EKSPRESI GEN

Oleh :

Desy Tribodrorini 134170116

Vellen Natalia Y. 134170117

Muhammad Ilham 134170118

Satriyo Priambodo 134170119

Rifqi Aulia H. 134170120

FAKULTAS PERTANIAN JURUSAN AGROTEKNOLOGI

UNIVERSITAS PEMBANGUNAN NASIONAL “VETERAN”

YOGYAKARTA

2018
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Genetika merupakan ilmu yang mempelajari mengenai sifat
keturunan. Keturunan adalah suatu proses biologis dimana induk akan
menurunkan atau mewariskan gen kepada keturunannya. Jadi, dapat
diartikan bahwa genetika merupakan ilmu mengenai gen dan segala
aspeknya. Genetika sendiri dapat diaplikasikan dalam berbagai studi dalam
kehidupan seperti animalia, plantae, bacteri, dan manusia.
DNA dalam kaitannya dengan genetika berperan sangat penting.
DNA sendiri merupakan bahan genetik mendasar yang terdapat dalam
kromosom, yang mengontrol sifat-sifat makhluk hidup, terekspresikan
dalam polipeptida, dan dapat diekspresikan sebagai RNA yang memiliki
reaksi katalik. Francis Crick menjelaskan aliran informasi yang dibawa
oleh DNA dalam rangkaian The Central Dogma, yang berbunyi : Aliran
informasi DNA dapat diteruskan ke sel-sel maupun individu lainnya
dengan replikasi, dapat diekspresikan menjadi suatu sinyal perantara
dalam bentuk RNA, yang kemudian dapat ditranslasikan menjadi
polipeptida, unit pembangun suatu fenotipe dari organisme yang ada.
Oleh karena itu, pada makalah ini akan dijelaskan mengenai
struktur gen dan mekanisme ekspresi gen. Baik itu dalam prokariotik
maupun eukariotik.
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, maka rumusan masalahnya adalah :
1. Bagaimana susunan dari struktur gen?
2. Apa pengertian dari ekspresi gen?
3. Bagaimana mekanisme dari ekspresi gen?
4. Apa perbedaan ekspresi gen pada prokariotik dan eukariotik?
 BAB II

