BIOLOGI SEL
DISUSUN OLEH :
1
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur kami panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa atas
Karunia dan Rahmat-Nya. kami dapat menyelesaikan makalah ini tepat pada
waktunya.
Makalah ini kami susun untuk memenuhi tugas mata kuliah Biologi Sel
semoga makalah dapat membantu dalam menambah pengetahuan mahasiswa
tentang sel.
Pen
yusun
2
DAFTAR ISI
3
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
4
Sebagian besar sel memiliki ukuran yang sangat kecil. Umumnya sel
berdiameter 1-100µm. Dengan ukuran yang sangat kecil tersebut, sel tidak
dapat dilihat dengan mata telanjang. Maka dapat digunakan alat bantu
yaitu mikroskop. Seiring dengan perkembangan teknologi mikroskop,
ditemukan dua tipe struktur sel, yaitu sel prokariotik dan sel eukariotik.
Eukariot merupakan kelompok yang memiliki sel dengan kompartemen
yang dikelilingi membrane termasuk nukleus, organel-organel seperti
mitokondria, kloroplas, dan lain-lain. Sedangkan prokariot merupakan
kelompok yang selnya tidak memiliki kompartemen internal.
Perbedaan utama antara sel prokariot dan sel eukariot adalah lokasi
DNA-nya, seperti yang tercermin dalam nama kedua jenis sel ini. Dalam
sel eukariot, sebagian besar DNA berada dalam organel yang disebut
nukleus, yang dibatasi oleh selaput ganda. Sedangkan dalam sel prokariot,
DNA terkonsentrasi di wilayah yang tidak diselubungi oleh membran,
yang disebut nukleoid. Interior sel prokariot disebut sitoplasma. Istilah ini
juga digunakan untuk menyebut wilayah di antara nukleus dan membran
plasma pada sel eukariot. Salah satu ciri sel eukariot yaitu nukleusnya
dibungkus oleh selaput nukleus.
B. Rumusan Masalah
C. Tujuan Penulisan
5
BAB II
PEMBAHASAN
A. Struktur Nukleus
Letak nukleus di dalam sel bervariasi, kadang agak di tepi, kadang hampir di
tengah (Campbell, 2010).
Namun demikian, pada umumnya nukleus tetap berada ditengah sel. Nukleus
tidak dapat bergerak bebas karena terperangkap di dalam jarring-jaring yang
terbuat dari filamen intermedia.
Nukleus merupakan organel yang sudah terspesialisasi dan merupakan pusat
administrasi dan pemrosesan informasi sel. Nukleus juga merupakan organel yang
paling menonjol dalam sel eukariot, sekitar 5 µm (Campbell, 2010). Nukleus
adalah organel yang sangat khusus yang berfungsi sebagai pengolahan dan pusat
6
informasi dari sel (Davidson, 2010). Tidak semua jenis sel mengandung inti.
Hanya sel-sel dari organisme yang maju, yang dikenal sebagai eukariota, memiliki
inti. Organisme bersel satu (prokariota), seperti bakteri dan cyanobacteria, tidak
memiliki inti tetapi mereka memiliki nukleotida (Davidson, 2010). Sel eukariota
melindungi DNA mereka di dalam nukleus (Starr dan Taggart, 2011).
Nukleus mengandung sebagian besar gen dalam sel eukariot (sebagian gen
terletak di mitokondria dan kloroplas) (Chambell, 2010). Nukleus berbentuk
bola atau gelendong dan dikelilingi oleh dua membran (Belk and Borden).
Nukleus merupakan selaput nukleus yang rangkap bersama-sama dengan
nukleoplasma membentuk suatu kesatuan (Starr and Taggart, 2011). Selaput
nukleus yang mengarah ke nukleoplasma dinamakan selaput bagian dalam,
sedangkan yang mengarah ke sitoplasma dinamakan selaput luar (Brain, 2014).
Pada selubung nukleus terdapat pori. Di dalam nukleus terdapat kromatin yang
terdiri dari DNA dan protein, terdapat pula nukleolus, dimana di dalam
nukleolus, ribosom diproduksi. Selain itu terdapat pula cairan kental di
dalamnya yang disebut nukleoplasma dan komposisinya adalah air, ion dan
protein. Nukleus memiliki dua fungsi utama, yakni: sebagai tempat terletaknya
material genetik, dan nukleus juga berperan penting dalam koordinasi seluruh
aktivitas sel.
