Ekologi mikroba

I. PENDAHULUAN

Ekologi mikroba adalah Ilmu yang mempelajari

tentang timbal balik antara mikroba dan lingkungan
hidupnya. Satuan dasar ekologi adalah ekosistem. Sistem
ini mencapai komponen-komponen biotik maupun abiotik.
Komponen biotik adalah masyarakat kehidupan
organisme atau biozonose. Komponen abiotik adalah
faktor tak hidup yang meliputi faktor fisik dan kimia.

Ekosistem dalam ekologi mikroba dapat berupa

sistem mikro dan sistem makro. Secara umum setiap
sistem memiliki ciri-ciri yaitu adanya dinamika populasi,
keanekaragaman, mekanisme adaptasi dan adanya
hubungan antarorganisme yang ada di dalam sistem
tersebut. Contohnya yaitu tanah sebagai suatu sistem,
memiliki anggota komunitas yang tersusun dari berbagai
populasi mikroba yaitu bakteri, Actinomycetes, virus,
khamir dan protozoa. Macam dan jumlah mikroba tanah
tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor jenis tumbuhan,
pH, temperatur, curah hujan, macam tanah dan
kelembaban tanah.

Menurut Winigradsky ada 2 kategori

mikroorganisme yang ditemukan dalam ekosistem
mikroorganisme otokhton dan alokhton. Mikroorganisme
otokhton asli ada atau selalu ada dalam ekosistem tertentu.
Bakteri otokhton selalu dapat ditemukan dalam tanah,
tidak tergantung apakah zat makanan tertentu dipasok dari
luar atau tidak. Keberadaannya didasarkan atas
penambahan zat-zat makanan yang sedikit banyak tetap
yang khas untuk ekosistemnya. Mikroorganisme alokhton
atau zimogen adalah mikroorganisme yang
keberadaannya tergantung dari peningkatan kadar zat
makanan yang kadang-kadang terjadi atau dari adanya
zat-zat makanan tertentu. Bakteri-bakteri ini boleh
dikatakan asing di dalam ekosistem, dan terdapat hanya
untuk sementara waktu atau bertahan dalam bentuk
stadium istirahat.
Habitat ekologi adalah tempat atau lokasi yang pada
keadaan normal dihuni oleh organisme tertentu (individu
atau populasi). Di dalam ekosistem tertentu suatu
mikroorganisme pada umunya hanya mempunyai satu
habitat. Tetapi suatu mikroorganisme dapat mempunyai
beberapa habitat, masing-masing habitat di dalam
ekosistem yang berlainan. Sebagai contoh Rhizobium
tumbuh baik di dalam tanah maupun di dalam tumbuhan,
bakteri metanogen mempunyai habitat di sedimen danau,
dalam perut besar dan di dalam menara pembusukan
sebuah instalasi pembersihan.

Komunitas mikroba merupakan hubungan timbal

balik yang kompleks antara mikroba dengan
lingkungannya, baik unsur hidup maupun unsur tak hidup.
Contohnya yaitu Rhizobium. Rhizobium mendapatkan
nitrogen dari tanah dan tanah menjadi subur.
Relung ekologi mikroba berlainan dengan habitat, relung
ekologi ini tidak berhubungan dengan lokasi dalam
ruangan, tetapi berhubungan dengan fungsi suatu
organisme atau suatu populasi. Pada relung ini masing-
masing jenis atau populasi memenuhi fungsi tertentu,
yang ditentukan oleh kebutuhannya akan bahan makanan
fisiologik, sifat-sifat kinetik, kemampuan biokimia,
keistimewaan-keistimewaan struktural dan toleransinya
terhadap kondisi-kondisi lingkungan.

