MICROBIAL GENETICS: MECHANISMS OF GENETIC

VARIATION AND MICROBIAL GENOMICS

(GENETIKA MIKROBIA: MEKANISME VARIASI GENETIK
DAN GENOMIK MIKROBIA)
PERTEMUAN 6

MAKALAH
Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Mata Kuliah Mikrobiologi, Jurusan
Pendidikan Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas
Siliwangi

Disusun oleh:
Kelompok 1/3D
(Penampil ke-6)
Frista Mutiara 172154003
Ria Rahmawati 172154093

JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS SILIWANGI
2020
 KATA PENGANTAR
Puji dan syukur mari kita panjatkan kehadirat Illahi rabbi, yang mana telah
memberi Rahmat, Hidayah dan Inayah-Nya sehingga memudahkan beserta
memberi kelancaran dalam proses pembuatan makalah dengan judul
“MICROBIAL GENETICS:MECHANISMS OF GENETIC VARIATION
AND MICROBIAL GENOMICS (GENETIKA MIKROBIA: MEKANISME
VARIASI GENETIK DAN GENOMIK MIKROBIA)” Salawat serta salam
terlimpah curahkan kepada junjungan kita Nabi Muhammad SAW, para
sahabatnya, serta kita selaku pengikutnya. Amin.
Makalah ini disusun untuk memahami secara mendalam mengenai kajian
mikrobiologi dengan topik pembahasan mengenai genetika mikrobiologi:
mekanisme variasi genetik dan genomik mikroba. Dalam penyusunan makalah,
tentu kami mendapat bantuan dari berbagai pihak. Dikarenakan hal tersebut, tak
lupa kami mengucapkan terima kasih kepada:
1. Ibu Vita Meilani,. M.Sc., dan Bapak Mufti Ali, M.Pd., selaku dosen
pengampu mata kuliah Mikrobiologi Program Studi Pendidikan Biologi,
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Siliwangi;
2. Ibu Dr.Purwati Kuswarini, M.Si. selaku Ketua Jurusan Pendidikan
Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Siliwangi
3. Rekan sekelompok yang membantu penyusunan makalah ini;
4. Teman-teman seperjuangan mahasiswa jurusan Pendidikan Biologi;
beserta
5. Orang tua kami yang selalu mendoakan serta memberi semangat kepada
kami
Penyusun menyadari apabila ada kesalahan dari segi penyusunan,
mengingat tidak ada manusia yang sempurna di alam jagat raya ini. Untuk itu,
penyusun memohon kritik dan saran yang membangun dari pembaca. Semoga
makalah ini memberikan manfaat bagi pembaca khususnya membantu dalam
kegiatan proses mengajar di masa depan sebagai bentuk implementasi dalam
pengembangan manfaat mikroorganisme dalam menyelesaikan masalah
kehidupan.

Tasikmalaya, Maret 2020

Penyusun (Kelompok 1/3D)

ii
 3

DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR ................................................................................ ii
DAFTAR ISI ............................................................................................... iii
BAB I PENDAHULUAN .......................................................................... 1
A. Latar Belakang ................................................................................. 1
B. Rumusan Masalah ............................................................................ 2
C. Tujuan Makalah ............................................................................... 2
D. Manfaat Makalah ............................................................................. 2
BAB II KAJIAN PUSTAKA ..................................................................... 4
A. Chapter 13 “Genetika Mikrobia: Variasi Genetik” ........................... 4
13.1. Mutasi dan Dasar Kimia ....................................................... 4
13.2. Deteksi dan Isolasi Mutan ..................................................... 5
13.3. Perbaikan DNA ...................................................................... 7
13.4. Pembuatan Variabilitas Genetik ............................................. 7
13.5. Elemen Transpossable ............................................................ 8
13.6. Plasmid Bakteri ...................................................................... 13
13.7. Konjugasi Bakteri .................................................................. 15
13.8. Transformasi DNA ................................................................
13.9. Transduksi .............................................................................. 22
13.10. Pemetaan Genom ................................................................. 27
13.11. Rekombinasi dan Pemetaan Genom Pada Virus .................. 31
B. Chapter 15 “Mikrobia Genomik” ....................................................... 56
15.1. Pengenalan .............................................................................. 57
15.2. Penentuan DNA Sekuens ....................................................... 58
15.3. Penembakan Sekuensing Seluruh Genom .............................. 59
15.4. Bioinformatika ....................................................................... 62
15.5. Genomik Fungsional ............................................................ 64
15.6. Genomik Perbandingan/Komparatif ..................................... 65
15.7. Proteomik ............................................................................... 66
15.8. Wawasan dan Genom Mikrobia ........................................... 67
15.9. Genomik Lingkungan ............................................................

BAB III PENUTUP .................................................................................... 71

A. Simpulan .......................................................................................... 71
B. Saran ................................................................................................. 71
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................. 72

iii
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang Masalah

Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari mikroba. Mikrobiologi adalah
salah satu cabang ilmu dari biologi, dan memerlukan ilmu pendukung kimia,
fisika, dan biokimia. Mikrobiologi sering disebut ilmu praktek dari biokimia.
Dalam mikrobiologi dasar diberikan pengertian dasar tentang sejarah penemuan
mikroba, macam-macam mikroba di alam, struktur sel mikroba dan fungsinya,
metabolisme mikroba secara umum, pertumbuhanmikrobadanfaktor lingkungan,
mikrobiologi terapan di bidang lingkungan dan pertanian. Mikrobiologi lanjut
telah berkembang menjadi bermacam-macam ilmu yaitu virologi, bakteriologi,
mikologi, mikrobiologi pangan, mikrobiologi tanah, mikrobiologi industri,dan
sebagainya yang mempelajari mikroba spesifik secara lebih rinci atau menurut
kemanfaatannya.
Ilmu genetika mendefinisikan dan menganalisis keturunan atau konstansi
dan perubahan pengaturan dari berbagai fungsi fisiologis yang membentuk
karakter organisme. Unit keturunan disebut gen yang merupakan suatu segmen
DNA yang nukleotidanya membawa informasi karakter biokimia atau fisiologis
tertentu. Pendekatan tradisional pada genetika telah mengidentifikasikan gen
sebagai dasar kontribusi karakter fenotip atau karakter dari keseluruhan stuktural
dan fisiologis dari suatu sel atau organisme, karakter fenotif seperti warna mata
pada manusia atau resistensi terhadap antibiotik pada bakteri, pada umumnya di
amati pada tingkat organisme. Dasar kimia untuk variasi dalam fenotif atau
perubahan urutan DNA dalam suatu gen atau dalam organisasi gen.
Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang ahli
botani bangsa Austria, Gregor Mendel  pada tanaman kacang polongnya. Pada
tahun 1860-an ia menyilangkan galur-galur kacang polong dan mempelajari
akibat-akibatnya. Hasilnya antara lain terjadi perubahan-perubahan pada
warna,bentuk, ukuran, dan sifat-sifat lain dari kacang polong tersebut. Penelitian
inilah ia mengembangkan hukum-hukum dasar kebakaan. Hukum kebakaan

1
 2

berlaku umum bagi semua bentuk kehidupan. Hukum-hukum mendel berlaku

manusia dan juga organisme percobaan dahulu amat populer dalam genetika,
yakni lalat buah Drosophila. Namun sekarang, percobaan-percobaan ilmu
kebakaan dengan menggunakan bakteri Escherichia coli. Bakteri ini dipilih
karena paling mudah dipelajari pada taraf molekuler sehingga merupakan
organisme pilihan bagi banyak ahli genetika. Hal ini membantu perkembangan
bidang genetika mikroba. Jasad renik yang di pelajari dalam bidang genetika
mikroba meliputi bakteri, khamir, kapang, dan virus.
Genetika mikroba tradisional terutama berdasarkan pada pengamatan atau
observasi perkembangan secara luas. Variasi fenotif telah diamati berdasar
kemampuan gen untuk tumbuh dibawah kondisi terseleksi, misalnya bakteri yang
mengandung satu gen yang resisten terhadap ampisilin dapat dibedakan dari
bakteri kekurangan gen selama pertumbuhannya dalam lingkungan yang
mengandung antibiotik sebagai suatu bahan penyeleksi. Catatan bahwa seleksi
gen memerlukan ekspresinya dibawah kondisi yang tepat dapat diamati pada
tingkat fenotif. Genetika bakteri mendasari perkembangan rekayasa genetika,
suatu teknologi yang bertanggung jawab terhadap perkembangan di bidang
kedokteran.
` Berdasarkan latar belakang yang telah dipaparkan, maka kami menyusun
makalah yang berjudul “MICROBIAL GENETICS:MECHANISMS OF
GENETIC VARIATION AND MICROBIAL GENOMICS (GENETIKA
MIKROBIA: MEKANISME VARIASI GENETIK DAN GENOMIK
MIKROBIA)”.
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, maka dapat dirumuskan beberapa hal,
yakni:
1. Bagaimana mutasi terjadi dalam gen bakteri ? Apa saja yang menjadi dasar
mekanisme mutasi?
2. Bagaimana efek mutasi terhadap susunan gen pada bakteri/mikroba?
3. Bagaimana tahapan transfer gen pada bakteri?
4. Bagaimana rekombinasi dan pemetaan genom pada bakteri dan virus?
5. Bagaimana penentuan DNA sekuens dan penembakan gen pada genom
mikroba?
 3

6. Bagaimana bioinformatika dalam menentukan sekuens genom seluruh

mikroba?
7. Bagaimana pelaksanaan dan pengaplikasian genomik lingkungan?
C. Tujuan Makalah
Berdasarkan rumusan masalah di atas, maka pembuatan makalah ini
bertujuan untuk:
1. Memahami mekanisme terjadinya mutasi dalam genom mikroba.
2. Memahami efek mutasi terhadap susunan gen pada bakteri/mikroba
3. Memahami tahapan transfer gen pada bakteri, rekombinasi dan pemetaan
genom pada bakteri dan virus.
4. Memahami penentuan DNA sekuens dan penembakan gen pada genom
mikroba
5. Memahami bioinformatika dalam menentukan sekuens genom seluruh
mikroba
6. Memahami pelaksanaan dan pengaplikasian genomik lingkungan
D. Manfaat Makalah
Berdasarkan tujuan pembuatan makalah di atas, maka makalah ini dapat
dimanfaatkan secara:
1. Teoritis, oleh pembaca supaya mampu memahami variasi genetik dalam
genomik mikroba serta pennetuan sekuens DNA genomik;
2. Praktis, oleh penyusun materi supaya mampu mengaplikasikan pemahaman
pengaplikasian lenomik lingkungan dan penentuan sekuens DNA genomik
 BAB II
KAJIAN PUSTAKA

A. Genetika Mikrobia :Mekanisme Variasi Genetik

Bab 11 dan 12 memperkenalkan dasar-dasar genetika molekuler —
cara informasi genetika diatur, disimpan, direplikasi, dan diekspresikan.
Seperti ditunjukkan dalam bab-bab ini, informasi yang cukup banyak
tertanam dalam urutan nukleotida dalam DNA. Agar kehidupan ada
dengan stabilitas, sangat penting bahwa urutan nukleotida gen tidak
terganggu sampai batas tertentu. Namun, perubahan sekuens memang
terjadi dan dapat menyebabkan fenotipe yang berubah. Perubahan-
perubahan ini mungkin merugikan, tetapi yang tidak penting dalam
menghasilkan variabilitas baru dalam populasi dan dalam berkontribusi
pada proses evolusi. Dalam bab ini kami fokus pada proses yang
berkontribusi terhadap variasi genetik dalam populasi mikroba. Kita mulai
dengan tinjauan umum tentang sifat kimiawi mutasi dan efek mutasi pada
tingkat molekuler dan organisme. Karena mutan telah dimanfaatkan secara
penting di laboratorium dan industri, pembangkitan dan isolasi organisme
mutan dipertimbangkan. Bab ini berlanjut dengan diskusi tentang
mekanisme perbaikan DNA. Meskipun mekanisme perbaikan ini
berkembang untuk mencegah terjadinya mutasi, seperti yang akan dilihat,
beberapa upaya seluler untuk memperbaiki kerusakan DNA sebenarnya
menghasilkan mutasi. Akhirnya, kami memeriksa rekombinasi mikroba
dan transfer gen pada Bakteri. Proses-proses ini memiliki implikasi praktis
dalam hal resistensi antibiotik dan obat. Selain itu, rekombinasi dan
mekanisme transfer gen yang diamati pada Bakteri dan virus telah berguna
untuk memetakan genom mikroba, dan teknik-teknik ini juga dibahas.
13.1 Mutasi dan Dasar Kimia Mikroba
Mutasi dan Dasar Kimia
Mutasi [mutare Latin, untuk mengubah] pada awalnya ditandai
sebagai fenotipe yang diubah, tetapi mereka sekarang dipahami pada tingkat

4
5
 6

Gambar 13.1. Tautomerisasi dan Mutasi Transisi. Kesalahan dalam replikasi

karena tautomerisasi basa. (A) Biasanya AT dan pasangan GC terbentuk ketika
kelompok keto berpartisipasi dalam ikatan hidrogen. Sebaliknya, tautomer enol
menghasilkan pasangan basa AC dan GT. (B) Mutasi sebagai konsekuensi dari
tautomerisasi selama replikasi DNA. Enolisasi sementara guanin mengarah pada
pembentukan pasangan basa AT pada mutan, dan mutasi transisi GC ke AT terjadi.
Proses ini membutuhkan dua siklus replikasi. Mutasi hanya terjadi jika pasangan
basa GT generasi pertama yang abnormal terlewatkan. dengan mekanisme
perbaikan.
molekuler. Ada beberapa jenis mutasi. Beberapa mutasi muncul dari
perubahan pasangan nukleotida tunggal dan dari penambahan atau
penghapusan satu atau dua pasangan nukleotida di daerah pengkodean suatu
gen. Perubahan kecil dalam DNA kadang-kadang disebut mikrolesi, dan
yang terkecil darinya disebut mutasi titik karena hanya memengaruhi satu
pasangan basa di lokasi tertentu. Mutasi yang lebih besar (macrolesions)
juga diakui, tetapi kurang umum. Ini termasuk penyisipan besar,
penghapusan, inversi, duplikasi, dan translokasi urutan nukleotida. Mutasi
 7

terjadi dalam satu dari dua cara: (1) Mutasi spontan kadang-kadang muncul
di semua sel dan terjadi tanpa adanya agen tambahan. (2) Mutasi terinduksi,
di sisi lain, adalah hasil dari paparan mutagen, yang dapat berupa agen fisik
atau kimia. Mutasi dapat ditandai berdasarkan jenis perubahan genotip yang
telah terjadi atau konsekuensi fenotipiknya. Pada bagian ini, dasar molekul
dari mutasi dan mutagenesis pertama kali dipertimbangkan. Kemudian efek
fenotipik dari mutasi dibahas.
Mutasi spontan
Mutasi spontan muncul tanpa paparan agen eksternal. Kelas mutasi
ini dapat diakibatkan oleh kesalahan dalam replikasi DNA atau dari reaksi
elemen mobiletika transposisi. Beberapa mekanisme yang lebih umum
dijelaskan di sini. Kesalahan replikasi dapat terjadi ketika dasar
nitrogen nukleotida templat mengambil bentuk tautomerik yang
langka. Tautomerisme adalah hubungan antara dua isomer struktural
yang berada dalam kesetimbangan kimia dan mudah berubah menjadi
satu sama lain. Basis biasanya ada dalam bentuk keto. Namun, mereka
kadang-kadang dapat mengambil bentuk imino atau enol (gambar 13.1a).
Pergeseran tautomerik ini mengubah karakteristik ikatan hidrogen
dari pangkalan, memungkinkan purin untuk purin atau pirimidin
untuk substitusi pirimidin yang pada akhirnya dapat menyebabkan
perubahan stabil dari urutan nukleotida (gambar 13.1b). Pergantian
tersebut dikenal sebagai mutasi transisi dan relatif umum. Di sisi lain,
mutasi transversi, mutasi di mana purin diganti untuk pirimidin, atau
pirimidin untuk purin, lebih jarang karena masalah sterik memasangkan
purin dengan purin dan pirimidin dengan pirimidin. Kesalahan replikasi
juga dapat menyebabkan penambahan dan penghapusan nukleotida.
Mutasi ini umumnya terjadi di mana ada bentangan pendek dari nukleotida
yang sama. Di lokasi seperti itu, pemasangan template dan untai baru dapat
dipindahkan oleh jarak urutan berulang yang mengarah ke penambahan atau
penghapusan basis di untai baru (gambar 13.2).
 8

Mutasi spontan juga dapat berasal dari lesi pada DNA dan juga dari
kesalahan replikasi.
Sebagai contoh, nukleotida
purin dapat mengalami
depurinasi — yaitu,
kehilangan basa mereka.
Ini menghasilkan
pembentukan situs
apurinic, yang tidak
mendasarkan pasangan
secara normal dan dapat
menyebabkan mutasi tipe
transisi setelah putaran
replikasi berikutnya.
Demikian juga, pirimidin
dapat hilang, membentuk
situs apyrimidinic. Lesi lain disebabkan oleh bentuk oksigen reaktif seperti
radikal bebas oksigen dan peroksida diproduksi selama metabolisme aerob.
Gambar 13.2. Penambahan dan Penghapusan. Sebuah mekanisme hipotetis untuk
generasi penambahan dan penghapusan selama replikasi. Arah replikasi
ditunjukkan oleh panah biru. Dalam setiap kasus ada selip untai yang
mengakibatkan pembentukan loop kecil yang distabilkan oleh ikatan hidrogen
dalam urutan berulang. , peregangan AT dalam contoh ini. (a) Jika untai baru
tergelincir, penambahan satu hasil T. (B) Selipkan untai orangtua menghasilkan
penghapusan (dalam hal ini, kehilangan dua Ts).
Ini dapat mengubah basis DNA dan menyebabkan mutasi. Sebagai contoh,
guanin dapat dikonversi menjadi 8-okso-7,8-dihydrodeoksi guanin, yang
sering dipasangkan dengan adenin daripada sitosin selama replikasi.
Akhirnya, mutasi spontan dapat hasil dari penyisipan DNAsegments ke
dalam gen. Sisipan biasanya menonaktifkan gen. Mereka disebabkan oleh
pergerakan urutan penyisipan dan transposon. Mutasi penyisipan sangat
sering terjadi pada Escherichia coli dan banyak bakteri lainnya. Elemen
 9

genetik ini dijelaskan secara lebih rinci di bagian 13.5. Meskipun sebagian
besar ahli genetika percaya bahwa mutasi spontan terjadi secara acak
dengan tidak adanya agen eksternal dan kemudian dipilih, pengamatan oleh
beberapa ahli mikrobiologi telah menyebabkan hipotesis alternatif dan
kontroversial. Kontroversi dimulai ketika John Cairns dan rekan-rekannya
melaporkan bahwa galur E. coli mutan, tidak dapat menggunakan laktosa
sebagai sumber karbon dan energi, dapat memperoleh kembali kemampuan
untuk melakukannya lebih cepat ketika laktosa ditambahkan ke media kultur
sebagai satu-satunya karbon. sumber. Laktosa tampaknya menginduksi
mutasi yang memungkinkan E. coli untuk menggunakan gula lagi. Salah
satu interpretasi dari pengamatan ini adalah bahwa mutasi adalah contoh
mutasi terarah atau adaptif — yaitu, beberapa bakteri tampaknya dapat
memilih mutasi mana yang terjadi sehingga mereka dapat beradaptasi
dengan lingkungannya dengan lebih baik. Banyak penjelasan telah
ditawarkan untuk menjelaskan fenomena ini tanpa tergantung pada induksi
mutasi tertentu. Salah satunya adalah proposal bahwa hypermutation dapat
menghasilkan hasil seperti itu. Beberapa bakteri kelaparan mungkin dengan
cepat menghasilkan banyak mutasi melalui aktivasi gen mutator khusus. Ini
akan menghasilkan banyak sel bakteri mutan. Dalam proses acak seperti itu,
laju produksi mutan yang menguntungkan akan meningkat, dengan banyak
dari mutan ini yang masih hidup untuk dihitung. Tampaknya akan ada
mutasi yang diarahkan atau adaptif karena hanya mutan dengan mutasi yang
menguntungkan yang akan bertahan. Ada dukungan untuk hipotesis ini. Gen
mutator telah ditemukan dan terbukti menyebabkan hipermutasi di bawah
tekanan nutrisi. Sekalipun hipotesis mutasi yang diarahkan salah, ia telah
menstimulasi banyak penelitian yang berharga dan mengarah pada
penemuan fenomena baru.
Mutasi yang diinduksi
10
 11