7
Selaput Nukleus (Nuclear Envelope)
8
Gambar 4 : kompleks pori nukleus
(Brain, 2014)
9
Demikian pula dengan RNA dan protein-protein yang memang diperuntukkan
untuk keluar nukleus memiliki nuclear export sequences yang menandai
mereka agar dapat keluar melalui NPCs.
Proses transportasi melalui membran nukleus secara sederhana dapat
dijelaskan melalui contoh transportasi mRNA. mRNA fungsional yang telah
dibentuk dalam nukleus selanjutnya akan dibawa keluar menuju ribosom dalam
sitoplasma. Akan tetapi terlebih dahulu melalui proses splicing (pemotongan)
dalam nukleus hingga terbentuk mRNA fungsional. Transportasi ini tidak akan
berlangsung bila proses splicing belum selesai. Untuk mengangkut mRNA
fungsional menuju porus nuclearis diperlukan protein khusus yang
membawanya. Sedangkan dipihak porus nuclearis juga terdapat reseptor yang
akan mengarahkan transportasi mRNA meninggalkan nukleus. Setelah mRNA
fungsional keluar melalui porus nuklearis dalam sitoplasma, mRNA diikat oleh
protein khusus untuk mengganti protein pengikat ketika masih dalam nukleus.
Protein terakhir inilah yang akan membimbing mRNA ke arah ribosom untuk
menjalani langkah dan proses selanjutnya.
a. Nukleoplasma
10
Nukleoplasma disebut juga matriks nukleus merupakan cairan yang
umumnya ditemukan dalam sel eukariot. Cairan ini mengandung air, ion terlarut
dan campuran berbagai molekul kompleks. Komponen kimia terbanyak dari
cairan ini adalah protein. Sifat istimewa dari protein penyusun nukleoplasma ini
adalah kemampuannya untuk merentang dan mengkerut. Fungsi utamanya
adalah berperan sebagai medium suspensi dalam nukleus, dan berperan dalam
tiga kegiatan utama nukleus yang meliputi replikasi, transkripsi dan kegiatan
setelah penyalinan. Fungsi yang lainnya antara lain menjaga bentuk dan struktur,
transportasi ion, molekul dan substansi lainnya yang berperan penting dalam
metabolisme dan fungsi sel (Hed dan Osborn, 2014).
b. Kromatin
Dalam nukleus, DNA terorganisasi menjadi unit-unit diskret yang dinamakan
kromosom, struktur yang membawa informasi genetik. Setiap kromosom,
terbuat dari materi yang disebut kromatin. Kromatin merupakan kompleks yang
tersusun atas protein dan DNA. DNA membawa beberapa ratus sampai beberapa
ribu gen, yaitu unit-unit yang menspesifikasi sifat-sifat warisan suatu organisme
(Campbell, 2010).
Pada saat sel interfase, terdapat dua macam kromatin yaitu heterokromatin
dan eukromatin. Heterokromatin adalah benang kromatin yang berbentuk
gumpalan-gumpalan tidak teratur dan dapat dilihat oleh mikroskop cahaya.
Sedangkan eukromatin adalah kromatin yang tidak terpadatkan dan lebih
tersebar (Cuschieri). Karena terpadatkan, DNA heterokromatin tidak dapat
diakses oleh mekanisme sel yang bertanggung jawab untuk mengekspresikan
informasi genetik yang dikodekan dalam DNA. Sebaliknya, pengemasan
eukromamtin lebih longgar menjadikan DNA nya dapat diakses untuk
mekanisme ini, sehingga gen-gen yang terdapat dalam eukromatin dapat
diekspresikan (Campbell, 2010).
