STFM Journal of Medicinal Chemistry Vol. 2, No.

2, Desember 2019

PENENTUAN AKTIVITAS SENYAWA TURUNAN MANGIFERIN SEBAGAI

ANTIDIABETES PADA DIABETES MELLITUS TIPE 2 SECARA IN SILICO
DETERMINATION OF MANGIFERIN DERIVED COMPOUNDS AS ANTIDIABETIC
FOR TYPE 2 DIABETES MELLITUS WITH IN SILICO

Sista Awaliah Salsabila1, Arifin Eko Bramono2, Rosmiati3, Lely Yuliasari4

Department of Pharmacy, Faculty of Pharmacy Muhammadiyah
Pharmacy High School in Tangerang
Jl. KH. Syekh Nawawi KM. 4 No.13 Matagara,Tigaraksa,Tangerang, Banten (15720), Telp.
021-29867307

* Corresponding author, tel/fax : 081314201528, email: rosmiatim10@gmail.com

Pendahuluan : Target molekular yang banyak diteliti saat ini sebagai antidiabetes pada diabetes
mellitus tipe 2 dalam menstimulasi translokasi GLUT4 ke membran sel adalah PTP 1B (Protein
Tyrosine Phosphatase-1b). PTP1B merupakan regulator negatif pada sinyal insulin yang dapat
mendefosforilasi insulin reseptor dan berakibat pada resistensi insulin sehingga harus dilakukan
penghambatan terhadap aktifitasnya. Tujuan : Mangiferin mempunyai efek antidiabetes tipe 2 sehingga
dilakukan penambatan molekul pada 1 senyawa mangiferin terhadap PTP-1B. Metode : Penambatan
Molekular merupakan metode komputasi yang bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan
dengan protein yang menjadi targetnya pada uji in-vitro. Penambatan molekul senyawa mangiferin
dengan PTP-1B menghasilkan nilai score docking dan konstanta inhibitor. Software yang digunakan
pada penambatan molekul yaitu chem draw ultra 8.0 chem draw 3D, hyperchem 8.0.3, open babel 2.2.3,
autodock 4.2.6, AutodockTools-1.5.6, command prompt, notepad dan toxtree v2.6.6. Hasil : Hasil
penambatan molekul dari senyawa mangiferin menunjukkan bahwa senyawa mangiferin memiliki
afinitas pengikatan dan konstanta penghambatan sebesar 0,95 Kkal/mol. Kesimpulan : Nilai afinitas
yang rendah membuktikan bahwa senyawa mangiferin dapat berikatan dengan sisi aktif PTP-1B dan
menghambat aktivitasnya walaupun ikatan yang dihasilkan kurang stabil sehingga perlu dilakukan
sintesis turunan mangiferin yang dapat menambah kestabilan pengikatan dan penghambatan terhadap
PTP-1B. Pada senyawa mangiferin terjadi interaksi melalui ikatan hidrogen dengan residu asam amino
dari PTP-1B yaitu LYS120, ASP181, PHE182, GLY220, GLN262, dan ALA217. Residu asam amino
tersebut merupakan daerah katalitik pada protein PTP-1B.
Kata kunci : Senyawa mangiferin, DM Tipe 2, PTP-1B, Penambatan molekul

