BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Protein melaksanakan hampir semua fungsi yang diperlukan untuk sel

untuk hidup. Sebuah perubahan DNA pada gen yang dapat mengubah asam amino
protein, mengubah bentuk dan fungsi: ini dapat memiliki efek dramatis dalam sel
dan pada organisme secara keseluruhan. Meskipun genetika memainkan peran
besar dalam tampilan dan perilaku organisme, itu adalah kombinasi dari genetika
dengan apa sebuah pengalaman organisme yang menentukan hasil akhir. Sebagai
contoh, sementara gen memainkan peran dalam menentukan ukuran suatu
organisme, nutrisi dan kondisi lain pengalaman setelah awal juga memiliki efek
yang besar.

Fungsi pengendalian sifat yang dimiliki ADN didasarkan pada fungsinya

sebagai perancang sintesis protein yang diperlukan dalam pembentukan enzim
maupun penyusun struktur sel. Dalam proses sintesis protein ADN berperan
sebagai perancang, sedangkan pelaksananya adalah asam ribonukleat (ARN).
Sebelum sintesis protein berlangsung ARN akan dibentuk dulu oleh ADN di
dalam nukleus dalam proses transkripsi. ARN berupa rantai tunggal
polinukleotida dan dibentuk oleh ribonukleotida yaitu ikatan antara fosfat, gula
pentosa (ribosa), dan basa nitrogen. Berbeda dengan ADN, basa nitrogen
pirimidin pada ARN terdiri atas urasil (T) dan sitosin (S), sedangkan purin terdiri
atas adenin (A) dan guanin (G). Jadi pada ARN timin digantikan oleh urasil.

Ekspresi dari suatu informasi yang disimpan di dalam bahan genetik

merupakan suatu proses yang rumit / kompleks yang berdasarkan pada konsep
aliran informasi di dalam sel. Awal dari proses ekspresi adalah transkripsi dari
informasi gentik yang di simpan di dlam molekul DNA yang menghasilkan 3 jenis
molekul RNA (asam ribonukleat) : RNA duta (mRNA), RNA transfer (tRNA) dan
RNA ribosomal (rRNA). Hanya molekul mRNA yang di terjemahkan
(ditraslasikan) ke dalam protein. Translasi atau sintesis protein melibatkan banyak

1
molekul, energi dan ribosom.ribosom dibentuk oleh beberapa jenis molekul rRNA
dan beberapa protein ribosomal. Jadi rRNA berperan di dalam penyusunan ribosom.
tRNA berperan membawa asam amino yang sesuai dengan informasi yang ada di
dalam molekul mRNA di dalam proses translasi. Pada organisme eukaryot
misalnya hewan dan tumbuhan, proses transkripsi terjadi di dalam inti sel
sedangkan proses translasi berlangsung di sitoplasma.

Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat dari suatu organisme oleh gen.
Suatu sifat yang dipunyai oleh suatu organisme merupakan hasil proses
metabolisme yang terjadi di dalam sel. Proses metabolisme dapat berlangsung
karena adanya enzim yang berfungsi sebagai katalisator proses-proses biokimia.
Enzim dan protein lainnya di terjemahkan dari urutan nukleotida yang ada pada
molekul mRNA, dan mRNA itu sendiri disintesis berdasarkan utas cetakan DNA.
Gen tersusun dari molekul DNA, sehingga gen menentukan sifat suatu organisme.
Seperti telah disinggung di depan bahwa ekspresi gen dilakukan memalui dua
tahap, yaitu: transkripsi dan translasi.

1.2 Tujuan
1. Mengetahui sejarah ADN dan ARN.
2. Mengetahui terdapatnya ADN dan perbandingannya dengan basa nitrogen.
3. Mengetahui struktur ADN menurut Waltson dan Crick.
4. Mengetahui denaturasi dan renaturasi dari ADN.
5. Mengetahui ARN genetik dan Non-genetik.
6. Mengetahui kode genetik.
7. Mengetahui kengawasan Genetik dari metabolisme.
8. Mengetahui keadaan berubah-ubah dari pengaruh gen dan fenokopi.
9. Mengetahui sintesa protein.
10. Mengetahui mekanisme dari sintesa protein yaitu transkripsi dan translasi.

2
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Asam Deoksiribonukleat (ADN)

2.2.1 Sejarah ADN

Molekul Deoxyribonucleic Acid atau DNA pertama ditemukan oleh

seorang ahli ilmu kimia berkebangsaan Jerman bernama Friedrich Miescher pada
tahun 1869. Miescher menyelidiki susunan kimia dari nukleus sel. Ia mengetahui
bahwa nukleus sel tidak terdiri dari karbohidrat, protein maupun lemak,
melainkan terdiri dari zat yang mempunyai pengandungan fosfor sangat tinggi.
Oleh karena zat itu terdapat di dalam nukleus sel, maka zat itu disebutnya nuklein.
Nama ini kemudian diubah menjadi asam nukleat, karena asam ikut menyusunnya
(Suryo, 1994).

Penelitian berikutnya dilakukan oleh Fisher pada tahun 1880. Dari hasil
risetnya ditemukan adanya zat-zat pirimidin dan purin di dalam asam nukleat.
Temuan ini dikembangkan lagi oleh Albreent Kossel yang menghasilkan temuan
dua pirimidin yaitu sitosin dan timin dan dua purin yaitu adenin dan guanin di
dalam asam nukleat, sehingga atas penemuannya ia mendapatkan hadiah nobel
pada tahun 1910 (Suryo, 1994).

Pada tahun 1920-an, dengan pewarna ungu DNA yang khas, yang
dikembangkan oleh ahli kimia Jerman, Robert Feulgen, DNA ditemukan terletak
secara ekslusif pada kromosom. Karena itu, DNA merupakan lokasi yang
diharapkan bagi suatu bahan genetik. Pada tahun yang sama Phoebus Levine dari
Institut Rockefeller (seorang ahli biokimia kelahiran Rusia) mengungkapkan
bahwa gula DNA adalah deoksiribosa (karena itu namanya asam
deoksiribonukleat) (Suryo, 1994).

Avery Machlead dan Mc Arthy (1944) memberi penegasan terhadap

penemuan terdahulu bahwa DNA mempunyai hubungan langsung dengan
keturunan. Selanjutnya penelitian Chargaff di tahun 1955, melalui hidrolisis DNA
membuktikan bahwa pada berbagai macam makhluk ternyata banyaknya adenin

3
selalu kira-kira sama dengan banyaknya timin (A=T), demikian pula dengan
sitosin dan guanin (S=G). Dengan perkataan lain, aturan Ghargaff menyatakan
bahwa perbandingan A/T dan S/G selalu mendekati satu (Suryo, 1994).

Penelitian selanjutnya dilakukan oleh ahli biologi molekuler, James

Dewey Watson dan Francis H.C. Crick pada tahun 1953. Hasil penelitian tersebut
memperlihatkan bahwa DNA tidak berdiri sendiri sebagai suatu rantai tunggal
melainkan sebagai dua rantai yang saling berpilin, dengan basa pada rantai yang
satu melekat pada basa rantai yang lain. Dengan lain perkataan, DNA adalah suatu
heliks ganda. Teori model ini dikukuhkan dan disempurnakan oleh M.A.F.
Wilkins pada tahun 1961. Oleh karena penemuan ini mereka bertiga mendapat
hadiah nobel pada tahun 1962 dalam kedokteran dan fisiologi (James, 1988).

2.2.2 Terdapatnya ADN

Semua makhluk hidup kecuali beberapa virus memiliki ADN. Di dalam

sel, bagian terbesar dari ADNterdapat di dalam nucleus, terutama dalam
kromosom. Molekul ADN juga ditemukan didalam mitokondria, plastid dan
sentriol. Pada Paramaecium, Tethrahymena, Amoeba proteus, amphibia dan paku-
pakuan, molekul ADN terdapat dalam dasar sitoplasma (Suryo, 1994).

2.2.3 Pengandungan ADN dari Nukleus

Banyaknya ADN biasanya diukur denagn pikogram, yaitu mokrounit dari

berat. Suatu pikogram (1pg) adalah sama dengan 10-12 gram. Banyaknya ADN
dari sebuah sel juga berhubungan erat dengan sifat ploidi atau jumlah kromosom
dari sel itu. Sebagai contoh, sel-sel hati yang bersifat tetraploid (4n) mengandung
ADN dua kali lipat daripada banyaknya ADN di dalam sel diploid (Suryo, 1994).

2.2.3.1 Morfologi DNA

Molekul ADN dari sel-sel dengan nucleus sejati mempunyai bentuk

sebagai benang lurus tak bercabang, sedangkan pada sel-sel tangan nucleus sejati,
mitokondria dan plastid molekul ADN berbentuk lingkaran.

4
 Ukuran molekul ADN berbeda-beda dari spesies satu ke spesies lainnya.
Pada mitokondria, molekul ADN mempunyai ukukaran 5u, pada virus lebih
panjang , sedangkan molekul ADN tunggal pada sel bakteri berukuran 1,4 mm.