11
Nukleolus
Nukleolus adalah struktur yang
menonjol dalam inti, dan bila diamati di
bawah mikroskop electron, tampak sebagai
massa granula yang berwarna gelap dan
serat-serat yang bergabung dengan bagian
kromatin. Nukleolus merupakan struktur
menonjol dalam nukleus yang tidak
membelah (Campbell, 2010). Nukleolus Gambar 7
Electron micrograf nukleolus
merupakan sebuah struktur terikat tanpa
(Lodish,dkk 2008)
12
membran yang terdiri dari protein dan asam nukleat dalam inti sel. Lodish, dkk
juga mengemukakan bahwa nukleolus adalah sub kompartemen inti sejati yang
tidak dikelilingi oleh membran (gambar 7). Mark (2010) mengemukakan bahwa
nukleolus merupakan subdominan nukleus yang menyusun subunit ribosom
dalam sel eukariotik
Letak
Nukleolus dapat ditemukan dalam sel eukariotik, termasuk pada sel
tumbuhan dan hewan (Gambar 8). Kadang-kadang terdapat dua atau lebih
nukleolus dalam nukleus, hal ini tergantung pada jenis dan tahap dalam siklus
reproduksi sel (Lam, dkk 2013).
(a) (b)
Gambar 8. Penampang nukleolus yang terdapat pada (a) sel tumbuhan, (b) sel hewan
(Campbell, dkk. 2010)
Struktur
Struktur nukleolus (anak inti) akan terlihat di bawah pengamatan mikroskop
elektron berukuran lebih besar daripada ukuran butir-butir kromatin. Nukleolus
merupakan tempat berlangsungnya transkripsi gen yang dari proses tersebut
didapatkan molekul rRNA. rRNA (ribosomal RNA) adalah salah satu jenis
RNA yang merupakan materi penyusun ribosom. Kandungan RNA dalam anak
inti jika dibandingkan dengan bagian lain dari inti sel adalah tidak tetap, yaitu
diperkirakan 5%-20%.
Ukuran nukleolus berubah-ubah yang terjadi pada jumlah komponen granular
saat penyalinan gen ribosomal. Saat sedang mensintesis protein, nukleolus
13
mencapai 25% dari seluruh volume nukleus. Pada saat interfase, nukleolus
tampak jelas, pada saat menjelang mitosis, nukleolus mengecil dan pecah
menjadi serpihan-serpihan kecil, akhirnya pada saat metafase nukleolus
menghilang. Menghilangnya nukleolus ini seiring dengan terbentuknya
kromosom dan berhentinya sintesis RNA. Di akhir telofase, nukleolus mulai
tampak kembali sebagai butir-butir halus yang lama kelamaan akan melebur
membentuk sebuah atau lebih nukleolus.
Fungsi Nukleolus
Campbell (2010) mengatakan bahwa jenis RNA ribosomal (rRNA) disintesis
atas petunjuk DNA di dalam nukleolus.
Transkripsi molekul rRNA di dalam nukleolus menjamin terbentuknya molekul
ribosom yang ada di dalam sitoplasma. Untuk kebutuhan tersebut, maka di
dalam nukleolus terdapat sejumlah potongan-potongan DNA (rDNA) yang
ditranskripsi menjadi rRNA secara berulang-ulang dan berjalan sangat cepat
dengan bantuan enzim RNA polimerase I. Potongan-potongan DNA tersebut
dinamakan nucleolar organizer. Kemudian, RNA diproses dan dirakit dengan
protein yang diimpor dari sitoplasma. Subunit ribosom yang dihasilkan
kemudian diekspor melalui pori-pori nukleus ke sitoplasma.
Lodish dkk (2008) juga mengatakan bahwa beberapa protein ribosom
ditambahkan ke RNA ribosom dalam nukleolus. Subunit ribosom yang sudah
selesai melewati pori nukleus ke dalam sitosol untuk proses sintesis protein.
B. Fungsi Nukleus
Beberapa fungsi nukleus antara lain adalah:
1) Memuat dan menyimpan informasi genetik berupa DNA, yang mentukan
bagaimana sel akan berfungsi, sebagaimana struktur dasar dari sel (beberapa
organela: mitokondria dan kloroplas, memiliki beberapa DNA, tapi mayoritas
sangat banyak DNA sel terdapat didalam nukleus). Sebagai bahan genetik,
DNA melakukan proses replikasi. Proses replikasi merupakan proses yang
mengawali pertumbuhan sel.
