut. Kegunaannya
adalah sebagai pemadat (gelling). Jika dicampur dengan air
dingin, agar tidak akan larut. Untuk melarutkannya harus diasuk
dan dipanasi, pencairan dan pemadatan berkali-kali atau
sterilisasi yang terlalu lama dapat menurunkan kekuatan agar,
terutama pada pH yang asam
2. Peptone
Peptone adalah produk hidrolisis protein hewani atau nabati seperti
otot, liver, darah, susu, casein, lactalbumin, gelatin dan kedelai.
Komposisinya tergantung pada bahan asalnya dan bagaimana
cara memperolehnya.
3. Meat extract
Meat extract mengandung basa organik terbuat dari otak, limpa,
plasenta dan daging sapi.

4. Yeast extract.
Yeast extract terbuat dari ragi pengembang roti atau pembuat
alcohol. Yeast extract mengandung asam amino yang lengkap &
vitamin (B complex).

5. Karbohidrat
Karbohidrat ditambahkan untuk memperkaya pembentukan
asam amino dan gas dari karbohidrat. Jenis karbohidrat yang
umumnya digunakan dalam amilum, glukosa, fruktosa,
galaktosa, sukrosa, manitol, dll. Konsentrasi yang ditambahkan
untuk analisis fermentasi adalah 0,5-1%
 Media Kultur
• Media kultur : bahan nutrisi yang digunakan untuk
pertumbuhan mikroorganisme di laboratorium
 Defined Media (synthetic media)
• Media yang komponen penyusunnya sudah diketahui
atau ditentukan
• Biasanya digunakan dalam penelitian untuk
mengetahui kebutuhan nutrisi mikroorganisme
• Contoh : Media untuk E.coli
Glukosa 1,0 g/L
Na2PO4 16,4 g/L
KH2PO4 1,5 g/L
(NH4)2.7H2O 2,0 g/L
CaCl2 200,0 mg/L
FeSO4 10,0 mg/L
pH akhir 6,8-7,0
 Media kompleks (complex media)

• Merupakan media yang tersusun dari komponen yang secara

kimia tidak diketahui dan umumnya diperlukan karena
kebutuhan nutrisi mikroorganisme tertentu tidak diketahui
• Contoh : ekstrak daging (mengandung asam amino, peptida,
nukleotida, asam organik, vitamin, mineral), ekstrak
khamir/yeast ekstrak (sumber vitamin B), pepton (merupakan
hidrolisat protein, didapat dari digesti parsial daging, kasein,
bubuk kedelai, gelatin dan sumber protein lain yang berperan
sebagai sumber energi, C dan N)
• Contoh : Nutrient Broth/agar (NB atau NA), Tryptic Soya Broth
(TSB)/ Tryptic Soya Agar (TSA), MacConkey Agar
 Media Umum (general media)
• Media pendukung bagi banyak pertumbuhan
mikroorganisme
• Contoh : TSB, TSA
 Media Penyubur (enrichment media)
• Media yang berguna untuk mempercepat
pertumbuhan mikroorganisme tertentu
• Digunakan bila ingin menumbuhkan salah satu
mikroorganisme dari kultur campuran
• Menggunakan bahan atau zat yang serupa dengan
habitat tempat mengisolasi mikroorganisme tsb
• Contoh : Blood Tellurite Agar, Bile Agar, Serum Agar,
 Media Selektif (selective media)

• Media yang mendukung pertumbuhan

mikroorganisme tertentu (seleksi) dengan
menghambat pertumbuhan mikroorganisme yang lain
• Contoh : pada media ditambahkan bahan
penghambat pertumbuhan misal bile salt dan dye
yang akan menghambat pertumbuhan bakteri Gram
positif dan tidak memberi efek pada bakteri Gram
negatif
• Contoh : antibiotik dan selulosa untuk mengisolasi
bakteri pendegradasi selulosa
 Media diferensial
• Digunakan untuk membedakan kelompok
mikroorganisme dan bahkan dapat digunakan untuk
identifikasi
• Contoh media agar darah untuk membedakan bakteri
hemolitik
• Contoh lain : TSIA (Triple Sugar Iron Agar) yang
mampu memilih Enterobacteria berdasarkan bentuk,
warna, ukuran koloni dan perubahan warna media di
sekeliling koloni
 Media Khusus
• Contoh media untuk bakteri anaerob
• Biasanya ke dalam media tersebut ditambahkan
bahan yang dapat mereduksi kandungan O2 dengan
cara pengikatan kimiawi, contoh : natioglikolat,
sistein, asam askorbat
 KULTUR MURNI/PURE CULTURE

• Pure Culture: Contains a single microbial species.

