PENDAHULUAN

Pengertian dan ruang lingkup Ilmu Biologi Sel Molekular

dalam kaitannya dengan ilmu kefarmasian dan kesehatan

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

GABUNGAN BERBAGAI CABANG ILMU

PHYSIOLOGY

DEVELOPMENTAL GENETICS
BIOLOGY

MOLECULAR BIOLOGY

BIOCHEMISTRY CELL BIOLOGY

NEUROBIOLOGY
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
TUJUAN:

1. Memahami pengontrolan ekspresi gen sehingga sel mensintesis

protein-protein yang sesuai pada waktu yang tepat dalam jumlah
yang benar

2. Mengetahui struktur dan fungsi protein yang melakukan tugas-

tugas biologis yang spesifik dan penting:

3. Memahami sifat-sifat sel, jaringan dan organ dihubungkan

dengan sifat protein dan molekul lain yang terdapat di dalamnya

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 MOLECULAR BIOLOGY

Farmasi Kesehatan/
kedokteran

-Terapi gen : in vitro, in vivo, antisense, RNAi

-Penyakit genetik : diabetes, thalassemia, kanker, DMD,
-Drug delivery system: target reseptor, membrane bound-protein

Dampak perkembangan BIOMOL terhadap manusia dari berbagai aspek,

a.l.: Peta Genom Manusia
Pada Bakteri
Pada Tanaman
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Peristiwa-peristiwa kompleks di dalam sel:

Transformasi kimia
Mengadakan persediaan energi untuk kebutuhan sel
Pembentukan organel-organel
Pergerakan material-material ke lokasinya di dalam sel
Pertumbuhan
Pembelahan

Contoh penyakit pada manusia akibat kesalahan-kesalahan dalam proses2 tsb:

Cystic fibrosis
Sickle cell anemia
Muscular dystrophy
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 I. BIOMOLEKUL

Tipe biomolekul:
-Molekul kecil
-Makromolekul

MAKROMOLEKUL
I.1. Protein
I.2. Asam Nukleat
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dua tipe biomolekul di dalam sel disintesis
dalam proses yang berbeda:

• Melalui tahap2 transformasi

kimia ttt
Molekul kecil

• ~polimer linier
• Dibuat dari menyambungkan
Makromolekul sejumlah molekul kecil, melalui
tahap pengkaitan kimiawi
tunggal yang berulang-ulang
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Berdasarkan fungsi di dalam sel
Molekul kecil
• Substrat untuk pembuatan makromolekul

Tugas2 di dalam sel:

• Menyimpan & mendistribusikan energi untuk semua proses
selular
• Perombakan untuk mengekstrak energi kimia. Contoh:
degradasi gula → CO2 + H2O + energi
• Sebagai sinyal. Contoh: komunikasi sel2 saraf →
membebaskan & mensensor molekul2 kecil. Mis: dalam
menentukan tindakan apa yang harus diambil dlm
menghadapi suatu situasi molekul hormon →
memobilisasi sensor tsb
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Makromolekul
• Paling menarik
• Sangat berkarakter

Evolusi kehidupan ~ Evolusi Makromolekul →

• Protein (paling penting)
• DNA

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Protein
(pelaksana sistem di dalam sel)

Memungkinkan Mengontrol Mengatur

Mentransfer
Mengkatalisis sel untuk gen2 yg sintesis dirinya
molekul2
transformasi bergerak & menentukan sendiri &
melintas
molekul kecil melakukan fungsi & makromolekul
membran
pekerjaan pengaturan lain

Polimerisasi protein a/ hanyaDr.dari 20 tipe monomer yaitu asam amino

Amarila Malik Apt., M.Si
 DNA
~makromolekul yg luar biasa~
Master molecule

Menyandikan kode/sandi yg mewakili protein2 sel

Secara tidak langsung mengadakan pembentukan gula dan lemak

yg dikerjakan oleh protein; jumlah dan waktu harus dibuatnya

• Hanya dilakukan oleh 4 tipe monomer

(nukleotida)
• Terangkai dalam 1-50 utas (dis.kromosom),
~berjuta2 nukleotida Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL
I.1. PROTEIN