Tabel pengandungan ADN tiap nucleus dari bermacam-macam organisme

NO. Organisme Dalton Pasangan nukleotida

1 Virus:
T5 85 x 106 130 x 103
T3 130 x 106 200 x 103
Adenovirus 12 14 x 106 20 x 103
Cacar Ayam 230 x 106 350 x 103
2 Bakteri (sel-sel haploid):
Mycoplasma gallisepticum 0,2 x 109 0,3 x 106
Hemophillus influenza 0,7 x 109 1 x 106
Escheria coli 2,6 x 109 4 x 106
Bacillus subtilis 1,3 x 109 2 x 106
3 Cendawan (sel-sel diploid):
Saccharomyces cerevisiae 13 x 109 20 x 106
Tumbuhan-tumbuhan (sel-sel
4
diploid):
Zea mays 20 x 1012 30 x 109
Tradescantia paludosa 40 x 1012 60 x 109
5 Invertebrate:
Spons 0,05 x 1012 9,1 x 109
Ikan Jelly 0,2 x 1012 0,3 x 109
Cacing laut 1 x 1012 1,4 x 109
Kepiting karang 1 x 1012 1,4 x 109
Drosophila melanogaster 0,12 x 1012 0,2 x 109
6 Vertebrate:
katak 28 x 1012 45 x 109
Salamander (amphiuma) 120 x 1012 180 x 109
Ikan hiu (Carcharias obscures) 3,4 x 1012 5,2 x 109

5
 Ayam 1,2 x 1012 2,1 x 109
Tikus 3,0 x 1012 4,7 x 109
Orang (Homo sapiens) 3,6 x 1012 5,6 x 109

Dalam sel-sel yang berinti sejati, nbeberapa orang peneliti menemukan

molekul ADN dari berbagai ukuran, yaitu 50-60 u (Solari, 1965), 500 u
(Cairus,1966), dan 1,6-1,8 mm (Huberman dan Riggs, 1966) (Suryo,1994).

ADN merupakan sususnan kimia makromolekular yang komplek, yang terdiri

dari 3 macam molekul, yaitu sbb:

1. Gula pentose, yang dikenal sebagai deoksiribosa

2. Asam pospat
3. Basa nitrogen, yang dapat dibedakan atas dua tipe dasar:
a. Pirimidin, basa ini dibedakan lagi atas sitosin (S) dan toimin (T), dan
b. Purin, basa ini dibedakan lagi atas adenine (A) dan Guanin (G).

6
Rangkaian kimia antara deoksiribosa dengan purin dan pirimidin disebut
nukleosida (deoksiribonukleosida). Nukleosida tersebut akan berikatan dengan
fosfat membentuk nukleotida (deoksiribonukleotida). Gabungan dari
nukleotidanukleotida akan membentuk suatu DNA. Jadi, molekul DNA
merupakan polimer panjang dari nukleotida yang dinamakan polinukleotida.

Deoksiribonukleosida +
Basa Basa + deoksiribosa Singkatan dari
asam pospat =
nitrogen =deoksiribonukleosida nukleotida
deoksiribonukleotida
Asam deoksiadenilin
Adenin
Deoksiadenosin (deoksiadenosin dAMP
(A)
monopospat)
Asam deoksiguanilin
Guanin
Deoksiguanosin (Deoksiguanoosin dGMP
(G)
monopospat)
Asam deoksisitidilin
Sitosin (S) Deoksisitidin (Deoksiguanosin dSMP
monopospat)
Asam timidin
Timin (T) Timidin TMP
(Timidin monopospat)

7
2.2.4 Perbandingan Baca Nitrogen dalam ADN

Chargaff (1948) menemukan bahwa pengandungan ADN dari nucleus

timus anak sapi terdiri dari 4 basa dengan perbandingan: 28 % adenine, 24%
guanine, 20% sitosin dan 28% timin. Sampel ADN yang didapatkannya dari
berbagai macam organisme hidup memperlihatkan pengandungan basa yang
berlainan. Namun bagaimanapun juga, hokum ekivalen Chargaff yang
dikemukakan dalam tahun 1950 menyatakan, bahwa:

a. Jumlah urin adalah sama dengan jumlah pirimidin ( A+ G = T+S)

b. Banyaknya adenine sama dengan banyaknya timin (A=T), demikian
pula banyaknya guanine sama dengan banyaknya sitokinin (G=S)

Hukum ini ternyata berlaku universal (untuk berbagai macam organisme)

seperti virus, bakteri, tumbuhan dan hewan. Akan tetapi menambahkan, bahwa
ADN yang diisolir dari tumbuh-tumbuhan serta hewan tingkat tinggi pada
umumnya mengandung lebih banyak adenine dan timin, sedangkan guanine dan
sitosin lebih sedikit. Misalnya perbandingan AT/GS dari ADN manusia = 1,40 :1.
Sebaliknya ADN yang diisolir dari berbagai macam mikroorganisme (virus,
bakteri dan tumbuh-tumbuhan/hewan rendah) pada umumnya kaya akan guanine
dan sitosin dan relatip miskin akan adenine dan timin. Misalnya perbandingan
AT/GS dari ADN bakteri Mycobakterium tuberculosis adalah 0,60 : 1. Perbedaan
dalam ratio AT/GS dari mikroorganisme dan makhluk tingkat tinggi itu member
petunjuk bahwa ada perbedaan informasi genetic yang dibawa oleh molekul
herediter itu. Petunjuk tadi tentu mempunyai arti sangat pentig untuk keperluan
filogeni, evolusi dan taksonomi.

2.2.5 Pertimbangan Waltson dan Crick dalam Konstruksi Model

Molekul ADN

Orang yang pertama-tama mengemukakakn gagasan tentang struktur tiga

dimensional dari ADN adalah W.T. Astbury (1940) berdasarkan hasil studi
kristalografi sinar –X dari molekul ADN. Ia mengambil kesimpulan bahwa
karena ADN itu sangat padat, maka polinukleotida yang menyusun berupa

8
timbunan nukleotida pipih, yang masing-masing teratur tegak lurus terhadap
sumbu memanjang dan tiap-tiap nukleotida itu mempunyai jarak 3,4 A.

Studi kristalografi sinar-X oleh Astbury itu kemudian dilanjutkan

Wiilkins, yang berhasil mempersiapkan serabut-serabut DNA, sehingga
memungkinkan pembuatan foto melalui difraksi sinar-X. Salah seorang temannya
wanita bernama Rosalind Franklin berhasil membuat foto difraksi sinar-X yang
sangat bagus dan membenarkan penemuan Astbury serta mengemukakann
pendapatnya,bahwa molekul ADN itu mempunyai struktur seperti spiral.

Berdasarkan foto yang diambil oleh Franklin itu, Watson dan Crick
dalamm bulan April 1953 segara dapat mengambil kesimpulan, bahwa:

1. Deretan polinukleotida ADN mempunyai bentuk sebagai spiral teratur.

2. Spiral itu mempunyai diameter kira-kira 20 A, dan lebar spiral itu
tetap.
3. Spiral itu membuat satu putaran lengkap setiap 34Å dan karena jarak
internukleotida itu 3,4 Å,maka tiap putaran lengkap terdiri dari 16
nukleotida
4. Mengingat bahwa molekul ADN itu sangat padat, maka spiral ADN itu
tentu duplex (terdiri dari dua buah spiral), yangmengandung dua deretn
polinukleotida.

2.2.6 Model Struktur ADN menurut Waltson dan Crick

James Dewey Watson lahir di Chicago, Illinois, pada tanggal 6 April 1928,
sebagai putra tunggal dari James D. Watson, seorang pengusaha, dan Jean
Mitchell. Leluhur ayahnya awalnya keturunan Inggris dan pernah tinggal di
midwest selama beberapa generasi. Ayah ibunya adalah seorang kelahiran
Skotlandia, menikah dengan seorang putri imigran Irlandia yang tiba di Amerika
Serikat sekitar tahun 1840. Seluruh masa kanak-kanak muda Watson dihabiskan
di Chicago di mana dia selama delapan tahun bersekolah di Horace Mann
Grammar dan selama dua tahun di South Shore High School. Dia kemudian
menerima beasiswa kuliah ke Universitas Chicago, dan di musim panas 1943
melakukan eksperimen mereka selama empat tahun kuliah.

9
 Pada tahun 1947, ia menerima gelar B.Sc. dalam bidang Zoologi.
Minatnya semasa kanak-kanak dalam pengamatan burung mendorongnya untuk
serius belajar genetika. Pada tahun 1950 ia menerima penghargaan Fellowship
untuk studi pascasarjana Zoologi di Indiana University di Bloomington, di mana
ia menerima gelar Ph.D. dalam bidang Zoologi. Saat di Indiana, ia sangat
dipengaruhi oleh konsep genetika HJ Muller dan TM Sonneborn, juga SE Luria,
seorang mikrobiologi kelahiran Italia yang bekerja sebagai staf di Indiana
Bacteriology Departmen. Tesis Watson disusun di bawah bimbingan Luria,
meneliti tentang efek X-ray pada pembelahan bakteriofag (virus yang menyerang
bakteri, umumnya E. coli).

Dari September 1950 hingga September 1951 ia menghabiskan tahun

pertama postdoctoral di Kopenhagen sebagai Fellow Merck Dewan Penelitian
Nasional. Tahun itu dihabiskan bersama ahli biokimia Herman Kalckar, juga
dengan mikrobiolog Ole Maaløe. Sekali lagi ia bekerja dengan virus bakteri,
mencoba untuk mempelajari DNA dari partikel virus tersebut. Selama musim
semi tahun 1951, ia pergi bersama Kalckar ke Stasiun Zoologi di Naples. Ada di
Simposium akhir bulan Mei. Ia bertemu Maurice Wilkins dan melihat untuk
pertama kalinya difraksi sinar-X pola DNA kristal. Hal ini sangat mendorong dia
untuk mengubah arah penelitiannya terhadap struktur kimia asam nukleat dan
protein. Langkah in menjadi mungkin ketika Luria, pada awal Agustus 1951, yang
bekerja sama dengan John Kendrew membantu Watson melakukan penelitian di
Laboratorium Cavendish, di mana ia mulai bekerja pada awal Oktober 1951.

Saat bertemu Crick, mereka menemukan persamaan keinginan

memecahkan struktur DNA. Upaya serius pertama mereka dilakukan pada akhir
musim gugur tahun 1951, dengan hasil yang tidak memuaskan. Upaya kedua
mereka pada awal Maret 1953 lebih didasarkan pada bukti eksperimental dan
apresiasi yang lebih baik dari literatur asam nukleat, dan dituliskan dalam
proposal tentang konfigurasi komplemen double-heliks.

10
 Struktur DNA yang berhasil ditemukan oleh Watson dan Crik.

Pada saat yang sama, ia melakukan eksperimen untuk menyelidiki struktur

TMV (Tobbacco Mozaic Virus), menggunakan teknik sinar-X terdifraksi.
Tujuannya adalah untuk melihat apakah sub-unit kimiawi yang sebelumnya
pernah diungkapkan dengan elegan oleh percobaan Schramm, memang berupa
spiral yang teratur. Tujuan ini dicapai pada akhir Juni 1952, ketika menggunakan
tabung anoda berputar sinar-X yang memungkinkan demonstrasi yang
meyakinkan mengenai pembentukan heliks virus.

Dari tahun 1953 sampai 1955 Watson berada di California Institute of

Technology sebagai Senior Research Fellow dalam bidang Biologi. Di sana ia
bekerja sama dengan Alexander Rich dalam mempelajari difraksi X-ray terhadap
RNA. Pada 1955-1956 ia kembali ke Cavendish, bekerja dengan Crick. Selama
bekerja sama mereka menerbitkan beberapa makalah tentang prinsip-prinsip
umum konstruksi virus.

11
 Menurut Watson dan Crick molekul DNA itu berberntuk sebagai 2 pita
yang saling berpilin. Di bagian luar terdapat deretan gula pospat , dan di bagian
dalam terdapat basa purin dan pirimidin.

Dua polinukleotida yang berhadapan dihubungkan oleh atom hidrogen,

yaitu antara pasangan purin dan pirimidin tertentu. Adenin hanya dapat
berpasangan dengan timin, yang dihubungkan oleh dua atom H, sedangkan guanin
hanya dapat berpasangan dengan sitonin yang dihubungkan oleh tiga atom H. Jadi
dua deretn nukleotida itu komplementer satu dengan yang lainnya. Kecuali dua
pita spiral itu masing-masing melingkar ke arah yang berlawanan dan menuju ke
kanan.

2.2.7 Denaturasi dan Renaturasi dan ADN

2.2.7.1 Denaturasi ADN

Denaturasi adalah untai ganda molekul DNA yang dapat dipisahkan

dengan perlakuan suhu maupun senyawa alkali sehingga konformasinya berubah
dan dapat hampir menjadi acak. Tingkat denaturasi DNA tergantung pada
tingginya suhu. Perubahan tingkat denaturasi DNA dapat diikuti dengan
memperlakukan DNA pada suhu yang bertingkat, kemudian diukur absorbansinya
(A) pada panjang gelombang 260. Perlu diketahui bahwa basa asam nukleat
menyerap dengan kuat cahaya pada panjang gelombang 260. Kurva hubungan
antara peningkatan suhu dengan suhu dengan nilai A260 menunjukkan perubahan
tingkat denaturasi DNA. Banyaknya cahaya dapat diserap oleh molekul DNA
tergantung pada struktur molekulnya. Semakin teratur molekulnya maka semakin
sedikit cahay yang diserap. Oleh karena itu nukleotida bebas menyerap cahaya
lebih besar daripada molekul DNA untai tunggal atau RNA. Nilai serapan cahaya
oleh molekul DNA dengan struktur DNA tetapi dengan konsentrasi yang sama
(50mg/ml) adalah sebagai berikut :

DNA untai ganda A260 = 1,0

DNA untai tunggal A260 = 1,37
Nukleotida bebas A260 = 1,60

12
 Beberapa hal penting dalam kurva diatas antar lain :
1. Nilai A260 tidak berubah sampai keadaan suhu yang umumnya dijumpai pada sel
hidup dialam.
2. Peningkatan nilai A260 terjadi dalam kisaran 6 sampai 8˚C.
3. Nilai A260 maksimum sekitar 37% lebih besar dibandingkan dengan nilai
awalnya.
Aspek Fisiologis Denaturasi DNA

Proses denaturasi DNA sebenarnya juga terjadi dalam kondisi fisiologis

dan bahkan merupakan bagian dari proses fisiologis yang penting. DNA
sebenarnya merupakan struktur yang dinamis. Bagian tertentu struktur gelembung
untai tunggal. Fenomena ini disebut breathing. Dalam aktivitas fisiologis jasad
hidup, keadaan semacam ini sangat penting artinya karena DNA
dapat berinteraksi dengan banyak protein, misalnya dalam proses replikasi dan
transkripsi. Fenomena breathing lebih banyak terjadi pada bagian yang kandungan
A T nya lebih tinggi. Dengan adanya breathing maka protein yang terlibat dalam
proses replikasi dan transkripsi dapat berinteraksi dengan molekul DNA.

2.2.7.2 Renaturasi ADN

Renaturasi adalah proses pembentukan kembali struktur untai ganda dari

keadaan terdenaturasi. Renaturasi merupakan suatu proses yang dapat terjadi
secara in vivo maupun in vitro. Renaturasi in vitro merupakan suatu fenomena
yang sangat berguna untuk analisis molekuler, misalnya untuk mengetahui
kesamaan atau kedekatan genetis antara suatu organisme dengan organisme lain,
untuk mendeteksi macam RNA tertentu, untuk mengetahui apakah suatu urutan
nukleutida tertentu ada lebih dari satu pada suatu jasad, serta untuk mengetahui
lokasi spesifik suatu urutan nukleutida pada genom . Dalam bagian ini merupakan
proses renaturasi secara in vitro.

13
 Tahapan renaturasi :

1. Untai tunggal DNA (sense) bertemu dengan untai tunggal lainnya

(antisense) secara acak
2. Jika urutan Nukleotida kedua untai tunggal tersebut komplementer,
maka akan terjadi ikatan hidrogen dan terbentuk struktur untai ganda pada
suatu bagian. Pembentukan ikatan hidrogen kemudian akan dilanjutkan pada
bagian yang lain secara cepat sehingga terbentuk struktur untai ganda yang
lengkap
Tahapan yang menentukan kecepatan renaturasi bukan proses
pembentukan untai gandanya melainkan proses tumbukan antara molekul
untai tunggal dengan untai tunggal yang lain. Renaturasi dipengaruhi oleh
hambatan friksional. Proses ini berlangsung secara acak sehingga sangat
ditentukan oleh konsentrasi DNA.

Syarat Renaturasi

1. Konsentrasi garam cukup tinggi (0,15 sampai 0,5 M). Ion Na+ yang
bersifat positif akan menetralkan gugus fosfat DNA yang bermuata negatif
sehingga tidak terjadi saling tolak antar untaian DNA yang satu dengan
untaian DNA yang lain.
2. Suhu renaturasi harus cukup tinggi (20 sampai 25˚C dibawah nilai Tm).
3. Konsentrasi DNA, semakin tinggi konsentrasinya maka probabilitas
tumbukan antar molekul untai tunggal DNA menjadi semakin besar.
4. Kecepatan perlakuan renaturasi. Jika suatu molekul DNA didenaturasi
dengan perlakuan suhu tinggi kemudian suhunya diturunkan secara cepat,
maka probabilitas molekul DNA sense untuk berpasangan dengan molekul
antisense secara akurat akan lebih kecil. Oleh karena itu proses renaturasi
biasanya dilakukan dengan menurunkan suhunya secara bertahap.

14
2.2.8 Replikasi DNA

DNA adalah materi herediter di dalam sel dan dalam bentuk urutan kode
dari amina heterosiklik. Manusia memiliki biasanya 46 untai DNA, mereka
dikenal sebagai kromosom. Gen adalah daerah tertentu pada setiap kromosom
yang berisi informasi turun-temurun. Replikasi DNA dimulai di lokasi tertentu
yang dikenal sebagai asal replikasi. Replikasi DNA merupakan proses semi-
konservatif karena setiap sel anak menerima satu untai DNA induk dan untai yang
baru disintesis. DNA untai orangtua bertindak sebagai template untuk sintesis
untai komplementer baru.

Replikasi DNA adalah proses di mana sebuah molekul DNA asli

menghasilkan dua salinan identik DNA. Replikasi DNA adalah proses biologis
yang terjadi pada semua organisme hidup. Replikasi DNA merupakan dasar untuk
pewarisan. DNA terbuat dari dua helai dan setiap helai sel induk bertindak
sebagai template untuk produksi untai komplementer. Proses ini dikenal sebagai
replikasi semi-konservatif DNA. Mekanisme replikasi DNA terjadi dalam tiga
langkah terkoordinasi yang dikatalisasi secara enzimatis.

Replikasi molekul DNA yang terjadi dengan dua untai komplementer yang
dipisahkan oleh aksi enzim tertentu. Enzim ini membuka molekul dan
mengekspos basa nukleotida. Setiap untai molekul DNA tetap utuh dan berfungsi
sebagai template untuk sintesis untai komplementer. Modus replikasi DNA adalah
semi-konservatif di mana salah satu dari setengah molekul DNA yang lama dan
setengah lainnya yang baru.

Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan

nukleotida pada DNA yang digandakan. Replikasi merupakan proses
pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah
diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan
replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama.
Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua
rantai dan rantai yang satu merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya.
Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai

15
 pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa teori yang mencoba
menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori yang
paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh
pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai
DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang baru
disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak
sebagai "cetakan" untuk membuat rantai pasangannya.
Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu
yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim
pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses
replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu
di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh
beberapa jenis protein yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan juga protein
yang mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat
pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada
kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan
rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase
mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di kedua
sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut
sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.

Berdasarkan pengamatan diduga ada 3 kemungkinan cara replikasi mulekul DNA,

yaitu secara :
1. Semikonserpatip
Dua pita spiral dari double helix memisahkan diri. Tiap pita tunggal dari double
helix parental ini berlaku sebagai pencetak (model) untuk membentuk pita
pasangan yang baru.
2. Konserpatip
Double helix parental tetap utuh tetapi keseluruhannya dapat mencetak double
helix baru.
3. Dispersip

16
Kedua buah pita dari double helixparental terpurus-putus. Segmen-segmen DNA
parental dan segmen-segmen DNA yang dibentuk baru saling bersambungan dan
menghasilkan dua double helix baru.

Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti.
Proses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah
terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Karena
mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis amatlah kecil.

2.2.9 Ekaperimen Meselson-Stahl

Pada waktu yang sama saat Watson dan Crick mengemukakan struktur
punting ganda pada DNA, mereka juga menyimpulkan tentang mekanisme
replikasi pada DNA. Mereka menyimpulkan bahwa pada saat DNA akan
mereplikasi diri, dua punting DNA akan memisah satu sama lain, tetapi keduanya
tetap berhubungan dan akan menjadi cetakan sehingga terbentuk kembali dua
punting ganda yang sempurna. Ketika proses replikasi sudah selesai, kedua
molekul DNA yang sangat identik dan mirip dengan induknya telah terbentuk.

17
 Model replikasi seperti ini dinamakan teori semikonservatif, dimana salah
satu puting DNA adalah puting yang berasal dari induk sedangkan puting adalah
punting yang yang lain adalah punting yang baru saja terbentukbaru. Bukti nyata
dari model replikasi DNA yang dikemukakan oleh Watson dan Crick ini dapat
dilihat dari hasil eksperimen M. S. Meselson dan F. W. Stahl.

Pada tahun 1958, M. S. Meselson dan F. Stahl melakukan sebuah

eksperimen untuk membuktikan teori semikonservatif seperti yang telah
dikemukakan di atas. Mereka menumbuhkan bakteri E. coli dalam medium yang
15
kaya akan isotop nitrogen N. Nitrogen adalah kandungan utama dalam DNA.
14
Bentuk nitrogen normal adalah dalam bentuk isotop N, tetapi DNA juga akan
tetap bertahan hidup dengan kandungan isotop 15N yang melimpah.

Setelah bakteri E. coli ditumbuhkan dalam medium yang kaya akan isotop
15
N, dihasilkan keturunan bakteri dengan kandungan DNA yang sangat padat.
Kepadatan untai DNA dapat ditentukan dengan teknik sentrifugasi gradien
kepadatan. Dalam teknik ini cesium klorida (CsCl) akan disentrifugasi selama
beberapa jam. Jika potongan DNA di tambahkan kedalamnya, maka masing-
masing potongan akan cenderung untuk berpindah dan berkumpul pada suatu
daerah dengan gradient kepadatan yang sama. Jadi apabila potongan-potongan
tersebut mempunyai kgradien kepadatan yang sama maka akan terbentuk satu pita
tunggal, dan apabila gradient kepadatannya berbeda maka akan terbentuk dua pita
atau lebih. Adanya pita yang terbentuk ini bisa dideteksi dengan menggunakan

18
sinar ultraviolet yang memiliki panjang gelombang sekitar 260 nm dimana asam
amino dapat menyerap sinar ini dengan kuat.

15
Setelah itu, sel bakteri yang mengandung isotop N dalam DNAnya akan
14
ditaruh kembali di dalam medium yang kaya akan isotop N untuk membelah
sekali lagi. Kemudian DNA akan diekstrasi dari selnya untuk diselidiki apakah
DNA tersebut adalah DNA dengan isotop 14N atau DNA dengan isotop 15N. Hasil
dari eksperimen ini sangat mendukung teori semikonservatif replikasi DNA,
dimana separuh dari generasi sel yang kedua memiliki satu punting DNA asli
15 14
dengan isotop N bersama-sama dengan isotop N. Sedangkan DNA pada
14
separuh sel yang lain mengandung isotop N, satu disintesis pada pembelahan
pertama dan yang lain disintesis pada pembelahan kedua.

Eksperimen Meselson-Stahl ini sangat penting karena selain dapat

membuktikan cara replikasi DNA secara semikonservatif, eksperimen ini juga
dapat menggugurkan cara-cara replikasi DNA yang lain, yaitu secara konservatif
maupun secara dispersif. Jika replikasi secara dispersif, maka akan terbentuk dua
14
punting DNA dengan kandungan campuran isotop N dan isotop 15N dan hal ini
tidak terbukti dalam eksperimen Meselson-Stahl.

19
2.2.10 Replikasi Kromosom Bakteri

Penelitian tentang replikasi kromosom bakteri untuk pertama kali

dilakuakn oleh J. Cairns dalam tahun 1963 dengan menggunakan teknik
autodiografi, yaitu cara untuk mendeteksi dan melokalisir isotop-isotop rdioaktif
di dalam sel dengan meletakkannya dalam emulsi fotograpis yang peka terhadap
energi radiasi rendah

Cairns menumbuhkan sel-sel bakteri E. Coli dalam medium yang

mengandung 3H timidin untuk beberapa waktu dan berhati-hati sekali
mengumpulkan kromosom-kromosom pada filter membran.

2.3 Asam Ribonukleat (ARN)

Pengetahuan tentang pengaturan asam deoksiribonukleat (ADN) didalam

kromosom dapat membantu kita untuk mengerti bagaimana gen dan mengatur
sintesis protein. Juga akan memperjelas perubahan komposisi gen karena mutasi.
ADN mengandung informasi genetik dalam bentuk kode. Kode ini telah di
terjemahkan dalam suatu model yang menggamabarkan bagai mana informasi
tersebut berlangsung dari ADN dalam gen sampai pada protein dalam sel hidup.
Gen sesuai dengan daerah dalam DNA, molekul terdiri dari rantai empat
jenis nukleotida-urutan nukleotida ini adalah informasi genetik organisme
mewarisi. DNA alami terjadi dalam bentuk yang terdampar ganda, dengan
nukleotida pada setiap untai komplementer satu sama lain. Setiap untai dapat

20
bertindak sebagai template untuk membuat sebuah mitra baru untai-ini adalah
metode fisik untuk membuat salinan dari gen yang dapat diwariskan.
Urutan nukleotida dalam gen diterjemahkan oleh sel untuk menghasilkan
rantai asam amino, menciptakan protein-urutan asam amino dalam protein sesuai
dengan urutan nukleotida dalam gen. Hubungan antara urutan nukleotida dan
urutan asam amino yang dikenal sebagai kode genetik. Asam amino dalam protein
menentukan bagaimana lipatan menjadi bentuk tiga-dimensi struktur ini, pada
gilirannya, yang bertanggung jawab untuk fungsi protein tersebut.
Protein melaksanakan hampir semua fungsi yang diperlukan untuk sel
untuk hidup. Sebuah perubahan DNA pada gen yang dapat mengubah asam amino
protein, mengubah bentuk dan fungsi: ini dapat memiliki efek dramatis dalam sel
dan pada organisme secara keseluruhan. Meskipun genetika memainkan peran
besar dalam tampilan dan perilaku organisme, itu adalah kombinasi dari genetika
dengan apa sebuah pengalaman organisme yang menentukan hasil akhir. Sebagai
contoh, sementara gen memainkan peran dalam menentukan ukuran suatu
organisme, nutrisi dan kondisi lain pengalaman setelah awal juga memiliki efek
yang besar.

Fungsi pengendalian sifat yang dimiliki ADN didasarkan pada fungsinya

sebagai perancang sintesis protein yang diperlukan dalam pembentukan enzim
maupun penyusun struktur sel. Dalam proses sintesis protein ADN berperan
sebagai perancang, sedangkan pelaksananya adalah asam ribonukleat (ARN).
Sebelum sintesis protein berlangsung ARN akan dibentuk dulu oleh ADN di
dalam nukleus dalam proses transkripsi. ARN berupa rantai tunggal
polinukleotida dan dibentuk oleh ribonukleotida yaitu ikatan antara fosfat, gula
pentosa (ribosa), dan basa nitrogen. Berbeda dengan ADN, basa nitrogen
pirimidin pada ARN terdiri atas urasil (T) dan sitosin (S), sedangkan purin terdiri
atas adenin (A) dan guanin (G). Jadi pada ARN timin digantikan oleh urasil.

21
2.3.1 ARN Genetik dan ARN Non-Genetik

ARN genetik dimiliki oleh beberapa virus seperti virus mozaik tembakau,
virus influensa, virus kaki dan mulut dan juga dimiliki oleh bakteriofag. Virus-
virus tersebut tidak memiliki ADN sehingga ARN merupakan molekul yang
membawa informasi genetik seperti ADN, sehingga ARN-nya disebut sebagai
ARN genetik. Pada makhluk hidup dimana keterangan genetik terdapat dalam
ADN maka ARN-nya disebut sebagai ARN non-genetik
Ada tiga jenis ARN yang berperan dalam sintesis protein:

1. ARN duta (ARNd) : Berfungsi membawa informasi susunan protein dari

ADN dalam inti sel ke ribosom yang berada dalam sitoplasma.
2. ARN ribosom (ARNr) : ARNr terdapat dalam ribosom dan menyusun 50%
– 60% struktur ribosom. Fungsi sebenarnya dari ARNr sampai sekarang
belum diketahui. Diduga ARNr membantu proses sintesis protein.
3. ARN transfer (ARNt) : ARNt didapati dalam sitoplasma dan berfungsi
mengikat dan membawa asam amino menuju ribosom.

2.4 Pengawasan Genetik dari Metabolisme

Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat dari suatu organisme oleh gen.
Suatu sifat yang dipunyai oleh suatu organisme merupakan hasil proses
metabolisme yang terjadi di dalam sel. Proses metabolisme dapat berlangsung
karena adanya enzim yang berfungsi sebagai katalisator proses-proses biokimia.
Enzim dan protein lainnya di terjemahkan dari urutan nukleotida yang ada pada
molekul mRNA, dan mRNA itu sendiri disintesis berdasarkan utas cetakan DNA.
Gen tersusun dari molekul DNA, sehingga gen menentukan sifat suatu organisme.
Seperti telah disinggung di depan bahwa ekspresi gen dilakukan memalui dua
tahap, yaitu: transkripsi dan translasi. Proses transkripsi terjadi didalam inti sel,
sedangkan translasi berlangsung disitoplasma, sehingga RNA harus dikeluarkan
dari inti sel ke sitoplasma.
Proses metabolisme, yaitu proses kimia yang menandai unsur hidup,
kebanyakan berlangsung dengan perantaraan suatu zat yang dinamakan enzim.
Setelah adanya percobaan Mendel pada tahun 1900, seorang dokter ahli Biokimia

22
bangsa Inggris bernama Archibald E. Garrod mempelajari beberapa penyakit
metabolisme pada manusia. Garrod Berpendapat bahwa metabolisme itu
berlangsung karena terjadinya reaksi kimia yang berurutan. Untuk tiap tahap
reaksi kimia ini diperlukan enzim tertentu sebagai katalisator, sedangkan
terbentuknya tiap enzim dikonrol oleh satu atau beberapa gen. Jika gen yang
dibutuhkan oleh enzim tertentu tidak ada, maka enzim tersebut tidak dapat
terbentuk, sehingga metabolisme tidak mungkin dilanjutkan dan terjadilah suatu
blokmetabolisme.
Hipotesa Garrod yang menyatakan bahwa satu enzim itu dikontrol oleh
sebuah gen dikenal sebagai hipotesa sebuah gen – sebuah enzim. Adapun blok
metabolisme akan terjadi apabila ada gen yang mengalami mutasi. Hipotesa ini
dilenal sebagai hipotesa sebuah gen mutan – sebuah blok metabolisme. Dr. G.W.
Beadle dan E.L.
Tatum yang mengadakan percobaan dengan cendawan Neurospora dan
mengikuti banyak reaksi yang terjadi pada metabolismenya dapat membenarkan
kedua hipotesa tersebut di atas. Mereka selanjutnya dapat membuktikan, bahwa
banyak enzim itu terdiri dari dua atau lebih banyak rantai polipeptida dan tiap
polipeptida adalah hasil dari gen tertentu. Enzim triptofan sintesa dari bakteri E.
Coli misalnya mengandung α -polipeptida (hasil dari gen trpA) dan β –polipeptida
(hasil dari gen trpB). Berhubung dengan itu Beadle dan Tatum yang menerima
hadiah Nobel untuk bidang Kedokteran dan Fisiologi dalam tahun 1958 merubah
konsep”sebuah gen – sebuah enzim” itu menjadi ”sebuah gen - sebuah
polipeptida”. Adanya blok metabolisme mengalkibatkan terjadinya kesalahan
metabolisme, yang oleh Garrod dinamakan ”kesalahan metabolisme bawaan”.
Kini pada manusia dikenal ratusan kesalahan metabolisme bawaan.
Metabolisme obat dapat dipengaruhi oleh berbagai faktor, yaitu
polimorfisme, penyakit tertentu, penggunaan bersama alcohol, jenis kelamin,
makanan, dan kebiasaan merokok. Pada tulisan ini, akan dibahas mengenai
pengaruh polimorfisme terhadap metabolisme obat. Keragaman genetik
dimanifestasikan dengan perbedaan dalam nukleotida tunggal atau keseluruhan
gen yang mengkode protein tertentu. Hal tersebut akan menyebabkan adanya
populasi yang mengekspresikan protein yang strukturnya berbeda dengan protein

23
pada populasi mayoritas. Perbedaan ini dapat berupa substitusi suatu asam amino
tunggal dengan asam amino lainnya, atau keseluruhan urutan asam amino
berubah. Keadaan ini dinamakan polimorfisme. Polimorfisme merupakan variasi
genetic yang muncul paling sedikit 1% atau lebih dalam sebuah populasi. Efek
yang ditimbulkan dari polimorfisme ini sangat luas. Protein akibat polimorfisme
tidak akan efisien atau bahkan tidak berfungsi sama sekali (Campbel, 2008).

2.5 Keadaan Berubah-ubah dari Pengaru Gen dan Fenokopi

Pada waktu membicarakan berbagai pengaruh dari gen-gen tertentu

terhadap fenotip kerap kali digunakan dua istilah, ialah ekspresipitas dan
penetransi. Gen dikatakan mempunyai ekspresipitas variabel apabila derajat
ekspresi fenitipis berbed dari satu individu ke individu lainnya. Apabila hadirnya
gen yang memiliki ekspresipitas variabel itu tidak selalu memperlihatkan
pengaruh fenotip yang tidak dapat diketahui, maka gen tersebut dikatakan
memiliki penetrasi tak komplit. Misalnya sebuah gen dominan yang dimiliki suatu
individu hanya memperlihatkan pengaruh fenotip 70% maka gen dominan
tersebut dikatakan memiliki penetrasi 70%. Tentu saja tidak mudah untuk
mendeteksi gen demikian itu.

Kecuali itu, faktor lingkungn kadang-kadang menimbulkan perubahan

fenotip yang tidak herediter. Keadaan demikian itu dikenal dengan istilah
fenokopi. Kerapkali akibat fenokopi sulit dibedakan daripada akibat adanya gen
mutan. Sebagai contoh: penyakit ayan (epilepsi) dapat mempunyai latar belakang
genetik, tetapi dapat pula timbul karena pengaruh lingkungan. Berhubung dengan
itu untuk memberikan diagnosa yang tepat, haruslah diteliti silsilah keluarganya
atau mencari keterangan yang dapat memberi petunujuk bahwa penyakit itu
keturunan.
2.6 Sintesa Protein

Protein mempunyai peranan penting dalam organisasi struktural dan

funsional dari sel. Protein struktural menghasilkan beberapa komponen sel dan
beberapa bagian di luar sel seperti kutikula, serabut, dsb. Protein fungsional
(misalnya enzim dan hormon) mengawasi hampir semua kegiatan metabolisme,

24
bisintesa, pertumbuhan, pernafasan dan perkembang-biakan dari sel. Namun
demikian sebuah sel tidak mungkin membuat protein yang dibutuhkan oleh
individu yang bersel banyak. Berbagai macam protein dibuat oleh berbagai tipe
sel. Proses pembuatan protein menyangkut salah satu dari dogma pusat dari
Biologi Molekuler, yang menyatakan bahwa informasi genetik itu beralih dari
asam nukleat ke protein. Tahap pertama dari dogma itu yang dikenal sebagai
proses transkripsi tidak menimbulkan perubahan dalam kode, karena ADN dan
ARNd adalah komplementer. Tahap kedua, yang dikenal sebagai proses translasi,
menimbulkan perubahn dalam kode, yaitu urutan nukleotida ke urutan asam
amino. Dalam sintesis protein, gen memberi perintah untuk membuat protein
tertentu. Tetapi gen (DNA) membangun protein tidak secara langsung.

Jembatan antara dan sintesis protein ialah RNA. Secara kimiawi RNA
serupa dengan DNA, terkecuali bahwa RNA mengandung ribosa, bukan
deoksiribosa, sebagai gulanya dan memiliki basa nitrogen urasil, bukan timin.
Dengan demikian, setiap nukleotida di sepanjang untai DNA memiliki
deoksiribosa sebagai gulanya dan A,G,C, atau T sebagai basanya. Sedangkan
setiap nukleotida di sepanjang untai RNA memiliki ribosa sebagai gulanya dan
A,G, C, atau U sebagai basanya. Suatu molekul RNA hampir selalu terdiri dari
satu untai tunggal. Dalam DNA atau RNA, monomernya merupakan keempat
jenis nukleotida, yang berbeda dalam basa nitrogennya. Gen biasanya panjang
mencapai ratusan atau ribuan nukleotida, masing-masing memiliki urutan basa
yang spesifik. Setiap polipeptida dari suatu protein juga memiliki monomer yang
tersusun dalam tatanan linear tertentu, tetapi monomernya adalah dua puluh asam
amino. Dengan demikian, asam nukleat dan protein berisi informasi yang ditulis
dalam dua bahasa kimiawi yang berbeda. Untuk beralih dari DNA, yang ditulis
dalam satu bahasa, ke protein, yang ditulis dalam bahasa lain, membutuhkan dua
tahapan utama, yaitu trankripsi dan translasi.
Ketepatan terbentuknya protein-protein baru memegang peranan yang
sangat penting selama berlangsungnya proses seluler. Asam amino terbentuk
sesuai dengan instruksi genetik dan ribosom memfasilitasi proses translasi dimana
messenger RNA (mRNA) diterjemahkan sesuai dengan informasi genetik yang

25
dikodenya. Informasi dasar mengenai struktur DNA dan RNA dan bagaimana
materi dasar tersebut menentukan sintesis suatu protein sangat diperlukan. Perlu
diketahui bahwa gen adalah informasi genetik dan DNA adalah substansi di dalam
kromosom dimana gen dibuat. Gen didistribusikan ke dalam anak sel ketika sel
membelah. Molekul DNA terdiri dari dua rantai panjang yang saling berlekatan
satu sama lain oleh pasangan basa yang saling berkomplementer. Terdapat empat
macam sub unit penyusun DNA yaitu deoxyribonucleotides yang mengandung
basa adenin (A), cytosin (C), guanin (G) dan thymin (T). Nukleotid satu dengan
yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfodiester yang menggabungkan karbon
5’ dan deoxyribose yang satu dengan karbon 3’ dan deoxyribose berikutnya.
DNA adalah doule helix dimana basa penyusunnya berada pada bagian
dalam double helix dan gula fosfat diluar (Gambar 6.3.). Bukti menunjukkan
bahwa basa A berpasangan dengan T dan basa G berpasangan dengan basa C yang
disebut pasangan basa Watson-Crick. Aksi dari suatu gen atau yang lebih sering
dikenal sebagai ekspresi gen adalah serangkaian proses dimana informasi genetik
diterjemahkan sehingga terbentuk produk yaitu protein atau RNA. Proses ini
melibatkan serangkaian proses yang disebut transkripsi dan translasi. Transkripsi
adalah proses membuat copy/salinan suatu RNA dari suatu gen yang diatur oleh
gen-gen tertentu yang disebut operon. Translasi adalah proses penerjemahan RNA
menjadi protein yang secara aktif dikoordinasi oleh ribosom. Berikut ini adalah
contoh gambaran umum bagaimana suatu gen diterjemahkan untuk akhirnya
menjadi protein. Proses sintesa protein sangat rumit dan mempergunakan
molekul-molekul serta organel sel seperti berikut.

2.6.1 Asam Amino

Oleh karena protein adalah polimer dari asam-asam amino, maka proses
sintesa protein membutuhkan asam-asam amino sebagai bahan mentah. Asam
amino yang umum dijumpai berjumlah 20 dan berkumpul di dalam sitoplasma
membentuk suatu “ kumpulan asam amino”. Semua asam amino (kecuali prolin)
memiliki gugus amino dan karboksilyang bebas.

26
 Polipeptida adalah deretan asam-asam amino, yang dapat terdiri dari 51
asam amino (seperti pada insulin) sampai lebih dari 1000 asam amino (seperti
pada fibroin, protein sutera).
 Asam Amino Dasar
Protein tersusun dari berbagai asam amino yang masing -masing
dihubungkan dengan ikatan peptida. Meskipun demikian, pada awal
pembentukannya protein hanya tersusun dari 20 asam amino yang dikenal sebagai
asam amino dasar atau asam amino baku atau asam amino penyusun protein
(proteinogenik). Asam-asam amino inilah yang disandi oleh DNA/RNA sebagai
kode genetik.
Berikut adalah ke-20 asam amino penyusun protein (singkatan dalam
kurung menunjukkan singkatan tiga huruf dan satu huruf yang sering digunakan
dalam kajian protein), dikelompokkan menurut sifat atau struktur kimiawinya:
Asam amino alifatik sederhana
•Glisina (Gly, G)
•Alanina (Ala, A)
•Valina (Val, V)
•Leusina (Leu, L)
•Isoleusina (Ile, I)

Asam amino hidroksi-alifatik

•Serina (Ser, S)
•Treonina (Thr, T)

Asam amino dikarboksilat (asam)

•Asam aspartat (Asp, D)
•Asam glutamat(Glu, E)

Amida
•Asparagina (Asn, N)
•Glutamina (Gln, Q)

27
Asam amino basa
•Lisina (Lys, K)
•Arginina (Arg, R)
•Histidina (His, H) (memiliki gugus siklik)

Asam amino dengan sulfur

•Sisteina (Cys, C)
•Metionina (Met, M)

Prolin
•Prolina (Pro, P) (memiliki gugus siklik)

Asam amino aromatik

•Fenilalanina (Phe, F)
•Tirosina (Tyr, Y)
•Triptofan (Trp, W)
 Asam amino esensial
Asam amino diperlukan oleh makhluk hidup sebagai penyusun protein
atau sebagai kerangka molekul-molekul penting. Ia disebut esensial bagi suatu
spesies organisme apabila spesies tersebut memerlukannya tetapi tidak mampu
memproduksi sendiri atau selalu kekurangan asam amino yang bersangkutan.
Untuk memenuhi kebutuhan ini, spesies itu harus memasoknya dari luar (lewat
makanan). Istilah "asam amino esensial" berlaku hanya bagi organisme heterotrof.
Bagi manusia, ada delapan (ada yang menyebut sembilan) asam amino esensial
yang harus dipenuhi dari diet sehari-hari, yaitu isoleusina, leusina, lisina,
metionina, fenilalanina, treonina, triptofan, dan valina. Histidina dan arginina
disebut sebagai "setengah esensial" karena tubuh manusia dewasa sehat mampu
memenuhi kebutuhannya. Asam amino karnitina juga bersifat "setengah esensial"
dan sering diberikan untuk kepentingan pengobatan.

28
2.6.2 ADN

Seperti diketahui, molekul ADN mengandung keterangan genetik. Oleh

karena itu sintesa protein dikontrol oleh molekul ADN. ADN (asam
deoksiribonukleat) adalah bahan yang diwariskan dan merupakan unsur pokok
kromosom yang disebut nuklein atau bahan yang ada hubungannya dengan
nukleus. Miescher seorang ahli Fisika dari swiss, dalam tahun 1871 melihat
adanya endapan dari inti nanah karena mudah didapat pada kain pembalut luka
dan mengandung sel darah putih (sel yang paling sederhana) kemudian ia
mengunakan sperma ikan salmon yang hanya terdiri dari nukleus dan sedikit
sitoplasma. Juga ikan salmon ini terdapat di dalam sungai Rhine yang letaknya
dekat. Hasil analisis kimia menunjukkan bahwa endapan tersebut terdiri dari
fosfor dan nitrogen. Sebenarnya Miescher telah menemukan gugus ADN protein
tetapi tidak mengetahuinya. Beberapa tahun kemudian E.B. Wilson menyatakan
bahwa asam nuekleat adalah bahan kuturunan, tetapi bukti-bukti belum ada
selama setengah abad. Hertwig dalam tahun 1884 menyatakan bahwa nuklein ada
hubungannya dengan pembuahan dan pewarisan sifat-sifat keturunan.

2.6.3 Asam Ribonukleat Non-Genetik

Dalam sintesa protein ada 3 macam ARN non-genetik yang berperan aktif,
yaitu :
1. ARNd setelah menerima informasi genetik dari ADN segera
meninggalkan nukleus untuk menempel pada ribosom.
2. ARNp mengikat asam amino dari kumpulan asam amino yang terdapat
dalam sitoplasma dan membawanya ke ARNd yang telah siap di ribosom.
ARNr meskipun belum jelas fungsinya, ada banyak tanda-tanda yang
memberi petunjuk bahwa ARNr memiliki fungsi pada sintesa protein.
2.6.4 Ribosom dan Enzim

Ribosom adalah struktur makromolekuler di dalam sel yang memimpin

berbagai interaksi yang ada hubunganya dengan sintesa protein. Oleh karena Itu
ribosom mengandung faktor-faktor yang berfungsi sebagai enzim.

29
2.7 Mekanisme dari Sintesa Protein

2.7.1 Transkripsi

Transkripsi merupakan proses pembentukan molekul RNA dengan

menggunakan DNA sebagai cetakannya. Tidak semua bagian DNA akan
ditranskripsikan, tetapi hanya bagian tertentu saja. Bagian tertentu tersebut disebut
dengan gen. Keseluruhan DNA baik gen maupun sekuensi DNA bukan penyandi
(non-coding) yang dikandung oleh suatu organisme disebut dengan genom. Ruas
DNA yang akan ditranskripsikan dibatasi oleh promoter dan terminator. Hanya satu
dari dua utas DNA yang digunakan sebagai cetakan sintesis RNA. Utas DNA yang
digunakan sebagai cetakan bagi sintesis RNA disebut dengan utas cetakan
(template), sedangkan utas DNA lainnya disebut dengan utas pendamping.
Walaupun hanya satu utas yang berfungsi sebagai cetakan, tetapi tidak selalu utas
yang sama digunakan sebagai utas cetakan sepanjang molekul DNA di dalam genom
suatu organisme. Jadi, pada satu gen, utas yang satu digunakan sebagai cetakan,
tetapi pada gen lainnya, kemungkinan utas yang lain digunakan sebagai cetakan.
Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA, yaitu: RNA duta (mRNA=
messenger RNA), RNA transfer (tRNA= transfer RNA), dan RNA ribosomal
(rRNA= ribosomal RNA). Ketiga jenis RNA ini berperanan di dalam proses
translasi. Hanya mRNA yang akan diterjemahkan kedalam protein. tRNA berperan
sebagai molekul pembawa asam amino yang akan dirangkaikan menjadi polipeptida
sesuai dengan sandi yang terdapat pada mRNA. rRNA berfungsi sebagai salah satu
molekul penyusun ribosom. Proses transkripsi dikatalisis oleh enzim transkriptase
atau RNA polimerase. Pada organisme prokaryot seperti E. coli, hanya terdapat satu
jenis RNA polimerase untuk mengkatalisis sintesis semua jenis RNA. Pada
organisme eukaryot, terdapat tiga jenis RNA polimerase, yaitu: (1) RNA polimerase
I yang berfungsi untuk mengkatalisis pembentukan rRNA, (2) RNA polimerase II
yang berperan dalam sintesis tRNA dan beberapa molekul rRNA, dan (3) RNA
polimerase III yang bertugas mengkalisis proses sintesis mRNA. Enzim RNA
polimerase lengkap (disebut holoenzim) tersusun dari enzim inti dan faktor

30
transkripsi. Enzim inti tersusun dari dua subunit. Proses transkripsi mempunyai
beberapa karakteristik yaitu bahwa: proses sintesis mempunyai arah dari 5'P ke
3'OH, berlangsung secara anti paralel bila dibandingkan dengan utas cetakannya,
dan mengikuti aturan chargaff atau basa-basanya berpasangan secara komplementer
(A-T; G-C). Proses transkripsi dapat dibagi kedalam tiga tahap, yaitu: inisiasi
sintesis RNA, pemanjangan (elongasi) RNA dan penyelesaian (terminasi) sinteis
RNA.
Inisiasi dimulai pada saat RNA polimerase menempel pada molekul DNA
utas ganda. RNA polimerase dapat menempel pada situs DNA secara spesifik karena
adanya faktor sigma. Pada daerah penempelan RNA polimerase ini, utas ganda DNA
terurai menjadi utas tunggal secara lokal. Nukleotida pertama kemudian ditempatkan
di depan utas cetakan kemudian disintesis nukleotida berikutnya sesuai dengan utas
cetakan yang ada didepannya. Titik atau situs dimana nukleotida pertama diletakkan
di depan utas cetakan disebut dengan titik atau situs inisiasi. Setelah terbentuk
rangkaian RNA yang tersusun dari 2- 9 nukleotida, faktor sigma meninggalkan
kompleks enzim inti. Promoter adalah situs (daerah) yang dikenali pertama kali oleh
RNA polimerase sebagai tempat penempelannya. Promoter ini merupakan sekuensi
DNA yang terdiri dari sekitar 40 pb yang terletak tepat sebelum situs mulainya
transkripsi. Untuk memudahkan pada ahli, pemberian kode +1 berarti bahwa pada
situs tersebut nukleotida pertama disintesis. Jadi, promoter terletak diaerah sebelum
atau di depan (up-stream) situs +1. Daerah sebelum +1 diberi kode mulai -1, -2, dan
seterusnya.
Pada prokaryot, dua daerah yang hampir selalu ada pada promoter adalah
sekuensi -35 dan -10. Kedua daerah tersebut terdiri dari 6 pb yang keduanya
dipisahkan oleh sekitar 25 pb. Pada daerah -35 (antara -35 - -30), tiga basa yang
hampir selalu (75%) ada adalah: TTG.... Pada daerah -10 (antara -12 - -7), basa yang
dikonservasi adalah: TA...T. Daerah ini disebut juga dengan kotak Pribnow
(Pribnow box) yang merupakan daerah peringatan bagi RNA polimerase untuk
memulai transkripsi. Pada eukaryot, RNA polimerase II akan mengenali daerah
promoter yang lebih awal yaitu pada -130 yang disebut juga dengan kotak CAAT
(CAAT box) dan -30 yang disebut dengan kotak TATA (TATA box) atau disebut
juga kotak Goldberg-Hogness yang kaya basa AT. Kotak TATA ini mempunyai

31
kesamaan dengan kotak Pribnow pada prokaryot. Proses pemanjangan RNA
dilakukan oleh RNA ploimerase yang sudah tidak mengandung faktor sigma. Posisi
faktor sigma digantikan oleh NusA.
Pada tahap ini ribonukleotida secara suksesif menempel pada utas RNA yang
sedang tumbuh membentuk hibrid DNA/RNA. RNA polimerase bergerak terus
sepanjang utas DNA sambil memisahkan kedua utas DNA. Utas DNA yang terurai
secara lokal ini besarnya sekitar 17 pb. Pada tahap pemanjangan ini RNA polimerase
menutupi DNA sepanjang sekitar 60 pb. Dengan bergeraknya sintesis RNA, pada
bagian tertentu dari utas RNA yang telah disintesis berpisah dengan utas DNA,
sedangkan bagian lain masih membentuk hibrid RNA/DNA dengan panjang sekitar
12 pb.
Pada daerah terminator, RNA polimerase tidak mampu lagi menempelkan
ribonukleotida pada RNA yang telah terbentuk. Pada saat ini disebut dengan tahap
terminasi. Pada tahap ini NusA diganti oleh faktor rho. Pada tahap ini RNA
polimerase dan RNA dibebaskan dari DNA, dan DNA membentuk utas ganda
kembali. Terminator pada prokaryot ditandai oleh daerah yang simetri tidak
sempurna, dan daerah tersebut biasanya kaya basa AT yang mengikuti daerah
simetri tidak sempurna.

2.7.2 Translasi

Dalam proses translasi asam amino akan dirangkaikan dengan asam amino
lainnya untuk membentuk rantai polipeptida atau protein. Jenis asam amino amino
yang dirangkaikan ditentukan oleh urutan nukleotida yang terdapat pada molekul
mRNA. Jadi, mRNA digunakan sebagai model cetakan bagi sintesis protein. Asam
amino dirangkaikan dengan asam amino lain dengan ikatan peptida yang dilakukan
oleh ribosom. Asam amino yang akan dirangkaikan dengan asam amino lainnya
dibawa oleh tRNA. Setiap asam amino akan dibawa oleh tRNA yang spesifik ke
dalam kompleks mRNA-ribosom. mRNA merupakan rangkaian kodon yang akan
dibaca oleh ribosom. Kodon pada mRNA akan berpasangan dengan antikodon yang
ada pada tRNA. Setiap tRNA mempunyai antikodon yang spesifik. Translasi
berlangsung mulai dari kodon awal sampai kodon akhir. Hubungan antara kodon
dengan asam amino diatur melalui sandi genetik. Dalam proses translasi ini hanya