• Most clinical and environmental specimens contain
several different microorganisms.
• To obtain a pure culture, individual organisms must be
isolated.
• The most common method of isolation is the streak plate
, in which a sterile loop is inserted into a sample and
streaked onto a plate in a pattern, to obtain individual
colonies
• Colony: A group of descendants of an original cell
• Koloni : kumpulan sel pada medium kultur yang berasal
dari hasil pertumbuhan atau keturunan dari satu sel
Pertumbuhan pada Cawan Petri
 Beberapa contoh foto pertumbuhan koloni pada
media padat (di cawan petri)

• https://microbiologysociety.org/why-microbiology-matters/what-is-
microbiology/bacteria/observing-bacteria-in-a-petri-dish.html
 Pertumbuhan pada Agar Miring
• Ciri-ciri koloni diperoleh dengan menggoreskan jarum
inokulum tegak dan lurus
 Pertumbuhan pada Agar Tegak
• Cara penanaman adalah dengan menusukkan jarum
inokulum needle ke dalam media agar tegak
 ISOLASI MIKROBA
• Di alam populasi mikroba tidak terpisah sendiri menurut
jenisnya, tetapi terdiri dari campuran berbagai macam sel.
• Di dalam laboratorium populasi bakteri ini dapat diisolasi
menjadi kultur murni yang terdiri dari satu jenis yang dapat
dipelajari morfologi, sifat dan kemampuan biokimiawinya
 Isolasi dengan cara pengenceran

1) Teknik preparasi suspensi

•Swab
•Rinse
•Maserasi
2) Teknik pengenceran bertingkat
3) Teknik penanaman
•Dari suspensi (spread dan pour plate)
•Dengan goresan (streak dan quadrant streak
inoculation)
 Teknik Swab
• Swab (ulas), dilakukan menggunakan cotton bud steril
pada sampel yang memiliki permukaan luas dan pada
umumnya sulit dipindahkan atau sesuatu pada benda
tersebut.
• Contohnya adalah meja, batu, batang kayu dll. Caranya
dengan mengusapkan cotton bud memutar sehingga
seluruh permukaan kapas dari cotton bud kontak dengan
permukaan sampel.
• Swab akan lebih baik jika cotton bud dicelupkan terlebih
dahulu ke dalam larutan atraktan semisal pepton water.
 Teknik Rinse

• Rinse (bilas) ditujukan untuk melarutkan sel-sel

mikroba yang menempel pada permukaan substrat
yang luas tapi relatif berukuran kecil, misalnya daun
bunga dll.
• Rinse merupakan prosedur kerja dengan
mencelupkan sampel ke dalam akuades dengan
perbandingan 1 : 9 (w/v).
• Contohnya sampel daun diambil dan ditimbang 5 g
kemudian dibilas dengan akuades 45 ml yang
terdapat dalam beaker glass.
 Maseration
• Maseration (penghancuran), sampel yang berbentuk
padat dapat ditumbuk dengan mortar dan pestle
sehingga mikroba yang ada di permukaan atau di
dalam dapat terlepas kemudian dilarutkan ke dalam
air.
• Contoh sampelnya antara lain bakso, biji, buah dll.
• Perbandingan antar berat sampel dengan
pengenceran pertama adalah 1 : 9 (w/v). Unutk
sampel dari tanh tak perlu dimaserasi
 Teknik Penanaman : Spread Plate
• Spread plate adalah teknik menanam dengan
menyebarkan suspensi bakteri di permukaan agar
diperoleh kultur murni
 Teknik Penanaman : Pour Plate
• Pour Plate (agar tuang)
• Teknik ini memerlukan agar yang belum padat (>45°C) untuk
dituang bersama suspensi bakteri ke dalam cawan petri lalu
kemudian dihomogenkan dan dibiarkan memadat.
• Hal ini akan menyebarkan sel-sel bakteri tidak hanya pada
permukaan agar saja melainkan sel terendam agar (di dalam
agar) sehingga terdapat sel yang tumbuh dipermukaan agar
yang kaya O2 dan ada yang tumbuh di dalam agar yang tidak
banyak begitu banyak mengandung oksigen
Perbedaan spread plate dan pour plate
Teknik Penanaman dengan Goresan
(Streak)
• Bertujuan untuk mengisolasi mikroorganisme dari
campurannya atau meremajakan kultur ke dalam
medium baru.
• Goresan sinambung, goresan T, goresan kuadran