Makromolekul paling berlimpah di dalam sel

 ½ berat kering sel

Berperan penting : instrumen molekuler yang mengekspresikan

informasi genetik

Ribuan protein, jenis berbeda-beda

 fungsi spesifik yang disandikan oleh gen yang sesuai

ISTIMEWA  struktur semua protein dibangun dari

building block sama: 20 AA dengan ikatan kovalen

Jadi, mis. ukuran protein 100 AA kemungkinan variasi

deret 20100 ~ Dr. 130 Malik Apt., M.Si
10Amarila
 Modul I. BIOMOLEKUL

Dari building block 20 AA diketahui produk-produk protein:

Enzim Antibiotik
Hormon Protein susu
Bulu burung Racun
Jaring Laba-laba

R
O
H2N C C AA mempunyai rantai samping
OH khas  menentukan struktur protein
H  menentukan aktivitas protein

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL
STRUKTUR UMUM
Sesuai dengan peran / fungsi sebagai berikut :
mengkatalisis berbagai rx kimia tertentu
penunjang kekokohan struktur sel
mengontrol aliran bahan-bahan melintasi membran
sensor dan switch
pergerakan
regulasi konsentrasi metabolit
kontrol fungsi gen
Contoh :
•seperti tong : protein membran inti
•memanjang : protein aktin filamen pada sitoskeleton
•berbelok-belok : reverse transcriptase : untuk tempat memegang
molekul RNA
•penjepit : DNA polymerase : kompleks ikatan
Dr. Amarila dengan
Malik Apt., M.Si DNA
 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

Penggolongan berdasarkan struktur :

*)Protein serat : rantai polipeptida tersusun di dalam

untaian/lembaran panjang, sederhana

Contoh : protein pada helai rambut : keratin

Fungsi : penyangga / pemberi bentuk

*)Protein globular : lebih kompleks, rantai polipeptida

berlipat membentuk struktur globular yang kompak

Contoh : antibodi, komponen membran, enzim

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

4 LEVEL ORGANISASI STRUKTURAL

Struktur primer : rantai polipeptida
Struktur sekunder :  heliks,  sheets
Struktur tersier : pelipatan protein globular
Struktur kuartener : pada protein multimerik

GUGUS PROSTETIK
komponen kimia pada protein yang bukan AA/peptida
protein : konyugasi
protein sederhana : tidak ada gugus prostetik
biasanya logam
Co : gugus heme pada Hemaglobin (gambar)

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL
ASAM AMINO
Protein + asam/basa kuat  Asam Amino

Ciri :

-Gugus karboksil dan gugus amino terikat pada atom C sama :

C = disebut asimetrik
C mengikat 4 gugus substituen berbeda
(kecuali glisin ( R = H)

-Rantai samping (gugus R) berbeda-beda  sifat/karakter :

Struktur
Ukuran
Muatan listrik
Kelarutan dalam air
Bersifat optis aktif
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL

20 Asam Amino

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

Penggolongan AA ~ kepolaran & kelarutan gugus R

1.Hidrofobik/nonpolar
2.Polar, uncharged
3.Basic / positive charge
4.Acidic / negative charge
5.Khusus

AA Hidrofilik
-Rantai samping polar atau terion
-Gugus R polar tapi uncharged :  ikatan hydrogen dengan air :
-Asn, Gln, Ser, Thr
-Asn & Gln : gugus amida  hydrogen
-Ser & Thr : gugus OH  ikatan hydrogen