PEMBAHASAN

A. Struktur Gen
1. Letak Gen Pada Makhluk Hidup
Bagian utama sebuah sel adalah nukleus, di dalam nukleus terdapat
benang-benang halus yang disebut kromatin. Pada saat sel akan mulai
membelah diri, benang-benang halus tersebut menebal, memendek dan
mudah menyerap warna membentuk kromosom. Kromosom mengandung
DNA. Total keseluruhan informasi genetik yang disimpan di dalam
kromosom disebut genom. Genom DNA tersusun atas gen-gen. Satu gen
mengandung satu unit informasi mengenai suatu sifat yang dapat diamati.
Gen juga dianggap sebagai fragmen DNA didalam kromosom
(Suryo,2008).
2. Strutur Gen
Gen adalah bagian dari kromosom atau salah satu kesatuan kimia
(DNA) dalam kromosom yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri-ciri
genetis dari suatu makhluk hidup. Menurut Fred (2005) bahwa struktur
gen tersusun dari:
a. Daerah pengkode, yaitu ekson and intron yang mengkode RNA atau
protein. Intron (intervening sequences) merupakan sekuens yang tidak
mengkode asam amino sedangkan ekson merupakan bagian yang akan
dikode menjadi asam amino.
b. Promotor, adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam
mengendalaikan transkripsi gen struktural dan terletak di daerah
upstream (hulu) dari bagian struktural gen. Promotor berfungsi sebagai
tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase yang nantinya
melakukan transkripsi pada bagian struktural.
c. Operator, merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promotor
dan bagian struktural serta merupakan tempat pelekatan protein represor
(penekan atau penghambat ekspresi gen). Jika terdapat represor yang
 melekat di operator, maka RNA polimerase tidak bisa jalan, kemudian
ekspresi gen tidak dapat berlangsung. Selain adanya supresor juga
terdapat enhancer. Supresor digunakan untuk menghambat sedangkan
enhancer digunakan untuk meningkatkan proses transkripsi dengan
meningkatkan jumlah RNA polimerase. Namun letaknya tidak pada
lokasi yang spesifik seperti operator, ada yang jauh di upstream atau
bahkan downstream dari titik awal transkripsi.
d. Terminator, dicirikan dengan struktur jepit rambut / hairpin dan
lengkungan yang kaya akan urutan GC yang terbentuk pada molekul
RNA hasil transkripsi
3. Perbedaan Struktur Gen Pada Prokariotik Dan Eukariotik
Pada umumnya struktur gen pada prokariotik dan eukariotik sama
yaitu tersusun dari bagian pengkode, promotor, operator, dan terminor.
Perbedaannya terletak pada bagian pengkode. Bagian pengkode pada
prokariotik terdapat bagian intron yang tidak dapat diekspresikan sehingga
semuanya ekson, kecuali pada Archaebacteria dan bakteriofag ada yang
memiliki intron. Sedangkan bagian pengkode pada eukariotik terdiri dari
ekson dan intron (Fred,2005).
B. Ekpresi Gen
Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat suatu organisme oleh gen.
Suatu sifat yang dimiliki oleh organisme merupakan hasil metabolisme yang
terjadi di dalam sel. Proses metaboisme dapat berlangsung karena adanya
enzim yang berfungsi sebagai katalisator proses-proses biokimia. Enzim dan
protein lainnya diterjemahkan dari urutan nukleotida yang ada pada molekul
mRNA. Molekul mRNA itu sendiri disintesis berdasarkan atas cetakan DNA.
Gen tersusun dari molekul DNA, sehingga gen menentukan sifat suatu
organisme (Fred,2005).
1. Dogma Central
Mekanisme ekspresi genetik mengikuti Dogma Sentral Biologi
Molekular yaitu aliran (transfer) informasi genetik dari urutan nukleotida
DNA manjadi urutan asam amino protein (Subowo,2011).
2. Kode Genetika
Kode genetika merupakan suatu pengkodean urutan triplet basa
nitrogen DNA dan RNA pada proses sintesis protein. Suatu kode triplet
basa nitrogen akan menghasilkan suatu jenis asam amino. Urutan dan jenis
asam amino di dalam sel akan menetukan jenis dan fungsi protein yang
dihasilkan.
Kodon merupakan susunan kombinasi dari tiga basa nitrogen yang
terdapat pada mRNA. Karena jumlah basa nitrogen ada 4 jenis, maka
kemungkinan jumlah kodon ada sebanyak 43 atau 64 macam, artinya
kemungkinan asam amino yang terbentuk ada sebnayak 64 jenis. Jumlah
asam amino yang demikian menjadi belebih mengingat jumlah asam
amino di dalam sel adalah 20 jenis. Hal demikian menunjukkan bahwa ada
beberapa jenis asam amino yang mempunyai lebih dari satu macam kodon.
Contohnya asam amino jenis leusin mempunyai kodon SUU, SUS , SUA,
SUG. Artinya asam amino leusin dapat digunakan dengan menggunakan
keempat kodon tersebut (Suryo,2008).

