LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI FARMASI

PRAKTIKUM IV : B. UJI BIOKIMIA

Disusun oleh:
1. Cintya Ekaputri 18/423510/FA/11643
2. Dhiya Ulhaq Salsabila 18/423511/FA/11644
3. Dian Putri Wulansari 18/423513/FA/11646
4. Dita Listya Chairunnisa 18/423514/FA/11647
5. Elisabet Guwanto 18/423516/FA/11649
6. Elisabetha Ela A. 18/423517/FA/11650
7. Evia Farrah Affifa 18/423518/FA/11651
8. Farah Raisyaputri A. 18/423519/FA/11652
Kelas/Golongan : A/II
Tanggal Praktikum : 8 November 2018
Dosen Jaga : Dr. Purwanto. M.Sc, Apt
Asisten Jaga :

Dosen Koreksi :

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI FARMASI

BAGIAN BIOLOGI FARMASI
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2018
 I. TUJUAN
Mahasiswa mampu melakukan identifikasi mikroba menggunakan uji biokimia
II. DASAR TEORI
Pengamatan menggunakan mikroskop hanya memiliki sedikit informasi tentang
bakteri seperti genus dan spesies. Uji biokimia menjadi pengujian yang penting dan
berfungsi sebagai dasar sidikjari berbasis informasi bahwa 1) setiap spesies bakteri
mempunyai molekul DNA yang berbeda (DNA adalah urutan unik dari basa
nukleotida), 2) DNA mengkode sintesis protein sehingga spesies bakteri yang berbeda,
dengan DNAnya yang unik mampu mensintesis protein enzim yang berbeda pula, 3)
enzim mengkatalisis berbagai macam reaksi kimia, sehingga dalam hal ini spesies
bakteri yang berbeda akan membawa satu set rekasi biokimia yang unik dan berbeda.

Dalam melakukan indentifikasi suatu organisme, kita melakukan inokulasi pada

media differential dan setelah inkubasi kita amati perubahan yang terjadi pada
medium. Produk akhir (end product) mikroba yang diujikan dapat bereaksi dengan
indikator yang ditambahkan dalam 23 medium dan sebagai akibat proses metabolisme,
end product yang bereaksi dengan indicator akan menunjukkan perubahan yang
spesfifik misalnya perubahan warna.

Secara umum enzim dapat dikategorikan sebagai eksoenzim yang disekresikan

oleh bakteri ke lingkungan untuk menghancurkan molekul nutrisi besar sehingga bisa
masuk ke dalam bakteri dan lebih lanjut lagi dihancurkan untuk menghasilkan energy
yang diperlukan untuk menjalankan proses seluler atau mensintesis komponen seluler
bakteri. Selain itu terdapat endoenzi yang berada di dalam bakteri.

