KIKI AMALIA WADHANI

1711012220005

Mekanisme Biomolekular

Beta-amyloid
Protein yang digunakan untuk melihat interaksi ligan terhadap molekul protein ini adalah
beta-amyloid. Protein ini ada pada manusia dengan kode 3MCK. Ada nama lain dari protein ini
adalah 3QOT. Protein ini adalah bagian kecil dari protein yang lebih besar yaitu protein
precursor amyloid. Salah satu penyakit Alzheimer onset dini disebabkan oleh peningkatan
agregasi dri Beta-amyloid.

Pada struktur protein ini terdapat 2 jenis ligan yang merupakan asam amino. Salah satu
logan yang akan dibahas adalah ligan dengan kode [ dengan struktur sebagai berikut :
 Salah satu jenis ikatan yang terjadi pada ligan tersebut adalah ikatan hidrogen yang
ditandai dengan adanya garis putus-putus berwarna biru. Ikatan hidrogen dihitung berdasarkan
atom donor dan akseptro. Hidrogen tidak diperlukan untuk menghasilkan ikatan hidrogen, dan
memang diabaikan jika ada. Atom donor adalah diman semua atom nitrogen, oksigen dan sulfur
memiliki jumlah hidrogen ebih dari 1, maka menurut model valensi dapat dianggap donor dan
atom akseptor adalah dimana semmua atom oksigen dianggap akseptor. Berikut adalah gambaran
ikatan hidrogen dengan dono dan akseptornya.

Keterangan : Donor (D), Hidrogen (H), Donor-Amteseden (DA), Donor-Anteseden-Anteseden

(DAA), Akseptor (A), Akseptor-Anteseden (AA), Akseptor-Anteseden-Anteseden (AAA)