KONSEP SPESIASI ALOPATRIK

Oleh :
Nama : Ajeng Cahyaningtyas
NIM : B1A018063
Rombongan : VII
Kelompok :3
Asisten : Pramudia Muhammad Rizki

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA HEWAN I

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO

2019
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Spesiasi merupakan proses pembentukan spesies baru dan berbeda dari

spesies sebelumnya melalui proses perkembangbiakan natural dalam kerangka
evolusi Kehidupan terjadi di dalam kelompok. Para ahli taksonomi memakai segala
macam perbedaan antara lain morfologi, tingkah laku, maupun genetik untuk
mengidentifikasi spesies. Mereka mempunyai masalah yang serius untuk
memutuskan bagaimana kelompok harus berbeda untuk mengklasifikasikannya ke
dalam spesies yang berbeda (Alamsyah, 1974). Bidang spesiasi sangat banyak
dipengaruhi oleh pencarian situasi allopatric itu akan menghasilkan perbedaan
genetik yang diperlukan isolasi reproduksi (Bernardi, 2013). Evolusi molekuler
meliputi evolusi makromolekul dan rekonstruksi sejarah evolusi gen dan organisme.
Aliran gen sering dianggap sebagai kekuatan penghambat dalam evolusi (Kang et al.,
2017). Pada organisme tingkat tinggi, kajian asal-usul organisme sangat diuntungkan
oleh keberadaan mitokondria dan kloroplas, karena dalam kedua organela seluler
tersebut diketahui adanya DNA yang berbeda. Spesiasi membahas tentang transisi
mikroevolusi ke makroevolusi. Proses mikroevolusi yang terjadi pada populasi, yaitu
seleksi alam, perubahan frekuensi gen, pemeliharaan variasi genetik, ekspresi khusus
dari variasi gen, evolusi dari kelamin, sejarah hidup dan alokasi seksual, seleksi
seksual, dan konflik genetik. Jembatan antara mikro dan makroevolusi adalah
spesiasi, yang bertanggung jawab terhadap keanekaragaman kehidupan (Stearns et
al., 2003).
Hubungan kekerabatan merupakan suatu gambaran hubungan organisme
yang satu dengan yang lain, baik yang sekarang ada maupun yang hidup di masa
silam selama perkembangan sejarah filogenetiknya. Jauh dekatnya hubungan
antarkesatuan taksonomi dalam sistematika dapat ditinjau dari dua sudut, yaitu
fenetik dan filogenetik. Kekerabatan fenetik ditentukan oleh banyaknya persamaan
sifat-sifat yang tampak, sedangkan kekerabatan filogenetik ditentukan berdasarkan
asal usul nenek moyang sesuai perkembangan atau proses evolusi (Djuhanda, 1981).
Pohon filogeni dari data molekular penting dalam biologi evolusi,
bioinformatika, dan bidang-bidang lain, seperti imunologi, perkembangan ilmu
kedokteran, dan konservasi keanekaragaman hayati (Zoller et al., 2015). Menurut
Marie et al. (2012) terdapat 5 model pohon filogeni, yaitu Maximum-Likelihood Tree,
Neighbor-Joining Tree, Minimum-Evolution Tree, UPGMA Tree, dan Maximum-
Parsimony Tree. Maximum-Likelihood Tree adalah pencarian nilai maximum
likelihood untuk analisis suatu karakter tertentu yang dikonfigurasi antar sekuens gen
atau protein dalam penelitian untuk mencari nilai kemiripan yang terbesar pada pohon
yang ditentukan. Perubahan basa diberikan pembobotan dan memberikan peluang
munculnya pohon filogeni (Beehler, 2007). Parameter model substitusi dan filogeni
dapat diperkirakan dengan Maximum-Likelihood. Untuk sekuen koding-protein,
 model substitusi kodon harus memberikan deskripsi yang paling nyata dari data
sekuens (Zoller et al., 2015).
Kata alopatrik berasal dari bahasa latin allos yang artinya berbeda, dan patria
yang artinya daerah asal (Starr & Taggart, 1984). Odum (1993) menyatakan bahwa
pengertian alopatrik adalah spesies-spesies yang terdapat di daerah-daerah geografis
yang berlainan (atau dipisahkan oleh adanya barier ruang). Spesiasi alopatrik yaitu
pembentukan jenis baru yang terjadi melalui pemisahan populasi-populasi yang
diturunkan dari nenek moyang bersama dalam geografis yang berbeda. Kebanyakan
spesies timbul dikarenakan spesiasi allopatrik ini. Proses spesiasi alopatrik didahului
oleh pemisahan suatu populasi menjadi dua group (subpopulasi) yang dikarenakan
adanya barier ruang. Selanjutnya kedua subpopulasi tersebut akan menempuh rute
evolusi yang berbeda sesuai dengan kondisi lingkungan tempat tinggalnya dan
membentuk subpopulasi yang berbeda antara satu dengan lainnya pada
akhirnya. Sehingga pada saat kedua subpopulasi tersebut bertemu kembali di suatu
wilayah, mereka tidak dapat melakukan perkawinan (tidak dapat melakukan
pertukaran gen-gen) (Wallace, 1992).
Dendrobates pumilio, atau dikenal sebagai katak panah racun, memiliki
jangkauan dari Nikaragua ke Panama di pantai Atlantik. Katak khusus ini biasanya
dapat ditemukan di hutan dataran rendah dan di perkebunan buah. Daerah Costa Rica,
warna katak panah racun strawberry bervariasi. Warna tubuh utama bisa antara warna
oranye dan merah, sementara kaki belakangnya bisa merah, hitam atau biru. Musim
berkembang biak untuk katak panah racun strawberry diperpanjang karena daerah
tropis menyediakan lingkungan dengan air dan makanan yang akan memungkinkan
perempuan untuk menghasilkan cengkeraman dengan ukuran rata-rata 4,6 telur
(Prohl & Hodl, 1999). Sebagian besar aktivitas Dendrobates pumilio terjadi pada
siang hari ketika predator mereka dapat melihat mereka dan memperhatikan untuk
tidak mendekati. Sebaliknya, jika katak menjadi nokturnal, pemangsa mereka tidak
dapat mengatakan bahwa mereka memiliki pola warna-warna cerah (Kricher 1997).
B. Tujuan