Hampir semua agen

yang secara
langsung merusak
DNA, mengubah
kimianya, atau
dengan cara apa
pun mengganggu
fungsinya akan
menyebabkan
mutasi. Mutagen
dapat dengan mudah diklasifikasikan menurut mode tindakan mereka. Tiga
jenis mutagen kimia yang umum adalah analog basa, agen pengubah DNA,
dan agen interkalasi. Sejumlah agen fisik (mis., Radiasi) merusak DNA dan
juga bersifat mutagen. Analog basa secara struktural mirip dengan basa
nitrogen normal dan dapat dimasukkan ke dalam rantai polinukleotida yang
sedang tumbuh selama replikasi (tabel 13.1). Begitu berada di tempat,
senyawa ini biasanya menunjukkan sifat pasangan basa yang berbeda dari
basa yang mereka ganti dan akhirnya dapat menyebabkan mutasi yang
stabil. Basa analog yang banyak digunakan adalah 5-bromouracil (5-BU),
analog timin. Ini mengalami pergeseran tautomerik dari bentuk keto normal
menjadi enol lebih sering daripada basis normal Tautomer enol membentuk
ikatan hidrogen seperti sitosin dan mengarahkan penggabungan guanin
daripada adenin (gambar 13.3). Mekanisme kerja analog basa lain mirip
dengan 5-bromourasil. Agen pengubah DNA mengubah struktur basis dan
karenanya mengubah karakteristik pasangan dasarnya. Beberapa mutagen
dalam kategori ini cukup selektif; mereka lebih suka bereaksi dengan
beberapa basa dan menghasilkan jenis kerusakan DNA tertentu. Contoh dari
jenis mutagen ini adalah metil-nitrosoguanidin, zat alkilasi yang
menambahkan gugus metil ke guanin, menyebabkannya salah kaprah
dengan timin (gambar 13.4). Putaran replikasi selanjutnya dapat
menghasilkan transisi GC-AT. Hydroxylamine adalah contoh lain dari agen
 12

pengubah DNA. Ini menghidroksilasi nitrogen C-4 dari sitosin,

menyebabkannya menjadi pasangan basa seperti timin. Ada banyak agen
pemodifikasi DNA lain yang dapat menyebabkan kesalahan pasangan. Agen
interkalasi mendistorsi DNA untuk menginduksi penyisipan dan
penghapusan pasangan nukleotida tunggal. Mutagens ini planar dan
memasukkan diri mereka (intercalate) antara pangkalan helix. Ini
menghasilkan mutasi, mungkin melalui pembentukan loop dalam DNA. Zat
perantara termasuk asridine seperti proflavin dan acridine orange. Banyak
mutagen, dan memang banyak karsinogen, secara langsung merusak basa
dengan sangat parah sehingga ikatan hidrogen antara pasangan basa
terganggu atau dicegah dan DNA yang rusak tidak lagi bertindak sebagai
templat untuk replikasi. Sebagai contoh, UV radiation menghasilkan dimer
tipe cyclobutane, biasanya dimer thymine, antara pirimidin yang berdekatan
(gambar 13.5). Contoh lain adalah radiasi pengion dan karsinogen seperti
toksin jamur aflatoksin B1 dan turunan benzo (a) piren lainnya. Retensi
pasangan basa yang tepat sangat penting dalam pencegahan mutasi. Sel
telah mengembangkan mekanisme perbaikan yang luas. Seringkali
kerusakan dapat diperbaiki sebelum mutasi terjadi secara permanen
didirikan. Jika siklus replikasi DNA lengkap terjadi sebelum lesi awal
diperbaiki, mutasi sering menjadi stabil dan diturunkan. Mekanisme
perbaikan dibahas pada bagian 13.3.
Efek Mutasi
Efek mutasi dapat dijelaskan pada tingkat protein dan dalam hal sifat
atau fenotipe yang mudah diamati. Dalam semua kasus, dampaknya mudah
diketahui hanya jika menghasilkan perubahan fenotipe. Secara umum,
bentuk gen yang lebih umum dan fenotip yang terkait disebut tipe liar.
Mutasi dari tipe liar ke bentuk mutan disebut mutasi maju (tabel 13.2).
Mutasi ke depan dapat dibalik dengan mutasi kedua yang mengembalikan
 13

jenis-anak. Ketika mutasi kedua adalah pada situs yang sama dengan mutasi
asli, itu disebut mutasi pengembalian. Reversi sejati mengubah urutan
nukleotida mutan kembali ke urutan tipe liar. Jika mutasi kedua berada di
lokasi yang berbeda dari mutasi asli, itu disebut mutasi penekan. Mutasi
penekan mungkin berada dalam gen yang sama (mutasi penekan intragenik)
atau dalam gen yang berbeda (mutasi penekan ekstragenik). Karena mutasi
titik adalah jenis mutasi yang paling umum, efeknya akan menjadi fokus di
sini.

Mutasi pada Gen Penyandi Protein

Mutasi titik pada gen penyandi protein dapat memengaruhi struktur
protein dalam berbagai cara (tabel 13.2). Mutasi titik dinamai menurut jika
dan bagaimana mereka mengubah protein yang dikodekan. Jenis mutasi titik
yang paling umum adalah mutasi diam, mutasi missense, mutasi nonsense,
dan mutasi frameshift. Ini dijelaskan secara lebih rinci di bawah ini.
1. Mutasi Diam/Silent Mutations -diam mengubah urutan nukleotida
kodon, tetapi tidak mengubah asam amino yang dikodekan oleh kodon
itu. Ini dimungkinkan karena degenerasi kode genetik. Karena itu, ketika
ada lebih dari satu kodon untuk asam amino yang diberikan, substitusi
basa tunggal dapat mengakibatkan pembentukan kodon baru untuk asam
amino yang sama. Misalnya, jika CGU kodon diubah menjadi CGC, ia
masih akan mengkode arginin meskipun telah terjadi mutasi. Mutasi
hanya dapat dideteksi pada tingkat DNA atau mRNA. Ketika tidak ada
perubahan dalam protein, tidak ada perubahan dalam fenotipe
organisme.
2. Mutasi Missense/ Missense Mutations melibatkan substitusi basa
tunggal yang mengubah kodon untuk satu asam amino menjadi kodon
untuk yang lain. Misalnya, kodon GAG, yang menentukan asam
glutamat, dapat diubah menjadi GUG, yang mengkode valin. Efek
mutasi missense bervariasi. Mereka mengubah struktur protein, tetapi
efek dari perubahan ini dapat berkisar dari hilangnya aktivitas sampai
 14

tidak ada perubahan sama sekali. Ini karena efek mutasi missense pada
fungsi protein tergantung pada jenis dan lokasi substitusi asam amino.
Misalnya, penggantian asam amino nonpolar di bagian dalam protein
dengan asam amino polar dapat secara drastis mengubah struktur tiga
dimensi protein dan karenanya fungsinya. Demikian pula penggantian
asam amino kritis di situs aktif enzim sering merusak aktivitasnya.
Namun, penggantian satu amino polar Asam dengan yang lain pada
permukaan protein mungkin memiliki sedikit atau tidak ada efek. Mutasi
Missense sebenarnya memainkan peran yang sangat penting dalam
menyediakan variabilitas baru untuk mendorong evolusi karena mereka
sering tidak mematikan dan karenanya tetap berada di kumpulan gen.
Protein (lampiran I)
3. Mutasi yang tidak masuk akal menyebabkan penghentian awal
terjemahan dan karenanya menghasilkan polipeptida yang lebih pendek.
Mereka disebut mutasi nonsense/ Nonsense Mutations karena mereka
mengubah sense kodon menjadi nonsense atau stop kodon. Tergantung
pada lokasi relatif dari mutasi, fenotip mungkin kurang lebih terpusat.
Sebagian besar protein mempertahankan beberapa fungsi jika
dipersingkat hanya oleh satu atau dua asam amino; hilangnya fungsi
normal sepenuhnya hampir pasti akan terjadi jika mutasi terjadi lebih
dekat ke awal atau tengah gen.
4. Mutasi frameshift muncul dari penyisipan atau penghapusan satu atau
dua pasangan basa dalam wilayah pengkodean gen. Karena kode terdiri
dari urutan kodon triplet yang tepat, penambahan atau penghapusan
kurang dari tiga pasangan basa akan menyebabkan bingkai bacaan
digeser untuk semua kodon di hilir. Gambar 13.6 menunjukkan efek
mutasi frameshift pada bagian pendek mRNA dan urutan asam
amino yang dikodekan. Mutasi frameshift biasanya sangat merusak
dan menghasilkan fenotipe mutan yang dihasilkan dari sintesis
protein nonfungsional. Selain itu, mutasi frameshift sering
menghasilkan omong kosong atau menghentikan kodon sehingga
 15

produk peptida lebih pendek dan berbeda secara berurutan. Tentu

saja jika frameshift terjadi di dekat ujung gen, atau jika ada
frameshift kedua tak lama dari hilir yang mengembalikan frame
membaca, efek fenotipik mungkin tidak drastis. Frameshift kedua
di dekatnya yang mengembalikan bingkai pembacaan yang tepat
adalah contoh yang baik dari mutasi penekan intragenik (tabel
13.2).

Gambar 13.6 Mutasi Frameshift. Mutasi frameshift yang dihasilkan dari

penyisipan pasangan basa GC. Frameshift membaca menghasilkan peptida
yang berbeda setelah penambahan.
Seperti disebutkan sebelumnya, perubahan struktur protein dapat
menyebabkan perubahan fungsi protein, yang pada gilirannya dapat
mengubah fenotip suatu organisme. Fenotipe mikroorganisme dapat
dipengaruhi dalam beberapa cara berbeda. Mutasi morfologis mengubah
morfologi kolonial atau seluler mikroorganisme. Mutasi mematikan,
ketika diekspresikan, mengakibatkan kematian mikroorganisme. Karena
mikroba harus dapat tumbuh untuk diisolasi dan dipelajari, mutasi yang
mematikan hanya dapat dipulihkan jika mereka resesif pada organisme
diploid atau merupakan mutasi kondisional pada organisme haploid.
Mutasi bersyarat adalah mereka yang diekspresikan hanya di bawah
 16

kondisi lingkungan tertentu. Sebagai contoh, mutasi mematikan

bersyarat pada E. coli mungkin tidak dinyatakan dalam kondisi permisif
seperti suhu rendah tetapi akan dinyatakan dalam kondisi terbatas seperti
suhu tinggi. Dengan demikian mutan hipotetis akan tumbuh secara
normal pada suhu permisif tetapi akan mati pada suhu tinggi.
Mutasi biokimia adalah yang menyebabkan perubahan biokimia
sel. Karena mutasi ini sering menonaktifkan jalur biosintesis, mereka sering
menghilangkan kapasitas mutan untuk membuat makromolekul penting
seperti asam amino atau nukleotida. Strain yang mengandung mutasi seperti
itu memiliki fenotip bersyarat: ia tidak dapat tumbuh pada medium yang
tidak memiliki molekul itu, tetapi tumbuh ketika molekul itu tersedia.
Mutan seperti itu disebut auksotrof, dan mereka dikatakan sebagai
auksotrofik untuk molekul yang tidak dapat mereka sintesiskan. Jika jenis
liar dari mana mutan muncul adalah chemoorganotroph mampu tumbuh
pada media minimal yang hanya mengandung garam (untuk memasok
unsur-unsur yang diperlukan seperti nitrogen dan fosfor) dan sumber
karbon, itu disebut prototrof. Jenis lain dari mutan biokimia adalah mutan
resistensi. Mutan ini telah memperoleh resistensi terhadap beberapa
patogen, bahan kimia atau antibiotik. Mutan auksotrofik dan resistensi
cukup penting dalam genetika mikroba karena kemudahan seleksi dan
kelimpahan relatifnya.
Mutasi dalam Urutan Peraturan (Sekuensing Pengatur Gen)
Beberapa mutasi yang paling menarik dan informatif yang dipelajari
oleh ahli genetika mikroba adalah yang terjadi dalam sekuens pengatur yang
bertanggung jawab untuk mengendalikan ekspresi gen. Mutan operon
laktosa konstitutif pada E. coli adalah contoh yang sangat baik. Banyak
dari mutasi ini memetakan di lokasi operator dan menghasilkan urutan
operator yang diubah yang tidak dikenali oleh protein represor. Oleh
karena itu operon terus ditranskripsi, dan -galactosidase selalu
disintesis. Mutasi pada promotor juga telah diidentifikasi. Jika mutasi
menjadikan urutan promotor tidak berfungsi, mutan tidak akan dapat
 17

mensintesis produk meskipun daerah pengkodean gen struktural sepenuhnya

normal. Tanpa promotor yang berfungsi penuh, RNA polimerase jarang
mentranskripsi gen dan juga tipe liar. Peraturan inisiasi transkripsi (bagian
12.2)
Mutasi pada Gen tRNA dan rRNA
Mutasi pada rRNA dan tRNA mengubah fenotip suatu organisme
melalui gangguan sintesis protein. Faktanya, mutan-mutan ini seringkali
pada awalnya diidentifikasi karena pertumbuhannya yang lambat. Di sisi
lain, mutasi penekan yang melibatkan tRNA akan mengembalikan
tingkat pertumbuhan normal (atau mendekati normal). Di sini
substitusi basa di daerah antikodon dari tRNA memungkinkan
penyisipan asam amino yang benar pada kodon mutan (tabel 13.2).
13.2 Deteksi dan Isolasi Mutan
Untuk mempelajari mutan mikroba, seseorang harus dapat mendeteksi
mereka dengan mudah, bahkan ketika mereka langka, dan kemudian secara
efisien mengisolasi mereka dari organisme tipe liar dan mutan lain yang tidak
menarik. Ahli genetika mikroba biasanya meningkatkan kemungkinan
memperoleh mutan dengan menggunakan mutagen untuk meningkatkan laju
mutasi dari yang biasa, satu mutan per 107 menjadi 1011 sel menjadi sekitar
satu per 103 hingga 106 sel. Bahkan pada tingkat ini, mutasi jarang terjadi
dan dirancang dengan hati-hati untuk mendeteksi atau memilih mutasi yang
diinginkan harus digunakan. Bagian ini menjelaskan beberapa teknik yang
digunakan dalam deteksi, seleksi, dan isolasi mutan.
Deteksi Mutan
 18

Gambar 13.7 Replika

Plating. Penggunaan pelapis
replika dalam mengisolasi
lisin auksotrof. Polutan
dihasilkan dengan
memperlakukan suatu kultur
dengan mutagen. Kultur yang
mengandung jenis liar dan
auksotrof dilapisi pada media
lengkap. Setelah koloni
berkembang, sepotong
beludru steril ditekan pada
permukaan piring untuk
mengambil bakteri dari
masing-masing koloni.
Kemudian beludru ditekan ke
permukaan piring lain dan
organisme dipindahkan ke
posisi yang sama seperti pada
master plate. Setelah
menentukan lokasi koloni Lys tumbuh pada replika dengan media lengkap , auksotrof
dapat diisolasi dan dikultur.

Saat mengumpulkan mutan dari suatu organisme tertentu, seseorang harus

mengetahui karakteristik bakteri normal atau tipe normal untuk mengenali
fenotipe yang dianalisis. Sistem deteksi yang cocok untuk fenotipe mutan juga
diperlukan. Sistem pendeteksian pada procaryote dan organisme haploid
lainnya bersifat langsung karena setiap mutasi harus dilihat segera, bahkan
jika diperlukan pencemaran. Kadang-kadang, pendeteksian dari mutan
langsung adalah tidak langsung. Sebagai contoh, jika kalsomomutan dari
bakteri berpigmen normal sedang dipelajari, deteksi hanya memerlukan
pengamatan visual dari warna koloni yang sedang dipelajari. Sistem deteksi
 19

langsung lainnya lebih kompleks. Misalnya, teknik penyepuhan replika

digunakan untuk mendeteksi mutan auksotrofik. Ini membedakan antara
mutan dan strain tipe liar berdasarkan kemampuan mereka untuk tumbuh
tanpa adanya produk akhir biosintetik tertentu (gambar 13.7). Auxysroph lisin,
misalnya, akan tumbuh pada media yang didukung lisin tetapi tidak pada
media yang kekurangan pasokan lisin yang memadai karena tidak dapat
mensintesis asam amino ini. Setelah metode deteksi ditetapkan, mutan
dikumpulkan. Namun, koleksi mutan dapat menghadirkan masalah praktis.
Pertimbangkan pencarian mutan albino yang disebutkan sebelumnya. Jika
tingkat mutasi sekitar satu dalam satu juta, rata-rata satu juta atau lebih
organisme harus diuji untuk menemukan satu mutan albino. Ini mungkin akan
membutuhkan beberapa ribu lempeng. Tugas mengisolasi mutan auksotrofik
dengan cara ini akan lebih merata. lebih melelahkan dengan tenaga kerja
tambahan replika plating. Jadi jika mungkin, lebih efisien untuk menggunakan
sistem seleksi yang menggunakan beberapa faktor lingkungan untuk
memisahkan mutan dari mikroorganisme tipe liar. Contoh sistem seleksi
dijelaskan selanjutnya.
Seleksi Mutan

Teknik seleksi yang efektif menggunakan kondisi inkubasi di mana

mutan tumbuh, karena sifat yang diberikan oleh mutasi, sedangkan tipe
liar tidak. Metode seleksi sering melibatkan mutasi pengembalian atau
pengembangan resistensi terhadap tekanan lingkungan. Misalnya, jika
tujuannya adalah untuk mengisolasi revertan dari lysine auxotroph (Lys),
pendekatannya cukup mudah. Populasi besar auxysrophs lisin dilapisi pada
media minimal yang kekurangan lisin, diinkubasi, dan diperiksa untuk
pembentukan koloni. Hanya sel yang telah bermutasi untuk mengembalikan
kemampuan memproduksi lisin yang akan tumbuh pada medium minimal
(gambar 13.8). Beberapa juta
 20

Gambar 13.8 Pemilihan Mutan.

Produksi dan pemilihan langsung
reaktan auksotrof.

