Methyl directed mismatch repair system

sistem untuk mengenali dan memperbaiki penyisipan yang salah, penghapusan,

dan kesalahan pemasangan basa yang dapat muncul
selama replikasi dan rekombinasi DNA , serta memperbaiki beberapa
bentuk kerusakan DNA. Setiap peristiwa mutasi yang mengganggu struktur
superhelikal DNA membawa serta potensi untuk membahayakan stabilitas
genetik sel.

Peran penting dari perbaikan ketidakcocokan DNA adalah untuk mengenali dan
memperbaiki basis salah pasang yang dihasilkan oleh kesalahan replikasi DNA dalam
latar belakang yang besar dari pasangan DNA yang berpasangan. Untuk semua
organisme, langkah-langkah inti MMR adalah pengakuan atas mispair, eksisi untai yang
baru disintesis setidaknya hingga mispair, dan resintesis untai yang dieksisi ( Gambar
1 ). Aspek kunci dari mekanisme ini adalah diskriminasi untai DNA yang baru disintesis
dari untai cetakan DNA; eksisi dan resintesis untai templat daripada untai yang baru
disintesis akan memasukkan kesalahan replikasi ke dalam genom daripada cukai dan
memperbaikinya.
Diagram MMR yang diarahkan pada metil
Langkah-langkah utama dalam jalur MMR yang diarahkan metil E. coli (lihat teks
utama). Lingkaran hitam menunjukkan adanya situs adenosin teretilasi di iklan (GATC).
Mekanisme diskriminasi untai pada MMR paling baik dipahami oleh bakteri Escherichia
coli ; Namun, distribusi filogenetik dari sistem MMR yang diarahkan pada metil yang
ditemukan pada E. coli terbatas pada seperangkat gammaproteobacteria yang terkait
erat ( Gambar 2 ). Jadi, MMR yang diarahkan pada metil harus berevolusi dari sistem
MMR kanonik yang ada di sebagian besar organisme lain. Aspek-aspek baru dari MMR
yang diarahkan pada metil melibatkan pengenalan dan pembelahan pada untai yang
tidak termetilasi secara transien di situs hemi-metilasi d (GATC) yang ada setelah
replikasi tetapi sebelum metilasi untai yang baru disintesis ( Gambar 1 ). Hebatnya,
elaborasi sistem MMR kanonik dalam sistem MMR yang diarahkan pada metil
memfasilitasi identifikasi gen MMR yang diperlukan untuk kesalahan pengenalan
( mutS ), propagasi sinyal ( mutL ), diskriminasi untai ( mutH ), dan eksisi
danresintesis ( uvrD / mutU ), karena mutasi pada gen ini menekan sensitivitas 2-
aminopurine dan N-methyl-N′-nitro-N-nitrosoguanidine (MNNG) dan menekan
mematikan mutasi rekombinasi pada mutan E. coli dengan defek pada d ( GATC)
metilasi.

Distribusi MMR yang diarahkan pada metil pada organisme hidup

Ada atau tidaknya MMR yang diarahkan pada metil ditunjukkan oleh "Y" untuk ya dan
"N" untuk tidak.Struktur protein MMR yang tersedia untuk masing-masing kelompok
digambarkan. Hubungan antara kelompok bakteri berasal dari [ 92 ]. Untuk homolog
MutL, struktur domain N-terminal yang tersedia ditunjukkan dengan (N) dan struktur
domain C-terminal yang tersedia ditunjukkan dengan (C).
Diagram jalur perbaikan ketidakcocokan DNA (MMR) pada eukariota, sebagian
besar bakteri, dan E. coli.

Perbaikan ketidakcocokan adalah khusus untai. Selama sintesis DNA, untai (anak
perempuan) yang baru disintesis biasanya akan menyertakan kesalahan. Untuk
memulai perbaikan, mesin perbaikan ketidakcocokan membedakan untai yang
baru disintesis dari template (parental).

 Pada bakteri gram negatif, hemimetilasi transien membedakan untaian

(orang tua dimetilasidan anak perempuan tidak).
 Pada prokariota dan eukariota lainnya, mekanisme pastinya tidak
jelas. Diduga bahwa, pada eukariota, DNA untai lagging yang baru
disintesis secara sementara mengandung torehan (sebelum disegel oleh
DNA ligase) dan memberikan sinyal yang mengarahkan sistem
proofreading ketidakcocokan ke untai yang sesuai. Ini menyiratkan bahwa
torehan ini harus ada di untai terkemuka, dan bukti untuk ini baru-baru ini
ditemukan.

Pada manusia, tujuh protein perbaikan ketidakcocokan DNA (MMR) protein

( MLH1 , MLH3 , MSH2 , MSH3 , MSH6 , PMS1 dan PMS2 ) bekerja secara
terkoordinasi dalam langkah-langkah berurutan untuk memulai perbaikan
ketidakcocokan DNA. Selain itu, ada sub-jalur MMR independen-Exo1 dan
independen.
Produk gen lain yang terlibat dalam perbaikan ketidakcocokan (setelah inisiasi
oleh gen MMR) pada manusia termasuk DNA polimerase
delta , PCNA , RPA , HMGB1 , RFC dan DNA ligase I , ditambah faktor
pengubah histone dan kromatin .
Dalam keadaan tertentu, jalur MMR dapat merekrut DNA polimerase eta
( POLH ) yang rentan kesalahan. Ini terjadi pada limfosit B selama
hipermutasi somatik , di mana POLH digunakan untuk memperkenalkan variasi
genetik menjadi gen antibodi. Namun, jalur MMR yang rawan kesalahan ini dapat
dipicu pada jenis sel manusia lainnya setelah terpapar genotoksin dan memang
secara luas aktif dalam berbagai kanker manusia, menyebabkan mutasi yang
menyandang tanda tangan aktivitas POLH.