Tujuan praktikum acara Konsep Spesiasi Alopatrik adalah sebagai berikut:

1. Memahami konsep spesiasi.
2. Memahami konsep spesiasi pada ikan.
3. Menggunakan software aplikasi komputer yang mendukung penelitian tentang
konsep terjadinya spesiasi.
 II. TINJAUAN PUSTAKA

Menurut Mallet (2001), spesies dalam konsepnya didefinisikan sebagai spesies

adalah kelompok perkembangbiakan alami suatu populasi yang terisolasi secara
reproduksinya dari kelompok lainnya. Spesies merupakan perkembangbiakan komunitas
sejenis yang setiap individu mempunyai total variasi genetik yang tidak cocok dengan
komunitas lain ketika bereproduksi. Spesiasi menurut Muzayyinah (2012) adalah proses
kreatif yang mengarah pada penciptaan keanekaragaman jenis. Jenis baru yang terbentuk
mampu mengadakan pertukaran gen atau melakukan perkawinan secara alami
(interbreeding) untuk menghasilkan keturunan yang fertil. Spesiasi merupakan proses
pembentukan spesies baru. Ada beberapa pendapat mengenai proses spesiasi. Ada
pendapat yang menyatakan bahwa proses spesiasi hanya terjadi pada masa lampau dan
tidak terjadi lagi pada masa kini, sedangkan pendapat lain menyatakan bahwa spesiasi
masih berlangsung hingga kini. Spesiasi menurut Helmi (2017) adalah pembentukan
spesies baru.
Spesiasi atau terbentuknya spesies baru dapat diakibatkan oleh adanya isolasi
geografi, isolasi reproduksi, dan perubahan genetika (Campbell et al., 2009). Adapun
faktor yang dapat mempengaruhi proses spesiasi ini antara lain :
1. Isolasi Geografi
Proses-proses geologis dapat memisahkan suatu populasi menjadi dua atau lebih
terisolasi. Suatu daerah pegunungan bisa muncul dan secara perlahan-lahan
memisahkan populasi organisme yang hanya dapat menempati dataran rendah. Suatu
glasier yang yang bergeser secara perlahan-lahan bisa membagi suatu populasi atau
suatu danau besar bisa surut sampai terbentuk beberapa danau yang lebih kecil dengan
populasi yang sekarang menjadi terisolasi (Campbell et al., 2009). Jika populasi yang
semula kontinyu dipisahkan oleh geografis, maka akan terbentuk hambatan bagi
penyebaran spesies, maka populasi yang demikian tidak akan lagi bertukar susunan
gennya, dan evolusinya berlangsung secara sendiri-sendiri. Seiring dengan berjalannya
waktu, kedua populasi tersebut akan semakin berbeda sebab masing-masing menjalani
evolusi dengan caranya masing-masing (Widodo, 2003).
2. Isolasi Reproduksi
Awalnya, isolasi reproduksi muncul sebagai akibat adanya faktor geografis yang
sebenarnya populasi tersebut memiliki potensi untuk melakukan interbreeding dan
masih dapat dikatakan sebagai satu spesies. Kemudian kedua populasi tersebut menjadi
begitu berbeda secara genetis, sehingga gene flow yang efektif tidak akan berlangsung
lagi jika keduanya bercampur kembali. Jika titik pemisahan tersebut dapat tercapai,
maka kedua populasi telah menjadi dua spesies yang terpisah. Spesies biologi
didefinisikan berdasarkan kompatibilitas reproduksinya, maka terbentuknya spesies
baru terpusat pada isolasi reproduktif (keberadaan factor biologi/barier yang
menghalangi anggota dari dua spesies dalam menghasilkan keturunan yang fertile).
