Struktur Genome Mycobacterium tuberculosis

Mycobacterium tuberculosis memiliki karakteristik pertumbuhan yang lambat, dorman, memiliki

komponen dinding sel yang kompleks, merupakan organisme intraseluler, serta memiliki
homogenitas genetik.[1],[2] Keadaan dormansi merupakan akibat dari ditekannya jalur metabolik
bakteri yang disebabkan oleh aktivasi sistem imun seluler. Mekanisme ini merupakan bentuk
pertahanan terhadap infeksi namun tidak dapat mengeradikasi infeksi. Apabila terjadi penurunan
sistem imun dan proses penuaan, maka dapat terjadi infeksi.[2]

Genom M. tuberculosis berukuran sangat besar, yaitu 4,4 Megabasa dan terdiri dari 3920 gen.[3]
Stuktur genom ini diketahui mengalami evolusi dan pengaturan ulang yang bertujuan untuk
mempertahankan gen-gen yang bersifat konstitutif (dibutuhkan untuk kelangsungan hidup) serta
menghilangkan sejumlah gen yang tidak diperlukan lagi.[4]

Resistensi alamiah terhadap banyak antibiotik merupakan salah satu keunikan yang dimiliki oleh
M. tuberculosis.[5] Resistensi ini terjadi akibat adanya dinding sel yang sangat hidrofobik dan
berperan sebagai barrier permeabilitas.[6] Selain itu juga terdapat sejumlah determinan lain pada
genom yang juga menyebabkan resistensi, antara lain adanya ekspresi dari enzim hidrolitik dan
drug modifying enzymes, seperti -laktamase dan aminoglycoside acetyl transferase. Adanya
sistem pompa efluks juga berperan dalam mekanisme resistensi alamiah.[2]

Mekanisme Molekuler Resistensi Mycobacterium tuberculosis

Mycobacterium tuberculosis memiliki kemampuan untuk mengembangkan resistensi secara

alamiah terhadap berbagai antibiotik. Resistensi tingkat rendah dapat disebabkan oleh struktur
dinding sel yang yang sangat hidrofobik dan berperan dalam mempertahankan permeabilitas
dinding dari mekanisme pengrusakan oleh obat.[7] Resistensi ini umumnya disebut dengan
resistensi intrinsic.[8] Resistensi dapatan (acquired) yang terjadi pada Multidrug Resistant
Tuberculosis/MDR-TB umumnya disebabkan karena adanya sejumlah mutasi pada sejumlah gen
yang mengkode sensitivitas Mycobacterium tuberculosis terhadap Obat Anti Tuberkulosis
(OAT).[6]

Umumnya, Mycobacterium tuberculosis mengembangkan mekanisme resistensi yang berbeda

dengan bakteri lain. Pada prokariot, resistensi umumnya disebabkan karena adanya transfer
materi genetik, baik melalui plasmid, transposon, dan lain-lain. Pada M. tuberculosis, resistensi
dipicu oleh adanya mutasi yang terjadi secara spontan pada gen kromosomal. Resistensi hanya
akan menguntungkan bakteri pada saat terpapar dengan obat target. Pada paparan OAT yang
tidak adekuat, bakteri yang sensitif akan mati dan mutan akan berkembang biak dengan pesat
tanpa adanya persaingan yang berarti dalam hal nutrisi.[6],[8] Mutasi terhadap OAT terjadi 10-9
kali per pembelahan sel. Oleh sebab itu OAT diberikan secara kombinasi untuk memperkecil
kemungkinan terjadinya mutasi hingga 10-18 per pembelahan sel.[8] Sejumlah gen yang terlibat
dalam mekanisme resistensi M. tuberculosis terhadap OAT dapat dilihat pada tabel 1.

