BAB II

PEMBAHASAN

A. DUPLIKASI GEN
Makna evolusi duplikasi gen pertama kali dicetuskan oleh Haldane (1932)
dan Muller (1935), yang menyatakan bahwa duplikasi gen yang berlebihan dari
gen dapat menyebabkan adanya mutasi yang berbeda dan pada akhirnya akan
muncul sebagai gen baru. Duplikasi gen pertama kali di amati oleh Bridges (1936)
pada Bar lokus di Drosophila, namun sebagian contoh kecil duplikasi gen
ditemukan sebelum munculnya biokimia dan teknik biomolekuler. Pengembangan
metode sekuensing protein pada tahun 1950an menjadi alat pertama untuk
pembelajaran proses evolusi dalam jangka panjang, dan di akhir tahun 1950an
rantai dan hemoglobin diketahui memiliki turunan dari duplikasi gen (Itano
1957; Rhinesmith et al., 1958;. Braunitzer et al., 1961).
Lebih lanjut, isozyme dan penelitian scytologi memberikan bukti
seringnya terjadi duplikasi gen selama evolusi. Berdasarkan bukti berbagai jenis
studi, Ohno (1970) mengemukakan bahwa duplikasi gen merupakan satu-satunya
sarana yang dapat memunculkan gen baru. Selanjutnya, Gilbert (1978)
mengemukakan bahwa rekombinasi dalam intron menyediakan mekanisme untuk
pertukaran urutan ekson antar gen. Banyak contoh pertukaran ekson telah
ditemukan, hal ini menunjukkan bahwa mekanisme ini telah memainkan peran
penting dalam evolusi gen eukariot dengan fungsi yang baru.

Tipe Duplikasi Gen

Peningkatan jumlah salinan dari segmen DNA dapat dibawa oleh beberapa
jenis duplikasi gen. Duplikasi gen umumnya diklasifikasikan berdasarkan luasnya
wilayah genom yang terlibat. Berikut ini jenis duplikasi yang telah diketahui: 1)
sebagian atau parsial atau duplikasi gen internal, 2) duplikasi gen lengkap, 3)
duplikasi kromosom sebagian, 4) duplikasi kromosom lengkap, 5) poliploidi atau
duplikasi genom. Empat duplikasi pertama disebut sebagai duplikasi regional,
karena tidak mempengaruhi seluruh set kromosom haploid. Ohno (1970)
berpendapat bahwa duplikasi genom umumnya lebih penting dibandingakan
dengan duplikasi regional, karena hanya bagian dari sistem regulasi gen struktural
yang dapat di duplikasi, dan ketidakseimbangan tersebut dapat mengganggu
fungsi normal duplikasi gen. Namun, duplikasi regional memainkan peran penting
dalam evolusi.
Mekanisme molekuler utama yang bertanggung jawab untuk duplikasi gen
yaitu unequal crossing over. Antara Unequal crossing over dengan urutan sejajar
menimbulkan daerah duplikasi tandem pada satu kromosom, dan penghapusan
komplemen pada sisi lain, yang panjangnya tergantung pada ukuran urutan sejajar
tersebut. Unequal crossing over difasilitasi oleh kehadiran pengulangan urutan
duplikasi. setelah urutan DNA mengalami duplikasi di tandem, proses duplikasi
gen dapat dilanjutkan atau proses Cascading semakin dipercepat karena
kesempatan unequal crossing over ditambah dengan jumlah salinan duplikasi.
Duplikasi DNA telah lama diketahui sebagai faktor penting dalam evolusi
pada tingkat genom. Secara khusus, duplikasi seluruh genom (atau sebagian besar
dari genom, seperti kromosom) dapat mengakibtakan subtansi genom tiba-tiba
bertambah besar. Peristiwa duplikasi genom telah diketahui berulang kali selama
evolusi pada berbagai kelompok organisme.

Domains dan Exons

Domain adalah wilayah dengan protein yang memiliki fungsi tertentu,
seperti mengikat substrat, atau bagian yang stabil, tempat pelipatan atau
pelekukan, unit struktural kompak dalam protein yang dapat dibedakan dari
semua bagian. Bagian awal disebut sebagai domain fungsional, dan bagian yang
terakhir disebut sebagai domain struktural atau modul (G5 dan Nosaka 1987).
Batas-batas domain seringkali sulit dikenali karena banyak fungsi residu asam
amino yang tersebar diseluruh polipeptida. Struktural modul, pada bagian lain
adalah co-linear dengan urutan asam amino dari protein (yaitu modul yang terdiri
dari urutan asam amino).
Perbedaan diatas penting ketika mempertimbangakan mekanisme evolusi
yang tepat oleh multidominan protein yang ada di dalamnya. Jika domain
fungsional bertepatan dengan modul, efek duplikasi akan meningkatkan segmen
fungsional. Sebaliknya, jika domain fungsional yang diberikan oleh residu asam
amino tersebar di antara modul yang berbeda, efek duplikasi dari modul tunggal
mungkin tidak akan fungsional. Pengulangan internal ditemukan pada banyak
protein seringkali sesuai dengan modul struktural atau modul tunggal domain
fungsional (Barker et al., 1978).
Identifikasi protein pada modul biasanya dilakukan dengan memakai
metode grafis yang disebut plot G (G 1981). Pada metode ini, residu asam
amino pada protein yang tercantum berturut-turut pada dua sumbu dari matriks
dua dimensi. Mengingat struktur tersier dari protein, sebuah tanda plus (+) yang
dimasukkan dalam matriks jika jarak antara dua residu yang sesuai lebih besar
dari nilai yang sudah ditentukan (gambar 1.1). Untuk protein globular, nilai yang
digunakan biasanya dalam radius lingkup yang mengandung protein globular,
dilambangkan sebagai R. Dalam kasus normal, domain diidentifikasi dengan jelas
sebagai daerah yang kosong, non overlapping, segitiga siku-sudut yang
hypotenuses berada di diagonal plot G, dan sisi yang ditentukan oleh empat
persegi panjang yang berbeda mengandung gugus tanda plus (Gambar 2.1a). Pada
kasus yang tidak umum, kemungkinan terdapat tumpang tindih, di antara segitiga
kosong yang berdekatan (Gambar 2.1b). Pada kehidupan nyata, situasi mungkin
jauh lebih kompleks, dan metode statistik kompleks digunakan untuk
mengidentifikasi lokasi batas yang paling mungkin diantara modul. Gambar 2.1c
menunjukkan plot G untuk subunit hemoglobin manusia.
Secara teoritis, beberapa kemungkinan hubungan dapat diketahui antara
domain struktural dan pengaturan ekson pada gen (Gambar 2.2). G (1981)
menemukan bahwa protein globular untuk devisi modul internal telah ditentukan,
lebih atau kurang ada korespondensi yang tepat antara ekson gen dan domain
struktural pada protein produk (Gambar 2.2a dan b). Pada beberapa kasus, satu
modul ditemukan, dikode oleh lebih dari satu ekson (Gambar 2.2d). Suatu
kejanggalan lengkap antara struktur modul dari protein dan pembagian gen ke
dalam ekson (Gambar 2.2e) tidak terdapat dalam penelitiannya. Dalam sejumlah
besar kasus, beberapa modul yang berdekatan ditemukan dikode oleh ekson yang
sama (Gambar 2.2c).

Gambar 2.1. Plot G

(Sumber: Graur, 2000).

Gambar 2.1 diatas menunjukkan plot G yang dapat digunakan untuk

mengidentifikasi protein pada modul. Sebuah tanda plus dimasukkan dalam
matriks jika jarak antara dua residu asam amino yang sesuai lebih besar dari jari-
jari protein. (A) Sebuah kasus umum, di mana modul dapat diidentifikasi dengan
jelas, tidak mungkin untuk menarik garis horizontal atau vertikal lainnya tanpa
memotong melalui blok tanda plus. (B) Sebuah kasus yang kurang umum, di
mana beberapa alternatif horisontal dan garis vertikal dapat ditarik, dan batas-
batas antara modul yang berdekatan diidentifikasi sebagai rentang (garis tebal).
(C) Sebuah plot G sebenarnya untuk rantai hemoglobin dari manusia. Radius
protein adalah 27. Posisi prediksi dari intron ditampilkan pada sisi miring.
Sebuah rantai gen manusia hanya terdiri dari tiga ekson. G (1981) mendalilkan
bahwa peleburan terjadi antara dua ekson sebagai hasil hilangnya intron pusat.
Panah menandai posisi yang diprediksikan dari intron pusat. Prediksi ini
ditanggung oleh temuan intron pada gen leghemoglobin serta di beberapa gen
globin invertebrata. Dimodifikasi dari G (1981).