Hal ini dapat diperjelas dengan contoh: di dalam perut

besar hanya bakteri-bakteri selulotik tertentu saja yang
sanggup mempertahankan diri dan memecahkan selulosa,
selulosa dipecahkan secara anaerob dan energi diperoleh
dengan peragian. Lebih lanjut suhu dalam usus besar
harus sedemikian sehingga keberadaan asam lemak,
enzim, ammonium, gas, dan produk lain dapat ditoleransi.
Akhirnya harus diusahakan ada pembuangan berlanjut
dari produk-produk peragian, misalnya hydrogen. Untuk
dapat berfungsi dalam ekosistem tertentu harus
mempunyai kemampuan dan toleransi yang besar.

II. POLA DAN ASPEK EKOLOGI

Ciri kehidupan yang menonjol adalah adanya saling

ketergantungan antar organisme. Jadi dapat dikatakan
bahwa tidak ada organisme dapat bertahan hidup tanpa
bantuan dari bentuk kehidupan lain. Di alam bebas kita
dapati banyak bakteri dari berbagai genus maupun dari
berbagai spesies hidup berkumpul di dalam suatu medium
yang sama, misalnya di dalam tanah, di dalam kotoran
hewan, di dalam sampah-sampah, di dalam kubangan dan
lain sebagainya.
Lokasi atau tempat tinggal yang spesifik dari suatu
organisme disebut habitat, sedangkan suatu peranan atau
fungsi yang spesifik dalam komunitas disebut niche.
Adapun beberapa habitat alam dari mikroorganisme
tersebut adalah sebagai berikut:

1) Tanah
Tanah merupakan sumber yang kaya akan
mirkoorganisme. Kebanyakan mikroorganisme di
sini bersifat apatogfen bagi manusia. Bakteri
pathogen yang terdapat di tanah adalah:
Clostridium tetani, Clostridium perfringens,
Clostridium botulinum, Bacillus anthracis.

2) Air
Kebanyakan air tawar dan laut mengandung
mikroorganisme. Mikroorganisme pathogen di air
adalah: Salmonella dan Shigella sp., Vibrio
 cholrae, Legionella, Entamoeba histolytica,
Escherichia coli.

3) Udara
Walaupun mikroorganisme sering ditemukan
di udara, namun tidak berkembang biak di udara.
Udara dalam ruangan mungkin mengandung
bakteri dan virus pathogen yang berasal dari kulit,
tangan, pakaian dan terutama dari saluran napas
atas manusia.

4) Makanan
Susu dari sapi normal yang diperah secara
asepsis masih mengandung 100 1000
mikroorganisme non pathogen per milliliter, dan
kadang terdapat mikroorganisme pathogen yang
mungkin berasal dari sapi yang sakit atau dari
proses pemerahan, seperti: Mycobacterium
tuberculosis, Salmonella, Streptococcus,
Corynebacterium diptheriae, Shigella, Brucella
dan Staphylococcus penyebab keracunan
makanan.
III. Hubungan timbal balik antar makhluk hidup
(mikroorganisme)