Barier yang ada akan memblokir aliran gen diantara spesies dan membatasi
 terbentuknya hybrid (anak yang dihasilkan dari perkawinan antar spesies)
(Widodo,2003).
3. Isolasi sebelum perkawinan
Isolasi sebelum perkawinan menghalangi perkawinan antara spesies atau
merintangi pembuahan telur jika anggota-anggota spesies yang berbeda berusaha untuk
saling mengawini (Endler, 1977).
Widodo (2003) mengemukakan bahwa spesiasi pada tingkat populasi terdiri dari
beberapa model yaitu spesiasi alopatrik, spesiasi parapatrik (semigeografi), dan spesiasi
simpatrik.
1. Spesiasi Alopatrik (Allopatric Speciation)
Terjadinya spesiasi alopatrik banyak dibuktikan melalui studi variasi geografi.
Spesies yang beranekaragam secara geografis dari seluruh karakter dapat menghalangi
pertukaran gen antara spesies simpatrik. Populasi yang terpisah secara geografis dapat
terisolasi oleh kemandulan atau perbedaan perilaku dibandingkan dengan populasi
yang berdekatan. Populasi yang terisolasi mungkin tidak dapat melakukan
interbreeding jika mereka bertemu, karena bentuknya sangat menyimpang (divergent)
dan kemudian masuk ke dalam simpatrik tetapi tidak terjadi interbreeding. Spesiasi
alopatrik merupakan mekanisme isolasi yang terjadi secara gradual. Contoh bukti
perbedaan alopatrik misalnya hewan air tawar menunjukkan keanekaragaman yang
besar di daerah pegunungan yang banyak terisolasi dengan sistem sungai. Suatu pulau
suatu spesies adalah homogen di atas rentang kontinen yang berbeda dalam hal
penampilan, ekologi dan perilaku. Contoh spesiasi alopatrik lainnya adalah
pembentukan spesies burung finch di Kepulauan Galapagos yang dikemukakan oleh
Darwin. Menurut Darwin burung finch berasal dari satu nenek moyang burung yang
sama (Campbell et al., 2009).
2. Spesiasi parapatrik/ Semi geografik
Spesiasi parapatrik merupakan spesiasi yang terjadi karena adanya variasi
frekuensi kawin dalam suatu populasi yang menempati wilayah yang sama, pada model
ini, spesies induk tinggal di habitat yang kontinu tanpa ada isolasi geografi. Spesies
baru terbentuk dari populasi yang berdekatan. Suatu populasi yang berada di dalam
wilayah tertentu harus berusaha untuk beradaptasi dengan baik untuk menjamin
kelangsungan hidupnya, dan usaha itu dimulai dengan memperluas daerah ke daerah
lain yang masih berdekatan dengan daerah asalnya. (Campbell et al., 2009). Apabila di
area yang baru ini terjadi seleksi, maka perubahan gen akan terakumulasi dan dua
populasi akan berubah menjadi teradaptasikan dengan lingkungan barunya. Jika
kemudian mereka berubah menjadi spesies lain (spesies yang berbeda), maka
perbatasan ini akan diakui sebagai zona hibrid, dengan demikian, dua populasi tersebut
akan terpisah, namun secara geografis letaknya berdekatan sepanjang gradient
lingkungan (Rahardi et al., 2012).
3. Spesiasi Simpatrik
Menurut Campbell et al., (2009), dalam spesiasi simpatrik, spesies baru muncul
di dalam lingkungan hidup populasi tetua; isolasi genetik berkembang dengan berbagai
cara, tanpa adanya isolasi geografis. Model spesiasi simpatrik meliputi spesiasi gradual
dan spontan. Sebagian besar model spesiasi simpatrik masih dalam kontroversi, kecuali