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

Arginin & Lisin : pH netral, muatan positif  kontributor utama

muatan total protein

Asp & Glu : pH netral  negative

Histidin : Gugus imidazol pKa 6.8 ~ pH sitoplasma
Jika pH sitoplasma bergeser 

CH2 CH2
H N H
N
H H
+ N
H H
N H
H

pH 5,8 pH 7,8
90% 90%

 Aktivitas protein dimodulasi oleh pH pada gugus R Histidin

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

Sifat kepolaran pada rantai polipeptida menentukan struktur 3 dimensi

protein :
 AA hidrofilik : bagian permukaan  Untuk kelarutan
 Untuk sisi pengikatan
 AA hidrofobik : menghindari interaksi dengan air beragregasi
membentuk inti

AA Hidrofobik
-R : alifatik, hidrokarbon : Ala Val Leu Ile Met
-R : aromatik : Phe Tyr Trp
-t.l.d.a / sedikit l.d.a
-Daerah kaya AA hidrofobik pada struktur protein beragregasi
menghindari lingkungan air
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

Sifat-Sifat Unik
Cys : gugus SH reaktif, ikatan disulfide (S-S) secara kovalen

Gly : gugus R = atom H : Paling kecil  sesuai untuk posisi

sempit pada struktur protein

Pro : cincin siklik  untuk kekokohan agar rantai polipeptida

bentuknya tetap

Pro & Gly  sering terdapat di daerah struktur melipat

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

PEPTIDA
~ dua atau lebih deret AA yang berikatan kovalen dengan ikatan
peptida, yaitu substitusi amida
~ Hidrolisa polipeptida/protein  peptide
~ Residu terminal amino
~ Residu terminal karboksil

Residu : unit AA di dalam peptide

~ Peptida : ada dalam sel :
Co. Hormon insulin, ukuran : 30 residu + 21 residu

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

ORGANISASI STRUKTURAL
* Struktur Primer
~ rantai polipeptida dari deretan AA yang berikatan Kovalen

– DALLGDPHCDVFQNET –

* Struktur Sekunder
~ kerangka polipeptida secara otomatis akan cenderung mencapai konformasi
ruang yang terbentuk karena kendala-kendala akibat sekuens AA (ggs R nya) dan
distabilkan dengan ikatan hidrogen

~ Struktur :  helices : spiral

 sheets : extended
Random coils : Turns

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

* Struktur Tersier
~ Rantai polipeptida melipat menjadi bentuk globular yang kompak
~ Berdasarkan sekuens residu AA, terutama yang jaraknya jauh
~ Lipatan dan arah serta sudut ditentukan oleh residu
Prolin Threonin Serin
 Pola melipat spesifik ~ aktivitas biologi protein

 Gaya untuk menstabilkan lipatan :

>Interaksi hidrofobik residu AA
>Ikatan hydrogen
>Gaya tarik ionic
>Jembatan kovalen
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

* Struktur Tersier

~ Domain
Daerah pelipatan yang kompak dari suatu peptida
 arti struktural

Contoh : prolin-rich domain

Suatu daerah kecil/ tertentu pada protein dengan

aktivitas tertentu
 arti fungsional

Contoh : Binding domain

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul
BAB I. BIOMOLEKUL

* Struktur Kuarterner

~ Subunit-subunit (rantai polipeptida) menyusun dan menempatkan

diri dalam konformasi protein multimerik yang natif pada posisi relatif
nya

~ Protein multimerik : 2 atau > rantai polipeptida yang terpisah

 Unit protein : semua sama, atau beda
Contoh : Hemoglobin 1 2 1 2 subunit

~ Protein monomerik (rantai tunggal) : ≠ kuartener

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
PROSES – PROSES MOLEKULAR DI DALAM SEL

Fungsi Fungsi
mesin sandi

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Fungsi Mesin
~melakukan transformasi kimia

• Mengkonversi energi dari suatu bentuk ke

Merupakan bentuk lain
• Merombak molekul2 ke bentuk/ unit yg lbh
mesin kimia kecil
• Membangun molekul2 besar dari molekul2
yg: kecil
• dll

Fungsi mesin → peranan dari enzim (mesin kimia sel)

