PENGANTAR DAN FILSAFAT BIOKIMIA

PENGANTAR DAN FILSAFAT BIOKIMIA Ilmu biokimia adalah ilmu yang mempelajari proses-proses kimia yang terjadi dalam zat hidup. Berbagai penelitian yang telah dilakukan terhadap sel hidup menunjukkan bahwa sel hidup tersebut adalah kumpulan dari zat tak hidup. Zat-zat ini dapat diisolasi dan dipelajari dengan berbagai cara kimia dan fisika seperti yang biasa dilakukan terhadap senyawa kimia. Di dalam sel hidup, zat tersebut bercampur, bereaksi, dan berinteraksi satu dengan yang lainnya membentuk suatu susunan yang rumit tetapi terorganisasi dengan rapih. Ditinjau dari cabang ilmu, maka ilmu biokimia merupakan cabang dari ilmu biologi dan kimia organik. Ilmu biokimia merupakan ilmu yang sangat penting, karena dengan ilmu ini kita dapat mengetahui prosesproses kimia yang terjadi dalam makhluk hidup, misalnya bagaimana karbohidrat yang masuk ke dalam tubuh dipecah menjadi senyawasenyawa yang kecil (katabolisme), dan bagaimana pula senyawa 2 karbohidrat disintesis di dalam tubuh (anabolisme).

Ciri Zat Hidup

1. Susunan molekul zat hidup rumit dan terorganisasi dengan rapih. Struktur dalam terdiri dari molekul kimia organik yang kompleks, tiap organisme mempunyai susunan yang berlainan, strukturnya sangat berbeda dengan zat tak hidup yang ada di sekelilingnya sepeti tanah, air dan batuan, yang merupakan campuran yang tidak teratur dari berbagai senyawa kimia sederhana. 2. Setiap komponen zat hidup mempunyai fungsi yang berlainan dan khusus. Struktur intrasel, misalnya: inti sel mempunyai fungsi dalam biosintesis komponen lain yang terdapat di dalam sel; membran sel berperan dalam proses pengangkutan zat makanan dari dan ke luar sel. 3. Zat hidup mempunyai kemampuan untuk mengambil energi dari sekelilingnya, mengubah dan memakai energi tersebut untuk mempertahankan struktur molekul penyusunnya. Sebaliknya dalam zat tak hidup, energi yang diserap akan menyebabkan berkurangnya kemantapan zat tersebut sehingga dapat terjadi 3 proses penguraian.

4. Zat hidup mempunyai kemampuan untuk mereplikasi diri, yaitu menghasilkan zat yang mempunyai bentuk, struktur dan masa yang identik dengan zat asalnya. Ciri ini merupakan ciri khas organisme hidup yang terus berlangsung generasi demi generasi.

Biomolekul
Fungsi Biomolekul Dalam Sel Protein: berfungsi sebagai enzim yang berperan dalam mengkatalisis berbagai proses reaksi biokimia; sebagai alat transport bahan makanan (hemoglobin); bentuk racun; antibodi; hormon; pembentuk membran sel. Asam nukleat: berfungsi terutama sebagai faktor genetika (DNA); sebagai senyawa ko-enzim; molekul pembawa (penyimpan) energi; berperan dalam biosintesi protein. 4

Polisakarida: berfungsi sebagai sumber energi; energi cadangan dalam bentuk molekul glikogen; komponen dalam struktur membran sel dan dinding sel. Lipida: berfungsi sebagai pembentuk struktur membran sel; sebagai hormon; sebagai sumber energi.

