BAB IV

BAHAN GENETIKA

A. Asam Deoksiribonukleat (ADN)

Asam Deoksiribonukleat atau disingkat ADN merupakan persenyawaan
kimia yang paling penting pada mahluk hidup, yang membawa keterangan genetik
dari sel khususnya atau dari mahluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke
generasi berikutnya. ADN sangat menarik perhatian para Biologiwan modern
dalam abad ini, seperti halnya ahli kimia serta fisika tertarik pada atom. Oleh
karena itu, ADN sangat erat hubungannya dengan hampir semua aktivitas biologi,
maka banyak sekali penyelidikan telah dilakukan, bahkan kini masih terus
berjalan untuk mengetahui lebih banyak lagi tentang ADN. ADN menempati
tempat utama dalam sitologi, genetika, biologi molekul, mikrobiologi, biologi
perkembangan, biokimia, dan evolusi.

1. Sejarah ADN
ADN pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss
F. Miescher di Tubingen, Jerman, yang menamainya nuklein berdasarkan
lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap peranan ADN di
dalam sel baru dimulai pada awal abad ke-20, bersamaan dengan ditemukannya
postulat genetika Mendel. ADN dan protein dianggap dua molekul yang paling
memungkinkan sebagai pembawa sifat genetik berdasarkan teori tersebut. Pada
tahun 1880 F. Miescher memperkenalkan adanya zat Pirimidin dan Purin di
dalam asam nukleat.
Selanjutnya Kossel menemukan bahwa Pirimidin terdiri dari Sitosin dan
Timin, serta Purin terdiri atas Adenin dan Guanin, sehingga ia mendapatkan
hadiah nobel pada tahun 1910. Pada tahun yang sama Levine, menemukan gula
Ribosa, gula Deoksiribosa dan Asam Pospat dalam asam nukleat.
Pada tahun 1914 Robert Feulgen (ahli biokimia) menunjukkan suatu tes reaksi
warna untuk DNA, yang kemudian dikenal dengan Reaksi Feulgen.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 53

 Dalam penelitian oleh Avery, dkk., (1944) menemukan bahwa ADN
mempunyai hubungan langsung dengan keturunan. Mereka melakukan percobaan
menggunakan ekstrak dari sel bakteri yang gagal men-transformasi sel bakteri
lainnya kecuali jika ADN dalam ekstrak dibiarkan utuh. Penelitian yang dilakukan
Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama dengan menggunakan zat
radioaktif.
Pada tahun 1947 Chargaff menemukan bahwa ADN terdiri dari dari bagian
yang sama dari basa Purin dan Pirimidin dan bahwa Adenin dan Timin terdapat
dalam proporsi yang sama. Demikian juga dengan Sitosin dan Guanin. Wilkin,
dkk., (1950) melalui difraksi sinar X menemukan bahwa basa Purin dan Pirimidin
dalam molekul ADN terletak dengan jarak 3,4 Ả (1 angstrom = 0,001 mikron =
0,000001 mm). Mereka juga menemukan bahwa ADN tidak terdapat sebagai
sebuah garis lurus, melainkan berpilin seperti spiral dan setiap 34 Ả merupakan
satu spiral penuh.
Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: "Bagaimanakah struktur
ADN sehingga ia mampu bertugas sebagai materi genetik". Persoalan ini
dijawab oleh Francis Crick dan koleganya James Watson berdasarkan hasil
difraksi sinar X pada ADN oleh Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin.
Pada tahun 1953, James Watson dan Francis Crick menemukan bahwa molekul
ADN itu berbentuk spiral dobel yang berpilin (Double helix) dan memperlihatkan
berbagai aktivitas dalam molekul ADN. Korberg (1957) membuktikan kebenaran
model double helix dari ADN yang dikemukakan oleh Watson dan Crick dengan
cara membuat molekul ADN dalam sistem sel bebas. Pada tahun 1967 Konberg
membuat molekul ADN dari 6000 nukleotida.

2. Tempat dan Ukuran ADN

Semua mahluk hidup kecuali beberapa virus memiliki ADN. Sebagian besar
ADN terdapat dalam nukleus, terutama dalam kromosom. Molekul ADN juga
ditemukan di dalam mitokondria, plastida, dan sentriol. Pada Paramaecium,
Amoeba proteus, Amphibia, dan paku-pakuan, molekul ADN terdapat dalam
sitoplasma.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 54

