'Dokumen - Tips - Metabolit Primer 559dfe4b4268b
'Dokumen - Tips - Metabolit Primer 559dfe4b4268b
Metabolit primer adalah satu grup reaksi yang saling berhubungan dalam mikroorganisma
yang berhubungan dengan pertumbuhan dan mempertahankan hidup. Metabolit primer secara
mendasar sama pada diseluruh mahluk hidup yang berhubungan dengan pelepasan energi dan
sitesis makromolekul penting seperti protein, asam nukleat, dan material sel lainnya. Ketika
metabolisme promer berhenti, maka organisma tersebut mati. Produk dari metabolisme primer
berhubungan dengan pertumbuhan dan produksi maksimal yang terjadi pada fase logaritmik
pada pertumbuhan dalam sistem kultur batch. Produk-produk katabolik meliputi alkohol, asam
laktat, butanol sedangkan produk anabolik seperti asam amino, enzim dan asam nukleat. Protein
sel tunggal dan khamir juga termasuk dalam kategori tersebut
Metabolit sekunder adalah senyawa metabolit yang tidak essensial bagi pertumbuhan organisme,
merupakan hasil metabolisme yang tidak digunakan untuk proses pertumbuhan, dan ditemukan
dalam bentuk unik atau berbeda beda antara spesies yang satu dengan yang lainnya. Setiap
organisme biasanya menghasilkan senyawa metabolit sekunder yang berbeda beda , bahkan
mungkin satu jenis senyawa metabolit sekunder hanya ditemukan pada satu spesies dalam satu
kingdom. Senyawa ini juga tidak selalu dihasilkan, tetapi hanya pada saat dibutuhkan saja atau
pada fase fase tertentu.
Karakteristik metabolit sekunder adalah heterogen struktur kimianya dan terbatas pada
kelompok makhluk hidup bahkan jenis tertentu. Sintesisnya dibantu oleh enzim yang dikode oleh
materi genetik khusus, serta terdapat kontrol pada biosintesisnya melalui regulasi aktivitas dan
jumlah enzim, kompartemensasi enzim, prekursor, intermediat, serta produk yang terlibat
dalam biosintesis, maupun penyimpanan dan penguraiannya.
Umumnya, senyawa yang diharapkan memiliki fungsi obat pada tanaman berupa
metabolit sekunder. Seperti kita ketahui bahwa senyawa metabolit sekunder diproduksi tanaman
bukan sebagai kebutuhan hidup utamanya atau senyawa ini biasa diproduksi oleh tanaman
sebagai bagian dari sistem pertahanan dirinya, baik terhadap perubahan lingkungan maupun
serangan penyakit. Sesuai dengan fungsinya ini maka kandungan senyawa metabolit sekunder
pada tanaman umumnya tidak setinggi metabolit primernya. Artinya, perbandingan antara jumlah
tanaman yang dirusak atau bahkan ditebang dengan kandungan senyawa aktif yang diperoleh
akan sangat besar.
Manfaat senyawa metabolit sekunder :
1. untuk mempertahankan diri dari kondisi lingkungan yang kurang menguntungkan,
misalnya untuk mengatasi hama dan penyakit, menarik polinator dan sebagai molekul
sinyal.
2. Untuk mempertahankan diri dan berkompetisi dengan makhluk hidup lain di sekitarnya.
Tanaman dapat menghasilkan metabolit sekunder (seperti: quinon, flavonoid, tanin, dll.)
yang membuat tanaman lain tidak dapat tumbuh di sekitarnya. Hal ini disebut sebagai
alelopati.
3. Sebagai obat atau model untuk membuat obat baru, contohnya adalah aspirin yang dibuat
berdasarkan asam salisilat yang secara alami terdapat pada tumbuhan tertentu.
4. Sebagai pestisida dan insektisida, contohnya adalah rotenon dan rotenoid.
5. Beberapa metabolit sekunder lainnya yang telah digunakan dalam memproduksi sabun,
parfum, minyak herbal, pewarna, permen karet, dan plastik alami adalah resin,
antosianin, tanin, saponin, dan minyak volatil.[4]
Senyawa metabolit sekunder diklasifikasikan menjadi 3 kelompok utama, yaitu:
Fenolik (Senyawa ini terbuat dari gula sederhana dan memiliki cincin benzena,
hidrogen, dan oksigen dalam struktur kimianya.) Contohnya asam fenolat, kumarina,
lignin, flavonoid, dan tanin.
Metabolit sekunder dari mikroba ternyata merupakan bahan baku obat yang tak ternilai
harganya, perlu terus menerus mendapat perhatian kita semua. Pemanfaatan teknologi
bioteknologi terhadap mikroba di rasa sangat membantu untuk memperoleh metabolit sekunder.
Produksi metabolit sekunder dapat dilakukan secara in vitro dalam skala besar. Demikian pula
rekayasa genetika dan transformasi genetik dapat meningkatkan produksi metabolit sekunder.