G.J. MULDER ahli kimia Belanda (1838) memberi nama protein. Greek Proteios = Pertama Terdapat pada tumbuhan dan binatang suatu zat yang paling penting pada molekul makanan karena melengkapi organisme tidak hanya C dan H saja, tetapi juga N dan S; selain itu terdapat paling melimpah dan yang paling banyak melaksanakan kerja dalam sel. Protein berfungsi sebagai perlindungan infeksi, mendukung mekanika dan kekuatan, dan reaksi metabolisme, seluruh fungsi ini penting untuk kehidupan PROTEIN merupakan suatu makromolekul, juga disebut POLIAMIDA, bila dihidrolisis menghasilkan ASAMASAM AMINO; dalam tubuh hidrolisis dimulai pada lambung dengan bantuan enzim pepsin
7

FUNGSI PROTEIN
antara lain :

Pembentuk struktur sel berbagai jaringan Pemelihara/pengganti sel-sel yang ada/rusak Enzim (katalisator proses biokimia sel) Sebagai hormon, mengatur fungsi berbagai organ tubuh Sebagai antibodi (juga disebut imunoglobulin) Alat transportasi

CIRI MOLEKUL PROTEIN

Berat molekul : tinggi (ribuan-jutaan) MAKRO MOLEKUL Protein dalam tubuh, umumnya terdiri dari : 20 (dua puluh) macam asam -amino
O C + H3N-C-H
gugus -amino

O-

gugus karboksilat

karbon-

gugus rantai samping

ASAM AMINO
H H R C COOH NH2

R C COONH3+

Struktur ionik yang benar untuk asam amino pada atau sekitar pH fisiologis.

Struktur yang tidak ada ? pada setiap pH. Dipakai bila membicarakan asam amino.

10

H
GUGUS AMINO

H NC C

O OH

GUGUS KARBOKSIL

R
rantai samping

Sketsa Bentuk Molekul Asam Amino (Read, 1981)

Protein

hidrolisis Asam Alkali Enzim

Asam-asam Amino

11

Konfigurasi Asam Amino

Konfigurasi D/L asam amino disesuaikan dengan D/L gliseraldehida

O C H HO C H

O C H H C OH CH2OH
D-gliseraldehida

COOH H2N-C-H R
L-asam amino

COOH H-C-NH2 R
D-asam amino

CH2OH
L-gliseraldehida

12

Sifat asam amino:

Kecuali glisin, asam amino minimal mempunyai satu atom C-asimetris sehingga mempunyai sifat optis aktif : memutar bidang polarisasi. Contoh : 4 bentuk stereo isomer dari treonin

COOH H2N-C-H H-C-OH CH3 D-treonin

COOH H-C-NH2 HO-C-H CH3 L-treonin

COOH H-C-NH2 H-C-OH CH3 D-allotreonin

COOH H2N-C-H HO-C-H CH3 L-allotreonin

13

Sifat asam amino: Zwitter ion

H
RCC NH2 O OH

amfoter

Ion dwi kutub / Dipolar ion structure / Inner salt

adalah rumus umum untuk asam -amino

Tapi bentuknya dalam larutan adalah:

H RCC NH3
+

OH H

OH

RCC
NH3
+

O O

OH H

H
RCC

O O

NH2
Bentuk anionik muatan -1 pH > IEP
14

Bentuk kationik muatan +1 pH < IEP

Bentuk zwitter ion muatan 0 pH IEP

Zwitter ion tidak bergerak dalam medan listrik; pH pada saat itu disebut titik isoelektrik = isoelectric point (IEP). Ala, val, ser, termasuk asam amino netral: IEP 4, 8-6, 3. Gli, asp termasuk asam amino asam: IEP 2,8 - 3,2. lis, arg termasuk asam amino basa: IEP 7,8 -10,8. Karena adanya zwitter ion ini, maka asam amino lebih bersifat senyawa anorganik daripada organik (sukar menguap, larut dalam air, titik leleh tinggi)
15