1
STFM Journal of Medicinal Chemistry Vol. 2, No. 2, Desember 2019
PENDAHULUAN
Diabetes mellitus adalah salah satu penyakit
kronis yang sangat umum di seluruh dunia dan
jumlah pasien diabetes terus meningkat. Perkiraan
Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) bahwa
sekitar 200 juta orang di seluruh dunia menderita
diabetes dan ini kemungkinan akan berlipat ganda
pada tahun 2030. WHO mengatakan bahwa
sekitar 80% kematian terjadi setiap tahun karena
diabetes di negara berpenghasilan menengah
(Kaushik Pawan, et al. 2014). Diabetes Mellitus
tipe 2 merupakan tipe diabetes mellitus yang
paling umum terjadi terutama di negara- negara
berkembang. Lebih dari 387 juta orang menderita
diabetes tipe 2 di seluruh dunia pada tahun 2014.
Gaya hidup santai, gaya hidup kebarat-baratan,
stres, kecemasan, depresi, merokok dan konsumsi
alkohol merupakan faktor risiko terjadinya
penyakit DM tipe 2.
Manajemen DM tipe 2 terutama berfokus
pada penurunan darah glukosa melalui beragam
mekanisme termasuk insulin sekresi, penyerapan
glukosa, regulasi atau penghambatan jalur
biokimia yang terlibat dalam metabolism
karbohidrat dan lipid. Penggunaan Agen
Hipoglikemik Oral (OHA) kebanyakan
direkomendasikan untuk terapi anti-diabetes tipe
2 antara lain sulfonilurea (misalnya, tolbutamida,
glibenklamid, acetoheksamida) dan biguanida
(fenformin dan metformin) digunakan secara luas
diikuti oleh thiazolidinediones (juga dikenal
sebagai glitazones, misalnya Rosiglitazone,
Pioglitazone) dan penghambat alfa glucosidase
(acarbose, miglitol, voglibose) (De Baishakhi, et
al. 2015). Kulit buah manggis secara empiris telah
digunakan oleh masyarakat suku Tengger
Kabupaten Probolinggo untuk mengobati diabetes
mellitus (Trisna, Mega. 2011). Senyawa xanton
banyak terdapat pada kulit buah manggis yaitu
sekitar 25 jenis turunan xanton yang berhasil di
identifikasi. Senyawa xanton merupakan senyawa
polifenik yang dihasilkan oleh metabolit
sekunder. Berbagai hasil penelitian menunjukkan
bahwa senyawa xanton dalam kulit manggis
memiliki sifat sebagai antidiabetes (Wulandari, H.
Intan. 2015). Dosis ekstrak kulit buah manggis
sebesar 500 mg/kg BB lebih baik dalam
menurunkan kadar glukosa darah dan mencapai
level normal pada hewan percobaan (Giron,
Maria Dolores, dkk. 2009). Senyawa mangiferin
sebagai salah satu turunan xanton telah diteliti
memiliki sifat antidiabetes dengan meningkatkan
aktifitas GLUT 4 transporter ke permukaan
2
membran sel yang berguna membantu
pengangkutan glukosa dalam darah memasuki
sel (Tamrakar et al, 2014).
Terdapat berbagai target molekular yang
mungkin digunakan sebagai antidiabetes tipe 2
dalam menstimulasi translokasi GLUT4 ke
membran sel. Salah satu target molekular yang
banyak diteliti saat ini adalah PTP 1B (Protein
Tyrosine Phosphatase-1B). Studi menunjukkan
bahwa protein tirosin fosfatase-1B (PTP-1B)
telah muncul sebagai terapi baru yang
menjanjikan untuk target pengobatan diabetes
tipe 2. PTP1B memainkan sebuah peran penting
dalam regulasi negatif jalur transduksi sinyal
insulin. Penghambatan terhadap PTP1B
meningkatkan tingkat fosforilasi IR dan
substratnya, mempromosikan translokasi
transporter glukosa dan pengambilan glukosa
pada sel sensitif insulin. Berdasarkan keragaman
dalam mekanisme dimana PTP1B dapat
dihambat, banyak kelas senyawa kimia sintetis
dan juga produk alami telah diidentifikasi untuk
dikembangkan sebagai agen terapeutik (Bharathi
A, et al. 2014).
Berdasarkan penelitian tersebut, peneliti
tertarik untuk melakukan uji aktivitas
antidiabetes tipe 2 senyawa hasil modifikasi dari
struktur mangiferin yang telah diketahui
memiliki aktivitas antidiabetes. Penelitian
pengujian aktifitas tersebut dilakukan secara
komputasi kimia (in silico) dengan metode
penambatan molekul pada PTP-1B. Penelitian ini
bertujuan untuk mengetahui interaksi turunan
senyawa mangiferin, aktivitas pengikatan dan
penghambatannya terhadap PTP-1B.
METODE PENELITIAN
Bahan
Struktur protein PTP-1B dengan kode PDB.id
3C183 yang diunduh dari Protein Data Bank
dengan situs http://www.rcsb.org/pdb yang
berformat pdb. Ligan uji yang digunakan yaitu
senyawa Mangiferin yang rancang dengan chem
draw ultra 8.0.3 dan chem draw 3D dan native
ligan yang digunakan yaitu OAI.
Alat
Perangkat Keras Spesifikasi komputer yang
digunakan yakni, prosesor AMD A4-9125
RADEON R3 4 COMPUTE CORES 2C + 2G
2.30 GHz, random access memory (RAM) 4GB,
Sistem operasi menggunakan Windows 10 Pro
Workstation. Perangkat lunak yang digunakan