Gambar 2.1 Kode genetika

3. Mekanisme Ekspresi Gen
a. Trankripsi
Transkripsi merupakan proses pembentukan molekul RNA
dengan menggunakan DNA sebagai cetakannya. Tidak semua bagian
DNA akan ditranskripsikan, tetapi hanya bagian tertentu saja. Bagian
tertentu tersebut disebut dengan gen. Keseluruhan DNA baik gen
maupun sekuensi DNA bukan penyandi (non-coding) yang dikandung
oleh suatu organisme disebut genom. Ruas DNA yang ditranskripsikan
dibatasi oleh prometer dan terminator. Hanya satu dari dua utas DNA
yang digunakan sebagai cetakan sintesis RNA. Utas DNA yang
digunakan sebagai cetakan bagi sintesis RNA disebut dengan utas
cetakan (template), sedangkan utas yang lain disebut utas pendamping.
Walaupun hanya satu utas yang berfungsi sebagai cetakan, tetapi tidak
selalu utas yang sama digunakan sebagai utas cetakan sepanjang
molekul DNA di dalam genom suatu organism. Jadi pada gen, utas
yang satu digunakan sebagai cetakan, tetapi pada gen lainnya
kemungkinan utas yang lain digunakan sebagai cetakan (Yuwono,
2005).
Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA yaitu: RNA duta
(mRNA= messenger RNA), RNA transfer (tRNA = transfer RNA) dan
RNA ribosomal (rRNA =ribosomal RNA). Ketiga jenis RNA ini
berperan dalam proses transkripsi. Hanya mRNA yang akan
diterjemahakan ke dalam protein. tRNA berperan sebagai molekul
pembawa asam amino yang akan dirangkaikan menjadi polipeptida
yang sesuai dengan sandi yang terdapat pada mRNA. rRNA berfungsi
sebagai salah satu penyusun ribosom (Yuwono, 2005).
Proses transkripsi dikatalis oleh enzim transcriptase atau RNA
polymerase. Pada organism prokariot seperti E. Coli, hanya terdapat
satu jenis RNA polymerase untuk mengkatalisis sintesis semua jenis
RNA. Pada organism eukariot, terdapat tiga jenis RNA polymerase,
yaitu: (1) RNA polymerase I yang berfungsi untuk mengkatalisis
pembentukan RNA. (2) RNA polymerase II yang berperan dalam
sintesis tRNA dan beberapa molekul rRNA, dan (3) RNA polymerase
III yang bertugas mengkatalisis proses sintesis mRNA (Yuwono,
2005).
Enzim RNA polymerase lengkap (disebut holoenzim) tersusun
dari enzim inti dan faktor transkripsi. Enzim inti terdiri dari dua
subunit. Proses transkripsi mempunyai beberapa karakteristik yaitu
bahwa: proses sintesis mempunyai arah dari 5’P ke 3’OH, berlangsung
secara anti parallel bila dibandingkan dengan utas cetakannya, dan
mengikuti aturan Chargaff atau basa-basanya berpasangan secara
komplementer (A-T ; G-C). Proses transkripsi dapat terbagi menjadi
tiga tahap, yaitu inisiasi sintesis RNA, pemanjangan (elongasi) RNA
dan penyelesaian (terminasi ) sintesis RNA.Transkripsi berlangsung
dalam 3 tahap, yaitu inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing
tahap akan dijelaskan secara singkat sebagai berikut.
1) Inisiasi, setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA
polimerase akan terikat pada suatu tempat di dekat promoter, yang
dinamakan tempat awal polimerisasi atau tapak inisiasi (initiation
site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen
yang akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan
diletakkan di tapak inisiasi dan sintesis RNA pun segera dimulai.
2) Elongasi merupakan pengikatan enzim RNA polimerase beserta
kofaktor-kofaktornya pada untai DNA cetakan membentuk
kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung kompleks
transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan
sehingga nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada
untai RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3’ nya. Jadi,
elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5’ ke 3’,
sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3’ ke 5’
di sepanjang untai DNA cetakan.
 3) Terminasi yaitu berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh
disosiasi kompleks transkripsi atau terlepasnya enzim RNA
polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA cetakan.
Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini
terjadi ketika RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang
disebut dengan terminator.Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh
dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya bergantung kepada
urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang
memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di
antara keduanya terminasi diri lebih umum dijumpai. Terminasi
diri terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh beberapa
adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca
dari dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini
biasanya diselingi oleh beberapa basa tertentu, maka molekul RNA
yang dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk batang
dan kala (loop) (Yuwono, 2005).
b. Translasi
Translasi adalah tahap penerus dari transkripsi, dalam tahap ini
terjadi proses penerjemahan urutan kodon pada mRNA oleh tRNA
menjadi urutan asam amino. Proses ini terjadi di sitoplasma oleh
ribosom. Ribosom terdiri atas 2 unit yaitu unit besar dan unit kecil.
Penerjemahan satu kodon mengahsilkan satu asam amino. Dalam
proses translasi terjadi 3 tahap yaitu inisiasi, elongasi, terminasi
(Yuwono, 2005).
1) Inisiasi dimulai dengan pengenalan rangkaian AUG, kemudian