Enzim : molekul protein yang mampu mengkatalisis

reaksi kimia spesifik

Molekul tunggal protein: 300 atau lebih residu AA

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Fungsi Sandi
~menurunkan informasi dari tetua ke turunan, atau ke bentuk
lain

GENETIKA → menyatakan hereditas & variasi org

hidup & untuk menyatakan tempat terjadinya

Sel mampu merancang residu2 AA (20) menjadi sekuens yg tepat

Sekuens2 tsb menghasilkan macam2 protein yg berlainan

Sel menjadi tempat penyimpanan informasi, kemudian dikonversi ke

bentuk lain

Kode/sandi disebut Kode genetik → berupa sekuens & nukleotida di

dalam molekul DNA yg bersifat diwariskan

 Gen : segmen DNA yg menyandikan protein

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Peta DNA manusia →
melokalisasi gen2 yg
penting dlm segi
kesehatan

DAMPAK
BIOLOGI
MOLEKULER
Pada tanaman →
membantu Pada bakteri →
melokalisasi gen2 memfasilitasi
penting. identifikasi target u/
dimanfaatkan
U/ komersial: gen merancang AB baru
penambah berat buah
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL
I.2. ASAM NUKLEAT
DNA
RNA MATERI GENETIK

Definisi
Molekul yang membawa informasi genetik yang diturunkan dari
tetua ke turunannya.

DNA Komponen:
- gula pentosa 2’ deoksiribosa
- Residu fosfat
- 4 basa nitrogen heterosiklik :
-purin : adenin (A), guanin (G)
-pirimidin : timin (T), sitosin (C)

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL
DNA

Struktur:

-DH / DS
-Grooves : major/minor
-Antiparalel

-Str fisika kimia:

->ikatan fosfodiester : antar basa nukleotida pada satu utas DNA
sebagai tulang punggung struktur DNA
->ikatan hidrogen : antar bs nukleotida yg berpasangan
pu – pi AT/ GC
->komplemen : utas yg satu mrpkn komplemen utas yg lain

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL
DNA

Ikatan : ik hidrogen, ik fosfodiester (backbone), ik glikosidik

(antara basa dg gula)

Ukuran : dalton / basepairs (pasangan basa) :

pb. Kpb(kb), mpb (mb)

Denaturasi :
= struktur DNA terpisah  ikatan OH
ot / pH  reversibel

Re-annealing: ot / pH
= ikatan OH bersusun kembali
ot / pH

Biosintesis DNA : replikasi

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL
RNA
Definisi
Molekul pembawa informasi genetik selain DNA

Komponen:
- gula pentosa : ribosa
- Residu fosfat
4 basa nitrogen heterosiklik : -purin : adenin (A), guanain (G)
-pirimidin : urasil (U), citosin(C),

Struktur:
-Single strand polynucleotide
-membentuk helix komplementer, tp bukan DH spt DNA
-Jumlah A tidak sama dg U / G tidak sama dg C

Macam RNA : mRNA : messenger RNA / transkrip DNA

tRNA : transfer RNA
rRNA : ribosomal RNA
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL

STRUKTUR FISIKA DAN KIMIA D N A

Pasangan basa
Pu – Pi
Jarak antar tumpukan basa (panjang setiap periode) : 34 A atau 3,4 nm
Putaran : 1 putaran ~ 10 pb
Grooves
Ikatan-ikatan

Antiparalel
5’P  3’OH
3’OH  5’P

Bentuk helix dan orientasi putaran

Right handed (A, B) / left handed (Z)

Pasangan basa/putaran ~ 11 Watson Crick

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL

STRUKTUR FISIKA DAN KIMIA D N A

Variasi komposisi basa
GC >>>
AT >>> Informasi genom organisme
50:50

Ukuran

Bobot molekul : bobot satu per satu molekul ~ 650 D/pb

Pasang basa: jumlah monomer

Absorpsi radiasi UV
Penentuan konsentrasi DNA 1.0 A260 unit ds DNA 50 g/ml
Penentuan denaturasi DNA 1.0 A260 unit ss DNA 33 g/ml