Alanina

pH = 7 + H3N-C-H + H2O CH3

asam lebih kuat

CO2

basa lebih lemah

CO2 H2N-C-H + H3O+ CH3

agar muatan netto = 0, harus di + asam. Maka titik isolistrik alanin = 6,0

Asam aspartat
COOH + H3N-C-H CH2 COOH +1
OH H
+

COOCH NH3+ CH2 COOH

0 (IEP)
OH H
+

COO CH NH3+ CH2 COO

-1
OH H
+

COO CH NH2 CH2 COO

-2
16

Lisin
COOH
COO COO COO CH NH3+ OH CH NH3+ OH CH NH2 OH CH NH2 (CH2)3 (CH2)3 H+ H+ (CH2)3 H+ (CH2)3

CH2 NH3+
+2

CH2 NH3+
+1

CH2 NH3+
0

CH2 NH2
-1

Reaksi-reaksi gugus -amino: Ninhidrin Sanger Dansil-klorida Edman Basa schiff

17

ASAM AMINO

Hidrolisa protein hewani / nabati (dengan asam, basa atau enzim) menghasilkan 20 macam L-asam amino.

Asam amino ada yang dapat disintesis dalam tubuh tetapi ada juga yang tidak dapat, jadi harus diperoleh dari luar = asam amino essensial.

18

ASAM AMINO ESSENSIAL

ASAM AMINO NONESSENSIAL

Isoleusin Leusina Treonina Lisina Metionina Fenilalanina Triptofan valina

Alanina Arginina * Asparagina Asam aspartat Sisteina Asam glutamat Histidina * Glutamina Glisina Prolina Serina Tirosina*

19

Asam amino non essensial

Asam amino yang dapat disintesis oleh tubuh.

Asam amino essensial

Asam amino yang tidak disintesis di dalam tubuh karena itu harus ada dalam makanan.

Protein lengkap
mengandung semua asam amino essensial contohnya: telur, susu, ginjal, hati.

Protein tidak lengkap

Jagung, protein utamanya Zein, kurang lisina & triptofan. Gandum, kurang lisina. Gelatin, kurang triptofan.
20

Histidin merupakan asam amino essensial pada anak-anak, sedangkan arginin masih dapat disintesis oleh tubuh tapi lambat dan jumlahnya sedikit sehingga tidak mencukupi kebutuhan. Sisteina dan tirosina, diperkirakan sebagai asam amino semiessensial, diperlukan oleh bayiprematur dan orang dewasa yang sedang sakit.

21

Nama Trivial Alanin Arginin Asparagin Asam aspartat Sistein Glutamin Asam glutamat Glisin Histidin isoleusin

Simbol ala arg asn asp sis gln glu gli his ile (+)

Nama Trivial Leusina Lisina Metionin Fenilalanina Prolina Serina Treonina Triptofan Tirosina Valina

Simbol les (+) lis (+) met (+) phe (+) pro ser tre (+) trp (+) tir val

Keterangan : (+) asam amino assensial

22

Pembagian Asam Amino, berdasarkan perbedaan rantai samping

a.

Asam amino dengan gugus R yang non polar, kelarutan dalam air rendah ala, val, les, ile, pro, phe, trip, met. Asam amino dengan gugus R yang polar tidak bermuatan; gugus R dapat membentuk ikatan hidrogen dengan molekul H2O sehingga relatif lebih larut dalam air. gli, ser, tre, sis, tir, asn, gln.

b.

23

c.

Asam amino dengan gugus R yang bermuatan (-), disebut juga asam amino asam asam aspartat, asam glutamat

d.

Asam amino dengan gugus R yang bermuatan (+), disebut juga asam amino basa lis, arg, his

24

PEPTIDA

Jika gugus amino asam amino I dengan gugus karboksilat asam amino II bergabung akan membentuk IKATAN PEPTIDA. Maka kedua asam amino pembangun itu disebut RESIDU ASAM AMINO. Peptida terdiri dari dua residu asam amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida. Contoh: Dipeptida terdiri dari: 2 residu asam amino dan 1 ikatan peptida Tripeptida 3 residu asam amino dan 2 ikatan peptida.
25

Ditempatkan di sebelah kiri

O O NH2 C C N C C OH R1 H R2 Residu asam amino N-terminal Residu asam amino C-terminal