mengenal dan berikatan dengan molekul tRNA pada antikodon
untuk asam amino yang khusus, seperti ACC untuk tryptophan,
dengan cara ini activating enzymes mengikatkan molecules tRNA
ke asam amino tertentu, setelah itu baru fase pemanjangan dengan
cara pembacaan yang sama.
 2) Elongasi yaitu proses penyusunan polipeptida yang dibawa oleh
RNAt. Proses tersebut terjadi pada saat RNAt masuk kedalam
ribosom pada posisi A kemudian bergeser ke posisi P untuk
melepaskan asam amino yang dibawanya. Kemudian RNAt
bergeser lagi ke posisi E untuk keluar dari ribosom. Setelah satu
RNAt keluar dari ribosom maka ribosom bergeser satu rantai
kodon ke arah ujung 3’ pada mRNA sehingga RNAt lainnya akan
menduduki posisi A pada ribosom yang telah kosong. Proses
tersebut akan berlangsung terus sampai pada kodon stop yaitu
UGA atau UAA atau UAG. Kodon stop itu sendiri adalah triplet
yang menandai berakhirnya proses penyusunan rantai polipeptida.
3) Terminasi merupakan tahap akhir dari proses translasi dan
merupakan tahap pelepasan rantai polipeptida dari ribosom. Dalam
pelepasan rantai polipeptida ada satu protein yang disebut sebagai
faktor pelepasan yang akan mengikatkan diri pada kodon stop di
site A dan menambahkan air pada rantai polipepida. Reaksi ini
akan memutuskan ( menghidrolisis ) ikatan antara polipeptida yang
sudah selesai tRNA disitus P, sehingga polipeptida akan terlepas.
4. Perbedaan mekanisme ekspresi gen pada prokariotik dan eukariotik
Ekspresi gen pada organisme prokariotik dan eukariotik memiliki
perbedaan yang sangat signifikan. Secara umum, ekspresi gen pada
prokariotik sangat bersifat efisien, dimana ketika sumber makanan
berlimpah di lingkungam prokariotik tidak akan membuat sesuatu yang
terlalu berlebihan.
a. Transkripsi
Transkripsi merupakan proses sintesis molekul RNA pada
DNA template. Proses ini terjadi pada inti sel / nukleus pada
organisme eukariotik, sedangkan pada organisme prokariotik berada
di sitoplasma karena tidak memiliki inti sel tepatnya pada kromosom.
Transkripsi Prokariotik pada dasarnya adalah proses
penyalinan urutan nukleotida yang terdapat pada molekul DNA.
Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA yang disalin
menjadi urutan nukleotida RNA (transkrip RNA). Urutan nukleotida
pada transkrip RNA bersifat komplementer dengan urutan DNA
cetakan/template, tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada
untaian pengkode/coding DNA strand/nontempate strand). Salah satu
ciri dari prokariotik adalah adanya struktur operon. Operon adalah
organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu
promotor. Misalnya operon lac, pada metabolisme laktosa pada
bakteri E.coli. Pada waktu ditranskripsi operon lac akan menghasilkan
satu mRNA yang membawa kode-kode genetik untuk polipeptida
berbeda yang disebut dengan mRNA polisistronik. pada operon lac
mempunya 3 gen struktural yaitu lac Z, lac Y dan lac A. Masing-
masing dari gen itu punya start codon dan stop codon sendiri-sendiri
namun ekspresinya tetep dikendalikan dengan operon yang sama.
Pada waktu ditranskripsi hasilnya 1 mRNA yang membawa kodon
untuk 3 macam polipeptida yang beda (Yuwono, 2005)
Mekanisme transkripsi pada eukariotik pada dasarnya
menyerupai mekanisme pada prokariot. Namun, begitu banyaknya
polipeptida yang berkaitan dengan mesin transkripsi pada eukariotik
menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada
mekanisme pada prokariotik. Secara umum mekanisme transkripsi
dimulai dari inisiasi, elongasi dan terminasi. Tetapi pada eukariotik
terdapat tiga gen kelas yang berperan dalam proses transkripsi, karena
itu transkripsi harus dilakukan pada masing-masing gen kelas tersebut.
Pada eukariotik RNA polimerasenya beda-beda ada RNA polimerase
I, II dan III sehingga penggunaannya dalam sintesis molekul berbeda.
Sebelum RNA polimerase menempel pada promotor, ada faktor-faktor
transkripsi yang membantu RNA polimerase. Jika RNA polimerase I
dibantu SL1 dan UBF, RNA polimerase II dibantu dengan TFIIA,
TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH dan TFIIJ. RNA polimerase III
dipandu ama TFIIIA, TFIIIB, TFIIIC ama protein TBP. faktor TBP
 merupakan protein yg diperlukan jika gen-gen tidak mempunyai
TATA box. setelah RNA polimerase dibantu dengan faktor transkripsi
(TF) menuju ke TATA box kemudian terjadi proses elongasi dan
berhenti sampai bertemu terminator (Yuwono, 2005).
Tabel 2.1 Perbedaan Proses Transkripsi Pada Prokariotik Dan Eukariotik
Kriteria Prokariotik Eukariotik
Faktor transkripsi Tidak ada, RNA mengenali memiliki satu set promotore
promoter dengan yang utama merupakan
membentuk RNA kotak TATA
polimerase holoenzim
Lokasi Sitoplasma Nukleus
Waktu terjadinya Bersamaan Tidak bersamaan
transkripsi dan translasi
Hasil RNA matang Pre-mRNA
Modifikasi RNA Tidak ada Penambahan tudung 5’
splicing
Penambahan poli A diujung
3’
Modifikasi mRNA pasca
splicing
Jumlah mRNA yang Pasti 1 Bisa lebih dari 1
dihasilkan
Jumlah protein yang Bisa lebih dari 1 Hanya 1
dikode mRNA
Tahapan terminasi Ketika ada terminator maka Beberapa nukleotida setelah
langsung diakhiri terminator sampai sekitar
100 nukleotida (ada protein
yang melepaskan RNA
polimerase dari DNA)
RNA polimerasi yang Hanya 1 Hanya 3
berperan