Interaksi mikroorganisme adalah hubungan timbal

balik antara mikroba dengan mikroba lainnya maupun
dengan organisme yang lebih tinggi. Tidaklah mudah
untuk menyelidiki pengaruh atau hubungan hidup
antar spesies itu, namun pengaruh timbal - balik itu
pastilah ada, karena suatu spesies yang mencerna
suatu zat makanan akan menimbulkan perubahan
kimia dalam komposisi substrat, seperti mengurangi
persediaan oksigen, mengubah pH, dan lain-lain yang
mempengaruhi kehidupan spesies yang lain. Pengaruh
itu mungkin bersifat baik, mungkin bersifat buruk,
mungkin juga tidak mempunyai efek sama sekali.
 Hubungan timbal balik antar makhluk hidup
(mikroorganisme) tersebut dapat dibedakan sebagai
berikut:
a) Netralisme (tidak saling mengganggu)
Sangat boleh jadi di dalam tanah atau di
dalam kotoran hewan terdapat banyak
makhluk hidup yang dapat hidup bersama
dengan tidak saling merugikan, tetapi juga
tidak saling menguntungkan. Meskipun di
dalam satu medium yang sama, namun
masing-masing spesies memerlukan zat-zat
yang berbeda sehingga tidak perlu ada
perebutan zat makanan. Baik terpisah maupun
terkumpul, mereka dapat hidup sendiri-
sebndiri. Hubungan yang demikian itu disebut
netralisme.
b) Kompetisi (Persaingan)
Kebutuhan akan zat makanan yang sama
dapat menyebabkan terjadinya persaingan
antar spesies. Sebagai contoh, bila persediaan
oksigen dalam suatu medium berkurang, maka
bakteri aerob akan dikalahkan oleh bakteri
 fakultatif anaerob. Jika persediaan oksigen
habis sama sekali, maka pertumbuhan bakteri
fakultatif anaerob tadi akan berhenti,
sedangkan bakteri anaerob akan tumbuh
dengan subur. Pada umumnya bahwa dua
spesies yang hidup bersaing akan saling
merugikan, jika ditumbuhkan di dalam suatu
tempat yang sama, dan akhirnya yang
menanglah yang dapat bertahan sedangkan
yang kalah akan punah.
c) Antagonisme (hidup berlawanan)
Antagonisme menyatakan suatu hubungan
yang asosial. Spesies yang satu menghasilkan
sesuatu yang meracuni spesies yang lain,
sehingga pertumbuhan spesies yang terakhir
sangat terganggu karenanya. Beberapa bentuk
antagonisme diantaranya adalah antara
Streptococcus lactis dan Bacillus subtilis atau
Proteus vulgaris. Jika ketiga spesies tersebut
ditumbuhkan bersama-sama di dalam suatu
medium, maka pertumbuhan Bacillus dan
Proteus akan segera tercekik karena adanya
 asam susu yang dihasilkan oleh Streptococcus
lactis.
Pseudomonas aeruginosa menghasuilkan
suatu pigmen biru piosianin yang merupakan
racun bagi beberapa spesies bakteri dan juga
beberapa hewan. Selanjutnya semua
pengobatan penyakit infeksi dengan
menggunakan antibiotic didasarkan atas
antagonisme.
d) Mutualisme
Mutualisme adalah suatu bentuk
simbiosis antara dua spesies dimana masing-
masing yang bersekutu mendapatkan
keuntungan. Misalnya bakteri yang hidup di
dalam usus memperoleh nutrient dari makanan
yang terdapat di usus. Sebaliknya bakteri
dapat menghasilkan zat yang berguna bagi
tubuh manusia, seperti vitamin K.
e) Komensalisme
Jika dua spesies hidup bersama kemudian
spesies yang satu mendapatkan keuntungan,
sedangkan spesies yang lain tidak diragukan
 olehnya, maka hubungan hidup antara kedua
spesies itu disebut komensalisme. Spesies
yang beruntung disebut komensal, sedangkan
spesies yang memberikan keuntungan disebut
inang (hospes). Hubungan hidup yang terdapat
antara Saccharomyces dan Acetobacter
merupakan suatu contoh komensalisme.
Saccharomyces menghasilkan alcohol yang
tidak diperlukan lagi, sedangkan alcohol ini
merupakan zat makanan yang mutlak bagi
Acetobacter. Dan di dalam usus tebal hewan
maupun manusia banyak terdapat bakteri yang
hidup sebagai komensal.
f) Parasitisme
Jika satu pihak dirugikan sementara ia
sendiri mendapatkan untung disebut
parasitisme. Bila parasit hidup di dalam
jaringan atau sel hospes, maka disebut
endoparasit (=infeksi). Bila hidupnya pada
permukaan kulit maka disebut ektoparasit
(=infestasi). Hubungan yang ada antara virus
(Bakteriofage) dengan bakteri itu suatu
hubungan yang hanya menguntungan virus
saja. Virus tidak dapat hidup di luar bakteri
atau sel hidup lainnya. Sebaliknya, bakteri
atau sel lainnya yang menjadi hospes akan
mati karenanya. Kehidupan parasit berarti
kematian hospes.
Suatu aspek ekologi bakteri yang penting
adalah kesanggupan sel-sel itu melekat pada
benda-benda padat. Karena suatu cirri
ekosistem alam menunjukkan bahwa bakteri
jarang ditemukan mengambang bebas dalam
air. Bakteri biasanya ditemukan melekat pada
partikel-partikel tanah dan sisa-sisa bahan
organik dalam tanah, bahan-bahan organik
yang tersuspensi dalam air laut, air danau,
batu-batuan dalam sungai, kulit, gigi,
membrane epithelium hewan dan manusia
serta pada kutikula tumbuhan.
Dalam banyak hal tidak diketahui apa yang
menentukan derajat kespesifikan yang
menentukan bakteri apa yang akan melekat
pada substrat tertentu. Juga tidak diketahui
mekanisme adhesi semacam apa yang
tersangkut pada kejadian ini. Kadang-kadang
dapat dianggap karena adanya enzim hidrolisis
yang memungkinkan bakteri itu melekat pada
polimer organic yang spesifik, misalnya
bakteri yang menghasilkan selulosa melekat
pada serat-serat selulosa dan sebagainya.
Salah satu contoh dari adhesi spesifik yang
tidak ada sangkut pautnya dengan enzim
adalah bakteri yang membentuk bercak
(plaque) pada gigi. Streptococcus mutans
menghasilkan dekstran (suatu polimer glukosa)
yang mengikat sel itu bersatu dan
memungkinnya melekat sangat kuat pada
hidrosi apatit dari email gigi.
Inokulasi Streptococcus mutans pada hewan
bebas kuman ini mendapat karies dentis.
Dalam keadaan normal, bakteri ini biasa
ditemukan pada gigi berkaries. Streptococcus
mutans dapat membentuk dekstran bila
terdapat sukrosa dalam makanannya,
akibatnya gigi akan rusak membusuk.
 Menghindarkan gula dalam diet atau
perawatan dengan dekstranase dapat
mencegah kolonisasi Streptococcus mutans,
tetapi tidak seluruhnya menghindarkan karies,
karena ada bakteri lain yang juga
menyebabkan karies.