Ditempatkan di sebelah kanan

Ikatan peptida
H C

O
C N H

H2N

R2 C H C O

H N

H C
R3

O C OH

R1

26

Contoh-contoh Peptida
1. Glutathionine (-glutamyl cysteinyl glycine)
NH2

HOOC CH CH2 CH2 C NH CH C NH C H2 COOH CH2 SH

2.a. Bradykinin
ARG-PRO-PRO-GLY-PHE-SER-PRO-PHE-ARG

b. Kallidin (Lysyl-Bradykinin)
LYS-ARG-PRO-PRO-GLY-PHE-SER-PRO-PHE- ARG
27

3.a. Carnocine

b. Anserine (1-metil karnosin)

CH3

28

Bradikinin ARG-PRO-PRO-GLY-PHE-SER-PRO-PHE-ARG
1 2 3 4 5 6 7 8 9

Boguskinin ARG-PRO-PRO-GLY-PHE-SER-PHE-ARG
1 2 3 4 5 6 7 8

29

Bradikinin

Menyebabkan timbulnya nyeri Pembentukan bilur (seperti pada luka gores) Gerakan otot polos Menurunkan tekanan darah < 1 g TD Merupakan peptida yang langsung terbentuk dalam aliran darah, yaitu dengan memenggal bagian non peptida dari protein besar -2-globulin

Boguskinin

Oktapeptida sintetik tak memiliki residu prolin Tak aktif TD

30

Hormon Peptida

Oksitosin

SS Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly NH2
1

Vasopresin SS Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly NH2

1 2
3 4

31

Oksitosin

Merangsang keluarnya air susu ibu Kontraksi otot polos uterus in partu

Vasopresin

Antidiuretik mempertahankan keseimbangan air tubuh Gangguan produksi Vasopresin Diabetes insipibus, banyaknya padatan dalam air seni dengan B.D.

32

3.a. Oxytocin

CYS TYR ILE S S CYS GLN ASN

PRO-LEU-GLY-NH2

b. Vasopressin

CYS TYR PHE S S CYS

GLN
ASN

PRO-ARG-GLY-NH2 (LYS)
33

5.a. Penicilline

O H H RCNC

H S 1 C C(CH3)2
5 2

O=C 7

4 N

3 CH

C=O OH penicilline

34

b. Gramicidin S
Val-Orn-Leu-D.Phe-Pro = (Val-Orn-Leu-D.Phe-Pro)2 Pro-D.Phe-Leu-Orn-Val

c. Tyrocidin
Val-Orn-Leu-D.Phe-Pro Tyr-Gln-Asn-D.Phe-Phe

35

Enkefalin Metionina (E.M.)

Tyr-Gly-Gly-Phe-Met

Enkefalin Lesina (E.L.)

Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu

Sebagian otak mengandung enkefalin yaitu peptida yang berperan pada: Perasaan (emosi) Rasa nyeri

36

E.M. dan E.L. adalah utusan dalam proses di otak yang berhubungan dengan perasan riang dan meredanya rasa sakit.
Yaitu proses yang sama akibat Morfin, Opium, Heroin) Peptida ini atau sintetik lain diharapkan dapat membebaskan orang dari nyeri kronis tanpa bahaya kecanduan.

37

Sintesis Rantai Polipeptida

NH2
CH
+ senyawa pelindung

Gugus pelindung

Gugus pelindung

NH R1 CH COOH +
-H2O

COOH

NH
R1 CH C=O NH2
Condensing agent
Pelepasan gugus pelindung

NH2 R1 CH C=O NH2 R2 CH COOH Dipeptida

NH2
CH

NH2
+ senyawa pelindung

R2 CH C=O
Gugus pelindung

R2 CH C=O
Gugus pelindung

COOH

38

CIRI MOLEKUL PROTEIN

Asam Amino tersebut berikatan (kovalen) satu sama lain dalam berbagai urutan membentuk polipeptida. Ikatan peptida
H H O H O ---N C C N C C N ---R1 H R2 H

Adanya ikatan-ikatan kimia lain yang membentuk rantai polipeptida menjadi struktur tiga dimensi dari protein (ikatan hidrogen, ikatan ion, ikatan Van Der Walls).
39

CIRI MOLEKUL PROTEIN

Strukturnya tidak stabil terhadap berbagai faktor : pH, radiasi, suhu, pelarut organik Reaktif dan spesifik karena adanya gugusgugus samping yang reaktif dan turunan khas struktur makromolekulnya.