 Banyaknya ADN diukur dengan pikogram, yaitu mikrounit dari berat. Satu
pikogram (1 pg) adalah sama dengan 10-12 gram. Banyaknya ADN adalah konstan
dari sel ke sel dan dari spesies ke spesies (Tabel 4.1). Contohnya banyaknya
ADN dari sel diploid pada ayam adalah 2,5 pg, ternyata spermatozoanya
mengandung separuh (kira 12,5 pg) dari banyaknya ADN sel diploid. Banyaknya
ADN dari sebuah sel juga berhubungan erat dengan sifat ploidi, sebagai contoh
sel-sel hati yang bersifat tetraploid mengandung ADN dua kali lipat dari sel-sel
diploid.
Tabel 4.1 Pengandungan ADN tiap nukleus dari berbagai organisme
Pasangan
No Organisme Dalton
Nukleotida
Virus:
T5 85 x 106 130 x 103
1 T3 130 x 106 200 x 103
Adenovirus 12 14 x 106 20 x 103
Cacar Ayam 230 x 106 350 x 103
Bakteri (sel haploid)
Mycoplasma gallisepticum 0,2 x 109 0,3 x 106
2 Hemophilus influenza 0,7 x 109 1 x 106
Eschericia coli 2,6 x 109 4 x 106
Bacillus subtilis 1,3 x 109 2 x 106
3 Saccharomyces cerevicea 13 x 109 20 x 106
Tumbuhan (sel diploid)
4 Zea mays 20 x 1012 30 x 109
Tradescantia paludosa 40 x 1012 60 x 109
Invertebrata
Spons 0,05 x 1012 9,1 x 109
Ikan Jelly 0,2 x 1012 0,3 x 109
5
Cacing laut 1 x 1012 1,4 x 109
Kepiting karang 1 x 1012 1,4 x 109
Drosophila melanogaster 0,12 x 1012 0,2 x 109
Vertebrata:
Katak 28 x 1012 45 x 109
Salamander 120 x 1012 180 x 109
6 Ikan Hiu 3,4 x 1012 5,2 x 109
Ayam 1,2 x 1012 2,1 x 109
Tikus 3,0 x 1012 4,7 x 109
Orang 3,6 x 1012 5,6 x 109

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 55

 3. Struktur Kimia ADN
ADN merupakan susunan kimia makromolekul yang kompleks, yang terdiri
dari 3 macam molekul, yaitu:
a. Gula Pentosa, yang dikenal sebagai Deoksiribosa (Gambar 5.1)
b. Asam Pospat
c. Basa Nitrogen
Basa Nitrogen dibedakan atas: (Gambar 5.2)
a. Pirimidin, terdiri dari: Sitosin (S) dan Timin (T)
b. Purin, terdiri dari Adenin (A) dan Guanin (G)

Gambar 4.1 Struktur Kimia Gula Pentosa (Deoksiribosa dan Ribosa)

Gambar 4.2. Struktur Basa Nitrogen Purin dan Pirimidin

Pirimidin (Sitosin dan Timin) dan Purin (Adenin dan Guanin) membentuk
rangkaian kimiawi dengan Deoksiribosa. Atom C-1 dari gula deoksiribosa
berikatan dengan atom Nitrogen pada posisi 3 dari pirimidin atau pada posisi 9
dari purin (Gambar 4.3). Molekul demikian disebut Nukleosida. Nukleosida
bergabung dengan Pospat membentuk Nukleotida.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 56

 Gambar 4.3.
Struktur Nukleosida

Gambar 4.4 Struktur Nukleotida

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 57

 Dengan demikian jelaslah bahwa ADN merupakan sebuah polimer panjang dari
Nukleotida, yang dinamakan Polinukleotida (Gambar 4.5). Gugus Posfat yang
terikat pada 5’-C dari gula berikatan dengan 3’-C dari gula milik nukleotida
berikutnya. Begitu seterusnya, sehingga terdapat seri panjang rangkaian 5’– 3’
sepanjang polimer.

Gambar 4.5 Struktur Polinukleotida

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 58

 4. Perbandingan Basa Nitrogen dalam ADN
Chargaff (1948) menemukan bahwa pengandungan ADN dari nukleus Timus
anak sapi terdiri dari 4 basa dengan perbandingan: 28% Adeninn, 24% Guanin,
20% Sitosin, dan 28% Timin. Sampel ADN yang diambil dari berbagai organisme
memperlihatkan pengandungan basa yang berlainan (Tabel 4.2).

Tabel 4.2 Komposisi Basa dalam ADN pada berbagai organisme

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 59

 Namun bagaimanapun juga, Hukum Ekivalen Chargaff dinyatakan bahwa:
a. Jumlah Purin adalah sama dengan jumlah pirimidin (A + G = T + S)
b. Banyaknya adenin sama dengan banyaknya timin (A = T), demikian juga
banyaknya guanin sama dengan banyaknya sitosin (G=S).
Hukum ini berlaku universal untuk berbagai macam organisme, seperti virus,
bakteri, tumbuhan, dan hewan. Namun demikian, DNA yang diisolir dari
tumbuhan dan hewan tingkat tinggi mengandung lebih banyak adenin dan timin,
sedangkan guanin dan sitosin lebih sedikit. Misalnya perbandingan AT/GS pada
ADN manusia = 1,40/1. Sebaliknya dengan mikroorganisme dan hewan/tumbuhan
tingkat rendah, umumnya kaya akan guanin dan sitosin dan miskin adenin dan
timin. Misalnya pada ADN Mycobacterium tuberculosis perbandingan AT/GS =
0,60/1.

5. Pertimbangan Watson dan Crick dalam Konstruksi Model Molekul DNA

Orang pertama yang mengemukakan gagasan tentang struktur tiga dimensi dari
DNA adalah Astbury (1940) berdasarkan hasil kristalografi sinar-X dari molekul
DNA. Kesimpulannya adalah karena DNA sangat padat, maka polinukleotida
masing-masing teratur tegak lurus terhadap sumbu memanjang dan tiap-
tiap nukleotida itu mempunyai jarak 3,4 Å.
Studi kristologi dilanjutkan oleh Wilkin dengan membuat serabut-serabut
DNA sehingga bisa difoto melalui difraksi sinar-X. Rosalind Franklin berhasil
membuat foto difraksi sinar-X yang sangat bagus dan membenarkan penemuan
Astbury dan mengemukakan pendapatnya bahwa: Molekul DNA mempunyai
struktur seperti spiral.
Berdasarkan foto yang diambil oleh Fraklin itu, Watson dan Crick pada bulan
April 1953 segera mengambil kesimpulan bahwa:
a. Deretan polinukleotida mempunyai bentuk seperti spiral teratur.
b. Spiral tersebut mempunyai diameter kira-kira 20 Å dan lebar spiral tetap.
c. Spiral itu membuat satu putaran lengkap setiap 34 Å, karena jarak
internukleotida itu 3,4 Å, maka tiap putaran lengkap terdiri dari 10
nukleotida (Gambar 4.6)

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 60

 d. Mengingat bahwa molekul DNA itu sangat padat, maka spiral DNA itu
tentu duplex (terdiri dari dua buah spiral), yang mengandung dua deretan
polinuleotida.

Gambar 4.6 Model Molekul DNA menurut Watson dan Crick

6. Model Struktur DNA Menurut Watson dan Crick

Menurut Watson dan Crick bahwa struktur molekul DNA sebagai berikut:
a. Molekul DNA berbentuk sebagai dua pita spiral yang saling berpilin
(double helix).
b. Pada bagian luar terdapat gula-pospat yang membentuk tulang punggung
dan terletak di bagian luar.
c. Pada bagian dalam double helix terdapat basa purin dan pirimidin. Basa-
basa nitrogen ini saling berpasangan di bagian dalam membentuk anak
tangga.
d. Masing-masing basa nitrogen dari suatu untai saling terhubung dengan
basa nitrogen dari untai lainnya dengan pasangan yang tetap dan
komplementer antara yang satu dengan yang lain, yaitu:
Adenin-Timin dan Guanin (G)-Sitosin (C)

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 61

 kedua rantai nukleotida mempunyai sifat anti paralael. Jika untai yang satu
memiliki arah dari ujung 5′ ke 3′, maka untai yang lain (untai
komplementernya) memiliki arah dari ujung 3′ ke 5′.
Sehingga jika satu rantai DNA terkode -5′ ATGCCAGT 3′-, maka rantai
pasangannya ialah -3′ TACGGTCA5′-. (Gambar 4.7)

Gambar 4.7 Skema suatu segmen dari molekul DNA dengan memperlihatkan
pengaturan letak berbagai komponen.
(P=Pospat; S=sugar; A=Adenin; T= Timin, G= Guanin; C= Citocin

Dua pita spiral dari DNA masing-masing melingkar ke arah yang berlawanan dan
menuju ke kanan. Oleh karena itu, lingkaran lengkap panjangnya 34 Å, sedangkan
jarak antara satu nukleotida dengan yang lain adalah 3,4 Å, maka setiap lingkaran
penuh terdapat 10 mononukleotida.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 62

 Gambar 4.8 Suatu segmen dari molekul DNA yang menunjukkan dua pita DNA
melingkar ke arah berlawanan

7. Kerusakan DNA
Kerusakan DNA dapat disebabkan oleh banyak macam mutagen yang
mengubah urutan DNA. Mutagen termasuk zat seperti agen pengoksidasi, agen
alkilasi dan juga radiasi berenergi tinggi seperti sinar uv dan sinar-X. Jenis
kerusakan terjadi tergantung pada jenis yang tidak bisa diperbaiki. Sinar UV dapat
menyebabkan kerusakan dengan memproduksi Timina dimers. Dari kerusakan
yang disebabkan oleh oksidasi, bentuk paling berbahaya mutasi yang memecah
untai ganda, dengan mutasi-mutasi ini sulit untuk perbaikan dan menghasilkan
mutasi titik, Insersi dan penghapusan dari urutan DNA dan juga translokasi
kromosom. Kadang-kadang, untai ganda yang bermutasi dapat menyebabkan
menjadi kanker. Kerusakan DNA juga disebabkan oleh berbagai proses selular
yang menghasilkan oksigen reaktif. Sebagian besar kerusakan DNA dapat
diperbaiki, tetapi dalam setiap sel beberapa kerusakan DNA tetap ada meskipun
terjadi proses perbaikan. Kerusakan ADN ini terakumulasi seiring bertambahnya
usia pada jaringan mamalia. Akumulasi ini dapat menjadi penyebab penting
penuaan.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 63

 8. Fungsi Biologi ADN
ADN adalah bahan genetik dalam organisme eukariotik lainnya, yang hadir
dalam bentuk kromosom linier, dan melingkar pada prokaryota. Informasi genetik
yang dibawa oleh ADN pada urutan yang dikenal sebagai Gen. Set lengkap
informasi dalam suatu organisme dikenal sebagai Genotip. Gen didefinisikan
sebagai unit dasar keturunan, merupakan wilayah ADN yang mempengaruhi
karakteristik tertentu dalam suatu organisme. Urutan gen ADN mempengaruhi
fenotipe suatu organisme. Urutan basa pada untai ADN mendefinisikan urutan
pada ARN duta yang kemudian memberikan satu atau lebih urutan protein. Kode
genetik merupakan urutan tiga nukleotida yang menentukan urutan asam amino,
protein. Pembelahan sel adalah proses organisme untuk tumbuh, ADN direplikasi
dan setiap sel anak menerima genom sama seperti orangtua mereka. Untai ganda
ADN membantu replikasi ADN. Helai dilepaskan untuk masing-masing untai dan,
untai pelengkap diciptakan.

9. Denaturasi dan Renaturasi dari DNA

Dua buah pita polinukleotida yang berbentuk double helix dalam molekul
DNA itu dihubungkan oleh atom H yang sangat lunak. Jika larutan DNA
dipanaskan atau dibubuhi alkali yang kuat, maka hubungan hidrogen itu menjadi
labil dan putus. Dua pita spiral dari molekul DNA itu membuka. Proses ini
disebut Denaturasi DNA. Jika larutan tersebut kemudian didinginka kembali atau
dinetralisir secara perlahan-lahan, maka terbentuklah pasangan-pasangan basa itu
kembali. Peristiwa ini dinamakan Renaturasi DNA (Gambar 4.9)
Renaturasi DNA mempunyai arti penting dalam biologi molekuler, karena
antara lain dapat digunakan untuk membuat molekul-molekul hibrid antara DNA
dari spesies yang berlainan, asal ada homologi dalam urutan basa. Dengan
demikian, maka kemampuan hibridisasi DNA ini dapat mencerminkan berapa
jauh terdapatnya persamaan genetik antara berbagai spesies tersebut. Bahkan
potongan dari sebuah pita tunggal dari molekul DNA dapat dibuat hibrid dengan
RNA yang berasal dari sumber lain. Dengan demikian, dapat diperoleh hibrid

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 64

 DNA-DNA atau DNA-RNA. Namun, jika tidak ada homologi dalam urutan basa
tidak mungkin hibridisasi dilangsungkan.

Gambar 4.9 Denaturasi dan Renaturasi ADN

10. Replikasi DNA

Sebagai pembawa keterangan genetik, DNA memiliki dua fungsi yang
sangat penting yaitu:
a. Fungsi Heterokatalis, yakni DNA dapat langsung mensintesa molekul
kimiawi lainnya ( ARN, Protein, dsb.)
b. Fungsi Autokatalis, yakni karena DNA dapat mensintesa dirinya sendiri.
Peristiwa replikasi DNA pertama kali diselidiki Taylor, dkk (1957). Hasil
itu kemudian diperkuat oleh penelitian Meselson –Stahl (1958), dengan
menggunakan N dalam bentuk N15O3 pada bakteri Eschericia coli. Setelah sel
bakteri membelah, ternyata sel anakannya mengandung bahan radioaktif yang
sama dengan induknya.
Model double helix dari molekul DNA menurut Watson dan Crick dengan
mudah menerangkan fungsi autokatalis dari DNA, yaitu DNA dapat mensintesa
dirinya sendiri. Karena berpasangannya basa memperlihatkan sifat yang khas,
maka urutan basa dalam satu deretan, dengan sendirinya akan menentukan urutan
basa basa deretan komplementernya. Jadi tiap pita dari double helix (Gambar
5.10) dapat berlaku sebagai pencetak pada sintesa pita yang lain. Replikasi
molekul DNA dimulai dengan putusnya ikatan hidrogen yang kemudian diikuti

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 65

 oleh berputarnya dan memisahnya kedua pita polinukleotida. Pita tunggal itu lalu
membentuk pita komplementernya yang baru. Proses ini dipengaruhi oleh enzim
DNA-polimerase
Setelah replikasi selesai terbentuklah dua pasang double helix, sedangkan
sebelumnya hanya ada sepasang double helix saja (Gambar 4.10).

Gambar 4.10 Replikasi DNA

Berdasarkan pengamatan diduga ada tiga kemungkinan cara replikasi

DNA, yakni (Gambar 4.11):
a. Semikonservatip: Dua pita spiral dari double helix memisahkan diri. Tiap pita
tunggal dari double helix parenta ini berlaku sebagai pencetak (model) untuk
membentuk pita pasangan yang baru
b. Konservatip : Double helix parental tetap utuh, tetapi keseluruhannyya dapat
mencetak double helix baru.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 66

 c. Dispersif: Kedua buah pita dari double helix parental terputus. Segmne-
segmen parental dan segmen-segmen DNA yang dibentuk baru bersambungan
dan mneghasikan dua double helix baru.

Gambar 4.11 Tiga cara teoretis Replikasi DNA

B. Asam Ribonukleat (ARN) atau RNA

1. Struktur molekul ARN
Molekul ARN mempunyai bentuk yang berbeda dengan ADN. ARN memiliki
bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita ARN merupakan polinukleotida
yang tersusun atas banyak ribonukleotida. Dalam pita polinukleotida dari ARN,
tulang punggung tersusun atas deretan ribosa dan fosfat. Tiap ribonukleotida
tersusun atas gula ribosa, basa nitrogen, dan asam fosfat. Basa nitrogen ARN juga
dibedakan menjadi basa purin dan basa pirimidin. Basa purinnya sama dengan
ADN tersusun atas adenin (A) dan guanin (G), sedangkan pirimidinnya berbeda
dengan ADN yaitu tersusun atas sitosin (C) dan urasil (U). ARN genetik dari virus
mengadakan replikasi sendiri, artinya ARN ini menghasilkan sendiri replikanya.
Berhubung dengan itu replikasi itu dinamakan sintesa ARN bergantung – ARN

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 67

 Gambar 4.12 Struktur Kimia ARN
ARN berperan sebagai pembawa bahan genetik dan memainkan peran utama
dalam ekspresi genetik. Seperti yang telah disebutkan sebelumnya, ADN berperan
dalam pengendalian sifat. Peran yang dimiliki ADN dalam pengendalian sifat
genetik ini didasarkan pada fungsinya sebagai perancang sintesis protein yang
dibutuhkan dalam pembentukan enzim maupun penyusun struktur sel. Beberapa
virus tidak memiliki ADN, melainkan hanya ARN saja, sehingga ARN lah

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 68

 merupakan molekul genetik keseluruhannya dan membawa segala
pertanggungjawab seperti yang dimiliki ADN. ARN demikian dinamakan ARN
genetik. Didalam sel-sel dimana ADN merupakan substansi genetik terdapat
macam molekul ARN lain, yang dinamakan ARN non-genetik.

1. ARN Genetik
ARN genetik berperan sebagaimana kerja ADN dan hanya dimiliki oleh
makhluk hidup tertentu yang tidak memiliki ADN, seperti beberapa jenis virus
tumbuhan (virus mosaik tembakau = TMV, virus mosaik kuning turnip, virus
tumor luka), virus hewan (virus influenza, virus kaki dan mulut, virus
poliomyelitis) dan bakteriophag.
ARN adalah suatu polimer asam nukleotida dari empat ribonukleotida. Tiap
ribonukleotida terdiri dari: Gula Pentosa (D-ribosa), molekul Posfat dan sebuah
Basa Nitrogen (Gambar 4.13). Berbeda dengan ADN, basa timin dari golongan
pirimidin tidak terdapat dalam ARN, melainkan digantikan oleh basa Urasil,
disingkat U.

Gambar 4.13 Rumus kimia Ribosa dan Basa Nitrogen Urasil.

2. ARN Non-Genetik
ARN non genetik merupakan molekul yang dimiliki oleh makhluk hidup yang
materi genetiknya diatur oleh ADN. Makhluk hidup golongan ini didalam selnya
memiliki ADNA dan ARN. Dengan kata lain, perannya bukanlah seperti ADN.
Berdasarkan letak dan fungsinya, ARN non genetik terbagi menjadi tiga macam,
diantaranya:

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 69

 Tabel 4. 2 Empat basa Nitrogen, Ribonukleosida, dan Ribonukleotida dari ARN
Basa Ribonukleosida Ribonukleotida Singkatan dari
ribonukleotida
1. Adenin (A) Adenosin Asam Adenilat AMP
(Adenosin monopospat)
2. Guanin (G) Guanosin Asam guanilat GMP
(Guanosin Monopospat)
3. Sitosin (S) Sitidin Asam sitidilat SMP
(Sitidin Monopospat)
4. Urasil (U) Uridin Asam uridilat UMP
(Uridin Monopospat)

a. ARN duta atau disingkat ARNd (“messenger RNA” = mRNA).

mRNA merupakan polinukleotida yang berbentuk pita tunggal linier dan
disintesis oleh DNA di dalam nukleus dalam proses yang disebut
Transkripsi. Sebelum DNA mencetak mRNA, double helix molekul DNA
membuka dulu spiralnya dengan bantuan enzim polimerase. Setelah mRNA
selesai dicetak (artinya telah menerima keterangan genetik dari DNA), maka
mRNA keluar dari nukleus melalui pori-pori dinding nukleus menuju ke
ribosom. Jadi fungsi mRNA adalah membawa keterangan genetik yang
diterimanya dari DNA. Enzim inti sendiri mampu membuat copi mRNA,
tetapi proses transkripsinya berlangsung secara acak (random) sepanjang pita
DNA yang akan mencetak. Jika faktor sigma ditambahkan pada enzim inti,
transkripsi dimulai dari letak yang sebenarnya, dan dalam pita yan benar.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 70

 Gambar 4.14 Proses Transkripsi
b. ARN pemindah (ARNp) atau transfer RNA (tRNA).
ARNp disebut juga ARN larut (ARNl) atau soluble RNA (sRNA). R. Holley
pada tahun 1965 untuk pertama kali mempelajari dan memberi keterangan
tentang molekul tRNA yang ditemukannya pada sel Saccharomyces cereviciae.
Molekul tRNA juga dibuat dalam nukleus, sebelum ditempatkan dalam
sitoplasma. Pada beberapa bagian dari molekul tRNA basa-basanya mengikuti
model Watson-Crick, tetapi ada bagian yang basa-basanya tidak
memperlihatkan pasangan. Bagian yang tidak memiliki pasangan dikatakan
mempunyai sruktur menukik merupakan suatu bulatan. Dengan demikian
Holley mengatakan bahwa molekul tRNA mempunyai struktur seperti daun
semanggi. tRNA mempunyai tugas mengikat asam amino dalam sitoplasma.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 71

 Beberapa sifat mengenai tRNA:
1) Semua molekul tRNA mengandung urutan terminal yang sama dari basa
5’-CCA-3’ dari deretan polinukleotida. Pada basa Adenin (A) itulah
molekul tRNA mengikat asam amino.
2) Semua tRNA mempunyai bagian menukik yang merupakan bulatan, yang
disebut dengan T dimana terdapat tujuh basa tidak berpasangan, termasuk
pseudouridin. Lengan ini mempunyai peranan pada pengikatan molekul
tRNA dengan Ribosom.
3) Semua molekul tRNA mempunyai lengan DHU (dihidrouridin) yang
mengandung 8-12 basa tak berpasangan
4) Ada bagian yang mengandung tiga basa, yang pada tRNA tertentu
berbeda susunannya dengan di tRNA lainnya. Tiga basa itu dinamakan
Antikodon, yang nantinya akan berpasangan dengan tiga basa pada
molekul mRNA. Tiga basa pada mRNA disebut Kodon.
5) Beberapa tRNA yang berupa pita panjang dapat mempunyai lengan
tambahan pendek.

c. ARN ribosom (ARNr) atau ribosomal RNA (rRNA)

rRNA terutama terdapat dalam ribosom, meskipun dibuat di dalam
nukleus. Molekulnya berupa pita tunggal, tidak bercabang dan fleksibel. Ada
yang bercabang dan fleksibel, ada bagian dimana basa-basa komplementer
membentuk pasangan-pasangan. Sel-sel dengan inti sejati memiliki 3 macam
rRNA, yaitu: 28S rRNA, 18S rRNA, dan 5S rRNA. Sel-sel yang tidak
memiliki inti sejati juga memiliki 3 macam rRNA yaitu: 23S rRNA, 16S
rRNA, dan 5S rRNA. Fungsi molekul rRNA, sedikit diketahui, tetapi iduga
mmepunyai peranan penting pada sintesa protein.

3.Kode Genetik
Telah diketahui bahwa DNA adalah bahan genetic yang member informasi
genetic dari sel ke sel dan dari satu generasi ke generasi berikutnya. NAmun
demikia, Bagaimanakah sesungguhnya informasi genetic tersebut terdapat dalam

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 72

 molekul DNA? Apakah berupa tulisan ataukah suatu bahasa yang dinyatakan
dalam bentuk kode?
Sebuah pita molekul DNA terdiri dari tiga persenyawaan kimia, yaitu: asam
pospat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Tulang punggung asam pospat-
deoksiribosa selalu sama untuk segmen dari molekul DNA. Tetapi basa
nitrogennya berbedaa. Terkait dengan hal itu, bahwa informasi genetik tergantung
kepada urutan basa nitrogen yang menyusun segmen molekul DNA itu.
Serabai, dkk. (1964) membuktikan bahwa urutan basa nitrogen dari suatu
segmen molekul DNA itu identik dengan urutan linier dari asam-asam amino
dalam molekul protein. Empat basa DNA itu (A, T, S, dan G) dianggap sebagai
alphabet dalam DNA. Oleh karena itu, semua informasi genetik harus dinyatakan
dengan empat alphabet DNA ini.
Pertanyaannya adalah Apakah informasi genetik itu terdapat sebagai bahasa
dalam bentuk ucapan nyata atau sebagai bahasa dalam bentuk kode?
Jika informasi genetik terdapat dalam bentuk ucapan atau bahasa, maka
molekul DNA harus memiliki banyak sekali alfabet, sistem tatabahasa yang
kompleks dan ruangan yang cukup. Hal ini tidak mungkin terjadi. Oleh karena itu,
para Biologiwan molekuler mengambil kesimpulan bahwa: Informasi genetik
yang terdapat dalam molekul DNA harus terdapat dalam berupa bahasa istimewa
berbebntuk kata-kata kode dengan menggunakan empat alphabet DNA itu. Setiap
pesan genetic yang dinyatakan dalam bentuk kode umumnya dinamakan
Kriptogram.
Sampai sekarang dikenal terdapat 20 macam asam amino. Bagaimanakah
caranya empat basa nitrogen dapat diterjemahkan ke dalam 20 macam asam
amino yang menjadi bahan dasar protein. Satu kelompok nukleotida yang
memperinci suatu asam amino dinamakan Kodon. Jika kode singlet yaitu satu
nukleotida memberi kode untuk sebuah asam amino, maka hanya 4 macam asam
amino saja yang dapat diberi kode, sedangkan 16 asam amino yang lainnya tidak
ada kode.
Jika kode dublet (kode dengan dua huruf) juga belum cukup, karena dapat
memberi kode untuk (42) = 4 x 4 = 16 macam asam amino saja, dan masih ada 4

