NUTRISI MIKROORGANISME

Dr. Wilis Ari Setyati, Msi.

 Mengapa Mikroba membutuhkan
Nutrisi?
Mendapatkan Energi

Tumbuh
Aktivitas metabolisme

Replikasi

Komponen sel baru

 Pertumbuhan Mikroba
 Memanipulasi pertumbuhan penting untuk :
 Pengendalian infeksi
 Pertumbuhan industri dan organisme bioteknologi
Jenis Energi Utama Yang melakukan
Metabolisme
 Kelompok Mikroba Berdasarkan Energi
yang Ditangkap dan Sumber Karbon

• AUTOTROF: mengunakan karbon

dioksida untuk mensintesa molekul
organik

• Dapt dibagi 2, yaitu:

1. Fotoautotrof: memperoleh energi dari
cahaya
2. Kemmoautof: memperoleh energi dari
mengoksidasi bahan inorganik yang
sederhana
Kelompok Mikroba Berdasarkan Energi
yang Ditangkap dan Sumber Karbon

• HETEROTROF: Mengambil karbondioksida dari molekul

organik yang telah tersedia

• Ada 2 jenis, yaitu:

1. Fotoheterotrof: memperoleh energi kimia dari cahaya
2. Kemoheterotrof: memperoleh energi dari bahan organik
yang telah terurai
 Contoh Sumber Energi

Jenis Sumber Energi Sumber Karbon Contoh

Fotolitotrof Cahaya CO2 Algae, Bakteri sulfur

ungu, bakteri sulfur
hijau

Fotoorganotrof Cahaya Bahan organik Bakteri non sulfur

ungu

Kemolithotrof Oksidasi bahan   Bakteri nitrifikasi,

inorganik bakteri besi, bateri H2

Kemoorganotrof Oksidasi bahan Bahan organik Bakteri secara umum,

organik jamur, protozoa
Untuk memahami kebutuhan nutrisi

mikroba, sangat penting intuk memahami

komposis kimia sel mikroba
 Nutrisi Mikroba

 Nutrisi
o Mensupply monomer (atau prekursor)
o Dibutuhkan untuk pertumbuhan sel

 Nutrisi makro
 Elemen yang dibutuhkan oleh tubuh dalam jumlah besar

 Nutrisi mikro :
- dibutuhkan dalam jumlah sedikit (trace elements)
 Elemen anorganik
 Dibutuhkan dalam jumlah sedikit
 Biasanya sebagai kofaktor enzim
 Misal : besi
 Komposisi Nutrisi Utama Sel Mikroba
Unsur % Bentuk bahan kimia yang digunakan Fungsi fisiologi
BK mikroba
C 50 Bahan organik , CO, CO2 Konstituen utama bahan penusun sel
protein, asam nukleat, lemak,
O 20 Bahan organik, H2O ,O2, CO2 Karbohidrat dan lainnya
N 14 Bahan organik, NH4+, NO3-, N2

H 8 Bahan organik, H2O, H2

P 3 HPO42- Asam nukleat, fosfolipid, asam teichoic,

koenzim
S 1 Bahan organik sulfur , SO42-, protein, koenzim
HS-, S0, S2O32-
k 1 K+ Kation inorganik utama, kofaktor enzim

Na 1 Na+ transportasi, tranduksi energi

Ca 0.5 Ca2+ Kofaktor enzim, mengikat dinding sel

Mg 0.5 Mg2+ Kofaktor enzim, mengikat dinding sel,

membran & ester fosfat
Cl 0.5 Cl- Anion inorganik utama

Fe 0.2 Fe2+, Fe3+ sitokrom, ferredoxin, kofactor

 Nutrisi Makro

 Karbon
 50% dari berat kering sel
 Pembentuk molekul organik, sumber energi
 Dibutuhkan bagi protein, gula, lemak untuk membentuk struktur sel
 Kemoheterotrof: mendapatkan C dari gula, asam organik, lemak,
protein, atau bahan oranik lainnya
 Kemoautotrof: mendapat C dari CO
2

 Nitrogen
 12% dari berat kering sel
 Pada asam amino dan protein
 Dibutuhkan bagi protein, DNA, RNA
 Kebanyakan bakteri mendapat nitrogen dari protein yang
didekomposisi
 Beberapa bakteri menggunakan nitrat atau ammonium
 Sedikit bakteri menggunakan N dalam pengikatan nitrogen
2
(nitrogen fixing organisms)
 Nutrisi Makro

 Sulfur
 Pada asam amino, thiamine and biotin
 Sulfur untuk protein (enzim) dan vitamin
 Kebanyakan bakteri mendekomposisi protein
 Beberapa bakteri mengunakan ion sulfat (SO -2) atau hidrogen
4
sulfida (H2S)
 Fosfor
 Fosfor untuk ATP, DNA, RNA, dan membran
 Penting bagi fosfolipid, asam nukleat dan ikatan energi
fosfat yang tinggi
 Ion fosfat (PO -3) adalah sumber fosfat
4
 Nutrisi Makro : Besi (Fe)