40

H
GUGUS AMINO

H H

C R

C
OH

GUGUS KARBOKSI

RANTAI CABANG

Sketsa bentuk molekul asam amino (Read 1981)

HIDROLISIS Protein Asam Alkali Enzim
41

Asam-asam Amino

KEKURANGAN KONSUMSI PROTEIN

1. wajah bengkak berbentuk bulan kaki bengkak (ditekan dengan jari lekukan tertinggal) Oedem alb To drh Cn pd jari usia 6 bln 3 thn

kulit merah mengelupas

KUASHIORKOR ANAK BERHENTI TUMBUH

- energi cukup - protein kurang

42

KEKURANGAN KONSUMSI PROTEIN

2. Muka orang tua Kurus sekali

MARASMUS

- energi kurang - protein kurang

3.

BUSUNG LAPAR (HUNGER OEDEM) - Kurang gizi berat

43

KLASIFIKASI PROTEIN
a. b. c.

Berdasarkan hasil Hidrolisa Berdasarkan Fungsi Berdasarkan Bentuk

44

a.Berdasarkan hasil Hidrolisa

a-1. PROTEIN SEDERHANA hidrolisis ASAM-ASAM AMINO Contoh : - albumin - histon - globulin - skleroprotein a-2. PROTEIN TERKONYUGASI hidrolisis asam-asam amino + senyawa lain Contoh : - fosfoprotein - glikoprotein - khromopotein - nukleoprotein - lipoprotein

45

a-3. PROTEIN TURUNAN (= hasil antara hidrolisa tak sempurna) protein sebelum asam amino Contoh : - proteosa - pepton - polipeptida - peptida

46

b. Berdasarkan Fungsi
1. ENZIM Contoh: - Tripsin - Lipase - Laktase Contoh: - Glikoprotein - Keratin - Elastin Contoh: - Miosin - Aktin Contoh: - Hemoglobin - Mioglobin

2. PROTEIN PEMBANGUN

3. PROTEIN KONTRAKTIL

4. PROTEIN PENGANGKUT

47

5. HORMON Contoh: - Insulin - Growth Hormon 6. RACUN Contoh: - Racun Ular - Racun Bakteri

7. PROTEIN PELINDUNG Contoh: - Antibodi - Fibrinogen 8. PROTEIN CADANGAN Contoh: - Ovalbumin - Kasein

48

c. Berdasarkan Bentuk
1.

Protein Globuler Rasio Aksial Panjang : lebar < 10 Contoh : - globulin - albumin - insulin

2. Protein Fibrous Rasio aksial > 10 Contoh : - keratin - fibrin - miosin - kolagen
49

Organisasi Struktur Protein PRIMER SEKUNDER TERSIER KWARTERNER

50

STRUKTUR PRIMER :

Struktur primer adalah: Susunan asam amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida membentuk rantai lurus suatu polipeptida

51

STRUKTUR SEKUNDER:

Terbentuk karena adanya ikatan hidrogen antara gugus CO dan NH pada satu rantai polipeptida membentuk konformasi heliks. Struktur Helix satu putaran helix terdiri dari 3-6 asam amino. Bentuk helix terjadi karena ikatan hidrogen antara gugus CO dengan NH. Struktur helix merupakan struktur yang paling mungkin dari struktur sekunder karena konfigurasinya paling mantap dan energi bebasnya paling kecil.
Gambar di slide berikutnya
52

Struktur Helix

Ikatan hidrogen

53

Pleated sheet (lembaran berlipat )

H N C O H N C C R H

H
C

R
N H

O
C

O
C

N
H

Pleated sheet terjadi karena ikatan hidrogen terjadi pada dua rantai polipeptida.
54

Random coil Struktur yang tidak teratur dan fleksibel.