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

STRUKTUR FISIKA DAN KIMIA D N A

Kerapuhan
Ukuran DNA <<< rapuh
Dalam cairan bisa putus / terfragmentasi
Gaya mekanik
Gaya gerak hidrodinamik

Supercoiling
 Sifat fisik
Struktur DNA sangat fleksibel
 lingkungan ionik parameter
 sifat protein pengikat DNA molekuler
Struktur DNA linier  ujung P dan OH
sirkuler  tidak ada ujung  bentuk supercoil
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL

STRUKTUR FISIKA DAN KIMIA D N A

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

STRUKTUR FISIKA DAN KIMIA D N A

Supercoiling
supercoil
relaxed

Kaitan dengan proses umum DNA in vivo maupun in vitro

Negative supercoil : struktur supercoil akibat pengurangan lilitan

Positive supercoil : struktur supercoil akibat penambahan lilitan

Di dalam sel (prokariot dan eukariot) lebih banyak negative supercoil.

Positive supercoil jarang

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

STRUKTUR FISIKA DAN KIMIA D N A

SUPERCOIL  dipengaruhi oleh enzim TOPOISOMERASE

1. Topoisomerase I : dH supercoil  relaxed

2. Topoisomerase II : relaxed dH  supercoil

DNA gyrase ~ Topoisomerase :

membuat nick pada DNA shg menjadi bentuk relaxed yang mengembang

Nick : putus pada salah satu utas dh.

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

STRUKTUR FISIKA DAN KIMIA D N A

CCC : covalently closed circular

 bentuk sangat kompak

Open circular  relax

Linier: putus kedua utas

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

ANALISA D N A

Elektroforesis : Spektrofotometer UV
-(-) ke (+) -A260
-Buffer -Konsentrasi
-Purity
-Molecular marker/standard

DNA sequencing
-sekuens DNA A T G C
-metode : 1. Maxam Gilbert
2. Sanger

Automated DNA sequencer: primer, DNA polymerase (Taq), dNTP,

ddNTP, template, Gel poliakrilamid, laser beam, buffer
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
 Modul I. BIOMOLEKUL

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI DAN

MENENTUKAN STRUKTUR D N A

DENATURASI

Pemanasan

Alkali : OH- melemahkan ikatan hidrogen  DNA meleleh/denaturasi

Asam : as lemah dan as encer (t ruang)  <<< pengaruh

depurinasi (1 N HCl 100C 15’)  destabilize  ik. Fosfodiester putus
depirimidinasi
Kekuatan ikatan hidrogen : % GC

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI DAN

MENENTUKAN STRUKTUR D N A
DENATURASI
Interaksi hidrofobik
Basa-basa bersifat hidrofobik, tersembunyi di bag. Dalam
senyawa yg melemahkan interaksi hidrofobik : (m Tm)
co: MeOH
Formamide

Tumpukan basa
Efek kooperativitas : ik hidrogen

Kekuatan ionik larutan

Konsentrasi garam :   Tm
  Tm → relatif lebih mudah terdenaturasi
NaCl menetralisir PO4-  Na-DNA (netral)  memperkuat interaksi hidrofobik

Dr. Amarila Malik Apt., M.Si

 Modul I. BIOMOLEKUL

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI DAN

MENENTUKAN STRUKTUR D N A
RENATURASI
DNA bersifat dinamik Fluktuasi struktur DNA
buka-tutup-buka-tutup

Teknik HIBRIDISASI Syarat :

Denaturasi dg formamid  reversibel Kons garam cukup tinggi
Jika >>> formamid  irreversibel • tidak ada gaya tolak
• kemungkinan tumbukan
Renaturasi lebih lambat daripada denaturasi, karena: >>>
• energi u/ bergabung
• waktu u/ mencari pasangan Temperatur cukup tinggi
• faktor tumbukan • mencegah renaturasi intra
utasan
• memungkinkan renaturasi
inter utasan
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si
Dr. Amarila Malik Apt., M.Si