yaitu chem draw ultra 8.0 chem draw 3D,
hyperchem 8.0.3, open babel 2.2.3, autodock
4.2.6, AutodockTools-1.5.6, command prompt,
notepad dan toxtree v2.6.6.
STFM Journal of Medicinal Chemistry Vol. 2, No. 2, Desember 2019
Metode
Metode praktikum ini menggunakan metode
molecular docking. Tujuan dari praktikum ini
adalah untuk mengetahui interaksi ikatan dan
mengetahui afnitas yang lebih baik terhadap PTP-
1B menggunakan senyawa Mangiferin dari Kulit
BuahManggis (Garcinia mangostana L) yang
dibandingkan dengan native ligan OAI.
1. Preparasi ligan
Pembuatan struktur ligan dilakukan dengan
program chem draw ultra 8.0 (gambar ligan>
simpan gambar > save > ligan.cdx). ubah gambar
2D menjadi 3D menggunakan chem draw 3D
(buka file > ligan.cdx > save dengan format *mol
> ligan.mol).
Pengubahan format file dengan mengubah
format mol dalam bentuk format *hin. Buka
software open babelGUI (pilih input format : mol
> file > ligan.mol > pilih output format : *hin >
save > ligan.hin > convert). Optimasi geometri,
buka file ligan.hin dengan program Hyperchem
(Build > Add H & model build > setup > semi
empirical > PM3 > compute > geometry
optimation) tunggu hingga selesai ( save as >
ligan opt.hin) pegubahan format file dengan
mengubah format *hin kedalam format *mol,
kemudian ubah format *mol dalam bentuk format
*pdb.
Persiapan ligan uji buka software autodock
(file > read molecule > ligan.pdb > open)
Penambahan hydrogen (edit > all hydrogen > ok).
Untuk penambahan muatan (edit > charges >
compute gasteiger). Pilih hydrogen non polar
(edit > merge non polar > continue > save >
ligan.pdbq). Klik ligan (input > choose > nama
ligan > select). Klik ligan (torsion tree > detect
root > choose torsion > ligan > torsion tree > set
number of torsion > fewest atom > ligan > save >
ligan.pdbqt).
2. Validasi reseptor
Untuk persiapan reseptor dilakukan
pengunduhan makromolekul PTP-1B dari
http://www.rcsb.org/pdb. Makromolekul yang
dipilih adalah PTP-1B dengan kode PDB.id
3C183. Makromolekul protein dipisahkan dari
pelarut dan ligan atau residu lainnya. Pemisahan
makromolekul dari molekul yang tidak diperlukan
dilakukan dengan menggunakan AutodockTools-
1.5.6 (edit > delete > residu). Penghilangan
molekul air (edit > delete > water). Dan
penambahan hydrogen (edit > hydrogen > polar
only). Untuk memberikan muatan (edit > charges >
add kollman charges > save > reseptor.pdbq).
Kembali ke autodock window ( grid >
makromolekul > choose > save > reseptor.pdbqt).
3
Untuk persiapan ligan dilakukan dengan
AutodockTools-1.5.6. untuk penghilangan molekul
air sama seperti persiapan reseptor. Pilih ligan ko-
kristal dengan klik bagian rantai tersebut (Esti >
select > invert selection > edit delete > delete
selected atom). Penambahan hydrogen (edit > all
hydrogen > ok). Untuk penambahan muatan (edit >
charges > compute gasteiger). Pilih hydrogen non
polar (edit > merge non polar > continue > save >
ligan.pdbq). Klik ligan (input > choose > nama
ligan > select). Klik ligan (torsion tree > detect root
> choose torsion > ligan > torsion tree > set
number of torsion > fewest atom > ligan > save >
ligan.pdbqt).
Pembuatan file parameter grid dan docking
dilakukan dengan buka AutodockTools-1.5.6 lalu
klik (file > molekul > reseptor.pdbqt > file >
molekul > ligan.pdbqt). selanjutnya klik (grid >
makromolekul > choose > select > grid > set map
types > choose > ligan > select accept). Klik (grid
> grid box > parameter grid : tentukan ukuran grid
sama dengan ukuran ligan > grid > save >
dock.gpf). klik (docking > makromolekul > set
rigid > file name : open reseptor.pdbqt > docking >
ligan > choose > select accept > klik docking >
search parameter > genetic algorithm > docking >
docking parameter accept > docking > output >
Lamarckian genetic algorithm > save > dock.dpf).
Proses docking, dengan buka command prompt,
dalam satu file terdapat 6 file yaitu :
reseptor.pdbqt, ligan pdbqt, dock.gpf, dock.dpf,
autogrid4, autodock4 kedalam folder tersebut.
Buka command prompt dengan menekan shift dan
klik kanan secara bersamaan pada folder tersebut.
(autogrid4 > -p > dock.gpf > I > dock.glg > & >
enter), tunggu hingga muncul perintah mengetik
kembali ( autodock4 > dock.dpf > -I > dock glg >
& > enter). Tunggu hingga selesai.
Analisa hasil dilakukan degan membuka folder
pilih file dock.gpf buka dengan program command
prompt, cari nilai RMSD (ctrl+f > RMSD T). cari
nilai RMSD dan Free binding energy, masukan
nilai hasil docking dalam table.