Gambar 2.2. Lima kemungkinan hubungan antara susunan ekson dalam gen dan domain
structural proteinnya (Sumber: Graur, 2000).

Gambar 2.2 di atas menunjuukan bahwa susunan ekson dalam gen dan
domain structural proteinnya ada lima kemungkinan. Untuk yang pertama, Setiap
ekson sesuai persis dengan domain struktural (a); kedua, korespondensi ini hanya
perkiraan (letak exon tidak secara tepat pada satu protein namun secara perkiraan)
(b); ketiga, Sebuah ekson mengkodekan dua atau lebih domain (c); keempat,
Sebuah domain struktural tunggal dikodekan oleh dua atau lebih ekson (d); dan
kelima, Kurangnya korespondensi antara ekson dan domain. struktural domain
dari protein yang ditunjuk oleh kotak yang berbeda (arsiran, hitam, putih, dan
abu-abu) (e).
Pada hemoglobin vertebrata rantai dan , misalnya terdiri dari empat
domain, sedangkan gen mereka hanya terdiri dari tiga ekson, yang mengkode
kedua domain yang berdekatan. G (1981) mengendalikan penggabungan yang
terjadi antara dua ekson sebagai akibat hilangnya intron pusat. Gen globin
homolog pada tumbuhan (leghemoglobins) ditemukan mengandung intron
tambahan atau sangat dekat pada posisi yang diprediksi oleh struktur domain dari
globins vertebrata (Landsman et al., 1986). Intron serupa ditemukan pada gen dari
nematoda Pseudoterranova decipiens (Dixon et al., 1991). Menariknya, gen
globin-encoding dari nematoda Caenorhabditis elegans ditemukan mengandung
intron tunggal yang sesuai di posisi intron pusat di leghemoglobins (Kloek et al.,
1993). Dengan demikian, selama evolusi keluarga gen globin dari empat ekson
gen leluhur, beberapa garis keturunan kehilangan beberapa atau semua tiga intron
mereka, sehingga menghasilkan mutasi ekson-intron (Gambar 2.3).

Gambar 2.3. Hilangnya intron selama evolusi gen globin. Leluhur gen globin leluhur
memiliki empat ekson dan tiga intron. Beberapa globins (misalnya, pada
tanaman) ditahan pada struktur leluhur, sementara garis keturunan lainnya
kehilangan satu atau lebih intron. Nomor yang dilingkari mewakili
hilangnya intron. Perhatikan bahwa intron tidak digambar dengan skala.
 Skema ini didasarkan pada pohon filogenetik tentatif oleh Goodman et al.,
(1988).

Dalam sebagian besar kasus, duplikasi domain di tingkat protein

menunjukkan bahwa duplikasi ekson telah terjadi di tingkat DNA, oleh karena
duplikasi ekson adalah salah satu jenis paling penting dari duplikasi gen internal.
Gen eukariotik umumnya terdiri dari banyak ekson dan intron, dan ekson antara
tetangga sering identik atau sangat mirip satu sama lain. Selain itu, banyak protein
dari organisme masa kini menunjukkan pengulangam internal sekuens asam
amino, dan sering mengulangi domain fungsional atau struktural dalam protein
(Barker et al., 1978). Hal ini menunjukkan bahwa banyak protein yang dibentuk
oleh duplikasi gen internal dan fungsi dari protein ini ditingkatkan dengan
meningkatkan stabilitas mereka atau jumlah situs aktif. Duplikasi internal juga
dapat memberikan segmen DNA berlebihan yang dapat memungkinkan gen untuk
mengembangkan fungsi baru. Banyak gen yang kompleks dalam organisme masa
kini mungkin telah berevolusi dari gen primordial yang sederhana dan kecil
melalui duplikasi internal dan modifikasi berikutnya (Li 1983).

Duplikasi Domain dan ELongasi Gen

Hasil survei gen eukariotik saat ini menunjukkan bahwa duplikasi internal
sering terjadi dalam evolusi. Peningkatan ukuran gen, atau gen mengalami
elongasi, adalah salah satu langkah yang paling penting dalam evolusi gen
kompleks dari yang sederhana. Secara teoritis, pemanjangan gen juga dapat terjadi
dengan cara lain. Misalnya, perubahan mutasi mengubah kodon stop ke kodon
sense juga bisa memanjangkan gen. Demikian pula, baik penyisipan dari segmen
DNA asing ke dalam ekson atau terjadinya mutasi melenyapkan situs splicing
akan mencapai hasil yang sama. Jenis perubahan molekul kemungkinan besar
akan mengganggu fungsi pemanjangan gen, karena akan menambahkan random
array asam amino pada daerah tersebut. Dalam sebagian besar kasus, seperti
perubahan molekul telah ditemukan terkait dengan manifestasi patologis.
Misalnya, kelainan hemoglobin Constan spring dan Icaria mengakibatkan
mutasi yang mengubah kodon stop ke kodon untuk glutamin dan lisin, sehingga
terdapat 30 residu tambahan untuk rantai pada varian ini (Weatherall dan Clegg
1979).
Sebaliknya, duplikasi dari struktur domain cenderung kurang bermasalah.
Duplikasi tersebut dapat beberapa kali bahkan meningkatkan fungsi dari protein
yang dihasilkan, misalnya dengan meningkatkan jumlah situs aktif (perubahan
kuantitatif), sehingga memungkinkan gen untuk menjalankan fungsinya lebih
cepat dan efisien, atau dengan memiliki efek sinergis yang menghasilkan fungsi
baru (perubahan kualitatif). Salah satu contohnya adalah daerah dinukleotida
mengikat dehidrogenase gliseraldehida-3-fosfat (GAPDH) dan alkohol
dehidrogenase (ADH). Pada banyak spesies, wilayah-wilayah yang mengikat
terdiri dari dua domain (Gambar 2.4). Masing-masing domain terdiri dari tiga
homolog -folding unit, dilambangkan A, B, dan C dalam domain N-terminal
dan D, E, dan F dalam domain C-terminal. Seluruh wilayah pengikatan
dinukleotida dikodekan oleh lima ekson, tiga untuk domain N-terminal dan dua
untuk domain C-terminal. Setiap koenzim hanya mengikat domain
mononukleotida. Seluruh wilayah diduplikasi, sehingga tidak hanya dapat
mengikat dua mononucleotida, tetapi juga di nukleotida.