Memainkan peranan penting dalam respirasi seluler

 Komponen kunci dari sitokrom dan protein besi sulfur (Fe-S)
yang digunakan untuk transport elektron
 Ferrous (Fe2+) bersifat larut  kondisi anorganik
 Ferric (Fe3+) tidak larut  kondisi organik

Untuk mendapatkan besi dari berbagai mineral yang

tidak larut, sel akan menghasilkan suatau agen yang
disebut siderofor yang dapat mengikat besi dan
mengangkutnya ke dalam sel.
 Disebut enterobaktin
A Microbial Periodic Table of the Elements

Figure 5.1
 Nutrisi Mikro yang Dibutuhkan Sel Mikroba
Element Chemical form Physiological functions
used by the
microbe
Mn Mn2+ superoxide dismutase, photosystem II

Co Co2+ coenzyme B12

Ni Ni+ hydrogenase, urease

Cu Cu2+ cytochrome oxidase, oxygenase

Zn Zn2+ alcohol dehydrogenase, aldolase, alkaline

phosphatase, RNA and DNA polymerase, arsenate
reductase
Se SeO32- formate dehydrogenase, glycine reductase

Mo MoO42- nitrogenase, nitrate reductase, formate

dehydrogenase, arsenate reductase
W (tungsten) WO42- formate dehydrogenase, aldehyde oxidoreductase
 Faktor Pertumbuhan

 Senyawa organik yang dibutuhkan dalam jumlah yang

sangat sedikit

 Merupakan senyawa kimia yang tidak dapat disintesis

oleh mikroorganisme

 Senyawa oganik yang dapat diperoleh dari lingkungan

 Contoh : Vitamin, asam amino, purin dan pirimidin
Kultur Mikroorganisme
 Media Kultur

Media kultur adalah :

nutrien yang digunakan untuk pertumbuhan mikroba di
laboratorium

Terbagi 2 golongan besar :

– Defined media:
media yang komposisi kimianya diketahui
– Complex media:
media yang komposisi kimianya tidak diketahui
Contoh : yeast, meat extracts, Tryptic Soy broth (TSB), TSA
Defined medium – exact makeup is known
 Media Kultur

Media Selektif
Media yang berisi senyawa-senyawa kimia yang secara
selektif menghambat prtumbuhan beberapa mikroba tetapi
tidak mikroba yang lain.

Media Diferensial
Media yang berisi senyawa kimia sebagai indikator,
biasanya dapat mendeteksi reaksi kimia yang terjadi
selama pertumbuhan mikroba
 Media Pertumbuhan Prokariotik

 Berisi nutrien yang diperlukan untuk pertumbuhan mikroba

 Sumber Energi
 Berisi makronutrien yang esensial
 Berisi mikronutrien yang esensial
 Faktor pertumbuhan

 Sterilisasi
 Bebas dari mikroba
 Inokulasi secara aseptik
 Media Selektif
 Menekan pertumbuhan
mikroba yang tidak
diinginkan
 Berisi komponen/kondisi
yang menekan pertumbuhan
beberapa prokariot dan
membiarkan mikroba yang
diinginkan tumbuh
 Menghambat pertumbuhan
mikoba yang tidak
dikehendaki
 Digunakan untuk
menyeleksi grup mikroba
yang spesifik
 Misal : media MacConkey
menekan pertumbuhan
bakteri Gram + dan
merangsang pertumbuhan
enteric bacteria
 Media Diferensial
 Memudahkan untuk mengenal
koloni dari mikroba yang
berbeda
 Mengadung senyawa kimia
yang dapat mmbedakan
secara spesifik jenis
prokariotik
 Pewarna yang ditambahkan
pada media dapat
membedakan satu orgnisme
dengan organisme yang lain
 Contoh : media agar darah
digunakan untuk
membedakan organisme
hemolitik dengan organisme
non hemolitik
 Pertumbuhan pada media MacConkey Agar
Selektif = Gram positif terhambat, hanya gram negatif yang tumbuh
Differential – lactose fermenting

Escherichia coli (E.coli) = gram - Salmonella typhimirium = gram -

 KULTUR DI LABORATORIUM

Sel dapat tumbuh di media cair atau padat

Mikroba ada dimana-mana maka :
– Sterilisasi media sangat penting
– Teknik aseptik harus diperhatikan (Lihat Gambar)
Teknik Aseptik
 KULTUR DI LABORATORIUM

Teknik kultur murni :

–Streak plate (lihat gambar)
–Pour plate
–Spread plate
Metode streak mikroba untuk membuat kultur
murni
Metabolisme Mikroorganisme
Salah satu ciri makhluk hidup adalah melakukan
metabolisme
Metabolisme adalah :
Total dari semua reaksi
kimia yang terjadi di
dalam sel.