3. Docking ligan uji terhadap reseptor
Pengaturan gridbox parameter yang dilakukan
menggunakan AutodockTools-1.5.6. kemudian
dimensi ditentukan berdasarkan ukuran masing-
masing ligand dan koordinat gridbox ditentukan
berdasarkan koordinat ligan ko-kristal dari file
reseptor yang digunakan. Parameter yang
digunakan yaitu genetic algorithm.
4. Analisa dan visualisasi hasil
Analisa hasil dilakukan dengan membuka
folder, pilih file dock.gpf buka dengan program
notepad, kemudian cari nilai RMSD dengan
STFM Journal of Medicinal Chemistry Vol. 2, No. 2, Desember 2019
menekan ctrl+F, ketik RMDS T. Lalu catat RMSD,
Free Binding Energy dan nilai Ki
Visualisasi hasil dilakukan dengan membuka
program AutoDockTools-1.5.6. Klik file, read
molecule, cari file Reseptor.pdbqt. Analyze,
Macromolecule, Choose, pilih Reseptor.pdbqt.
Analyze, Docking, Open, pilih Dock.dlg. Analyze,
Confirmation, Play.Analyze, Macromolecule,
Choose, Reseptor. Analyze, Docking, Show
Interaction. Klik Update display, Display spheres
as (Wireframe), On atoms in (Hydrogen Bonds),
Display labels on residues. Jika logam atom klik
Display pi-cation interaction. Akan terlihat gambar
senyawa didalam pocket. Untuk melihat energy
dan jarak hydrogen: Klik Hydrogen bonds,
Display, As lines, lalu klik Show all, Show
distance, Show energy. Lalu zoom, dilihat
interaksinya, ikatan hydrogen yang terbentuk
dengan residu asam aminonya apa saja. Catat
setiap residu asam amino yang terlihat. Buat table
perbandingan hasil docking antara Gigantetrocin
dan Celecoxib.
5. Prediksi toksisitas senyawa dengan toxtree
Prediksi toksisitas senyawa dilakukan dengan
membuka program Toxtree. Klik file, open dan
pilih senyawa dalam bentuk .mol yang akan
diprediksi toksisitasnya. Kemudian akan muncul
senyawa pada bagian Structure Diagram. Pilih
metode prediksi toksisitas dengan meng-klik
select desition tree. Akan muncul select a tree.
Pilih salah satu metode, misalkan skin
sensitisation yang artinya akan memprediksi
kepekaan kulit dari senyawa. Kemudian klik OK.
Lalu klik Estimate. Kemudian akan muncul
keterangan pada bagian vendose explanation.
Scroll kebawah bagian Toxic Hazard dan
perhatikan keterangan yang berwarna. Pada
bagian yang berwarna berisi hasil prediksi
toksisitas.
HASIL DAN PEMBAHASAN
1. Persiapan ligan
Ligan yang digunakan pada praktikum ini
adalah senyawa Mangiferin yang berasal dari
kulit buah Manggis (Garcinia mangostana L).
Penggambaran senyawa dilakukan
menggunakan program ChemDraw dengan
format.cdx, kemudian diubah menjadi 3D
menggunakan Chem 3D ultra dalam
bentuk.mol. kemudian file tersebut diubah
formatnya dalam bentuk.hin untuk selanjutnya
dioptimasi menggunakan program hyperchem
dengan metode Semi Empirik PM3, pemilihan
metode semi empirik. Tujuan dilakukannya
optimasi ini adalah untuk mendapatkan energy
molekul terendah. Setelah itu format ligan
4
diubah menjadi format.pdb agar dapat terbaca
oleh program AutodockTools-1.5.6.
Gambar 1. Senyawa mangiferin
Ligan yang sudah terbaca oleh
AutodockTools-1.5.6 kemudian ditambahkan
atom hydrogen untuk menyesuaikan kondisi
asli pada tubuh. Penambahan muatan gasteiger
dilakukan untuk menghitung kondisi ligan
dalam menyesuaikan enzim/reseptor agar
menghasilkan perhitungan yang akurat dan
pengaturan set number of torsion dengan
menggunakan AutodockTools-1.5.6.
2. Persiapan reseptor
Gambar 2. Persiapan Reseptor
Persiapan makromolekul yang digunakan
ialah reseptor PTP-1B dengan kode PDB.id :
1C83 yang diunduh dari Protein Data Bank
pada situs http://www.rcsb.org/ pemilihan
kode tersebut mengacu pada penelitian yang
dilakukan oleh Muazah Wahyu Pujiastuti dan I
Gusti Made Sanjaya, Reseptor ini berperan
dalam tubuh manusia sebagai regulator negatif
pada sinyal insulin yang dapat
mendefosforilasi insulin reseptor.
Proses persiapan reseptor dilakukan dengan
menghilangkan molekul air karena dapat
mengganggu proses penambatan dan juga
memperpanjang durasi simulasi docking.
Makromolekul tersebut kemudian dioptimasi
dengan AutodockTools-1.5.6 yang bertujuan
agar makromolekul dapat beradaptasi dengan
lingkungan komputasi.
Parameter grid box meliputi koordinat x, y,
z untuk mengatur letak parameter pada
makromolekul protein. Ukuran x, y, dan z
untuk menentukan besar kecilnya grid box
ruang penambatan ligan tersebut. Hasil
pengaturan yang diperoleh pada reseptor PTP-
1B pada gridbox 20x28x30 yaitu center x =
44,746; y = 13,645; z = 2,842.
STFM Journal of Medicinal Chemistry Vol. 2, No. 2, Desember 2019