Tabel 1. Lokus gen yang terlibat dalam resistensi Mycobacterium tuberculosis.[7],[8]

Mekanisme Resistensi terhadap Isoniazid (INH)

Resistensi terhadap INH disebabkan oleh adanya mutasi pada sejumlah gen, yaitu katG, inhA dan
ahpC. Gen katG berperan dalam mengkode enzim katalaseperoksidase yang dibutuhkan untuk
mengaktivasi Isoniazid (INH) yang masuk ke dalam tubuh sebagai pro-drug.[8] Dalam
mekanisme kerjanya INH menghambat biositesis mycolic acid sehingga bakteri menjadi rentan
terhadap paparan radikal bebas dan faktor lingkungan lainnya.[6] Dalam mekanisme kerjanya
yang menghambat sintesis mycolic acid, INH yang teraktivasi menghambat enzim NADH-
dependent enoyl-ACP reductase yang dikode oleh gen inhA.[9] Gen ahpC berperan dalam
mengkode enzim alkyl hydroperoxidase reductase yang menyebabkan bakteri resisten terhadap
radikal bebas berupa oksigen dan nitrogen bebas.[5],[7]

Mutasi yang paling sering dijumpai pada katG adalah mutasi asam amino Serin menjadi
Threonin pada kodon 315 (Ser315Thr).[6],[7],[8],[9] Mutasi ini banyak ditemukan pada kasus MDR-
TB dibandingkan monoresisten INH. Berdasarkan hal ini diduga bahwa mutan ini merupakan
hasil mutasi tahap kedua setelah paparan INH dalam dosis suboptimal.[8],[9] Mutasi pada inhA
pada bagian promotor (posisi -15C/T) merupakan mutasi yang paling banyak ditemukan pada
resistensi INH dan mutasi ini juga mengakibatkan resistensi silang dengan etionamid karena
memiliki target kerja obat yang sama.[9] Peningkatan ekspresi atau mutasi pada ahpC diketahui
merupakan bentuk kompensasi dari hilangnya aktivitas catalase peroxidase dan bukan
mekanisme dasar resistensi terhadap INH.[8]

Mekanisme Resistensi terhadap Rifampisin

Gen rpoB adalah gen yang mengkode sub unit beta, salah satu struktur penyusun enzim DNA
polymerase. Gen ini bertanggung jawab terhadap resistensi Rifampisin. Rifampisin bekerja
dengan berikatan pada sub unit beta DNA polymerase. Karakteristik rifampisin adalah
kemampuan untuk bekerja membunuh bakteri yang tumbuh dengan aktif maupun tidak[8]. Mutasi
yang terjadi pada gen rpoB akan merubah struktur sub unit beta sehingga Rifampisin kehilangan
site of action.[5] Mutasi umumnya terjadi pada 81 pasang basa di daerah core yang disebut
Rifampicin Resistance determining Region (RRDR) dan biasanya berupa perubahan nukleotida
tunggal yang akan mengakibatkan perubahan susunan asam amino.[8] Mutasi berupa delesi
inframe serta insersi juga dapat terjadi pada frekuensi yang lebih rendah. Perubahan asam amino
serin pada kodon 531 serta Histidin pada kodon 526 ditemukan pada 70% isolat resisten
terhadap rifampisin.[7]

Mekanisme Resistensi terhadap Pirazinamid

Pirazinamid adalah analog nikotinamid yang bekerja selektif terhadap M. tuberculosis.[6] Obat ini
efektif dalam menghambat pertumbuhan bakteri semidorman yang tidak dapat dibunuh oleh obat
lain serta bekerja sinergis dengan Rifampisin dan INH.[7] Pirazinamid memiliki aktivitas
sterilisasi pada awal terapi yang mampu membunuh bakteri persisten dan mempersingkat masa
terapi dari 9 bulan menjadi 6 bulan.[10] Mutan resisten Pirazinamid akan kehilangan aktivitas
amidase/pyrazinamidase yang dibutuhkan untuk mengubah pirazinamid menjadi Pyrazinoic acid
di intraselular.[5] Mutasi yang terjadi pada pncA dapat berupa mutasi titik, insersi dan delesi
nukleotida serta mutasi terminasi.[11],[12]

