Epidemiologi shrimp disease

ARIEF TASLIHAN
DISAMPAIKAN PADA BIMBINGAN TEKNIS DIAGNOSIS PENYAKIT PADA UDANG
12 point cheklist
Checklist 1: Country scenario

 Jembrana diketahui telah terinfeksi EHP pertama terdeteksi tahun.., terakhir tahun.
Wilayah Jembrana termauk dalam area pengendalian penyakit dibawah Balai Perikanan
Budidaya Air Payau Situbondo.

.
Checklist 2: Surveillance objective.

 Tujuan surveillance adalah untuk meng estimasi prevalensi tambak terinfeksi EHP di
kecamatan Jembrana, dan mengidentifikasi risk factors terkait dengan infeksi EHP
Checklist 3: Target population and unit of
interest.

 Populasi target adalah populasi yang nantinya menjadi target penerapan strategi
pengendalian berdasarkan pada kesimpulan kegiatan surveillance.
 Unit interest adalah kelompok udang yang mendapatkan kesempatan sama terhadap
paparan penyakit.
 Pada kajian surveillance EHP ini, target populasi adalah tambak yang sedang beroperasi
ditebar dengan udang vaname di kabupaten Jembrana, unit interest adalah tambak
pemeliharaan udang.
Checklist 4: Disease clustering.

 Beberapa jenis antigen (penyakit) mungkin tersebar secara tidak merata didalam populasi
hewan yang peka, sehingga perlu memperhitungkan klaster untuk mendesain sebuah
surveillance. Sebutan klaster dapat diterapkan terhadap area geografis, waktu, misalnya
musim panas atau hujan dalam satu tahun. Klastering juga dapat diterapkan pada level
farm, seperti hatchery, tambak atau terhadap ukuran berat ikan (misalnya dilakukan
hanya untuk berat antara 5-10 gram).
 Beberapa faktor perlu untuk dipertimbangkan. Pada kasus tertentu (EHP misalnya)
serangan penyakit dapat terjadi sepanjang tahun dan melanda beberapa jenis tipe tambak
(tanah, lapis plastic, beton).
 Sebagai informasi, penyakit EHP ditemukan pada umur pemeliharaan antara 20 – 30 hari
di tambak tradisional, dan 30 – 50 hari pemeliharaan pada tambak intensif.
Checklist 5: Case definition.

Batasan pada kasus EHP dalam kajian ini adalah diarahkan pada infeksi pada tingkatan individu udang dan pada
kelompok udang (tambak)
 • Udang
 1. Udang dikatakan diduga terinfeksi EHP apabila ada gejala: – White faeces dan/atau tumbuh lambat, atau – hasil pemeriksaan
positif pada kedua uji diagnostic (PCR atau histopathology)
 2. Uji konfirmasi : – Hasil uji diagnostic PCR positif untuk EHP dan histopatologi positive untuk EHP – White faeces atau
pertumbuhan lambat yang dikombinasikan dengan hasil histopatologi positif EHP
 • Unit Tambak
 1. Kasus terduga tambak positif : – minimal satu ekor udang menunjukkan hasil positif EHP baik dengan PCR atau
histopatologi, atau minimal satu ekor udang memiliki tanda klinis EHP (white feces atau tumbuh lambat) dengat ketersediaan
hasil laboratorium.
 2. Kasus EHP dikonfirmasi dengan: – minimal satu ekor udang menunjukkan hasil positif EHP baik PCR dan histopatologi atau
minimal satu ekor udang memiliki tanda klinis white feces atau tumbuh lambat dengan kombinasi hasil positif PCR atau
histopatologi
Checklist 6: Laboratory diagnostics.

