Dendrobates pumilio Allopatric MEGA 7 Walkthrough

1. Buka ClustalW, pilih File > Load Sequence. Pilih file sekuens yang telah diberi asisten (*txt).

2. Tampilan yang akan muncul adalah sbb. Pilih Alignment > Output Format Options.
3. Pada window yang muncul, isikan detail sbb.

4. Pilih Alignment > Alignment Parameters > Multiple Alignment Parameters

5. Akan muncul window, isikan sbb. Lalu klik OK

6. Pilih Alignment > Do Complete Alignment

7. Akan muncul window sbb. Klik OK

8. Tampilan akan berubah menjadi sbb. Minimize window ClustalW, kemudian buka MEGA7.

9. Pada MEGA7, pilih Align > Edit/Built Alignment. Lalu muncul window Select an Option :
Retrieve a sequence from a file > OK.

10. Pilih file yang tadi disimpan dari ClustalW dengan ekstensi *FASTA
11. Tampilan akan muncul sbb.

12. Pilih Data > Export Alignment > MEGA Format. Beri nama file dan simpan dalam folder yang
mudah dicari. Lakukan langkah yang sama, tapi pilih FASTA format. INGAT, sampai pada
langkah ini, kita belum melakukan alignment. Yang disimpan adalah data asli sebelum alignment.
13. Lakukan alignment. Pada baris nukleotida terdepan, cari tanda bintang diatas sekuens. Bagian
kiri dari bintang di blok lalu DELETE. Lakukan hal yang sama pada bagian belakang sekuens.

14. Berikut adalah hasil alignment.

15. Pilih alignment > Align by ClustalW

16. Akan muncul window sbb. Klik OK

17. Pilih Data > Export Alignment > MEGA Format. Saat ini kita sedang menyimpan hasil
alignment, oleh karena itu, beri nama berbeda, atau nama yang mengindikasikan hasil alignment.
Simpan dalam MEGA dan FASTA Format.

18. Pilih File > Open A File/Session. Pilih file yang tadi sudah di align.
19. Akan muncul tampilan sbb. Klik TA.

20. Pilih Phylogeny > Construct/Test Maximum Likelihood Tree. Akan muncul kotak pertanyaan
“Would you like to use the currently active data?” Klik YES.
21. Akan muncul kotak sbb. Bootstrap dapat diatur sesuai kapasitas laptop masing2. Bootstrap
adalah banyaknya percobaan pembuatan pohon filogeni. Semakin tinggi bootstrap maka tingkat
akurasi juga makin tinggi. Demi keamanan laptop, bootstrap 500 sudah cukup akurat, karena data
kali ini hanya sekitar 500 bps.

22. Akan muncul window loading sbb.

23. Berikut adalah pohon filogeni.