Bakteri Bacillus subtilis

Klasifikasi Bacillus subtilis
Kingdom : Bakteri
Filum : Firmicutes
Kelas : Bacilli
Orde : Bacillales
Famili : Bacillaceae
Genus : Bacillus
Spesies : Bacillus subtilis
Bacillus subtilis adalah bakteri Gram positif yang biasanya ditemukan di dalam tanah.
Bakteri ini tersusun atas peptidoglikan, yang merupakan polimer dari gula dan asam
amino. Peptidoglikan yang ditemukan di bakteri yang dikenal sebagai murein. Sel
membentuk tembok penghalang antara lingkungan dan bakteri sel yang berguna untuk
mempertahankan bentuk sel (Fajriana, 2008).
 Bakteri ini mempunyai kemampuan membentuk pertahanan diri yang kuat, dengan
membentuk endospora yang bersifat melindungi sehingga dapat tahan pada kondisi
lingkungan yang ekstrim (Nakano dan Zuber, 1998). Bacillus subtilis tidak secara
langsung termasuk sebagai patogen pada manusia, bagaimanapun Bacillus subtilis
dapat mengkontaminasi makanan tetapi tidak sampai menyebabkan makanan menjadi
beracun (Ryan & Ray, 2004).
Sporanya dapat bertahan hidup pada pemanasan ekstrim yang seringkali digunakan
untuk memasak makanan dan juga mampu membuat produk pangan roti menjadi
busuk atau rusak (Gielen dkk., 2004).
Bakteri Escherichia coli
Escherichia coli merupakan bakteri batang gram negatif, tidak berspora, motil
berbentuk flagel peritrik, berdiameter ± 1,1 –1,5 μm x 0,2 –0,6 μm. E. coli dapat
bertahan hidup dimedium sederhana menghasilkan gas dan asam dari glukosa dan
memfermentasi laktosa. Pergerakan bakteri ini motil, tidak motil, dan peritrikus, ada
yang bersifat aerobik dan anaerobik fakultatif (Elfidasari et al, 2011).
Klasifikasi bakteri Escherichia coli:
Kingdom: Bacteria
Divisi: Proteobacteria
Classis: Gammaproteobacteria
Ordo: Enterobacteriales
Family: Enterobacteriaceae
Genus: Escherichia
Species: Escherichia coli
Bakteri E. coli adalah satu jenis spesies utama bakteri gram negative fakultatif
anaerobic yang mempunyai alat gerak berupa flagel dan tersusun dari sub unit protein
yang disebut flagelin, yang mempunyai berat molekul rendah dengan ukuran diameter
12-18 nm dan dengan panjang 12 nm, kaku dan berdiameter lebih kecil dan tersusun
dari protein, pili dapat berfungsi sebagai jalan pemindahan DNA saat konjugasi. Selain
itu, mempunyai kapsul atau lapisan lendir yang merupakan polisakarida tebal dan air
yang melapisi permukaan luar sel (Ikmalia, 2008).
Bakteri E. coli mempunyai tiga jenis antigen, yaitu antigen O, antigen K dan atigen
H. Antigen-O yang merupakan inti dari lipopolisakarida dan unit-unit polisakarida,
biasnya antigen-O berhubungan dengan penyakit khusus pada manusia, misalnya tipe
spesifik O dari E. coli ditemukan pada diare. Antigen-K yang merupakan kapsul dari
polisakarida, sedangkan antigen-H merupakan antigen flagella (Wibowo et al, 2008).
 Bakteri Streptococcus lactis/Lactococcus lactis
Klasifikasi
Kingdom : Monera
Divisi : Fimicutes
Kelas : Bacilli
Order : Lactobacillales
Family : Streptococcaceae
Genus : Lactococcus
Spesies : Lactococcus lactis
Lactococcus lactis semula diberi nama Streptococcus lactis. Menurut Martinko dan
Madigan tahun 2005, Lac. lactis merupakan bakteri Gram positif yang digunakan
secara luas dalam produksi mentega dan keju. Lactococcus lactis tidak menghasilkan
spora (nonsporulatif) dan tidak bersifat motil. Bakteri ini termasuk ke dalam genus
Lactococcus dan digolongkan sebagai bakteri mesofilik yang dapat hidup antara suhu
10-450C. Bakteri ini memiliki metabolisme homofermentatif dan khusus
menghasilkan L (+) asam laktat saja (Roissart dan Luquet, 1994). Selain itu, bakteri
ini dapat berkembang pada pH antara 4,4 sampai 9,6 (Axelsson,2004). Menurut
Presscott et al. tahun 2002, untuk hidup bakteri ini membutuhkan oksigen tapi bersifat
fakultatif tentu dan membutuhkan media yang bernutrisi kompleks.
Lactococcus lactis merupakan salah satu mikroorganisme yang penting dalam
industri pengolahan susu. Ketika Lac. Lactis ditambahkan ke dalam susu, bakteri
menggunakan enzim untuk menghasilkan molekul energi (ATP) dari laktosa. Produk
sampingan dari produksi energy ATP adalah asam laktat. Asam laktat yang dihasilkan
oleh bakteri akan menggumpalkan susu kemudian memisahkan antara whey dengan
gumpalan (curd) yang digunakan untuk menghasilkan keju (Ghosh J dan Rajorhia,
1990). Selain itu, Dahhan et al. tahun 1984 merekomendasikan penggunaan Lac.
Lactis dalam pembuatan produk yogurt karena memiliki kesamaan dengan produk
komersial yang terdapat di pasar.