Peran mikroba yang dapat memproduksi metabolit sekunder berupa antibiotik dapat dilakukan
dengan berbagai cara. Salah satunya dengan teknik fermentasi yang sangat potensial untuk terus
dikembangkan guna memperoleh metabolit sekunder yang dapat digunakan untuk mengobati
berbagai jenis penyakit
Berlawanan dengan metabolisme primer yang berhubungan dengan pertumbuhan dari sel
dan kelangsungan hidup organisma, metabolisme sekunder, yang pertama kali diteliti pada
tanaman tingkat tinggi memiliki karakteristik sebgai berikut :
- Metabolisme sekunder tidak memiliki fungsi yang jelas pada organisma. Organisma akan terus
hidup walaupun metabolisme sekunder diblok oeh bahan biokimia yang sesuai.
- Metabolit sekunder diproduksi sebagai respon terhadap terbatasnya bahan makanan. Oleh
karena itu diproduksi setelah fase pertumbuhan, pada akhir fase pertumbuhan logaritmik dan
pada fase stasioner (pada sistem kultur batch). Produk ini dapat lebih mudah dikontrol pada
kultur kontinu.
- Metabolisme sekunder muncul hanya pada beberapa spesies tumbuhan dan mikroorganisme
(pada kasus tertentu pada binatang). Oleh karena itu produk dari metabolit sekunder digunakan
sebagai karakteristik dari suatu spesies.
- Metabolit sekunder biasanya memiliki keanehan seperti struktur kimia yang tidak biasa dan
beberapa berhubungan dengan metabolit yang dihasilkan oleh tipe strain asli (wild). Penelitian
lanjut menunjukkan adanya keberadaan variasi alternatif siklus yang ada.
- Kemampuan dalam memproduksi metabolit sekunder tertentu, terutama pada strain yang
digunakan dalam industri, mudah hilang. Fenomena ini dikenal dengan degenerasi strain.
- Kehilangan kemampuan dalam mensintesa metabolit sekunder terjadi terutama karena
perlakuan penambahan pewarna acridin, terkena panas tinggi atau perlakuan lainnya yang
menginduksi kehilangan plasmid. Produksi metabolit sekunder dipercayai dikontrol oleh plasmid
(pada beberapa kasus) daripada disebabkan oleh kromosom organisma. Konfirmasi dari
kemungkinan oelh plasmid dalam mengontrol metabolit sekunder terjadi pada kasus leupetin,
dimana kehilangan kemampuan dalam menghasilkan metabolit akibat iradiasi dapat
dikembalikan dengan cara mengkonyugasikannya dengan induknya.
- Faktor-faktor yang menyebabkan metabolisme sekunder, penginduksi, juga menyebabkan
terjadinya perubahan (morphogenesis) morfologi pada organisma.
Induksi Metabolit Sekunder
Ribuan metabolit sekunder dengan berbagai jenis unsure kimia dan efek-efek fisiologi telah
ditemukan. Walaupun yang paling diminati dari produk metabolit sekunder tersebut adalah
antibiotic.
Pada kenyataannnya, manfaat yang besar dari metabolit sekunder hingga saat ini belum
diidentifikasi dan belum dimanfaatkan, hal tersebut mungkin disebabkan oleh metode screening
yang kebanyakan bertumpu pada penemuan bahan-bahan antibiotic
Sumber utama dari karbon dan energy untuk media industri adalah karbohidrat. Akihr-akhir ini
sering digunakan hydrocarbon sebagai sumber penganti. Katabolisme dari senyawa-senyawa
tersebut akan diterangkan di bawah ini secara singkat karena merupakan rangka karbon dari
sintesis metabolit primer dan sekunder. Hubungan antara siklus dari metabolism primer dengan
metabolism sekunder juga akan diterngakan secara singkat di bawah ini.
5.5.1 Katabolisme dari karbohidrat
Empat siklus dari kaatbolisme dari karbohidrat hingga menjadi asam piruvat telah diketahui.
Empat siklus tersebut terjadi pada bakteri, aktinomicetes dan fungi termasuk juga khamir.
Empat siklus tersebut adalah Embden-Meyerhof-Parmas, Siklus Pentose Phosphate, sikus Entner
Duodoroff dan siklus Phosphoketolase. Walaupun siklus tersebut untuk memecah glukosa, tetapi
karbohidrat lainnya juga dapat dianggap sama siklus pemecahan yang terjadi
Ketika metabolisme promer berhenti, maka organisma tersebut mati. Produk dari metabolisme
primer berhubungan dengan pertumbuhan dan produksi maksimal yang terjadi pada fase
logaritmik pada pertumbuhan dalam sistem kultur batch. Produk-produk katabolik meliputi
alkohol, asam laktat, butanol sedangkan produk anabolik seperti asam amino, enzim dan asam
nukleat. Protein sel tunggal dan khamir juga termasuk dalam kategori tersebut
Empat siklus tersebut adalah Embden-Meyerhof-Parmas, Siklus Pentose Phosphate, sikus Entner
Duodoroff dan siklus Phosphoketolase. Walaupun siklus tersebut untuk memecah glukosa, tetapi
karbohidrat lainnya juga dapat dianggap sama siklus pemecahan yang terjadi.