3. Validasi reseptor Tabel 1. Validasi Reseptor

Dilakukannya validasi reseptor yaitu
membandingkan posisi ligan yang sama pada Free Ki Residu Hydrogen Length
kalkulasi x, y, dan z yang masing-masingnya Energi (pM) Bond
pada kondisi ligan yang fleksibel. Pada Binding
kondisi ligan yang fleksibel memungkinkan -10,11 39,01
penyesuaian struktur agar mendapatkan -10,2 33,6
struktur yang stabil saat berikatan dengan -10,17 35,01
reseptor. Untuk evaluasi validasi, parameter
-10,17 34,85
yang dilihat adalah RMSD (Root Mean Square
Deviation) dan pose secara visual (Moitessier -10,05 42,92
et al, 2008). RMSD merupakan pengukuran -10,18 34,63
dua pose dengan membandingkan posisi atom -10,21 32,62
antara struktur eksperimental dengan struktur -10,27 29,86
yang di docking atau yang di prediksi
-10,02 44,96 LYS120 O-N120LYS 1,856
(Hawkins et al, 2008). Nilai RMSD <2,0 Å
biasanya digunakan sebagai kesuksesan CYS215 O-N216SER 1,966
metode docking (Hevener et al., 2009). ARG221 O-N220GLY 1,97
Klasifikasi RMSD menurut Purnomo (2013), ASP181 O-N221ARG 2,074
Identical structure (RMSD = 0), Similar PHE182 O-N221ARG 1,788
structure (RMSD is small = 1-2 Å), Distant
GLY220 O-N221ARG 1,803
structure (RMSD > 3 Å).
Berdasarkan hasil validasi praktikum ini GLN262
adalah 0,343. Nilai RMSD tersebut dalam ALA217
identical structure. Nilai RMSD yang kecil ILE219
menunjukkan bahwa konformasi antara ligan TYR46
dan protein yang terbentuk stabil, sedangkan SER216
nilai RMSD yang besar menunjukkan kurang
-10,15 36,44
stabilnya kompleks yang tersebut.