Dalam contoh ini, reaktif lisin

dipilih setelah perawatan
kultur auksotrof lisin karena
agar mengandung media
minimal yang tidak
mendukung pertumbuhan
auksotrof. sel dapat dilapisi pada cawan petri tunggal, tetapi hanya sel
revertant langka yang akan tumbuh. Dengan demikian banyak sel dapat
diuji mutasi dengan memindai beberapa cawan petri untuk
pertumbuhan. Metode ini telah terbukti sangat berguna dalam menentukan
mutagenisitas relatif dari banyak zat. Metode untuk memilih mutan yang tahan
terhadap tekanan lingkungan tertentu mengikuti pendekatan yang sama.
Seringkali sel tipe liar rentan terhadap serangan virus atau pengobatan
antibiotik, sehingga dimungkinkan untuk menumbuhkan bakteri di hadapan
agen dan mencari organisme yang selamat. Pertimbangkan contoh bakteri tipe
liar fagesensitif. Ketika organisme dikultur dalam medium yang kurang dari
virus dan kemudian dilapisi pada media selektif yang mengandung virus,
setiap koloni yang terbentuk resisten terhadap serangan virus dan sangat
mungkin adalah mutan dalam hal ini. Jenis seleksi ini dapat digunakan untuk
hampir semua parameter lingkungan; resistensi terhadap bakteriofag (virus
bakteri), antibiotik, atau suhu paling sering digunakan. Pemindahan substrat
juga diterapkan pada pemilihan bakteri. Banyak bakteri hanya menggunakan
sedikit sumber karbon primer. Dengan bakteri seperti itu, dimungkinkan untuk
memilih mutan dengan melapisi kultur pada media yang mengandung sumber
daya alternatif. Anycoloni mengatakan bahwa yang muncul dapat
 21

menggunakan substrat dan mungkin merupakan mutan. Metode deteksi dan

seleksi mutan digunakan untuk tujuan selain memahami lebih lanjut tentang
sifat gen atau biokimia mikroorganisme tertentu. Salah satu peran yang sangat
penting dari teknik seleksi dan deteksi mutan adalah dalam studi karsinogen.
Bagian selanjutnya menjelaskan secara singkat salah satu yang pertama dan
mungkin paling dikenal dari sistem pengujian karsinogen.
Pengujian Karsinogenisitas
Pemahaman yang meningkat tentang mekanisme mutasi dan induksi
kanker telah merangsang upaya untuk mengidentifikasi karsinogen
lingkungan. Pengamatan bahwa banyak agen karsinogenik juga bersifat
mutagenik adalah dasar untuk mendeteksi karsinogen potensial dengan
menguji mutagenisitas sambil mengambil keuntungan dari teknik seleksi
bakteri dan waktu generasi pendek. Tes Ames, yang dikembangkan oleh Bruce
Ames pada 1970-an, telah banyak digunakan untuk menguji karsinogen. Tes
Ames adalah uji pengembalian mutasi menggunakan beberapa strain khusus
Salmonella enterica serovar Typhimurium, yang masing-masing memiliki
mutasi berbeda dalam operon biosintesis histidin; artinya, mereka adalah
histotin auksotrof. Bakteri juga memiliki perubahan mutasi pada dinding sel
mereka yang membuatnya lebih permeabel untuk menguji zat. Untuk lebih
meningkatkan sensitivitas uji, strain tersebut cacat dalam kemampuan untuk
memperbaiki DNA secara benar. Dalam tes Ames, jenis tester khusus
Salmonella ini dilapisi
dengan substansi yang
sedang diuji dan
diikuti penampilan
koloni yang terlihat
(gambar 13.9).
Gambar 3.19.
Pengujian Tes Ames
Pengujian Mutagenitas
 22

Untuk memastikan bahwa replikasi DNA dapat terjadi di hadapan

mutagen potensial, bakteri dan zat uji dicampur dalam agar-agar encer
cair yang telah ditambahkan jejak histidin. Campuran cair ini kemudian
dituangkan di atas piring agar minimal dan diinkubasi selama 2 hingga 3
hari pada suhu 37 ° C. Semua auksotrof histidin tumbuh selama
beberapa jam pertama di hadapan senyawa uji sampai histidin habis. Ini
diperlukan karena, seperti yang telah dibahas sebelumnya, replikasi
diperlukan untuk pengembangan mutasi (gambar 13.3). Setelah pasokan
histidin habis, hanya revertant/gen mutan yang telah mendapatkan
kembali kemampuan untuk mensintesis histidin yang terus tumbuh dan
menghasilkan koloni yang terlihat. Koloni-koloni ini hanya perlu dihitung
dan dibandingkan dengan kontrol untuk memperkirakan mutagenisitas
relatif senyawa: semakin banyak koloni, semakin besar mutagenisitasnya.
Ekstrak hati amamalia juga sering ditambahkan ke agar-agar yang meleleh
sebelum pelapisan. Ekstrak tersebut mengubah karsinogen potensial menjadi
turunan elektrofilik yang siap bereaksi dengan DNA. Proses ini terjadi secara
alami ketika zat-zat asing dimetabolisme di hati. Karena bakteri tidak
memiliki sistem aktivasi ini, penambahan ekstrak hati mempromosikan jenis
transformasi enzimatik yang sama yang terjadi pada mamalia. Banyak
karsinogen potensial, seperti aflatoksin, sebenarnya tidak bersifat karsinogenik
sampai dimodifikasi di hati. Penambahan ekstrak menunjukkan yang mana
compounds have intrinsic mutagenicity and which need activation after
uptake. senyawa memiliki mutagenisitas intrinsik dan yang membutuhkan
aktivasi setelah penggunaan. Meskipun menggunakan ekstrak hati, hanya
sekitar setengah dari karsinogen hewan potensial yang terdeteksi oleh tes
Ames.
13.3 Perbaikan DNA
Karena kesalahan replikasi dan berbagai mutagen dapat mengubah
urutan nukleotida, mikroorganisme harus dapat memperbaiki perubahan dalam
urutan yang mungkin mematikan. DNA diperbaiki oleh beberapa mekanisme
berbeda selain proofreading oleh enzim replikasi (DNA polimerase dapat
 23

menghilangkan nukleotida yang salah segera setelah penambahannya ke ujung

rantai yang berkembang). Perbaikan pada E. coli paling baik dipahami dan
dijelaskan secara singkat di bagian ini
Perbaikan Eksisi
Perbaikan eksisi memperbaiki kerusakan yang menyebabkan distorsi
pada double helix. Dua jenis sistem perbaikan eksisi telah dijelaskan:
perbaikan eksisi nukleotida dan perbaikan eksisi dasar. Mereka dibedakan
oleh enzim yang digunakan untuk memperbaiki kerusakan DNA. Namun,
keduanya menggunakan pendekatan yang sama untuk memperbaiki:
menghilangkan bagian DNA strand yang rusak dan menggunakan untai
komplementer yang utuh sebagai templat untuk sintesis DNA baru. Dalam
perbaikan nukleotida eksisi, dipasangkan dengan menggunakan
UvrABCuntuk menghilangkan basa yang rusak dan beberapa basa di kedua
sisi lesi. Celah beruntai tunggal, sekitar 12 nukleotida panjang, diisi oleh
DNA, polimerase, dan DNA. Gambar 13.10 menyajikan proses secara
terperinci. Sistem ini dapat menghilangkan dimer timin (gambar 13.5) dan
memperbaiki hampir semua cedera lain yang menghasilkan distorsi yang
dapat dideteksi dalam DNA.
Perbaikan eksisi dasar
menggunakan glikosilase DNA
untuk menghilangkan basa yang
rusak atau tidak alami
menghasilkan situs apurinic atau
apyrimidinic (AP).
Endonucleases khusus yang
disebut AP endonucleases
mengenali DNA yang rusak dan
menusuk tulang punggung di
APsite (gambar 13.11). DNA
polimerase I menghilangkan
daerah yang rusak, menggunakan
 24

aktivitas exonuclease 5 ′ hingga 3.. Kemudian mengisi celah, dan DNA ligase
bergabung dengan fragmen DNA.
Perbaikan Langsung (Direct Repair)

Gambar 13.12 Perbaikan Langsung. (a) Perbaikan dimer timin oleh photolyase (b)
Perbaikan methylguanine dengan transfer gugus metil ke alkyltransferase.
Dimer timin dan basa teralkilasi sering diperbaiki dengan perbaikan
langsung. Fotoreaktivasi adalah perbaikan dimer timin dengan memecahnya
menjadi timin terpisah dengan bantuan cahaya tampak dalam reaksi fotokimia
yang dikatalisis oleh enzim photolyase (gambar 13.12a). Metil dan beberapa
gugus alkil lain yang telah ditambahkan ke posisi guanin O6 dapat
dihilangkan dengan bantuan enzim yang dikenal sebagai alkyltransferase atau
methylguanine methyltransferase (gambar 13.12b). Dengan demikian,
kerusakan guanin dari mutagen seperti metil-nitrosoguanidin (gambar 13.4)
dapat diperbaiki secara langsung.
Perbaikan Ketidakcocokan (Missmatch Repair)
 25

Gambar 13.13 Perbaikan

Ketidakcocokan Methyl-Directed di E.coli. MutS slide sepanjang DNA dan
mengenali ketidakcocokan basis dalam double helix. Mut akan mengikat MutS dan
bertindak sebagai penghubung antara MutS dan MutH. DNA harus diulang agar
interaksi ini terjadi. Peran MutH adalah untuk mengidentifikasi untai teretilasi dari
DNA, yang merupakan untaian orang tua yang tidak dipetakan. Adenin yang
dimetilasi diberi nama m.
Meskipun akurasi DNA polymerase dan proof reading terus menerus,
kesalahan masih terjadi selama replikasi DNA. Basis yang tidak cocok yang
tersisa biasanya terdeteksi dan diperbaiki oleh sistem perbaikan yang tidak
cocok di E. coli (gambar 13.13). Enzim koreksi ketidakcocokan MutS
memindai DNA yang baru direplikasi untuk pasangan yang tidak cocok.
Enzim lain, MutH, menghilangkan hamparan DNA yang baru disintesis di
sekitar ketidakcocokan. A DNA polymerase kemudian menggantikan
nukleotida yang dieksisi, dan nick yang dihasilkan disegel dengan ligase.
Dalam hal ini, perbaikan ketidakcocokan mirip dengan perbaikan eksisi.
Perbaikan ketidakcocokan yang berhasil tergantung pada kemampuan enzim
untuk membedakan antara untaian DNA yang lama dan yang baru direplikasi.
Perbedaan ini dimungkinkan karena untai DNA yang baru direplikasi
kekurangan gugus metil pada basa mereka, sedangkan DNA yang lebih tua
 26

memiliki gugus metil pada basa kedua helai. Metilasi DNA dikatalisis oleh
metiltransferase DNA dan menghasilkan tiga produk berbeda: N6-
metiltadenin, 5-metiltosin, dan N4-metiltosin. Setelah sintesis untai, DNA E.
coli adenine methyltransferase (DAM) memetilasi basa adenin dalam sekuens
GATC untuk membentuk N6methyladenine. Untuk waktu yang singkat
setelah garpu replikasi telah berlalu, untai baru tidak memiliki kelompok
metil sementara untai templat dimetilasi. Dengan kata lain, DNA dimetilasi
secara sementara. Sistem perbaikan memotong ketidakcocokan dari untai
yang tidak termetilasi.
Perbaikan Rekombinasi (Recombination Repair)
Perbaikan rekombinan mengoreksi DNA yang rusak di mana
kedua pangkalan pasangan hilang atau rusak, atau di mana ada celah di
seberang lesi. Dalam jenis perbaikan ini pemotongan protein RecA a
sepotong DNA template dari molekul sejenis dan masukkan ke dalam
celah atau gunakan untuk mengganti untai yang rusak (gambar 13.14).
 27

Meskipun prokariot adalah haploid, salinan segmen rusak yang lain sering
tersedia karena baru-baru ini direplikasi atau sel tumbuh dengan cepat dan
memiliki lebih dari satu salinan kromosomnya. Setelah template terpasang,
kerusakan yang tersisa dapat diperbaiki oleh sistem perbaikan lain.
Respon SOS
Meskipun memiliki beberapa sistem perbaikan, kadang-kadang
kerusakan pada DNA suatu organisme sangat besar sehingga mekanisme
perbaikan normal yang baru saja dijelaskan tidak dapat memperbaiki
semua kerusakan. Akibatnya, DNA synthesis berhenti sepenuhnya.
Dalam situasi seperti itu, jaringan kontrol global yang disebut respons
SOS diaktifkan. Respons SOS, seperti perbaikan rekombinasi,
tergantung pada aktivitas protein RecA. RecA mengikat istirahat DNA
dan untaian tunggal atau ganda yang dihasilkan oleh penghentian
sintesis DNA. Pengikatan RecA memulai perbaikan rekombinasi. Secara
bersamaan, RecA mengambil fungsi proteolitik yang menghancurkan
protein penekan yang disebut LexA. LexA secara negatif mengatur
 28

fungsi banyak gen yang terlibat dalam perbaikan dan sintesis DNA.
Penghancuran LexA meningkatkan transkripsi gen untuk perbaikan
eksisi dan perbaikan rekombinasi, khususnya. Gen pertama yang
ditranskripsi adalah gen yang mengkode protein Uvr yang diperlukan
untuk perbaikan eksisi nukleotida (gambar 13.10). Kemudian gen-gen
yang terlibat dalam perbaikan rekombinasional selanjutnya diregulasi. Untuk
memberi waktu sel untuk memperbaiki DNA-nya, protein SfiA diproduksi;
SfiA memblokir pembelahan sel. Akhirnya, jika DNA belum sepenuhnya
diperbaiki setelah sekitar 40 menit, proses yang disebut sintesis DNA
translesion dipicu. Dalam proses ini, DNA polimerase IV (juga dikenal
sebagai DinB) dan V (UmuCD) mensintesis celah DNAacross dan lesi lain
(mis., Timin dimer) yang telah menghentikan DNA polymerase III. Namun,
karena templat utuh tidak ada, polimerase respons SOS ini sering
memasukkan basis yang salah. Selain itu, mereka tidak memiliki aktivitas
proofreading. Karena itu, meskipun sintesis DNA terus berlanjut, sangat
rentan kesalahan dan menghasilkan generasi banyak mutasi. Respons SOS
dinamakan demikian karena respons yang dibuat dalam situasi hidup atau
mati. Respons meningkatkan kemungkinan bahwa beberapa sel akan bertahan
hidup dengan membiarkan sintesis DNA berlanjut. Untuk sel, risiko kematian
karena kegagalan untuk mereplikasi DNA lebih besar daripada risiko yang
ditimbulkan oleh mutasi yang dihasilkan oleh proses rawan kesalahan ini.
13.4 Pembuatan Variabilitas Genetik
Seperti dibahas sebelumnya, konsekuensi dari mutasi dapat berkisar
dari tidak ada efek menjadi mematikan, tergantung tidak hanya pada sifat
mutasi tetapi juga pada lingkungan di mana organisme hidup. Jadi semua
mutasi tunduk pada tekanan selektif, dan ini menentukan apakah mutasi akan
bertahan dalam suatu populasi. Setiap bentuk mutan yang bertahan disebut
alel, bentuk alternatif gen. Alel mutan, serta alel tipe liar, dapat
dikombinasikan dengan gen lain, yang mengarah ke peningkatan variabilitas
genetik dalam suatu populasi. Setiap genotipe dalam suatu populasi dapat
dipilih atau dipilih untuk dilawan. Organisme dengan genotipe, dan karenanya
 29

fenotipe, yang paling cocok untuk lingkungan hidup dan mampu meneruskan
gen mereka. Pergeseran dalam tekanan lingkungan dapat menyebabkan
perubahan populasi dan pada akhirnya menghasilkan evolusi spesies baru.
Mekanisme di mana kombinasi gen baru dihasilkan adalah topik dari bagian
ini. Semua melibatkan rekombinasi, proses di mana satu atau lebih molekul
asam nukleat disusun kembali atau dikombinasikan untuk menghasilkan
urutan nukleotida baru. Ini biasanya disertai dengan perubahan fenotipik. Para
ahli genetika menyebut organisme yang dihasilkan setelah peristiwa
rekombinasi sebagai organisme rekombinan atau sekadar rekombinan.
Rekombinasi Pada Eukariot
 30

Gambar 13.15 Rekombinasi Selama Meiosis. Selama meiosis, kromosom homolog

berpasangan dan cross-over dapat terjadi. Genotipe rekombinan yang terbentuk
diwariskan oleh organisme progeni, di mana mereka dapat menghasilkan fenotipe
rekombinan. Melakukan lintas yang melibatkan sekuens DNA yang serupa disebut
rekombinasi homolog
Proses-proses yang menciptakan variabilitas genetik pada eucaryotes
berbeda dari yang di procaryotes. Genotipe rekombinan dapat muncul dari
pengintegrasian virus ke dalam kromosom inang dan pergerakan elemen
genetik seluler. Namun, peristiwa rekombinasi yang paling penting
terjadi selama siklus seksual, termasuk meiosis, dari eucaryotes yang
mampu reproduksi seksual. Selama meiosis, persilangan antar
kromosom homolog — kromosom yang mengandung urutan gen yang
identik (gambar 13.15) —memproduksi kombinasi alel baru. Ini diikuti
oleh pemisahan kromosom menjadi gamet dan kemudian oleh
pembentukan zigot, yang selanjutnya meningkatkan variabilitas genetik.
Pemindahan gen dari orang tua ke anak kadangkala disebut transfer gen
vertikal.
Transfer Gen Horisontal Pada Prokariot

