Nama : Eva Devi A / 2443015215

ID : ASSC

Kelas : Bioteknologi B

Review Jurnal Bioteknologi

Deteksi Mutasi Gen Gyrase A Porphyromonas Gingivalis Resisten terhadap Ciprofloxacin

berdasarkan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR)

I. Pendahuluan

Porphyromonas gingivalis adalah bakteri gram-negatif anaerob yang berperan penting

pada patogenesa periodontitis (infeksi gusi yang merusak jaringan lunak dan penyangga
gigi), antibiotik yang biasa digunakan pada kasus ini antara lain metronidazole,
doxycyline, golongan fluoroquinolon dan clindamycin. Pada jurnal ini antibiotik yang
digunakan adalah generasi kedua derivat quinolon, mekanisme kerjanya adalah
menghambat aktivitas DNA gyrase bakteri dengan sifat bakterisidal yang berspktrum luas
terhadap bakteri gram-positif maupun negatif. Ciprofloxacin efektif digunakan untuk
infeksi saluran kemih, urertitis, demam tiroid serta infeksi saluran nafas.

Berdasarkan hasil studi tentang mekanisme resistensi antibiotik, bakteri memiliki

mekanisme resistensi meliputi mutasi, penghambatan aktivitas antibiotik secara
enzimatik, perubahan protein yang merupakan jalur metabolik, effluks antibiotik,
perubahan pada porin channel dan perubahan permeabilitas membran. Resistensi terhadap
ciprofloxacin temasuk resistensi kromosom yang timbul akibat mutasi. Salah satu dari
dua mekanisme berikut ini, yaitu perubahan pada subunit A enzim sasaran (DNA gyrase)
atauperubahan permeabilitas selaput luar, menyebabkan terjadi penurunan akumulasi obat
pada bakteri.
 II. Bahan dan Cara Kerja
 NA (Nutrien Agar)  Paper disk yang
mengandung
 Kapas lidi Ciprofloxacin
 Blood Agar  HCl
 Pewarna gram  High purity analytical
 Sulfide Indol Motility grade celite
 Pure distilled water
 GuSCN
 Tris HCl
 Etanol 70% dan aseton  tag DNA polymerase
 TE buffer  agarose
 MgCl2  TBE buffer
 Gelatin  EtBr
 dNTP
Primer yang digunakan yaitu gyrase A :

Forward 5’ –TGATCGTCTCCAGAGCTTTG-3’

Reverse 5’ –CCTTATCTATGTCCTGAAAGC-3’

Alat

 Cawan petri  Votrex shaker

 Mikro pipet  Sentrifuse
 Autoklaf  Erlenmeyer
 Inkubator  Perangkat UV

Cara kerja

1. Uj identifikasi P. Gingivalis
Media yang digunkan adlah agar muller hinton, strain control, larutan standar NaCl,
larutan hipoklorit 2% dan Mc farland
2. Uji PCR ( disk diffusion )
3. Ekstraksi DNA
4. Amplifikasi pada mesin PCR
5. RFLP-PCR
6. Elektroforesis

Hasil

1. uji disk diffusion

Pada uji ini hasil yang didapatkan adalah dari 14 sampel terdapat 1 sampel yang
intermediet terhadap ciproloxacin sedangkan 13 diantaranya sensitif terhadap
ciprofloxacin
2. Uji PCR
Pada uji PCR digunakan restriksi dengan enzim Sac II , hasil yang didapatkan dari 14
sampel tidak ada satupun yang menunjukkan adanya mutasi gen.

III. Pembahasan

Hasil penelitian uji RFLP-PCR pada sampel yang sensitif terhadap ciprofloxacin
memperlihatkan 13 sampel sensitif dan 1 intermediet tidak mengalami perubahan
urutan nukleotida (tidak bermutasi). Terlihat satu fragmen sebelum menggnakan
enzim restriksi dan setelah dilakukan restriksi. Hal ini menunjukkan bahwa urutan
nukleotida dapat dikenali oleh enzim restriksi yang digunakan sehingga tidak terjadi
restriksi pada sekuen spesifik tempat enzim Sac II bekerja.