55

STRUKTUR TERSIER

Terbentuk karena proses pelipatan (folding) baik konformasi heliks maupun beta membentuk protein globular.
56

STRUKTUR KUARTERNER

satu bola disebut : protomer Kumpulan bola bola disebut : oligomer Keterangan : struktur kuarterner dari molekul apoferritin.
57

Ikatan Pembentuk Struktur Protein

1. Ikatan yang kuat ( kovalen ) : a. Peptida b. Disulfida ( antara 2 molekul cys ). 2. Ikatan yang lemah ( non kovalen ) a. Hidrogen : - intra polipeptida - inter polipeptida b. Hidrofobik ( tak mengutub ) c. Elektrostatik / ion d. Van der Waals
58

Sifat Kelarutan Protein Dalam Air

Dalam air, protein membentuk dispersi koloidal, sehingga tidak dapat melalui membran sel. Sifat ini penting untuk mekanisme pengaturan cairan tubuh. Dalam proses pembuangan zat zat sisa melalui air seni oleh ginjal protein tidak dapat melalui, kecuali jika ginjal dalam keadaan patologis.

59

Reaksi Warna Protein

Reaksi Ninhidrin Biuret Xantoprotein Warna Biru-ungu Ungu Kuning Positif untuk:

Amonia; amina p; asam amino; peptida; protein

Dua ikatan peptida atau lebih Protein yang mgd gugus benzena (Phe & Tyr)

Millon

Merah

Protein yang mgd gugus Tyr Idem Tyr

Idem Arg Idem Cys
60

Hopkins-Cole Cincin ungu

Sakaguchi Nitroprusida Merah Merah

DENATURASI PROTEIN

DENATURASI PROTEIN : PERUBAHAN KONFIGURASI TIGA DIMENSI SUATU PROTEIN TANPA PEMECAHAN IKATAN PEPTIDA YANG MENGAKIBATKAN HILANGNYA AKTIFITAS PROTEIN TERSEBUT. DENATURASI ADA DUA MACAM REVERSIBEL (PROSES SEBALIKNYA RENATURASI) IRREVERSIBEL (YANG TERBANYAK)
61

denaturasi renaturasi

62

Denaturasi disebabkan oleh antara lain: Panas radiasi UV karena energi yang diberikannya, ikatan H dan ikatan garam akan putus. Misalnya : Sterilisasi bakteri yang menghancurkan enzim bakteri Denaturasi protein yang memudahkan pencernaan makanan. Pelarut Organik membentuk ikatan H dengan molekul protein Misalnya : Alkohol / etanol 70-90% sebagai desinfektan.
63

Ion logam Berat (Hg2+, Ag+, Pb2+) akan mengikat gugus karboksilat. Pereaksi Alkaloid (asam pikrat, asam tanat) akan bereaksi dengan gugus amino. Penambahan reduktor dan oksidator untuk memutuskan atau membentuk kembali rantai SS pada keratin (protein rambut) pada proses pengeritingan rambut.

64

Sifat Asam Basa Elektrokimia Protein

Terutama ditentukan oleh : Susunan gugus R asam amino pembentuk protein tersebut. Keadaan harga pH dari suatu larutan protein dimana jumlah muatan + sama dengan muatan atau tidak ada gerakan molekul dalam medan listrik disebut TITIK ISOELEKTRIK (Isoelectrical point = IEP) protein tersebut.

65

Protein yang mengandung lebih banyak asam amino asam IEP-nya rendah. Protein yang mengandung lebih banyak asam amino basa IEP-nya tinggi. Pada IEP, jumlah muatan = 0 sehingga molekul-molekul protein cenderung mengelompok / menggumpal atau kelarutannya rendah. Pada pH di atas atau di bawah IEP, karena adanya muatan molekul, maka molekulmolekul akan saling tolak menolak sehingga mencegah penggumpalan.

66