Gambar 13.16
Produksi dan Nasib
Merozigot
 31

Tidak seperti eucaryotes, procaryotes tidak bereproduksi secara

seksual, mereka juga tidak mengalami meiosis. Ini akan menunjukkan bahwa
variasi genetik dalam populasi procaryotes akan relatif terbatas, hanya
terjadi dengan munculnya mutasi baru atau dengan integrasi virus dan
elemen genetik seluler ke dalam kromosom. Namun, ini bukan masalahnya.
Procaryotes telah mengembangkan tiga mekanisme berbeda untuk
menciptakan rekombinan. Mekanisme ini disebut secara kolektif sebagai
transfer gen horizontal (atau lateral) (HGT). HGT berbeda dari transfer gen
vertikal karena gen dari satu organisme dewasa yang independen ditransfer ke
yang lain, sering kali menciptakan rekombinan stabil yang memiliki
karakteristik baik donor maupun penerima. Pernah terpikir bahwa HGT terjadi
terutama di antara anggota spesies yang sama. Namun, semakin jelas bahwa
HGT penting dalam evolusi banyak spesies, dan bahwa HGT masih umum di
banyak lingkungan. Selain itu, ada contoh-contoh jelas DNA dari satu spesies
yang ditransfer ke spesies yang jauh. Pentingnya HGT tidak bisa dilebih-
lebihkan. Pengakuannya sebagai kekuatan evolusi telah menyebabkan ahli
biologi evolusi mempertimbangkan kembali pohon kehidupan universal yang
pertama kali diusulkan oleh Carl Woese pada tahun 1970-an. Hal ini dirasakan
oleh beberapa orang bahwa hubungan filogenetik lebih baik diwakili oleh web
atau jaringan hubungan daripada pohon (lihat gambar 19.15). HGT masih
membentuk genom. Sebagai contoh, telah ditunjukkan bahwa procaryotes
yang berbagi ceruk ekologis dapat bertukar gen dan ini mengubah sifat
komunitas mikroba di habitat. Contoh penting lainnya adalah evolusi dan
penyebaran gen resistensi antibiotik di antara bakteri patogen. Evolusi
mikroba (bagian 19.1) Selama HGT, sepotong DNA donor, eksogenote, harus
masuk dan menjadi bagian yang stabil dari sel penerima. Hal ini dapat
dilakukan dalam cara, tergantung pada karakteristik gen. Jika eksogenote
adalah pembelahan DNA yang tidak mampu mereplikasi dirinya sendiri dan
 32

rentan terhadap degradasi oleh nuklease yang ada pada penerima (misalnya,
potongan linear kecil dari kromosom donor), maka eksogenote harus
berintegrasi ke dalam kromosom sel penerima (endogenote), mengganti
sebagian bahan genetik sel penerima. Ketika hal ini terjadi, penerima menjadi
diploid untuk sementara waktu untuk melamar dari genomnya dan memanggil
merozygote (gambar 13.16). Namun, jika genoto tidak dapat memunculkan
replikasi diri dan tahan terhadap serangan oleh nukleasi sel penerima (mis.,
Plasmid), maka ia tidak perlu berintegrasi ke dalam kromosom sel penerima.
Sebaliknya, ia dipertahankan independen dari endogenote. Transfer gen
horizontal dapat terjadi dalam tiga cara: transfer langsung antara dua bakteri
sementara dalam kontak fisik (konjugasi), transfer fragmen DNA telanjang
(transformasi), dan transportasi DNA bakteri oleh virus bakteri (transduksi).
Apa pun moda transfernya, eksogenote hanya memiliki empat kemungkinan
nasib di penerima (gambar 13.16). Pertama, ketika eksogenote memiliki
urutan yang homolog dengan endogenote, integrasi dapat terjadi; yaitu, ia
dapat berpasangan dengan DNA penerima dan digabungkan untuk
menghasilkan genom rekombinan. Kedua, DNA asing terkadang bertahan di
luar endogenote dan bereplikasi untuk menghasilkan klon sel diploid parsial.
Ketiga, eksogenote dapat bertahan, tetapi tidak mereplikasi, sehingga hanya
satu sel diploid parsial. Akhirnya, nuklease sel inang dapat menurunkan
eksogenote, suatu proses yang disebut restriksi inang.
Rekombinasi di Tingkat Molekuler
Meskipun proses yang berbeda digunakan dalam eucaryotes dan
procaryotes untuk membuat organisme rekombinan, mekanisme rekombinasi
pada tingkat molekuler sangat mirip. Tiga jenis rekombinasi diamati:
rekombinasi homolog, rekombinasi spesifik lokasi, dan transposisi.
1. Rekombinasi Homolog, bentuk rekombinasi yang paling umum, biasanya
melibatkan pertukaran timbal balik antara sepasang molekul DNA dengan
urutan nukleotida yang sama. Ini dapat terjadi di mana saja pada kromosom,
dan itu hasil dari kerusakan untai DNA dan reuni yang mengarah ke
persilangan. Rekombinasi homolog dilakukan oleh produk-produk gen rec,
 33

termasuk protein RecA, yang juga penting untuk perbaikan DNA (tabel 13.3).
Model rekombinasi homolog yang paling banyak diterima adalah model
double-strand break (gambar 13.17). Ini mengusulkan bahwa duplex DNA
dengan jeda merek ganda diproses untuk membuat DNA dengan ujung untai
tunggal. RecA mempromosikan penyisipan satu ujung untai tunggal ke dalam
DNA homolog yang utuh. Ini disebut invasi untai. Seperti dapat dilihat pada
gambar 13.17, invasi untai menghasilkan pembentukan dua celah dalam dua
molekul DNA induk. Kesenjangan diisi, menghasilkan struktur dengan DNA
heteroduplex; yaitu mengandung untai yang berasal dari kedua tetua molekul.
Dua molekul DNA orangtua sekarang dihubungkan bersama oleh dua struktur
yang disebut persimpangan Holliday. Struktur-struktur ini bergerak sepanjang
molekul DNA selama migrasi cabang sampai akhirnya dipotong dan dua
molekul DNA dipisahkan. Bergantung pada bagaimana ini terjadi, molekul
DNA yang dihasilkan akan bersifat rekombinan atau non-rekombinan. Dalam
beberapa kasus, bentuk rekombinasi homolog yang non-resiprokal terjadi
(gambar 13.18). Dalam rekombinasi homolog non-resiprokal, sepotong materi
genetik dimasukkan ke dalam kromosom melalui penggabungan untai tunggal
untuk membentuk hamparan DNA heteroduplex.
2. Jenis kedua rekombinasi, rekombinasi spesifik situs, sangat penting
dalam pengintegrasian genom virus ke dalam kromosom inang. Dalam
rekombinasi khusus-situs, materi genetik hanya membawa sebagian kecil
homologi dengan kromosom yang disatukannya. Enzim yang bertanggung
jawab untuk peristiwa ini sering spesifik untuk urutan dalam virus tertentu dan
inangnya.
3. Jenis ketiga rekombinasi adalah transposisi, yang juga tidak tergantung
pada urutan homologi. Ini dapat terjadi di banyak situs dalam genom dan akan
dibahas secara lebih rinci di bagian 13.5. Hingga sekitar tahun 1945, fokus
utama dalam analisis genetik adalah rekombinasi gen pada tumbuhan dan
hewan. Pekerjaan awal tentang rekombinasi pada eucaryotes yang lebih tinggi
mengarah pada dasar genetika klasik, tetapi pengembangan genetika bakteri
dan fag antara tahun 1945 dan 1965 yang benar-benar merangsang kemajuan
 34

pesat dalam pemahaman kita tentang genetika molekuler. Oleh karena itu
rekombinasi pada Bakteri dan virus adalah fokus utama dari pembahasan
rekombinasi berikut ini. Kami mulai dengan pertimbangan transposon dan
plasmid — elemen genetik yang dapat terlibat dalam peristiwa rekombinasi —
dan kemudian beralih ke mekanisme transfer gen horizontal di Bakteri.
13.5 Elemen Transposable
 35

Kromosom procaryotes, virus, dan sel eucaryotic mengandung

potongan-potongan DNA yang dapat bergerak dan berintegrasi ke situs-situs
berbeda di dalam kromosom. Gerakan semacam itu disebut transposisi, dan
memainkan peran penting dalam pembentukan kombinasi gen baru.
Keterikatan DNA yang membawa gen yang diperlukan untuk transposisi
adalah elemen
transposable atau
transposon,
kadang-kadang
disebut “gen
pelompat” Tidak
seperti proses lain
yang mengatur
ulang DNA,
transposisi tidak
memerlukan area
homologi yang
luas antara transposon dan situs tujuannya. Transposon pertama kali
ditemukan pada tahun 1940-an oleh Barbara McClintock selama studinya
tentang genetika jagung (sebuah penemuan yang ia dianugerahi hadiah Nobel
pada tahun 1983). Mereka telah dipelajari paling intens di Bakteri. Unsur
transposable yang paling sederhana adalah urutan penyisipan atau elemen IS
(gambar 13.19a). Elemen IS adalah sekuens pendek DNA (panjangnya sekitar
750 hingga 1.600 pasangan basa [bp]) yang hanya mengandung gen untuk
enzim yang diperlukan untuk transposisi dan dibatasi pada kedua ujungnya
dengan urutan nukleotida yang identik atau sangat mirip dalam orientasi
terbalik yang dikenal sebagai pengulangan terbalik. Pengulangan terbalik
biasanya sekitar 15 sampai 25 pasangan basa panjang dan bervariasi di antara
elemen IS sehingga setiap jenis IS memiliki karakteristik pengulangan
terbalik yang khas.
 36

Gambar 13.19 Elemen Transposable. Semua elemen transposable mengandung

elemen umum. Ini termasuk pengulangan terbalik (IR) di ujung elemen dan gen
transposase. (A) Urutan penyisipan hanya terdiri dari IR di kedua sisi gen
transposase. (b) Transposon komposit dan (c) transposon replikatif mengandung gen
tambahan. Urutan pemasukan dan transposon komposit bergerak dengan transposisi
sederhana (cut-and-paste). Transposisi replika bergerak dengan transposisi replikasi.
RS, pengulangan langsung pada DNA inang, mengapit transposabel elemen.

Di antara pengulangan terbalik adalah gen yang mengkode enzim

yang disebut transposase. Enzim ini diperlukan untuk mengubah posisi dan
mengenali secara akurat setiap akhir dari SIS. Setiap jenis elemen diberi
nama dengan memberinya awalan IS diikuti dengan angka. Dalam E. coli
beberapa salinan elemen IS yang berbeda telah diamati; beberapa propertinya
diberikan dalam tabel 13.4. Unsur yang dapat dipindahkan juga dapat
mengandung gen selain yang diperlukan untuk transposisi (misalnya,
resistensi antibiotik atau gen toksin). Unsur-unsur ini sering disebut
transposon komposit. Transposon komposit sering terdiri dari daerah pusat
yang mengandung gen ekstra, diapit di kedua sisi oleh elemen IS yang identik
atau sangat mirip secara berurutan (gambar 13.19b).
Banyak transposon komposit lebih sederhana dalam organisasi.
Mereka dibatasi oleh pengulangan terbalik pendek, dan wilayah pengkodean
berisi gen transposisi dan gen tambahan. Dipercayai bahwa transposon
komposit terbentuk ketika dua elemen IS terkait dengan segmen sentral yang
mengandung satu atau lebih gen. Hubungan ini dapat muncul jika elemen IS
mereplikasi dan memindahkan hanya satu atau dua gen ke dalam kromosom.
Nama transposon komposit dimulai dengan awalan Tn. Beberapa sifat
komposit terpilih diberikan dalam tabel 13. Proses transposisi pada
procaryote dapat terjadi oleh dua mekanisme dasar. Transposisi
sederhana, juga disebut transposisi cut-and paste, melibatkan eksisi
transposase yang dikatalisis transposase, diikuti oleh pembelahan situs
target baru dan ligasi transposon ke situs ini (gambar 13.20). Situs target
 37

adalah urutan spesifik sekitar lima hingga sembilan pasangan basa. Ketika
transposon menyisipkan di situs target, urutan target digandakan sehingga
pengulangan sekuens langsung mengapit terminal transposon, pengulangan
terbalik. Mekanisme transposisi kedua adalah transposisi replikatif.
Dalam mekanisme ini, transposon asli tetap berada di situs induk pada
kromosom dan sebuah ulangan dimasukkan di situs DNA target (gambar
13.21). Transposisi transposon Tn3 adalah contoh transposisi replikasi yang
dipelajari dengan baik. Pada tahap pertama, DNA yang mengandung Tn3
bergabung dengan DNA target untuk membentuk molekul kointegrasi
(gambar 13.21, langkah 1). Proses ini membutuhkan enzim transposase Tn3
yang dikodekan oleh gen tnpA (gambar 13.22). Perhatikan bahwa cointegrate
memiliki dua salinan transposon Tn3. Pada tahap kedua kointegrasi
diselesaikan untuk menghasilkan dua molekul DNA, masing-masing dengan
salinan transposon (gambar 13.21, langkah 3). Resolusi melibatkan crossover
dan dikatalisis oleh enzim resolvase yang dikodekan oleh gen tnpR (gambar
13.22). Unsur transposabel menghasilkan berbagai efek penting. Mereka
dapat menyisipkan di dalam gen untuk menyebabkan mutasi atau merangsang
pengaturan ulang DNA, yang mengarah ke penghapusan materi genetik.
Karena beberapa transposon membawa kodon berhenti atau urutan
pemutusan, ketika ditransformasikan ke dalam gen, mereka masing-masing
dapat memblokir terjemahan atau transkripsi. Demikian juga, transposon lain
membawa promotor dan dapat mengaktifkan gen di dekat titik penyisipan.
Dengan demikian transposon dapat menghidupkan atau mematikan gen.
Transposon juga terletak di plasmid dan berpartisipasi dalam proses seperti
fusi plasmid, penyisipan plasmid ke dalam kromosom, dan evolusi plasmid.
Peran transposon dalam evolusi plasmid menjadi perhatian khusus. Plasmid
dapat mengandung beberapa situs target transposon yang berbeda. Karena itu,
transposon sering berpindah di antara plasmid. Yang menjadi perhatian
adalah kenyataan bahwa banyak transposon mengandung antibiotik gen
resistensi. Jadi ketika mereka bergerak dari satu plasmid ke yang lain, gen
resistensi dimasukkan ke dalam plasmid target, menciptakan plasmid
 38

resistensi (R). Beberapa plasmid yang resistan terhadap obat dapat timbul dari
akumulasi transposon dalam plasmid (gambar 13.22). Banyak R plasmid
mampu bergerak dari satu sel ke sel lainnya selama konjugasi, yang
menyebarkan gen resistensi ke seluruh populasi. Akhirnya, karena transposon
juga bergerak antara plasmid dan kromosom, gen resistansi obat dapat
bertukar antara dua molekul ini, yang mengakibatkan penyebaran resistensi
antibiotik lebih lanjut. Beberapa transposon mengandung gen transfer dan
dapat bergerak di antara bakteri melalui proses konjugasi, seperti yang
dibahas dalam bagian 13.7. Contoh transposon konjugatif yang dipelajari
dengan baik adalah Tn916 dari Enterococcus faecalis. Meskipun Tn916 tidak
dapat mereplikasi secara mandiri, Tn916 dapat mentransfer dirinya dari E.
faecalis ke berbagai penerima dan berintegrasi ke dalam kromosom mereka.
Karena membawa gen untuk resistensi tetrasiklin, transposon konjugatif ini
juga menyebarkan resistensi obat.

13.6 Plasmid Bakteri

 39

Gambar 13.23 F plasmid. Gen yang berperan dalam konjugasi diperlihatkan, dan
beberapa fungsinya diindikasikan. Plasmid juga mengandung tiga sekuens
penyisipan dan transposon. Situs untuk inisiasi replikasi lingkaran bergulir dan
transfer gen selama konjugasi adalah oriT.

Konjugasi, transfer DNA antara bakteri yang melibatkan kontak

langsung, tergantung pada keberadaan “ekstra” DNA yang dikenal sebagai
plasmid. Plasmid memainkan banyak peran penting dalam kehidupan
procaryotes. Mereka juga telah terbukti sangat berharga bagi ahli
mikrobiologi dan ahli genetika molekuler dalam membangun dan mentransfer
kombinasi genetik baru dan gen kloning seperti yang dijelaskan dalam bab
14. Ingatlah dari bab 3 bahwa plasmid adalah molekul DNA ganda berlipat
ganda yang dapat eksis secara independen dari kromosom inang. Mereka
 40

memiliki asal-usul replikasi mereka sendiri dan mereplikasi secara mandiri

dan secara turun temurun diwariskan. Beberapa plasmid adalah episom,
plasmid yang dapat hidup dengan atau tanpa diintegrasikan ke dalam
kromosom inang. Meskipun ada berbagai jenis plasmid, perhatian kami di
sini adalah dengan plasmid konjugatif. Plasmid ini dapat mentransfer
salinan dirinya ke bakteri lain selama proses konjugasi.
Mungkin plasmid konjugatif yang paling banyak dipelajari adalah
faktor F. Ini memainkan peran utama dalam konjugasi pada E. coli dan
merupakan plasmid konjugatif pertama yang dideskripsikan (gambar 13.23).
Faktor F panjangnya sekitar 100 kilobase dan mengandung gen yang
bertanggung jawab untuk perlekatan sel dan transfer plasmid antara strain
bakteri tertentu selama konjugasi. Sebagian besar informasi yang diperlukan
untuk transfer plasmid terletak di operasi tra, yang mengandung setidaknya
28 gen. Banyak di antaranya mengarahkan pembentukan pili seks yang
menempel pada sel F (sel donor yang mengandung F plasmid) ke sel F
(gambar 13.24).

Gambar 13.24 Konjugasi Bakteri.

Sebuah mikrograf elektron dari dua sel E.coli pada tahap awal konjugasi. Sel F + di
sebelah kanan ditutupi dengan pili atau fimbriae kecil, dan pilus seks
menghubungkan kedua sel.
Produk gen lain membantu transfer DNA. Selain itu, faktor F memiliki
beberapa segmen yang disebut urutan penyisipan yang membantu integrasi
plasmid ke dalam kromosom sel inang. Dengan demikian faktor F adalah
suatu episom yang dapat ada di luar kromosom bakteri atau dapat
diintegrasikan ke dalamnya (gambar 13.25).
 41

Gambar
13.25 Integrasi Plasmid. Integrasi reversibel dari F plasmid atau faktor ke dalam
kromosom bakteri inang. Proses dimulai dengan hubungan antara urutan penyisipan
plasmid dan bakteri. O panah (putih) menunjukkan situs di mana transfer kromosom
berorientasi ke sel penerima dimulai. B, 1, dan 2 mewakili penanda genetik
13.7 Konjugasi Bakteri
Bukti awal untuk konjugasi bakteri, transfer DNA oleh sel langsung
ke kontak sel, berasal dari eksperimen elegan yang dilakukan oleh Joshua
Lederberg dan Edward Tatum pada tahun 1946. Mereka mencampur dua
strain auksotrofik, menginkubasi
kultur untuk beberapa jam dalam
medium nutrisi, dan kemudian
dilapisi dengan media minimal.
Untuk mengurangi kemungkinan
bahwa hasil-hasil mereka disebabkan
oleh pembalikan sederhana, mereka
menggunakan dua atau tiga auxotrof
dengan asumsi bahwa dua atau tiga
pembalikan simultan akan sangat
jarang. Sebagai contoh, satu strain
 42

diperlukan biotin (Bio), phenylalanine (Phe), dan sistein (Cys) untuk

pertumbuhan, dan yang lain diperlukan treonin (Thr), leusin (Leu), dan tiamin
(Thi). Koloni prototrofik rekombinan muncul pada media minimal setelah
inkubasi (gambar 13.26).
Gambar 13.26 Bukti untuk Konjugasi Bakteri. Demonstrasi Lederberg dan Tatum
tentang rekombinasi genetik menggunakan teks triple auxotrophs.
Gambar 13.27 Eksperimen tabung-U. Eksperimen tabung-U yang
digunakan untuk menunjukkan bahwa rekombinasi genetik dengan konjugasi
memerlukan kontak fisik langsung antara bakteri.
Dengan demikian kromosom dari dua auksotrof mampu
mengasosiasikan dan menjalani rekombinasi. Lederberg dan Tumum tidak
secara langsung membuktikan bahwa kontak fisik sel diperlukan untuk
transfer gen. Bukti ini diberikan oleh Bernard Davis (1950), yang membuat
tabung U yang terdiri dari dua buah tabung kaca melengkung yang menyatu
di pangkalan untuk membentuk bentuk U dengan filter kaca yang pecah di
antara kedua bagian. Filter memungkinkan lewatnya media tetapi bukan
bakteri. Tabung U diisi dengan medium nutrisi dan masing-masing sisi
diinokulasi dengan strain auxotrophic E. coli yang berbeda (gambar 13.27).
Selama inkubasi, media dipompa bolak-balik melalui filter untuk memastikan
pertukaran media antara bagian. Setelah inkubasi 4 jam, bakteri disalut pada
media minimal. Davis menemukan bahwa ketika kedua strain auksotrofik
dipisahkan satu sama lain oleh filter halus, transfer gen tidak dapat terjadi.
Oleh karena itu kontak langsung diperlukan untuk rekombinasi yang telah
diamati oleh Lederberg danTatum. Konjugasi faktor-mediasi F adalah salah
satu sistem konjugasi yang paling baik dipelajari. Ini adalah fokus dari bagian
ini.
F F Mating Pada tahun 1952 William Hayes menunjukkan bahwa
transfer gen yang diamati oleh Lederberg dan Tatum adalah kutub. Yaitu, ada
jenis donor tertentu (F, atau subur) dan penerima (F, atau tidak subur), dan
transfer gen tidak resiprokal. Dia juga menemukan bahwa pada F F kawin,
keturunannya jarang berubah sehubungan dengan auxotrophy (yaitu, gen
 43