14
Mekanisme Replikasi DNA
Replikasi DNA dilakukan sebelum sel membelah diri. Replikasi DNA
merupakan proses pengkopian rangkaian molekul DNA sehingga dihasilkan
molekul anakan yang identik. Replikasi DNA menganut model semi
konservatif, dimana setiap molekul untaian ganda DNA anakan terdiri atas 1
untai tunggal DNA induk dan 1 untai tunggal DNA anak (DNA hasil
sintesis). Model semi konservatif dikemukakan oleh Watson & Crick.
DNA induk
DNA turunan
generasi pertama
DNA turunan
generasi kedua
15
Gambar 10. Replikasi DNA
(Campbell, dkk. 2010)
16
replikasi. Untaian DNA baru disintesis oleh enzim DNA polimerase III
secara terus menerus tanpa ada pembentukan fragmen Okazaki.
Untai DNA yang lain, disintesis berlawanan arah dengan arah pembukaan
garpu replikasi dan dilakukan fragmen demi fragmen (sintesis diskontinu).
Untai DNA ini disebut untai lambat atau lamban (lagging strand). Fragmen
DNA pendek yang disintesis dinamakan fragmen Okazaki. Setiap fragmmen
pada untai lamban, memerlukan satu primer tersendiri dalam melakukan
sintesis. DNA polimerase III menambahkan nukleotida ke primer,
membentuk fragmen Okazaki 1. Setelah mencapai primer RNA berikutnya,
DNA polimerase III terlepas. Sesudah mendapatkan primer, DNA polimerase
III menambahkan nukleotida DNA hingga mencapai primer fragmen 1 dan
melepaskan diri. Enzim DNA polimerase I menggantikan nukleotida RNA
primer dengan nukleotida versi DNA, menambah nukleotida satu demi satu
ke ujung 3’ fragmen Okazaki yang bersebelahan. Enzim DNA ligase
menggabungkan ujung 3’ dari DNA yang menggantikan primer ke bagian
lain dari untai lamban dan menggabungkan fragmen-fragmen Okazaki untai
lamban.
Replikasi berakhir saat DNA polimerase mengenali daerah basa nitrogen
yang diulang-ulang, daerah ini disebut telomer. Maka terbentuklah rantai
DNA yang baru.
2) Nukleus memiliki peran utama untuk mengatur semua aktivitas sel. Nukleus
melakukan hal ini dengan mengontrol enzim. Enzim terbuat dari asam amino
(Brain , 2013). DNA dalam nukleus berisi informasi untuk produksi protein.
Sel menggunakan proses transkripsi dan translasi untuk mengubah informasi
yang dikode dalam DNA menjadi protein (Berk, dkk).
Sintesis Protein
Sintesis protein adalah proses pembentukan asam amino melalui kode
gen yang dibuat DNA. Sintesis Protein terdiri atas dua tahap, yakni
transkripsi dan translasi.
17
Transkripsi merupakan proses penyalinan kode-kode genetik yang ada
pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Urutan nukleotida pada salah satu
untaian molekul DNA dipakai sebagai template atau cetakan sintesis
molekul RNA yang komplementer. Pada tahap ini, setiap basa nitrogen DNA
dikodekan ke dalam basa nitrogen RNA. Sebagai misal, jika urutan basa
nitrogen DNA adalah ACC AAA CCG AGT, maka urutan mRNA hasil
transripsi adalah UGG UUU GGC UCA.
18
Transkripsi Translasi
mRNA Protein
DNA tRNA
rRNA
19
Gambar 13. Transkripsi dan Translasi organisme eukariotik(Campbell, dkk. 2010)
21
Setelah pre mRNA mengalami modifikasi dan penyambungan (splicing),
maka akan berubah menjadi mRNA yang nantinya keluar dari nukleus
menuju ribosom untuk dilakukan proses translasi.