4. Proses Docking dan Analisis visualisasi

Gambar 3. Perbandingan ligan ko-kristal dan
ligan copy
Afinitas pengikatan (energi ikat) merupakan
aspek penting yang harus diperhatikan pada
interaksi suatu molekul dengan makromolekul.
Energi ikat yang lebih rendah menandakan
bahwa suatu senyawa tersebut membutuhkan
energi yang sedikit untuk melakukan
pengikatan atau interaksi. Hal tersebut dapat
berarti bahwa nilai energi ikat yang lebih
rendah dapat meningkatkan potensi untuk
melakukan pengikatan dengan protein target.
Konstanta inhibitor (Ki) merupakan indikasi
seberapa kuat penghambatan substrat dan
inhibitor dalam mengikat enzim. Semakin kecil
nilai Ki maka semakin besar afinitas
pengikatan untuk menghambat aktivitas suatu
enzim.
docking
Docking merupakan metode simulasi untuk
mengetahui orientasi antara ligand dan
reseptor. Tujuan docking untuk meniru
peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan
protein yang menjadi targetnya pada uji in-
vitro. Reseptor adalah molekul protein yang
menerima sinyal kimia dari luar sel yang
mengarahkan kegiatan sel seperti membelah
atau mengizinkan molekul tertentu untuk
masuk atau keluar sel. Ligan adalah molekul
sederhana dalam senyawa komplek bertindak
sebagai donor pasang elektron.
Pengujian ligan uji mangiferin dengan native
ligan yaitu OAI dilakukan melalui proses
docking terhadap reseptor PTP-1B. Proses
docking dilakukan menggunakan gridbox yaitu
38x20x16.

5
 STFM Journal of Medicinal Chemistry Vol. 2, No. 2, Desember 2019

Gambar 4. Proses docking

Gambar 5. Visualisasi hasil
Tabel 2. Hasil docking Interaksi senyawa mangiferin dengan
reseptor PTP-1B menunjukkan residu asam
amino yang berdekatan dan sama dengan OAI
Senyawa OAI Mangiferin
antara lain : LYS120, ASP181, PHE182,
Energi -10,02 0,95 GLY220, GLN262, ALA217. Interaksi senyawa
Bebas Mangiferin dengan reseptor PTP-IB adanya
Ikatan
ikatan hydrogen yang terbentuk.
(kcal/mol)
Ki 44,96 − PTP1B merupakan enzim intraselular, yang
Residu LYS120 LYS120 diperlihatkan sebagai pengaruh penting
CYS215 − terhadap sensitivitas insulin karena enzim
ARG221 −
tersebut terlibat dalam pengaturan negatif pada
aktivasi transduksi sinyal leptin yang menjadi
ASP181 ASP181 kunci dalam pengaturan insulin maupun
PHE182 PHE182 aktivasi reseptor leptin dan mengarahkan
GLY220 GLY220 sinyal ke hilir. Inhibitor
GLN262 GLN262 PTP1B yang variasinya baru dapat
ALA217 ALA217 diidentifikasi melalui bantuan protokol
ILE219 − komputer desain obat yaitu studi HKSA dan
TYR46 − penambatan molekul. Penambatan Molekul
untuk ligan dari senyawa mangiferin dan
SER216 −
turunannya dengan protein PTP1B
− ALE219 menunjukkan molekul dengan pengikatan
− PYR46 yang tepat terkait dengan diabetes mellitus tipe
Ikatan O-N120LYS (1,856) O-NLYS120 2. Pengikatan dan penghambatan yang paling
hidrogen (1,545) baik dapat dilihat pada energi ikat dan
O-N216SER (1,966) konstanta inhibitor yang dimiliki. Oleh karena
O-N220GLY (1,97) itu, senyawa mangiferin berperan penting
O-N221ARG (2,074) dalam mengatasi resisten insulin melalui
O-N221ARG (1,788) penghambatan terhadap PTP1B.
O-N221ARG (1,803) 5. Toksisitas Prediksi

Hasil docking senyawa mangiferin dengan

PTP-1B mengahasilkan energi bebas ikatan
terendah yaitu sebesar 0,95 kcal/mol dan native
ligan sebesar -10,02. Hal ini membuktikan
bahwa native ligan OAI lebih rendah
dibandingkan dengan ligan uji (mangiferin).