kromosom tidak sering ditransfer), tetapi strain F sering menjadi F. Hasil ini
mudah dijelaskan dalam hal faktor F yang dijelaskan sebelumnya (gambar
13.23). Strain F mengandung faktor F ekstrachromosomal yang membawa
gen untuk pembentukan pilus seks dan transfer plasmid. Pilus seks digunakan
untuk menjalin kontak antara sel F dan F (gambar 13.28a). Setelah kontak
dibuat, pilus menarik kembali, membawa sel ke dalam kontak fisik yang
dekat. Sel F kemudian bersiap untuk transfer DNA dengan menyusun apresi
sekresi tipe IV, menggunakan banyak gen yang sama yang digunakan untuk
biogenesis pilus seks; pilus seks tertanam dalam struktur sekresi (gambar
13.29). Faktor F kemudian direplikasi oleh mekanisme lingkaran-bergulir
(lihat gambar 11.12). Replikasi dimulai oleh kompleks protein yang disebut
relaxosome, yang mengambil satu untai faktor F di situs yang disebut oriT
(untuk asal transfer). Relaxase, suatu enzim yang terkait dengan relaxosome,
tetap melekat pada ujung 5 'dari untaian sobek. Ketika faktor F direplikasi,
untai yang dipindahkan dan enzim relaxase yang melekat bergerak melalui
sistem sekresi tipe IV ke sel penerima. Karena pilus tertanam dalam alat
sekresi, telah disarankan bahwa DNA bergerak melalui lumen di pilus.
Namun, studi tentang sistem konjugasi terkait, yaitu patogen tanaman
Agrobacterium tumefaciens, memberikan bukti kuat bahwa DNA tidak
bergerak melalui pilus seks. Namun, perlu dicatat bahwa meskipun sistem
faktor F dan sistem Agrobacterium saling terkait, ada satu perbedaan penting
antara keduanya. Sistem faktor F digunakan untuk mentransfer DNA dari satu
bakteri ke bakteri lain, sedangkan sistem Agrobacterium memindahkan DNA
dari bakteri ke inang tanamannya. Apa pun jalur transfernya, ketika plasmid
ditransfer, untaian yang masuk disalin untuk menghasilkan DNA untai ganda.
Frekuensi rekombinasi rendah karena gen kromosom jarang ditransfer dengan
faktor F independent Konjugasi Hfr
 Tidak lama setelah ditemukannya perkawinan F F, tipe konjugasi
termediasi faktor F kedua ditemukan. Dalam jenis konjugasi ini, donor
mentransfer gen kromosom dengan efisiensi tinggi, tetapi tidak mengubah
bakteri penerima menjadi sel F. Karena frekuensi tinggi rekombinan yang
 44

dihasilkan oleh perkawinan ini, itu disebut sebagai konjugasi Hfr dan donor
disebut strain Hfr. Meskipun pada awalnya mekanisme Hfr konjugasi tidak
diketahui, akhirnya ditentukan bahwa strain Hfr mengandung faktor F yang
diintegrasikan ke dalam kromosom mereka, daripada bebas dalam sitoplasma
(gambar 13.28b). Ketika terintegrasi, operasi operas F Plasmid masih
berfungsi; plasmid dapat mengarahkan sintesis pili, melakukan replikasi
lingkaran-bergulir, dan mentransfer materi genetik ke sel penerima F. Namun,
alih-alih mentransfer sendiri, faktor F mengarahkan transfer kromosom inang.
Pemindahan DNA dimulai ketika faktor F terintegrasi terpotong di tempat
asal transfernya. Ketika direplikasi, kromosom bergerak ke penerima (gambar
13.28c). Karena hanya sebagian dari faktor F yang ditransfer, penerima F
tidak menjadi F kecuali seluruh kromosom ditransfer. Pemindahan seluruh
kromosom dengan faktor F terintegrasi membutuhkan sekitar 100 menit
dalam E. coli, dan koneksi antara sel biasanya terputus sebelum proses ini
selesai. Jadi faktor F lengkap biasanya tidak ditransfer, dan penerima tetap F.
Seperti disebutkan sebelumnya, ketika strain Hfr berpartisipasi dalam
konjugasi, gen bakteri sering ditransfer ke penerima. Pemindahan gen bisa
dalam arah searah jarum jam atau berlawanan arah jarum jam di sekitar
kromosom sirkular, tergantung pada orientasi faktor F terintegrasi. Setelah
kromosom donor yang direplikasi memasuki sel penerima, ia dapat
terdegradasi atau dimasukkan ke dalam genom F melalui rekombinasi.
F′Konjugasi
Gambar 13.29
Sistem Sekresi Tipe
IV Dikodekan oleh
F Factor. Sistem
sekresi tipe IV tipe
F yang dikodekan
terdiri dari banyak
protein Tra,
termasuk protein
TraA, yang
 45

membentuk pilus seks, dan TraD, yang merupakan faktor penghubung. Beberapa
protein Tra terletak di membran plasma (PM), yang lain meluas ke periplasma (P)
dan melewati lapisan peptidoglikan (PG) ke membran luar (OM) dan lapisan
lipopolysaccharide (LPS). 
Karena F plasmid adalah episome, ia dapat meninggalkan kromosom
bakteri dan melanjutkan statusnya sebagai faktor F otonom. Kadang-kadang
selama proses ini, plasmid membuat kesalahan dalam eksisi dan mengambil
liputan dari kromosom. Karena biasanya sekarang berbeda secara nyata dari
faktor F asli, ini disebut F ′ plasmid (gambar 13.30a). Sudah lazim untuk
mengamati dimasukkannya satu gen gen dagu dieksisi satu atau lebih
kromosom. Plasmid yang mengandung F plasmid mempertahankan semua
gennya, meskipun beberapa di antaranya ada di plasmid. Itu hanya
dikawinkan dengan penerima F. Konjugasi F ′ F mirip dengan perkawinan F
F. Sekali lagi, plasmid di transfer apa adanya disalin oleh pengendali-sirkle
replikasi. Namun, gen bakteri pada kromosom biasanya tidak ditransfer
(gambar 13.30b).
Gen bakteri yang
diperoleh selama eksisi F-
plasmid ditransfer
dengannya dan tidak
perlu dimasukkan ke
dalam kromosom
penerima untuk
diekspresikan.
Gambar 13.30 Konjugasi F
'. (a) Karena kesalahan
dalam eksisi, gen A dari sel
Hfr diambil oleh faktor F.
(b) Gen A kemudian
ditransfer ke penerima
selama konjugasi.
 46

Penerima menjadi F′ dan menghisap secara lateral karena tidak

memiliki gen bakteri yang sama yang terdapat pada F ′ plasmid juga
ditemukan pada kromosom penerima lainnya. Di samping itu, gen bakteri
tertentu dapat menyebar dengan cepat ke seluruh populasi bakteri. Konjugasi
sangat penting bagi ahli genetika mikroba. Perilaku diploid parsial
menunjukkan apakah alel yang dibawa oleh F-plasmid dominan atau resesif
terhadap gen kromosom. Pembentukan F ′ plasmid juga berguna dalam
pemetaan kromosom karena jika dua gen diambil oleh faktor F mereka harus
bertetangga. Contoh Lain Konjugasi Bakteri Meskipun sebagian besar
penelitian tentang plasmid dan konjugasi telah dilakukan dengan
menggunakan E. coli dan bakteri gram negatif lainnya, plasmid yang dapat
menular sendiri terdapat dalam genera bakteri gram positif seperti Bacillus,
Streptococcus, Enterococcus, Staphylococcus, dan Streptomyces. Apalagi
yang diketahui tentang sistem ini. Tampaknya lebih sedikit gen transfer yang
terlibat, mungkin karena pilus seks mungkin tidak diperlukan untuk transfer
plasmid. Misalnya, sel penerima Enterococcus faecalis melepaskan sinyal
kimia peptida pendek yang mengaktifkan gen transfer dalam sel donor yang
mengandung plasmid yang tepat. Sel donor dan penerima secara langsung
menempel satu sama lain melalui protein yang dikodekan dengan plasmid
khusus yang dilepaskan oleh sel donor yang diaktifkan. Pemindahan plasmid
kemudian terjadi.
13.8 Transformasi DNA
Ketika bakteri berdesis, mereka melepaskan sejumlah besar DNA ke
lingkungan sekitarnya. Fragmen-fragmen ini mungkin relatif besar dan
mengandung beberapa gen. Jika sebuah fragmen menghubungi sel yang
kompeten, sel yang mampu mengambil DNA dan diubah, DNA dapat diikat
ke sel dan dibawa ke dalam (gambar 13.31a). Frekuensi transformasi sel yang
sangat kompeten adalah sekitar 10 3 untuk sebagian besar genera ketika
kelebihan DNA digunakan. Artinya, sekitar satu sel dalam setiap seribu akan
mengambil dan mengintegrasikan gen. Kompetensi adalah fenomena yang
kompleks dan tergantung pada beberapa kondisi. Bakteri harus berada pada
 47

tahap pertumbuhan tertentu; misalnya, Streptococcus pneumoniae menjadi

kompeten selama fase eksponensial ketika populasi mencapai sekitar 107
hingga 108 sel per ml. Ketika populasi menjadi kompeten, bakteri seperti S.
pneumoniae mengeluarkan protein kecil yang disebut faktor kompetensi yang
merangsang produksi 8 hingga 10 protein baru yang diperlukan untuk
transformasi. Sejauh ini transformasi alami hanya ditemukan pada genus
tertentu termasuk Streptococcus, Bacillus, Thermoactinomyces,
Haemophilus, Neisseria, Moraxella, Acinetobacter, Azotobacter,
Helicobacter, dan Pseudomonas. Transfer gen oleh proses ini terjadi di tanah
dan ekosistem akuatik dan mungkin merupakan rute penting pertukaran
genetika dalam biofilm dan komunitas mikroba lainnya. Mekanisme
transformasi telah dipelajari secara intensif di S. pneumoniae (gambar 13.32).

Gambar 13.31 Transformasi Bakteri. Transformasi dengan (a) fragmen DNA

dan (b) plasmid. Transformasi dengan plasmid sering diinduksi secara artifisial di
laboratorium. Transformasi DNA berwarna ungu dan integrasi berada pada
wilayah homogen genom.
 48

Gambar 13.33 Sistem Penyerapan

DNA. (a) Mesin serapan DNA di
N.gonorrhoeae. (b) Mesin serapan di
B.subtilis

Sel yang kompeten mengikat

fragmen DNA untai ganda jika
fragmennya cukup besar; prosesnya
acak, dan fragmen donor saling
bersaing. DNA kemudian dibelah
oleh endonukleas menjadi dua kali
lipat merek berukuran sekitar 5 sampai 15 kilobase. Penyerapan DNA
membutuhkan pengeluaran energi. Satu untai dihidrolisis oleh exonuclease
terkait-amplop selama pengambilan; untai lainnya berhubungan dengan
protein kecil dan bergerak melalui membran plasma. Fragmen beruntai
tunggal kemudian dapat disejajarkan dengan wilayah homolog genom dan
diintegrasikan, mungkin dengan mekanisme yang mirip dengan yang
digambarkan pada gambar 13.18. Transformasi pada Haemophilus
influenzae, bakteri gram negatif, berbeda dari pada S. pneumoniae dalam
beberapa hal. H. influenzae tidak menghasilkan faktor kompetensi untuk
merangsang pengembangan kompetensi, dan itu mengambil DNA dari hanya
spesies yang berhubungan erat (S. pneumoniae kurang khusus tentang sumber
DNA-nya). DNA beruntai ganda, dikomplekskan dengan protein, diambil
oleh vesikel membran. Kekhususan transformasi H. influenzae adalah karena
urutan pasangan basa 11 khusus (5′AAGTGCGGTCA3 ′) yang diulang lebih
dari 1.400 kali dalam DNA H. influenzae. DNA harus memiliki urutan ini
untuk diikat oleh sel yang kompeten. Kompleks protein yang mengambil
DNA bebas harus dapat memindahkannya melalui dinding gram negatif dan
gram positif, yang mungkin tebal dan kompleks. Seperti yang diharapkan,
 49

mesin tersebut cukup besar dan rumit dan muncul terkait dengan sistem
sekresi protein. Gambar 13.33a menunjukkan diagram skematik kompleks
yang digunakan oleh bakteri gram negatif Neisseria gonorrhoeae. PilQ
membantu pergerakan melintasi membran luar, dan kompleks pilin PilE
menggerakkan DNA melalui periplasma dan peptidoglikan. ComE adalah
protein yang mengikat DNA; N adalah nuclease yang mendegradasi satu
untai sebelum DNA memasuki sitoplasma melalui saluran transmembran
yang dibentuk oleh Koma. Mesin bakteri gram positif seperti Bacillus subtilis
digambarkan pada gambar 13.33b. Ini terlokalisasi pada kutub sel, dan dapat
terjadi, banyak komponen yang serupa dengan yang ada pada N.
gonorrhoeae: thepilincomplex (ComGC), pengikat DNA yang mengikat
(ComEA), nuclease (N), dan saluran protein (ComEC). ComFA adalah
translocase DNA yang memindahkan DNA ke dalam sitoplasma. Setara gram
negatif dari ComFA belum diidentifikasi di N. gonorrhoeae. Para ahli
genetika mikroba mengeksploitasi transformasi untuk memindahkan sel-sel
DNA (biasanya DNA rekombinan). Namun, asal sudah dicatat, banyak
spesies, termasuk E. coli, tidak mampu mentransformasi secara alami.
Untungnya, bakteri ini dapat dibuat kompeten secara buatan dengan
perawatan tertentu. Dua teknik umum adalah sengatan listrik dan paparan
kalsium klorida. Kedua pendekatan membuat membran sel lebih permeabel
terhadap DNA dan keduanya telah digunakan untuk membuat sel-sel E. coli
yang secara artifisial kompeten. Untuk meningkatkan frekuensi transformasi
dengan E. coli, strain yang kurang satu atau lebih nukleasi digunakan. Strain
ini sangat penting ketika mengubah sel dengan DNA linier, yang rentan
terhadap serangan nukleasi. Lebih mudah mengubah bakteri dengan DNA
plasmid karena plasmid tidak mudah terdegradasi seperti fragmen linier dan
dapat mereplikasi di dalam inang (gambar 13.31b).
13.9 Transduksi
Cara ketiga transfer gen bakteri adalah transduksi. Ini adalah mode
transfer gen horizontal yang sering di alam dan dimediasi oleh virus.
Metodologi dan siklus hidup dari bakteri atau bakteri bakteri tidak dibahas
 50

secara rinci sampai bab 17. Namun, perlu dijelaskan secara singkat siklus
hidup di sini sebagai latar belakang untuk pertimbangan peran mereka dalam
transfer gen. Virus secara struktural sederhana, seringkali terdiri dari genom
asam nukleat yang dilindungi oleh lapisan protein yang disebut capsid.
Mereka tidak dapat mereplikasi secara mandiri. Sebaliknya, mereka
menginfeksi dan mengendalikan sel inang, memaksa inang untuk membuat
banyak salinan virus. Virus yang menginfeksi bakteri disebut bakteriofag,
atau singkatnya fag. Beberapa fag direplikasi oleh inang bakteri mereka
segera setelah masuk. Setelah jumlah fag yang direplikasi mencapai
jumlah tertentu, mereka menyebabkan inang lisis, sehingga mereka
dapat dilepaskan dan menginfeksi sel inang baru (gambar 13.34). Fag ini
disebut bakteriofag yang mematikan dan prosesnya disebut siklus litik.
Bakteriofag lain tidak segera membunuh inangnya. Banyak dari virus ini
memasuki bakteri inang dan, alih-alih mereplikasi, masukkan genomnya ke
dalam kromosom bakteri. Setelah dimasukkan, genom virus disebut profage.
Bakteri inang tidak terluka oleh ini, dan genom fag direplikasi secara pasif
ketika genom sel inang direplikasi. Bakteriofag ini disebut bakteriofag sedang
dan hubungan antara virus ini dan inangnya disebut lysogeny (gambar 13.34).

Gambar 13.34 Siklus Lytic dan Lisysogenik dari Fag Sedang. Fag virus
hanya menjalani siklus litik. Fag fase spesifik memiliki dua fase untuk siklus hidup
 51

mereka. Siklus lisogenik memungkinkan genom virus untuk direplikasi secara pasif
sebagai genom sel inang direplikasi. Faktor lingkungan tertentu seperti cahaya UV
dapat menyebabkan sakelar dari siklus lisogenik ke siklus litik. Pada siklus litik,
partikel-partikel virus baru dibuat dan dilepaskan ketika sel inang lisis. Fag-vululul
yang terbatas hanya terbatas pada siklus litik.

Bakteri yang telah dihisogenisasi disebut lisogen. Fag beriklim sedang

dapat tetap tidak aktif di inang mereka selama beberapa generasi. Namun,
mereka dapat diinduksi untuk beralih ke siklus pertumbuhan litik dalam
kondisi tertentu, termasuk iradiasi UV. Ketika ini terjadi, profag dikeluarkan
dari genom bakteri dan siklus litik berlanjut. Transduksi adalah transfer gen
bakteri oleh virus. Gen bakteri dimasukkan ke dalam fag kapsid karena
kesalahan yang dibuat selama siklus hidup virus. Virus yang mengandung
gen-gen ini kemudian menyuntikkannya ke bakteri lain, menyelesaikan
transfer. Ada dua macam transduksi: digeneralisasikan dan terspesialisasi.
Transduksi Umum

Transduksi umum terjadi

selama siklus litik virulen dan
beberapa fag beriklim dan dapat
mentransfer bagian genom
bakteri (gambar 13.35). Selama
tahap perakitan, ketika
kromosom virus dikemas ke
dalam kapsid protein, fragmen
acak dari kromosom bakteri yang
terdegradasi sebagian juga dapat
dikemas secara tidak sengaja.
Karena kapsid hanya dapat
mengandung jumlah DNA yang
terbatas, DNA virus tertinggal.
 52

Kuantitas DNA bakteri yang dibawa terutama tergantung pada ukuran kapsid.
Fase P22 dari Salmonella enterica serovar Typhimurium biasanya membawa
sekitar 1% dari genom bakteri; fag P1 dari E. coli dan berbagai bakteri gram
negatif membawa sekitar 2,0 hingga 2,5% dari genom. Partikel virus yang
dihasilkan sering menyuntikkan DNA ke sel bakteri lain tetapi tidak dapat
memulai siklus litik. Fag ini dikenal sebagai partikel transduksi umum atau
fag dan hanya pembawa informasi genetik dari bakteri asli ke sel lain. Seperti
dalam transformasi, setelah DNA disuntikkan, ia harus dimasukkan ke dalam
kromosom sel penerima untuk mempertahankan gen yang ditransfer. DNA
tetap terdampar ganda selama transfer, dan kedua untai diintegrasikan ke
dalam genom endogenote. Sekitar 70 hingga 90% dari DNA yang ditransfer
tidak terintegrasi tetapi sering kali mampu bertahan sementara dan
diekspresikan. Transduktan yang gagal adalah bakteri yang mengandung
DNA yang tidak diintegrasikan dan transduksi ini adalah diploid parsial.
Transduksi umum ditemukan pada tahun 1951 oleh Joshua Lederberg dan
Norton Zinder selama upaya untuk menunjukkan bahwa konjugasi,
ditemukan beberapa tahun sebelumnya pada E. coli, dapat terjadi pada spesies
bakteri lain. Lederberg dan Zinder mengulangi percobaan sebelumnya dengan
S. enterica serovar Typhimurium. Mereka menemukan bahwa inkubasi
campuran dua galur auksotrofik multipel menghasilkan prototrof pada tingkat
sekitar satu dalam 105. Ini sepertinya bukti yang baik untuk rekombinasi
bakteri, dan memang demikian, tetapi kesimpulan awal mereka bahwa
transfer yang dihasilkan dari konjugasi tidak terbukti. Ketika para penyelidik
ini melakukan percobaan tabung-U (gambar 13.27) dengan Salmonella,
mereka masih menemukan purwarupa. Filter dalam tabung U memiliki pori-
pori yang cukup kecil untuk menghalangi pergerakan bakteri antara kedua sisi
tetapi memungkinkan fag P22 lewat. Lederberg dan Zinder berniat untuk
mengkonfirmasi bahwa konjugasi hadir pada spesies bakteri lain tetapi malah
menemukan mekanisme transfer gen bakteri yang sama sekali baru. Bagian
penelitian yang tampaknya rutin ini menghasilkan hasil yang mengejutkan
 53

dan penting. Seorang ilmuwan harus selalu berpikiran terbuka tentang hasil
dan bersiap untuk yang tak terduga.
Transduksi Khusus
Dalam transduksi khusus, partikel transduksi hanya membawa bagian
spesifik dari genom bakteri. Transduksi khusus dimungkinkan oleh kesalahan
dalam siklus hidup lisogenik fag yang memasukkan genom mereka ke situs
spesifik dalam kromosom inang. Ketika profage diinduksi untuk
meninggalkan kromosom inang, eksisi kadang-kadang dilakukan dengan
tidak tepat. Genom fag yang dihasilkan mengandung bagian-bagian dari
kromosom bakteri (sekitar 5 hingga 10% dari DNA bakteri) di sebelah situs
integrasi, seperti situasi dengan F′plasmid (gambar 13.36) .Meningkatkan
genom fag biasanya rusak dan tidak memiliki beberapa bagian dari situs
perlekatannya. Partikel transduksi akan menyuntikkan gen bakteri ke bakteri
lain, meskipun fag yang rusak tidak dapat bereproduksi tanpa bantuan. Gen
bakteri dapat menjadi stabil tergabung dalam keadaan yang tepat. Contoh
transduksi khusus yang paling banyak dipelajari dilakukan oleh lambda E.
coli phage. Genom lambda menyisipkan ke dalam kromosom inang di lokasi
tertentu yang dikenal sebagai situs attachment atau att (gambar 13.37, lihat
juga gambar 17.19 dan 17.22).