Gambar 2.4. Skenario hipotesis untuk evolusi pada pengikatan wilayah dinukleotida
(Sumber: Graur, 2000).
 Gambar 2.4 di atas menunjukkan gambaran hipotesis untuk menceritakan
terjadinya evolusi pada pengikatan wilayah dinukleotida. Ekson ditampilkan
sebagai kotak yang dihubungkan oleh intron, yang ditampilkan dalam bentuk
garis. Leluhur -folding Unit dikodekan oleh ekson mengalami dua peristiwa
duplikasi untuk menghasilkana triexonic mononukleotida-binding domain.
Duplikasi dari tiga ekson mengakibatkan terciptanya dua domain
mononukleotida-binding. Modifikasi berikutnya dari urutan utama memunculkan
daerah pengikatan dinucleotide . Susunan pentaexonic ini disebabkan oleh
hilangnya intron.
Kemungkinan kedua, munculnya fungsi baru sebagai duplikasi gen parsial
untuk salinan internal, hal demikian menyimpang dari urutan, akhirnya masing-
masing melakukan fungsi yang berbeda. Misalnya, daerah variabel dan konstan
gen immunoglobulin yang kemungkinan berasal dari sebuah domain primordial
umum, tetapi memiliki sifat yang berbeda (Leder 1982). Dengan demikian,
walaupun berasal dari nenek moyang molekul yang umum, wilayah variabel
imunoglobulin mengikat antigen, sedangkan wilayah konstan menengahi fungsi
non-antigenik. Banyak gen yang kompleks mungkin telah muncul dengan cara ini.
Bahkan jika duplikasi internal yang tidak melibatkan situs aktif, mungkin
masih menguntungkan. Misalnya, peristiwa duplikasi melibatkan domain
struktural terlibat baik dalam pemberian stabilitas spasial untuk protein atau
melindungi bagian aktif yang secara tidak langsung dapat mengubah fungsi
protein atau mengakibatkan umur panjang, Sebagai contoh, yang disebut PEST
polipeptida-protein kaya prolin (P), asam glutamat (E), serin (S), dan treonin (T),
mereka ditemukan terdegradasi dengan cepat dalam sel eukariotik sel (Rogers et
al.,. 1986).
Dalam beberapa kasus, duplikasi domain PEST ditemukan dalam protein,
sehingga menyebabkan degradasi yang sangat cepat, yang penting dalam protein,
seperti pada faktor nuklir, yang memiliki fungsi tertentu (Chevaillier 1993). Hal
ini juga telah menyarankan bahwa, selama mereka tidak mengganggu fungsi
normal, duplikasi domain yang berlebihan dapat dipertahankan tanpa batas dalam
genom, dan mungkin berfungsi sebagai bahan baku untuk membuat fungsi baru.
Bagian berikut menyajikan beberapa contoh duplikasi gen internal yang untuk
menggambarkan konsekuensi dari perpanjangan gen selama evolusi (Graur,
2000).

Gen Ovomucoid
Ovomucoid adalah inhibitor tripsin, enzim yang mengkatalisis pencernaan
protein. Terdapat dalam albumen (putih telur) burung. Polipeptida ovomucoid
dapat dibagi menjadi tiga domain fungsional (Gambar 2.5).

Gambar 2.5 Tiga domain fungsional dari ovomucoid dari ayam dan tingkat kesamaan
pada urutan antara domain asam amino dan tingkat nukleotida. Intron B-G
yang ditunjukkan oleh panah. Intron A mengganggu 5' non coding region
dan tidak terlihat. Data dari Stein et al., (1980) dan O'Malley et al., (1982).

Setiap domain mampu mengikat satu molekul baik tripsin atau serin
proteinase lain. Daerah DNA coding untuk tiga domain fungsional jelas berbagi
dari asal mula yang sama dan terpisah satu sama lain oleh intron (Stein et al.,
1980). Domain I dan II, I dan III, dan II dan III pada asam amino terlihat pada 46,
33, dan 30%, dan masing-masing terdapat pada 66, 42, dan 50% pada urutan
nukleotida. Masing-masing terdiri dari tiga wilayah, dua ekson dipisahkan oleh
intron dan dua ekson menunjukkan ada kesamaan di antara mereka. Dengan
demikian, gen ovomucoid tampaknya berasal dari satu gen domain primordial
yang disebabkan dua duplikasi internal yang masing-masing melibatkan dua
ekson tetangga. Karena domain I dan II lebih mirip satu sama lain daripada baik
domain III, mereka mungkin berasal dari duplikasi kedua, sementara domain III
adalah produk dari duplikasi pertama.

Peningkatan Fungsi Alel dalam Alel 2 pada Haptoglobin

Contoh terkenal dari peningkatan fungsi konsekuensi dari duplikasi gen
internal adalah alel haptoglobin 2 pada manusia (Smithies et al., 1962).
Haptoglobin adalah protein tetrameric yang terbuat dari dua rantai dan dua
rantai . Kedua rantai diproduksi oleh gen yang sama sebagai single polipeptida,
yang kemudian dibelah pada residu arginin untuk menghasilkan sununit dan .
Haptoglobin ditemukan dalam serum darah, berfungsi mengangkut glikoprotein
untuk menghilangkan hemoglobin bebas dari sirkulasi vertebrata. Pada manusia,
haptoglobin adalah polimorfik karena keberadaan tiga alel umum: slow 1
(1S), fast 1 (1F), dan 2.
Alel 2 kemungkinan dibuat oleh nonhomologous crossing over berbeda
dengan intron dari dua alel 2 dalam membawa kedua individu heterozigot slow
1 (1S), fast 1 (1F) pada varian elektroforesis. Duplikasi internal sekitar 1,7
kb, dan 177 bp pada bagian exonic, hampir dua kali lipat panjang polipeptida (84-
143 asam amino). Sebagai konsekuensi, stabilitas kompleks haptoglobin-
hemoglobin dan efisiensi rendering kelompok heme dari hemoglobin rentan
terhadap degradasi yang meningkat pesat (Hitam dan Dixon 1968).
Alel 2 kemungkin berasal dari baru-baru ini, setidaknya lebih baru
daripada perpecahan antara manusia-simpanse, tetapi memiliki frekuensi yang
cukup tinggi (30-70%) di Eropa dan di bagian Asia (Mourant et al., 1976). Jika
memang individu yang membawa alel 2 memiliki keuntungan khusus karena
membawa alel 2, ada kemungkinan bahwa di masa depan alel 2 akan menjadi
tetap dalam populasi manusia dengan mengorbankan varian 1. Menariknya,
bahkan lebih lama alel, 3 (atau haptoglobin Johnson), adalah ditemukan pada
populasi manusia. Alel ini berisi pengulangan tandem tiga kali lipat dari segmen
1.7-kb yang sama terlibat dalam duplikasi alel 2 (Oliviero et al., 1985).

Asal Gen Antibeku Glikoprotein

Cairan tubuh yang paling teleosts (ikan pari-bersirip) membeku pada suhu
berkisar dari -1.0 C hingga -0,7 C. Oleh karena itu, sebagian besar ikan tidak
dapat bertahan hidup pada suhu pembekuan (-1,9 C) di Samudera Antartika.
Kekuatan pembekuan ikan di Antartika ini disebabkan adanya protein di dalam
darah yang menurunkan suhu pembekuan dengan menyerap kristal es kecil dan
menghambat pertumbuhan mereka, yang dikenal dengan pecahnya membran sel.
Ada beberapa protein seperti, protein antibeku I, II, dan III, dan antibeku
glikoprotein. Kasus gen antibeku glikoprotein pada toothfish Antartika
(Dissostichus mawsoni) berasal dari duplikasi gen internal.
Ada banyak glikoprotein antibeku yang berbeda ikan, masing-masing
sebagian besar terdiri dari dua pengulangan tripeptide sederhana: Thr-Ala-Ala dan
Thr-Pro-Ala. (Perhatikan bahwa keluarga kodon prolin berbeda dari alanin yang
merupakan keluarga kodon nukleotida tunggal.) Antibeku glikoprotein dikodekan
oleh keluarga gen besar, di mana masing-masing gen mengkode prekursor
poliprotein yang dipecah pascatranslasi untuk menghasilkan beberapa molekul
antibeku glikoprotein. Chen et al., (1997) menandai satu gen antibeku
glikoprotein dari toothfish Antartika dan menemukan bahwa gen itu berasal dari
gen encoding tripsinogen pankreas (Gambar 2.6). Sejarah evolusi gen antibeku
glikoprotein gen dapat direkonstruksi secara akurat, terutama karena gen itu
disimpulkan telah muncul pada 5-14.000.000 tahun yang lalu, sebuah estimasi
dengan perkiraan pembekuan Samudra Antartika (10-14.000.000 tahun yang lalu).
 Gambar 2.6. jalur evolusi dari gen leluhur tripsinogen (Sumber: Graur, 2000).