pada model spesiasi spontan dan spesiasi poliploidi yang terjadi pada tumbuhan. Hugo
de Vries menyatakan bahwa spesiasi simpatrik dengan autopoliploidi yang terjadi pada
tumbuhan bunga primrose (Oenothera lamarckiana) yang merupakan suatu spesies
diploid dengan 14 kromosom. Di mana suatu saat muncul varian baru yang tidak
biasanya diantara tumbuhan itu dan bersifat tetraploid dengan 28 kromosom.
Selanjutnya bahwa tumbuhan itu tidak mampu kawin dengan bunga mawar diploid,
spesies baru itu kemudian dinamai Oenothera gigas. Mekanisme lain spesiasi adalah
alopoliploid yaitu kontribusi dua spesies yang berbeda terhadap suatu hibrid poliploid.
Misalnya rumput Spartina anglica yang berasal dari hibridisasi Spartina maritima
dengan Spartina alternaflora. Spesiasi simpatrik pada hewan contohnya serangga
Rhagoletis sp. (Kottelat et al., 1993).
MEGA (molecular evolutionary genetics analysis) merupakan software yang
digunakan untuk menganalisis perbandingan statistik dengan berbasis data sekuens
molekul berdasarkan prinsip evolusi. MEGA digunakan oleh para ahli biologi di
sejumlah besar laboratorium untuk merekonstruksi sejarah evolusi spesies dan
menyimpulkan tingkat dan sifat selektif yang membentuk evolusi gen dan spesies.
MEGA digunakan dalam banyak ruang kelas sebagai alat untuk mengajarkan metode
yang digunakan dalam bioinformatika evolusi, salah satu fitur kunci MEGA adalah
antar muka pengguna grafis yang memfasilitasi visualisasi rinci dan eksplorasi
interaktif urutan data, pohon filogenetik dan hasil analisis. Waktu kebutuhan pengguna
MEGA telah berkembang karena meningkatnya ketersedian multi-gen dan data skala
genom (Kumar et al., 2012). MEGA7 tidak mensyaratkan bahwa batasan kalibrasi
tersedia dan tidak menggunakan jam molekuler. Jika nocalibrations digunakan,
MEGA7 akan menghasilkan waktu diver-gence relatif untuk node, yang berguna untuk
menentukan urutan dan jarak peristiwa divergensi dalam spesies dan pohon keluarga
gen (Kumar et al, 2016).
NTSYS dapat digunakan untuk menemukan pola dan struktur dalam data
multivarian. Sebagai contoh, orang mungkin ingin menemukan bahwa sampel titik data
menunjukkan bahwa sampel mungkin berasal dari dua atau lebih populasi yang
berbeda atau untuk memperkirakan pohon filogenetik menggunakan metode tetangga-
bergabung atau UPGMA untuk membangun dendrogram. Yang sama menariknya
adalah penemuan bahwa variasi dalam beberapa himpunan bagian dari variabel sangat
saling berkorelasi (terkelompok). Program ini berasal sebagai NTSYS pada 1960-an
tetapi selama bertahun-tahun telah sepenuhnya dirancang ulang dan sangat diperluas
untuk digunakan pada PC. Input dapat berupa informasi deskriptif tentang koleksi
objek atau kesamaan yang diukur secara langsung atau perbedaan antara semua
pasangan objek. NTSYS dapat mengubah data, memperkirakan perbedaan / kesamaan
di antara objek, dan menyiapkan ringkasan hubungan menggunakan analisis cluster,
penahbisan, dan analisis berbagai faktor. Banyak hasil dapat ditampilkan baik secara
numerik dan grafis. Perangkat lunak ini dirancang untuk ruang kelas dan penelitian
(Bustaman & Mahrup, 2003).
 III. MATERI DAN METODE