III. ALAT DAN BAHAN

Alat
1. Tabung reaksi
2. Petri dish
3. Lemari aseptis
4. Ose
5. Bunsen burner
Bahan
1. Pati/Starch Agar
2. Skim Milk Agar
3. Bacillus subtilis
4. Escherichia coli
5. Staphylococcus aureus
6. Streptococcus lactis
7. 3% hydrogen peroxide
8. Ethanol 70%
9. Trypticase Soy broth
10. Phenol Red Lactose broth
11. Phenol Red Maltose broth
IV. CARA KERJA

B.1. HIDROLISIS PATI/STARCH

Pada bagian bawah petri dish di beri garis dengan spidol membagi petri dish
menjadi dua bagian, beri label B. subtilis dan E. coli.

Dibuat satu streak tunggal dari masing-masing organisme

Diincubasi dalam posisi terbalik pada inkubator dengan suhu 37°C

selama 24 jam

Ditambahkan Iodine untuk mengetahui apakah pati masih dalam agar

atau sudah dihidrolisa oleh enzim diastase. Iodine bereaksi dengan
pati menghasilkan warna coklat gelap atau biru/hitam. Jika
starch sudah dihidrolisa, akan nampak warna jernih sekitar
pertumbuhan bakteri. Jika starch tidak dihidrolisa maka agar tetap
berwarna coklat gelap atau biru/hitam.

Dicatat hasil yang diperoleh= +:menunjukkkan hidrolisis dan - :

tidak terjadi hidrolisis

B.2. HIDROLISIS PROTEIN

Pada bagian bawah petri dish di beri garis dengan spidol membagi
petri dish menjadi dua bagian, beri label B. subtilis dan E. coli.

Buat satu streak tunggal dari masing-masing organisme

Diincubasi dalam posisi terbalik pada inkubator dengan suhu 37°C

selama 24 jam

Dilakukan pengamatan: Jika casein terhidrolisis maka akan tambah

daerah jernih disekitar pertumbuhan bakteri; jika casein tidak
terhidrolisis, maka agar akan tetap putih dan opak.
 Dicatat hasil yang diperoleh= +:menunjukkkan hidrolisis dan - : tidak terjadi
hidrolisis

B.3. FERMENTASI KARBOHIDRAT

Diberi label tiap tabung dengan nama gula dalam tabung dan bakteri
yang akan diujikan

Diinokulasikan tabung yang berisi Phenol Red Lactose broth dan Phenol
Red Maltose broth dengan bakteri uji

Diinkubasi tabung dalam rak pada incubator suhu 37°C sampai dengan
praktikum berikutnya. Diamati.

B. 4. AKTIVITAS KATALASE

Ditambahkan beberapa tetes 3% hydrogen peroksida pada setiap kultur dan

amati pelepasan oksigen sebagai akibat perusakan molekul hydrogen
peroksida yang akan nampak seperti busa.

V. HASIL PENGAMATAN
1. Hidrolisis pati / starch

Kultur : Bacillus subtilis dan

Escherichis coli
Medium : Pati / Strach
Perlakuan : inkubasi suhu
37oC selama 24 jam kemudian
ditambahkan iodine
Hasl : B. subtilis menunjukkan
warna jernih, positif
menunjukkan hidrolisis. E.
coli menunjukkan warna
biru/hitam, negatif terhadap
hidrolisis.
2. Hidrolisis protein

Kultur : Bacillus subtilis dan

Escherichis coli
Medium : Skim Milk Agar
Perlakuan : inkubasi suhu
37oC selama 24 jam kemudian
lakukan pengamatan.
Hasl : B. subtilis menunjukkan
warna putih opak, negatif
menunjukkan tidak
terhidrolisis. E. coli
menunjukkan warna bening,
positif terhadap hidrolisis.

3. Fermentasi karbohidrat Kultur : Bacillus subtilis dan

Escherichis coli serta
Stapylococcus aureus
Medium : Durham tube berisi
Phenol Red Maltose
Perlakuan : inkubasi suhu
37oC selama 24 jam kemudian
dilakukan pengamatan
Hasl : Durham tube berisi B.
subtilis, E. coli dan S. aureus
masing masing menunjukkan
perubahan warna pada Phenol
Red Maltose yang semula
merah menjadi kuning disertai
adanya gelembung gas.
Sehingga, disimpulkan bahwa
bakteri memfermentasi
karbohidrat.
 4. Aktivitas katalase
Kultur : S. lactis
Perlakuan : inkubasi suhu
37oC selama 24 jam kemudian
dilakukan pengamatan setelah
ditambahkan H2O2
Hasl : S. lactis tidak
menunjukkan adanya
gelembung, negatif bakteri
katalase sehingga tidak
memiliki enzim katalase yang
dapat menguraikan H2O2.