Gambar 13.36 Transduksi

Khusus oleh Bakteriofage Beriklim.
Rekombinasi dapat menghasilkan dua
jenis transduktan

Situs att fage dan situs att

bakteri mirip dan dapat kompleks
satu sama lain. Situs att untuk
lambda terletak di sebelah gal dan
gen bio pada kromosom E. coli;
akibatnya, fag lambda transduksi
 54

khusus paling sering membawa gen bakteri ini. Lisat, atau produk dari lisis
sel, yang dihasilkan dari induksi E. coli lisogenik mengandung fag normal
dan beberapa partikel transduksi yang rusak. Partikel-partikel ini disebut
lambda dgal karena mereka membawa gen pemanfaatan galaktosa atau
lambda dbio karena mereka membawa bio dari sisi lain dari situs att (gambar
13.37). Karena lisat ini hanya mengandung sedikit partikel transduksi, mereka
sering disebut lisat transduksi frekuensi rendah (LFT lisat). Sedangkan fag
normal memiliki situs att lengkap, partikel transduksi yang cacat memiliki
situs integrasi hibrida nonfungsional yang merupakan bagian bakteri dan fag
bagian asalnya. Integrasi kromosom fag yang rusak tidak mudah terjadi. Fase
transduksi juga mungkin telah kehilangan beberapa gen yang penting untuk
reproduksi. Transduktan yang stabil dapat muncul hanya jika ada peristiwa
cross-over ganda di setiap sisi situs gal (gambar 13.37). Temperatur
bakteriofag dan lisogeny (bagian 17.5) Fag lambda cacat yang membawa gal
atau gen bio dapat berintegrasi jika ada fag lambda normal dalam sel yang
sama. Kami akan melanjutkan diskusi ini dengan fag yang membawa gen gal.
Fag normal berintegrasi, menghasilkan dua situs att bakteri / fag di
mana fag lambda dgal yang cacat dapat disisipkan (gambar 13.37). Ini juga
memasok gen yang hilang dalam fag yang rusak. Fag normal dalam contoh
ini disebut fag helper karena membantu integrasi dan reproduksi fag yang
rusak.
Transduktan ini tidak stabil karena ramalan dapat diinduksi untuk
dijelaskan dengan cara ini sebagai agen yang termasuk UVradiation.
Namun, eksisi menghasilkan lisat yang mengandung campuran yang relatif
sama dari fag lambda dgal yang rusak dan fag pembantu yang normal.
Karena sangat efektif dalam transduksi, lisat ini disebut lisat transduksi
frekuensi-tinggi (HFT lisat). Infeksi ulang bakteri dengan campuran ini akan
menghasilkan lebih banyak transductants. LFTlysates dan yang diproduksi
oleh fase transduksi umum memiliki transduksi partikel pada fase 105 atau
106; HFTlysates mengandung partikel transduksi dengan frekuensi sekitar
0,1 hingga 0,5.
 55

13.10 Pemetaan Genom

Sebelum munculnya sekuensing genom, ahli genetika mikroba
hanya memiliki satu pendekatan umum untuk menjelaskan organisasi gen
dalam kromosom bakteri — untuk melakukan analisis keterkaitan.
Analisis tersebut menghasilkan peta genetik yang menunjukkan posisi gen
relatif satu sama lain. Pemetaan genetika menggunakan analisis
keterkaitan
adalah tugas
yang sangat
kompleks.
Bagian ini
menyurvei
pendekatan
untuk
memetakan genom bakteri, menggunakanE.coliasancontoh. Semua model
transfer dan rekombinasi gen telah digunakan dalam pemetaan. Konjugasi
hfr sering digunakan untuk memetakan lokasi relatif gen bakteri. Uji
coba ini dilakukan pada pengamatan yang dilakukan selama
konjugasi, kromosom ini bergerak dari teluk atau bergerak pada
kecepatan konstan. Dalam percobaan kawin terputus, jembatan
konjugasi rusak dan perkawinan Hfr dihentikan pada berbagai
interval setelah dimulainya konjugasi dengan mencampur biakan
dengan kuat dalam blender (gambar 13.38a).

Gambar 13.38 Eksperimen Kawin

Terganggu. Eksperimen kawin terputus menggunakan
konjugasi Hfr F. (a) Pemindahan linear gen
dihentikan dengan memutus jembatan konjugasi
untuk mempelajari urutan pemasukan gen ke dalam
sel penerima. (B) Contoh hasil yang diperoleh oleh
interupsi kawin percobaan. Urutan gen adalah lac-tsx-
gal-trp.
 56

Urutan dan waktu transfer gen dapat ditentukan karena merupakan

refleksi langsung dari urutan gen pada kromosom bakteri (gambar 13.38b).
Sebagai contoh, ekstrapolasi kurva pada gambar 13.38b kembali ke sumbu
x memberikan waktu di mana masing-masing gen baru mulai memasuki
penerima. Hasilnya adalah peta kromosom melingkar dengan jarak yang
dinyatakan dalam menit yang berlalu hingga gen ditransfer. Teknik ini
secara tepat dapat menemukan gen secara terpisah 3 menit atau lebih.
Ketinggian dataran tinggi pada gambar 13.38b lebih rendah untuk gen
yang lebih jauh dari faktor F (asal transfer) karena ada kemungkinan yang
lebih besar bahwa jembatan konjugasi akan pecah secara spontan sebelum
gen-gen ini ditransfer. Karena ukuran genom E. coli yang relatif besar,
tidak mungkin untuk menghasilkan peta dari satu strain Hfr. Oleh karena
itu beberapa strain Hfr dengan F plasmid yang terintegrasi di lokasi
yang berbeda harus digunakan dan peta mereka saling bertumpukan
satu sama lain. Secara keseluruhan, filter harus disesuaikan dengan
100 menit, meskipun
transfer lengkap mungkin
memerlukan lebih dari 100
menit. Dalam arti tertentu,
menit adalah indikasi jarak
peta dan bukan hanya
ukuran waktu. Waktu nol
diatur di lokus threonine
(thr).
Keterkaitan gen, atau
kedekatan dua gen pada
kromosom, dapat ditentukan
dari transformasi dengan
mengukur frekuensi di mana
dua atau lebih gen secara
 57

bersamaan mengubah sel penerima. Pertimbangkan kasus transformasi cot

oleh dua gen. Secara teori, bakteri secara simultan dapat menerima dua
gen, masing-masing membawa fragmen DNA terpisah. Namun, jauh lebih
mungkin bahwa gen yang berada pada fragmen yang sama akan ditransfer
secara bersamaan. Jika dua gen terkait erat pada kromosom, maka mereka
harus mampu mentransformasi. Semakin dekat gen-gen tersebut, semakin
sering gen-gen itu dibawa pada fragmen yang sama dan semakin tinggi
pula frekuensi kotransformasi. Jika gen ditempatkan pada jarak yang
sangat jauh, mereka akan dibawa pada fragmen DNA yang terpisah dan
frekuensi transforman ganda akan sama dengan produk dari frekuensi
transformasi individu. Transduksi umum dapat digunakan untuk
memperoleh informasi tautan dengan cara yang hampir sama dengan
transformasi.
Gambar 13.39 Eksperimen Cotransduction. Dalam percobaan ini, donor dapat
mensintesis asam amino arginin dan metionin (arg dan bertemu) tetapi dibunuh
oleh antibiotik streptomisin (strs). Penerima tidak dapat mensintesis arginin dan
metionin, tetapi tahan terhadap streptomisin ( strr) .Lisat fag dibuat dengan
menginfeksi bakteri donor dicampur dengan bakteri penerima. Campuran tersebut
kemudian dilapisi ke media yang mengandung streptomisin tetapi kurang
metionin. Oleh karena itu, satu-satunya sel yang dapat tumbuh adalah sel-sel
penerima yang telah menerima fungsional gen metionin dari donor. Koloni yang
tumbuh kemudian diuji untuk melihat apakah mereka juga menerima gen untuk
biosintesis arginin dari donor. Hal ini ditentukan dengan melapisi sel-sel pada
media minimal yang kurang arginin. Hanya sel-sel yang dapat mensintesis
arginin tumbuh .

Keterkaitan biasanya dinyatakan sebagai frekuensi cotransduksi,

menggunakan argumen bahwa semakin dekat dua gen satu sama lain,
semakin besar kemungkinan keduanya akan berada pada fragmen DNA
yang tergabung dalam kapsul fag tunggal. E. coli phage P1 sering
digunakan dalam pemetaan seperti itu karena dapat secara acak mengubah
hingga 1 hingga 2% dari genom (gambar 13.39).
 58

Transduksi khusus digunakan untuk menemukan situs

lampiran fag mana yang dekat dengan gen tertentu. Lokasi relatif dari
situs att fag tertentu diketahui dari pemetaan konjugasi, dan gen yang
terhubung ke setiap situs att dapat ditentukan melalui transduksi khusus.
Data ini memungkinkan penempatan gen secara tepat pada kromosom.
Peta genetik sederhana dari E.coli K12 yang diberikan dalam
gambar 13.40.
 59

Gambar 13.40 Peta Genetika E.coli. Peta genetik bundar E.coli K12 dengan
lokasi gen yang dipilih. Lingkaran dalam menunjukkan asal dan arah transfer
beberapa strain Hfr. Peta ini dibagi menjadi 100 menit, waktu yang diperlukan
untuk mentransfer kromosom dari sel Hfr ke F pada 37 ° C.

Karena data konjugasi atau resolusi tinggi tidak dapat digunakan

untuk memposisikan gen yang sangat berdekatan, peta dikembangkan
menggunakan beberapa teknik pemetaan. Data kawin yang terputus
digabungkan dengan data dari studi cotransduction dan cotransformation.
Data dari studi rekombinasi juga digunakan. Penanda genetik baru dalam
genom E. coli terletak di dalam wilayah genom yang relatif kecil (panjang
 60

10 hingga 15 menit) dengan menggunakan serangkaian Hambatan dengan

Faktor yang mengalami kerusakan yang tersebar di seluruh genom. Setelah
penanda genetik ditemukan sehubungan dengan beberapa gen di wilayah
yang sama, posisinya relatif terhadap tetangga terdekat lebih akurat
ditentukan menggunakan studi transformasi dan transduksi. Analisis
semacam itu tidak lagi dilakukan pada E. coli dan mikroba lain yang telah
diterbitkan urutan genomnya. Dengan menggunakan teknik ini, para
peneliti memetakan sekitar 2.200 gen E. coli K12 dan membandingkannya
dengan urutan nukleotida genom yang sebenarnya (yaitu, peta fisik
genom). Sekuensing genom telah mengungkapkan sekitar 4.300
kemungkinan gen. Jadi, analisis genetika mendefinisikan lebih dari
setengah gen potensial. Peta genetik mendekati peta fisik, tetapi mereka
tidak sesuai dengan sempurna. Ini karena peta genetik berasal dari
frekuensi hubungan genetik yang tidak berkorelasi persis dengan jumlah
nukleotida yang memisahkan dua gen. Secara kasar, satu menit dari peta
genetik E. coli berhubungan dengan 40 kilobase urutan DNA.
13.11 Rekombinasi dan Pemetaan Genom Pada Virus
Genom bakteriofag juga mengalami rekombinasi, walaupun
prosesnya berbeda dari yang ada pada bakteri. Karena fag bereproduksi di
dalam sel dan tidak dapat bergabung kembali secara langsung, persilangan
harus terjadi di dalam sel inang. Pada prinsipnya, percobaan rekombinasi
virus mudah dilakukan. Jika bakteri dicampur dengan fag yang cukup
sehingga rata-rata setidaknya dua virus akan menginfeksi setiap sel,
rekombinasi genetik harus diamati.
Progeni fag dalam lisat yang dihasilkan dapat diperiksa untuk
kombinasi alternatif dari genotipe orangtua awal. Alfred Hershey awalnya
menunjukkan rekombinasi pada fag T2, menggunakan dua strain dengan
fenotipe yang berbeda. Dua dari strain orang tua dalam persilangan
Hershey adalah jam dan jam (gambar 13.41).
 61

Gambar 13.41 Rekombinasi Genetik pada Bakteriofag. Ringkasan dari

percobaan rekombinasi genetik dengan strain jam dan jam dari fag T2.
Kromosom jam berwarna merah, kromosom jam berwarna biru.

Gambar
13.42 Pembentukan
Plak Phage. (a) Ketika
fag dan sel bakteri
inang dicampur pada
rasio yang tepat, hanya
sebagian sel yang pada
awalnya akan
terinfeksi. Ketika
campuran ini dilapisi,
sel yang terinfeksi
akan dipisahkan satu sama lain. Sel
 62

yang terinfeksi akhirnya akan membusuk, melepaskan fag progeni. Mereka

menginfeksi sel-sel di dekatnya, yang akhirnya melisiskan, melepaskan lebih
banyak fag. Ini berlanjut dan akhirnya memunculkan area yang jelas dalam
halaman bakteri. Area yang jelas adalah plak. (B) Jenis-jenis plak yang dihasilkan
oleh eksperimen rekombinasi antara T2 jam dan T2 jam di halaman sel E.coli. (c)
Tampilan dekat dari empat jenis plak.

Gen h memengaruhi kisaran inang; ketika gen h berubah, T2

menginfeksi strain E. coli yang berbeda. Gen r fag T2 mempengaruhi
morfologi plak. Plak adalah manifestasi nyata dari siklus litik fag, ketika
inang dikultur pada medium pertumbuhan padat (gambar 13.42a). Fag
dengan gen r memiliki morfologi jenis plak liar, sedangkan T2 dengan
genotipe r memiliki fenotipe lisis yang cepat dan menghasilkan plak yang
lebih besar daripada normal dengan tepi yang tajam (gambar 13.42b dan
13.42c). Dalam satu percobaan Hershey menginfeksi E. coli dengan
jumlah besar hr dan hr T2 (gambar 13.41). Dia kemudian melapis lisat
dengan campuran dua strain inang yang berbeda dan mampu mendeteksi
sejumlah besar rekombinan jam dan jam, serta plak tipe orang tua. Selama
ada fenotipe yang dapat dideteksi dan metode untuk melakukan
persilangan, adalah mungkin untuk memetakan gen fag dengan cara ini.
Genom fag sangat kecil sehingga sering kali lebih mudah untuk
memetakannya tanpa menentukan frekuensi rekombinasi. Beberapa teknik
benar-benar menghasilkan pemetaan fisik, yang seringkali paling tidak
berguna dalam rekayasa genetika. Beberapa metode ini memerlukan
manipulasi DNA dengan pemeriksaan selanjutnya dalam mikroskop
elektron. Sebagai contoh, pemetaan heteroduplex melibatkan perbandingan
langsung dari kromosom virus tipe liar dan mutan. Kedua kromosom
didenaturasi, dicampur, dan dibiarkan anil karena pasangan basa. Ketika
dianil, daerah homolog dari molekul DNA yang berbeda membentuk
heliks ganda biasa. Di lokasi-lokasi di mana dasar tidak berpasangan
dengan kehadiran dari penghambatan seperti penambahan atau penyisipan,
gelembung terlihat di mikroskop elektron.
 63

Beberapa teknik langsung lainnya digunakan untuk menghasilkan

peta fisik genom virus atau bagiannya. Enzim tertentu yang disebut
restriksi endonuklease dapat digunakan untuk memotong DNA virus di
tempat-tempat tertentu. Fragmen-fragmen DNA dapat dipisahkan satu
sama lain berdasarkan ukuran dengan elektroforesis gel — suatu proses di
mana molekul-molekul bergerak dalam medan listrik (lihat gambar 14.3
dan 14.11). Dengan membandingkan genom dari strain virus yang
berbeda, penghapusan, penyisipan, dan mutasi lainnya dapat ditemukan.
Genom fag juga dapat secara langsung diurutkan untuk menemukan
mutasi tertentu dan menganalisis perubahan yang telah terjadi.
B. Microbial Genomics (Genomik Mikrobia)
Genomik adalah studi tentang organisasi molekuler genom, konten
informasinya, dan produk gen yang dikodekan. Genomik dapat dibagi
menjadi beberapa subdisiplin termasuk genomik struktural, genomik
fungsional, dan genomik komparatif.
• Potongan-potongan DNA individu dapat diurutkan menggunakan metode
Sanger. Cara termudah untuk menganalisis seluruh genom adalah dengan
mengurutkan secara keseluruhan senapan di mana fragmen yang diproduksi
secara acak diurutkan secara individual dan kemudian disejajarkan untuk
memberikan genom lengkap.
• Genom baru berurutan harus diberi catatan untuk menentukan lokasi gen
dan elemen genetik seperti promotor dan situs pengikatan ribosom. •
Bioinformatika menggabungkan biologi, matematika, statistik, dan ilmu
komputer dalam analisis genom dan proteom.
• Teknologi Microarray memungkinkan studi ekspresi gen pada level
transkripsional. Sebaliknya, proteomik menggunakan seluruh kumpulan
protein yang diproduksi pada waktu tertentu oleh organisme untuk
mengevaluasi ekspresi gen pada level terjemahan.
• Banyak genom mikroba telah diurutkan dan dibandingkan. Hasilnya
memberitahu kita banyak tentang struktur genom, fisiologi mikroba, filogeni
mikroba, dan bagaimana patogen menyebabkan penyakit. Mereka pasti akan
 64

membantu dalam menyiapkan vaksin dan obat baru untuk pengobatan

penyakit menular.
15.1 Pengenalan
Genomik adalah studi tentang organisasi molekuler genom, konten
informasinya, dan produk gen yang dikodekan. Ini adalah disiplin yang luas,
yang dapat dibagi menjadi setidaknya tiga bidang umum. Genomik struktural
adalah studi tentang sifat fisik genom. Tujuan utamanya adalah untuk
menentukan dan menganalisis urutan DNA genom. Genomik fungsional
berkaitan dengan cara fungsi genom. Yaitu, ia memeriksa transkrip yang
dihasilkan oleh genom dan berbagai protein yang dikodekan. Bidang studi
ketiga adalah genomik komparatif, di mana genom dari organisme yang
berbeda dibandingkan untuk mencari perbedaan dan persamaan yang
signifikan. Ini membantu mengidentifikasi daerah genom yang penting dan
dilestarikan dalam upaya untuk melihat pola fungsi dan regulasi. Data ini juga
menyediakan banyak informasi tentang evolusi mikroba, terutama yang
berkaitan dengan fenomena seperti transfer gen horizontal. Genomik adalah
bidang yang menarik dan berkembang yang telah mengubah cara pertanyaan
kunci dalam fisiologi mikroba, genetika, ekologi, dan evolusi dikejar.
Sebelum munculnya genomik, analisis ekspresi gen terbatas pada identifikasi
sebagian kecil transkrip dan protein. Seperti yang akan kita lihat, teknologi
genom memungkinkan para ilmuwan untuk mempelajari sel secara holistik
dengan menangkap potret perubahan di seluruh kumpulan transkrip mRNA
atau protein. Sel dengan demikian dapat dilihat sebagai jaringan sirkuit yang
saling berhubungan, bukan sebagai serangkaian jalur individu. Lebih jauh,
genomik memberikan jendela ke seluruh komunitas mikroba — ahli ekologi
mikroba tidak perlu lagi membatasi studi mereka pada sebagian kecil
mikroorganisme yang telah dibudidayakan. Akhirnya, pemahaman kita
tentang evolusi semua organisme dapat diterangi oleh wawasan yang kita
dapatkan dalam evolusi procaryotic dari pendekatan genomik. Dengan cara
ini, dan banyak lagi, genomik telah benar-benar merevolusi biologi.
15.2 Penentuan DNA Sekuens
 65