Metabolisme terbagi dua :

1. Anabolisme
2. Katabolisme
 Perbedaan reaksi

1. Katabolisme, yaitu adalah reaksi penguraian senyawa

kompleks menjadi senyawa senyawa yang lebih
sederhana dengan bantuan enzim
(respirasi)

2. Anabolisme, yaitu lintasan metabolisme yang

menyusun beberapa senyawa organik sederhana
menjadi senyawa kimia atau molekul kompleks
(Fotosintesis)
 Perbedaan reaksi

Reaksi Anabolik
 Menghasilkan polimer atau makromolekul
 Membutuhkan energi
 Energi diperoleh dari reaksi katabolik

Reaksi Katabolik
 Menghasilka monomer
 Menghasilkan atau melepas energi
 Energi disimpan di dalam ATP
 Energetik

Energetik
Energi = kemampuan untuk bekerja
◦ Diukur dalam kilojoules (kJ)

Dalam reaksi kimia lain beberapa energi hilang sebagai panas

•Free energy (G): enargi yang dilepas yang digunakan untuk bekerja
•Perubahan dalam energi bebas selama reaksi ditulis dengan G0′
G0′: dibawah kondisi standard ;1 M, pH 7, 25oC, 1 atm
 KATALISIS DAN ENZIM

Katalisis adalah :

Adalah : merupakan proses yang terjadi akibat adanya

peran dari katalis.

Katalis merupakan senyawa kimia yang dapat

mempercepat reaksi tanpa perubahan bentuk/struktur dari
katalis tersebut.
 Enzim

Dapat meningkatkan laju reaksi kimia 10 -10²° kali

dengan laju spontan

Katalisis enzim (lihat gambar) :

E+S E-S E+P

Katalisis tergantung pada :

• Ikatan substrat
• Posisi relatif substrat mengkatalis asam amino aktif
Siklus katalisis enzim
 Enzim

 Banyak enzim yang berisi molekul non protein kecil

yang berpartisipasi di dalam katalisis tetapi bukan
substrat

Koenzim membantu enzim membawa molekul dan

melepaskannya ke dalam enzim yang lain.
Biasanya vitamin
Terikat dengan enzim dengan ikatan yang tidak
kuat
 Reaksi oksidasi reduksi

 Energi adalah conserved di dalam sel dari reaksi oksidasi

reduksi (redox)
 Contoh : ATP

 Redox terlibat dalam transfer elektrom dari pendonor elektron

(electron donor ) ke penelrima elektron (electron acceptor)
 Oksidasi
 Kehilangan electron (dan proton H+)  ELECTRON
DONOR
 Reduksi
 Mendapat elektron (dan proton H+) ELECTRON
ACCEPTOR
Contoh : Reaksi Oksidasi Reduksi

Figure 5.9
 Respirasi aerob –vs- Fermentasi
Aerobik
 Glikolisis,Siklus Krebs (siklus asam sitrat) dan rantai
transport elektron
 Terdiri dari banyak ATP
 NAD+ diregenerasi

Anaerobik (fermentasi)
 Menghasilkan 2 ATP
 Glikolisis
 Asamlaktat atau fermentasi etanol
 NAD+ diregenerasi
Overview of Respiration vs Fermentation
 Glikolisis: Oksidasi of Glukosa

Glucose
2ATP
2 NAD+
2ADP
2NADH +
2H +
two Glyceraldehyde-3-PO4

4
ADP

4 ATP
two Pyruvate

46
 Glikolisis

 Glikolisis
 Langkah pertama di dalam respirasi seluler dan fermentasi
 Pathway utama pada proses fermentasi dan merupakan
metode metabolisme anaerob
 Proses anoxic

 Hasil glikolisis
 Melepaskan sedikit energi (ATP)
 Menghasilkan produk fermentasi
 Glikolisis – Stage I:
Persiapan reaksi

 Tidak ada reaksi oksidasi/ reduksi

 2 molecules of ATP are invested

Figure 5.15
 Glycolysis – Stage II:
Making ATP and Pyruvate

 Oxidation-reduction reactions occur; NADH produced

 4 molecules of ATP are produced; 2 net ATP produced
 Remember that 2 molecules of G3P are produced so
everything is multiplied by 2
 Substrate level phosphorylation occurs
 Pyruvate is produced

Figure 5.15
 Glycolysis – Stage III:
Making Fermentation Products
 Oxidation-reductions occur by fermentation
 Yeast  ethanol + CO2
 Different for different organisms
 Net energy yield for complete fermentation: 2 ATP
 NAD+ is regenerated
 If oxygen is present, pyruvate will be converted into acetyl CoA and enter the
Krebs cycle

Figure 5.15
Produk akhir dari fermentasi tergantung dari
organisme
TERIMA KASIH