 Perlu diperhatikan adalah ketersediaan informasi ilmiah terkait dengan perform

pengujian pathogen, termasuk uji diagnostic, menyangkut sensitivitas dan spesifisitasnya
yang berhubungan denga gejala klinis. Demikian juga ketersediaan laboratorium uji, dari
segi kemampuan dan kapasitas ujinya.
 Ketersediaan uji diagnostic yang diperlukan untuk uji EHP termasuk conventional PCR,
quantitative PCR, histopathology, wet mount. Termasuk juga ketersediaan primers untuk
PCR. Termasuk juga tentang pooling sampel.
Checklist 7: Study design and sampling
strategies.
Pada tahap ini, disusun rencana pengambilan sampel dan
memperkirakan jumlah sampel minimum yang diperlukan. Langkah ini
termasuk
1) Penetapan kerangka sampel (sampling frame) untuk populasi sasaran,
faktor tingkatan agregat, dan faktor pengelompokan.
2) Penentuan jenis pengambilan sampel yang akan diterapkan sesuai dengan
tujuan surveilans pada Langkah 3 dan identifikasi unit yang akan diambil
sampelnya untuk semua tahap pengambilan sampel (misalnya, tambak dan
dang di dalam tambak)
3) Penghitungan jumlah sampel yang akan dikumpulkan pada tahap
pengambilan sampel.
4) Sesuaikan jumlah sampel sesuai dengan ketersediaan sumber daya.
Checklist 7: Study design and sampling
strategies.
Kerangka sampling (sampling frame) mencakup daftar tambak udang yang aktif
saat ini di Kabupaten Jembrana yang dikategorikan menurut jenis budidaya dan
lokasi geografis (desa).
1) Ada 39 tambak intensif/semi intensif (114,14 ha) dan 148 tambak tradisional
(120,45 ha), dengan total 187 tambak (234,6 ha). Untuk pemilihan unit studi:
dihitung jumlah minimum tambak yang dibutuhkan berdasarkan asumsi
prevalensi 20% tambak terinfeksi EHP di kabupaten Jembrana, tingkat
kepercayaan 95%, dan kesalahan yang dapat diterima 10%.
2) Hasil perhitungan diperoleh jumlah sampel 62 petak tambak, total 68 tambak
setelah penyesuaian adanya penambahan tambak non-partisipasi 10%. Pada
kajian ini tidak ada stratifikasi berdasarkan jenis produksi. Teknik pemilihan
tambak dilakukan secara acak sehingga diperoleh 12 dari 18 desa yang ada ,
yang akan dimasukkan dalam kajian.
Checklist 7: Study design and sampling
strategies.
3) Dari 68 tambak, 23 tambak intensif/semi intensif, dan 45 tambak tradisional. Tambak
yang dipilih mewakili sekitar 34,5% dari setiap jenis produksi. Pengambilan sampel udang di
dalam tambak, berdasar asumsi prevalensi 20% udang di dalam tambak, sensitivitas dan
spesifisitas uji yang sempurna, dan tingkat kepercayaan 95%, maka ukuran sampel minimum
yang dibutuhkan adalah 15 individu udang per titik pengambilan sampel (tambak).
4). Pengambilan sampel menargetkan udang dengan ciri feses berwarna putih atau berukuran
di bawah rata-rata. Semua sampel udang individu dikumpulkan dari satu tambak yang
pertama kali menunjukkan gejala klinis dan/atau memiliki performa pertumbuhan paling
buruk.
5) Saat pengambilan sampel dari tambak:
• Udang dengan gejala klinis EHP (feses putih/ pertumbuhan kurang baik), sampel
dikumpulkan pada dua titik waktu pengambilan sampel: satu saat tanda-tanda klinis
pertama kali muncul dan satu lagi saat panen.
• Udang di tambak tanpa gejala klinis EHP, sampel hanya dapat diambil saat panen.
Checklist 8: Data collection and management.

 Langkah ini ditentukan tujuan pengumpulan data, siapa yang harus dilibatkan
(stakeholder dan kapasitasnya), apa yang dikumpulkan, bagaimana mengumpulkan dan
mendaftar, dari mana (sumber data), dan bagaimana data yang dikumpulkan akan
digunakan dan dilaporkan.