Teknik untuk mengurutkan DNA dikembangkan pada tahun 1977

oleh dua kelompok: Alan Maxam dan Walter Gilbert, dan Frederick Sanger.
Metode Sanger paling umum digunakan dan dibahas di sini. Metode ini
melibatkan sintesis untai DNA baru menggunakan DNA yang akan
diurutkan sebagai templat. Reaksi dimulai ketika untai tunggal templat
DNA dicampur dengan primer (sepotong pendek DNA komplementer ke
ujung 5 region wilayah yang akan diurutkan), DNA polimerase, empat
trihosphate deoxynucleoside (dNTPs), dan trifosfat dideoxynucleoside
(ddNTPs) . ddNTP berbeda dari dNTPs karena karbon 3 ′ tidak memiliki
gugus hidroksil (gambar 15.1). Dalam campuran reaksi seperti itu, sintesis
DNA akan dilanjutkan sampai ddNTP, bukan dNTP, ditambahkan ke rantai
yang sedang tumbuh. Tanpa kelompok 3′-OH untuk menyerang 5′-PO4 dari
dNTP berikutnya yang akan dimasukkan, sintesis berhenti (lihat gambar
11.14). Memang, teknik Sanger sering disebut sebagai metode sekuensing
rantai-terminasi DNA. Untuk mendapatkan informasi urutan, empat reaksi
sintesis terpisah harus disiapkan, satu untuk setiap ddNTP (gambar 15.2).
Ketika setiap reaksi sintesis DNA dihentikan, kumpulan fragmen DNA
dengan panjang yang bervariasi telah dihasilkan. Reaksi yang dibuat dengan
ddATP menghasilkan fragmen yang diakhiri dengan A, yang dengan ddTTP
menghasilkan fragmen dengan T termini, dan sebagainya. Jika DNA akan
diurutkan secara manual, dNTP radioaktif digunakan dan setiap reaksi
dielektroforesis dalam jalur terpisah pada gel poliakrilamida. Berat molekul
masing-masing fragmen ditentukan oleh panjang, jadi fragmen yang lebih
pendek bermigrasi lebih cepat daripada fragmen yang lebih besar (lihat
gambar 14.11). Karena sintesis berlangsung dengan penambahan nukleotida
pada 3′-OH primer (yaitu, dalam arah 5 ′ hingga 3)) ddNTPat pada ujung
fragmen terpendek ditetapkan sebagai ujung 5 sequence dari urutan DNA,
sedangkan fragmen terbesar adalah ujung 3.. Dengan cara ini, urutan DNA
dibaca langsung dari gel dari fragmen terkecil hingga terbesar. Replikasi
DNA DNA lebih sering disiapkan untuk pengurutan otomatis. Di sini empat
campuran reaksi dapat digabungkan dan dimasukkan ke dalam satu jalur gel
 66

karena setiap ddNTP diberi label dengan pewarna fluoresen berwarna yang
berbeda (gambar 15.2b). Fragmen-fragmen ini kemudian dielektroforesis
pada gel poliakrilamida dan sinar laser menentukan urutan keluarnya gel.
Sebuah kromatogram dihasilkan di mana amplitudo masing-masing
lonjakan mewakili intensitas fluoresens dari setiap fragmen tertentu (gambar
15.2c). Urutan DNA yang sesuai tercantum di atas kromatogram.
Diperlukan analisis elektroforesis kapiler yang sepenuhnya otomatis untuk
proyek besar. Mesin sekuensing ini sangat cepat dan dapat berjalan selama
24 jam tanpa perhatian operator. Sebanyak 96 sampel dapat diurutkan secara
bersamaan, sehingga memungkinkan untuk mengurutkan sebanyak 1 juta
basis per hari, per sequencer. Tingkat otomatisasi ini, yang melibatkan
banyak sequencer berjalan pada saat yang sama, diperlukan untuk
penyelesaian urutan genom keseluruhan.
15.3 Penembakan Sekuensing Seluruh Genom
Meskipun metode untuk mengurutkan daerah DNA yang relatif
singkat telah digunakan selama beberapa waktu, metode yang efisien untuk
mengurutkan seluruh genom tidak tersedia sampai 1995, ketika J. Craig
Venter, Hamilton Smith, dan kolaborator mereka mengembangkan
pengurutan senapan secara keseluruhan dan perangkat lunak komputer
diperlukan untuk assemblen dapat dilakukan untuk menyelesaikan
pelajaran. Mereka menggunakan metode baru mereka untuk mengurutkan
genom bakteri Haemophilus influenzae dan Mycoplasma genitalium. Ini
adalah pencapaian yang signifikan karena sebelum ini hanya beberapa
genom virus yang telah diurutkan secara penuh. Ini jauh lebih kecil dari
genom H.influenzae, yang mengandung sekitar 1,743 gen dan 1,830,137
pasangan berbasis, atau sekitar 1,8 MB (juta pasangan pasangan).
Sumbangan kontribusi Senter untuk biologi telah mengantarkan pada apa
yang disebut sebagai era genom. Dalam 10 tahun, jumlah genom lengkap
yang diterbitkan tumbuh dari 2 menjadi 249 dengan lebih dari 500 proyek
pengurutan genom yang sedang berlangsung. Tabel 15.1 mencantumkan
hanya beberapa genom mikroba. Proses sekuensing seluruh genom senapan
 67

cukup rumit ketika dipertimbangkan dalam email, dan ada beberapa

prosedur untuk memastikan keakuratan hasil, tetapi ringkasan berikut
memberikan hasil umum dari prosedur tersebut. Kesederhanaan, pendekatan
ini dapat dipecah menjadi empat tahap: konstruksi perpustakaan, pengurutan
acak, penjajaran fragmen dan penutupan celah, dan pengeditan.
1. Pembangunan perpustakaan. Molekul DNA secara acak dipecah menjadi
fragmen yang cukup kecil menggunakan gelombang ultrasonik; fragmen
kemudian dimurnikan (gambar 15.3). Fragmen-fragmen ini selanjutnya
dilekatkan pada vektor-vektor plasmid atau kosmid dan plasmid atau
kosmid dengan satu sisipan diisolasi. Strain Escherichia coli khusus yang
tidak memiliki enzim restriksi ditransformasikan dengan plasmid untuk
menghasilkan perpustakaan klon plasmid. Kloning vektor dan membuat
DNA rekombinan (bagian 14.5)
2. Urutan acak. Setelah klon disiapkan dan DNA dimurnikan, ribuan fragmen
DNA diurutkan dengan sequencer otomatis, menggunakan primer berlabel
pewarna khusus. Ribuan templat digunakan, biasanya dengan primer yang
mengenali urutan DNA plasmid yang berdekatan dengan pemasukan
DNA. Sifat dari proses ini adalah sedemikian rupa sehingga hampir semua
membentang dari gen yang telah ditentukan beberapa kali beberapa waktu,
dan ini meningkatkan keakuratan hasil akhir.
3. Keselarasan fragmen dan penutupan celah. Menggunakan program
komputer khusus, data fragmen DNA berurutan dikelompokkan dan
dirangkai menjadi rentangan yang lebih panjang dengan membandingkan
urutan nukleotida yang tumpang tindih di antara fragmen. Dua fragmen
bergabung bersama untuk membentuk bentangan DNA yang lebih besar
jika urutan di ujungnya tumpang tindih dan cocok. Proses perbandingan
yang tumpang tindih ini menghasilkan serangkaian urutan nukleotida
berdekatan yang lebih besar yang disebut contigs. Akhirnya, contigs
disejajarkan dalam urutan yang tepat untuk membentuk urutan genom
lengkap. Jika ada celah di antara dua contig, terkadang fragmen dengan
ujung di dua contig yang berdekatan tersedia. Fragmen-fragmen ini
 68

dianalisis dan celah diisi dengan urutannya. Ketika pendekatan ini tidak
memungkinkan, berbagai teknik lain digunakan untuk menyelaraskan
contigs dan mengisi celah. Misalnya, pustaka fag yang mengandung
fragmen DNA besar dapat dibangun. Fragmen besar di perpustakaan ini
tumpang tindih dengan contigs yang sebelumnya diurutkan. Fragmen-
fragmen ini kemudian digabungkan dengan probe oligonukleotida yang
cocok dengan ujung contigs yang akan disejajarkan. Jika probe mengikat
ke sebuah fragmen perpustakaan, itu dapat digunakan untuk menyiapkan
bentangan DNA yang mewakili wilayah celah. Tumpang tindih dalam
urutan fragmen baru ini dengan dua contigs memungkinkan mereka untuk
ditempatkan berdampingan dan mengisi celah di antara mereka.
Konstruksi perpustakaan genomik (bagian 14.6)
4. Pengeditan. Urutan kemudian dengan hati-hati mengoreksi untuk
menyelesaikan segala ambiguitas dalam urutan. Juga urutan harus
diperiksa untuk mutasi frameshift yang tidak diinginkan dan diperbaiki
jika perlu.
Dengan menggunakan pendekatan ini, perlu waktu kurang dari 4 bulan
untuk mengurutkan genom M. genitalium (sekitar 500.000 pasangan basa).
Teknik shotgun juga telah berhasil digunakan oleh Celera Genomics dalam
Proyek Genom Manusia dan untuk mengurutkan genom Drosophila. Para
peneliti di Wellcome Trust Sanger Centre (UK) juga telah mengurutkan (dan
melanjutkan untuk mengurutkan) genom dari banyak patogen mikroba penting,
sementara Departemen Energi AS, Joint Genome Institute mendukung
pengurutan banyak bakteri dari relevansi lingkungan. Setelah genom suatu
organisme telah diurutkan, tingkat penyelidikan dan laju penelitian sangat
ditingkatkan. Bagian berikut ini hanya menjelaskan beberapa cara urutan
genom dapat digunakan untuk mempelajari lebih lanjut tentang suatu
organisme.
 69

15.4 Bioinformatika
Analisis seluruh genom menghasilkan tidak hanya sejumlah besar
data urutan nukleotida tetapi, seperti yang akan kita lihat, volume
informasi yang berkembang pesat mengenai kandungan, struktur, dan
susunan genom, serta data yang merinci struktur dan fungsi protein. Satu-
satunya cara yang layak untuk mengatur dan menganalisis data ini adalah
melalui penggunaan komputer. Ini telah mengarah pada pengembangan
bidang bioinformatika, yang menggabungkan biologi, matematika, ilmu
 70

komputer, dan statistik. Menentukan lokasi dan sifat gen atau gen yang
diduga pada genom yang baru disekuensing adalah proses kompleks yang
disebut anotasi. Setelah gen diidentifikasi, ahli bioinformatika dapat
melakukan analisis komputer, atau secara silico, untuk memeriksa genom
lebih lanjut.
Anotasi Genom
Jelas, memperoleh urutan genom tanpa pemahaman tentang lokasi
dan sifat gen individu akan menjadi latihan yang sia-sia. Proses anotasi
genom berupaya mengidentifikasi setiap gen pengkode protein (putatif)
potensial serta setiap gen pengkodean rRNA dan tRNA. Gen pengkode
protein biasanya pertama kali dikenali sebagai open reading frame (ORF);
untuk menemukan semua ORF, kedua untaian DNA harus dianalisis. ORF
aprocaryotic secara umum didefinisikan sebagai urutan setidaknya 100
kodon dengan tiga fitur berikut:
(1) tidak terganggu oleh kodon stop;
(2) ada situs pengikatan ribosom yang jelas pada akhir 5; dan
(3) terminator urutan di ujung 3.. Hanya jika unsur-unsur genetik
ini hadir maka ORF dianggap sebagai gen putatif (gambar 15.4). ORF
yang dianggap mengkodekan protein (berlawanan dengan tRNA atau
rRNA) disebut urutan pengkodean (CDS). Bioinformaticists telah
mengembangkan algoritma untuk membandingkan urutan prediksi CDS
dengan yang ada di database besar yang mengandung urutan nukleotida
dan asam amino dari protein yang diketahui. Jika ORF cocok dengan satu
dalam database, diasumsikan untuk mengkodekan protein atau jenis
protein yang sama. Meskipun perbandingan seperti itu bukan tanpa
kesalahan, mereka dapat memberikan penugasan fungsional sementara
untuk sekitar 40 hingga 80% dari CDS dalam genom yang diberikan.
Sisanya jatuh ke dalam dua kelas:
(1) gen yang memiliki kecocokan dalam database tetapi belum ada
fungsi yang ditugaskan. Ini dikatakan mengkodekan protein hipotetis yang
dilestarikan.
 71

(2) Gen yang produk-produk terjemahannya unik untuk organisme

itu. Gen semacam itu dikatakan menyandikan protein dengan fungsi yang
tidak diketahui. Namun, karena lebih banyak genom yang diterbitkan,
perbandingan di masa depan dapat mengungkapkan kecocokan pada
organisme lain. Sangat membantu untuk mengatur gen yang diidentifikasi
sesuai dengan fungsi produk dan / atau lokasi dalam sel, seperti ribosom
dan transfer RNA, metabolisme lipid, metabolisme energi, yang terkait
dengan dinding sel, dll. (Tabel 15.2). Jelas bioinformatika adalah bidang
yang dinamis dan pengembangannya yang berkelanjutan sangat penting
untuk kemajuan lebih lanjut dalam genomik struktural, fungsional, dan
komparatif.
15.5 Genomik Fungsional
Genomik fungsional berusaha untuk menjelaskan bagaimana gen
dan genom beroperasi. Perbandingan basis dari dua atau lebih sekuens gen
disebut alignment atau deretan. Keselarasan gen pada genom yang sama
(yaitu, dari organisme tunggal) mungkin menunjukkan bahwa urutan
nukleotida begitu mirip bahwa mereka paling mungkin muncul melalui
duplikasi gen; gen tersebut disebut paralog. Keberpihakan dari gen yang
ditemukan di dua atau lebih organisme yang berbeda dapat mengungkapkan
bahwa mereka begitu sangat mirip bahwa mereka diperkirakan memiliki
fungsi yang sama; gen ini disebut orthologs.
Bioinformaticists juga menganalisis diterjemahkan amino asam gen
diduga memperoleh pemahaman tentang struktur protein yang potensial dan
fungsi. Seringkali pola pendek asam amino, yang disebut motif, akan
mewakili sebuah unit fungsional dalam protein, seperti situs aktif enzim.
Membandingkan urutan dengan mikroba lain juga dapat memberikan
informasi tentang struktur fisik dari genom, seperti kehadiran unsur
berpindah, operon, dan elemen ulangi. Fraksi genom yang telah diperoleh
dari organisme lain melalui transfer gen horizontal atau lateral dapat
disimpulkan oleh jenis genomik komparatif. Selain itu, aspek-aspek tertentu
dari fisiologi organisme dapat disimpulkan oleh ada atau tidak adanya gen
tertentu. analisis genom juga dapat memberi informasi tentang hubungan
filogenetik antara mikroba.
Evaluasi RNA-Level Gene Expression: Analisis microarray
DNA microarray adalah penopang padat, biasanya terbuat dari
kaca atau silikon, di mana DNA melekat dalam mode terorganisir. Setiap
tempat DNA mewakili gen tunggal atau ORF. Lokasi masing-masing gen
 72

di grid dicatat sehingga ketika dianalisis, identitas genetik setiap tempat

diketahui.
Ada dua teknik yang digunakan pada microarrays:
a. Spotted arrays yang disisipkan oleh aplikasi robot probe ke chip. Probe
ini dapat berupa PCR, cDNA, atau fragmen DNA pendek dalam gen
atau ORF, disebut oligonukleotida. Ketika genom eukariotik yang
akan dianalisis, probe oligonukleotida disebut expressed sequence
tags (EST) karena masing-masing berasal dari cDNA, b.
b. Photolithography yang menggunakan cahaya untuk mengontrol
sintesis oligonukleotida pada permukaan chip.
Analisis microarray DNA dapat digunakan untuk menentukan gen yang
diekspresikan selama diferensiasi seluler atau sebagai hasil dari mutasi. Salah satu
aplikasi umum dari teknologi microarray dalam mikrobiologi adalah untuk
menentukan gen yang ekspresinya berubah (naik atau turun diatur) dalam
menanggapi perubahan lingkungan Dalam semacam ini analisis, dua yang
berbeda-kumpulkan fluorochromes ORed digunakan. Misalnya, patogen
Helicobacter pylori berdiam di perut dimana hal itu menyebabkan borok; genom
telah diurutkan. Salah satu mungkin ingin tahu mana H. pylori gen ditekan atau
diinduksi setelah terpapar kondisi asam. Untuk menentukan ini, jumlah selular
mRNA dari bakteri tumbuh dalam kondisi netral disiapkan dan ditandai dengan
fluorochrome hijau untuk melayani sebagai kontrol atau referensi, sel
whilemRNAfrom terkena pH asam diberi label merah. Hijau (referensi) dan
merah (percobaan) mRNAsamples kemudian dicampur dan hibridisasi ke
samemicroarray.After yang unattachedmRNAis dicuci, chip dipindai dan gambar
komputer dianalisis. Ayellow tempat atau penyelidikan menunjukkan bahwa
angka kira-kira sama molekul mRNA hijau dan merah (target) yang terikat,
sehingga tidak ada perubahan dalam tingkat ekspresi gen untuk gen itu. Jika target
adalah merah, lebih mRNA dari bakteri tumbuh di bawah kondisi asam
eksperimental hadir ketika dua mRNA dicampur, sehingga gen ini diinduksi.
Sebaliknya, target hijau menunjukkan bahwa gen itu ditekan setelah terpapar stres
asam. Analisis citra-hati digunakan untuk menentukan intensitas relatif dari
masing-masing tempat, sehingga besarnya induksi atau penindasan dari setiap gen
yang ekspresinya diubah dapat didekati. analisis tersebut mengarah ke deteksi
ekspresi gen yang jatuh ke dalam pola tertentu. Untuk setiap genom mikroba yang
diberikan, hanya sekitar setengah sampai dua pertiga dari ORFs diketahui gen,
sehingga pola tersebut dapat digunakan untuk membantu menetapkan fungsi
tentatif untuk beberapa ORFs tidak diketahui. Hal ini karena gen yang
diekspresikan dalam kondisi yang sama mungkin co-diatur, menunjukkan bahwa
mereka berbagi fungsi umum atau terlibat dalam proses yang umum. Namun,
penting untuk diingat bahwa hasil microarray mewakili hadir onlymRNAs pada
saat persiapan. Oleh karena itu, jika sebuah gen transiently diungkapkan, mungkin
terlewatkan. Selain itu, jika produk gen diatur pascatranslasi, misalnya dengan
fosforilasi, yang mRNAwill hadir tetapi protein mungkin tidak aktif.