b. Translasi
Translasi pada prokariotik terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya
di selesaikan. Hal ini dimungkinkan karena pada prokariotik molekul
mRNA di translasikan berdasarkan arah dari ujung 5` ke ujung 3`.
Selain itu, pada prokariotik tidak terdapat membran inti, sehingga
tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana
yang terjadi pada eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan
(Yuwono, 2005)
Translasi pada eukariotik terjadi tidak bersamaan dengan translasi.
Dengan adanya membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat
terjadinya transkripsi dan translasi, transkripsi terjadi di dalam inti
sedang translasi terjadi di sitoplasma. Waktunya pun tidak dapat
terjadi secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan translasi,
harus merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses
transkripsi  dan translasi pada eukariotik pun lebih kompleks daripada
prokariot (Yuwono, 2005).
 BAB III

KESIMPULAN

Berdasarkan pembahasan di atas, maka dapat disimpulkan bahwa :

1. Struktur gen tersusun atas Daerah pengkode, Promotor, Operator, dan

Terminator.
2. Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat suatu organisme oleh gen.
3. Mekanisme dari ekspresi gen sendiri terdiri dari transkripsi dan
translasi, yang keduanya memiliki tahapan berupa inisiasi, elongasi,
dan terminasi.
4. Ekspresi gen pada organisme prokariotik dan eukariotik memiliki
perbedaan yang sangat signifikan. Secara umum, ekspresi gen pada
prokariotik bersifat efisien, dimana ketika sumber makanan berlimpah
di lingkungam maka prokariotik tidak akan membuat sesuatu yang
terlalu berlebihan.
 DAFTAR PUSTAKA

Fried, GH dan Hademenis, GJ.2005.Bioloi edisi dua. Jakarta : Erlangga

Subowo.2011.Biologi Sel.Jakarta : Sagung Seto
Suryo.2008.Genetika Manusia.Yogyakarta : Gadjah Mada University Press
Yuwono,T.2005.Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga