GENEBANK adalah database nucleotida yang komprehensif

Website
 Ncbi.nlm.nih.gov/genebank/
 Ensembl.org/
 Genom.ucss.edu/index.html
 Genatlas.medicine.univ-paris5.fr/
Fungsi BLAST (toolbox)
 Untuk menemukan dari organisme apa sekuens tersebut berasal dan apa fungsinya
Prosedur kerja
1. Nyalakan komputer, pastikan kabel terpasang semua dan tersmbung dengan internet
2. Buka mesin pencarian : mozilla firefox, chrome, safari, ie
3. Masukan : ncbi.nlm.nih.gov/gquery/genebank
4. Result
Start codon : AUG, GUG, UUG
Stop codon : UAA, UGA,UAG
Genebank berkolaborasi dengan
 Dna databank of japan
 Europian Molecular Biology Laboratory (EMBL)
 Genebank at NCBI
Acces to genebank
 Entrez nucleotide
 BLAST (Basic Local Aligment Search Tool)
Dipublikasikan pertama kali oleh Los Analos National Laboratory (LANL)
Didistribusikan oleh
 The National Center For Biotechnology Information (NCBI)
 National Library Of Medicine (NLM)
 National Institude Of Health (NIH), USA
Prosedur kerja BLAST
1. Masukan sekuen yang kita miliki ke teks editor, lalu copy, setelah di copy buka link
blast.ncbi.nlm.nih.gov/blastcgi
2. Arahka kursor ke arah “basic blast”
3. Pilih nucleotida BLAST untuk mencari sekuens yang kita miliki, bukan berasal dari “Human” atau
“Mouse”
4. Biarkan yang lain default
5. Klik “BLAST”
Hasil  diberikan jejeran sekuens berdasarkan prioritas sekuens paling homolog diatas dan tidak homolog
dibawah
 PRINSIP PURIFIKASI DNA

a. Penghancuran bagian tubuh / organ bagian kecil

 Mortar (gas liquid nitrogen)  penghancuran secara fisik untuk otot, organ binatang, rambut
 Darah : tidak perlu menggunakan mortar, melainkan hanya dengan sentrifuge
b. Penghancuran dinding sel dan lapisan pembungkus
Secara kimiawi/enzimatic/combin
 Deterjen protein membran rusak
 Enim lisozim  memecah dinding sel
c. Sentrifugasi DNA dengan Debris Sel
 DNA mitokondria  sentrifuge rendah (6500rpm)
 DNA total  sentrifuge tinggi (13000rpm)
d. Ekstraksi
 Fenol khloroform isoamil alkohol / amonium asetat  mengendapkan protein
 pemanasan
e. Koagulasi dan pengendapan
 Isopropanol
 Etanol absolut
f. Pecucian
DNA murni cuci dengan ETANOL 70%  endapkan dengan sentrifuge  keringkan 
membebaskan sisa etanol

Alat dan bahan isolasi DNA darah

 Kit isolasi DNA
 Isolasi darah DNA genom

ELEKTROFORESIS

 Teknik pemisahan senyawa yang bermuatan pada suatu medan listrik

 Teknik pemusnahan molekulseluler berdasarkan muatan molekul, ukuran molekul / combin dengan
medan listrik
Pergerakan molekul  dari muatan negatif  elektroda positif
Teknik untuk analisis DNA & protein
Dapat menentukan  berat molekul suatu bahan
Banyaknya jenis protein suatu sample
Antibodi terhadap virus
Titik isoelektrik protein