Mekanisme Resistensi terhadap Etambutol

Etambutol adalah salah satu OAT lini pertama yang bekerja secara sinergis dengan OAT lain
dalam menghambat sintesis arabinogalaktan dinding sel M. tuberculosis, terutama dalam
menghambat transfer arabinosil.[5],[7],[8] Mutasi yang sangat mempengaruhi fenotip resistensi
terhadap etambutol terjadi pada gen embB.[13] Gen embB memiliki asam amino metionin pada
posisi kodon 306. Susunan ini bersifat lestari atau conserved pada M. tuberculosis, M.
smegmatis, M. avium dan M. leprae. Mutasi titik yang mengakibatkan subtitusi asam amino
Metionin pada posisi 306 ditemukan pada sebagian besar kasus resistensi etambutol. Hal inilah
yang mendasari penggunaan mutasi kodon 306 sebagai marker resistensi.[13],[14]

Mekanisme Resistensi terhadap Streptomisin

Streptomicin berkerja menghambat ribosom yang berperan dalam proses translasi protein pada
M. tuberculosis.[7] Resistensi terhadap streptomisin ditemukan pada gen rpsL dan rss, yang
mengkode protein ribosomal S12 dan 16S RNA.[15],[16] Mutasi umumnya terjadi di kodon 43 dan
88 pada gen rpsL serta di daerah spesifik yaitu loop 530 serta daerah 912 pada gen rrs.[15]
Perubahan asam amino Lisin menjadi Arginin atau Threonin pada kodon 43 dan perubahan Lisin
menjadi Arginin atau Glutamin pada kodon 88, merupakan bentuk mutasi yang sering ditemukan
pada isolat Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap Streptomisin.[6][16]

Mekanisme Resistensi terhadap Fluorokuinolon

Saat ini golongan Fluorokuinolon digunakan untuk mengobati kasus TB dengan resistensi
terhadap rifampisin dan INH.[17] Obat ini bekerja dengan menghambat pembentukan supercoiling
dan aktivitas relaksasi dari DNA gyrase (salah satu DNA topoisomerase tipe II) tanpa
menghilangkan aktivitas ATPase. Akibatnya enzim gyrase akan terus memutuskan DNA.[7]
Penelitian terhadap M. tuberculosis dan M. Smegmatis menunjukkan bahwa resistensi terhadap
fuorokuinolon disebabkan oleh adanya perubahan asam amino pada area pengikatan
fluorokuinolon pada gen gyrA dan gyrB, yang disebut quinolon resistance determining region
(QRDR).[8] Mutasi pada gyrA merupakan bentuk mutasi yang paling banyak ditemukan pada
kasus TB resisten fluorokuinolon. Sejumlah mutasi tersebut antara lain perubahan asam amino
Alanin menjadi Valin pada posisi kodon 90, Asam aspartat menjadi Alanin pada kodon 94, Asam
aspartate menjadi Glisin pada posisi kodon 94 dan Asam aspartat menjadi Asparagin pada kodon
94.[18]
Point Penting

Struktur genetik atau susunan genom M. tuberculosis mempengaruhi mekanisme resistensi. Pada
M. tuberculosis, resistensi dapat terjadi secara instrinsik ataupun dapatan. Resistensi instrinsik
disebabkan oleh struktur dinding sel yang sangat hidrofobik dan impermeable serta adanya
ekspresi protein tertentu yang menurunkan kerja obat. Resistensi dapatan cenderung disebabkan
oleh adanya mutasi pada gen-gen tertentu yang berperan dalam kerja OAT. Resistensi terhadap
rifampisin terjadi akibat mutasi pada gen rpoB, isoniazid pada gen katG dan ahpC, pirazinamid
pada gen pncA, etambutol pada gen embB, streptomisin pada rpsL, dan rrs serta fluorokuinolon
pada gen gyrA dan gyrB. Mutasi pada M. tuberculosis juga dapat terjadi secara spontan.