Gambar 2.6 di atas menunjukkan sebuah jalur evolusi, kemungkinan

dimana suatu gen leluhur tripsinogen dengan enam ekson (kotak bernomor)
berubah menjadi sebuah gen antibeku glikoprotein di Antartika toothfish
(Dissostichus mawsoni). Berikut penghapusan dan exonization lima nukleotida
intronic (digarisbawahi huruf kecil) pada gen tripsinogen leluhur, gen baru dengan
dua ekson muncul (Kedua ekson ditandai "6" untuk menekankan keturunan nya,
dan kodon stop baru yang dibawa ke dalam bingkai oleh exonization yang
ditandai dengan tanda bintang.) Urutan encoding Thr-Ala-Ala digandakan untuk
membuat pengulangan empat kali lipat, dan pengaturan urutan pendek diketahui
(pada kotak) ditambahkan ke unit berulang. Beberapa duplikasi gen internal yang
mengakibatkan pengulangan 41 kali. Penambahan panjang urutan -1,7 kb untuk
intron yang diindikasikan sebagai lingkaran segitiga. Penambahan ini bisa terjadi
pada salah satu dari langkah-langkah sebelumnya dalam evolusi gen ini, dan
penambahan diakhir untuk kenyamanan grafis saja.
Sejarah evolusi gen antibeku glikoprotein dapat diringkas seperti yang
ditunjukkan pada Gambar 2.6. Penghapusan awal di leluhur gen tripsinogen,
dimulai dari nukleotida 6 di ekson kedua dan diakhiri pada salah satu nukleotida
sebelum dimulainya ekson 6, dan menciptakan gen baru dengan dua ekson. Empat
nukleotida dari intron pertama dan satu dari intron kelima menjadi bagian dari
ekson yang baru dibuat ini, yang membaca frameshifted singkat pada bingkai
yang mengkodekan tetrapeptide (Thr-Ala-Ala-Gly) sebelum mencapai frame baru
di kodon stop (TGA). Urutan 12-bp mengkode tiga asam amino pertama (Thr-
Ala-Ala) diduplikasi dua kali untuk membuat pengulangan empat kali lipat dari
tripeptide ini. Berikut ini putaran awal duplikasi, pengaturan jarak urutan asal
tidak diketahui ditambahkan ke ujung 3' dari unit berulang.
Urutan yang dihasilkan kemudian digandakan beberapa kali untuk
menghasilkan 41 pengulangan diikuti oleh kodon Gly dari tetrapeptide yang asli
dan kodon stop. Pengaturan urutan jarak pengkodean peptida yang berfungsi
sebagai sinyal untuk pembelahan antibeku glikoprotein polipeptida menjadi
protein aktif. Kadang-kadang sepanjang garis dari leluhur gen tripsinogen hingga
gen antibeku glikoprotein berurutan dengan panjang sekitar 1,7 Kb ditambahkan
ke intron tersebut. Kemungkinan, penyisipan ini tidak memiliki konsekuensi
fungsional. Kami mencatat bahwa fungsi yang baru telah dibuat oleh beberapa
peristiwa mutasi (sebagian besar duplikasi gen internal) dalam kurun waktu yang
sangat singkat. Dengan demikian, gen baru telah mengalami seleksi positif intens,
kemungkinan besar karena pergeseran tiba-tiba dalam kondisi lingkungan
(Logsdon dan Doolittle, 1997).

Prevalensi Duplikasi Domain

Perpanjangan gen selama evolusi sebagian besar bergantung pada
duplikasi domain. Tabel 2.1 menyajikan daftar gen yang memiliki bukti duplikasi
internal selama sejarah evolusi mereka. Semua melibatkan satu atau lebih
duplikasi domain, dan beberapa urutan (misalnya, ferredoxin, albumin serum, dan
tropomiosin rantai) berasal dari perkalian dari urutan primordial, sehingga
menghasilkan struktur berulang yang mengambil seluruh yang panjang protein.
Dalam setiap contoh, duplikasi bisa mudah disimpulkan dari kesamaan urutan
protein atau DNA. Kemungkinan banyak gen kompleks lainnya yang telah
berevolusi dengan duplikasi gen internal, tetapi kemungkinan adanya
penyimpangan pada daerah mereka yang digandakan sehingga urutan homologi
antara mereka tidak lagi dapat dilihat. Dalam beberapa kasus, seperti daerah
konstan dan variabel gen immunoglobulin, kami dapat menyimpulkan nenek
moyang yang sama dengan membandingkan struktur sekunder dari domain,
karena struktur sekunder telah dipertahankan lebih baik daripada urutan asam
amino (Hood et al., 1975). Dengan demikian, duplikasi protein internal mungkin
jauh lebih meluas daripada data empiris yang telah ada.
Pembentukan Famili Gen dan Penambahan Fungsi Baru
Sebuah duplikasi gen lengkap menghasilkan dua salinan identik.
Bagaimana mereka akan berevolusi dengan bervariasi dari kasus ke kasus. Pada
prinsipnya terdapat tiga kemungkinan. Salinan tersebut dapat mempertahankan
fungsi asli mereka, memungkinkan suatu organisme untuk menghasilkan kuantitas
yang lebih besar dari RNA atau protein. Atau, salah satu salinan mungkin lumpuh
yang disebabkan terjadinya mutasi yang merusak dan menjadi pseudogene yang
tidak berfungsi. Bagian yang terpenting adalah kemungkinan yang ketiga, bahwa
duplikasi gen dapat mengakibatkan munculnya genetik baru atau gen baru. Hal ini
akan terjadi jika salah satu duplikat mempertahankan fungsi aslinya sementara
molekul yang lain terakumulasi, dan dapat melakukan tugas yang berbeda.
Pengulangan gen dapat dibagi menjadi dua jenis: varian dan invarian
repeats. Pengulangan invarian merupakan hal identik atau hampir identik secara
berurutan satu dengan yang lain. Dalam beberapa kasus, pengulangan urutan
identik dapat ditunjukkan berkorelasi dengan peningkatan kuantitas sintesis
produk gen yang diperlukan untuk fungsi normal dari suatu organisme.
Pengulangan tersebut disebut sebagai dose repetitions. Dose repetitions cukup
umum ketika terdapat kebutuhan metabolik untuk menghasilkan sejumlah besar
dari RNA atau protein tertentu (Ohno 1970). Misalnya, duplikasi lokus asam
monophosphatase pada ragi, memungkinkan untuk menghasilkan dua kali jumlah
enzim, sehingga pemanfaatan fosfat yang tersedia lebih efisien bila fosfat adalah
membatasi faktor pertumbuhan (Hensche 1975). Contoh perwakilan duplikasi gen
termasuk gen untuk rRNA dan tRNA, yang dibutuhkan untuk penerjemahan, dan
gen histon, yang merupakan komponen protein utama kromosom dan karena itu
harus disintesis dalam jumlah besar terutama selama fase S dari siklus sel, ketika
DNA direplikasi (Elgin dan Weintraub 1975). Namun, genom eukariota juga
diketahui mengandung pengulangan invarian yang tidak memiliki fungsi apapun.
Varian repeats adalah salinan dari gen itu, meskipun mirip satu sama lain, namun
berbeda dalam urutan pada tingkat lebih rendah atau lebih besar. Menariknya,
varian repeats kadang-kadang dapat melakukan fungsi yang sangat berbeda.
Sebagai contoh, trombin, yang membelah fibrinogen selama proses pembekuan
darah, dan enzim tripsin pencernaan telah diturunkan dari duplikasi gen lengkap
di masa lalu. Demikian pula, lactalbumin, subunit enzim yang mengkatalisis
sintesis laktosa gula, dan lisozim, yang melarutkan bakteri tertentu dengan
membelah komponen polisakarida dinding sel mereka yang terkait dengan
keturunan satu dengan lain. Diferensiasi fungsi biasanya membutuhkan sejumlah
besar substitusi. Namun, banyak kasus, fungsi baru mungkin dicapai melalui
beberapa pergantian pemain. Misalnya, dehidrogenase laktat dapat diubah
menjadi malat dehidrogenase dengan hanya mengganti satu pada 317 asam amino
(Wilks et al.,. 1988).
Semua gen termasuk juga kelompok tertentu, urutan berulang dalam
genom disebut sebagai gen atau multigene family. Fungsional dan nonfungsional
anggota multigene family kemungkinan berada di dekat satu sama lain pada
kromosom yang sama, atau mereka mungkin terletak pada kromosom yang
berbeda. Anggota multigene familiy yang terletak sendirian di sebuah genom yang
berbeda lokasi dari anggota multigene yang lain disebut orphon.
Ketika duplikasi gen menjadi terlalu berbeda dari satu sama lain baik
fungsi atau urutan, hal tersebut mungkin tidak lagi bisa untuk menetapkan mereka
dalam satu gene family. Superfamili istilah ini diciptakan oleh Dayhoff (1978)
digunakan untuk membedakan protein yang terkait erat dari protein yang memiliki
keterkaitan jauh. Hal demikian, menunjukkan bahwa protein setidaknya memiliki
50% kesamaan satu sama lain di tingkat asam amino dan dianggap sebagai
anggota keluarga, sementara protein homolog menunjukkan kurang dari 50%
kesamaan dianggap sebagai anggota dari superfamili. Sebagai contoh, - dan -
globins diklasifikasikan menjadi dua keluarga terpisah dan bersama-sama dengan
mioglobin mereka membentuk superfamili globin. Namun, dua istilah tidak selalu
dapat digunakan secara ketat sesuai kriteria Dayhoff. Untuk rantai Misalnya,
manusia dan ikan mas -globin memperlihatkan urutan kesamaan hanya 46%,
yang menjadi penanda dari keluarga gen yang sama. Untuk alasan ini, klasifikasi
protein menjadi keluarga dan superfamilies tidak hanya ditentukan sesuai dengan
urutan kemiripan, tetapi juga dengan mempertimbangkan bukti tambahan yang
berkaitan dengan kesamaan fungsional, spesifisitas jaringan, atau jenis homologi.
 Sebuah fitur penting terkait duplikasi gen adalah bahwa selama dua atau
lebih salinan gen yang berada di dekat satu sama lain, proses duplikasi gen dapat
dipercepat di wilayah ini, dan banyak salinan yang dapat dihasilkan. Salah satu
hasil praktis duplikasi gen dan modifikasi berikutnya yaitu salinan yang
dihasilkan banyak gen yang melakukan fungsi yang berbeda diturunkan dari
leluhur gen umum dan dengan demikian homolog satu sama lain. Berdasarkan
urutan data DNA, jumlah kesamaan yang tak terduga antara protein yang
sebelumnya tidak diketahui berkaitan satu sama lain telah terungkap (Tabel 2.2).
Salah satu contoh yaitu tripsin dan kimotripsin. Perbedaan mereka sejak sekitar
1,5 miliar tahun yang lalu, dua enzim pencernaan ini memiliki fungsi yang
berbeda: tripsin berfungsi memotong rantai polipeptida di arginin dan residu lisin
residu, sedangkan kimotripsin membelah polipeptida rantai di fenilalanin,
triptofan, dan residu tirosin (Barker dan Dayhoff, 1980). Jumlah gen dalam
keluarga gen bervariasi. Berikut ini, gen rRNA dan tRNA akan digunakan untuk
menggambarkan gen invarian yang berulang-ulang. Gen yang berulang dengan
tingkatan rendah, diwakili dengan isozim dehidrogenase laktat dan warna sensitif
opsins.
RNA-Specifing Genes
Genom mitokondria vertebrata hanya satu salinan dari kedua gen 12S dan
gen 16S rRNA. Hal ini tampaknya cukup untuk sistem terjemahan mitokondria
karena genom mengandung hanya 13 gen penyandi protein. Mycoplasmas, yang
merupakan replikasi diri terkecil dari prokariota, mengandung dua set gen rRNA.
Genom Escherichia coli adalah 4-5 kali lebih besar dari Mycoplasma capricolum,
dan berisi tujuh set gen rRNA. Jumlah gen rRNA ragi adalah sekitar 140, dan
angka-angka pada lalat buah dan manusia bahkan lebih besar. Xenopus laevis
memiliki genom yang lebih besar dan lebih dari gen rRNA manusia.
Demikian, korelasi positif antara jumlah gen rRNA dan ukuran genom.
Hubungan antara ukuran genom juga berlaku untuk gen tRNA dan gen RNA
(Tabel 2.3). Namun demikian, terdapat beberapa pengecualian. Misalnya, genom
jagung (Zea mays) ukurannya sama dengan genom manusia, tapi mengandung
sekitar 45 kali lebih banyak set gen rRNA. Satu aturan pengecualian yang sangat
menarik, hubungan di mana jumlah gen RNA-menentukan (dosis) ukuran genom.
Ciliata Tetrahymena memiliki genom yang lebih besar daripada ragi
Saccharomyces cerevisiae, tetapi hanya satu set gen rRNA. Set ini, berada di inti
germinal, mikronukleus. Turunan macronuclei vegetatif dari mikronukleus,
jumlah salinan gen diperkuat 200-600 kali (Yao et al., 1974). Diperkirakan bahwa
Tetrahymena memiliki 600 eksemplar ekstrakromosomal gen rRNA dan dekat
dengan 1.500 salinan gen tRNA. Dengan demikian, sejumlah besar rRNA dapat
diproduksi selama pertumbuhan vegetatif, meskipun terdapat sejumlah
pengkopian kecil di set haploid.
Mungkin terdapat dua alasan untuk korelasi umum positif antara ukuran
genom dan jumlah salinan gen RNA-specifying. Seberapa besar genom
membutuhkan RNA, atau jumlah gen RNA- specifying hanyalah konsekuensi
pembesaran genom pasif genom oleh duplikasi. Gen yang berulang-ulang, seperti
gen rRNA, umumnya sangat mirip satu lainnya. Salah satu faktor yang
bertanggung jawab untuk homogenitas kemungkinan memurnikan seleksi, karena
gen ini harus mematuhi spesifik fungsional dan persyaratan struktural. Namun,
homogenitas meluas ke daerah tanpa signifikansi fungsional atau struktural, dan
dengan demikian pemeliharaan homogenitas mengharuskan adanya mekanisme
lain.