 Untuk studi EHP ini, kuesioner dibuat untuk mengumpulkan informasi tentang
karakteristik umum farm, manajemen produksi, parameter lingkungan, biosekuriti,
monitoring kesehatan, dan uji diagnostik laboratorium.

 Kuesioner terdiri dari 32 pertanyaan. Survei dilakukan dengan menggunakan Teknik wawancara
langsung. Tim pengambilan sampel lokal, termasuk petugas penyuluh dan teknisi perikanan
terlatih.
 Checklist 9: Data analysis.
 Pemilihan metode yang tepat untuk analisis data tergantung pada tujuan penelitian dan
jenis variable yang diinginkan.
 Kelengkapan dan kualitas informasi yang tersedia yang dapat kita kumpulkan
adalah penting.
 Pada contoh kajian EHP di Jembrana ada empat set data:
(1) daftar seluruh unit budidaya udang di Kabupaten Jembrana. Daftar ini merupakan
kerangka sampling dari penelitian ini;
(2) daftar unit budidaya udang yang dipilih secara acak, yang merupakan populasi
yang menjadi target kajian;
(3) data dari kuesioner berdasar surveillance terhadap unit interest terpilih;
(4) hasil observasi dan laboratorium infeksi EHP level 1, 2, dan 3.
Checklist 9: Data analysis.

 Semua data dimasukkan dan disimpan menggunakan database excel. Sebelum melakukan
analisis apa pun, kualitas data diperiksa untuk data yang hilang (missing data) dan
dipastikan bahwa data telah dimasukkan, diimpor, dan dikodekan dengan benar.
 Variabel dieksplorasi dengan memplot distribusinya dan melakukan statistik deskriptif
(misalnya, rentang, minimum, maksimum, rata-rata, standar deviasi) untuk variabel
kuantitatif, dan distribusi frekuensi untuk variabel kategori, dan kemudian pengidentifikasi
unik untuk menggabungkan kumpulan data.
 Bagian analisis data EHP dapat dibagi menjadi tiga bagian utama.
1) bagian pertama pengecekan keterwakilan populasi penelitian (unit udang yang dipilih).
Checklist 9: Data analysis.

2) Bagian kedua membahas analisis untuk memperkirakan prevalensi unit

tambak yang terinfeksi EHP di Kabupaten Jembrana dan untuk
mengidentifikasi faktor risiko potensial yang terkait dengan infeksi EHP.
Hasil analisis untuk menentukan estimasi prevalensi, analisis bi- dan
multivariabel.
3) Bagian terakhir analisis data, menentukan temuan yang signifikan dari
bagian dua analisis untuk memperkirakan probabilitas prediktif untuk
menjadi EHP-positif, mengembangkan surveilans berbasis risiko terhadap
EHP menggunakan pendekatan pohon skenario dan terakhir
memperkirakan risiko berbasis surveilans
Data set

Dataset 1: Daftar semua unit budidaya udang di kabupaten Jembrana. Total ada 173 unit
pemeliharaan udang. Ada delapan atribut data yang meliputi nama petambak, kecamatan,
nama desa, luas budidaya dalam hektar, metode budidaya, bulan tebar, bulan panen, dan
nama kelompok tani. Tidak ada nilai yang hilang dalam kumpulan data ini.
Dataset 2: Daftar unit pemeliharaan udang terpilih. Ada 68 unit pemeliharaan udang yang dipilih
secara acak dari kerangka sampling yang tersedia. Atribut data sama dengan yang tercantum
dalam dataset 1. Tidak ada nilai yang hilang.
Dataset 3: Tanggapan survei kuesioner. Data tersebut berisi tanggapan dari 68 observasi
dan 64 variabel. Tiga puluh sembilan variabel memiliki nilai yang hilang mulai dari 2 sampai 61.
Daftar variabel dengan nilai yang hilang ditunjukkan pada Lampiran II.
Dataset 4: Hasil pemeriksaan laboratorium EHP.
Figure 1. Distributions of all shrimp rearing units by sub-district (left) versus the
study units (right).
Figure 2. Distributions of all shrimp rearing units by village (left)
versus the study units (right).