DAFTAR PUSTAKA

1. Misaki W, Byarugaba W. Emphasizing the vitality of genomics related research in the

area of infectious diseases. Sci Res Essay. 2008;3(4):12531.
2. Dijl V, Haven N, Sweet RM, Mosimann S, Medical BC. Deciperhing the biology of
Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence. Nature. 1998;396:
537-544.
3. Pagel M, Pomiankowski A. Genomics and Tuberculosis. Indian J Chest Dis Allied Sci.
2002. p. 2213.
4. Kato-Maeda M, Rhee JT, Gingeras TR, Salamon H, Drenkow J, Smittipat N, et al.
Comparing genomes within the species Mycobacterium tuberculosis. Genome Res.
2001;11(4):54754.
5. Blanchard JS. Molecular Mechanisms of Drug Resistance in Tuberculosis. Annu Rev
Biochem. 1996;65:21539.
6. Johnson R, Streicher EM, Louw GE, Warren RM, van Helden PD, Victor TC. Drug
resistance in Mycobacterium tuberculosis. CurrIssues Mol Biol. 2006;8:97111.
7. Rattan A. Multidrug-Resistant Mycobacterium tuberculosis: Molecular Perspectives.
Emerg Infect Dis. 1998;4(2):195209.
8. Almeida Da Silva PE, Palomino JC. Molecular basis and mechanisms of drug resistance
in Mycobacterium tuberculosis: classical and new drugs. J Antimicrob Chemother
2011;66(7):141730.
9. Palomino J, Martin A. Drug Resistance Mechanisms in Mycobacterium tuberculosis.
Antibiotics. 2014;3(3):317 40.
10. Zhang Y, Mitchison D. The curious characteristics of pyrazinamide: A review. Int J
Tuberc Lung Dis. 2003;7(1):621.
11. Sreevatsan S, Pan X, Zhang Y, Kreiswirth BN, Musser JM. Mutations associated with
pyrazinamide resistance in pncA of Mycobacterium tuberculosis complex organisms.
Antimicrob Agents Chemother. 1997;41(3):63640.
12. Cheng SJ, Thibert L, Sanchez T, Heifets L, Zhang Y. pncA mutations as a major
mechanism of pyrazinamide resistance in Mycobacterium tuberculosis: Spread of a
monoresistant strain in Quebec, Canada. Antimicrob Agents Chemother.
2000;44(3):52832.
13. Sreevatsan S, Stockbauer KE, Pan X, Kreiswirth BN, Moghazeh SL, Jacobs WR, et al.
Ethambutol resistance in Mycobacterium tuberculosis: critical role of embB mutations.
Antimicrob Agents Chemother. 1997;41(8):167781.
14. Park YK, Ryoo SW, Lee SH, Jnawali HN, Kim C-K, Kim HJ, et al. Correlation of the
phenotypic ethambutol susceptibility of Mycobacterium tuberculosis with embB gene
mutations in Korea. J Med Microbiol. 2012;61:52934.
15. Tud G, Rey E, Borrell S, Alcaide F, Codina G, Coll P, et al. Characterization of
mutations in streptomycin-resistant Mycobacterium tuberculosis clinical isolates in the
area of Barcelona. J Antimicrob Chemother. 2010;65(11):23416.
16. Ozturk CE, Sanic a, Kaya D, Ceyhan I. Molecular analysis of isoniazid, rifampin and
streptomycin resistance in Mycobacterium tuberculosis isolates from patients with
tuberculosis in Duzce, Turkey. Jpn J Infect Dis. 2005;58(5):309 12.
17. Huang T-S, Kunin CM, Shin-Jung Lee S, Chen Y-S, Tu H-Z, Liu Y-C. Trends in
fluoroquinolone resistance of Mycobacterium tuberculosis complex in a Taiwanese
medical centre: 1995-2003. J Antimicrob Chemother. 2005;56:1058 62.
18. Li J, Gao X, Luo T, Wu J, Sun G, Liu Q, et al. Association of gyrA/B mutations and
resistance levels to fluoroquinolones in clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis.
Emerg Microbes Infect. 2014;3:e19.