Isozymes
Selain invarian repeats, genom organisme yang lebih tinggi mengandung
banyak multigene family yang anggotanya telah menyimpang ke berbagai luasan.
Contohnya adalah keluarga gen coding untuk isozim, seperti laktat dehidrogenase,
aldolase, creatine kinase, karbonat anhidrase, dan piruvat kinase. Isozim adalah
enzim yang mengkatalisis rekasi biokimia yang sama tetapi kemungkinan berbeda
satu sama lain dalam spesifisitas jaringan, perkembangan regulasi, mobilitas
elektroforesis, atau properti biokimia. Isozim dikodekan oleh lokus yang berbeda,
gen biasanya diduplikasi, sebagai lawan untuk isozim yang disebut allozymes,
yang memiliki bentuk yang berbeda dari enzim yang sama dikodekan oleh alel
yang berbeda pada lokus tunggal. Studi tentang sistem isozim multilokus
meningkatkan pemahaman kita tentang bagaimana sel-sel dengan
sumbangan genetik identik dapat berdiferensiasi menjadi ratusan jenis
khusus yang berbeda dari sel yang membentuk organisasi tubuh vertebrata
yang kompleks. Meskipun semua anggota keluarga isozim melayani dasar fungsi
katalitik yang sama, anggota yang berbeda mungkin telah berevolusi untuk
jaringan atau tahap perkembangan yang berbeda sehingga meningkatkan fisiologis
fine-tuning dari sel.
Dua gen yang mengkode subunit A dan B laktat dehidrogenase (LDH)
pada mamalia (Hiraoka et al.,. 1990). Kedua subunit berbentuk lima isozim
tetrameric, A4,A3B, A2B2, AB3, dan B4, semuanya mengkatalisis baik konversi
laktat menjadi piruvat karena teroksidasi koenzim nikotinamida adenin
dinukleotida (NAD+) atau reaksi sebaliknya karena reduksi koenzim (NADH). B4
dan isozim lain yang kaya subunit B, yang memiliki afinitas tinggi untuk NAD+,
berfungsi sebagai dehidrogenase laktat dalam metabolisme aerob di jaringan
seperti jantung, sedangkan A4 dan isozim kaya subunit A, yang memiliki afinitas
tinggi untuk NADH, secara khusus diarahkan untuk reduktase piruvat pada
metabolisme anaerob di jaringan seperti otot rangka.

Gambar 2.7. Perkembangan produksi LDH di jantung (Sumber: Graur, 2000).

Gambar 2.7 menunjukkan urutan perkembangan produksi LDH di jantung.