Goresan sinambung Goresan T

Goresan kuadran
 Pengawetan Mikroba

• Preservasi (pengawetan) jangka pendek dilakukan

untuk keperluan rutin penelitian yang disesuaikan
dengan kegiatan program atau proyek tertentu.
• Preservasi jangka panjang dilakukan dalam
kaitannya dengan koleksi dan konservasi plasma
nutfah mikroba, sehingga apabila suatu saat
diperlukan, dapat diperoleh kembali atau dalam
keadaan tersedia
• Macam-macam metode : Refrigeration. deep
freezing, freezing under liquid nitrogen and
lyophilization.
 Refrigeration
• Live cultures on a culture medium can be successfully stored
in refrigerators or cold rooms maintained at 4ºC.
• Generally, the metabolic activities of the microorganisms will
be greatly slowed down at this temperature.
• Storing cultures in a refrigerator at a temperature of 4ºC, slows
growing protects from damage due to evaporation of medium
and preserve the culture.
• Thus growth will occur slowly, nutrients will be utilized and
waste products produced, which will eventually kill the
microorganisms.
• So subculturing of refrigerated cultures is to be carried
out at regular intervals. In the case of bacteria, subculturing
should be done at intervals of 2-3 weeks.
• In the case of fungi, regular subculturing is necessary at
intervals of 3-4 months.
 Deep Freezing
• Cultures can be preserved for several years in glycerol at
40ºC in a deep freezer.
• In this method approximately 2 ml of the glycerol solution is
added onto the agar slope culture by shaking.
• The culture suspension is transferred into each ampoule which
is placed in a mixture of industrial methylated spirit and CO2
and is freezed rapidly to -70ºC.
• Ampoules are removed from the mixture and placed directly
into a deep freezer at 40ºC.
• During transfer from these stock cultures, tubes are placed to
water bath at 45ºC for a few seconds or until the suspensions
melt and are aseptically streaked onto agar plates
 Freezing Under Liquid Nitrogen
• Freezing in liquid nitrogen at temperature of -196ºC also
suspends metabolism of cells and these survive unchanged for
long periods.
• In this method, cell suspension in the presence of a stabilizing
agent such as glycerol or dimethyl sulfoxide, that prevents the
formation of ice crystals which may kill frozen cells, is sealed
into small ampoules and stored in liquid nitrogen refrigerator.
• Most species of bacteria can remain viable for 10-30 years or
even more without undergoing change in their characteristics.
• The liquid nitrogen method has been successful with many
species that cannot be preserved by lyophilization
 Lyophilization
• Lyophilization or freeze drying is the rapid dehydration of
organisms while they are in a frozen state.
• Most of the microbes are protected from the damage caused
with water loss by this method.
• Because metabolism requires water, the organisms are in a
dormant state and can retain viability for over 30 years
unchanged in their characteristics.
• In this technique, the culture is rapidly frozen at -70ºC and
then dehydrated by vacuum and the tubes containing freeze
dried cultures are sealed and stored in the dark at 4ºC in
refrigerators.
• It is the most satisfactory method of long term preservation of
microorganisms. It’s universally used for the preservation of
bacteria, viruses, fungi etc. Lyophilized cultures are revived by
opening the vials adding liquid medium and transferring the
culture to a suitable growth medium
Refrigerator

Liquid nitrogen preservation

Deep freezer
Any question?