VI. PEMBAHASAN
Tujuan dari percobaan ini adalah mampu melakukan identifikasi mikroba
menggunakan uji biokimia. Dalam praktikum kali ini dilakukan 4 percobaan yaitu
hidrolisis pati, hidrolisis protein, fermentasi karbohidrat, dan aktivitas katalase.
Bakteri yang digunakan adalah Bacillus subtilis, Escherichia coli, Staphylococcus
aureus, dan Streptococcus lactis.
Dalam melakukan uji hidrolisis pati, pertama dibagi cawan petri menjadi dua
bagian menggunakan spidol. Lalu disemprot tangan dengan alcohol 70% agar
mikroba yang terdapat di tangan mati, sehingga menghindari adanya kontaminasi.
Dimasukkan tangan ke dalam lemari aseptis. Lemari aseptis digunakan sebagai
ruangan untuk pengerjaan secara aseptis. Prinsip pengaseptisan suatu ruangan
berdasarkan aliran udara keluar dengan kontaminasi udara dapat diminimalkan.
Diambil tabung reaksi yang berisi biakan bakteri Escherichia coli dan dibuka kapas
dan aluminium foil dengan cara kapas dijepit pada jari tengah, jari manis, dan
kelingking. Dipanaskan ujung tabung.Kemudian dipanaskan ose hingga membara
dan didiamkan sesaat. Didiamkan agar nantinya bakteri tidak mati karena panas pada
ose. Ose dimasukkan ke dalam tabung reaksi. Dipanaskan ujung tabung dan ditutup
kembali dengan kapas dan dilapisi aluminium foil. Diletakkan tabung, sedangkan ose
tetap dipegang. Kemudian dibuka cawan petri yang berisi media Pati Agar.
Digoreskan ose di salah satu daerah pada cawan petri dengan pola zigzag. Ditutup
cawan petri dan ose dipanaskan. Diulangi langkah-langkah sebelumnya dengan
menggunakan biakan bakteri Bacillus subtilis. Diberi label nama bakteri pada kedua
daerah cawan petri sesuai percobaan yang sudah dilakukan.Lalu diinkubasi terbalik
pada suhu 37°𝐶 selama 1 × 24 jam. Diinkubasi terbalik dimaksudkan untuk
mencegah biakan terkena uap air yang dihasilkan pada saat inkubasi, sehingga
kualitas biakan tidak rusak atau mengalami gangguan. Metode yang digunakan pada
percobaan ini adalah streak plate. Kemudian ditetesi cawan petri dengan iodine.
Diamati perubahan yang terjadi pada daerah pertumbuhan bakteri Escherichia coli
dan Bacillus subtilis. Pada daerah di sekitar pertumbuhan bakteri Bacillus subtilis
nampak jernih. Hal ini menandakan bahwa Bacillus subtilis mampu menghidrolisis
pati. Bacillus subtilis menghasilkan enzim yang mampu memecah senyawa
kompleks polisakarida. Sedangkan bakteri Escherichia coli tidak mampu
menghidrolisis pati. Hal ini ditunjukkan pada daerah sekitar pertumbuhan bakteri
berwarna biru.
Dalam melakukan uji hidrolisis protein, pertama dibagi cawan petri menjadi dua
bagian menggunakan spidol. Lalu disemprot tangan dengan alcohol 70%.
Dimasukkan tangan ke dalam lemari aseptis. Diambil tabung reaksi yang berisi
biakan bakteri Escherichia coli dan dibuka kapas dan aluminium foil dengan cara
kapas dijepit pada jari tengah, jari manis, dan kelingking. Dipanaskan ujung tabung.
Kemudian dipanaskan ose hingga membara dan didiamkan sesaat. Didiamkan agar
nantinya bakteri tidak mati karena panas pada ose. Ose dimasukkan ke dalam tabung
reaksi. Dipanaskan ujung tabung dan ditutup kembali dengan kapas dan dilapisi
aluminium foil. Diletakkan tabung, sedangkan ose tetap dipegang. Kemudian dibuka
cawan petri yang berisi media Skim Milk Agar. Digoreskan ose di salah satu daerah
pada cawan petri dengan pola zigzag. Ditutup cawan petri dan ose dipanaskan.