Kita melihat bahwa semakin jantung anaerobik (khusus, pada awal tahap
kehamilan), semakin tinggi proporsi LDH isozim kaya akan subunit A. Dengan
demikian, dupliksi dua gen menjadi khusus untuk jaringan berbeda dan tahap
perkembangan yang berbeda. Subunit yang hadir hampir di semua vertebrata
dipelajari untuk saat ini, duplikasi yang menghasilkan gen untuk LDH-A dan
LDH-B mungkin terjadi baik sebelum atau selama tahap awal evolusi vertebrata.
Sebuah fitur menarik dari LDH adalah bahwa dua subunit dapat membentuk
heteromultimeric, sehingga lebih meningkatkan fisiologis fleksibilitas enzim.
Banyak contoh lain dari enzim multimeric yang terdiri dari polipeptida yang
dikode oleh duplikasi gen dikenal (Harris 1979, 1980/1981).

Opsins
Penglihatan warna pada manusia, kera, dan monyet Old World dimediasi
di mata oleh tiga jenis sel fotoreseptor (kerucut), yang merubah energi fotik
menjadi potensial listrik. Setiap jenis warn memiliki tingkat sensitif maksimal
dengan panjang gelombang tertentu, tergantung pada jenis pigmen warna-sensitif
(Photopigment) yang hadir dalam sel kerucut. Pada manusia, sel kerucut merah,
hijau, dan biru memiliki sensitifitas maksimal sekitar 560, 530, dan 430
nanometer. Setiap warna merangsang satu atau lebih jenis kerucut. Sebagai
contoh, lampu merah merangsang hanya kerucut merah, biru merangsang kerucut
biru, kuning cahaya merangsang kerucut merah dan hijau sama-sama, dan cahaya
putih merangsang semua tiga jenis kerucut secara bersamaan (Carlson 1991).
Setiap photopigment warna-sensitif terdiri dari dua bagian: protein yang disebut
opsin, dan turunan lipid vitamin A1 disebut retina. Spesifisitas warna ditentukan
oleh opsins, yang merupakan anggota dari superfamili dari G-protein coupled
reseptor. Opsin biru dikodekan oleh gen autosomal, sedangkan opsins merah dan
hijau dikodekan oleh gen X-linked. Setiap kromosom X hanya satu gen opsin
merah, tapi mungkin berisi lebih dari satu opsin hijau gen (Nathans et al., 1986).
Urutan asam amino dari opsin merah dan opsin hijau 96% identik, tetapi hanya
43% asam amino identik dengan opsin biru. Gen opsin biru dan nenek moyang
dari opsin hijau dan merah gen menyimpang sekitar 500 juta tahun yang lalu
(Yokoyama dan Yokoyama 1989). Sebaliknya, hubungan dekat dan kesamaan
yang tinggi antara gen opsin merah dan hijau menunjuk duplikasi gen baru-baru
ini.
Karena sebagian besar monyet hanya memiliki satu gen pigmen X-linked
(lihat di bawah), sedangkan monyet kuno (termasuk kera dan manusia) telah
memiliki dua atau lebih, diasumsikan bahwa duplikasi terjadi sekitar 25-35 juta
tahun yang lalu di leluhur monyet kuno setelah perbedaan mereka dengan monyet
baru. Sebagai konsekuensi dari duplikasi ini, monyet kuno adalah triwarna; yaitu,
setiap warna yang dirasakan oleh organisme ini dapat direproduksi dengan
mencampur berbagai intensitas dari lampu merah, hijau dan biru. Dengan
pengecualian dari howler monkey (genus Alouatta), yang memiliki satu autosomal
dan dua X-linked gen (Jacobs et al., 1996), monyet baru memiliki hanya satu
autosomal dan satu gen opsin X-linked. Namun, di banyak monyet Baru
(misalnya, monyet tupai dan tamarins), opsin X-linked pada lokus yang
polimorfik (Jacobs et al., 1993;. Boissinot et al., 1998). Dua alel ini memiliki
puncak sensitivitas maksimal mirip dengan
opsin merah manusia dan opsin hijau, sedangkan alel ketiga memiliki
puncak sensitivitas maksimal. Untuk alasan ini, seorang wanita yang heterozigot,
dua dari tiga alel tersebut adalah trikromatik, sementara laki-laki dan perempuan
homozigot adalah dichromatic (Gambar 2.8). Hewan dichromatic tidak bisa
membedakan antara merah dan hijau, dan dalam hal ini mereka menyerupai
menderita protanopia (buta warna karena kekurangan photopigment merah) atau
deuteranopia (warna kebutaan akibat kekurangan photopigment hijau).
Dengan demikian, dalam kasus manusia, kera, dan monyet Afrika,
penglihatan trikromatik dicapai dengan mekanisme mirip dengan isozim, (yaitu,
protein yang berbeda dikodekan oleh lokus yang berbeda). Heterozigot
perempuan, tupai, monyet, sebaliknya, mencapai Trichromatic melalui
penggunaan dua "allozymes," (yaitu, protein yang berbeda dikodekan oleh
bentuk-bentuk alel yang berbeda pada lokus tunggal). Trichromatic memberikan
keuntungan selektif, beberapa alel yang sensitif warna pada lokus di monyet baru
dicapai dengan mempertahankan polimorfisme tingkat tinggi pada opsin lokus X-
linked. Polimorfisme tingkat tinggi dipertahankan untuk waktu yang lama seperti
dari evolusi waktu kemungkinan memerlukan bentuk seleksi overdominant.
Keuntungan selektif penglihatan trichromatic dianggap kemampuan untuk
mendeteksi buah matang dengan latar belakang dedaunan hijau lebat

Gambar 2.8 Dasar molekuler dari penglihatan dichromatic dan trichromatic pada laki-
laki dan perempuan dari manusia dan monyet baru (NWM) (Sumber:
Graur, 2000).

Dating Gene Duplications

Dua gen dikatakan paralogous jika mereka berasal dari duplikasi, namun
dikatakan orthologous jika mereka berasal dari spesiasi. Sebagai contoh, pada
Gambar 2.9, gen dan berasal dari duplikasi gen leluhur dan karena itu
paralogous, sementara gen dari spesies 1 dan gen dari spesies 2 adalah
orthologous, seperti gen dari spesies 1 dan gen dari spesies 2.
 Gambar 2.9. Model untuk memperkirakan adanya duplikasi gen (T D).
(Sumber: Graur, 2000).

Gambar 2.9 menunjukkan model yang dapat memperkirakan adanya

duplikasi gen (TD). pada gambar terlihat dua gen dan , berasal dari waktu
duplikasi unit TD pada spesies leluhur. Leluhur spesies dibagi menjadi dua spesies
(1 dan 2) Ts unit waktu lalu. Gen dalam spesies 1 dan 2 yang orthologous,
seperti gen . Gen yang paralogous ke gen .
Perkirakan dapat terjadi pada tanggal duplikasi TD, dari urutan data jika
telah diketahui tingkat substitusi pada gen dan . Tingkat substitusi dapat
diperkirakan dari jumlah substitusi antara gen orthologous dengan pengetahuan
tentang waktu divergensi, Ts, antara spesies 1 dan 2 (Gambar 2.9). Selanjutnya
dapat ditunjukkan bagaimana perkiraan TD dapat diperoleh. Untuk gen , K
menjadi jumlah substitusi per situs antara dua jenis. Kemudian, tingkat substitusi
gen , r, diperkirakan dengan rumus sebagai berikut:

Sedangkan tingkat substitusi di gen , r, dapat diperoleh dengan cara yang sama.
Tingkat rata-rata substitusi untuk dua gen menggunakan rumus sebagai berikut:

Untuk memperkirakan TD, kita perlu mengetahui jumlah substitusi per situs antara
gen dan (K). Jumlah ini dapat diperkirakan dari empat berpasangan
perbandingan: (1) gen dari spesies 1 dan gen dari spesies 2; (2) gen dari
spesies 2 dan gen dari spesies 1; (3) gen dan gen dari spesies 1; dan (1) gen
dan gen dari spesies 2. Dari empat perkiraan ini kita bisa menghitung nilai
rata-rata untuk K (), dari hal tersebut kita dapat memperkirakan TD dengan
rumus berikut