Perbaikan ketidakcocokan adalah proses yang sangat dilestarikan

dari prokariota keeukariota . Bukti pertama untuk perbaikan ketidakcocokan
diperoleh dari S. pneumoniae ( gen hexA dan hexB). Penelitian selanjutnya
pada E. coli telah mengidentifikasi sejumlah gen yang, ketika tidak aktif
secara mutasi , menyebabkan strain yang hipermutasikan.Produk gen, oleh
karena itu, disebut protein "Mut", dan merupakan komponen aktif utama
dari sistem perbaikan ketidakcocokan. Tiga dari protein ini sangat penting
dalam mendeteksi ketidakcocokan dan mengarahkan mesin perbaikan
untuk itu: MutS , MutH dan MutL (MutS adalah homolog dari HexA dan
MutL dari HexB).

homolog MutS
Saat diikat, dimer 2 MutS menekuk heliks DNA dan melindungi sekitar 20
pasangan basa. Ini memiliki aktivitas ATPase yang lemah, dan
pengikatan ATP mengarah pada pembentukan struktur tersier pada permukaan
molekul. Struktur kristal MutS mengungkapkan bahwa itu sangat asimetris, dan,
sementara konformasi aktifnya adalah dimer, hanya satu dari dua bagian yang
berinteraksi dengan situs mismatch.
Dalam eukariota, omolog M ut S h membentuk dua heterodimer utama: Msh2 /
Msh6 (MutSα) dan Msh2 / Msh3 (MutSβ). Jalur MutSα terlibat terutama dalam
substitusi dasar dan perbaikan ketidaksesuaian loop kecil. Jalur MutSβ juga
terlibat dalam perbaikan loop kecil, selain perbaikan loop besar (~ 10 nukleotida
loop). Namun, MutSβ tidak memperbaiki substitusi dasar.
homolog MutL
MutL juga memiliki aktivitas ATPase yang lemah (menggunakan ATP untuk
tujuan pergerakan). Ini membentuk kompleks dengan MutS dan MutH,
meningkatkan jejak MutS pada DNA.
Namun, proses (jarak enzim dapat bergerak sepanjang DNA sebelum
memisahkan) dari UvrD hanya ~ 40-50 bp. Karena jarak antara nick yang dibuat
oleh MutH dan mismatch dapat rata-rata ~ 600 bp, jika tidak ada UvrD lain yang
dimuat, bagian yang tidak dilonggarkan kemudian bebas untuk melakukan anneal
ke untai komplementernya, memaksa proses untuk memulai dari awal. Namun,
ketika dibantu oleh MutL, laju pemuatan UvrD sangat meningkat. Sementara
prosesivitas (dan pemanfaatan ATP) dari masing-masing molekul UvrD tetap
sama, efek total pada DNA sangat meningkat; DNA tidak memiliki kesempatan
untuk dianil, karena setiap UvrD melepaskan 40-50 bp DNA, berdisosiasi, dan
kemudian segera diganti oleh UvrD lain, mengulangi prosesnya. Ini memaparkan
sebagian besar DNA ke pencernaan eksonuklease , memungkinkan untuk eksisi
cepat (dan kemudian penggantian) dari DNA yang salah.
Eukariota memiliki banyak omolog yang ditunjuk sebagai Mlh1 dan
Pms1. Mereka membentuk heterodimer yang meniru MutL dalam E.
coli .Homolog manusia dari prokariotik MutL memiliki tiga bentuk yang ditunjuk
sebagai MutLα, MutLβ, dan MutLγ. Kompleks MutLα terbuat dari dua subunit
MLH1 dan PMS2, heterodimer MutLβ dibuat dari MLH1 dan PMS1, sedangkan
MutLγ dibuat dari MLH1 dan MLH3. MutLα bertindak sebagai mak comblang
atau fasilitator, mengoordinasikan acara dalam perbaikan ketidakcocokan. Baru-
baru ini telah terbukti menjadi endonuklease DNA yang memperkenalkan
kerusakan untai pada DNA setelah aktivasi oleh ketidakcocokan dan protein lain
yang dibutuhkan, MutSa dan PCNA. Gangguan untai ini berfungsi sebagai titik
masuk untuk aktivitas exonuclease yang menghilangkan DNA yang tidak
cocok. Peran yang dimainkan oleh MutLβ dan MutLγ dalam perbaikan
ketidakcocokan kurang dipahami.
MutH: endonuklease hadir dalam E. coli dan Salmonella
MutH adalah endonuklease yang sangat lemah yang diaktifkan setelah diikat ke
MutL (yang juga terikat pada MutS). Ini menggigit DNA yang tidak termetilasi
dan untai yang belum termetilasi dari DNA hemimetilasi tetapi tidak
menghasilkan DNA yang sepenuhnya dimetilasi.Eksperimen telah menunjukkan
bahwa perbaikan ketidakcocokan adalah acak jika tidak ada untai yang
dimetilasi. [ Kutipan diperlukan ] Perilaku ini mengarah pada proposal yang MutH
menentukan untai yang berisi ketidakcocokan. MutH tidak memiliki homolog
eukariotik. Fungsi endonukleasenya diambil oleh homolog MutL, yang memiliki
aktivitas exonuclease 5'-3 'khusus. Bias untaian untuk menghilangkan
ketidakcocokan dari untaian anak perempuan yang baru disintesis dalam eukariota
dapat disediakan oleh ujung 3 'gratis dari fragmen Okazaki dalam untaian baru
yang dibuat selama replikasi.