Diulangi langkah-langkah sebelumnya dengan menggunakan biakan bakteri Bacillus
subtilis. Diberi label nama bakteri pada kedua daerah cawan petri sesuai percobaan
yang sudah dilakukan.Lalu diinkubasi terbalik pada suhu 37°𝐶 selama 1 × 24 jam.
Dilakukan pengamatan. Pada daerah Bacillus subtilis terlihat jernih di sekitar daerah
pertumbuhan bakteri. Hal ini menandakan bahwa Bacillus subtilis mampu
menghidrolisis protein. Aktivitas tersebut dapat berlangsung karena bakteri tersebut
mampu memproduksi enzim protease untuk mengkatalisis protein. Pada daerah
pertumbuhan Escherichia coli juga terlihat jernih namun tidak sejernih Bacillus
subtilis. Hal itu menandakan bahwa Bacillus subtilis lebih menghidrolisis protein
kasein dibandingkan Escherichia coli.
Dalam melakukan uji fermentasi karbohidrat, pertama diberi label tiap tabung
durham dengan nama bakteri yang akan diujikan yaitu Bacillus subtilis, Escherichia
coli, dan Staphylococcus aureus. Diambil tabung reaksi yang berisi biakan Bacillus
subtilis. Dibuka kapas dan aluminium foil dengan cara kapas dijepit pada jari tengah,
jari manis, dan kelingking. Dipanaskan ujung tabung reaksi. Kemudian dipanaskan
ose hingga membara dan didiamkan beberapa saat. Dimasukkan ose ke dalam tabung
reaksi. Kemudian dipanaskan ujung tabung dan ditutup kembali dengan kapas yang
 dilapisi aluminium foil. Diletakkan tabung sedangkan ose tetap dipegang. Diambil
tabung durham yang berisi media Phenol Red Maltose Broth. Dibuka kapas dan
dipanaskan ujung tabung. Kemudian dimasukkan ose ke dalam tabung durham. Lalu
ose dipanaskan dan diletakkan. Dipanaskan ujung tabung durham lalu ditutup dengan
kapas yang dilapisi dengan aluminium foil. Diulangi langkah-langkah sebelumnya
sebanyak 2 kali dengan menggunakan bakteri Escherichia coli dan Staphylococcus
aureus. Kemudian diinkubasi dalam rak pada incubator dengan suhu 37°𝐶 selama
1 × 24 jam. Dilakukan pengamatan. Terlihat warna media ketiga bakteri berubah
menjadi warna kuning, yang sebelumnya media berwarna merah. Dan dihasilkan gas
yang ditunjukkan dengan adanya rongga pada tabung durham. Hal ini menandakan
bahwa ketiga bakteri menfermentasi karbohidrat dan menghasilkan asam.
Dalam uji enzim katalase, pertama disemprot tangan dengan alcohol 70%.
Dimasukkan tangan ke dalam lemari aseptis. Diambil tabung reaksi yang berisi
biakan Streptococcus lactis. Dibuka kapas dan aluminium foil dengan cara kapas
dijepit pada jari tengah, jari manis, dan kelingking. Dipanaskan ujung tabung.
Kemudian dipanaskan ose hingga membara dan didiamkan sesaat. Didiamkan agar
nantinya bakteri tidak mati karena panas pada ose. Ose dimasukkan ke dalam tabung
reaksi. Dipanaskan ujung tabung dan ditutup kembali dengan kapas dan dilapisi
aluminium foil. Diletakkan tabung, sedangkan ose tetap dipegang. Kemudian dibuka
cawan petri yang berisi media Nutrient Agar. Digoreskan ose pada media dengan
pola zigzag. Ditutup cawan petri dan ose dipanaskan. Lalu diinkubasi terbalik pada
incubator dengan suhu 37°C selama 1×24 jam. Kemudian biakan ditetesi dengan
H2O2 . Diamati perubahan yang terjadi. Setelah ditetesi H2O2 , tidak terdapat
gelembung pada media. Hal ini menandakan bahwa tidak ada aktivitas enzim
katalase pada biakan. Streptococcus lactis merupakan bakteri katalase negatif karena
tidak menghasilkan gelembung. Katalase negatif tidak memiliki enzim katalase yang
dapat menguraikan H2O2.