Perhatikan bahwa dalam kasus gen penyandi protein, dengan

menggunakan nomor identik dan nonsynonymous substitusi secara terpisah, kita
bisa memperoleh dua perkiraan independen TD. Rata-rata dari dua perkiraan ini
mungkin digunakan sebagai perkiraan akhir TD. Namun, jika jumlah substitusi
per Situs identik antara gen dan besar, dikatakan lebih besar dari 1, maka
jumlah substitusi identik tidak dapat diperkirakan secara akurat, dan substitusi
identik mungkin tidak memberikan perkiraan yang dapat diandalkan dari nilai TD.
Dalam kasus demikian, hanya jumlah substitusi nonsynonymous yang harus
digunakan. Sebaliknya, jika jumlah substitusi per situs nonsynonymous antara gen
paralogous kecil, maka perkiraan jumlah nonsynonymous substitusi mengikuti
pada kesalahan sampling besar, dan dalam kasus tersebut, hanya jumlah substitusi
identik harus digunakan. Dalam contoh di atas, kita telah mengasumsikan tingkat
keteguhan. Asumsi ini dapat diuji oleh empat perbandingan berpasangan yang
disebutkan di atas. Didalam kasus ini, perkiraan TD mungkin keliru. Adanya
masalah karena peristiwa evolusi yang kompleks juga mungkin timbul dan
mempersulit estimasi TD.
Metode lain untuk mengetahui tentang peristiwa duplikasi gen adalah
untuk mempertimbangkan distribusi filogenetik gen dalam hubungannya dengan
data paleontologis, yang berkaitan dengan tanggal perbedaan dari spesies yang
bersangkutan. Sebagai contoh, semua vertebrata dengan pengecualian ikan tanpa
rahang (hagfishes dan lamprey) encode rantai - dan -globin. Ada dua
kemungkinan penjelasan untuk observasi ini. Salah satunya adalah bahwa
peristiwa duplikasi memproduksi - dan -globins terjadi dalam nenek moyang
dari semua vertebrata (Craniata), tetapi dua ikan tanpa rahang garis keturunan
(Myxini dan Cephalaspidomorphi) telah kehilangan salah satu dari dua duplikasi .
Hal ini dimungkinkan tetapi sangat tidak mungkin, karena skenario seperti itu
akan menyebabkan kerugian yang terjadi secara independen setidaknya dua garis
keturunan evolusi. Penjelasan lain adalah bahwa peristiwa duplikasi terjadi setelah
divergence ikan tanpa rahang dari nenek moyang vertebrata berahang
(Gnathostomata), tapi sebelum radiasi dari vertebrata berahang.
Penjelasan terakhir ini dianggap lebih masuk akal, dan waktu duplikasi
umumnya terjadi pada tahun 450-500.000.000 tahun yang lalu. Jelas, metode di
atas hanya dapat memberikan perkiraan kasar dari waktu duplikasi, dan semua
perkiraan harus diambil dengan hati-hati. Dalam memperkirakan waktu divergensi
antara spesies, pertama dapat menggunakan data dari banyak gen milik banyak
keluarga gen. Sebagai perbandingan, memperkirakan waktu duplikasi gen, salah
satu yang harus ada yaitu bergantung hanya pada data dari gen milik satu keluarga
gen. Karena keterbatasan yang ketat pada urutan data yang dapat digunakan,
perkiraan duplikasi gen sering dikenakan standar kesalahan yang sangat besar.

Gene Loss
Hampir 7.000 penyakit genetik yang telah didokumentasikan dalam
literatur medis (McKusick, 1998) membuktikan fakta bahwa mutasi dapat dengan
mudah menghancurkan fungsi gen (protein-coding). Sebagian besar mutasi
tersebut merusak, dan dihilangkan dengan cepat dari populasi atau dipertahankan
pada frekuensi sangat rendah karena pilihan overdominant atau pergeseran
genetik. Namun, menurut Haldane (1932), selama ada salinan gen yang berfungsi
secara normal, duplikasi gen dapat merusak mutasi dan menjadi nonfungsional
tanpa merugikan kebugaran/ketahanan suatu organisme. Memang, mutasi banyak
merusak daripada yang menguntungkan, duplikasi gen berlebihan lebih mungkin
untuk menjadi nonfungsional daripada berkembang menjadi gen baru (Ohno
1972).
Unprocessed Pseudogenes
Nonfungsional atau pembungkaman gen karena mutasi yang merusak
menghasilkan proses terbentuknya pseudogene, yaitu pseudogene yang belum
hilang melalui pengolahan RNA. Sebagian besar pseudogenes yang belum
diproses berasal dari nonfungsional yang awalnya fungsional duplikasi gen.
Beberapa pseudogen diproses, seperti X dan Z di kambing -globin
multigene family, telah diturunkan dari duplikasi dari pseudogene yang sudah ada
sebelumnya (Cleary et al., 1981). Jumlah yang sangat kecil yang belum diproses
dari pseudogen telah diturunkan dari gen fungsional tanpa duplikasi sebelumnya.

Tabel di atas menunjukkan daftar cacat struktural ditemukan di beberapa

pseudogen globin. Sebagian besar pseudogen diproses, berisi beberapa cacat
seperti frameshifts, kodon berhenti prematur, dan pemusnahan situs splicing atau
peraturan elemen, sehingga sulit untuk mengidentifikasi mutasi yang
menyebabkan pembungkaman gen. Dalam beberapa kasus, identifikasi
"pelakunya" adalah mungkin dapat diketahui. Misalnya, 1 pada manusia, hanya
satu cacat utama mutasi-yang mungkin adalah penyebab langsung dari
nonfungsionalnya. Dalam beberapa kasus, adalah mungkin untuk
mengidentifikasi mutasi yang bertanggung jawab untuk nonfungsional gen
melalui analisis filogenetik. Sebagai contoh, pseudogene pada manusia di
dalam keluarga -globin mengandung banyak cacat, masing-masing yang bisa
saja cukup untuk membungkam itu. -globin cluster di simpanse dan gorila,
ditemukan mengandung
jumlah gen sama dan pseudogen seperti pada manusia, menunjukkan
bahwa pseudogene yang diciptakan dan dibungkam sebelum tiga spesies ini
menyimpang dari satu jenis yang lain. Tiga pseudogen ditemukan hanya memiliki
tiga cacat yang sama: substitusi dalam kodon inisiasi (ATG - GTA); substitusi
nonsense di kodon triptofan pada posisi 15 (TGG -> TGA); dan penghapusan di
kodon 20 mengakibatkan penghentian kodon di ekson kedua (Chang dan Slightom
1984).
Dengan demikian, "daftar tersangka" dikurangi menjadi tiga. Penelitian
lebih lanjut menunjukkan bahwa pseudogene sama, terdapat di semua primata.
Perbandingan cacat di antara semua urutan primata menunjukkan bahwa mutasi
awal yang bertanggung jawab untuk nonfungsional dari adalah satu di kodon
inisiasi (Harris et al., 1984). Menariknya, mutasi yang menyebabkan
nonfungsional hanya jarang terjadi mutasi missense, kemungkinan besar karena
mutasi tersebut menghasilkan produksi protein cacat yang dapat dimasukkan ke
produk akhir biologi dan dengan demikian memiliki efek merusak. Misalnya, ada
puluhan gen korion-coding dalam genom dari ulat Bombyx mori, jika salah satu
dari mereka terdapat gen nonfungsional yang disebabkan oleh mutasi missense,
akibatnya seluruh kulit telur menjadi rusak (misalnya, Spoerel et al., 1989).
Karena mereka diciptakan oleh duplikasi, proses pseudogen ditemukan di
lingkungan gen homolog fungsional dari yang mereka telah diturunkan. Namun
demikian, kasus-kasus di mana pseudogen belum diolah menjadi tersebar sebagai
penyusunan ulang genomik. Contoh, sebuah cluster -globin di tikus terletak pada
kromosom 11, namun sebuah proses pseudogene ditemukan pada kromosom 17
(Tan dan Whitney 1993).