Translasi merupakan proses penerjemahan kode mRNA oleh tRNA ke
dalam urutan asam amino. Translasi berlangsung di ribosom. Berikut ini
perbedaan tahapan transkripsi dan translasi :
Tabel 1 : Perbedaan tahapan transkripsi dan translasi
Tahap Transkripsi Translasi
Inisiasi (Pengawalan) RNA polimerase mRNA dan tRNA
berikatan dengan inisiator berikatan
promotor di DNA sense. dengan ribosom subunit
kecil. Proses translasi di
mulai di kodon AUG
(kodon start).
Elongasi (Pemanjangan) Pembentukan mRNA Penerjemahan kodon
oleh enzim RNA mRNA oleh tRNA, asam
polimerase ke arah hilir, amino ditambahkan satu
memperpanjang transkrip persatu ke asam amino
RNA 5’ 3’. sebelumnya.
Terminasi (Pengakhiran) RNA lepas dan RNA tRNA mencapai kodon
polimerase juga lepas stop pada mRNA.
dari DNA, DNA kembali
membentuk heliks ganda
BAB III
PENUTUP
A. Kesimpulan
Nukleus merupakan organel yang sudah terspesialisasi dan merupakan
pusat administrasi dan pemrosesan informasi sel. Nukleus juga merupakan
organel yang paling menonjol dalam sel eukariot, sekitar 5 µm. Nukleus
adalah organel yang sangat khusus yang berfungsi sebagai pengolahan dan
pusat informasi dari sel. Tidak semua jenis sel mengandung inti. Hanya sel-sel
dari organisme yang maju, yang dikenal sebagai eukariota, memiliki inti.
Organisme bersel satu (prokariota), seperti bakteri dan cyanobacteria, tidak
memiliki inti tetapi mereka memiliki nukleotida . Sel eukariota melindungi
DNA mereka di dalam nukleus. Nukleus dikelilingi oleh selaput inti yang
merupakan membran ganda dan berhubungan langsung dengan RE kasar.
22
Pada selaput inti terdapat Nuclear Pore Complexes (NPCs) yang merupakan
satu-satunya jalur pertukaran antara nukleus dan sitoplasma. NPCs merupakan
kompleks protein besar yang dapat meloloskan molekul-molekul kecil dan
ion-ion berdifusi kedalam atau keluar nukleus.
B. Saran
Semoga makalah ini dapat menambah wawasan bagi para pembaca dan
tambahan referensi untuk ilmu pengetahuan. Diharapkan kritik dan
sarannya agar kita lebih banyak mendapat ilmu.
23
DAFTAR PUSTAKA
24
Hed, Greer and Kristen Osborne (Eds). 2014. What is Nucleoplasm? (online).
Diakses melalui (http://www.wisegeek.org/what-is-nucleoplasm.htm)
pada tanggal 23 maret 2014.
Jones, Mary., Fosbery, Richard., Taylor, Dennis., and Gregory, Jennifer. 2003.
Biology. Cambridge: Cambridge University Press.
Lam, Yun Wah., Mulcahy, Laura Trinkle., and Lamond, Angus I. 2013. The
Nukleolus. Journal of Cell Science, 118(7): 1335-1337.
Larry, Gerace; Brian Burke. 2010. Functional Organization of the Nuclear
Envelope. Annual Reviews Cell Biology, 4:335-374 diakses melalui
www.annualreviews.org. pada tanggal 23 Maret 2014
Lodish, Harvey., Berk, Arnold., Matsudaira, Paul., Kaiser, Chris A., Krieger,
Monty., Scott, Matthew P., Zipursky, Lawrence., and Darnell, James.
2008. Molecular Cell Biology: Fifth Edition. Nature Reviews Molecular
Cell Biology
Starr, C. and Taggart, R. 2011. Cell Biology and Genetics. United States:
Brooks/Cole.
Strahl dan Allis. 2000. Transcription and Chromatin. Nature 403, 41-45 diakses
pada tanggal 18 Maret 2012 di http://www.zoology.ubc.ca/~bio463/
lecture_3.htm
Verdun, Daniele Hernandez., Roussel, Pascal., Thiry, Marc., Sirri, Valentina., and
Lafontaine, Denis L.J. 2010. The Nukleolus: Structure/Function
Relationship in RNA Metabolism. Review, John Wiley and Sons, Ltd., 1.
10/11-10: 415-431
Yuwono, Triwibowo.2005. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga.
25