IV. KEUNTUNGAN EKOLOGIS

Keuntungan ekologis untuk bakteri dapat tetap

berada dalam bentuk kelompok (bersatu) tidak selalu
jelas; populasi campuran bersatu membentuk
flokulasi yang stabil di bawah suatu pengendalian
keadaan yang tidak banyak diketahui. Sifat ini
digunakan untuk pengendalian keadaan yang tidak
banyak diketahui. Sifat ini digunakan untuk
menjernihkan air dalam pengerjaan air gorong (riol).
Dalam sistem pengaktifan lumpur, sisa-sisa buangan
dalam riol itu diudarakan secara aktif, kemudian
dimasukkan ke dalam tangki pengendapan. Bakteri-
bakteri di dalamnya membentuk flokulasi dan
mengendap ke dalam lumpur tersebut.
 Salah satu dari bakteri yang turut dalam flokulasi
ini adalah Zoogloea ramigera. Bakteri ini
menghasilkan lender yang berlebih untuk melekatkan
sel-selnya dengan sel-sel bakteri lain supaya bersatu.
Kapasitas membentuk flokulasi yang stabil ini
dihubungkan dengan adanya polibetahidroksibutirat
dalam sel-selnya. Kejadian ini digunakan dalam usaha
penyaringan air riol tingkat pertama. Dalam peristiwa
ini, flokulasi itu melekat pada batu-batuan dan air
flokulasi sehingga yang melalui ini seolah-olah
melalui saringan, karena akan melekat bahan-bahan
buangan yang tersuspensi di dalamnya.
Pada ekosistem lain, yang ditemukan pada permukaan
lumpur, terjadi hubungan yang sama seperti tersebut
di atas. Pada hubungan hidup ini timbul keadaan
anaerob yang sangat bedekatan dengan keadaan aerob.
Potongan-potongan kecil bahan organic dikolonisasi
oleh bakteri yang menyerbunya, bakteri ini pada
gilirannya dilingkungi oleh bakteri lain dan dipusat
keseluruhan kelompok ini akan cepat timbul
kehabisan oksigen yang memungkinkan bakteri
anaerob dapat tumbuh di dalamnya. Gambaran
kejadian ini menjadi petunjuk terhadap perubahan-
perubahan yang timbul dalam jumlah dan tipe bakteri
selang suatu periode waktu.