15.6 Genomik Perbandingan/Komparatif

 73

Genomik komparatif dapat memberikan wawasan yang berguna

dalam mencoba untuk membedakan asal-usul dan prevalensi sifat-sifat
fenotipik tertentu. Contoh disediakan oleh urutan genom Picrophilis
torridus. archaeon ini tumbuh optimal pada pH 0,7 dan suhu 65 ° C. Ini
tumbuh subur di tempat yang panas, asam, bidang sulfataric, habitat saham
dengan archaea extremophilic lainnya, seperti Thermoplasma, dan lebih
jauh terkait Sulfolobus. Memahami mekanisme yang mikroba ini bertahan
hidup dalam situasi seperti ini tidak murni akademis, seperti
proteindirekayasa untuk menahan perlakuan kasar memiliki kepentingan
industri. Dalam kebanyakan kasus, mikroba yang hidup pada pH rendah
dapat mempertahankan pH internal yang netral, tapi ini bukan kasus untuk
P. torridus, pH yang intraseluler sekitar 4,6. Hal ini menunjukkan telah
berkembang strategi yang unik untuk mencegah kerusakan makromolekul
ireversibel. Dengan membandingkan gen dan produk mereka yang hanya
ditemukan di asidofili ini dan tidak dalam mikroba neutrophilic dan
alkalophilic, peneliti dapat fokus pada potensi strategi adaptif. Daerah lain
di mana genomik komparatif baru-baru ini telah diterapkan adalah
pengembangan vaksin. Janji vaksin baru sebagai akibat langsung dari
sekuensing genom ditutupi secara luas dalam pers populer. Namun,
menemukan target yang baik untuk pengembangan vaksin baru yang
rumit. Molekul-molekul (antigen) yang membentuk dasar dari vaksin yang
efektif harus memenuhi banyak persyaratan, termasuk:
(1) antigen harus dinyatakan oleh patogen selama infeksi;
(2) antigen harus baik disekresikan atau ditemukan pada
permukaan patogen;
(3) harus ditemukan di semua strain patogen;
(4) harus mendapatkan respon tuan kekebalan tubuh; dan
(5) antigen harus penting untuk kelangsungan hidup patogen,
setidaknya ketika sedang dalam host. Mengingat ribuan ORFs yang
terungkap dalam setiap genom dijelaskan, menemukan gen yang
produknya memenuhi semua kriteria ini mungkin tampak mustahil.
Namun, dengan menggunakan genomik komparatif, peneliti dapat
memeriksa genom dari beberapa strain patogen tertentu untuk membuat
“daftar singkat” calon. Hal ini akan mengurangi jumlah antigen potensial
ke nomor dikelola. antigen ini kemudian diuji dalam berbagai tes untuk
menemukan molekul terbaik untuk pengembangan vaksin.
15.7 Proteomik
Proteom adalah seluruh kumpulan protein yang dihasilkan suatu
organisme. Proteomic memberikan informasi tentang fungsi genom.
Pendekatan umum dalam proteomic yaitu elektroforesis gel dua dimensi.
Pada elektroforesis gel dua dimensi yaitu campuran protein yang
dipindah dengan elektroforesis yang berbeda ukuran. Dimensi pertama
memanfaatkan fokus, isoelektrik yang menghasilkan pemisahan protein
berdasarkan kandungan asam amino yang terionisasi. Dimensi kedua yaitu
deterjen anionic yang mendenaturasi protein dan melapisi polipeptida
dengan muatan negative. Setelah isoelektrik gel selesai, direndam dalam
 74

buffer SDS dan ditempatkan ditepi gel SDSS-PAGE. Analisis computer

digunakan untuk membandingkan dua dimensi gel dari mikroba yang
tumbuh dalam kondisi yang berbeda.
Proteomik telah digunakan untuk mempelajari fisiologi banyak
mikroba, termasuk E. coli. Beberapa daerah penelitian telah efek
pembatasan fosfat, proteoma perubahan di bawah anoxic kondisi, produksi
protein heat-shock, dan respon terhadap racun 2,4-dinitrophenol. Salah
satu pendekatan yang sangat berguna dalam mempelajari fungsi genom
adalah untuk menonaktifkan gen tertentu dan kemudian mencari
perubahan dalam ekspresi protein. Karena perubahan di seluruh proteome
diikuti, inaktivasi gen dapat memberitahu banyak tentang fungsi gen dan
efek skala besar aktivitas gen. database gen-protein untuk sejumlah
mikroba telah ditetapkan. Ini memberikan informasi tentang kondisi di
mana masing-masing protein diekspresikan dan di mana ia berada dalam
sel. Sebuah cabang kedua proteomik disebut proteomik struktural.
Berikut fokusnya adalah pada penentuan struktur tiga dimensi dari banyak
protein dan menggunakan ini untuk memprediksi struktur protein lain dan
protein kompleks. Asumsinya adalah bahwa protein lipat menjadi
sejumlah bentuk, dan bahwa protein dapat dikelompokkan ke dalam
keluarga struktur serupa. Ketika sejumlah struktur protein ditentukan
untuk keluarga diberikan, pola organisasi struktur protein atau aturan
protein-lipat akan diketahui. Kemudian ahli biologi komputasi (yaitu,
bioinformaticists) menggunakan informasi ini dan urutan asam amino dari
protein yang baru ditemukan untuk memprediksi bentuk akhir, proses yang
dikenal sebagai proteinmodeling.
15.8 Wawasan dari Genom Mikrobia
a. Identifikasi Gen dengan Fungsi tidak diketahui
Hasil dari studi genom adalah identifikasi gen yang tidak ada
fungsi dapat diberikan. Misalnya, genom analisis patogen penting
Neisseria meningitides yang merupakan salah satu agen penyebab
meningitis, cukup khas. Sementara lebih dari setengah dari ORFs dapat
ditugaskan peran biologi berdasarkan kesamaan dengan protein dari fungsi
yang diketahui, 16% dari ORFs sesuai gen dari fungsi yang tidak diketahui
pada organisme lain dan sekitar seperempat telah ada pertandingan basis
data sama sekali.
Pendekatan telah dikembangkan dalam upaya untuk memecahkan
identitas gen yang tidak diketahui yang paling komprehensif diuji dengan
baker ragi atau dikenal sebagai Saccharomyces cerevisiae. Ketika genom
S. cerevisiae sepenuhnya sequencing di 1996, hanya sekitar sepertiga dari
ORFs memiliki fungsi yang diketahui. Di waktu, sebuah konsorsium
ilmuwan internasional mulai sebuah proyek untuk menjelaskan peran
ORFs yang tidak ada fungsi yang bisa ditugaskan. Mereka memutuskan
untuk membuat koleksi S. cerevisiae strain, masing-masing dengan
penghapusan dalam ORF spesifik fungsi yang tidak diketahui. mutan ini
kemudian dapat digunakan dalam studi yang dirancang untuk
mengungkapkan fenotipe mutan mereka. Fenotip setiap mutan kemudian
 75

akan digunakan untuk menetapkan fungsi sementara untuk gen.

Penghapusan ragi diciptakan oleh strategi gen berbasis PCR. Dalam
pendekatan ini, PCR digunakan untuk membuat kaset DNA yang dapat
diperkenalkan ke dalam sel ragi, dan melalui rekombinasi, mengganti gen
tertentu dalam genom ( Angka 15,13). Setiap kaset DNA yang terkandung
tiga unsur utama:
(1) gen yang mengkode resistensi terhadap geneticin agen antijamur
( KanMX) yang menggantikan ORF ditargetkan. sel berubah diinkubasi di
hadapan geneticin sel sehingga hanya di mana ORF ditargetkan telah
digantikan oleh KanMX gen mampu tumbuh.
(2) Urutan mengapit awal dan berhenti kodon dari target ORF diklon pada
kedua sisi KanMX gen. Karena urutan ini cocok mereka di 5 ' dan 3 '
ujung ORF sasaran, mereka digunakan untuk mengarahkan rekombinasi
homolog antara kaset dan kromosom, sehingga penggantian ORF dengan
KanMX gen.
(3) aunique DNAsequence disebut “molekul bar code” disisipkan di setiap
kaset sehingga setelah kaset itu terintegrasi ke dalam kromosom, strain
individu dalam populasi campuran dapat diidentifikasi, seperti yang
dijelaskan selanjutnya.
b. Analisis genom dari Mikroba patogen
Analisis genom tanaman dan hewan patogen menyediakan
informasi yang cukup tentang evolusi virulensi, interaksi hostpathogen,
metode pengobatan yang potensial, dan pengembangan vaksin. Genom
berbagai patogen telah diurutkan dan dibandingkan dengan genom patogen
terkait filogenetis serta kerabat dekat yang tidak patogen. Genom
Mycoplasma genitalium adalah salah satu yang pertama yang akan
diurutkan. Mikroba ini menginfeksi sel-sel di saluran genital dan
pernapasan manusia. Ia memiliki genom hanya 580 kilobases (0.58Mb),
salah satu genom terkecil setiap organisme ( Angka 15,14). Dengan
demikian urutan data sangat menarik karena mereka membantu
membangun seperangkat minimal gen yang diperlukan untuk keberadaan
hidup bebas. Tampaknya ada sekitar 517 gen (480 gen protein-encoding
dan 37 gen untuk spesies RNA). Sekitar 90 protein yang terlibat dalam
terjemahan, dan hanya sekitar 29 protein untuk replikasi DNA.
Menariknya, 140 gen, atau 29% dari mereka dalam genom, kode untuk
protein membran, dan sampai dengan 4,5% dari gen tampaknya terlibat
dalam penggelapan dari respon host kekebalan tubuh. Hanya 5 gen
memiliki fungsi regulasi. Bahkan dalam genom kecil ini, sekitar onefifth
gen tidak dapat ditemukan pada urutan protein yang dikenal. Perbandingan
dengan M. pneumoniae dan Ureaplasma urealyticum genom dan studi dari
inaktivasi gen oleh penyisipan transposon menunjukkan bahwa sekitar
108-121 M. genitalium gen mungkin tidak penting untuk kelangsungan
hidup. Dengan demikian untuk mikroba ini, gen minim yang diperlukan
untuk kondisi pertumbuhan laboratorium tampaknya menjadi sekitar 300
gen; sekitar 100 ini memiliki fungsi yang tidak diketahui.
c. Analisis genom dari Ekstremofili
 76

Mikroba yang hidup dalam lingkungan yang keras disebut

extremophiles. Analisis genom dari suchmicrobes telah ditempuh dengan
tujuan howorganisms pemahaman dapat mentolerir kondisi lingkungan
yang ekstrim. Genom lebih dari selusin thermophiles dan
hyperthermophiles, termasuk anggota dari kedua bakteri dan archaea,
memiliki dianalisis. Deinococcus radiodurans adalah bakteri yang
memiliki kemampuan luar biasa untuk bertahan hidup tidak hanya
pengeringan dan oksidasi agen, tapi-radiasi pada dosis berkali-kali di atas
yang dibutuhkan untuk membunuh manusia. radiasi pengion menyebabkan
istirahat untai ganda dalam DNA-bentuk yang paling mematikan dari
kerusakan DNA. D. radiodurans mampu memasang kembali genomnya
setelah telah terpecah menjadi ribuan keping. genom terdiri dari dua
kromosom melingkar 2,6 Mb dan 0,4 Mb), seorang megaplasmid (177.466
bp), dan plasmid kecil (45.704 bp). Tentunya, hal itu dianggap, D.
radiodurans harus menjadi luar biasa dalam melaksanakan perbaikan
DNA. Tapi, yang mengejutkan, komparatif menunjukkan analisis genom
yang D. radiodurans memiliki lebih sedikit perbaikan gen DNA daripada
E. coli. Untuk memahami temuan ini, mikrobiologi digunakan microarray
dengan sekitar 94% dari seluruh D. radiodurans gen diwakili untuk
memeriksa transcriptome ( semua mRNApresent) setelah pengobatan
radiasi. Analisis tersebut menghasilkan informasi untuk setiap gen. Hal ini
diselenggarakan oleh analisis cluster hirarkis gen dimana diinduksi
(bintik-bintik merah) dikelompokkan secara terpisah dari gen ditekan
(bintik-bintik hijau); gen yang tetap tidak berubah ekspresi ditunjukkan
dalam warna hitam ( Gambar 15.18). cluster ini kemudian dipindai untuk
gen yang diketahui memiliki fungsi yang sama dan kemudian lebih lanjut
dikelompokkan berdasarkan keterkaitan (tingkat keterkaitan secara
statistik diukur oleh koefisien korelasi, atau “nilai r”). Analisis tersebut
telah mengkonfirmasi bahwa gen perbaikan DNA recA, serta gen yang
terlibat dalam Replikasi DNA dan rekombinasi, secara dramatis diregulasi
setelah radiasi. Selain itu, gen yang produknya metabolisme langsung
dinding sel, transportasi seluler, dan banyak gen yang produknya protein
yang diketahui juga diinduksi. Hasil ini membuat jelas bahwa D.
radiodurans 'Kemampuan untuk bertahan hidup tingkat tinggi seperti
radiasi lebih kompleks dari yang diperkirakan, membutuhkan koordinasi
jaringan kompleks proses yang melibatkan kedua Pembenahan DNA dan
aktivitas metabolik.
15.9 Genomik Lingkungan
Mungkin tempat ini lebih jelas daripada di bidang tumbuh
genomic lingkungan, kadang-kadang disebut metagenomics. Sementara
peran dominan mikroorganisme dalam mengemudi siklus nutrisi yang
mendukung kehidupan di Bumi telah lama diakui, upaya untuk secara
komprehensif memahami komunitas mikroba telah terhalang oleh fakta
bahwa hanya sekitar 1% dari semua procaryotes telah dibudidayakan
dalam kondisi laboratorium. teknik genomik baru menawarkan pendekatan
budidaya-independen untuk keanekaragaman hayati studymicrobial.
 77

genomik lingkungan dapat digunakan untuk mengambil sensus populasi

mikroba, serta untuk membedakan keberadaan dan kelimpahan kelas-kelas
tertentu gen. Artinya, genomik bisa bertanya, “Siapa di sanadan apa yang
mereka lakukan?” Untuk melakukan hal ini, fragmen DNA yang
diekstraksi langsung dari lingkungan dan dikloning ke dalam vektor
plasmid, seperti genom konstruksi perpustakaan. Dengan cara ini
perpustakaan fragmen DNA lingkungan dapat bemaintained dan diperkuat
( Angka 15,19). Atau, gen tertentu dapat diperoleh dengan PCR
amplifikasi fragmen DNA yang berasal dari sampel lingkungan. Untuk
pendekatan ini, pengetahuan tentang gen adalah urutan nukleotida
diperlukan; ini adalah umum ketika memperkuat gen yang mengkodekan
16S rRNA untuk tujuan taksonomi. Dalam kedua kasus, satu
menghasilkan sumber stabil urutan nukleotida yang mencerminkan
keragaman mikroba yang tumbuh di alam, bukan hanya mereka yang
dapat tumbuh di laboratorium. Nukleotida kemudian dapat diurutkan dan
dianalisis, atau dinyatakan dalam sejumlah mikroba dan disaring untuk
fungsi tertentu, seperti produksi senyawa antimikroba baru.
Satu bidang yang metagenomics telah merevolusi adalah laut
microbiology.An rata-rata sel 1millionmicrobial dapat ditemukan per
mililiter air laut. Meskipun telah lama diakui bahwa account mikroba laut
untuk sebagian besar biomassa lautan, di mana mereka melakukan lebih
dari setengah dari fotosintesis global, sudah sulit untuk belajar keragaman
taksonomi dan metabolisme mereka. Di 2000, genomik lingkungan
menyebabkan penemuan gen prokariot baru yang mengkode protein dalam
keluarga rhodopsin. Rhodopsins mengubah energi cahaya langsung ke
gradien listrik melintasi membran sel. Ini telah lama dipegang bahwa
archaea adalah satu-satunya procaryotes untuk menghasilkan protein
dalam keluarga rhodopsin. Ketika rhodopsin-seperti gen diamplifikasi dari
berbagai taksa prokariot, theywere disebut proteorhodopsins karena
theywere ditemukan di -proteobacteria (gen untuk proteorhodopsin sejak
ditemukan di -proteobacteria juga). Sifat keragaman metabolisme mikroba
di laut sekarang sedang dipertimbangkan kembali karena diperkirakan
bahwa sekitar 13% dari bakteri laut mungkin memiliki gen untuk encode
rhodopsin berbasis, proton cahaya-didorong pompa. Pompa ini
memungkinkan bakteri untuk menghasilkan kekuatan motif proton yang
dapat bahan bakar produksi ATP.
Demikian juga, anggaran nitrogen laut mungkin perlu dihitung ulang
berdasarkan penemuan bahwa gen yang mengkode nitrogenase, enzim yang
mengubah N gas 2 untuk amonium, hadir dalam jumlah yang jauh lebih besar di
antara cyanobacteria laut daripada yang diperkirakan sebelumnya.
 BAB III
PENUTUP

A. Simpulan
Mutasi terjadi dalam genomik organisme prokariot dan eukariot berupa
perubahan urutan nukleotida di dalamnya. Dalam peristiwa tersebut terdapat
mekanisme dasar mutasi yaitu spontan dan terinduksi. Mutasi mempengaruhi
struktur molekul protein dalam materi genetik sehingga diperlukan deteksi dan
seleksi mutan, serta pengujian karsinogenitas pada materi genetik/genom.
Efek mutasi bisa diperbaiki secara sendiri oleh genom melalui perbaikan
langsung, perbaikan ketidakcocokan, rekombinasi, dan eksisi. Dalam
rekombinasi gen pada organisme prokariot dan eukariot memiliki jenis yang
berbeda dilihat dari kualitas variasi genetik yang dihasilkannya dan biasanya
dilihat dari tahap pembelahan sel. Transfer gen pada bakteri melibatkan
konjugasi bakteri, transformasi DNA, transduksi, pemetaan genom, dan
rekombinasi dan pemetaan genom pada virus.
Genomics adalah studi tentang organisasi molekul genom, isi
informasi mereka, dan produk gen mereka mengkodekan. Ini dapat dibagi
menjadi tiga bidang: genomik struktural, genomik fungsional, dan genomik
komparatif. Sebuah. genomik fungsional digunakan untuk mengungkapkan
genom struktur dan fungsi hubungan. Sebuah. genomik lingkungan adalah
daerah yang relatif baru dari penelitian yang telah digunakan untuk
mempelajari lebih lanjut tentang keanekaragaman hayati dan potensi
metabolik komunitas mikroba
B. Saran
Dalam meminimalisir terjadinya mutasi pada genom mikroba perlu
dikaji lebih dalam. Penentuan sekuensing DNA seluruh genom mikroba
perlu diperhatikan dalam pengkodean basa nitrogen dan melibatkan
proteomik di dalamnya.

78
 DAFTAR PUSTAKA

Hidayati, Ika Permata. 2016. Mikrobiologi Dasar._________ Diambil dari

http://repository.unikama.ac.id/656/1/BUKU%20AJAR
%20MIKROBIOLOGI.pdf

Https://mynameisobos.blogspot.com/2014/10/makalah-genetika-mikroba.html

Willey, Joanne M., Sherwood, Linda M., and Woolverton, Christopher J.

2008. Prescott,Harley,and Klein’s Microbiology Seventh Edition. New
York:Mc-Graw Hill Companies

79