Mengemban amanah Tridarma perguruan tinggi untuk negara Berlandaskan Pancasila Kembangkan potensi yang berbudaya Bangsa sehat negara kuat Kita maju bersama Tegakkan satu tujuan Raih masa depan cerah Dengan satu harapan jadi kenyataan Politeknik Kesehatan Yogyakarta tetap jaya
Mars Poltekkes Kemenkes Yogyakarta
Kami insan muda Indonesia Laksanakan tugas mulia Harumkan nama Bangsa dan Negara Seharum melati mewangi Tiada kamu tiada kami Yang ada kita bersama Polteknik Kesehatan Yogyakarta Siap membangun demi Negara Berjiwa dinamis penuh darmabakti Demi nusa bangsa Indonesia Trampil dalam cita membangun negara Utamakan kesehatan Kita insan sama marilah berlomba Menuju masa depan bangsa Sadar tanggungjawab mari kita wujudkan Polteknik Kesehatan Yogyakarta