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 73

 macam asam amino yang belum diberi kode. Kode Triplet (suatu kode yang terdiri
dari 3 huruf) akan menghasilkan (43) = 4 x 4 x4 = 64 kodon. Dengan demikian
dapat memerinci 64 asam amino. Kemungkinan untuk adanya kode singlet,
duplet, dan triplet disajikan pada Tabel 5.3
Tabel 5.3 Kemungkinan Kode Singlet, Dublet, dan Triplet dari ARNd

Percobaan Crick (1961) dengan menggunakan T4 bakteriopage dari E. coli

membuktikan bahwa dengan menerapkan kode dublet, bakteriofage tidak dapat
menjalankan fungsinya. Demikian juga jika menerapkan tambahan sebuah atau
dua buah nukleotida pada kode triplet. Berdasarkan eksperimen ini disimpulkan
bahwa Kode Genetik haruslah dalam bentuk Kode Triplet.
Gen tertentu membawa informasi yang dibutuhkan untuk membuat protein
dan informasi itulah yang disebut sebagai kode genetik. Dengan kata lain, kode

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 74

 genetik adalah cara pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA untuk
menentukan urutan asam amino pada saat sintesis protein. Informasi pada kode
genetik ditentukan oleh basa nitrogen pada rantai DNA yang akan menentukan
susunan asam amino.
Penyelidikan beberapa ahli seperti Nirenberg (1961), S. Ochoa, Yanofsky, dkk
(1963), Khorana (1964), Terzaghi, dkk (1966), dan S. Cory (1970) menghasikan
suatu table yang merumuskan kode untuk 20 macam asam amino (Tabel 4. 4 )
Jika tabel itu dipelajari, timbullah suatu pola yang menarik perhatian. Asam-
asam amino yang memiliki sifat struktural hampir sama, cenderung mempunyai
kodon sekeluarga. Misalnya kodon asam aspartat (GAU dan GAS) adalah sama
dengan kodon asam glutamat (GAA dan GAG). Demikian pula kodon
phenylalanine (UUU, UUS), tirosin (UAU, UAS), dan triptofan (UGG) semua
dimulai dengan urasil (U). Jadi misalnya suatu asam amino di dalam protein
karena kekeliruan digantikan oleh asam amino lain yang mempunyai sifat sama,
maka protein itu akan tetap berfungsi.

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 75

 Beberapa sifat dari kode triplet ialah:
1. Kode genetik ini memiliki banyak sinonim, sehingga hampir semua asam
amino dinyatakan oleh lebih dari sebuah kodon. Contohnya: tiga asam amino,
yaitu arginin, serin dan leusin masing-masing mempunyai enam kodon
sinonim. Tetapi untuk banyak kodon sinonim yang menyatakan asam amino
yang sama, dua basa permulaan dari triplet adalah tetap, sedangkan basa ke
tiga dapat berlainan. Contohnya: semua kodon yang dimulai dengan SS
memperinci Prolin (SSU, SSS, SSA dan SSG) dan semua kodon yang mulai
dengan AS memperinci Treonin (ASU, ASS, ASA, ASG). Fleksibilitas dalam
nukleotida dari suatu kodon ini dapat menolong membuat sekecil mungkin
akibat adanya kesalahan.
2. Tidak ada tumpang tindih, artinya tiada suatu basa tunggal pun yang dapat
mengambil bagian dalam pembentukan lebih dari satu kodon, sehingga 64
kodon itu semua berbeda nukleotidanya.
3. Kode genetik dapat mempunyai dua arti, yaitu kodon yang sama dapat
memperinci lebih dari satu asam amino. Sebagai contoh: kodon UUU

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 76

 biasanya merupakan kode untuk fenilalanin, tetapi bila ada streptomisin dapat
pula merupakan kode untuk isoleusin, leusin atau serin.
4. Kode genetik tidak mempunyai tanda untuk menarik perhatian, artinya tiada
sebuah kodon pun yang dapat diberi tambahan tanda bacaan.
5. Kodon AUG disebut juga kodon permulaan, karena kodon ini memulai
sintesa rantai polipeptida. Beberapa kodon dinamakan kodon non-sense (tak
berarti), karena kodon-kodon ini tidak merupakan kode untuk salah satu asam
amino pun, misalnya UAA, UAG dan UGA.
6. Kode genetik itu ternyata universal, karena kode yang sama berlaku untuk
semua macam makhluk hidup.

C. Latihan
1. Jika salah satu pita dari double helix ADN mengandung basa dengan urutan
5’AASGTASTGASTGSAATGAS 3’, bagaimana urutan basa pada pita 3’-
5’?

2. Basa-basa apakah yang akan dimiliki oleh pita ARNd yang telah selesai
dicetak dari pita ADN 5’ TGSSAGGAAASTGTA 3’?

3. Basa-basa apakah yang terdapat pada pita ADN yang membuat transkripsi
pada ARNd dengan urutan basa 3’ SAGUASUSU 5’?

4. Teman saudara berpendapat bahwa apabila susunan nukleotida dari salah satu
pita ADN diketahui, dengan mudah sekali dapat ditetapkan susunan
nukleotida dari pita komplementernya, sebab pita komplementer merupakan
gambaran cermin dari pita yang telah diketahui susunan nukleotidanya itu.
Dapatkah saudara membenarkan pendapat teman itu?

5. Jelaskan perbedaan antara ADN dan ARN dalam hal: a) sifat kimianya b)
lokasinya dalam sel, dan c) fungsinya

6. ADN pada Phage T2 dinyatakan terdiri dari kira-kira 200.000 pasang

deoksiribonukleotida. Berapa mikrometer panjang molekul ADN itu?

7. a. Mengapa kode triplet lebih masuk akal? B. Apakah yang dimaksud dengan
kodon nonsen?

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 77

 8. Kejadian apakah yang memperkuat dugaan bahwa kode genetika adalah
universal?

9. Misalkan diketahui kandungan ADNdari bakteri Bacillus hypotheticus dan

diketahui banyaknya Adenin adalah 20%. Berapa persen basa lainnya
masing-masing?

10. Apabila teman anda memberitahu bahwa pengandungan purin pada suatu
mahluk adalah 25%, apakah anda mempercayainya?

A+G
11. Andaikan perbandingan dalam suatu pita ADN adalah 0,7.
T+S
a. Berapakah perbandingannya daam pita komplementernya?
b. Berapakah perbandingannya dalam molekulnya?

A+T
12. Andaikan perbandingan dalam suatu pita ADN adalah 0,7.
S+G
a. Berapakah perbandingannya daam pita komplementernya?
b. Berapakah perbandingannya dalam molekulnya?

13. Apakah kedua pita double helix dari molekul ADN membawa informasi
genetik yang sama?

14. Beberapa peneliti di Amerika dan Eropa menduga bahwa di planet Mars
terdapat suatu kehidupan, tetapi terdapat perbedaa struktur ADN dari mahluk
di Mars dan di Bumi. Jelaskan menurut pendapat anda apakahterdapat
perbedaan juga antara:
a. ARNp di Mars dan di Bumi?
b. ARNr di Mars dan di Bumi?
c. ARNd di Mars dan di Bumi?

15. Andaikan di salah satu planet akhirnya dapat ditemukan adanya kehidupan,
tetapi setelah diteliti ternyata ada perbedaan dengan keadaan di bumi, yaitu:
a. Protein di planet tersusun dari 9312 macam asam amino, sedang di bumi
kita hanya tersusun atas 20 macam asam amino.
b. Planet itu memiliki 6 macam nukleotida, sedangkan di bumi memiliki 4
macam nukleotida.
Seperti diketahui bahwa untuk 20 macam asam amino di bumi diperlukan
kode triplet. Berdasarkan ketentuan di atas, berapa nukleotida akan menyusun
sebuah kodon di planet itu?

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 78

 16. Asam nukleat terdiri dari tiga komponen yaitu: asam pospat, gula pentosa,
dan basa nitrogen. Jelaskan mengapa pada model ADN double helix, basa
nitrogen berada pada bagian dalam pilinan ADN double helix?

SOAL HOT

Suatu enzim restriksi mengenali sekuens TGAGA dan memotong dari arah
5’ ke 3’ diantara dua pasangan basa nitrogen GA. Sampel DNA rantai
tunggal dengan ukuran 20 bp (basa pairs) yang diisolasi dari tempat
kejadian perkara (TKP) dipotong dengan enzim restriksi, kemudian
dielektroforesis. Segmen DNA tersebut diketahui sebagai berikut:
5’CACTGAGACCAGTTGAGAGC 3’. Segmen itu kemudian dibanding-
kan dengan segmen DNA di bawah ini yang akan menghasilkan profil yang
paling mirip dengan DNA yang ditemukan di TKP?
A. 5’GTCTGAGACTTCTGAGAATG’3
B. 5’AGTTTGAGAGTAGTGAGATG’3
C. 5’TCCATGAGACTTTTGAGATG’3
D. 5’ACTCGAAGTGTGAGATGAGA’3
E. 5’CGGTGAATGAGATTGAGAGT’3

Jelaskan bagaimana cara tes DNA untuk menentukan suatu keturunan!

Berikan satu contoh kasus yang memerlukan tes DNA untuk membantu
memecahkan kasus tersebut

BAB IV- BAHAN GENETIKA - RAHMI SUSANTI 79