Kesatuan Pseudogenes
Sejak pseudogene ini tidak memiliki fungsional counterpart dalam genom
manusia, itu disebut Kesatuan pseudogene. Kesatuan pseudogene untuk L-gulono-
y-lakton oxidase di guinea babi mengandung perbedaan cacat pada pseudogene
dari manusia, menunjukkan bahwa fungsionalisasi non gen ini terjadi secara
independen dalam dua garis keturunan (Nishikimi et al. 1992). Telah
dihipotesiskan bahwa guinea pig dan nenek moyang manusia hidup dari diet alami
asam askorbat yang kaya, dan karena itu hilangnya enzim tidak merupakan suatu
kerugian.

Waktu Pembentukan Gen Fungsional

Sejarah evolusi dari proses pseudogene diasumsikan terdiri dari dua
periode yang berbeda. Periode pertama dimulai dengan adanya gen duplikasi dan
berakhir ketika duplikat salinan diberikan non fungsional. Selama periode ini,
calon pseudogene mungkin mempertahankan fungsi aslinya, dan tingkat substitusi
diharapkan tetap kurang lebih sama seperti sebelum acara duplikasi. Setelah
hilangnya fungsi, pseudogene yang dibebaskan dari semua kendala fungsional dan
laju substitusi nukleotida diperkirakan akan meningkat jauh. Dari sudut pandang
evolusi, menarik untuk memperkirakan berapa lama salinan berlebihan dari gen
fungsional mungkin tetap fungsional setelah acara duplikasi. Untuk
memperkirakan waktu fungsionalisasi non ini, metode berikut telah disarankan (Li
et al 1981;. MIY-ata dan Yasunaga 1981).
Pertimbangkan pohon filogenetik pada Gambar 2.10. T menunjukkan
waktu perbedaan antara spesies 1 dan 2, yaitu, waktu sejak pemisahan antara gen
fungsional orthologous A dan B; TD menunjukkan waktu sejak duplikasi,
perbedaan kesalahan antara gen A fungsional dan pseudogene paralogous yang
A.; dan TN menunjukkan waktu sejak non fungsionalisasi pseudogene A.
Jumlah substitusi nukleotida per situs pada posisi i dari kodon (i = 1, 2, atau 3)
antara A dan A, A dan B, dan A dan B, dilambangkan sebagai d (A) i, d
(AB) i , dan d (AB) i, dan masing-masing dapat dihitung langsung dari urutan
data. Li, Mi, dan Ni menjadi nomor substitusi nukleotida per situs pada posisi
kodon i antara titik 0 dan A, 0 dan A, dan 0 dan B, masing-masing.
Berdasarkan hal tersebut Li, Mi, dan Ni memperkirakan, sebagai berikut.

Berikut ini, kita mengasumsikan bahwa tingkat substitusi pada posisi kodon yang
diberikan adalah sama dalam gen fungsional A dan B. Kami menunjukkan tarif ini
dengan aj, di mana subscript i singkatan posisi kodon. Kami juga menganggap
bahwa setelah A menjadi nonfungsional, yaitu, semua kendala fungsional
dilenyapkan, tingkat substitusi nukleotida menjadi sama untuk semua tiga posisi
kodon. Kami menunjukkan tingkat ini oleh b. Sebuah harapan yang masuk akal
adalah bahwa b akan berubah tobe jauh lebih besar daripada, dan a2, dan mungkin
sedikit lebih besar dari a3.

Dengan menetapkan waktu divergensi (T) antara tikus, kelinci, dan

manusia pada sekitar 80 juta tahun yang lalu, Li et al. (1981) memperkirakan
bahwa pseudogene globin dari tikus a3 diciptakan oleh 27 duplikasi gen 6 juta
tahun yang lalu dan menjadi nonfungsional sekitar 4 juta tahun kemudian.
Demikian pula, pseudogene globin pada manusia al kehilangan fungsinya sekitar
4 juta tahun setelah itu telah diciptakan oleh 49 duplikasi gen 8 juta tahun yang
lalu.
Secara umum, tampaknya bahwa mereka mengalami duplikat berlebihan
yang pada akhirnya menjadi pseudogen yang mempertahankan fungsi asli mereka
untuk waktu yang sangat singkat setelah terjadi peristiwa duplikasi gen. Beberapa
pseudogen diproses, seperti pseudogene globin pada kelinci 2, tampaknya
kemungkinan hampir kehilangan fungsinya mengikuti gen duplikasi.

Superfamily Globin
Gen superfamili globin telah diketahui memiliki kemungkinan semua jalur
evolusi yang terjadi pada famili dengan sekuen yang berulang, sebagai contoh, 1)
mempertahankan fungsi asli, 2) penambahan fungsi baru, dan 3) hilangnya fungsi.
Pada manusia, superfamili globin terdiri dari tiga famili yang kurang lebih
terdapat satu anggota fungsional: famili myoglobin, yang berada pada kromosom
22, famili globin pada kromosom 16, famili globin pada kromosom 11. Ketiga
famili gen tersebut memproduksi 2 tipe protein fungsional, yaitu myoglobin dan
hemoglobin. (Gambar 2.11)

Gambar 2.11. Susunan kromosom dari tiga gen globin pada superfamily globin manusia
(Sumber: Graur, 2000).

Dinilai dari fakta mengenai protein globin yang terdapat pada berbagai
makhluk hidup, globin tergolong gen yang berasal dari nenek moyang yang asli.
Selama masa spesifikasi jaringan, myoglobin menjadi tempat penyimpanan
oksigen pada otot, sedangkan hemoglobin menjadi pembawa oksigen dalam
darah. Selama masa pembentukan struktur yang berjumlah empat, myoglobin
mempertahankan struktur monomer sedangkan hemoglobin membentuk struktur
tetramer. Pada bagian fungsional, myoglobin mengembangkan afinitas yang tinggi
untuk oksigen daripada hemoglobin, sedangkan fungsi hemoglobin lebih ke
regulasi dan penyaringan. Hemoglobin mamalia, secara singkatnya, memperoleh
beberaapa kemempuannya yang tidak ada pada myoglobin. Fungsi tersebut yakni,
1) mengikat molekul oksigen 2) merespon terhadap kadar keasaman dan kadar
CO2 dalam sel darah merah dan 3) meregulasi afinitas oksigennya melalui tingkat
keberadaan fosfat organik. Kenyataannya, struktur heteromik dari hemoglobin
memfasiilitasi perbaikan fungsi dari hemoglobin.
Hemoglobin pada manusia dan sebagian besar vertebrata terbentuk dari
dua tipe rantai, satu dikode oleh anggota famili sedangkan yang lain dikode oleh
anggota famili . Duplikasi yang menciptakan globin dan umumnya terjadi
secara berurutan, menghasilkan 2 hubungan gen pada satu kromosom.

Gambar 2.12 Sejarah evolusi gen globin pada manusia (Sumber: Graur, 2000).

Pada manusia, famili terdiri dari 4 gen fungsional: gen embrionik , dua
gen dewasa, 1 dan 2 dan banyak gen famili anggota yang belum diketahui. Itu
juga terdiri dari dari 3 pseudogen yang tidak diproses, , 1, dan 2. Famili
terdiri dari 5 gen fungsional: gen embrionik , dua gen fetal, G dan A, dan dua
gen dewasa, dan . Famili ini juga terdiri dari satu pseudogen yang tidak
diproses, (yang dulunya ). Dua famili ini mengalami divergensi pada
fisiologisnya maupun regulasi ontologinya. Kenyataannya, hemoglobin secara
jelas terlihat perbedaannya pada fase perkembangan: 22 dan 22 pada embrio,
22 pada fetus dan 22 dan 22 pada fase dewasa. Gen 1 ditranskripsikan 5-
8 minggu setelah kehamilan, namun dengan level yang rendah sehingga protein
tidak terdeteksi secara in vivo. Perbedaan pada afinitas pengikatan oksigen
ditingkatkan pada globin ini. Sebagai contoh, hemoglobin embronik dan fetal
memiliki afinitas yang paling tinggi daripada hemoglobin dewasa, hal ini
disebabkan karena mereka tidak mengikat 2,3-difosfogliserate dengan kuat saat
bentuk dewasa. Hemoglobin ini juga berfungsi lebih baik pada lingkungan yang
kekurangan oksigen (hipoksia) dimana embrio dan fetus berada. Contoh ini
mengilustrasikan bagaimana duplikasi gen dapat menghasilkan perbaikan evolusi
dari sistem fisiologi.

B. EXON SHUFFLING