Dalam tiap sistem alam dimana terdapat bakteri,

kemungkinan terjadinya adhesi, flokulasi, dan
produksi keadaan mikroanaerob adalah suatu urutan
kejadian yang normal. Flokulasi itu pecah bila bakteri
yang berada di pusatnya mulai mengalami kehabisan
makanan dan otolisis. Otolisis adalah perombakan
(penguraian) jasad mati oleh enzim yang terdapat
dalam jasad itu sendiri tanpa intervensi bakteri atau
organisme lainnya.

Banyak hubungan antara bakteri dan lain-lain

bentuk kehidupan didasarkan pada makanan. Pada
banyak ekosistem terjadi peredaran kembali
(recycling) bahan-bahan makanan tersebut, misalnya
fosfat dalam danau. Siklus yang sama juga terjadi
dalam skala lebih luas di seluruh dunia dan dikenal
sebagai siklus biogeologi. Siklus utamanya adalah
yang mengenai C, O, N, dan S. aktivitas bakteri yang
meliputi seluruh dunia itu dalam efeknya akan
menentukan biosfer (semua kehidupan), litosfer
(daratan), hidrosfer (laut dan air segar), dan atmosfer
(udara).

Hubungan ekologi dengan nutrisi bakteri

membawa pada penggolongan mikroorganisme itu
dalam saprofit dan parasit. Mikroorganisme yang
termasuk golongan saprofit ialah yang memperoleh
karbonnya dari persenyawaan organic yang kebetulan
berada dalam cairan di lingkungannya, atau dari hasil
buangan dan sisa makanan organisme lain. Banyak di
antaranya mengambil peranan penting sebagai
penyapu bersih kotoran di permukaan dunia ini,
karena dapat menguraikan, menghancurkan zat-zat
organic yang sudah mati, maka itu dinamakan saprofit
(sapros: membusuk, menghancurkan).
V. KERUGIAN EKOLOGIS

Kerugian ekologis disebabkan oleh organisme

golongan parasit yang pada mulanya merupakan
golongan saprofit, tetapi karena evolusi progresif,
regresif, atau kedua-duanya berubah menjadi
golongan parasit. Organisme ini tidak hanya dapat
hidup dari benda mati atau sisa buangan bahan organic,
tetapi juga memasuki dan merusak zat-zat yang
terdapat dalam sel atau jaringan hidup lain. Dengan
demikian mengakibatkan gangguan keseimbangan
fisik atau kimia dari organisme yang diracuni atau
yang didiaminya. Bila organisme yang menjadi
korban ini multiseluler, maka yang terkena adalah
jaringannya. Inilah yang dinamakan penyakit dan
sering mengakibatkan kematian organisme yang
diserang.

Organisme yang mengakibatkan penyakit disebut

bersifat parasit dan pathogen. Dalam evolusi
selanjutnya, beberapa organisme parasit sudah
sepenuhnya diadaptasikan untuk hidup sebagai parasit,
sehingga sebagian atau sepenuhnya tergantung pada
cara hidup seperti ini dan pada organisme yang
ditumpanginya. Organisme ini rupanya sudah
kehilangan kesanggupan untuk hidup secara saprofit
dan tidak dapat bermultiplikasi di dunia luar. Karena
terpaksa untuk hidup seluruhnya atau sebagian
sebagai parasit maka organisme ini disebut parasit
obligat, misalnya semua virus, rickettsiae,
spirochaeta, Mycobacterium leprae.