VII.

Pembahasan

Pada percobaan isolasi DNA kali ini kelompok kita menggunakan sayuran dan
buah-buahan yaitu kacang polong dan kol/kubis. Pada percobaan ini pertama-tama kita
menambahkan garam sebelum diblender dan sabun cair setelah diblender yang bertujuan
untuk melisis dinding sel dan organel sel lain dan dapat mengemulsi lipid. Kemudian
digunakan juga proteinase yang berfungsi untuk memecah ikatan protein yang terdapat
pada sel-sel sayuran tersebut setelah dinding selnya dilisis. Dengan penggunaan alkohol
98% teknis dingin (-20 0C ) DNA dapat digumpalkan dan dipisahkan dari sitoplasma,
awan DNA yang terbentuk sangat sedikit sekali sehingga dari percobaan diatas kuantitas
DNA yang diperoleh sedikit sekali dari 3 tabung yang dapat digunakan DNA hanya 1
tabung, hal ini disebabkan jenis sayuran yang digunakan. Setelah gumpalan DNA
diambil, ditambahkan larutan NaCl untuk melarutkan DNA. Pada analisis DNA I
penggunaan asetokarmin bertujuan untuk mewarnai DNA dan spesifik sekali untuk
menyerap DNA. Dari 2 bagian kertas diperoleh untuk bagian a yang diberi tanda dengan
NaCl, apusan DNA kurang jelas terlihat (benang-benang DNA tidak jelas) sedangkan
pada bagian B yang ditetesi asetokarmin benang-benang DNA jelas terlihat bentuk
double strainnya. Bagian B ini ditetesi oleh larutan DNA yang diperoleh dari praktikum
tadi sehingga warna merah pekat beserta untaian benang tersebut merupakan benang-
benang DNA, sedangkan bagian A yang hanya ditetesi oleh NaCl menghasilkan warna
merah pudar dan tidak terlihat gumpalan benang-benang DNA, telah jelas bahwa NaCl
tidak mengandung benang-benang DNA dan dapat dilihat perbedaannya dengan bagian
B.
Hasil diperoleh bahwa pada kertas bagian B yang ditetesi larutan DNA yang
berasal dari kacang polong warnanya lebih pekat dan gumpalan benang-benangnya lebih
banyak dari pada bagian B yang ditetesi oleh larutan DNA dari kubis/kol. Hasil ini
disebabkan kertas bagian B yang ditetesi DNA dari kacang polong memiliki konsentrasi
DNA lebih banyak dari pada kubis sehingga dapat dinyatakan bahwa konsentrasi DNA
kacang polong lebih banyak/pekat dari pada konsentrasi DNA kol/kubis.
Prinsip dari elektroforesis (analisis DNA 2) adalah pemisahan suatu molekul atau
bahan berdasarkan perbedaan muatan, besar molekul, berat molekul, panjang molekul
dan bentuk molekul. Untuk materi genetik digunakan gel Agarose 100 % yang memiliki
lubang penyaring dengan ukuran yang berbeda-beda pula.
Dari hasil percobaan dengan menggunakan sistem ini DNA dapat dipisahkan dari
protein pengikatnya. Setelah mengalami serangkaian perlakuan isolasi DNA maka
didapatlah sampel yang berupa endapan yang telah terpisah dari protein dan metabolit
yang lain. Dengan pemberian loading dye pada sampel maka akan terwarnai dengan baik.
Prinsip Loading dye yaitu pewarna masuk melalui sela-sela DNA dan mewarnainya.
Sedangkan untuk melihat smear DNA harus dilihat dibawah sinar UV.
Senyawa yang digunakan dalam percobaan ini adalah:
• Sodium Dodecyl Sulphate (SDS) yang berfungsi untuk memutuskan ikatan Sulfur
yang terdapat pada protein tumbuhan.
• Larutan sabun merusak membran sel dan membran nukleous supaya mengeluarkan
DNA dari sel serta merusak DNA ase (enzim yang meruksak DNA)
• Larutan NaCl memutuskan gabungan antara DNA dan protein dan DNA bisa
dilarutkan.
• Potasium asetat yang berfungsi untuk mengikat SDS dan mengendapkannya.
• Etanol yang berfungsi untuk mengendapkan DNA yang proses kerjanya dibantu
dengan suhu dingin.
• Kloroform yang berfungsi untuk melarutkan metabolit yang tidak larut di dalam air.
• EDTA yang berfungsi untuk menghelat kofaktor yang terdapat dalam enzim sehingga
enzim tersebut menjadi tidak aktif.
• TE yang berfungsi sebagai stabilisator DNA karena mempunyai pH 8 dimana DNA
stabil dalam pH tersebut.
• Loading Dye adalah campuran pemberat dan pewarna yang berfungsi agar sampel
DNA yang dimasukkan ke dalam sumur lempeng agar tidak keluar dan DNA
terwarnai.
• Etidium Bromida yang digunakan sebagai pewarna DNA ( bersifat karsinogenik ).
 VIII. Kesimpulan

• Isolasi DNA menggunakan sayuran dan buah-buahan yang telah diblender, yaitu kol
dan kacang polong.
• Didapatkan hasil bahwa konsentrasi DNA kacang polong lebih banyak/pekat dari
pada konsentrasi DNA kol, terlihat pada pewarnaan oleh asetocarmin warna tetesan
DNA kacang polong lebih pekat dan gumpalan benang-benangnya lebih banyak dari
pada kol.
• Kertas yang ditetesi oleh NaCl pada pewarnaan oleh asetokarmin terlihat warnanya
lebih puar dan tidak terbentuk gumpalan benang-benang, dapat disimpulkan bahwa
larutan NaCl tidak mengandung DNA. Hasil ini dapat dibandingkan dengan bagian
kertas lain yang ditetesi oleh DNA yaitu warnanya lebih jelas dan terlihat gumpalan
benang-benang.
• Penggunaan asetokarmin bertujuan untuk mewarnai DNA sehingga strukur double
strain dari DNA dapat teramati.
• DNA dan RNA dapat terpisahkan dengan cara elektroforesis dimana pemisahan
terjadi karena adanya perbedaan berat molekul dan muatan.sehingga dapat dilihat dari
gambar hasil elekroforesis dimana DNA memiliki berat molekul lebih berat daripada
RNA, sehingga DNA bergerak lambat dalam elektroforesis dibandingkan dengan
RNA.
• Metode isolasi DNA ini harus dilakukan secara hati-hati, Aseptik dan penuh
ketelitian, karena jika hal itu tidak dilakukan maka akan mempengaruhi hasil dari
isolasi tersebut.
Daftar Pustaka

Adams, R. P., Zhong, M. and Fei, Y. 1999. Preservation of DNA in plant specimens:
inactivation and re-activation of DNAases in field specimens. Molecular Ecology.
8: 681-684.
Dixit, A. 1998. A Simple and Rafid Procedure for Isolation of Amaranthus DNA Suitable
for Fingerprinting Analysis. Pl.mol.Biol.Rep 16: 1-8.
Koesmadji, W., dkk. 2001. Petunjuk Praktikum Genetika. Jurusan Pendidikan Biologi
FPMIPA UPI, Bandung.