(i) The Embden-Meyerhof-Parnas (EMP Pathways): Hasil akhir dari siklus ini adalah
mendegradasi glukosa (C6) menjadi pyruvat (C3) (Gambar 5.3). Daalm kondisi aerobic biasanya
fungsinya tergabung dengan siklus asam Trikarboksilat yang akan mengoksidasi piruvat menjadi
CO2 dan H2O. Dalam kondisi anaerobic piruvat difermentasi menjadi berbagai macam produk
fermentasi, beberapa merupakan produk penting dalam industry.
(ii)
(ii) The pentose Phosphate Pathway (PP): Disebut juga HexoseMonophosphate Pathway
(HMP) atau siklus phosphogluconate. JIka prouk akhir dari siklus EMP adalah piruvat senyawa
C3, pada siklus PP tidak ada prduk akhir, tetapi gabungan dari triosa (C3), pentose (C5), heksosa
(C6) dan heptosa (C7) fofat. Tujuan utama dari swiklus PP utamanya adalah untuk menghasilkan
energy dalam pembentukan NADP2 untuk biosintesis dan tujuan-tujun lainnya dan pentose fosfa
untuk sintesis nukleotida (Fig 5.4)
(iv) The Phosphoketolase Pathway: `PAda beberapa bakteri fermentasi glukosa menghasilkan
asam laktat, ethanol dan CO2. Pentosa juga difermentasi menjadi asam laktat dan asam asetat,
sebagai contoh adalah Leuconostoc mesenteroides. (Gambar 5.6)
molekul glukosa hingga dihasilkannya asam piruvat). Semua reaksi ini terjadi di dalam
sitoplasma.
Pada kondisi oksidatif, kedua molekul asam piruvat ini akan masuk kedalam mitokondria
dan diubah menjadi dua molekul asetil-coenzim A (CoA) (C2) dengan melepaskan 2
molekul CO2. Asetil co A kemudian bergabung dengan oksaloasetat (C4) membentuk
asam sitrat (C6). Dari sini proses akan berulang-ulang dengan bantuan sebuah siklus
siklus asam trikarboksilat (TCA). Setiap kali satu putaran siklus selesai akan dihasilkan
energi sebesar 2 molekul ATP.
JALUR-JALUR PROSES TERJADINYA METABOLIT SEKUNDER
Biosintesis metabolit sekunder sangat beragam tergantung dari goIongan senyawa yang
bersangkutan. Jalur yang biasanya dilalui dalam pembentukan metabolit sekunder ada
tiga jalur, yaitu jalur asam asetat, jalur asam sikimat, dan jalur asam mevalonat.
Jalur asam asetat.
1. Poliketida meliputi golongan yang besar bahan alami yang digolongkan berdasarkan
pada biosintesisnya. Keanekaragaman struktur dapat dijelaskan sebagai turunan rantai
poli--keto, terbentuk oleh koupling unit-unit asam asetat (C2) via reaksi kondensasi.
2. Termasuk poliketida adalah asam temak, poliasetilena, prostaglandin, antibiotika
makrolida, dan senyawa aromatik seperti antrakinon dan tetrasiklina.
3. Pembentukan rantai poli--keto dapat digambarkan sebagai sederet reaksi Claisen,
keragaman melibatkan urutan -oksidasi dalam metabolisme asam lemak. Jadi, 2
molekul asetil-KoA dapat ikut serta datam reaksi Claisen membentuk asetoasetilKoA, kemudian reaksi dapat berlanjut sampai dihasilkan rantai poli--keto yang
cukup .
Akan tetapi studi tentang enzim yang terlibat dalam biosintesis asam Iemak belum
terungkap secara rinci. Namun demikian, dalam pembentukan asam lemak
melibatkan enzim asam Iemak sintase seperti yang dibahas.
Jalur asam sikimat
Jalur asam sikimat merupakan jafur alternatif menuju senyawa aromatik, utamanya Lfenilalanin. L-tirosina. dan L-triptofan. Jalur ini berlangsung dalam mikroorganisme dan
tumbuhan, tetapi tidak berlangsung dalam hewan, sehingga asam amino aromatik
merupakan asam amino esensial yang harus terdapat dalam diet manusia maupun hewan.
Zantara pusat adalah asam sikimat, suatu asam yang ditemukan dalam tanaman IlIicium
sp. beberapa tahun sebelum perannya dalam metabolisme ditemukan. Asam ini juga
terbentuk dalam mutan tertentu dari Escherichia coli. Adapun contoh reaksi yang terjadi
dalam biosintesis asam polifenolat. Dalam biosintesis L-triptofan dan asam 4hidroksibenzoat juga terjadi zantara asam korismat.
Terpenoid merupakan bentuk senyawa dengan keragaman struktur yang besar dalam
produk alami yang diturunkan dan unit isoprena (C5) yang bergandengan dalam
model kepala ke ekor (head-to-tail), sedangkan unit isoprena diturunkan dari
metabolisme asam asetat oleh jalur asam mevalonat (mevalonic acid : MVA).
Adapun reaksinya adalah sebagai berikut:
Gambar 1. Jalur asetat dalam pembentukan IPP yang merupakan batu bata
pembentukan terpenoid
JALUR METABOLISME