Gambar 6. Uji toksisitas

Pada senyawa Mangiferin dilakukan uji

6
STFM Journal of Medicinal Chemistry Vol. 2, No. 2, Desember 2019

toksisitas menggunakan aplikasi Toxree. Pada 2. De Baishakhi, et al. 2015. “ Computational

uji ini senyawa mangiferin tidak ditemukannya pharmacokinetics and in vitro-in vivo
toksisitas karsinogenik. Namun, terdapat correlation of antidiabetic synergistic
aktivias mutagenik yaitu pada QSA59- phytocomposite blend”. World Journal Of
Ames.Xanthones.Acridones. Diabetes. Vol. 6 (11) : Hal. 1179 – 1185.
3. Trisna, Mega. 2011. Uji Aktivitas
KESIMPULAN Antidiabetes Ekstrak Etanol Kulit Buah
Manggis pada Mencit Putih Jantan dengan
Berdasarkan hasil praktikum yang telah Metode Induksi Aloksan. Skripsi tidak
dilakukan, dapat disimpulkan: diterbitkan. Jember : Universitas Jember.
1. Senyawa Mangiferin memiliki nilai skor 4. Wulandari, H. Intan. 2015. “Effectivity
docking yang lebih tinggi yaitu 0,95 kcal/mol Mangosteen Rind (Garcinia mangostana L.) to
terhadap PTP-1B. Sedangkan nilai skor decrease Blood Glucose Level”. J Majority.
docking OAI yaitu -10,02 kcal/mol. Vol. 4 No. 1.
Dyahnugra dan Widjanarko. 2015.
2. Senyawa Mangoferin secara in silico dapat “Pemberian Ekstrak Bubuk Simplisia Kulit
menghambat ptp-1b pada resistensi insulin Manggis (Garcinia mangostana L.)
walaupun afinitasnya tidak lebih baik dari Menurunkan Kadar Glukosa Darah pada Tikus
pada OAI. Penambatan Molekular adalah Putih Strain Wistar Jantan Kondisi
salah satu metode in silico (komputasi) Hiperglikemik”. Jurnal Pangan dan
khususnya bioinformatika untuk membantu Agroindustri Vol. 3 No 1 : p.113-123.
mengidentifikasi target obat, mengeksplorasi 5. Giron, Maria Dolores, dkk. 2009. “Salacia
struktur target dan situs aktif dalam Oblonga Extract Increases Glucose
menghasilkan kandidat obat baru. Teknik Transporter 4 Mediated Glucose Uptake in L6
tersebut dilakukan berdasarkan afinitas rat Myotubes : Role of Mangiferin”. Clinical
pengikatannya, dan selanjutnya Nutrition Vol. 28 : Hal. 565-574.
mengoptimalkan molekul dengan 6. Tamrakar, Akhliesh Kumar, Chandan K
memperbaiki karakteristik pengikatan. Maurya, dan Amit K Rai. 2014. “PTP1B
Kekuatan pengikatan protein dan ligan inhibitors for type 2 diabetes treatment: a
terutama didasarkan pada interaksi hidrofobik. patent”. Informa Healthcare. Vol.24 No.10 :
Interaksi protein-ligan sebanding dengan Hal. 1 – 15.
prinsip kunci dan gembok, di mana gembok 7. Bharathi A, et al. 2014. “ In Silico Molecular
tersebut mengkodekan protein dan kunci Docking and In Vitro Antidiabetic Studies of
merupakan ligan. Dihydropyrimido[4,5-a]acridin-2-amines”.
Biomed Research International. Vol. 2014 :
3. Nilai afinitas yang rendah membuktikan Hal. 1-10
bahwa senyawa mangiferin dapat berikatan
dengan sisi aktif PTP-1B dan menghambat
aktivitasnya walaupun ikatan yang dihasilkan
kurang stabil sehingga perlu dilakukan sintesis
turunan mangiferin yang dapat menambah
kestabilan pengikatan dan penghambatan
terhadap PTP-1B. Pada senyawa mangiferin
terjadi interaksi melalui ikatan hidrogen
dengan residu asam amino dari PTP-1B yaitu
LYS120, ASP181, PHE182, GLY220,
GLN262, ALA217. Residu asam amino
tersebut merupakan daerah katalitik pada
protein PTP-1B.

DAFTAR PUSTAKA

1. Kaushik Pawan, et al. 2014. “ Pharmacophore

Modeling and Molecular Docking Studies on
Pinus roxburghii as a Target for Diabetes
Mellitus” . Advances in Bioinformatics. Vol.
2014 : Hal. 1-8.
7