32
ada satu kodon awal yaitu AUG yang menyandi asam amino metionin dan tiga
kodon akhir: UAA, UAG, dan UGA. Seperti pada proses transkripsi, proses translasi
dapat dibagi ke dalam tiga tahap: inisiasi, pemanjangan, dan penyelesaian.
Pada tahap inisiasi, ribosom akan menempel pada mRNA pada daerah yang
spesifik. Ribosom mempunyai dua situs penempelan untuk tRNA, yaitu situs P
(peptidil) dan situs A (aminoasil). Bilamana ribosom ini bertemu dengan kodon awal
(AUG pada mRNA), maka tRNA yang membawa metionin akan masuk ke dalam
situs P di dalam ribosom, dan ribosom akan membaca kodon disebelahnya (yang ada
di bawahnya). Sesuai dengan kodonnya, tRNA yang membawa asam amino tertentu
akan memasuki situs A. Proses pemanjangan dimulai bilamana ribosom bergerak ke
bawah (ke arah 3'OH). tRNA yang tadinya berada pada situs P akan keluar dari
kompleks ribosom-mRNA sambil memindahkan asam amino yang dibawanya
kepada tRNA yang berada pada situs P yang tadinya berada pada situs A. Pada saat
yang bersamaan situs A menjadi kosong. Situs yang kosong ini akan diisi oleh tRNA
yang membawa asam amino tertentu. Bilamana ribosom ini bergerak lagi ke bawah
sambil membaca kodon berikutnya, tRNA yang berada pada situs P keluar dari situs
tersebut sambil memindahkan polipeptida yang sedang tumbuh yang dibawanya ke
pada asam amino yang dibawa oleh tRNA yang berada pada situs P yang berasal
dari situs A. Situs A akan diisi oleh tRNA yang baru lagi. Ribosom ini akan bergerak
terus dengan arah 5'P ke 3'OH sepanjang mRNA sambil merangkaian asam amino.
Proses penyelesaian atau terminasi ditandai bila ribosom bertemu dengan
kodon akhir. Pada saat ini tidak satupun asam amino yang dirangkaikan sehingga
proses sintesis protein berakhir. Ribosom kemudian berpisah dari mRNA dan terurai
menjadi 2 subunit, yaitu sub unit besar danm sub unit kecil. Selama proses translasi,
subunit kecil menempel pada mRNA sedangkan subunit besar berperan sebagai
tempat tRNA (situs P dan situs A).
Contoh proses pembentukan protein dari molekul DNA secara sederhana:
U. pendamping: 5'-A T G G G T A C C C A T G C T T T T G C C-3'
U. cetakan : 3'-T A C C C A T G G G T A C G A A A A C G G-5'

mRNA : 5'-A U G G G U A C C C A U G C U U U U G C C-3'

Protein : Met - Gly - Thr - His - Ser - Phe - Ala

33
34
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Molekul Deoxyribonucleic Acid atau DNA pertama ditemukan oleh
seorang ahli ilmu kimia berkebangsaan Jerman bernama Friedrich Miescher pada
tahun 1869. Miescher menyelidiki susunan kimia dari nukleus sel. Ia mengetahui
bahwa nukleus sel tidak terdiri dari karbohidrat, protein maupun lemak,
melainkan terdiri dari zat yang mempunyai pengandungan fosfor sangat tinggi.
Oleh karena zat itu terdapat di dalam nukleus sel, maka zat itu disebutnya nuklein.
Semua makhluk hidup kecuali beberapa virus memiliki ADN. Di dalam sel,
bagian terbesar dari ADNterdapat di dalam nucleus, terutama dalam kromosom.
Molekul ADN juga ditemukan didalam mitokondria, plastid dan sentriol.
Denaturasi adalah untai ganda molekul DNA yang dapat dipisahkan
dengan perlakuan suhu maupun senyawa alkali sehingga konformasinya berubah
dan dapat hampir menjadi acak. Renaturasi adalah proses pembentukan kembali
struktur untai ganda dari keadaan terdenaturasi. Renaturasi merupakan suatu
proses yang dapat terjadi secara in vivo maupun in vitro. Ekspresi dari suatu
informasi yang disimpan di dalam bahan genetik merupakan suatu proses yang
rumit / kompleks yang berdasarkan pada konsep aliran informasi di dalam sel. Awal
dari proses ekspresi adalah transkripsi dari informasi gentik yang di simpan di dlam
molekul DNA yang menghasilkan 3 jenis molekul RNA (asam ribonukleat) : RNA
duta (mRNA), RNA transfer (tRNA) dan RNA ribosomal (rRNA). Hanya molekul
mRNA yang di terjemahkan (ditraslasikan) ke dalam protein. Translasi atau sintesis
protein melibatkan banyak molekul, energi dan ribosom.ribosom dibentuk oleh
beberapa jenis molekul rRNA dan beberapa protein ribosomal. Jadi rRNA berperan
di dalam penyusunan ribosom. tRNA berperan membawa asam amino yang sesuai
dengan informasi yang ada di dalam molekul mRNA di dalam proses translasi.
Pada organisme eukaryot misalnya hewan dan tumbuhan, proses transkripsi terjadi
di dalam inti sel sedangkan proses translasi berlangsung di sitoplasma.

35
 Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat dari suatu organisme oleh gen.
Suatu sifat yang dipunyai oleh suatu organisme merupakan hasil proses
metabolisme yang terjadi di dalam sel. Proses metabolisme dapat berlangsung
karena adanya enzim yang berfungsi sebagai katalisator proses-proses biokimia.
Enzim dan protein lainnya di terjemahkan dari urutan nukleotida yang ada pada
molekul mRNA, dan mRNA itu sendiri disintesis berdasarkan utas cetakan DNA.
Gen tersusun dari molekul DNA, sehingga gen menentukan sifat suatu organisme.
Seperti telah disinggung di depan bahwa ekspresi gen dilakukan memalui dua
tahap, yaitu: transkripsi dan translasi.

Gen dikatakan mempunyai ekspresipitas variabel apabila derajat ekspresi

fenitipis berbed dari satu individu ke individu lainnya. Apabila hadirnya gen yang
memiliki ekspresipitas variabel itu tidak selalu memperlihatkan pengaruh fenotip
yang tidak dapat diketahui, maka gen tersebut dikatakan memiliki penetrasi tak
komplit. Misalnya sebuah gen dominan yang dimiliki suatu individu hanya
memperlihatkan pengaruh fenotip 70% maka gen dominan tersebut dikatakan
memiliki penetrasi 70%.

Ketepatan terbentuknya protein-protein baru memegang peranan yang

sangat penting selama berlangsungnya proses seluler. Asam amino terbentuk
sesuai dengan instruksi genetik dan ribosom memfasilitasi proses translasi dimana
messenger RNA (mRNA) diterjemahkan sesuai dengan informasi genetik yang
dikodenya. Informasi dasar mengenai struktur DNA dan RNA dan bagaimana
materi dasar tersebut menentukan sintesis suatu protein sangat diperlukan. Perlu
diketahui bahwa gen adalah informasi genetik dan DNA adalah substansi di dalam
kromosom dimana gen dibuat. Gen didistribusikan ke dalam anak sel ketika sel
membelah. Molekul DNA terdiri dari dua rantai panjang yang saling berlekatan
satu sama lain oleh pasangan basa yang saling berkomplementer. Terdapat empat
macam sub unit penyusun DNA yaitu deoxyribonucleotides yang mengandung
basa adenin (A), cytosin (C), guanin (G) dan thymin (T). Nukleotid satu dengan

36
yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfodiester yang menggabungkan karbon
5’ dan deoxyribose yang satu dengan karbon 3’ dan deoxyribose berikutnya.
Transkripsi merupakan proses pembentukan molekul RNA dengan
menggunakan DNA sebagai cetakannya. Tidak semua bagian DNA akan
ditranskripsikan, tetapi hanya bagian tertentu saja. Bagian tertentu tersebut disebut
dengan gen. Keseluruhan DNA baik gen maupun sekuensi DNA bukan penyandi
(non-coding) yang dikandung oleh suatu organisme disebut dengan genom. Dalam
proses translasi asam amino akan dirangkaikan dengan asam amino lainnya untuk
membentuk rantai polipeptida atau protein. Jenis asam amino amino yang
dirangkaikan ditentukan oleh urutan nukleotida yang terdapat pada molekul mRNA.
Jadi, mRNA digunakan sebagai model cetakan bagi sintesis protein.
Translasi berlangsung mulai dari kodon awal sampai kodon akhir. Hubungan
antara kodon dengan asam amino diatur melalui sandi genetik. Dalam proses
translasi ini hanya ada satu kodon awal yaitu AUG yang menyandi asam amino
metionin dan tiga kodon akhir: UAA, UAG, dan UGA. Seperti pada proses
transkripsi, proses translasi dapat dibagi ke dalam tiga tahap: inisiasi, pemanjangan,
dan penyelesaian.

37
 DAFTAR PUSTAKA

Brenner, S., Miller, J. H. 2001. Encyclopedia of Genetics. MRC Laboratory of

Molecular Biology, Hills Road, Cambridge. Academic Press

Campbell, A. Neil., et. al. 2008. Biologi Edisi 8, Jilid I. Penerbit Erlangga. Jakarta

Genetics, From Genes to Genomes. Fourth Edition. The McGraw-Hill

Companies, Inc. New York.

Hartwell, L. H., Hood, L., Goldberg, M. L., Reynolds, A. E., Silver, L. M. 2011.

James, D. Watson, dkk. 1988. DNA Rekombinon (Suatu Pelajaran Singkat), terj.
Wisnu Gunaryo. Jakarta: Erlangga.

Suryo. 1994.Genetika Manusia. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press

38