VII. KESIMPULAN
1. Uji biokimia merupakan pengujian penting dan berfungsi sebgaai dasar sidik jari
berbasis informasi untuk mengidentifikasi mikroba.
2. Dalam pelaksanaan uji biokimia, dilakukan 4 percobaan. Pertama, hidrolisis pati
dengan hasil bahwa B. subtilis positif menunjukkan hidrolisis. E. coli negatif
terhadap hidrolisis. Kedua, hidrolisis protein dengan hasil B. subtilis negatif
menunjukkan tidak terhidrolisis. E. coli positif terhadap hidrolisis. Ketiga,
fermentas karbohodrat dengan hasil bahwa durham tube berisi B. subtilis, E. coli
 dan S. aureus masing masing menunjukkan bahwa setiap bakteri positif
memfermentasi karbohidrat. Keempat, aktivasi katalase dengan hasil S. lactis
tidak menunjukkan adanya gelembung, negatif bakteri katalase

VIII. DAFTAR PUSTAKA

Axelsson L, 2004, Lactic Acid Bacteria Microbiology and Functional Aspects, 3rd,

Editi on, New York: Marcel Dekker Inc.

Dahhan AH, Ali MM, Sibo NH, 1984, Study of the effect of different kinds of milk on

quality of leben, Iraqi Journal of Agricultural Sciences 2(2): 51.

Elfidasari, D. et al., 2011, Perbandingan Kualitas Es di Lingkungan Universitas Al

Azhar Indonesia dengan Restoran Fast Food di Daerah Senayan dengan

Indikator Jumlah Escherichia coli Terlarut, Jurnal Al-Azhar Indonesia Seri

Sains dan Teknologi, Vol.1(No.1).

Fajriana, R, 2008, Mikrobiologi Umum Pewarnaan Gram, Erlangga, Jakarta.

Gielen, S., Aerts, R., dan Seels, B., 2004, Biocontrol Agents of Botrytis Cinerea

Tested in Climate Chambers by Making Artificial Infection on Tomato Leaf,

Commun Agric Appl Biol Sci, Vol 69 no. 4, pp. 631-639, diakses tanggal 19

November 2018 pukul 16.13 WIB dari US National Library of Medicine

National Institutes of Health.

Ghosh J, Rajorhia GS, 1990, Selection of starter culture for production of indigenous

fermented milk product, Lait 70, 147-154.

Ikmalia, 2008, Analisa Profil Protein Isolat Escherichia coli S1 Hasil Iradiasi Sinar

Gamma [Skripsi], Fakultas sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri

Syarif Hidayatullah, Jakarta.

Martinko, JM & Madigan, MT., 2005, Brock Biology of Microorganisms, 11 th

ed.Englewood Cliffs, N. J: Prentice Hall.

Nakano, M.M., Zuber, P, 1998, Anaerobic growth of a "strict aerobe" (Bacillus

subtilis), https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9891797, diakses tanggal 19

 November 2018 pukul 16.07 WIB.

Prescott, Harley, Klein, 2002, Microbiology 5th edtition, New York: McGraw-Hill

Science.

Ryan, K.J., Ray, C.G., 2004, Sherris Medical Microbiology, edisi 4, McGraw Hill,

New York

Roissart H, Luquet FM, 1994, Lactic Acid Bacteria: Fundamental Aspects And

Technology, France: Lorica.

Wibowo,RM. haryadi & Wahyui, Agnesia Endang Trihapsari, 2008, Studi

Patogenisitas Eschericia coli Isolat Unggas pada Ayam Pedaging Umur 15

Hari, Jurnal Veteriner, Vol.9 No.2, pp.87–93.