A. Materi

Alat yang digunakan dalam praktikum Konsep Spesiasi Alopatrik yaitu

jangka sorong, sterofoam, kertas milimeter, jarum pentul, pinset, baki preparat,
kamera, dan perangkat lunak untuk analisis data (MEGA7 dan NTSYS).
Bahan yang digunakan yaitu ikan baceman dari berberapa tempat.
B. Metode

Metode yang dilakukan dalam praktikum kali ini adalah sebagai berikut:
1. Praktikan diberi beberapa data karakter dari beberapa spesies
2. Data karakter antar spesies dibandingkan. Perbedaan dan persamaan karakter
dhitung.
3. Dibuat pohon filogenetik dari jumlah perbedaan morfologi preparat yang sudah
dihitung sebelumnya.
4. Hubugan kekerabatan antar preparat dianalisis lebih lanjut menggunakan software.
5. Hasil yang diperoleh dimasukkan ke dalam laporan praktikum.
 DAFTAR REFERENSI

Alamsyah., 1974. Ichthyology Sistematika. Bogor: Fakultas Perikanan Departemen

Perikanan IPB.
Beehler, B. M., 2007. Papuan Terrestrial Biogegrafhy, With Special Reference To Birds
In: The Ecology Of Papua Part One. Singapore: Periplus Edition (HK).
Bernardi, G., 2013. Speciation in Fishes. Molecular Ecology, 22, pp. 5487–5502.
Bustaman, M. & Mahrup. 2003. Panduan Pengoperasian Program Numerical Taxonomy
System (NTSYS) Versi 1.8 dan Winboot untuk Analisis Klaster. Bogor: Balai
Penelitian Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian.
Campbell, N. A., Mitchell, L. G., Reece, J. B., Taylor, M. R., Simon, E. J., 2009. Biology
6th ed. England: Benjamin Cummings Publishing Company, Inc.
Dharmayanti, I., 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme
Berdasarkan Sejarah Evolusi. Wartazoa, 21(1), pp. 25-30.
Djuhanda, T., 1981. Anatomi dari Lima Species Hewan Vertebrata. Bandung: Armico.
Endler, J. A., 1977. Geographic, Variation, Speciation and Clines. New Jersey: Princeton
University.
Helmi. 2017. Evolusi Antar Spesies (Leluhur Sama dalam Perspektif Para Penentang.
Titian Ilmu: Jurnal Ilmiah Multi Sciences, 9(3), pp. 83-93.
Kang, L., Garner, PricE, H. R. & Michalak, P., 2017. A Test for Gene Flow among
Sympatric and Allopatric Hawaiian Picture-Winged Drosophila. J Mol Evol, 2(3),
pp. 1-8.
Kottelat, M., J. A. Whitten, N. S. Kartikasari, & S. Wirjoatmodjo., 1993. Freshwater.
London: Academic Press.

Kricher, John. 1997. A Neotropical Companion. New Jersey: Princeton University.

Kumar, S., Stecher, G., Peterson, D. & Tamura, K., 2012. MEGA-CC: Computing Core
of Molecular Evolutionary Genetics Analysis Program for Automated and
Iterative Data Analysis. Bioinformatics Application Note, 28(20), pp. 2685–2686.
Kumar, S., Stecher, G. and Tamura, K., 2016. MEGA7: molecular evolutionary genetics
analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular biology and evolution, 33(7),
pp. 1870-1874.
Mallet, J. 2001. Species, Concept of. Encyclopedia of Biodiversity. London: Academic
Press.

Marie, C., Kerth, C., & Castillo, C., 2012. What do We Know About Speciation?. Europe
PMC, 23(10), pp. 100-108.
Muzayyinah., 2012. Jejak Evolusi dan Spesiasi Marga Indigofera. Bioedukasi. 5(2), pp.
1-12.
Odum, E. P., 1993. Dasar-dasar Ekologi. Yogyakarta: UGM press
Prohl, H. & Hodl, W., 1999. Parental Investment, Potential Reproductive Rates, and
Mating System in The Strawberry Dart-Poison Frog, Dendrobates pumilio. Bhav
Ecol Sociobiol, 46, pp. 215-220.
Rahardi, B., Estri, L. A. & Wayan, F. M., 2012. Constructing Phenetic and Relationship
Using Clad’97. Journal Tropical Life Science, 1(2), pp. 15-20.

Starr, C. & Taggart, R., 1984. Biology the Unity and Diversity of Life.California:
Wadsworth Publishing company.

Stearns, S. C., Rolf, F. & Hoekstra., 2003. Evolution an Introduction. USA: Oxford
University Press.
Wallace, A. 1992. Biology The World of Life. USA: Harper Collins Publisher Inc.

Widodo, I., 2003. Evolusi. Malang: UM Press.

Zoller, S., Boskova, V., & Anisimova, M., 2105. Maximum-Likelihood Tree Estimation
Using Codon Substitution Models with Multiple Partitions. Oxford Journal,
32(28), pp. 1-9.